1. تحضير المذيبات
- تحضير محلول متوسط لخلايا A549 / DDP: قم بزراعة خلايا A549 / DDP في وسط هام الكامل F-12K (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) ، مع استكماله بمصل بقري جنين بنسبة 10٪ (FBS ، انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) ، محلول البنسلين والستربتومايسين بنسبة 1٪ (P / S ، انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) ، و 2 ميكروغرام / مل سيسبلاتين (DDP ، انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل).
- تحضير محلول متوسط كامل: قم بإعداد محلول متوسط كامل عن طريق إضافة 50 مل من FBS و 5 مل من P / S إلى 500 مل من وسط F-12K من لحم الخنزير ، متبوعا بالخلط الشامل.
- تحضير محلول متوسط كامل يحتوي على سيسبلاتين: قم بوزن 1 مجم من مسحوق السيسبلاتين (DDP ، انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) وقم بإذابه في 1 مل من الماء المقطر المزدوج (ddH2O) لتحضير محلول المخزون. أضف 200 ميكرولتر من محلول المرق إلى 100 مل من الوسط الكامل (المحضر وفقا للخطوة 1.1.1) واخلطه جيدا لتحضير محلول عمل من وسط كامل يحتوي على 2 ميكروغرام / مل من السيسبلاتين.
ملاحظة: نظرا لأن السيسبلاتين مادة سامة للخلايا ، فقم بتنفيذ جميع الإجراءات في غطاء الدخان أو خزانة السلامة الحيوية وارتداء معدات الحماية مثل القفازات ومعاطف المختبر والنظارات الواقية.
- حل إعطاء β-Ele: استند تركيز الدواء المستخدم في هذه الدراسة إلى نتائج التجارب السابقة التي أجراها فريق البحثلدينا 20،21. قم بإذابة 1 مجم من β-Ele (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) في 20 ميكرولتر من ثنائي ميثيل سلفوكسيد (DMSO ، انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) لتحضير محلول المخزون. قم بتخفيف محلول المرق إلى 25 مل باستخدام وسط كامل للحصول على محلول عمل β-Ele 40 ميكروغرام / مل.
ملاحظة: نظرا لأن DMSO يمكن أن يعزز امتصاص المواد الأخرى عبر الجلد ، فقم بتنفيذ جميع خطوات التشغيل في غطاء الدخان أو خزانة السلامة الحيوية وارتداء معدات الحماية مثل القفازات وملابس المختبر والنظارات الواقية.
2. زراعة الخلايا
- استخدم خط الخلايا المقاوم لسرطان الرئة الغدي البشري (A549 / DDP ، Procell ، انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) في هذه الدراسة. تأكد من أن خط الخلية هذا قد تم تحديده عن طريق تحليل التكرار الترادفي القصير (STR) ومطابقته بنجاح مع السلالات القياسية في ATCC وقواعد البيانات الأخرى.
- بالنسبة لطريقة تحليل STR ، اجمع ما يقرب من 1 × 106 خلايا ، واستخرج الحمض النووي الجيني باستخدام مجموعة استخراج الحمض النووي التجارية (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل).
- استخدم نظام STR متعدد الإرسال تم التحقق من صحته ومناسب لكتابة الحمض النووي لتضخيم 20 موقعا من مواقع STR جنبا إلى جنب مع موضع تحديد الجنس. قم بإجراء تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل في ظل ظروف التدوير الحراري التالية: التمسخ الأولي عند 95 درجة مئوية لمدة دقيقتين ، متبوعا ب 29 دورة من التمسخ عند 94 درجة مئوية لمدة 30 ثانية ، والتلدين عند 59 درجة مئوية لمدة 45 ثانية ، والتمديد عند 72 درجة مئوية لمدة 45 ثانية ، مع خطوة تمديد نهائية عند 72 درجة مئوية لمدة 10 دقائق.
- قم بتحليل منتجات تفاعل البوليميراز المتسلسل الناتجة عن طريق الرحلان الكهربائي الشعري باستخدام محلل جيني آلي وفقا لتعليمات الشركة المصنعة. هنا ، تم إجراء كتابة الأليل باستخدام برنامج تحليل الشظايا (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) ، مع تعيين عتبة الكشف عن الذروة عند 150 وحدة مضان نسبي (RFU).
