Method Article

التعرف المباشر على الميكروبات باستخدام نظام تحديد الميكروبات الآلي لتسهيل طريقة EUCAST RAST بدون قياس الطيف الكتلي

DOI:

10.3791/66588

⸱

May 24th, 2024

 ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Microbiology, All India Institute of Medical Sciences, Bhopal, 2Department of Microbiology, All India Institute of Medical Sciences, Bhubaneswar

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

طورت EUCAST بروتوكول اختبار الحساسية لمضادات الميكروبات (AST) المباشر لمزارع الدم الآلية. ومع ذلك ، يمكن تجنب اعتماده على التحديد الميكروبي القائم على قياس الطيف الكتلي باستخدام بروتوكول تحضير اللقاح المباشر في نظام تحديد الميكروبات الآلي. يمكن أن يوفر هذا النهج تقارير AST في غضون 24 ساعة من جمع العينات.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الإنتان سالب الجرام (GN) هو حالة طبية طارئة حيث تعتمد الإدارة في البيئات المحدودة الموارد على تقنيات الاستزراع الميكروبيولوجي التقليدية التي توفر النتائج في 3-4 أيام. إدراكا لهذا التأخير في وقت الاستجابة (TAT) ، طور كل من EUCAST و CLSI بروتوكولات لتحديد نتائج AST مباشرة من زجاجات زراعة الدم الآلية التي تم الإبلاغ عنها بشكل إيجابي (+aBCs). تم تقديم بروتوكول EUCAST السريع AST (RAST) لأول مرة في عام 2018 ، حيث يمكن الإبلاغ عن نقاط توقف قطر المنطقة لأربعة عوامل مسببة شائعة لإنتان GN ، أي الإشريكية القولونية ، والكلبسيلة الرئوية ، والزائفة الزنجارية ، ومركب Acinetobacter baumannii . ومع ذلك ، فإن تلك المختبرات السريرية التي نفذت هذه الطريقة في سير عملها الروتيني تعتمد على تحديد الميكروبات القائم على قياس الطيف الكتلي ، وهو أمر غير متاح بسهولة ، مما يحول دون تنفيذها في بيئات محدودة الموارد. للتحايل عليه ، قمنا بتقييم بروتوكول اللقاح المباشر (DIP) باستخدام نظام تجاري آلي لتحديد الميكروبات واختبار الحساسية لمضادات الميكروبات (aMIAST) لتمكين التعرف المبكر على الميكروبات في غضون 8 ساعات من الإبلاغ الإيجابي عن aBC. قمنا بتقييم هذا البروتوكول من يناير إلى أكتوبر 2023 لتحديد أربعة RAST GN (RR-GN) التي يمكن الإبلاغ عنها في aBC الذي تم وضع علامة إيجابية عليه. تمت مقارنة نتائج تحديد الميكروبات في DIP مع بروتوكول تحضير اللقاح القياسي (SIP) في aMIAST. من بين 204 + aBCs مع GN أحادي الشكل (+ naBC) ، تم تحديد واحد من 4 RR-GN في 105 + naBCs بواسطة SIP (E. coli: 50 ، K. pneumoniae: 20 ، P. aeruginosa: 9 و A. baumannii complex: 26). من بين هؤلاء، تم تحديد 94٪ (98/105) بشكل صحيح من قبل DIP في حين كانت معدلات الخطأ الرئيسي والخطأ الكبير جدا 6٪ (7/105) و 1.7٪ (4/240)، على التوالي. عندما يتم إجراء DIP لتحديد الميكروبات باستخدام طريقة EUCAST RAST ، يمكن تقديم تقارير سريرية مؤقتة في غضون 24 ساعة من استلام العينة. وينطوي هذا النهج على إمكانية الحد بدرجة كبيرة من مهلة التنفيذ التكنولوجية، مما يتيح في وقت مبكر إجراء العلاج المناسب المضاد للميكروبات.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يتم تعريف الإنتان ، وهو مشكلة صحية عالمية مهمة ، على أنه خلل وظيفي في الأعضاء يهدد الحياة بسبب استجابة المضيف غير المنظمة للعدوى. قدرت دراسة العبء العالمي للأمراض أن هناك 48.9 مليون حالة تعفن الدم و 11 مليون حالة وفاة مرتبطة بالإنتان في جميع أنحاء العالم في عام 2017 ، وهو ما يمثل ما يقرب من 20٪ من جميع الوفيات العالمية1. حوالي 2/3الثالثة من التهابات مجرى الدم (BSI) التي تسبب الوفيات ناتجة عن مسببات الأمراض البكتيرية سالبةالجرام 2. الأسباب الرئيسية للوفيات بين سلبية الجرام (GN) هي الإشريكية القولونية ، الكلبسيلة الرئوية ، الزائفة الزنجارية ، و Acinetobacter baumannii ، والتي تمثل حوالي 40 ٪ من الحالات بين 33 من مسببات الأمراضالبكتيرية 2.

تظل مزارع الدم هي المعيار الذهبي لتشخيص BSI ، والتحديد السريع للميكروبات جنبا إلى جنب مع نتائج اختبار الحساسية لمضادات الميكروبات (AST) هو مفتاح الإدارة. تشير التقديرات إلى أن هناك زيادة بنسبة 9٪ في احتمالات الوفاة مع تأخير كل ساعة في إنشاء مضادات الميكروبات المناسبة في الإنتان3. الوقت المستغرق (TAT) لتقارير زراعة الدم الإيجابية ميكروبيولوجيا مع نتائج AST هو حوالي 48-72 ساعة مع الأدوات الميكروبيولوجية المتاحة في إعدادات محدودة الموارد ، حتى مع الأنظمة الآلية. ونتيجة لهذا النقص في الميكروبات، تستخدم مضادات الميكروبات واسعة الطيف تجريبيا، مما يسهم في تفاقم مشكلة مقاومة مضادات الميكروبات. إدراكا لهذه الحاجة الماسة إلى تقليل TAT لتقنيات الزراعة الميكروبيولوجية للإنتان ، تتجه EUCAST و CLSI نحو إجراء AST مباشرة من زجاجات زراعة الدم ذات العلامات الإيجابية (+aBC) 4,5.

في عام 2018 ، قدمت EUCAST لأول مرة طريقة AST السريعة (RAST) لتحديد AST بواسطة طريقة انتشار قرص Kirby-Bauer في أوقات حضانة قصيرة ، أي 4 ساعات و 6 ساعات و 8 ساعات ، مباشرة من + aBC 6,7. تم التحقق من صحة الطريقة حاليا لتحديد AST ل + aBCs التي تحتوي على واحد من أكثر 8 أسباب شيوعا ل BSI وهي E. coli و K. pneumoniae و P. aeruginosa و A. baumannii المعقدة بين سلبية الجرام والمكورات العنقودية الذهبية والمكورات المعوية البرازية و E. faecium والمكورات العقدية الرئوية بين إيجابيةالجرام 8. يتم توفير نقاط التوقف لتحديد AST على فترات زمنية مختلفة وفقا للأنواع الميكروبية المذكورة أعلاه. ومن ثم ، قبل التفسير القاطع لنتائج AST ، من الضروري تحديد الهوية الميكروبية. ومع ذلك ، لا يحدد معيار RAST طريقة تمكين التعرف الميكروبي خلال هذا الإطار الزمني.

