نصف هنا بروتوكولا لبناء وبرمجة وتشغيل نظام Circadian Rave ، وهو وحدة تحكم في الصمام الثنائي الباعث للضوء (LED) المستندة إلى Arduino لإدارة أنظمة الضوء المعقدة المتعددة.
يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية
مقالة منهجية
نصف هنا بروتوكولا لبناء وبرمجة وتشغيل نظام Circadian Rave ، وهو وحدة تحكم في الصمام الثنائي الباعث للضوء (LED) المستندة إلى Arduino لإدارة أنظمة الضوء المعقدة المتعددة.
التحكم الدقيق في الإضاءة له تطبيقات واسعة في جميع العلوم البيولوجية ، ولكن ليس أكثر من ذلك في البحوث اليومية. طورت الحياة على الأرض ساعات الساعة البيولوجية التي هي منظمات داخلية لعلم وظائف الأعضاء والسلوك التي تضغط على اليوم الشمسي الذي يبلغ 24 ساعة. لدراسة الساعة ، يعتمد الباحثون على التلاعب التجريبي إما للضوء أو درجة الحرارة لتثبيت إيقاعات الساعة البيولوجية. تستخدم معظم المختبرات حاليا إما معدات إضاءة متوفرة تجاريا أو داخلية لتقليد أو تعطيل ركوب الدراجات الطبيعي ليلا ونهارا. توفر هذه الأنظمة قابلية ودقة محدودة للبرمجة ، وتفتقر إلى التوحيد القياسي ، وفي بعض الحالات ، القدرة على تحمل التكاليف. لمعالجة هذه المشكلات ، قمنا بتطوير نظام Circadian Rave ، وهو حزمة برامج وأجهزة مخصصة تسمح بالتحكم الدقيق في صناديق الإضاءة المستقلة المتعددة. لقد جعلنا البرنامج مفتوح المصدر ، جنبا إلى جنب مع أدلة بناء الأجهزة التفصيلية ، بهدف توحيد البحث المستقبلي من خلال استخدام هذا النظام. لإثبات وظائف هذا النظام وفائدته في تجارب الساعة البيولوجية ، قمنا بقياس طول عمر ونشاط ذبابة الفاكهة في نماذج ضوئية مختلفة لإظهار التزامن اليومي والتعطيل من خلال التلاعب بالضوء. في الختام ، قمنا بتطوير نظام إضاءة موحد وقابل للتطوير وبأسعار معقولة يمكن بناؤه داخليا من قبل أي باحث لديه الحد الأدنى من المعرفة المسبقة في الإلكترونيات أو البرمجة.
يعد التحكم الدقيق في الضوء أمرا بالغ الأهمية في أي تجارب تشمل تقريبا. للتربية المختبرية لمثل هذه ، يمكن شراء حاضنات متاحة تجاريا ذات قدرة محدودة على برمجة أنظمة ركوب الدراجات المعقدة للضوء والظلام. تعد القدرة على برمجة أنظمة الإضاءة المعقدة ضرورية للعديد من مجالات الدراسة ، ولكنها ضرورية في أبحاث الساعة البيولوجية. الساعة البيولوجية ، المرتبطة باليوم الشمسي ، هي مذبذب داخلي ينظم التغيرات في علم وظائف الأعضاء والسلوك من الحشرات إلى الثدييات1. على هذا النحو ، بدأت أبحاث الساعة البيولوجية في التغلغل في العديد من مجالات البحث البيولوجي ، مثل التطوير2 ، والمناعة3 ، وأمراض الأمراض البشرية4. تعتمد دراسات الساعة البيولوجية بشكل كبير على استخدام الضوء أو درجة الحرارة للتلاعب بالساعة أو حتى تعطيلها من خلال التحكم الدقيق في التوقيت والشدة وركوب الدراجات5،6. حاليا ، هناك حاجة إلى نظام ميسور التكلفة وقابل للتطوير وموحد للتحكم في هذه المتغيرات لاستخدامها في التجارب اليومية.