ملاحظة: تمت مقارنة المظهر الجانبي STR المتولد 20 موضع مع الملامح المرجعية لخطوط الخلايا A549/DDP المتوفرة في قواعد البيانات العامة. اعتبر معدل المطابقة الذي يتجاوز 80٪ مؤشرا على التماثل. أكد عدم وجود قمم أليل غريبة عدم وجود تلوث متبادل.
- استرجع الخلايا من النيتروجين السائل وضعها في حمام مائي 37 درجة مئوية لإذابة الجليد بسرعة حتى يذوب السائل تماما. انقل تعليق الخلية إلى أنبوب طرد مركزي سعة 5 مل ، وأضف مجلدين من المحلول المتوسط الكامل ، وأعد تعليق الخليط برفق. بعد الطرد المركزي (358 × جم ، 5 دقائق ، درجة حرارة الغرفة) ، تخلص من المادة الطافية بعناية.
ملاحظة: عند استخدام أنابيب الحفظ بالتبريد الخلوية من النيتروجين السائل ، ارتد قفازات مضادة للتجمد ونظارات واقية أو قناع للوجه ، ولا تواجه فم الأنبوب.
- أعد تعليق حبيبات الخلية في 1 مل من الوسط الكامل باستخدام ماصة لطيفة ، ثم قم بتخفيف التعليق إلى 10 مل بإضافة 9 مل من الوسط الكامل. قم بزرع الخلايا في أطباق زراعة الخلايا مقاس 100 مم وزرعها في حاضنة (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) عند 37 درجة مئوية و 5٪ ثاني أكسيد الكربون2. تم الحفاظ على نسبة مرور الخلية بين 1: 2 و 1: 3.
ملاحظة: سيسبلاتين هو دواء العلاج الكيميائي البلاتيني مع سمية خلاوية. في هذه الطريقة ، يتم زراعة خلايا A549 / DDP بوسط يحتوي على سيسبلاتين. لذلك ، قم بجمع وسط زراعة النفايات الذي يحتوي على السيسبلاتين في برميل سائل نفايات خاص وأرسله بانتظام إلى شركة معالجة النفايات الخطرة للتخلص منه بشكل احترافي.
3. تعداء البلازميد
- استخدم بنية البلازميد للإفراط في التعبير LINC00511 و LINC00511 استهداف siRNA خاص بالجين (معرف الجين: 400619 ؛ معرف النسخ: NR_033876.1) لتعداء الخلية. يتم توفير تسلسلات siRNA المستخدمة في الجدول 1.
| تسلسل siRNA |
| اسم | الإحساس 5'-3' | Antisense 5'-3' |
LINC00511 - هومو - 1625
| CAGCUGUGAACUUCUCCUUUATT
| UAAAGGAAGUUCACACCUGTT |
الجدول 1: قائمة تسلسل siRNA
- حدد بشكل عشوائي خلايا A549 / DDP التي تم تمريرها إلى الجيل الثالث بعد الإنعاش ، وقم بتلقيحها بشكل موحد في ألواح مكونة من 6 آبار بكثافة 1 × 105 خلايا / بئر. تم ترقيم كل بئر عشوائيا ، وتم تخصيص الآبار لمجموعات تجريبية بناء على هذه الأرقام العشوائية.
- قم بنقل الخلايا باستخدام كاشف التعدي (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) عندما تصل كثافتها إلى 70٪ تقريبا.
- تحضير محلول تعداء siRNA.
- امزج 250 ميكرولتر من الحد الأدنى من الوسط الأساسي المحسن (Opti-MEM ، انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) مع 5 ميكرولتر من كاشف التعدي ، وقم بدوامة برفق 3-5x لضمان التجانس ، واحتضانه في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق.
