تصف هذه الورقة خوارزمية ارتباط الصور الرقمية مفتوحة المصدر لقياس سلالات الأنسجة 2D المحلية داخل نباتات الأوتار. تم التحقق من دقة التقنية باستخدام تقنيات متعددة ، وهي متاحة للاستخدام العام.
مقالة منهجية
تصف هذه الورقة خوارزمية ارتباط الصور الرقمية مفتوحة المصدر لقياس سلالات الأنسجة 2D المحلية داخل نباتات الأوتار. تم التحقق من دقة التقنية باستخدام تقنيات متعددة ، وهي متاحة للاستخدام العام.
هناك اهتمام علمي كبير بفهم السلالات التي تواجهها خلايا الأوتار في الموقع وكيف تؤثر هذه السلالات على إعادة تشكيل الأنسجة. بناء على هذا الاهتمام ، تم تطوير العديد من التقنيات التحليلية لقياس سلالات الأنسجة المحلية داخل نباتات الأوتار أثناء التحميل. ومع ذلك ، في العديد من الحالات ، لم يتم الإبلاغ عن دقة وحساسية هذه التقنيات ، ولا تتوفر أي من الخوارزميات للجمهور. وقد جعل هذا من الصعب قياس سلالات الأنسجة المحلية على نطاق واسع في زراعة الأوتار. لذلك ، كان الهدف من هذه الورقة هو إنشاء أداة تحليل تم التحقق من صحتها لقياس سلالات الأنسجة المحلية في نباتات الأوتار المتاحة بسهولة وسهلة الاستخدام. على وجه التحديد ، تم تكييف خوارزمية ارتباط الصور الرقمية المعززة (ALDIC) المتاحة للجمهور لقياس سلالات 2D من خلال تتبع إزاحة نوى الخلية داخل أوتار أخيل الفأر تحت التوتر أحادي المحور. بالإضافة إلى ذلك ، تم التحقق من دقة السلالات المحسوبة من خلال تحليل الصور المحولة رقميا ، وكذلك من خلال مقارنة السلالات بالقيم المحددة من تقنية مستقلة (أي الخطوط المبيضة ضوئيا). أخيرا ، تم دمج تقنية في الخوارزمية لإعادة بناء الصورة المرجعية باستخدام حقل الإزاحة المحسوب ، والذي يمكن استخدامه لتقييم دقة الخوارزمية في حالة عدم وجود قيم إجهاد معروفة أو تقنية قياس ثانوية. الخوارزمية قادرة على قياس سلالات تصل إلى 0.1 بدقة 0.00015. نجحت تقنية مقارنة صورة مرجعية أعيد بناؤها مع الصورة المرجعية الفعلية في تحديد العينات التي تحتوي على بيانات خاطئة وأشارت إلى أنه في العينات ذات البيانات الجيدة ، كان ما يقرب من 85٪ من مجال الإزاحة دقيقا. أخيرا ، كانت السلالات المقاسة في أوتار أخيل الفأر متسقة مع الأدبيات السابقة. لذلك ، تعد هذه الخوارزمية أداة مفيدة للغاية وقابلة للتكيف لقياس سلالات الأنسجة المحلية في الأوتار بدقة.
الأوتار هي أنسجة حساسة ميكانيكيا تتكيف وتتدهور استجابة للتحميل الميكانيكي1،2،3،4. نظرا للدور الذي تلعبه المحفزات الميكانيكية في بيولوجيا خلايا الأوتار ، هناك اهتمام كبير بفهم السلالات التي تواجهها خلايا الأوتار في بيئة الأنسجة الأصلية أثناء التحميل. تم تطوير العديد من التقنيات التجريبية والتحليلية لقياس سلالات الأنسجة المحلية في الأوتار. وتشمل هذه تحليلات ارتباط الصورة الرقمية 2D / 3D (DIC) للإجهادات السطحية باستخدام أنماط البقع أو الخطوط المبيضة ضوئيا (PBLs) 5،6،7،8 ، وقياس التغيرات في المسافة من النقط الوسطى إلى النوى الفردية داخل الأنسجة9،10 ، وطريقة حديثة ثلاثية الأبعاد ثلاثية الأبعاد كاملة المجال تأخذ في الاعتبار الحركة خارج المستوى والتشوهات ثلاثية الأبعاد11 . ومع ذلك، لم يتم الإبلاغ عن دقة وحساسية هذه التقنيات إلا في حالات قليلة، ولم يتم إتاحة أي من هذه التقنيات للجمهور، مما يجعل اعتماد هذه التقنيات واستخدامها على نطاق واسع أمرا صعبا.
كان الهدف من هذا العمل هو إنشاء أداة تحليل تم التحقق من صحتها لقياس سلالات الأنسجة المحلية في نباتات الأوتار المتاحة بسهولة وسهلة الاستخدام. تعتمد الطريقة المختارة على خوارزمية ارتباط الصور الرقمية المعززة (ALDIC) المتاحة للجمهور والمكتوبة في MATLAB والتي تم تطويرها بواسطة Yang و Bhattacharya12. تم تكييف هذه الخوارزمية لتحليل عينات الأوتار والتحقق من صحتها من خلال تطبيقها على الصور المحولة رقميا ومقارنة السلالات المقاسة في عينات الأوتار الفعلية بالنتائج التي تم الحصول عليها من الخطوط المبيضة ضوئيا. علاوة على ذلك ، تم تنفيذ وظائف إضافية في الخوارزمية لتأكيد دقة حقل الإزاحة المحسوب حتى في حالة عدم وجود قيم إجهاد معروفة أو تقنية قياس ثانوية. لذلك ، هذه الخوارزمية هي أداة مفيدة للغاية وقابلة للتكيف لقياس سلالات الأنسجة 2D المحلية بدقة في الأوتار.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
تمت الموافقة على هذه الدراسة من قبل لجنة رعاية واستخدام الحيوانات المؤسسية بجامعة ولاية بنسلفانيا.
