مقالة بحثية

تحديد التصنيف الريبي (RNA-seq) للغدد اللمفاوية المتصفية والنقائلية في سرطان الثدي الإيجابي HER2 يحدد POSTN كعلامة تنبؤية

DOI:

10.3791/69570

⸱

يناير 16, 2026

 ,  , 
1Department of Breast Surgery, Boai Hospital of Zhongshan, 2Department of Surgery, Boai Hospital of Zhongshan

* These authors contributed equally

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

نكشف عن برنامج يركز على مصفوفة خارج الخلية وPI3K-AKT يكمن وراء انتشار العقد اللمفاوية في سرطان الثدي الإيجابي HER2، ونحدد POSTN كمؤشر توقعات ضعيفة، يدعم تصنيف المخاطر واستراتيجيات علاجية موجهة للمسار.

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

سرطان الثدي الإيجابي HER2 قوي سريريا وينتشر بشكل متكرر إلى العقد اللمفاوية الإقليمية، ومع ذلك لا تزال البرامج النمطية المرتبطة بانتشار العقد غير محددة بشكل كامل. هنا، قمنا بتحليل العقد اللمفاوية التي تصرف الورم (TDLN) والعقد اللمفاوية المرتبطة بالورم المنتشر (TMLN) المتطابقة من ست مرضى مصابين بسرطان الثدي الإيجابي HER2 باستخدام تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq). تم إجراء تحليل التعبير التفاضلي باستخدام DESeq2، مع تطبيق تصحيح بنجاميني-هوشبرغ (FDR < 0.05) وعتبة تغير الطي المطلقة log2 (|log2FC| ≥ 1). حددنا 237 جينا معبرا عن التفاضل (182 تم تنظيمه بشكل مرتفع و55 خفضة في TMLN مقابل TDLN). سلطت تحليلات الإثراء الوظيفي الضوء على تفاعل المصفوفة خارج الخلية (ECM) مع مستقبلات، وإشارات PI3K-AKT، والالتصاق البؤري، واستقلاب الكوليسترول كمسارات بارزة مرتبطة بالعقد اللمفاوية النقائلية، مما يشير إلى إعادة تشكيل ECM المنسقة وتنشيط الإشارات أثناء انتشار العقد. من بين الجينات الأكثر تنظيما، برز POSTN كمرشح رئيسي وكان مرتبطا أيضا بخصائص سريرية مرضية سلبية. في مجموعة التحقق المستقلة (n = 120)، ارتبط التعبير الأعلى ل POSTN ببقاء أقل من الأمراض دون أمراض. بشكل مجتمع، ترشح هذه النتائج POSTN كمؤشر حيوي تنبؤي محتمل وتدعم آليات تركز على ECM وPI3K-AKT كخصائص بيولوجية قابلة للتنفيذ لانتشار العقد اللمفاوية في سرطان الثدي الإيجابي HER2.

المقدمة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

سرطان الثدي (BC) هو أكثر أنواع السرطان تشخيصا لدى النساء وأحد الأسباب الرئيسية للوفيات بسبب السرطان على مستوى العالم، مع عبء كبير ومتزايدفي الصين. حوالي 15٪-20٪ من سرطان الحمل إيجابية ل HER2 (HER2+)، وتتميز بتضخيم/التعبير الزائد ل ERBB2 ونمط ظاهري عدواني مع مخاطر أعلى للعودة والوفاة 2,3. على الرغم من أن العلاج الجهازي المضاد ل HER2 قد حسن النتائج بشكل ملحوظ، إلا أن نسبة كبيرة من المرضى لا يزالون ينتكسون أو يطورون انتشارات، مما يبرز الحاجة إلى تصنيف المخاطر البيولوجي المستنير وخيارات علاجية جديدة4.

انتشار العقد اللمفاوية (LNM) هو عامل محوري محدد في المرحلة، واختيار العلاج المساعد، والتوقعات في كولومبيا البريطانية؛ تورط الإبط ينذر ببقاء ضعيف ويسهل انتشار الأعضاء البعيدةأكثر 5،6. ومع ذلك، لا تزال المؤشرات الحيوية القوية التي تلتقط بيولوجيا انتشار العقدة في مرض HER2+ محدودة، والعوامل السريرية المرضية الحالية تفسر جزئيا فقط تباين النتائج7.