- خفف 5 ميكرولتر من siRNA (50 نانومتر) في 250 ميكرولتر من Opti-MEM ، دوامة برفق 3-5x لخلطها جيدا. اجمع بين كاشف التعداء المخفف مع محلول siRNA واحتضانه في درجة حرارة الغرفة لمدة 20 دقيقة لتشكيل مركب تعداء siRNA.
- تحضير محلول تعداء البلازميد.
- امزج 250 ميكرولتر من Opti-MEM مع 5 ميكرولتر من كاشف الإرسال ، وقم بدوامة برفق 3-5x لضمان التجانس ، واحتضانها في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق.
- قم بتخفيف 2 ميكروغرام من البلازميد في 250 ميكرولتر من Opti-MEM ، مع دوامة برفق 3-5x لضمان الخلط الشامل. اجمع بين كاشف التعداء المخفف مع محلول البلازميد واحتضانه في درجة حرارة الغرفة لمدة 20 دقيقة لتحضير محلول تعداء البلازميد.
- أضف محلول تعداء siRNA ومحلول تعداء البلازميد إلى الألواح المكونة من 6 آبار ، على التوالي. أضف 1,500 ميكرولتر من الوسط الكامل لكل بئر. امزج ألواح الخلايا برفق قبل الإضافة وبعدها لضمان التوزيع المتساوي. احتضان الألواح عند 37 درجة مئوية ، 5٪ ثاني أكسيد الكربون2 لمدة 24 ساعة بعد التعدي قبل التحليل.
4. الكشف عن كفاءة التعدي عن طريق تفاعل البوليميراز المتسلسل للنسخ العكسي الكمي (qRT-PCR)
ملاحظة: خذ الخلايا بعد التعدي لمدة 24 ساعة في الخطوة 3.3 لاكتشاف qRT-PCR وفقا للإجراء التالي. تم إجراء جميع التجارب في ثلاثة تكرارات بيولوجية مستقلة (ن = 3).
- استخراج الحمض النووي الريبي
- استخدم مجموعة شفط الحمض النووي الريبي فائقة النقاء (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل). تخلص من الوسط في اللوحة المكونة من 6 آبار وفقا لتعليمات المجموعة واغسل الخلايا باستخدام PBS. بعد ذلك ، أضف 500 ميكرولتر من محلول كاشف التحلل القائم على الفينول والجوانيدين إلى كل بئر ، وقم بتفجير الخلايا برفق بطرف البندقية لتعليقها بالكامل ، ونقل الخليط إلى أنبوب الطرد المركزي. اتركه لمدة 5 دقائق لضمان التحلل الكامل لعينة الخلية.
- أضف 100 ميكرولتر من كاشف تحلل الفينول جوانيدين إيزوثيوسيانات ، ورجه بحدة لمدة 15 ثانية ، واتركه لمدة دقيقتين في درجة حرارة الغرفة. أخيرا ، قم بشفط الطور المائي العلوي بعناية ، وانقله إلى عمود الامتزاز ، وجهاز الطرد المركزي عند 13,400 × جم لمدة 10 دقائق عند 4 درجات مئوية.
- ربط الحمض النووي الريبي بغشاء هلام السيليكا. اغسله باستخدام Buffer RW1 و Buffer RW2 لإزالة البروتينات. بعد ذلك ، أضف DNase I لهضم الحمض النووي المتبقي وقم بإجراء غسيل ثانوي باستخدام Buffer RW2 لضمان الإزالة الكاملة للشوائب. أخيرا ، اجمع عينات الحمض النووي الريبي عن طريق مسح الحمض النووي الريبي بالماء الخالي من RNase والطرد المركزي عند 13,400 × جم لمدة 1 دقيقة.
- قياس تركيز الحمض النووي الريبي.
- ضع كل 1.5 ميكرولتر من محلول الحمض النووي الريبي العينة في كاشف الحمض النووي الدقيق (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) واقرأ قيم A260 / A280.
ملاحظة: إذا كانت قيم A260 / A280 المقاسة ضمن النطاق من 1.8 إلى 2.0 وكان تركيز الحمض النووي الريبي بين 20 نانوغرام / ميكرولتر و 200 نانوغرام / ميكرولتر ، فهذا يشير إلى أن جودة الحمض النووي الريبي مقبولة ويمكن استخدامها في التجارب اللاحقة.
