مقالة منهجية

عائلة سيرتوين في أبحاث الخلايا الجذعية الميزنشيمية لنخاع العظم: تحليل ببليومتري باستخدام Web of Science و R

DOI:

10.3791/68913

⸱

ديسمبر 30, 2025

 ,  , 
1Department of Prosthodontics, Tianjin Stomatological Hospital, School of Medicine, Nankai University, 2Tianjin Key Laboratory of Oral and Maxillofacial Function Reconstruction, 3Department of Periodontics, Tianjin Stomatological Hospital, School of Medicine, Nankai University

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

توفر هذه الدراسة بروتوكولا ببليومتريا لتحديد اتجاهات البحث في عائلة سيرتوين في دراسات الخلايا الجذعية الميزانشيمية لنخاع العظم باستخدام Web of Science وR.

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تقدم هذه الدراسة بروتوكولا ببليومتريا شاملا لرسم خرائط منهجية لاتجاهات البحث وهياكل المعرفة لعائلة سيرتوين (SIRTs) في أبحاث الخلايا الجذعية الميزنكيمية لنخاع العظم. يتضمن البروتوكول استرجاع الأدبيات المنظمة من مجموعة Web of Science الأساسية باستخدام مصطلحات بحث محددة مسبقا، وتطبيق معايير الإدراج والاستبعاد الصريحة لفحص المقالات والمراجعات باللغة الإنجليزية، والتحليل الببليوميتري المعمق عبر حزمة bibliometrix في R. تشمل الخطوات المنهجية الرئيسية استرجاع البيانات وتنظيفها، والتحليل الإحصائي الوصفي، وتقييم الكلمات المفتاحية المتزامنة، ورسم خرائط شبكات التعاون، وتوليد المواضيع التطور وخرائط البنية المفاهيمية. كشف تحليلنا ل 496 مقالة مؤهلة (2009-2024) عن زيادة ملحوظة في المنشورات السنوية، حيث برزت الصين كالمساهم الرئيسي. تم تحديد جامعة سوشو والمؤلف إل ي ي كأنهما المؤسسة الأكثر إنتاجية والمؤلف على التوالي. شملت الكلمات المفتاحية عالية التكرار "الخلايا الجذعية الميزنكيمية"، و"الإجهاد التأكسدي" و"SIRT1"، مع رسم خرائط موضوعية تبرز مواضيع حركية مثل الشيخوخة والإجهاد التأكسدي. هذا الإطار المنهجي القابل للتكرار والشفاف لا يحدد فقط نقاط البحث الساخنة الحالية، بل يوفر أيضا نهجا صارما وقابلا للتوسع لتوليف الأدبيات واسعة النطاق، يدعم التقييمات العلمية المستقبلية وتقييمات الاتجاهات في المجال بوضوح وقابلية إعادة إنتاج محسنة.

المقدمة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الخلايا الجذعية هي خلايا غير متمايزة قادرة على التجديد الذاتي والتمايز، مما يوفر إمكانات علاجية كبيرة. الخلايا الجذعية البالغة، مثل الخلايا الجذعية المتوسطة لنخاع العظم (BMSCs)، تستخدم على نطاق واسع في تجديد الأنسجة بسبب سهولة وصولها ونقص القضايا الأخلاقية مقارنة بالخلايا الجذعية الجنينية1. هي خلايا غير مسببة للدموية من نخاع العظم قادرة على التمايز إلى أنواع خلايا مختلفة وتشارك في إصلاح الأنسجة وعلاج الأمراض2،3.

الخلايا الجذعية البالغة موجودة في أنسجة مختلفة، بما في ذلك نخاع العظم والدهون والجلد، وتتجنب المخاوف الأخلاقية المرتبطة بالخلايا الجذعية الجنينية4. تحافظ هذه الخلايا على تجمع الخلايا الجذعية وتدعم تجدد الأنسجة من خلال التمايز 5,6. يحتوي نخاع العظم على خصوص خلايا جذعية متوسطة الشكل تهاجر إلى الأنسجة التالفة وتساهم في التجدد 7,8. تشمل التطبيقات علاج السرطان، وتآكل الأقراص بين الفقرات، واضطرابات المناعة9،10.