استخدمت غالبية الدراسات التي تقيم طريقة EUCAST RAST في بيئتها التحديد الميكروبي القائم على قياس الطيف الكتلي بعد الحضانة القصيرة على الوسائط المطلية لتحديد الكائنات الحية الدقيقة9،10،11،12،13،14،15،16،17. ومع ذلك ، فإن أدوات قياس الطيف الكتلي ليست متاحة على نطاق واسع ، خاصة في البلدان المنخفضة والمتوسطة الدخل (LMICs) ، مما يحد بشكل كبير من الفائدة المحتملة لهذه الطريقة. أفادت دراسات قليلة عن تنفيذ هذه الطريقة في مراكزها دون استخدام قياس الطيف الكتلي18،19،20. أبلغ Tayşi et al.18 عن تصنيف واسع ل GN بين Enterobacterales و Pseudomonas و Acinetobacter spp. بناء على مورفولوجيا صبغة الجرام واختبار أوكسيديز قبل تفسير نتائج AST. في دراسات أخرى من هذا المركز ، بواسطة Gupta et al.19 و Siddiqui et al.20 ، تم تحديد الميكروبات على مستوى الأنواع عن طريق تحضير حبيبات بكتيرية من خليط مرق الدم ذي العلم الإيجابي وتلقيحه في الاختبارات الكيميائية الحيوية التقليدية. في حين أن Tayşi et al.18 لم يعلقوا على دقة تحديد الميكروبات مع نهجهم ، أفاد Gupta et al.19 أنه مع نهجهم في 165/176 (94٪) الحالات ، فإن RAST سلبي الجرام الذي يمكن الإبلاغ عنه (RR-GN) ، أي من الإشريكية القولونية ، K. الرئوية ، P. aeruginosa ، و A. baumannii معقد. ومع ذلك ، مع النهج الأخير ، تم إجراء قراءة نتائج RAST بأثر رجعي باستخدام نقاط توقف قطرها 8 ساعات فقط بعد الحضانة الكاملة للنتائج الكيميائية الحيوية التقليدية ، أي 18-24 ساعة بعد التلقيح ، وكان متوسط وقت الإبلاغ حوالي يومين.

لتقليل مهلة التنفيذ للتقارير السريرية بشكل أكبر ، نقترح منهجية بديلة لتمكين التحديد المبكر ل GN الموجود في +aBCs باستخدام aMIAST. قبل إدخال أنظمة تحديد الهوية الميكروبية القائمة على قياس الطيف الكتلي ، كانت أنظمة تحديد الهوية الآلية هذه تعتبر معيار الرعاية لتحديد الهوية الميكروبية ، حيث تم تمكين تحديد الهوية من خلال التغيرات اللونية و / أو الفلورومترية التي تسببها بكتيريا الاختبار عند تلقيحها في اختبارات كيميائية حيوية مصغرة محفوظة في شريط ومطابقة النتائج مع قاعدة بيانات العزل الخاصة بهم. يبلغ متوسط الوقت اللازم لتحديد الهوية في هذه الأنظمة حوالي 4 ساعات إلى 8 ساعات ، ومع ذلك ، فهي محدودة بحقيقة أن الشركات المصنعة توصي بنمو الميكروبات بين عشية وضحاها قبل أن يتم تلقيح بطاقات الهوية الخاصة بها. وهذا الشرط يحد كثيرا من فائدتها في تقليل الوقت اللازم لتقديم التقارير.

قامت دراسات قليلة بتقييم طرق التعرف المباشر على الميكروبات من + aBCs باستخدام هذه الأنظمة الآلية21،22،23،24،25،26،27. في حالة +aBCs التي تحتوي على GN أحادي الشكل ، أظهرت غالبية الدراسات توافقا ممتازا بين التلقيح المباشر من الحبيبات البكتيرية المصنوعة من خليط مرق الدم الإيجابي وحضانة المستعمرة القياسية. ومع ذلك ، في حالة إيجابية الجرام ، كانت معدلات التوافق دون المستوى الأمثل. نظرا لأن متوسط الوقت اللازم لإيجابية + aBCs يتراوح بين 8 ساعات و 16 ساعة ويستغرق تحديد GN ~ 4 ساعات إلى 8 ساعات في نظام تحديد الميكروبات الآلي ، فإننا نفترض أنه من خلال استخدام بروتوكول التلقيح المباشر في التعرف الآلي على الميكروبات ، يمكننا إكمال التقارير السريرية ل + aBCs مع وجود GN RR-GN في غضون 24 ساعة من استلام العينة.

الإعداد للدراسة
أجريت الدراسة الحالية في مختبر علم الجراثيم السريري التابع لمعهد رعاية أكاديمي من الدرجة الثالثة بسعة 950 سريرا ذا أهمية وطنية (INI) في وسط الهند من يناير إلى أكتوبر 2023. تم تجهيز المختبر بنظام مراقبة مستمرة لثقافة الدم (CBCMS) و aMIAST. يعمل مختبر الجراثيم على مدار الساعة مع توفر الفنيين وعلماء الأحياء الدقيقة لمعالجة والإبلاغ عن أي زجاجة مزرعة دم تم الإبلاغ عنها بشكل إيجابي (+aBCs).

الطرق الميكروبية المستخدمة هنا
يظهر سير عمل الدراسة في الشكل 1. تمت معالجة +aBCs التي تظهر GNs أحادية الشكل (+ naBC) عن طريق التلقيح المباشر لبطاقات الهوية المقابلة لتمكين تحديد الهوية و AST باستخدام بروتوكول EUCAST RAST. تمت مقارنة هذه النتائج مع طريقة معيار الرعاية (SoC) ل + aBCs ، أي الاستزراع الفرعي على الوسائط المطلية التقليدية من خلال أجار دم الأغنام (SBA) ، وأجار الشوكولاتة (CA) ، وأجار MacConkey (MA) ، المحتضن هوائيا لمدة 16 ساعة إلى 24 ساعة متبوعا ببطاقات التعريف و AST التي تقدمها aMIAST عند ظهور مستعمرات معزولة. تم استبعاد مزارع الدم التي تظهر المكورات إيجابية الجرام ، والعصيات إيجابية الجرام ، وخلايا الخميرة الناشئة ، و ≥2 الكائنات الحية الدقيقة المختلفة على تلطيخ الجرام الأولي أو الوسائط المطلية من الدراسة.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تمت الموافقة على الدراسة ، الممولة من منحة البحث الداخلي المقدمة للدكتور أيوش غوبتا من قبل AIIMS Bhopal ، من قبل لجنة الأخلاقيات الإنسانية المؤسسية (IHEC) برسالة رقم: IHEC- LOP / 2022 / IL072.