- بناء على القياسات ، قم بتخفيف محلول الحمض النووي الريبي بماء ثنائي إيثيل بيروكربونات (DEPC) لضمان تركيزات متسقة من الحمض النووي الريبي لجميع العينات ، باستخدام الحد الأدنى لتركيز الحمض النووي الريبي المقاس كمعيار ، متبوعا بتجارب تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR).
- النسخ العكسي للحمض النووي الريبي
- استخدم الحمض النووي الريبي الكلي المستخرج كقالب وقم بتصنيع (كدنا) وفقا لتعليمات مجموعة النسخ العكسي (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل). قم بإعداد نظام التفاعل وفقا لمتطلبات المجموعة.
- أضف محلول الحمض النووي الريبي المستخرج ونظام التفاعل إلى أنبوب من ثمانية صفوف ، وقم بتعيين بئرين مكررين في كل مجموعة. ابدأ التفاعل بظروف متسلسلة: 15 دقيقة من الحضانة عند 37 درجة مئوية ، 5 ثوان من التمسخ الحراري عند 85 درجة مئوية ، 5 دقائق تبريد عند 4 درجات مئوية.
- تفاعل تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)
- قم بإجراء تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) الكمي الفلوري في الوقت الفعلي (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) باستخدام المزيج الرئيسي لتفاعل البوليميراز المتسلسل المختلط مسبقا القائم على SYBR Green (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل). استخدم GADPH كجين مرجعي ، مع تسلسلات أولية مدرجة في الجدول 2 ، وقم بإعداد خليط التفاعل على النحو التالي: أضف بالتتابع 0.4 ميكرولتر من التمهيدي المقابل ، و 2 ميكرولتر من قالب (كدنا) ، وخليط التفاعل إلى أنبوب شريطي مكون من ثمانية آبار لتحقيق حجم التفاعل النهائي.
- تشغيل تضخيم PCR: 95 درجة مئوية 30 ثانية (دورة واحدة) ، 95 درجة مئوية 5 ثوان (40 دورة) ، 60 درجة مئوية 20 ثانية (40 دورة). احسب مستويات التعبير النسبية للجينات المستهدفة باستخدام طريقة 2 -ΔΔCt 25. كرر جميع التجارب ثلاث مرات بشكل مستقل لضمان موثوقية البيانات.
ملاحظة: يجب جمع النفايات الكيميائية المتولدة أثناء الإجراءات التجريبية في حاويات نفايات خطرة مخصصة والتخلص منها من قبل خدمات إدارة النفايات الخطرة المعتمدة وفقا للسياسات المؤسسية.
| تسلسل التمهيدي |
| التمهيدي | تسلسل (5'-3') |
| الإنسان LINC00511 F | TTTCCCAGCACAGCTCAATC
|
| الإنسان LINC00511 ر | TCCCTTCTCCCTCGGTCA |
| جابد إف | AATCCCATCACCATCTTCCA |
| جابد دي إتش آر | AAATGAGCCCCAGCCCTCT |
الجدول 2: التسلسلات التمهيدية لمقايسات تفاعل البوليميراز المتسلسل
5. كشف EdU
- تقييم تأثير التعبير LINC00511 المتغير على تكاثر خلايا A549 / DDP باستخدام مجموعة فحص EdU (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل).
- حدد بشكل عشوائي خلايا A549 / DDP التي تم تمريرها إلى الجيل الثالث بعد الإنعاش ، وقم بتلقيحها بشكل موحد في ألواح 24 بئرا بكثافة 2 × 104 خلايا / بئر.
ملاحظة: هنا ، تم إجراء جميع التجارب في ثلاث تكرارات بيولوجية مستقلة (ن = 3).
- قم بترقيم كل بئر بشكل عشوائي ، وقم بتعيين الآبار لواحدة من أربع مجموعات تجريبية بناء على هذه الأرقام العشوائية: المجموعة الضابطة ، ومجموعة β-Ele ، ومجموعة β-Ele + LINC00511 الإفراط في التعبير (β-Ele + OV-LINC00511) ، ومجموعة β-Ele + LINC00511 ضربة قاضية (β-Ele + si-LINC00511).