بالإضافة إلى التلاعب بالساعة البيولوجية الداخلية ، تم تطوير العديد من أدوات البصريات الوراثية التي تستخدم أطوال موجية محددة من الضوء للتحكم في التعبير عن الجينات المحورة في الجسم الحي وفي المختبر. على سبيل المثال ، أدت قابلية التتبع الجيني الهائلة لذبابة الفاكهة السوداء إلى العديد من الأدوات البصرية الوراثية المتاحة للباحثين. على سبيل المثال ، يمكن تنشيط متغير shineGal4 الحساس للضوء لعامل النسخ Gal4 عند التعرض للضوء الأزرق وهو أداة مستخدمة بشكل روتيني من قبل العديد من المختبرات7،8،9. يميل الباحثون إلى تحقيق تغييرات ضوئية إما عن طريق تشغيل الأضواء يدويا أو عن طريق تحريض الليزر ، ولكن كلتا الطريقتين يمكن أن تفرض قيودا لوجستية وتقنية أثناء التصميم والتنفيذ التجريبي. ستكون القدرة على برمجة البداية والتوقف والطول الموجي المحدد وركوب الدراجات وشدة (جرعة) الضوء ذات فائدة قصوى.
لمنح الباحثين تحكما كاملا في ظروف الإضاءة ، قمنا بتصميم نظام Circadian Rave (CRS). هذا نظام بديل وبأسعار معقولة وافعل ذلك بنفسك (DIY) يمكن للباحثين بناؤه وتكييفه ، مما يسمح بالتخصيص الكامل لأنظمة الإضاءة. يعتمد النظام على متحكم Arduino الدقيق الذي يمكنه التحكم في ما يصل إلى ست قنوات LED مستقلة ، مما يجعل النظام ميسور التكلفة وقابلا للتطوير. تم استخدام المتحكمات الدقيقة مثل Arduinos بنجاح لصنع العديد من قطع معدات المختبر DIY بسبب سهولة استخدامها10،11،12. يمكن استخدام هذا النظام في الحاضنات الحالية وقد تم اختباره بنجاح في درجات حرارة تجريبية نموذجية ، مما يوفر مجموعة واسعة من الوظائف (4-37 درجة مئوية). يمكن للمستخدمين برمجة CRS عبر برنامج مخصص ومفتوح المصدر تم تطويره لأنظمة تشغيل متعددة. يحتوي البرنامج على واجهة مستخدم سهلة الاستخدام ، مما يسمح ببرمجة أنظمة الإضاءة المعقدة لتقليد أنماط الضوء الشمسي عن كثب. يمكن إنشاء أنظمة الإضاءة المخصصة هذه وحفظها ثم تحميلها لاحقا على المتحكم الدقيق ، بحيث يمكن استخدام مجموعة من أنظمة الإضاءة التي تم إنشاؤها مسبقا ، مما يوفر الوقت أثناء الإعداد التجريبي. بمجرد برمجة الجهاز ، يمكن فصله عن الكمبيوتر ، مما يتيح قابلية التوسع مقارنة بالأنظمة التقليدية التي تتطلب أجهزة كمبيوتر مخصصة لتشغيل أنظمة الإضاءة. لاختبار موثوقية CRS ، أجرينا تحليل العمر والنشاط على ذبابة الفاكهة المعرضة لأنظمة ضوئية مختلفة تم إنشاؤها بواسطة CRS. تم العثور على CRS لتنفيذ أنظمة إضاءة متعددة بشكل موثوق بشكل مستمر لعدة أشهر.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
1. بناء معيار الإبلاغ المشترك
ملاحظة: تم تصميم CRS ليتم بناؤه داخليا من قبل الباحثين ، وعلى هذا النحو ، فإن جميع المكونات متاحة تجاريا من بائعين متعددين (جدول المواد). الاستثناءات هي لوحات الدوائر المطبوعة (PCB) التي يجب إنتاجها تجاريا من قبل متخصصي طباعة ثنائي الفينيل متعدد الكلور أو عن طريق الاتصال بالمؤلفين. بالنسبة للإنتاج التجاري ، توجد ملفات Gerber في مستودع GitHub (@Trincatalyst / CRS / Hardware / gerber / microcontroller_PCB). عادة ما تحتوي أقسام الهندسة بالجامعة على مرافق طباعة ثنائي الفينيل متعدد الكلور. فيما يلي إرشادات مفصلة حول كيفية إنشاء وحدة CRS واحدة وفحص الجودة وبرمجتها.