ملاحظة: تم استخدام حجم عينة من 5 مل بناء على الدراسات التي أجراها Quesada et al.25 و Munoz-Davila et al.27.

1. بروتوكول اللقاح القياسي (SIP) لتحديد البكتيريا باستخدام aMIAST

  1. ارتد قفازات نظيفة ، وداخل خزانة السلامة الحيوية من الفئة الثانية (BSC) ، قم بتطهير حاجز + naBC بمسحة تحتوي على 70٪ كحول الأيزوبروبيل.
  2. ارسم حوالي 1 مل من خليط مرق الدم باستخدام حقنة معقمة بإبرة 21 جرام.
  3. استغني عن 1 قطرة كبيرة من خليط مرق الدم من الإبرة على سطح الوسائط المطلية ، وهي SBA و CA و MA. قم بخط الصفائح واحتضان لوحات الاستزراع في حاضنة عند 37 درجة مئوية ± 2 درجة مئوية في ظل الظروف الهوائية لمدة 18-24 ساعة.
  4. بعد الحضانة ، افحص اللوحات بحثا عن ظهور مستعمرات معزولة في BSC وتابع أكثر لتحديد الهوية و AST بواسطة aMIAST.
  5. لكل عزل ، ضع أنبوب البوليسترين aMIAST في حامل أنبوب aMIAST وأضف 3 مل من المحلول الملحي المعقم فيه باستخدام موزع متصل بالزجاجة المالحة.
  6. المس ثلاث إلى خمس مستعمرات متشابهة شكليا بسلك تلقيح مستقيم معقم وانقل اللقاح البكتيري إلى الأنبوب الأول.
  7. اضبط التعكر باستخدام محلول ملحي معقم في الأنبوب الملقح بين 0.47-0.63 McFarland باستخدام مقياس الكثافة.
  8. ضع المرفق الشعري لبطاقة تعريف aMIAST سالبة الجرام في الأنبوب الأول.
  9. ضع البطاقات المحددة في موضع مناسب على الكاسيت. اللقاح في الكاسيت جاهز ويأتي إلى aMIAST في قسم التعبئة.
    تنبيه: يجب ألا يتجاوز عمر التعليق 30 دقيقة قبل تلقيح البطاقات.
  10. قم بتحميل الكاسيت في موضعه في حجرة الحشو مع توجيه نموذج الباركود للداخل.
  11. أغلق الباب واضغط على Fill في شاشة واجهة المستخدم. التعبئة هي دورة 70 ثانية. عند اكتمال الدورة ، سيومض ضوء المؤشر الأزرق على النظام. يؤدي وضع البطاقات في نظام aMIAST إلى توزيع اللقاح داخل الغرف الصغيرة للبطاقات بواسطة الجهاز.
  12. قم بإزالة الكاسيت من حجرة التعبئة ، وأغلق الباب ، وضعه في غرفة التحميل. يتم مسح الرموز الشريطية ضوئيا تلقائيا والتحقق منها مقابل الحفاظ على قائمة العمل الإلكترونية للكاسيت الافتراضي. يتم إغلاق القش تلقائيا ، ويتم تحميل البطاقات تلقائيا في الرف الدائري. يشير السهم الأزرق الوامض على aMIAST إلى انتهاء التحميل.
  13. قم بإزالة نفايات الكاسيت عند الانتهاء. راجع إجراءات التخلص من النفايات في أدبيات المنتج أو اتبع الممارسات القياسية الأخرى. استخدم ما تبقى من المعلق في الأنابيب للاستزراع الفرعي على أجار CLED لفحص نقاء العزلات.
  14. اقرأ النتائج بعد أن تكمل الأداة التحليل.

2. بروتوكول التلقيح المباشر (DIP) لتحديد البكتيريا باستخدام aMIAST

  1. ارتد قفازات معقمة ، وداخل خزانة السلامة الحيوية ، نظف حاجز + naBC بمسحة تحتوي على 70٪ كحول الأيزوبروبيل.
  2. باستخدام حقنة معقمة بإبرة 21 جم ، خذ 5 مل من القسمة من خليط مرق الدم من + naBC وانقله إلى أنبوب فاصل المصل (SST) بعد تطهير الحاجز المطاطي بكحول الأيزوبروبيل بنسبة 70٪ (الشكل 2 أ).
  3. جهاز طرد مركزي هذا القسمة لمدة 10 دقائق عند 160 × جم لتسوية خلايا الدم في خليط مرق الدم. بعد الطرد المركزي الأول ، لاحظ المادة الطافية التي تستقر فيها خلايا الدم.
  4. افتح غطاء القارورة داخل خزانة السلامة البيولوجية ، وباستخدام طرف وماصة معقمين ، قم بإزالة المادة الطافية بعناية ونقلها إلى قارورة جديدة لجمع الدم العادي (قمة حمراء) عن طريق إزالة الجزء العلوي منها.
  5. ضع الغطاء على القارورة وأجهزة الطرد المركزي مرة أخرى لمدة 10 دقائق عند 2000 × جم. بعد الطرد المركزي الثاني ، سوف تتشكل حبيبات بكتيرية في الأسفل.
  6. نضح المادة الطافية وتخلص منها باستخدام ماصة وطرف معقمين. ستبقى الحبيبات البكتيرية في قاع الأنبوب وسيتم استخدامها لتلقيح بطاقة تعريف aMIAST.
    ملاحظة: تم استخدام أنبوب فاصل المصل في الطرد المركزي الأول عند 160 × جم. واستند ذلك إلى الدراسات التي أجراها Quesada et al.25 و Munoz-Davila et al.27 ، حيث تم إجراء خطوة الطرد المركزي الأولى تقريبا عند 30 × جم و 60 × جم ، على التوالي. تم طرد خليط مرق الدم من + aBC أولا بسرعة منخفضة في SST لإخراج خلايا الدم.
  7. ضع أنبوب البوليسترين aMIAST في حامل أنبوب aMIAST وأضف 3 مل من المحلول الملحي المعقم فيه باستخدام موزع متصل بزجاجة المحلول الملحي.
  8. باستخدام حلقة تلقيح معقمة ، خذ الحبيبات البكتيرية من قاع القارورة وقم بتلقيحها في أنبوب aMIAST
  9. كرر الخطوات من 1.7 إلى 1.14.

