يعد الخلل الوظيفي للميتوكوندريا مساهما أساسيا أو ثانويا شائعا في العديد من أنواع التنكس العصبي ، وغالبا ما تظهر التغيرات في كتلة الميتوكوندريا ومجمعات سلسلة الجهاز التنفسي للميتوكوندريا (MRC) ورقم نسخة الحمض النووي للميتوكوندريا (mtDNA) في هذه العمليات. تلخص عضيات الدماغ البشري المشتقة من الخلايا الجذعية متعددة القدرات التي يسببها الإنسان (iPSCs) الترتيب المعماري الخلوي ثلاثي الأبعاد (3D) للدماغ وتوفر إمكانية دراسة آليات المرض وفحص العلاجات الجديدة في نظام بشري معقد. هنا, نبلغ عن نهج فريد قائم على قياس التدفق الخلوي لقياس معلمات الميتوكوندريا المتعددة في العضيات القشرية المشتقة من iPSC. يفصل هذا التقرير بروتوكولا لتوليد عضيات الدماغ القشرية من iPSCs, تفكك خلية واحدة من العضيات المتولدة, تثبيت, تلطيخ, وتحليل قياس التدفق الخلوي اللاحق لتقييم معلمات الميتوكوندريا المتعددة. تلطيخ مزدوج بالأجسام المضادة ضد الوحدة الفرعية المعقدة MRC NADH: الوحدة الفرعية Ubiquinone Oxidoreductase B10 (NDUFB10) أو عامل نسخ الميتوكوندريا A (TFAM) جنبا إلى جنب مع القناة الانتقائية للأنيون المعتمدة على الجهد (VDAC 1) تسمح بتقييم كمية هذه البروتينات لكل ميتوكوندريا. نظرا لأن كمية TFAM تتوافق مع كمية mtDNA ، فإنها توفر تقديرا غير مباشر لعدد نسخ mtDNA لكل محتوى من الميتوكوندريا. يمكن إكمال هذا الإجراء بأكمله في غضون 2-3 ساعات. بشكل حاسم ، يسمح بالقياس الكمي المتزامن لمعلمات الميتوكوندريا المتعددة ، بما في ذلك المستويات الإجمالية والمحددة بالنسبة لكتلة الميتوكوندريا.