التطورات في تسلسل الحمض النووي الريبي تمكن من التنميط الديناميكي الواسع النطاق على مستوى النسخ الديناميكي، وأصبحت الآن معتمدة على نطاق واسع في الأورام الانتقالية8. ومع ذلك، تركز معظم دراسات التعبير في HER2+ BC على الأورام الأولية أو المجموعات غير المتوافقة، في حين أن التنميط المقارن للعقد اللمفاوية التي تستنزف الأورام (TDLN) والعقد اللمفاوية النقائلية (TMLN) المتطابقة يكون محدودا، مما يحد من الرؤية حول البرامج الجزيئية التي تكمن وراء استعمار وتقدم العقد9.

استنادا إلى الأهمية السريرية لانتشار العقد اللمفاوية والأدلة السابقة التي تشير إلى إعادة تشكيل مصفوفة خارج الخلايا (ECM) وتنشيط PI3K-AKT في البذور النقيلية10، افترضنا أنه داخل نفس المريض، ستظهر العقد اللمفاوية النقائية الورمية (TMLN) برنامجا نسخيا مميزا مقارنة بالعقد اللمفاوية التي تصفي الأورام (TDLN) المطابقة، وأن مجموعة فرعية من الجينات المرتبطة ب ECM التي ترفع تنظيمها باستمرار ستكون مرتبطة بخصائص سريرية مرضية سلبية و خطر التكرار. لاختبار هذه الفرضية، قمنا بتحليل TDLN وTMLN المرتبطين بستة مرضى إيجابيين بفيروس HER2 لتحديد الجينات المعبر عنها بشكل مختلف (DEGs) والمسارات المرتبطة بانتشار العقد. ثم أعطينا الأولوية ل POSTN وقمنا بتقييم أهميته التنبؤية في مجموعة مستقلة، وربطنا إعادة تشكيل ECM وإشارات PI3K-AKT بتصنيف المخاطر السريري المفيد في سرطان الثدي HER2+. تفاصيل تقييم HER2 (وفقا لمعايير ASCO-CAP المعاصرة)، ومراقبة جودة التسلسل، واستدعاء DEG مع DESeq2 وتحكم بنجاميني-هوشبرغ FDR، وإجراءات التحقق هنا11,12.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تمت الموافقة على هذه الدراسة من قبل لجنة الأخلاقيات المؤسسية وأجريت وفقا لإعلان هلسنكي واللوائح المحلية التي تحكم استخدام العينات الحيوية البشرية. تمت الموافقة على هذه الدراسة من قبل لجنة الأخلاقيات في مستشفى بواي في تشونغشان (KY-2020-012-124). تم الحصول على موافقة كتابية مستنيرة من جميع المشاركين قبل أي إجراء خاص بالدراسة.

مجموعات الدراسة والعينات
تكونت مجموعة الاكتشاف من أنسجة مزدوجة من العقد اللمفاوية المفرفة للورم (TDLN) والعقد اللمفاوية النقائلية (TMLN) التي جمعت أثناء العملية من 6 مرضى يعانون من سرطان الثدي الإيجابي HER2. لكل مريض، تم تعريف TDLN المتطابق كعقدة لمفاوية متصفية بدون دليل نسيجي على النقائل، وخدم كمقارن تحكم داخل المريض، بينما كان TMLN نسيج نقيلي مؤكد من قبل علم الأمراض. تم شطف الأنسجة الطازجة لفترة وجيزة في محلول ملحي بارد بفوسفات (PBS)، ثم جففت بسرعة، ثم تجمدها في النيتروجين السائل خلال 30 دقيقة من الاستئصال، وتخزينها عند -80 درجة مئوية حتى الاستخلاص. كانت معايير الإدراج هي سرطان الثدي الغازي المؤكد مرضيا، وحالة إيجابية HER2 حسب ASCO/CAP، وتوفر العقد المزدوجة، وعدم وجود علاج مساعد جديد. كانت معايير الاستبعاد هي عدد سلامة الأنسجة أو RNA غير الكاف < 7.0. عينة واحدة تم فحصها في البداية فشلت في اختبار QC بسبب RIN < 7.0 وتم استبعادها، لذا تستخدم جميع تحليلات الاكتشاف بشكل متسق n = 6. تضمنت مجموعة التحقق المستقلة 120 عينة أرشيفية من عقد FFPE اللمفاوية مع متابعة سريرية، واستخدمت لتحليل qRT-PCR والنتائج. في النمذجة التنبؤية، تمت مقارنة المرضى بمجموعات تعبير POSTN (عالية مقابل منخفضة، مع نقطة قطع تحددها بلاطة X)، حيث كانت المجموعة المنخفضة هي المقارن المرجعي. تم استبعاد الحالات التي تحتوي على متغيرات متابعة مفقودة أو غير مكتملة من النمذجة التنبؤية.