3. AST بواسطة بروتوكول EUCAST RAST4

  1. احتفظ بألواح أجار مولر-هينتون (MHA) الدائرية غير الملقحة مقاس 90 مم جاهزة في خزانة السلامة البيولوجية.
  2. ارتد قفازات معقمة ، وداخل خزانة السلامة الحيوية ، نظف حاجز + naBC بمسحة تحتوي على 70٪ كحول الأيزوبروبيل.
  3. باستخدام حقنة معقمة ، نضح 125 ميكرولتر ± 25 ميكرولتر من خليط مرق الدم غير المخفف من + naBC وأضفه إلى كل لوحة MHA في المنتصف.
  4. انشر المرق برفق على الأطباق باستخدام قطعة قطن معقمة في ثلاثة اتجاهات وضع ≤ 6 أقراص مضادة للميكروبات على كل طبق.
  5. احتضان الألواح في حاضنة هوائية عند 35 درجة مئوية ± 1 درجة مئوية لمدة 8 ساعات. بعد الانتهاء من الحضانة ، لاحظ نقاء العزل.
  6. اقرأ مناطق التثبيط في 8 ساعات ± 5 دقائق. تفسير النتائج باستخدام جدول نقطة توقف RAST للحضانة القصيرة بعد التحقق من نتائج تحديد البكتيريا في aMIAST.
  7. تقرير نتائج AST فقط إذا تم تحديد العزلة على أنها واحدة من RR-GN وتنمو لوحات MHA و CLED نمطا مورفوتيابيا واحدا.

4. مراقبة الجودة

  1. قم بإجراء مراقبة الجودة الداخلية لبروتوكول SIP الخاص ب aMIAST وفقا لتعليمات الشركة المصنعة باستخدام السلالات المرجعية الموصى بها.
  2. إجراء مراقبة الجودة الداخلية لطريقة RAST أسبوعيا باستخدام السلالة المرجعية الموصى بها من الإشريكية القولونية كما هو موضح أدناه.
    1. رتب 4 أنابيب زجاجية معقمة في حامل أنبوبي. صرف 3 مل من محلول ملحي معقم في الأنبوب الأول و 990 ميكرولتر من محلول ملحي معقم في كل من الأنابيب الثاني والثالث والرابع.
    2. قم بعمل تعليق 0.5 McFarland لسلالة مراقبة الجودة من المستعمرات المعزولة لثقافة ليلية على وسائط مطلية.
    3. باستخدام ماصة وطرف معقمة ، انقل 10 ميكرولتر من التعليق من الأنبوب الأول إلى الأنبوب الثاني.
    4. بعد الخلط ، انقل 10 ميكرولتر من المعلق من الأنبوب الثاني إلى الأنبوب الثالث ثم بعد ذلك إلى الأنبوب الأخير.
    5. من الأنبوب الأخير ، خذ 1 مل من اللقاح باستخدام حقنة معقمة بإبرة وأضفها إلى aBC غير الملقح.
    6. أضف في نفس الوقت 5 مل من دم الأغنام المعقم في aBC باستخدام حقنة معقمة بإبرة واحتضانها في CBCMS حتى تصبح إيجابية بسبب التغير في لون مستشعر المستحلب السائل في قاعدة aBC.
    7. كرر الخطوات كما هو موضح في الخطوات 1-3 للتعريف بواسطة SIP و DIP و RAST ، على التوالي. النتائج المتوقعة هي أنه يجب تحديد سلالة مراقبة الجودة بشكل صحيح من خلال كل من بروتوكولات تحديد aMIAST ويجب أن تكون أقطار المنطقة في لوحات RAST ضمن النطاق المحدد28.

5. التحليل الإحصائي

  1. ضع في اعتبارك تحديد الميكروبات باستخدام SIP كمعيار ذهبي وإذا تم الحصول على نفس التعريف بواسطة DIP ، فاعتبره متوافقا.
  2. إذا كان RR-GN ، أي أحد معقد E. coli و K. pneumoniae و P. aeruginosa و A. baumannii المحدد باستخدام SIP متنافرا في DIP ، فاعتبر هذا خطأ كبيرا (ME) بينما اعتبر العكس خطأ كبيرا جدا (VME) لأنه من المحتمل إصدار تقرير بتعريف خاطئ.
  3. احسب معدل التوافق ل RR-GN كنسبة إجمالي عدد RR-GN المطابق إلى العدد الإجمالي لشبكات RR-GN المحددة بواسطة SIP مضروبا في 100.
  4. احسب معدل ME كنسبة عدد +naBCs المحددة على أنها تحتوي على غير RR-GN إلى إجمالي عدد +naBCs مع RR-GN المحددة بواسطة SIP مضروبة في 100.
  5. احسب معدل VME كنسبة عدد +naBCs التي تم تحديدها بشكل خاطئ على أنها تحتوي على RR-GN في DIP إلى إجمالي لا. من +naBCs التي تم اختبارها بواسطة DIP مضروبة في 100.
  6. احسب وقت عزل تحديد الهوية (TTI) على أنه الوقت المستغرق لتحديد العزلة بواسطة كلا البروتوكولين من وقت الإبلاغ عن مزرعة الدم بواسطة CBCMS.
  7. احسب الفروق بين DIP و SIP كتخفيض في TTI. احسب هذا فقط للتوافق +naBCs التي تحتوي على RR-GN. لاحظ النقاط الزمنية المعنية من ساعات CBCMS و aMIAST.
  8. إدارة البيانات وتحليلها باستخدام جدول بيانات. استخدم اختبار Mann-Whitney U للمتغيرات المستمرة ، مع الأخذ في الاعتبار قيمة p ذات الوجهين البالغة ≤ 0.05 كقيمة ذات دلالة إحصائية.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

النتائج العامة
خلال فترة الدراسة ، خضع 240 + naBCs لتحديد الهوية بواسطة aMIAST باستخدام كل من DIP و SIP. من بين هؤلاء ، تم العثور على 15٪ (36/240) + naBCs لتكون متعددة الميكروبات بعد الحضانة الليلية على الوسائط المطلية. ومن بين 204 +naBCs، كانت نسبة RR-GN التي حددتها SIP 51.5٪ (105/204). من بينها ، 47.6 ٪ (50/105) كانت الإشريكية القولونية ، 19 ٪ (20/105) K. الرئوية ، 8.6 ٪ (9/105) P. aeruginosa و 24.8 ٪ (26/105) A. baumannii معقدة. ويرد في الجدول 1 وصف تفصيلي لجميع نتائج تحديد الهوية من قبل SIP.

دقة التشخيص في تحديد الميكروبات
ومن بين 105 RR-GN، كان 98 (93.3٪) و99 (94.2٪) متطابقين مع DIP، حتى تحديد مستوى الأنواع والجنس، على التوالي. كانت معدلات التوافق من حيث الكائن الحي 94٪ (47/50) للإشريكية القولونية ، و 90٪ (18/20) ل K. pneumoniae ، و 100٪ (9/9) ل P. aeruginosa و 92.3٪ (24/26) لمركب A. baumannii ، كما هو موضح في الجدول 1. في 7 + naBCs ، كانت النتائج متضاربة حتى تحديد مستوى الأنواع باستخدام DIP ، والتي أعطت aMIAST إما غير محددة (3) أو حددت غير RR-GN (4) ، كما هو موضح في الجدول 2. نظرا لأن هذه النتائج لن تجبر عالم الأحياء الدقيقة السريري على الإبلاغ ، فقد تم اعتبارها أخطاء كبيرة (ME). كان معدل ME في دراستنا 6.7٪ (7/105) حتى تحديد مستوى الأنواع. وبلغت نسبة الأشخاص غير التابعين للصوب-شبكات GN في نظام الاستثمار المنظم 48.5٪ (204/99). من بينها ، 60 (60.6٪) كانت متوافقة مع DIP حتى تحديد مستوى الأنواع. ومن بين 99 شبكة شبكات GN غير خاضعة للترددات الراديوية، تم تحديد شبكات RR-GN باستخدام DIP في 4+naBCs، كما هو مبين في الجدول 2. كان من الممكن أن يؤدي هذا التنافر إلى خطأ في الإبلاغ واعتبر خطأ كبيرا جدا (VME). كان المعدل الإجمالي ل VME باستخدام DIP 1.7٪ (4/240). ويرد في الجدول التكميلي 1 وصف كامل لنتائج تحديد الهوية وأخطاء جميع السلبيات بالجرام.