- عندما تصل كثافة الخلية إلى حوالي 70٪ ، قم بإجراء تعداء البلازميد ومعالجة التداخل وفقا للخطوة 3.3. بعد 24 ساعة من التعدي ، تخلص من الوسط الأصلي وأضف 1 مل من المحلول المتوسط الذي يحتوي على β-Ele (40 ميكروغرام / مل) إلى كل بئر من مجموعة العلاج الدوائي.
- احتضان الخلايا باستخدام EdU لوضع العلامات عليها بعد معالجتها ب 40 ميكروغرام / مل من β-Ele لمدة 24 ساعة. ثم قم بإصلاح الخلايا بنسبة 4٪ بارافورمالدهيد لمدة 10 دقائق ونفغلها بنسبة 0.5٪ Triton X-100.
- أضف محلول تفاعل النقر (المحضر عن طريق إذابة قارورة واحدة من كاشف Click Additive المقدم من المجموعة في 1.3 مل من الماء منزوع الأيونات مع الخلط الشامل) في الظلام وحافظ على التفاعل في الظلام لمدة 30 دقيقة. اغسل الخلايا باستخدام PBS بعد اكتمال التفاعل ، متبوعا بتلوين Hoechst لمدة 5 دقائق. أخيرا ، لاحظ النتائج باستخدام المجهر الفلوري (الشكل 1 والشكل 2).
ملاحظة: DMSO شديد النفاذية وسائل قابل للاشتعال. في هذا المخطط، يحتوي حل إدارة β-Ele على DMSO. لذلك ، قم بجمع محلول إدارة β-Ele في برميل سائل نفايات خاص بعد الاستخدام وتسليمه إلى شركة معالجة النفايات الخطرة للتخلص منه بشكل احترافي على أساس منتظم.
6. الكشف عن محتوى الجلوكوز
ملاحظة: تم إجراء جميع التجارب في ثلاثة مكررات بيولوجية مستقلة (ن = 3).
- حدد بشكل عشوائي خلايا A549 / DDP التي تم تمريرها إلى الجيل الثالث بعد الإنعاش ، وقم بتلقيحها بشكل موحد في ألواح مكونة من 6 آبار بكثافة 1 × 105 خلايا / بئر. قم بترقيم كل بئر بشكل عشوائي ، وقم بتعيين الآبار للمجموعات التجريبية بناء على هذه الأرقام العشوائية.
- عندما تصل كثافة الخلية إلى ما يقرب من 70٪ ، استمر في تعداء البلازميد والتداخل كما هو موضح في الخطوة 3.3. بعد 24 ساعة من التعدي ، عالج الخلايا في المجموعات المعالجة ب 40 ميكروغرام / مل من β-Ele.
- بعد 24 ساعة من العلاج بالعقاقير ، اجمع وسط الثقافة العلوي من الخلايا وقم بطرده عند 1000 × جم لمدة 5 دقائق. اجمع المادة الطافية. وفقا للتعليمات الموجودة في مجموعة اختبار الجلوكوز (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) ، قم بإعداد محلول التفاعل واخلطه جيدا مع المادة الطافية.
- ضع العينات في ألواح 96 بئرا مع خمسة آبار مكررة لكل مجموعة. رج الأطباق برفق واحتضانها عند 37 درجة مئوية لمدة 10 دقائق. قم بقياس امتصاص كل بئر باستخدام قارئ صفيحة دقيقة بطول موجي 505 نانومتر ، واحسب محتوى الجلوكوز باستخدام الصيغة المتوفرة في مجموعة الاختبار:

هنا ،معيار C = 5.55 مليمول / لتر ، N = عامل التخفيف.
ملاحظة: يجب جمع النفايات الكيميائية المتولدة أثناء الإجراءات التجريبية في حاويات نفايات خطرة مخصصة والتخلص منها من قبل خدمات إدارة النفايات الخطرة المعتمدة وفقا للسياسات المؤسسية.