مبرر حجم العينة (الاكتشاف والتحقق)
استخدمت مرحلة الاكتشاف تصميم TDLN-TMLN مزدوج لتعظيم التباين داخل المريض وتقليل التباين بين الأفراد مع التحكم في التعددية عند FDR = 0.05. بالنسبة لمجموعة التحقق (n = 120)، تم تقسيم تعبير POSTN إلى نقطة القطع المحددة بواسطة بلاطة X (عالية/منخفضة = 40/80). بالنظر إلى 48 حدثا للبقاء بدون مرض (DFS) و α = 0.05، تشير تقريب شونفيلد إلى ≥ قدرة 80٪ على اكتشاف نسب المخاطر ذات الصلة سريريا تبلغ تقريبا معدل ضربات القلب ≥ 2.3 تحت التوزيع المتساوي؛ وهذا يتوافق مع حجم التأثير المرصود (معدل ضربات القلب = 2.31، فترة الثقة 95٪ بين 1.41-3.77).

تعريف إيجابية HER2
اتبعت إيجابية HER2 معايير ASCO/CAP المعاصرةرقم 13: الكيمياء المناعية النسيجية (IHC) 3+ المعرفة بأنها صبغة غشائية مكثفة منتظمة في >10٪ من خلايا الورم، أو التضخيم الموضعي (ISH) المعرفة بنسبة HER2/CEP17 ≥2.0 مع متوسط عدد نسخ HER2 ≥4.0 إشارات لكل خلية. خضعت نتائج IHC 2+ لعلاج ISH الانعكاسي مع الحساب الأعمى ل ≥20 خلية ورم غازية لتأكيد حالة التضخيم.

معالجة الأنسجة وعزل الحمض النووي الريبي
تم إجراء جميع الإجراءات على الجليد ما لم يتم تحديده، باستخدام مواد استهلاكية خالية من RNase. لكل عينة تحتوي على ≤ نسيج يحتوي على 100 ملغ، تم إجراء التجانس في 1 مل من كاشف الحمض الجوانيدينيوم ثيوسيانات-فينول-كلوروفورم (AGPC)، تلاها إضافة 200 ميكرولتر من الكلوروفورم مع خلط قوي لمدة 15 ثانية وحضانة بدرجة حرارة الغرفة لمدة 2-3 دقائق. تم تحقيق فصل الطور عن طريق الطرد المركزي عند 12,000 x g لمدة 15 دقيقة عند 4 درجات مئوية. ثم تم نقل الطبقة المائية إلى أنبوب جديد، وترسيب الحمض النووي الريبي ب 500 ميكرولتر من الأيزوبروبانول بعد حضانة استمرت 10 دقائق في درجة حرارة الغرفة. تم الانتهاء من الحبيبات بحرارة 12,000 x g لمدة 10 دقائق عند 4 درجات مئوية. تم غسل الحبيبة ب 1 مل من الإيثانول بنسبة 75٪ وتم طردها بحرارة 7,500 × جرام لمدة 5 دقائق عند 4 درجات مئوية، وتجفيفها بالهواء لمدة 5-10 دقائق، وذابتها في ماء خال من RNase. تم استخدام هضم DNase I على العمود عندما كان هناك اشتباه في انتقال الحمض النووي الجيني. شملت نقاط الفحص البصرية فصل الطور الواضح بعد استخراج الكلوروفورم ووجود حبيبات شفافة سليمة بعد ترسيب الإيزوبروبانول. شملت عملية استكشاف الأخطاء تكرار غسل الإيثانول لنسب منخفضة من A260/230 وزيادة كمية الهطول أو ضمان التبريد أثناء الحبيبات للحصول على انخفاض الإنتاجية.