1. إعداد الأنسجة
2. تحميل الأوتار والحصول على الصور
ملاحظة: يتطلب هذا البروتوكول جهاز شد يمكن تركيبه أعلى مجهر متحد البؤر. لهذه الدراسة ، تم استخدام جهاز microtensile الذي وصفه Peterson و Szczesny13 .
3. معالجة الصور
4. تركيب وتطبيق كود تحليل الخط المبيض ضوئيا
ملاحظة: هذه الخطوات ضرورية فقط إذا كان من المرغوب فيه تأكيد دقة خوارزمية ALDIC باستخدام خطوط مبيضة ضوئيا. يحسب الرمز سلالة الأنسجة المحلية على أنها متوسط التغير الطبيعي في المسافة بين كل خط مبيض ضوئيا داخل مجموعة الخطوط المبيضة ضوئيا. في هذه الدراسة ، تم بعد ذلك حساب متوسط القيم المحلية عبر جميع مجموعات الخطوط المبيضة ضوئيا (أي في المركز والأطراف اليسرى / اليمنى) لتحديد متوسط قيمة سلالة الأنسجة المحلية لكل عينة. ثم تم استخدام هذه القيمة لتقدير دقة خوارزمية ALDIC.
5. إنشاء صور محولة رقميا
ملاحظة: هذه الخطوات ضرورية فقط إذا كان من المطلوب تأكيد دقة خوارزمية ALDIC باستخدام الصور المحولة رقميا. تحاكي هذه الصور حقول سلالة 2D متجانسة ذات حجم معروف عن طريق تحويل الصورة المرجعية بشكل مصطنع.
6. حساب الإجهاد وتثبيت رمز التحقق من الصحة والتطبيق
، حيث N = [1 0] T أو [0 1] T للاتجاه x والاتجاه y ، على التوالي ، و C = F T F ، حيث F هو تدرج التشوه المحسوب باستخدام نقاط "numP" المحيطة بكل ناتج نقطة بيانات بواسطة خوارزمية ALDIC. يتم حساب إجهاد القص ك
، حيث
.الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
قبل تحليل حقول الإجهاد في عينات الأنسجة الفعلية ، تم التحقق من صحة بروتوكول ALDIC لأول مرة باستخدام صور متوترة / محولة رقميا للنوى داخل أوتار أخيل الفأر. على وجه التحديد ، تم تحويل الصور لإنتاج سلالات موحدة رقميا في الاتجاه x بنسبة 2٪ و 4٪ و 6٪ و 8٪ و 10٪ مع نسبة محاكاة بواسون 115,16. ثم تم تقييم دقة خوارزمية ALDIC من خلال مقارنة متوسط قيم الإجهاد المحسوبة مع السلالات الرقمية المعروفة. بالإضافة إلى ذلك ، تم تقييم الانحراف المعياري لقيم الإجهاد لتحديد عدم تجانس مج...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
كان الهدف من هذه الورقة هو توفير طريقة مفتوحة المصدر ومعتمدة لقياس حقول إجهاد 2D في الأوتار تحت حمل الشد. استند أساس البرنامج إلى خوارزمية ALDIC المتاحة للجمهور12. تم تضمين هذه الخوارزمية في رمز MATLAB أكبر مع الوظيفة المضافة لتحليل الإجهاد التدريجي (مقابل التراكمي). ثم تم تطبيق هذه الخوارزمية المعدلة على اختبار شد الأوتار ، وتم تقييم دقتها من خلال تقنيتين مختلفتين (أي الصور المحولة رقميا وقياس الإجهاد باستخدام خطوط مبيضة ضوئيا). بالإضافة إلى ذلك ، تمت إضافة قدرة لتقييم دقة قياسات ALDIC على أي عين...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
جميع المؤلفين ليس لديهم تضارب في المصالح للكشف عنه.
تم تمويل هذا العمل من قبل المعاهد الوطنية للصحة (R21 AR079095) والمؤسسة الوطنية للعلوم (2142627).
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
| الاسم | الشركة | رقم فهرسي | التعليقات |
|---|---|---|---|
| 5-DTAF (5- (4،6-ثنائي كلورو تريازينيل) أمينوفلورسين) ، أيزومر واحد | ThermoFisher | D16 | |
| Calipers | Mitutoyo | 500-196-30 | |
| مجهر متحد البؤر | نيكون | A1R HD | |
| Corning LSE Vortex Mixer | Coning | 6775 | |
| DRAQ5 محلول مسبار الفلورسنت (5 ملم) | ThermoFisher | 62554 | |
| MATLAB | MathWorks | R2022b | |
| N / A | N / A | جهاز تحميل الشد الموصوف في Peterson et al ، 2020. (المرجع 13) | |
| أنبوب المسدس الدوار | ThermoFisher | 88881001 |
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه
طلب إذن