تقليل الوقت اللازم لعزل الهوية (TTI)
كان TTI للتوافق + naBCs في DIP أقل بكثير من TTI في SIP (الوسيط (IQR): 507.5 دقيقة (685-404) مقابل 2171 دقيقة (2532-1855) ، P2 مقابل P1 ، p<0.00001 (اختبار مان ويتني)). كان متوسط الفرق في TTI بين كلا البروتوكولين 1635 دقيقة (IQR: 1964-1299).

figure-results-1
الشكل 1: سير عمل الدراسة: تصوير سير العمل في الدراسة لزجاجة مزرعة الدم ذات العلامات الإيجابية مع سلبيات الجرام أحادية الشكل التي تتم معالجتها بواسطة كل من بروتوكول اللقاح القياسي والمباشر. الاختصارات: + aBC = زجاجة مزرعة دم ذات علامة إيجابية ، + naBC = زجاجة مزرعة دم ذات علامة إيجابية مع سلبية أحادية الشكل ، DIP = بروتوكول التلقيح المباشر ، SIP = بروتوكول التلقيح القياسي ، SBA = أجار دم الأغنام ، CA = أجار الشوكولاتة ، MA = أجار MacConkey ، RR-GN = RAST سلبي الجرام الذي يمكن الإبلاغ عنه ، TAT = وقت الاستجابة الرجاء النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

figure-results-2
الشكل 2: بروتوكول التلقيح المباشر للتعرف على البكتيريا: عرض صور القنينات أثناء أداء بروتوكول التلقيح المباشر. الاختصارات: + naBC = زجاجة مزرعة دم ذات علامة إيجابية مع سلبية الجرام يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

RAST السلبيات غرام المبلغ عنهاتم اختبار العزلات (n)متوافقخطأ في تحديد الهويةلا هوية
n (%)n (%)n (%)
مجموع10598 (93.3%)4 (3.8%)3 (2.8%)
الإشريكية القولونية5047 (94%)12
الكلبسيلة الرئوية2018 (90%)11
مجمع الراكدة بوماني2624 (92.3%)2 #0
الزائفة الزنجارية99 (100%)00
# تم تحديد عزلة واحدة بشكل صحيح على مستوى الجنس ، ولكن ليس على مستوى الأنواع (تم تحديد مجمع Acinetobacter baumannii على أنه A. haemolyticus)

الجدول 1: نتائج التعرف البكتيري في بروتوكول التلقيح المباشر. النتائج هي فقط ل RAST سلبية الجرام التي يمكن الإبلاغ عنها. الاختصارات: n = البسط ، ٪ = في المئة.

سلبيات الجرامإجمالي العزلات التي تم اختبارهاخطأ كبيرخطأ كبير جدا ، n (٪)
رقمخطأ في تحديد الهويةلا يوجد معرف(تم تحديده على أنه)
n (%)nn
الإشريكية القولونية503 (6%)1 (أ. انحلال الدم)20
الكلبسيلة الرئوية202 (10%)1 (رالستونيا بيكيتي)10
مجمع الراكدة بوماني262 (7.7%)2 (أ. انحلال الدم ، كوبريافيادوس بوكولوس )-0
السالمونيلا النيابة.10غير متوفر1 (10%)
(الإشريكية القولونية)
مجمع المعوية cloacae8غير متوفر1 (12.5%)
(الإشريكية القولونية)
الراكدة لوفي14غير متوفر1 (7.1%)
(أ. مجمع بوماني)
سفينغوموناس باوسيموبيليس9غير متوفر1 (11.1%)
(ك. الرئوية)
الاختصارات- n: البسط ، ٪: النسبة المئوية ، المعرف: التعريف ، NA: غير قابل للتطبيق ،
ج: الراكدة ، ه: الإشريكية ، ك: الكلبسيلا

الجدول 2: تفاصيل الأخطاء الكبيرة والكبيرة جدا بواسطة بروتوكول التلقيح المباشر. الاختصارات: n = البسط ، ٪ = النسبة المئوية ، ID = التعريف ، NA = غير قابل للتطبيق ، A = Acinetobacter ، E = Escherichia ، K = Klebsiella.

الجدول التكميلي 1: النتائج التفصيلية لتحديد الكائن الحي في كلا البروتوكولين جنبا إلى جنب مع نتائج الأخطاء في بروتوكول اللقاح المباشر. الرجاء الضغط هنا لتنزيل هذا الملف.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

باستخدام DIP ، نجحنا في تحديد RR-GNs بدقة تشخيصية كبيرة. كان متوسط TTI بعد الإبلاغ الإيجابي عن aBC 507 دقيقة فقط (~ 8.5 ساعة). وبالتالي ، عندما يتم ذلك بالاقتران مع طريقة EUCAST RAST لتحديد AST ، يمكن أن يعطي تحديد العزل في وقت قراءة 8 ساعات AST. هذا النهج لديه القدرة على تنفيذ طريقة EUCAST RAST التي تغني عن الحاجة إلى تحديد الهوية على أساس قياس الطيف الكتلي. هذه نعمة للإعدادات منخفضة الموارد التي ترغب في تنفيذ طريقة EUCAST RAST في سير عملها الروتيني لتقليل وقت الإبلاغ السريري والتحايل على العقبات الرئيسية التي تحول دون تنفيذه.

قبل إدخال طريقة EUCAST RAST ، قام العديد من المؤلفين بتقييم دقة الاختبار المباشر من + aBC لمختلف أنظمة aMIAST21،22،23،24،25،26،27،29،30،31. في هذه الدراسات ، اختلفت بروتوكولات الاختبار المباشر إما في اتباع خطوة طرد مركزي واحدة29،30،31،32 أو خطوة الطرد المركزيالمزدوج 21،22،24،25،26،27 لصنع الحبيبات البكتيرية. في طريقة الخطوة الواحدة ، تم طرد خليط مرق الدم من + aBC بسرعة عالية في أنبوب فاصل المصل (SST) لحبيبات البكتيريا فوق طبقة هلام السيليكون. تم استخدام الحبيبات لإعداد اللقاح لتلقيح بطاقات الهوية. في طريقة الطرد المركزي المزدوج ، تم طرد خليط مرق الدم من + aBC أولا بسرعة منخفضة في SST لإخراج خلايا الدم. من هذا الأنبوب ، تمت إزالة المادة الطافية التي تحتوي على البكتيريا ونقلها إلى أنبوب جديد وخضع للطرد المركزي عالي السرعة. من هذا الأنبوب ، تم التخلص من المادة الطافية ، وتم استخدام الحبيبات لتلقيح بطاقات الهوية المناسبة. في هذه الدراسات ، تراوح معدل التوافق من 62٪ إلى 100٪ ولكن بشكل عام ، كانت الدقة أعلى مع طريقة الطرد المركزي المزدوج.