تتكون عائلة سيرتوين (SIRTs) من سبعة إنزيمات تعتمد على NAD+ (SIRT1-SIRT7) تنظم وظائف خلايا متنوعة، بما في ذلك التعبير الجيني وإصلاح الحمض النووي والتمثيل الغذائي11. ومن المهم أن نشاطهم يتم تعديله بواسطة منشطات محددة مختلفة (مثل الريسفيراترول ل SIRT1، NAD⁺ السابقات) والمثبطات (مثل النيكوتيناميد، EX-527 ل SIRT1)، وهي أدوات بحثية حاسمة وعوامل علاجية محتملة12. هذه البروتينات متمركزة في أقسام تحت الخلوية المختلفة وقد تم اتخاذها في عمليات بيولوجية حيوية. سلطت عدة دراسات الضوء على أهمية SIRTs في تنظيم استجابة الإجهاد التأكسدي، والشيخوخة، والتمايز العظامي في BMSCs12,13. الخلايا الجذعية المتوسطة النخاع العظمي هي خلايا غير مسببة للدم مشتقة من نخاع العظم وقادرة على التمايز إلى أنواع مختلفة من الخلايا مثل الخلايا العظمية، الخلايا الغضروفية، والخلايا الدهنية، وتلعب أدوارا حيوية في إصلاح الأنسجة وعلاج أمراض مختلفة، بما في ذلك تنكس الأقراص بين الفقرات، والسرطان، واضطرابات المناعة2،9،10.

على الرغم من تزايد حجم الأدبيات حول SIRTs وBMSCs، إلا أن هناك توليفة شاملة لاتجاهات البحث وهياكل المعرفة مفقودة. على الرغم من أن المراجعات السردية والمنهجية التقليدية تقدم نقاشا معمقا وتقييما نقديا، إلا أنها قد تكون ذاتية وتستغرق وقتا، خاصة في المجالات الكبيرة وسريعة التطور. على النقيض من ذلك، يوفر التحليل الببليومتري نهجا موضوعيا كميا لتحليل كميات كبيرة من بيانات النشر، مما يمكن من تحديد اتجاهات البحث والمساهمين الرئيسيين والنقاط الساخنة الناشئة من خلال التحليل الإحصائي والشبكي14. يعزز رسم خرائط المعرفة ذلك أكثر من خلال تمثيل البنية الفكرية والتطورات الديناميكية داخل مجال البحث بصريا، مما يوفر ميزة فريدة في رسم المشهد المفاهيمي وكشف أنماط خفية قد تغفل في المراجعات النوعية 15,16,17.

تستخدم هذه الدراسة نهجا ببليومتريا لرسم خريطة بنية المعرفة لSIRTs في أبحاث BMSC. من المهم ملاحظة أن التحليل يعتمد فقط على مقالات ومراجعات باللغة الإنجليزية تم استرجاعها من مجموعة الويب أوف ساينس (WOS) الأساسية، والتي، مع ضمان جودة البيانات واتساقها، قد تستبعد الدراسات ذات الصلة المنشورة بلغات أخرى أو المفهرسة في قواعد بيانات أخرى. ومع ذلك، من خلال استخدام حزمة الكتب في R، تهدف هذه الدراسة إلى تحليل موضوعي لشبكات التطوير والتعاون والتركيزات الموضوعية في هذا المجال، مما يوفر رؤى قيمة ويوجهت اتجاهات البحث المستقبلية.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

استخدمت هذه الدراسة فقط بيانات ببليوغرافية متاحة للجمهور ولم تشمل البشر أو. لذلك، لم تكن موافقة لجنة الأخلاقيات مطلوبة.