مراقبة جودة الحمض النووي الريبي
استخدم القياس الكمية القياس الطيفي لمراقبة A260/280 وA260/230 مع أهداف حول 1.8-2.1، مع إضافة قياس فلورومتري للدقة. تم تقييم السلامة على نظام الرحلان الكهربائي الميكروفلويدية وطلب RIN ≥ 7.0. تم استخدام قمم rRNA مميزة 18S/28S وغياب مسحة DNA جينومية كمعايير قبول؛ تم إعادة استخراج أو استبعاد العينات التي لم تستحق.

تحضير المكتبة
تم بناء مكتبات mRNA متقطعة باستخدام اختيار poly(A) للRNA السليم، بينما سمح باستنزاف rRNA للمدخلات المتدهورة جزئيا. كان الإدخال النموذجي ≥ 1 ميكروغرام RNA إجمالي لكل مكتبة. تم تنفيذ عملية التجزئة بدرجة حرارة قريبة من 94 درجة مئوية لمدة 8 دقائق؛ تخليق cDNA للخيط الأول عند 50 درجة مئوية لمدة 50 دقيقة؛ التوليف على الخيط الثاني عند 16 درجة مئوية لمدة 60 دقيقة؛ ربط المحول عند 20 درجة مئوية لمدة 15 دقيقة؛ وتضخيم PCR استخدم 10-12 دورة مضبوطة لتجنب الإفراط في التضخيم. استخدمت عمليات التنظيف نسب خرزات تقارب 0.8x إلى 1.0x، وكان توزيع حجم المكتبة المتوقع 300 بيت، بما في ذلك المحولات. تم التحقق من جودة المكتبة بواسطة الرحلان الكهربائي الميكروسائل؛ أدى تلوث المحول والديمر إلى تنظيف أكثر صرامة، وتم تصحيح توزيعات الحجم الواسعة جدا عن طريق تقصير بسيط في التجزئة.

التسلسل
تم ترتيب المكتبات المفهرسة في وضع 150 نقطة أساس مزدوجة (PE150)، مستهدفا 30 مليون زوج قراءة لكل مكتبة. جودة مستوى التشغيل تطلبت Q30 ≥ 90٪ وكثافات تجمعات مستقرة مع انحياز محدود للمسارات. تم توزيع المكتبات عشوائيا عبر المسارات للتخفيف من تأثيرات الدفعات، وتشغيل السجلات الموثقة لتعيين المسارات وأي ضوابط حراس تستخدم لمراقبة التلوث المتبادل.

التحليل الحاسوبي والتعبير التفاضلي
تم إجراء تحليلات بلغة R (الإصدار 4.3.2) على لينكس. تم تقييم جودة القراءة الخام باستخدام FastQC (v0.11.9). تم إجراء التقليم بالمحول والجودة باستخدام fastp (v0.23.4) باستخدام الكشف التلقائي عن المحول، وتقليم النوافذ المنزلقة (حجم النافذة 4 حصان؛ متوسط Phred Q ≥ 20)، وطول قراءة أدنى 50 بت (50 بت إشعال)، وتقليم بولي-جي عند اكتشاف الكيمياء ذات الصلة. تم محاذاة القراءات مع الجينوم المرجعي GRCh37/hg19 باستخدام HISAT2 (v2.2.1) مع معلمات خيوط مناسبة للمكتبة وفهارس مواقع التوصيل المعروفة. تم توليد عد على مستوى الجينات باستخدام featureCounts (قراءة فرعية v2.0.3) مقابل رمز التوليد v19 باستخدام العد المزدوج في النهاية، والتعامل مع قراءة الكيميرية، وإعدادات الوعي بعدة خرائط، وعلم السلسلة الصحيح. تم تصفية الجينات ذات العد المنخفض من خلال اشتراط عد ≥ 10 في ثلاث عينات على الأقل. تم إجراء تحليل التعبير التفاضلي (DE) باستخدام DESeq2 (v1.40.2) تحت تصميم مزدوج (التصميم = ~ زوج + شرط) لمقارنة TMLN مقابل TDLN، مع تطبيع عامل الحجم الافتراضي وانكماش التغيير الطي log2 عبر apeglm. تم تقييم المؤشرات الشاذة المحتملة باستخدام مسافة كوك. تم التحكم في تعددية النسخ المكتوب باستخدام معدل الاكتشاف الكاذب لبنجاميني-هوشبرغ (FDR). تم تعريف الدلالة بأنها FDR < 0.05 وعتبة مطلقة لتغير الطي log2 (|log2FC|) ≥ 1. يوفر إطار DESeq2 السالب ثنائي الحدين نمذجة التباين المتوسطة المناسبة لبيانات العد ويستقر تقديرات تغير الطي في مجموعات صغيرة إلى متوسطة. كتحليلات للحساسية، أعدنا إجراء اختبار DE باستخدام edgeR و limma-voom بنفس معايير الترشيح وعتبات FDR، مما أدى إلى إشارات متوافقة ذات تصنيف علوي، مما دعم متانة خيارات التحليل الرئيسية.