7. الكشف عن محتوى حمض اللاكتيك
ملاحظة: تم إجراء جميع التجارب في ثلاثة مكررات بيولوجية مستقلة (ن = 3).
- حدد بشكل عشوائي خلايا A549 / DDP التي تم تمريرها إلى الجيل الثالث بعد الإنعاش ، وقم بتلقيحها بشكل موحد في ألواح من 6 آبار (1 × 105 خلايا / بئر). قم بترقيم كل بئر بشكل عشوائي ، وقم بتعيين الآبار للمجموعات التجريبية بناء على هذه الأرقام العشوائية. عندما تصل كثافة الخلية إلى ما يقرب من 70٪ ، استمر في تعداء البلازميد والتداخل كما هو موضح في الخطوة 3.3. بعد 24 ساعة من التعدي ، عالج الخلايا في المجموعات المعالجة ب 40 ميكروغرام / مل من β-Ele.
- بعد 24 ساعة من العلاج بالعقاقير ، اجمع وسط الثقافة العلوي من الخلايا وقم بطرده عند 1000 × جم لمدة 5 دقائق. اجمع المادة الطافية. وفقا للتعليمات الواردة في مجموعة اختبار حمض اللاكتيك (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) ، قم بإعداد محلول التفاعل واخلطه جيدا مع المادة الطافية
- أضف ما مجموعه 250 ميكرولتر من العينة إلى كل بئر من صفيحة مكونة من 96 بئرا ، مع وضع خمسة آبار مكررة لكل مجموعة. رج الطبق برفق واحتضنه عند 37 درجة مئوية لمدة 10 دقائق. قم بقياس امتصاص كل بئر بطول موجي 530 نانومتر باستخدام قارئ صفيحة دقيقة (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) ، واحسب محتوى اللاكتات باستخدام الصيغة المتوفرة في مجموعة الاختبار:

هنا ، معيار C = 3 مليمول / لتر ، N = عامل التخفيف.
ملاحظة: يجب جمع النفايات الكيميائية المتولدة أثناء الإجراءات التجريبية في حاويات نفايات خطرة مخصصة والتخلص منها من قبل خدمات إدارة النفايات الخطرة المعتمدة وفقا للسياسات المؤسسية.
8. السائبة الحمض النووي الريبي seq
- إنشاء نموذج قاعدة بيانات
- حدد خلايا A549 / DDP للتجربة وقسمها إلى المجموعات التالية: المجموعة الضابطة ، مجموعة DDP ، مجموعة β-Ele (40 ميكروغرام / مل) + مجموعة DDP (48 ميكرومتر) ، مجموعة β-Ele + DDP + OV-LINC00511 ومجموعة β-Ele + DDP + si-LINC00511. قم بتضمين 3 عينات في كل مجموعة.
- استخراج إجمالي الحمض النووي الريبي من كل مجموعة خلايا. استخدم مجموعة عزل mRNA القائمة على الخرزة المغناطيسية (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) لإثراء mRNA حقيقيات النواة ، حيث ترتبط الخرزات المطلية ب Oligo (dT) بشكل انتقائي بذيول poly (A) من mRNA عبر الاقتران الأساسي AT أضف المخزن المؤقت للتجزئة (1 ميكرولتر / ميكروغرام من الحمض النووي الريبي ، انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل) واحتضانه عند 94 درجة مئوية لمدة 7 دقائق لتقسيم الرنا المرسال إلى أجزاء قصيرة.
- تابع تخليق (كدنا) لأول حبلا باستخدام بادئات سداسية عشوائية وفقا لتعليمات الشركة المصنعة. لتخليق (كدنا) للخيط الثاني ، أضف كميات مناسبة من المخزن المؤقت للتفاعل و RNase H و DNA polymerase I لإكمال العملية.
- قم بإجراء الإصلاح النهائي والذيل A على (كدنا) مزدوج الشريطة عن طريق الحضانة عند 25 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة (الإصلاح النهائي) ، متبوعا مباشرة ب 72 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة (A-tailing). ربط محولات التسلسل بالأجزاء التي تم إصلاحها في النهاية.