1. تصميم الدراسة

  1. إجراء تحليل ببليومتري استعادي للأدبيات المنشورة حول عائلة SIRTs في أبحاث الخلايا الجذعية المتوسطة لنخاع العظم.
  2. جمع الأدبيات من نواة WOS وإجراء عمليات استرجاع منظمة، وفرز، وتحليل كمي، وتصور بيانات ببليوغرافية.

2. استرجاع الأدب

  1. افتح نواة WOS واختر قاعدة بيانات SCI-Expanded (جميع رموز التشغيل ونقاط الفحص معروضة في (الملف التكميلي 1).
  2. استخدم استراتيجية البحث التالية: TS=('خلية جذعية ميزنكيمية*' أو 'خلية سترومالية ميزنكيمية*' أو 'خلية سترومالية نخاع العظم*' أو 'خلية سترومالية ميزنكيمية متعددة الفعاليات' أو 'خلية جذعية ميزنكيمية في نخاع العظم*') AND TS=('sirt*' أو 'sirtin' أو 'sirt' أو 'sirt1' أو 'sirt2' أو 'SIRT3' أو 'SIRT6')
  3. تصفية النتائج لتشمل فقط مقالات المجلات الإنجليزية ومقالات المراجعة.
  4. حدد تاريخ النشر إلى 1 نوفمبر 2024.
  5. تصدير المراجع المختارة كملف نصي عادي يحتوي على السجلات الكاملة والمراجع المذكورة.

3. عرض الأدبيات

  1. استخدم معايير الإدراج التالية:
    1. نوع الدراسة: مقالات بحثية أصلية ومقالات مراجعة
    2. اللغة: مقالات منشورة بالإنجليزية
  2. استخدم معايير الاستبعاد التالية:
    1. إزالة المنشورات المكررة.
    2. استبعد الدراسات التي لا تتعلق أساسا ب SIRTs وBMSCs (مثل الدراسات التي تركز على أهداف SIRT أخرى، أو أنواع خلايا أخرى، أو أمراض غير مرتبطة).
    3. استثنا أنواع المقالات مثل ملخصات الاجتماعات، وقائع المؤتمرات، والافتتاحيات، والرسائل، والتصحيحات، وفصول الكتب، وبراءات الاختراع.
    4. استبعد الدراسات التي لا تتوفر نصها الكامل.

4. تنظيف البيانات

  1. افتح ملف النص المصدر بلغة R باستخدام حزمة bibliometrix.
  2. حول ملف النص إلى إطار بيانات باستخدام الدالة convert2df().
  3. استبعد المقالات المكررة.
  4. قم بفحص العناوين والملخصات لإزالة الأدبيات غير ذات الصلة.

5. تحليل البيانات

  1. قم بتثبيت حزم R، bibliometrix، ggplot2، igraph، factoextra، وwordcloud من شبكة أرشيف R الشاملة باستخدام وظيفة install.packages().
  2. حلل عدد المنشورات السنوية، إنتاجية المؤلفين، مساهمات الدول، المخرجات المؤسسية، ومقاييس الاستشهاد.
  3. حدد تردد الكلمات المفتاحية واتجاهات النمو باستخدام keywordGrowth().
  4. بناء شبكات تعاون بين الدول والمؤسسات باستخدام networkPlot().
  5. تقييم توزيع المجلات وتأثيرها باستخدام وظائف تحليل المصدر.

6. التصور

  1. استخدم دالتي thematicMap() و conceptualStructure() لتوليد خرائط تطور موضوعي وبنية مفاهيمية.
  2. تصدير الرسوم البيانية بصيغ عالية الدقة (تنسيق مستند محمول [PDF] أو تنسيق ملف صورة موسوم [TIFF]) لعرض الأشكال.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