وجدنا أن الطريقة كانت سهلة التنفيذ وتم إجراؤها في مختبر تشخيصي روتيني مع قوة عاملة من >10 من فنيي المختبر بالتناوب ، مما يثبت متانة الطريقة. في ~ 94٪ (98/105) + naBCs التي تحتوي على أحد RR-GN ، حدد DIP بشكل صحيح الكائن الدقيق. كان معدل التوافق لفئات مختلفة من الكائنات الحية مشابها أيضا لبعضها البعض حيث كانت 94٪ و 90٪ و 100٪ و 92.3٪ على التوالي ل E. coli و K. pneumoniae و P. aeruginosa و A. baumannii complex. وجدنا أيضا أن معدل التوافق الإجمالي لأي سالب جرام كان دون المستوى الأمثل ، ~ 77٪ (157/204). ومع ذلك ، فإن معظم هذه الأخطاء في التعرف كانت مع سلبية الجرام غير المخمرة مثل Acinetobacter spp. بخلاف مركب baumannii ، Pseudomonas spp. بخلاف aeruginosa ، Moraxella spp. ، و Sphingomonas paucimobilis التي تعتبر عادة ملوثات شائعة للجلد. كما لاحظ مؤلفون آخرون21،23 أخطاء في التعرف على الجرام مع سلبيات الجرام غير المخمرة ، ويرجع ذلك على الأرجح إلى انخفاض تفاعل هذه البكتيريا في بطاقات تعريف aMIAST.

وجدنا انخفاضا كبيرا في TTI للبكتيريا داخل + naBCs باستخدام DIP. كان متوسط TTI ل DIP أقل بحوالي 4 مرات من متوسط TTI ل SIP (507 دقيقة مقابل 2171 دقيقة) عند القيام به في مختبر التشخيص السريري الروتيني. تضمن TTI ~ 8.5 h أيضا الفاصل الزمني بين الإبلاغ الإيجابي ل aBC وأداء تلقيح بطاقة aMIAST ، حيث كان متوسط الوقت لعزل التحليل بواسطة aMIAST 5.45 ساعة فقط ± 1.6 ساعة. بإضافة متوسط الوقت إلى الإيجابية البالغ 728 دقيقة ± 301 دقيقة (~ 12 ساعة) للتوافق + naBCs في دراستنا ، فإن هذا النهج لتحديد البكتيريا لديه القدرة على إعطاء تقارير في نفس اليوم بعد تلقي aBC في مختبر التشخيص الروتيني.

هناك بعض القيود أيضا ، مع DIP. أولا ، نظرا لأنه استخدام خارج التسمية لإعداد اللقاح ، يجب اعتبار النتائج أولية وكذلك نتائج AST بواسطة EUCAST RAST. ومع ذلك، فإنه يخدم الغرض الرئيسي المتمثل في تحديد شبكات الشبكات العالمية للتنظيم فقط بدقة تشخيصية كبيرة في الوقت المناسب. ثانيا ، هناك إمكانية عملية لإهدار موارد الاختبار كما هو الحال في حوالي 60٪ + naBCs ؛ لم نكن لنتمكن من الإبلاغ بسبب العدوى متعددة الميكروبات أو تحديد غير RRGN. ينطبق هذا الهدر للموارد على أي من طرق AST المباشرة الآلية الأحدث لمزارع الدم. ثالثا ، كان معدل العدوى متعددة الميكروبات وتحديد ملوثات الجلد الشائعة أعلى في هذه الدراسة بسبب سوء ممارسات جمع العينات. رابعا ، لم نؤكد هوية العزلات المختبرة باستخدام مطياف الكتلة ، وهو المعيار الذهبي الحالي لتحديد البكتيريا.

تثبت هذه الدراسة بنجاح أنه حتى مع اختبارات النمط الظاهري ، من الممكن القيام بالإبلاغ في نفس اليوم عن ثقافات الدم الإيجابية ، خاصة في تجرثم الدم سالب الجرام. وهذا ينطوي على إمكانية الحد بشكل كبير من مدة بدء العلاج المناسب بمضادات الميكروبات في البلدان المنخفضة والمتوسطة الدخل حيث تعتمد التشخيصات الميكروبيولوجية لتحديد البكتيريا و AST بشكل كبير على اختبارات النمط الظاهري التقليدية. وينبغي التحقق من صحة هذا النهج من خلال إجراء دراسة متعددة المراكز، وتأثيره المحتمل على نتائج المرضى، وكأداة للإشراف على مضادات الميكروبات ينبغي أن يكون محور التجارب السريرية المستقبلية في البلدان المنخفضة والمتوسطة الدخل.