- قم بتنقية المنتجات المربوطة وتحديد الحجم باستخدام حبات السيليكا المغناطيسية المعدلة بالكربوكسيل (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل). أخيرا ، قم بإنشاء مكتبة التسلسل عن طريق تضخيم PCR.
- بعد إعداد العينة ، قم بتحليل مكتبة التسلسل على منصة DNBSEQ-T7 (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل). قم بتحميل العينة على شريحة مصفوفة دقيقة منقوشة للتسلسل.
ملاحظة: قام الجهاز بجمع الإشارات الضوئية وقراءتها وتحديدها باستخدام نظام تصوير عالي الدقة لتحديد معلومات تسلسل القواعد الفردية. بعد ذلك ، قم بإجراء دورات تسلسل إضافية للحصول على تسلسل القواعد التالية. بعد دورات متعددة ، تم إنشاء بيانات التسلسل الأولية.
- تحليل المعلوماتية الحيوية
- تسلسل العينات على الجهاز للحصول على البيانات الأولية ، والمعروفة أيضا باسم البيانات خارج الماكينة. علاوة على ذلك ، قم بمعالجة بيانات التسلسل باستخدام fastp (الإصدار 0.21.0). قم بإزالة القراءات التي تحتوي على تسلسلات محول 3 بوصات وتخلص من القراءات منخفضة الجودة بمتوسط درجة جودة أقل من Q20 كجزء من معايير التصفية الأساسية. إجراء جميع التحليلات النهائية بناء على البيانات النظيفة وعالية الجودة.
ملاحظة: قم بإجراء التصفية الأولية لبيانات التسلسل باستخدام fastp. ارجع إلى الوثائق الرسمية لمجموعات البيانات النسخية (https://github.com/OpenGene/fastp#rna-seq-processing) للحصول على معلمات سطر الأوامر المحددة.
- استخدم FastQC (الإصدار 0.12.0) لتقييم جودة بيانات التسلسل التي تم تنظيفها. متطلبات الجودة هي كما يلي: يجب أن يكون لدى 90٪ على الأقل من القواعد درجة جودة أعلى من Q20 ، ويجب ألا تتجاوز النسبة المئوية لتسلسلات المحول المتبقية 1٪. تعتبر البيانات التي تفي بهذه المعايير مؤهلة ويمكن استخدامها للتحليل النهائي.
ملاحظة: قم بتقييم جودة بيانات التسلسل التي تم تنظيفها باستخدام FastQC، باتباع الإرشادات الرسمية (https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/).
- تحليل التعبير الجيني
- استخدم برنامج DESeq2 لإجراء تحليل التعبير التفاضلي بين مجموعتي المقارنة.
- أولا ، أدخل البيانات في البرنامج لإنشاء DESeq DataSet. بعد ذلك ، قم بتصفية الجينات ذات العدد الإجمالي أقل من 10 في جميع العينات.
- أخيرا ، قم بإجراء التحليل الجيني التفاضلي واستخرج النتائج. شروط فحص الجينات المعبر عنها تفاضليا هي كما يلي: تغيير الطية في التعبير |log2FoldChange | > 1 ، وأهمية padj ≤ 0.05.
ملاحظة: للحصول على خطوات التشغيل التفصيلية لبرنامج DESeq2 ، يرجى الرجوع إلى الخطوات التفصيلية على الموقع الرسمي: https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html.
9. الكشف عن تغيرات مستوى تعبير البروتين عن طريق اللطخة الغربية (WB)
ملاحظة: تم إجراء جميع التجارب في ثلاثة مكررات بيولوجية مستقلة (ن = 3).
- قم بإجراء النشاف الغربي لتحديد مستويات التعبير عن البروتين الخلوي.
- حدد بشكل عشوائي خلايا A549 / DDP التي تم تمريرها إلى الجيل الثالث بعد الإنعاش ، وقم بتلقيحها بشكل موحد في ألواح مكونة من 6 آبار بكثافة 1 × 105 خلايا / بئر.