بيانات النشر العامة

تم استرجاع ما مجموعه 580 مقالة من مجموعة WOS الأساسية باستخدام استراتيجية البحث التفصيلية. بعد تطبيق معايير الإدراج والاستبعاد المحددة مسبقا لإزالة 84 سجلا غير مرتبط (مثل الدراسات التي لم تركز بشكل أساسي على SIRTs في BMSCs أو أنواع النشر غير ذات الصلة مثل ملخصات الاجتماعات) أو المكررات، تم تضمين 496 مقالة مؤهلة في التحليل النهائي. جميع المقالات المدرجة نشرت باللغة الإنجليزية وركزت على عائلة SIRTs في سياق BMSCs.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

حاليا، هناك العديد من الدراسات حول عائلة SIRTs وBMSCs، ومع ذلك لا يوجد توليفة شاملة لاتجاهات الأبحاث. سيرتوين 6 هو عضو فريد من عائلة SIRTs المعروفة وله مجموعة متنوعة من الوظائف في مسارات جزيئية مختلفة تتعلق بإصلاح الحمض النووي، وتحليل السكر، وتكوين الجلوكونو، وتكوين الأورام، والتنكس العصبي، وتضخم القلب18,19. تسلط أدوارها التنظيمية الواسعة الضوء على إمكاناتها الانتقالية الرئيسية في الأمراض المرتبطة بالعمر وعلاج السرطان. لقد ثبت أن...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

لا يوجد لدى المؤلفين تضارب مصالح للكشف عنها.

شكر وتقدير

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

نشكر جميع أعضاء مجموعتنا البحثية على مساهماتهم وملاحظاتهم أثناء إعداد المخطوطات.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
كمبيوتر يعمل بنظام التشغيل ويندوز 11شركة مايكروسوفت، ريدموند، واشنطن، الولايات المتحدة الأمريكية)
Rالإصدار 4.4.1، مؤسسة R للحوسبة الإحصائية، فيينا، النمساحزم Bibliometrix (الإصدار 4.3.1)، ggplot2، igraph، FactoExtra، وورد كلاود