وختاما، يكمل DIP ل aMIAST طريقة EUCAST RAST لتمكين التحديد المبكر لشبكات RR-GN. وهذا يغني عن الحاجة إلى الاعتماد على تقنيات متقدمة لتحديد الهوية الميكروبية وتقنيات AST لأن وقت الإبلاغ عن هذه الأساليب يمكن مقارنته بهذا النهج. في حالات البكتيريا سالبة الجرام ، يمكن تحقيق الإبلاغ في نفس اليوم من خلال طرق النمط الظاهري التقليدية ، إذا تم تحسينها إلى أقصى حد. ومن شأن ذلك أن يقلل من مدة العلاج الواسع النطاق بمضادات الميكروبات ويسهل الإشراف على مضادات الميكروبات في البيئات المحدودة الموارد.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ليس لدى المؤلفين ما يكشفون عنه.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تم تمويل الدراسة من خلال منحة البحث الداخلي المقدمة للدكتور أيوش جوبتا من قبل AIIMS Bhopal. نحن نعترف بمساهمة فنيي المختبرات والأطباء المقيمين الذين أجروا الاختبارات وقرأوها بجد خلال ساعات الروتين والطوارئ.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
<أقراص قوية > مضادة للميكروبات < / قوية >
قرص أميكاسين 30 وميكرو ؛ زهيميديا ، مومباي ، الهندSD035-1VLاختبار الحساسية لمضادات الميكروبات   ؛
قرص أموكسيكلاف (20/10 & micro; ز)Himedia ، مومباي ، الهندSD063-1VLاختبار الحساسية لمضادات الميكروبات   ؛
قرص Cefotaxime 5 & micro; زهيميديا ، مومباي ، الهندالحساسية لمضادات الميكروباتSD295E-1VL
قرص Ceftazidime 10 & micro; زهيميديا ، مومباي ، الهندSD062A-1VLاختبار الحساسية لمضادات الميكروبات   ؛
قرص سيبروفلوكساسين (5 & micro; ز)Himedia ، مومباي ، الهندSD060-1VLاختبار الحساسية لمضادات الميكروبات   ؛
قرص Co-Trimoxazole (23.75 / 1.25 & micro; ز)Himedia ، مومباي ، الهندSD010-1VLاختبار الحساسية لمضادات الميكروبات   ؛
قرص الجنتاميسين 10 وميكرو ؛ زهيميديا ، مومباي ، الهندSD016-1VLاختبار الحساسية لمضادات الميكروبات   ؛
قرص Imipenem 10 & micro; زهيميديا ، مومباي ، الهندSD073-1VLاختبار الحساسية لمضادات الميكروبات   ؛
قرص ليفوفلوكساسين 5 & ميكرو; زهيميديا ، مومباي ، الهندالحساسية لمضادات الميكروباتSD216-1VL
قرص Meropenem 10 & micro; g Himedia ، مومباي ، الهندSD727-1VLاختبار الحساسية لمضادات الميكروبات  
قرص بيبيراسيلين-تازوباكتام (30/6 & micro; ز)Himedia ، مومباي ، الهندالحساسية لمضادات الميكروباتSD292E-1VL
قرص توبرامايسين 10 & زهيميديا ، مومباي ، الهندSD044-1VLاختبار الحساسية لمضادات الميكروبات   ؛
ATCC الإشريكية القولونية < / em>25922علم الأحياء الدقيقة ، مينيسوتا الولايات المتحدة الأمريكية0335Aسلالة بكتيرية سالبة الجرام الموصى بها لمراقبة الجودة في RAST
BacT-Alert 3D 480bioMerieux ، مارسي د Etoille ، فرنسا412CM8423نظام زراعة الدم الآلي المستمر
خزانة السلامة الحيوية II Type A2Dyna Filters Pvt. Limited ، بيون ، الهندDFP-2 / 21-22 / 149للحماية من العوامل الخطرة والمعدية وللحفاظ على مراقبة الجودة
قاعدة أجار الدم رقم 2هيميديا ، مومباي ، الهندM834-500Gتحضير أجار الدم وأجار الشوكولاتة
نموذج أجهزة الطرد المركزي السريرية SP-8BLLaby Instruments ، أمبالا ، الهندHLL / 2021-22 / 021الطرد المركزي بسرعة منخفضة وعالية لفصل
الزجاجة الطافي S موزع الزجاجة القابل للتعديل التناظري ؛BrandTech ، Essex CT ، إنجلتراV1200الاستغناء عن كمية دقيقة من المحلول الملحي
MacConkey agar   ؛هيميديا ، مومباي ، الهندM008-500Gالوسائط التفاضلية لمخمرات اللاكتوز / غير المخمرات عصيات سالبة
الجرام ماصة دقيقة (100-1000 & ميكرو ؛ L)Axiflow Biotech Private Limited ، دلهي ، الهندNJ478162نقل المواد الطافية بعد الطرد المركزي الأول ، والتخلص من المادة الطافية بعد الطرد المركزي
أطراف الماصات الدقيقة (200-1000 & micro ؛ L)‎ Tarsons Products Pvt. Ltd., Kolkata, India521020نقل المواد الطاففية بعد الطرد المركزي الأول, التخلص من المواد الطافية بعد الطرد المركزي الثاني
Mueller-Hinton agar Himedia ، مومباي ، الهنداختبار الحساسية لمضادات الميكروبات M173-500Gبطريقة Kirby-Bauer لنشر القرص
حلقة Nichrome D-4Himedia ، مومباي ، الهندLA019للخطوط على وسائط الثقافة
سلك Nichrome مستقيمHimedia ، مومباي ، الهندLA022للطعنة
قفازات Nulife المعقمةMRK الرعاية الصحية Pvt Limited ، مومباي ، الهندمن أجل السلامة الاحتياطات
قارورة عادية (قارورة ذات قمة حمراء) ، مكنسة كهربائية BD متقدمةبيكتون ديكنسون ، كوكيسفيل ، ماريلاند ، الولايات المتحدة الأمريكية367815الحصول على الحبيبات بعد الطرد المركزي الثاني
لدم الأغنامللتجارة ، حيدر أباد ، الهند70014تحضير أنبوب أجار الدم وأجار الشوكولاتة
SST II ، مكنسة كهربائية BD متقدمةبيكتون ديكنسون ، كوكيسفيل ، دكتوراه في الطب ، الولايات المتحدة الأمريكية367954فصل المواد الطافية في الطرد المركزي الأول
مسحة قطنية معقمة (مع عصا خشبية)Himedia ، مومباي ، الهندPW005-1X500NOثقافة مرق ثقافة الدم لاختبار الحساسية لمضادات الميكروبات
حقنة تحت الجلد معقمة للاستخدام مرة واحدة 5 مل / سم مكعبNihal Healthcare ، سولان ، الهند2213805NB2تحضير الحصص من + aBC
VITEK DensiCHEK McFarland مجموعةمرجعيةبيوميريو ، مارسي د Etoille ، فرنسا422219مقياس الكثافة للتحقق من تعكر
محلول ملحي VITEK المعلق (0.45٪ NaClO)bioMerieux ، Marcy d ' Etoille, FranceV1204تعديل ماكفارلاند المعيار التعكر
VITEK أنبوب الوقوف بيوميريو ، مارسي د Etoille ، فرنسا533306-4 REVStand لوضع الأنابيب بشكل صحيح قبل تلقيح بطاقة الهوية
VITEKbioMerieux ، Marcy d ' Etoille ، فرنساأنابيب لإعداد اللقاح
VITEK-2 Compact 60bioMerieux ، Marcy d ' Etoille, FranceVKC15144تحديد الهوية الآلي ونظام AST
VITEK-2 GN بطاقةbioMerieux, Marcy d' إيتويل ، فرنسا21341تحديد العصيات سالبة الجرام
اختبار   ؛ اختبار   ؛ اختبار   ؛ موزع الثاني شركة Labline أنابيب