الإثراء الوظيفي (GO و KEGG)
تم إجراء التعليق الوظيفي في R باستخدام clusterProfiler (v4.8.3). تم تحليل المعدلات المدمجة المنظمة صعودا وهبوطا بشكل منفصل. تم تعيين معرفات الجينات إلى معرفات جينات إنتريز (الكائن الحي: الإنسان العاقل) قبل الإثراء. تم إجراء إثراء الأنطولوجيا الجينية (GO) باستخدام enrichGO (OrgDb: org. Hs.eg.db؛ ONT = BP/CC/MF; pAdjustMethod = "BH"; pvalueCutoff = 0.05; qvalueCutoff = 0.05)، وتم إجراء تخصيب مسار KEGG باستخدام enrichKEGG (الكائن الحي = "has"؛ pAdjustMethod = "BH"؛ pvalueCutoff = 0.05؛ qvalueCutoff = 0.05). تم تعريف الكون الخلفي بأنه جميع الجينات المعبر عنها التي تم الاحتفاظ بها بعد الترشيح المنخفض في تحليل DE. تم تصفية المصطلحات المثرية أيضا للحفاظ على مجموعات جينية تحتوي على 10-500 جين مشروح (minGSSize = 10؛ maxGSSsize = 500). تم إنشاء تصورات باستخدام ggplot2 (v3.5.1) و ComplexHeatmap (v2.16.1)، بما في ذلك مخططات نقطية لنسبة الجينات وقيم -log10 (P المعدلة)؛ مصطلح "مسارات الاستجابة المناعية" يشير إلى وحدات GO المختارة التي تغطي معالجة وعرض المستضدات، وإشارات الإنترفيرون، وتنشيط الخلايا اللمفاوية.

استجواب قواعد البيانات الخارجية
تم استجواب الجينات المرشحة في مصادر خارجية لتوفير سياق متعامد. تم الاستعلام عن تعبير الورم مقابل الطبيعي لل mRNA باستخدام GEPIA2 (v2.0) مع عينات سرطان الثدي الغازي TCGA (TCGA-BRCA) مقارنة بأنسجة الثدي الطبيعية (GTEx/TCGA الطبيعية، حسب توفر). تم استخدام قيم التعبير المبلغ عنها من قبل GEPIA2 (log2[TPM+1]) وإطار الاختبار الإحصائي الافتراضي لمقارنات المجموعات لإنشاء مخططات مربعية وقيم P لكل جين تم الاستعلام عنه. تم تقييم تحديد موقع البروتين باستخدام أطلس البروتين البشري (HPA) من خلال مراجعة صور الكيمياء المناعية والتعليقات التوضيحية من أطلس الأنسجة وأطلس علم الأمراض لأنسجة الثدي/السرطان وتسجيل شدة التلوين المبلغ عنها وحيزة الخلية (مثل الفصيلة الصبغية مقابل الظهارية) عند توفرها.