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Henden, C., et al. NK cell cytotoxicity towards pluripotent stem cells and their neural progeny: impacts of activating and inhibitory receptors and KIR/HLA mismatch. Stem Cells. 42 (3), sxae083(2024).
  2. Zhang, Q., et al. Sodium ferulate attenuates ischaemic stroke by mediating the upregulation of thrombospondin-4 expression and combined treatment with bone marrow mesenchymal stem cells. Exp Neurol. 385 (1), 115124(2024).
  3. Kilic, K. C., et al. Therapeutic potential of adult stem cells-derived mitochondria transfer combined with curcumin administration into ARPE-19 cells in age-related macular degeneration model. Tissue Cell. 93 (1), 102687(2024).
  4. Kurani, H. P., Slingerland, J. M. DOT1L mediates stem cell maintenance and represents a therapeutic vulnerability in cancer. Cancer Res. 84 (5), Online ahead of print (2024).
  5. Ghoshal, D., et al. Multi-niche human bone marrow on-a-chip for studying the interactions of adoptive CAR-T cell therapies with multiple myeloma. Biomaterials. 316 (1), 123016(2024).
  6. Lee, Y. J., et al. Medium-sized rotator cuff tears repaired with transosseous-equivalent technique plus bone marrow stimulation yielded similar short-term outcomes regardless of whether complete or incomplete footprint coverage was achieved. Arthroscopy. 41 (7), 2262-2268 (2024).
  7. Hajivalili, M., et al. Traumatic brain injury: comprehensive overview from pathophysiology to mesenchymal stem cell-based therapies. Int Immunopharmacol. 146 (1), 113816(2024).
  8. Bartholomew, A., et al. Mesenchymal stem cells suppress lymphocyte proliferation in vitro and prolong skin graft survival in vivo. Exp Hematol. 30 (1), 42-48 (2002).
  9. Di Nicola, M., et al. Human bone marrow stromal cells suppress T-lymphocyte proliferation induced by cellular or nonspecific mitogenic stimuli. Blood. 99 (10), 3838-3843 (2002).
  10. Liao, Z., et al. Engineering extracellular vesicles restore the impaired cellular uptake and attenuate intervertebral disc degeneration. ACS Nano. 15 (9), 14709-14724 (2021).
  11. Gao, J., et al. The dynamic in vivo distribution of bone marrow-derived mesenchymal stem cells after infusion. Cells Tissues Organs. 169 (1), 12-20 (2001).
  12. Sacconnay, L., Carrupt, P. A., Nurisso, A. Human sirtuins: structures and flexibility. J Struct Biol. 196 (3), 534-542 (2016).
  13. Rajabi, N., et al. Targeting sirtuins: substrate specificity and inhibitor design. Prog Mol Biol Transl Sci. 154 (1), 25-69 (2018).
  14. Qiu, J. The definition of bibliometrics and its research object. Lib Sci Newsl. 71 (1), (1986).
  15. Guo, Y., et al. Dynamic research on the development of low-carbon technology at home and abroad based on bibliometrics and knowledge map visualization methods. Inf Sci. 33 (1), 139-148 (2015).
  16. Liu, X., et al. Based on CiteSpace, the research status and trend visualization analysis of traditional Chinese medicine in the treatment of chloasma in the past 20 years were analyzed. Acta Chin Med. 35 (10), 2480-2486 (2020).
  17. Mo, J., et al. Research progress of traditional Chinese medicine injection in the treatment of chronic kidney disease based on CiteSpace analysis. J Tradit Chin Med Univ Hunan. 40 (12), 1389-1395 (2020).
  18. Frye, R. A. Phylogenetic classification of prokaryotic and eukaryotic Sir2-like proteins. Biochem Biophys Res Commun. 273 (3), 793-798 (2000).
  19. Whitaker, R., et al. Increased expression of Drosophila Sir2 extends life span in a dose-dependent manner. Aging (Albany NY). 5 (9), 682-691 (2013).
  20. Sun, H., et al. SIRT6 regulates osteogenic differentiation of rat bone marrow mesenchymal stem cells partially via suppressing the nuclear factor-kappaB signaling pathway. Stem Cells. 32 (7), 1943-1955 (2014).
  21. Zhang, P., et al. SIRT6 promotes osteogenic differentiation of mesenchymal stem cells through BMP signaling. Sci Rep. 7 (1), 10229(2017).
  22. Ding, Y., et al. Sirtuin 3 is required for osteogenic differentiation through maintenance of PGC-1α-SOD2-mediated regulation of mitochondrial function. Int J Biol Sci. 13 (2), 254-264 (2017).
  23. Gao, J., et al. SIRT3/SOD2 maintains osteoblast differentiation and bone formation by regulating mitochondrial stress. Cell Death Differ. 25 (2), 229-240 (2018).
  24. Wang, H., et al. Sirt1 promotes osteogenic differentiation and increases alveolar bone mass via bmil activation in mice. J Bone Miner Res. 34 (6), 1169-1181 (2019).
  25. Sun, W., et al. Overexpression of Sirt1 in mesenchymal stem cells protects against bone loss in mice by FOXO3a deacetylation and oxidative stress inhibition. Metabolism. 88 (1), 61-71 (2018).
  26. Wang, Y., et al. Upregulation of Sirt1 by kartogenin enhances antioxidant functions and promotes osteogenesis in human mesenchymal stem cells. Oxid Med Cell Longev. 2018 (1), 1368142(2018).
  27. Lv, Y. J., et al. Resveratrol counteracts bone loss via mitofilin-mediated osteogenic improvement of mesenchymal stem cells in senescence-accelerated mice. Theranostics. 8 (9), 2387-2406 (2018).
  28. Chen, G., et al. Bibliometric analysis of oridonin research based on CNKI. Chin J Inf Tradit Chin Med. 26 (3), 104-109 (2019).
  29. Editorial Department of Chinese Journal of Minimally Invasive Neurosurgery. Standardization of keyword indexing. Chin J Minim Invasive Neurosurg. 26 (2), 89(2021).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

R SIRT1

مقالات ذات صلة