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Rudd, K. E., et al. regional, and national sepsis incidence and mortality, 1990–2017: analysis for the Global Burden of Disease Study. Lancet. 395 (10219), 200-211 (2020).
  2. Ikuta, K. S., et al. Global mortality associated with 33 bacterial pathogens in 2019: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2019. Lancet. 400 (10369), 2221-2248 (2022).
  3. Liu, V. X., et al. The timing of early antibiotics and hospital mortality in sepsis. Am J Resp Crit Care Med. 196 (7), 856-863 (2017).
  4. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. Methodology-EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 4.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , Basel. (2023).
  5. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. 33rd ed. CLSI. Clinical and Laboratory Standards Institute. , Wayne, PA. CLSI supplement M100 (2023).
  6. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. Methodology-EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 1.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , Basel. (2018).
  7. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. Zone diameter breakpoints for rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 1.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , Basel. (2018).
  8. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. Zone diameter breakpoints for rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 6.1. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , Basel. (2023).
  9. Soo, Y. T., Waled, S. N. M. B., Ng, S., Peh, Y. H., Chew, K. L. Evaluation of EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from blood culture bottles. Euro J Clin Microbiol Infect Dis. 39 (5), 993-998 (2020).
  10. Berinson, B., et al. EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST): Analytical performance and impact on patient management. J Antimicrob Chemother. 76 (5), 1332-1338 (2021).
  11. Strubbe, G., Messiaen, A. S., Vandendriessche, S., Verhasselt, B., Boelens, J. EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) compared to conventional susceptibility testing: implementation and potential added value in a tertiary hospital in Belgium. Acta Clinica Belgica: Int J Clin Lab Med. 78 (5), 385-391 (2023).
  12. Jasuja, J. K., Zimmermann, S., Burckhardt, I. Evaluation of EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) for positive blood cultures in clinical practice using a total lab automation. Euro J Clin Microbiol Infect Dis. 39 (7), 1305-1313 (2020).
  13. Martins, A., et al. Rapid antimicrobial susceptibility of Enterobacteriaceae by disk diffusion directly from blood culture bottles using the EUCAST RAST breakpoints. J Glob Antimicrob Resist. 22, 637-642 (2020).
  14. Ekwall-Larson, A., Fröding, I., Mert, B., Åkerlund, A., Özenci, V. Analytical performance and potential clinical utility of EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing in blood cultures after four hours of incubation. Microbiol Spectr. 11 (2), e500122(2023).
  15. Cerrudo, V., et al. Usefulness of EUCAST rapid antibiotic susceptibility breakpoints and screening cut-off values directly from blood cultures for the inference of β-lactam resistance mechanisms in Enterobacterales. JAC-Antimicrob Resist. 5 (1), 017(2023).
  16. Shan, Y., et al. Evaluation of the EUCAST rapid antimicrobial susceptibility test for enterobacterales-containing blood cultures in China. J Clin Microbiol. 60 (4), e0255921(2022).
  17. Jonasson, E., Matuschek, E., Kahlmeter, G. The EUCAST rapid disc diffusion method for antimicrobial susceptibility testing directly from positive blood culture bottles. J Antimicrob Chemother. 75 (4), 968-978 (2020).
  18. Tayşi, M. R., et al. Implementation of the EUCAST rapid antimicrobial susceptibility test (RAST) directly from positive blood culture bottles without the advanced identification systems. J Antimicrobial Chemotherapy. 77 (4), 1020-1026 (2022).
  19. Gupta, A., et al. A prospective study evaluating the effect of a ‘Diagnostic Stewardship Care-Bundle’ for automated blood culture diagnostics. J Glob Antimicrob Resist. 34, 119-126 (2023).
  20. Siddiqui, F., Gupta, A., Purwar, S., Saigal, S., Sharma, J. P. A prospective study to reduce turnaround time of microbiologically positive blood cultures in patients with sepsis in intensive care unit. Indian J Med Microbiol. 40 (4), 541-546 (2022).
  21. Gherardi, G., et al. Comparative evaluation of the Vitek-2 Compact and Phoenix systems for rapid identification and antibiotic susceptibility testing directly from blood cultures of Gram-negative and Gram-positive isolates. Diagnostic Microbiol Infect Dis. 72 (1), 20-31 (2012).
  22. Lemos, T. C., Cogo, L. L., Maestri, A. C., Hadad, M., Nogueira, K. daS. Is it possible to perform bacterial identification and antimicrobial susceptibility testing with a positive blood culture bottle for quick diagnosis of bloodstream infections. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical. 51 (2), 215-218 (2018).
  23. Funke, G., Funke-Kissling, P. Use of the BD PHOENIX automated microbiology system for direct identification and susceptibility testing of gram-negative rods from positive blood cultures in a three-phase trial. J Clin Microbiol. 42 (4), 1466-1470 (2004).
  24. Nimer, N. A., Al-Saa’da, R. J., Abuelaish, O. Accuracy of the VITEK 2 system for a rapid and direct identification and susceptibility testing of Gram negative rods and Gram-positive cocci in blood samples. East Mediterr Health J. 22 (3), 193-200 (2016).
  25. Quesada, M. D., et al. Performance of VITEK-2 Compact and overnight MicroScan panels for direct identification and susceptibility testing of Gram-negative bacilli from positive FAN BacT/ALERT blood culture bottles. Clin Microbiol Infect. 16 (2), 137-140 (2010).
  26. De Cueto, M., Ceballos, E., Martinez-Martinez, L., Perea, E. J., Pascual, A. Use of positive blood cultures for direct identification and susceptibility testing with the Vitek 2 system. J Clin Microbiol. 42 (8), 3734-3738 (2004).
  27. Munoz-Dávila, M. J., Yagüe, G., Albert, M., García-Lucas, T. Comparative evaluation of Vitek 2 identification and susceptibility testing of Gram-negative rods directly and isolated from BacT/ALERT-positive blood culture bottles. Euro J Clin Microbiol Infect Dis. 31 (5), 663-669 (2012).
  28. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. Quality control criteria for the implementation of the RAST method. Version 6.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , Basel. (2023).
  29. Chen, J. R., Lee, S. Y., Yang, B. H., Lu, J. J. Rapid identification and susceptibility testing using the VITEK 2 system using culture fluids from positive BacT/ALERT blood cultures. J Microbiol, Immunol Infect. 41 (3), 259-264 (2008).
  30. Bruins, M. J., Bloembergen, P., Ruijs, G. J. H. M., Wolfhagen, M. J. H. M. Identification and susceptibility testing of Enterobacteriaceae and Pseudomonas aeruginosa by direct inoculation from positive BACTEC blood culture bottles into Vitek 2. J Clin Microbiol. 42 (1), 7-11 (2004).
  31. Lupetti, A., Barnini, S., Castagna, B., Nibbering, P. H., Campa, M. Rapid identification and antimicrobial susceptibility testing of Gram-positive cocci in blood cultures by direct inoculation into the BD Phoenix system. Clin Microbiol Infect. 16 (7), 986-991 (2010).
  32. Barreales, A., Lara, M., Hernández, I., Díez, O. Rapid identification and susceptibility testing of Gram-positive cocci in BacT/ALERT blood cultures by direct inoculation into the Vitek 2 system. Rev Esp Quimioter. 24 (3), 131-135 (2011).

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Automated Microbial IdentificationEUCAST RAST MethodDirect Inoculum ProtocolGram Negative SepsisAntimicrobial Susceptibility TestingBlood Culture BottlesKirby Bauer Disc DiffusionRapid AST ProtocolBacterial IdentificationAntimicrobial Therapy

Related Articles