- قم بترقيم كل بئر بشكل عشوائي ، وقم بتعيين الآبار لإحدى المجموعات التجريبية الست بناء على هذه الأرقام العشوائية: Control و β-Ele و OV-LINC00511 و si-LINC00511 و β-Ele + OV-LINC00511 و β-Ele + si-LINC00511.
- عندما تصل كثافة الخلية إلى حوالي 70٪ ، قم بإجراء تعداء البلازميد والتداخل كما هو موضح في الخطوة 3.3. بعد 24 ساعة من التعدي ، قم بتعريض مجموعة المعالجة ل β-Ele (40 ميكروغرام / مل) ، مع توفير وسط جديد للمجموعة الضابطة. ثقافة كلا المجموعتين لمدة 24 ساعة إضافية.
- بعد ذلك ، اجمع كريات الخلية عن طريق الطرد المركزي عند 1675 × جم لمدة 5 دقائق. قم بتحليل كل مجموعة من الخلايا مع 500 ميكرولتر من المخزن المؤقت لتحلل RIPA الذي يحتوي على 1 ملي مولار PMSF على الجليد لمدة 30 دقيقة (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل).
- جهاز الطرد المركزي تحلل الخلية عند 13,400 × جم لمدة 10 دقائق عند 4 درجات مئوية وجمع المادة الطافية. قم بقياس تركيزات البروتين باستخدام مجموعة مقايسة تركيز بروتين BCA (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل). افصل كميات متساوية من عينات البروتين بنسبة 10٪ SDS-PAGE وانقلها إلى أغشية فلوريد البولي فينيلدين (PVDF) عن طريق الرحلان الكهربائي.
- اغمر الأغشية في محلول مانع (5٪ حليب خالي الدسم / محلول ملحي مخزن ب Tris مع 0.1٪ Tween-20 (TBST)) لمدة ساعتين في درجة حرارة الغرفة واحتضانها طوال الليل عند 4 درجات مئوية مع الأجسام المضادة الأولية ضد GLUT1 و PKM2 و LDHA و β-catenin و GSK-3β (1: 1000) و β-Actin (1: 2000 ، انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل).
- في اليوم التالي ، اغسل الأغشية ثلاث مرات باستخدام TBST ، 5 دقائق لكل منها ، في درجة حرارة الغرفة مع رج لطيف.
- في اليوم التالي ، احتضن الأغشية بمحاليل الأجسام المضادة الثانوية (الماعز المضاد للأرانب المسمى HRP IgG ، 1: 2000) ورجها برفق في درجة حرارة الغرفة لمدة 1 ساعة.
- أخيرا ، أضف 0.1 مل / سم2 من محلول اللوني ECL المتاح تجاريا لتغطية أغشية PVDF بالكامل. احتضن لمدة 1 دقيقة في درجة حرارة الغرفة قبل التعرض. تصور وتحليل النطاقات باستخدام نظام تلألؤ كيميائي محسن (انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل). يرجى الرجوع إلى الشكل 4 ج والشكل 5 ب.
ملاحظة: يجب جمع النفايات الكيميائية المتولدة أثناء الإجراءات التجريبية في حاويات نفايات خطرة مخصصة والتخلص منها من قبل خدمات إدارة النفايات الخطرة المعتمدة وفقا للسياسات المؤسسية.
10. التخدير الإحصائي
ملاحظة: تم إجراء جميع التجارب في ثلاثة مكررات بيولوجية مستقلة (ن = 3).
- قم بتنظيم البيانات التجريبية حسب المجموعة وإدخالها في برنامج GraphPad Prism (الإصدار 8.0.2 ؛ انظر جدول المواد للحصول على التفاصيل). إجراء تصور البيانات وتحليل الدلالة الإحصائية وفقا لإرشادات البرنامج. تم التعبير عن بيانات القياس بمتوسط ± انحراف معياري. تم تقييم الاختلافات الإحصائية بين المجموعات باستخدام ANOVA أحادي الاتجاه مع حساب حجم تأثير η² (eta-squared) ، متبوعا باختبار Tukey للمقارناتالمتعددة 26. ضع في اعتبارك أن ** P < 0.01 له دلالة إحصائية.