2. إجراء تجربة
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
نظرة عامة على معيار الإبلاغ المشترك
CRS عبارة عن مزيج من الأجهزة والبرامج التي تسمح للمستخدمين ببرمجة أنظمة إضاءة معقدة لما يصل إلى ستة شرائط LED مستقلة لكل جهاز (الشكل 1 أ). يمكن تنزيل البرنامج بسهولة من مستودع GitHub (@Trincatalyst / CRS / Software) وداخل الصفحة الرئيسية للبرنامج ، يمكن العثور على مزيد من تعليمات الاستخدام التفصيلية (الشكل 1 ب). تم تصميم الأجهزة لتكون ميسورة التكلفة وسهلة البناء من قبل أي شخص ، ولا يلزم معرفة مسبقة بالإلكتر...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
للتحقيق في كيفية تأثير الضوء على علم وظائف الأعضاء والسلوك ، يلزم وجود جداول إضاءة معقدة ، عادة مع ظروف متعددة تعمل بالتوازي. يعد التحكم الدقيق في توقيت وشدة التعرض للضوء أمرا أساسيا أيضا للحصول على بيانات موثوقة وقابلة للتكرار في هذه التجارب اليومية. يمكن تحقيق ركوب الدراجات الخفيفة باستخدام الحاضنات المتوفرة تجاريا أو مصابيح LED المرتبطة بمقابس المؤقت الميكانيكية. ومع ذلك ، توفر هذه الأنظمة قدرة محدودة أو معدومة على برمجة معلمات ركوب الدراجات الخفيفة المعقدة ، وغالبا ما يطلب من المستخد...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
ليس لدى المؤلفين ما يكشفون عنه
نود أن نشكر الدكتور إدغار بول والبروفيسور جيمس هودج على استخدام نظام DAM وإرشادات الإعداد. كما نود أن نشكر البروفيسور بول مارتن على دعمه وتوجيهه في تطوير معيار الإبلاغ المشترك. تم دعم هذا العمل من خلال منحة BBSRC BB / T001984/1 الممنوحة للبروفيسور بول مارتن.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
| الاسم | الشركة | رقم فهرسي | التعليقات |
|---|---|---|---|
| 0.1 & F مكثف سيراميك | فارنيل | 2507749 | الكمية = 2 |
| 100 ك وأوميغا. المقاوم المحوري THT 250 ميجا واط | فارنيل | 3951804 | الكمية = 6 |
| 100 &أوميغا; المقاوم المحوري THT 250 ميجا واط | فارنيل | 3496799 | الكمية = 6 |
| 1 & F مكثف سيراميك | فارنيل | 2819603 | الكمية = 2 |
| 2.54 مم من خلال ثقب رأس التثبيت الأفقي - FTDI | فارنيل | 3756363 | الكمية = 6 |
| رؤوس اردوينو 10 اتجاهات | فارنيل | 1593417 | الكمية = 1 |
| رؤوس اردوينو 3 طريقة | فارنيل | 1593412 | الكمية = 1 |
| رؤوس اردوينو 8 طريقة | فارنيل | 1593416 | الكمية = 1 |
| اردوينو أونو R3 | اردوينو | A000066 | الكمية = 1 |
| برميل جاك | فارنيل | 224959 | الكمية = 1 |
| نظام الهذيان اليومي ثنائي الفينيل متعدد الكلور | مختبر مارتن | مختبر مارتن | 1 (120 شريطا أو 1 مكون LED مع ثنائي الفينيل متعدد الكلور LED) |
| الصمام الثنائي | فارنيل | 4245041 | الكمية = 1 |
| حماية دائرة الصمامات الإلكترونية | فارنيل | 4178928 | الكمية = 1 |
| كابل FTDI | فارنيل | 2419945 | الكمية = 1 |
| المصابيح | RS | 855-5933 | 120 شريطا أو 1 مكون LED مع ثنائي الفينيل متعدد الكلور LED |
| مزود الطاقة 15 واط | فارنيل | 2815857 | الكمية = 1 |
| محطات المسمار ؛ | فارنيل | 2314973 | الكمية = 6 |
| ST الإلكترونيات الدقيقة N-Channel MOSFET STP30NF10 | فارنيل | 9946403 | الكمية = 6 |
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.