التحقق من qRT-PCR
تمت معالجة أنسجة العقد اللمفاوية المستقلة كما سبق لاستخراج إجمالي الحمض النووي الريبي، وتم تصنيع cDNA من 1 ميكروغرام RNA في تفاعلات عكسية بحجم 20 ميكرولتر. تم إجراء PCR الكمي في الوقت الحقيقي (qRT-PCR) باستخدام الكيمياء المعتمدة على SYBR، حيث احتوى كل تفاعل على 1x خليط رئيسي و0.2-0.4 ميكرومولار من كل برايمر. تم تأكيد خصوصية البرايمر من خلال ملفات منحنى الذهر ذو القمة الواحدة، وتم تقييم كفاءة التضخيم باستخدام منحنيات قياسية من سلسلة التخفيف، مع كفاءة مقبولة محددة بين 90٪-110٪. تم فحص كل عينة في ثلاث نسخ تقنية؛ كان من الضروري أن تحقق النسخ عتبة الدورة (Ct) SD ≤ 0.3. تم تطبيع التعبير الجيني إلى GAPDH (أو جين مرجعي موثق آخر، حيثما ينطبق)، وتم حساب التعبير النسبي باستخدام طريقة 2^-ΔΔCt. تم تقييم الطبيعية باستخدام اختبارات شابيرو-ويلك؛ استخدمت المقارنات بين المجموعات اختبارات t ثنائية الوجه للبيانات تقريبا الطبيعية أو اختبارات مان-ويتني U بطرق أخرى.

التحليل التنبؤي في مجموعة التحقق
كان البقاء الخالي من المرض (DFS) هو النقطة النهائية الأساسية وتم حسابه من تاريخ الجراحة حتى أول حدث تكرار موثق أو آخر متابعة (محظوظة). في التحليل الأولي، تم تقسيم تعبير POSTN إلى نقطة القطع المحددة بواسطة بلاطة X (عالية مقابل منخفضة = 40/80); استخدمت تحليلات الحساسية نقاط قطع بديلة مثل الثلاثيات. تم استخدام منحنيات كابلان-ماير واختبارات الترتيب اللوغاريتمي للمقارنات أحادية المتغير. كانت نماذج كوكس متعددة المتغيرات لمخاطر النسبة مناسبة لتقدير نسب المخاطر (HRs) وفترات الثقة 95٪، مع تعديل مسبقا حسب العمر، حجم الورم، حالة العقدة، درجة النسيج، وحالة المستقبلات. تم تقييم افتراض المخاطر النسبية باستخدام بقايا شونفيلد، وتم فحص التوافقية باستخدام عوامل التباين-التضخم، وتم تقييم الملاحظات المؤثرة باستخدام dfbetas. أجريت تحليلات حالة كاملة بعد استبعاد الحالات التي لم يتم فيها متابعة أو متغيرات تفاضلية غير مكتملة، كما هو موضح أعلاه.

الإحصاءات العامة والتقارير
ما لم يذكر خلاف ذلك، يتم تلخيص البيانات كمتوسط ± SD أو الوسيط (IQR)، وتستخدم اختبارات ثنائية الوجه، ويعتبر p < 0.05 ذا دلالة إحصائية. بالنسبة للتحليلات والإثراء على مستوى النسخ المكتوب، يتم التحكم في التعددية باستخدام BH-FDR، وترافق أحجام التأثير فترات ثقة 95٪ كلما أمكن.

السلامة والتخلص من النفايات
تم التعامل مع كواشف الفينول-الجوانيدينيوم والمذيبات العضوية في غطاء بخار معتمد مع معاطف مختبرية، وقفازات نيتريل، وحماية من الرش. تم فصل النفايات العضوية والمهلوثة في حاويات معلمة والتخلص منها وفقا لسياسات المؤسسات. تم تعقيم النفايات البيولوجية أو تعقيم كيميائيا قبل التخلص منها، وتم تطهير الأسطح والأدوات بمحاليل معطلة RNase. تم توثيق المخاطر الخاصة بالمواد مثل التآكل والسمية في بيانات التشغيل القياسية المختبرية وتمت ملاحظتها خلال جميع الإجراءات.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

المجموعات والخصائص السريرية المرضية
تكونت مجموعة الاكتشاف من 6 عينات مزدوجة من TDLN/TMLN، وضمت مجموعة التحقق 120 عينة أرشيفية من العقد اللمفاوية مع متابعة طولية. يتم تلخيص الخصائص السريرية المرضية الأساسية لكلا المجموعتين، بما في ذلك العمر، حجم الورم، الدرجة، حالة المستقبلات، وحالة العقدة، في الجدول 1.

