Method Article

إيزي فيجي: واجهة رسومية لمعالجة الصور الفلورية سهلة الاستخدام في فيجي

DOI:

10.3791/69441

⸱

February 20th, 2026

 , 
1Center for Bioimage Informatics, St. Jude Children's Research Hospital, 2Cell and Tissue Imaging Center, St. Jude Children's Research Hospital

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

إيزي فيجي هو إضافة واجهة مستخدم رسومية لفيجي (ImageJ) توفر مجموعة مختارة من أدوات تصوير ومعالجة الصور الفلورية التي يستخدمها علماء الحياة بشكل متكرر.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fiji (Fiji is just imageJ) هو حزمة معالجة صور مفتوحة المصدر واسعة وقابلة للتوسعة، تستخدم على نطاق واسع من قبل مجتمع تحليل الصور البيولوجية. ومع ذلك، بالنسبة لعلماء الحياة غير الحاسوبيين، يتطلب التفاعل اليدوي مع قدرات فيجي المتعددة التعلم والتنقل في نظام قوائم متعدد الطبقات. علاوة على ذلك، فإن السلوكيات الافتراضية لبعض الأوامر غير مثالية لعرض ومعالجة صور الفلورة. لزيادة كفاءة علماء الحياة الذين يعملون مع صور المجهر الفلوري، طورنا EasyFiji، وهي إضافة واجهة مستخدم رسومية (GUI) مختارة لفيجي. يتم تنفيذ كل أمر من EasyFiji عبر أزرار ومنزلقات معززة بالتلميح، ودائما ما يعرض تنفيذا حسب القناة، كما هو مطلوب لصور الفلورة. الأوامر التي تغير شدة البكسلات يمكن أيضا إلغاء الأوامر بنقرة واحدة لتمكين معالجة تفاعلية أكثر، ويمكن تسجيلها وحفظها تلقائيا كنص لحفظ السجلات. لوحة معلومات الصورة تعرض إعدادات ضرورية لتفسير الصورة. كما تتوفر وظائف جديدة لعرض الصور وتصحيح التبييض. الإضافة متاحة مجانا على GitHub وكموقع تحديث فيجي. يوضح هذا البروتوكول الخطوات اللازمة لاستخدام واجهة إيزي فيجي لتصوير ومعالجة صور المجهر الفلوري.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

فيجي (Fiji is Just ImageJ) هي حزمة معالجة صور مفتوحة المصدر واسعة وقابلة للتوسعة، تستخدم على نطاق واسع من قبل مجتمع تحليل الصور الحيوية 1,2. يمكن للمحللين الحاسوبيين الاستفادة من قاعدة الشيفرة الكبيرة من الخوارزميات العامة في فيجي، إلى جانب لغة الماكرو وواجهة الإضافات، بشكل مريح لتقديم حل لأي مشكلة تقريبا في معالجة الصور أو تحليلها. ومع ذلك، بالنسبة لمستخدمي علوم الحياة الذين لديهم خبرة حاسوبية قليلة، فإن أوامر فيجي البالغة >1,100 موزعة عبر نظام قوائم منسدلة عميق الطبقات يمكن أن تكون معقدة للغاية في التنقل والاستخدام الفعال. تم اتباع عدة طرق لتبسيط الاستخدام اليدوي لفيجي. شريط....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يصف هذا البروتوكول كيفية تثبيت واستخدام EasyFiji.

1. لتركيب إيزي فيجي...

  1. قم بتنزيل أحدث إصدار من فيجي (>1.54g) المناسب لنظام التشغيل وتثبيته في مجلد يمكن للمستخدم الوصول إليه للقراءة/الكتابة (انظر جدول المواد لرابط موقع التحميل الخاص بفيجي).
  2. إطلاق فيجي وانتقل إلى المساعدة | تحديث... في شريط القائمة.
  3. في نافذة المحدث ، انقر على إدارة تحديث المواقع. اختر EasyFiji من القائمة، ثم اضغط على تطبيق وإغلاق. سيتم تثبيت EasyFiji تلقائيا، وسيتم تحديث Fiji تلقائيا مع الإصد....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يمكن استخدام الرسومات شبه الملونة لصور الفلورة متعددة القنوات لتوضيح العلاقات المكانية أو الشدة بين الإشارات؛ ومع ذلك، تقدم فيجي الأصلية فقط تقنية عرض مركب RGB تخلط بين التلوين والسطوع على المستوى الإدراكي. لتوضيح هذه المشكلة، يستخدم الشكل 2 صورة قناتين ل N-Myc وRNA بوليميراز II (RNAPolII). في الشكل 2A، يتم عرض كل قناة بشكل منفصل كمتدرجة رمادية بحيث لا توجد معلومات لونية (قد تكون مربكة). في الشكل 2B.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

فيجي هو برنامج مفتوح المصدر لمعالجة وتحليل الصور يحظى بشعبية واسعة بين محللي الصور. ومع ذلك، فإن واجهة القائمة المعقدة وسلوكياتها غير البديهية أحيانا فيما يتعلق بعرض ومعالجة صور الفلورة تشكل تحديات لعلماء الحياة غير الحاسوبيين. تقدم EasyFiji لعلماء الحياة مجموعة مختارة من الأزرار والمنزلقات المنظمة موضوعيا والمدعمة بالتلميحات التي تظهر باستمرار سلوكيات خاصة بالقنوات كما هو مطلوب عند العمل مع صور الفلورة. جميع أوامر المعالجة غير قابلة للتنفيذ، مما يتيح التفاعل ويمكن تسجيلها وحفظها تلقائيا.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يعلن المؤلفون أنه لا توجد لديهم مصالح مالية متنافسة أو تضارب مصالح آخر.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

نشكر أعضاء مركز سانت جود لتصوير الخلايا والأنسجة ومركز المعلوماتية الحيوية على تعليقاتهم على المخطوطة. تم توفير الصور البيولوجية بلطف من: الشكل 2: ميليسا مارزان وتانجا ميتاج؛ الشكل 3: بنغ وي وجيمس مورغان؛ الشكل 4A: آرون بيتري؛ الشكل 4B: آرون بيتري وو جونغ تشو؛ الشكل 5A: هيلين تشين وهيذر ميفورد؛ الشكل 5B: سوراديب سينها وجيدري كرينسيوتي.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
موقع EasyFiji GitHubالمصدر المفتوحhttps://github.com/stjude/EasyFiji
منتدى إيزي فيجي Image.scالمصدر المفتوحhttps://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617
موقع إيزي فيجي ImageJ.netالمصدر المفتوحhttps://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start
برنامج فيجيالمصدر المفتوحhttps://imagej.net/software/fiji/downloads
مشغل وسائط VLCالمصدر المفتوحhttps://www.videolan.org/vlc/

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Schindelin, J., et al. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).
  2. Rueden, C. T., et al. ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data. BMC Bioinformatics. 18 (1), 5....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Fluorescence Image ProcessingFiji PluginGraphical User InterfaceBioimage AnalysisChannel AdjustmentBleach CorrectionMaximum Intensity ProjectionColocalization AnalysisImage MetadataGaussian Blur

Related Articles