جودة التسلسل وبنية البيانات العالمية
حققت جميع مكتبات الاكتشاف الاثني عشر متوسط يقارب 30 مليون زوج قراءة لكل عينة، مع ≥ 90٪ في Q30 ومعدلا...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يتميز سرطان الثدي الإيجابي HER2 بزيادة التوغل، وانتشار انتشار العقد اللمفاوية المتكررة (LNM)، ونتائج أقل رغم العلاج الجهازي الحديث15. العوامل السريرية المرضية التقليدية تفسر جزئيا فقط التوقعات في هذا النوع الفرعي، مما يترك فجوة للمؤشرات البيولوجية التي تلتقط خطر انتشار العقدة16. من خلال التنميط المقارنة للعقد اللمفاوية التي تستنزف الأورام (TDLN) والعقد اللمفاوية النقائلية (TMLN) المتطابقة مع RNA-seq، حددنا 237 جينا معبرا تفاضلا (DE...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

أعلن المؤلفون أنه لا توجد تضارب في المصالح في هذا العمل.

شكر وتقدير

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وقد دعم هذا العمل مشاريع البحث الطبي التابع لمكتب الصحة والعافية في بلدية تشونغشان (2021J452).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
المحلل الحيوي2100-BAأجيلينت، الولايات المتحدة الأمريكيةمعدات لتقييم سلامة الحمض النووي الريبي ومراقبة الجودة.
DESeq2لا يوجدR الموصل الحيويبرنامج تحليل التعبير التفاضلي لبيانات RNA-seq.
برنامج فاست كيو سيلا يوجدبابراهام المعلوماتية الحيويةبرنامج مراقبة الجودة لبيانات RNA-seq لتقييم جودة التسلسلات.
خط خلوي HEK293ATCC-CRL-1573ATCC، الولايات المتحدة الأمريكيةخط خلايا الكلى الجنينية البشري المستخدم في تجارب النقل الجنني.
مجموعة qRT-PCR4385616ثيرموفيشر، الولايات المتحدة الأمريكيةمجموعة PCR كمية للتحقق من تعبير الجينات.
مجموعة استخراج الحمض النووي الريبي74204تشياغن، ألمانيامجموعة استخراج الحمض النووي الريبي المستخدمة لعزل الحمض النووي الريبي عالي الجودة من عينات الأنسجة.
مجموعة تسلسل الحمض النووي الريبيRS-122-2001إلومينا، الولايات المتحدة الأمريكيةمجموعة تحضير مكتبة RNA لتسلسل عينات RNA.
منصة التسلسلNovaSeq 6000إلومينا، الولايات المتحدة الأمريكيةمنصة تسلسل RNA عالية الإنتاجية لتسلسل مكتبات RNA.
معدات تجميد الأنسجةTFE-300ثيرمو فيشر، الولايات المتحدة الأمريكيةمعدات لتجميد عينات الأنسجة في النيتروجين السائل.
مقياس الحرارة الطبلي55678-TTثيرمو ساينس، اليابانمقياس حرارة دقيق يستخدم لقياس درجة حرارة الجسم.

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Han, B., et al. Cancer incidence and mortality in China, 2022. J Natl Cancer Cent. 4 (1), 47-53 (2022).
  2. Schettini, F., et al. Clinical, pathological, and PAM50 gene expression features of HER2-low breast cancer. NPJ Breast Cancer. 7 (1), 1(2021).
  3. Vahed, S. Z., et al. Introducing effective genes in lymph node metastasis of breast cancer patients using SHAP values based on the mRNA expression data. PLoS One. 19 (8), e0308531(2024).
  4. Lee, J. J., Ng, K. Y., Bakhtiar, A. Extracellular matrix: unlocking new avenues in cancer treatment. Biomark Res. 13 (1), 78(2025).
  5. Kim, G., et al. Differentially expressed genes in matched normal, cancer, and lymph node metastases predict clinical outcomes in patients with breast cancer. Appl Immunohistochem Mol Morphol. 28 (2), 111-122 (2020).
  6. Xu, K., et al. Single-cell RNA sequencing reveals cell heterogeneity and transcriptome profile of breast cancer lymph node metastasis. Oncogenesis. 10, 66(2021).
  7. Chung, Y., Chu, J., Do, S. I., Kim, H. S. Spatial transcriptomic profiling reveals gene expression characteristics in lymph node-positive breast carcinoma. Anticancer Res. 44 (8), 3381-3395 (2024).
  8. Nazemi, M., et al. The extracellular matrix supports breast cancer cell growth under amino acid starvation by promoting tyrosine catabolism. PLoS Biol. 22 (1), e3002406(2024).
  9. Karamanos, N. K., Piperigkou, Z., Gourdoupi, C., Mangani, S. Extracellular matrix matters: matrix-based bioscaffolds in advancing translational cancer research and targeted therapy. Am J Physiol Cell Physiol. 328 (6), C1957-C1963 (2025).
  10. Lin, Y., et al. Identification of potential key genes for HER-2 positive breast cancer based on bioinformatics analysis. Medicine (Baltimore). 99 (1), e18445(2020).
  11. Lee, C. K., et al. Tumor metastasis to lymph nodes requires YAP-dependent metabolic adaptation. Science. 363 (6427), 644-649 (2019).
  12. Sleeboom, J. J., et al. The extracellular matrix as hallmark of cancer and metastasis: from biomechanics to therapeutic targets. Sci Transl Med. 16 (728), eadg3840(2024).
  13. Wolff, A. C., et al. Human epidermal growth factor receptor 2 testing in breast cancer: ASCO-College of American Pathologists guideline update. J Clin Oncol. 41 (22), 3867-3872 (2023).
  14. Null, J. L., et al. Periostin+ stromal cells guide lymphovascular invasion by cancer cells. Cancer Res. 83 (13), 2105-2122 (2023).
  15. Conway, S. J., et al. The role of periostin in tissue remodeling across health and disease. Cell Mol Life Sci. 71 (7), 1279-1288 (2014).
  16. Ubellacker, J. M., et al. Lymph protects metastasizing melanoma cells from ferroptosis. Nature. 585 (7823), 113-118 (2020).
  17. Xian, Y., Wang, L. Periostin: a matricellular protein with a multifaceted role in tumorigenesis. Int J Mol Med. 56 (6), 229(2025).
  18. Bozkul, G., Celik, S. S., Arslan, H. N. Nursing interventions for the self-efficacy of ostomy patients: a systematic review. J Tissue Viability. 33 (2), 165-173 (2024).
  19. Nenclares, P., Harrington, K. J. The biology of cancer. Medicine (Baltimore). 48 (2), 67-72 (2020).
  20. Wasik, A., Ratajczak-Wielgomas, K., Badzinski, A., Dziegiel, P., Podhorska-Okolow, M. The role of periostin in angiogenesis and lymphangiogenesis in tumors. Cancers (Basel). 14 (17), 4225(2022).
  21. Xu, L., et al. A comprehensive single-cell breast tumor atlas defines epithelial and immune heterogeneity and interactions predicting anti-PD-1 therapy response. Cell Rep Med. 5 (5), 100460(2024).
  22. De Oliveira Macena, Y., et al. The roles of periostin derived from cancer-associated fibroblasts in tumor progression and treatment response. Cancer Metastasis Rev. 44 (1), 11(2025).
  23. Brasó-Maristany, F., et al. Gene expression profiles of breast cancer metastasis according to organ site. Mol Oncol. 16 (1), 69-87 (2022).
  24. Englander, K., et al. Factors influencing lymph node positivity in HER2/neu+ breast cancer patients. Curr Oncol. 30 (3), 2825-2833 (2023).
  25. Wu, T., et al. Matrix stiffening facilitates the collective invasion of breast cancer through the periostin-integrin mechanotransduction pathway. Matrix Biol. 121, 22-40 (2023).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

POSTN PI3K AKT

مقالات ذات صلة