مقالة بحثية

التعدين في سرطان بطانة الرحم بناء على قاعدة بيانات TCGA وبناء نماذج تنبؤية

DOI:

10.3791/69650

⸱

يناير 16, 2026

 ,  ,  , 
1Heilongjiang University of Traditional Chinese Medicine, 2Department of Gynecology, First Affiliated Hospital of Heilongjiang University of Traditional Chinese Medicine, 3Department of Gynecology, Harbin Medical University Affiliated Cancer Hospital, 4Hysteroscopy Room of the First Affiliated Hospital of Heilongjiang University of Traditional Chinese Medicine, 5Institute of Traditional Chinese Medicine, Heilongjiang University of Traditional Chinese Medicine

في هذه المقالة

ملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يحدد هذا البروتوكول نهجا حسابيا لتحديد الجينات المرتبطة بأيض النيكوتيناميد في سرطان بطانة الرحم، باستخدام مجموعات بيانات TCGA وGEO. لتسهيل اكتشاف المؤشرات الحيوية وتعزيز تقدير المخاطر في سرطان بطانة الرحم في جسم الرحم، يصف هذا البحث تحليل إجراءات التعبير المميز، وتعزيز المسار، وتصميم نموذج التنبؤ، وإجراءات التقييم.

الملخص

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يعد سرطان بطانة الرحم (EC) من بين أقل الأورام النسائية انتشارا على مستوى العالم، مع ارتفاع معدل الحدوث بسبب التقدم في العمر والسمنة. لا تزال انتشارات العقد اللمفاوية شائعة في سرطان بطانة الرحم في الجسم الرحمي (UCEC)، مما يستلزم وجود مؤشرات حيوية تنبؤية جديدة لتوجيه العلاج. في هذا البحث، تم تحليل معلومات UCEC من أطلس جينوم السرطان (TCGA)، وتم التحقق من النتائج باستخدام مجموعة التعبير الجيني (GEO). تم تحديد ثمانية عشر عاملا جينيا معبر عنه بشكل مختلف مرتبطا بعملية أيض النيكوتيناميد (NMRDEGs). أشار تحليل إثراء مجموعات الجينات (GSEA) إلى دورها في عمليات الإجهاد التأكسدي، نقص الأكسجين، التحلل السكري، وعمليات الاستماتة المبرمجة. حدد الانحدار الأحادي متغير كوكس ستة جينات رئيسية (AURKA، CDKN3، FOXM1، CDKN2A، TK1، وCDK1)، تستخدم لتطوير إطار توقع المخاطر. كشف تحليل تفاعل البروتين مع البروتين (PPI) عن جينات محورية إضافية مثل CDK2، CCNA2، TP53، وFOXM1. أظهرت الجينات الستة الرئيسية قيمة تنبؤية قوية، وكان نموذج المخاطر في الدراسة قادرا على توجيه القرارات السريرية. وجد أن أيض النيكوتيناميد مرتبط بشكل كبير بتقدم EC. تقدم هذه الدراسة تصورات جديدة حول دور استقلاب النيكوتيناميد في EC وتقترح سبل محتملة لتقدم العلاج.

المقدمة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

سرطان بطانة الرحم (EC) شائع لدى الإناث1. يمكن تصنيف EC إلى النوع المعتمد على الهرمونات والنوعالمستقل عن الهرمونات النوع الثاني. في عام 2020، شملت تحديثات الإرشادات لإدارة مرضى EC اكتشاف العلامات الجزيئية والتصنيف الجزيئي، مما أثر بشكل كبير على علاج المساعدات بعد العملية والتوقعات السريرية ل EC3. المرض الناتج عن السرطان متعدد الأوجه، حيث يتضمن طفرات أو فقدان عدة جينات مسرطمة و/أو جينات مثبطة للورم، إلى جانب تشوهات في مسارات الإشارة المتعددة التي يمكن أن تؤثر على تقدم المرض ونتائجه. البحث عن مؤشرات حيوية جديدة وتحديد أهداف علاجية فعالة أمر بالغ الأهمية. يهدف هذا الس....

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

استخدمت هذه الدراسة بيانات سريرية ونسخية متاحة للجمهور، وغير محددة الهوية من أطلس جينوم السرطان ومجموعة تعبير الجينات. جميع الدراسات المساهمة حصلت على موافقة مسبقة من لجنة المراجعة المؤسسية وموافقة مستنيرة. وبما أن التحليل الثانوي فقط للبيانات المجهولة كان يجرى، لم تكن هناك حاجة لموافقة أخلاقية إضافية. قواعد البيانات والبرمجيات المستخدمة مدرجة في جدول المواد.

1. تحميل البيانات

استخدمت الأبحاث مجموعة بيانات EC (TCGA-سرطان بطانة الرحم بطانية الرحم (TCGA-UCEC))رقم 10، والتي تتكون من 589 عينة، بما في ذلك 554 عينة من أنسجة الورم ....

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

دمج تصحيح مجموعة بيانات GEO

استخدمت الأبحاث مجموعة SVA R لتحديد الدفعات في مجموعات البيانات GSE115810 GSE63678 المجمعة، مما أنتج مجموعة بيانات موحدة تسمى مجموعات البيانات المركبة. تم التحقق من نتائج إزالة النتائج الجماعية باستخدام مخططات صندوق الدوران (الشكل 2A,B) ومخططات PCA (الشكل 2C,D)، والتي أظهرت أن تأثيرات الدفعات تم القضاء عليها إلى حد كبير. بعد التطبيع، يجب أن يميز مخطط PCA بو.......

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

حظي دور أيض الطاقة في البيئة الدقيقة لخلايا السرطان باهتمام كبير مؤخرا. أظهرت الأبحاث أن الجينات المشاركة في استقلاب النيكوتيناميد مرتبطة ارتباطا وثيقا بتطور الأورام الخبيثة المختلفة. بمجرد امتصاص النيكوتيناميد في الجسم، يتحول إلى NAD وNADP، وكلاهما يلعب دورا محوريا في العديد من العمليات المرتبطة بالسرطان. وبالتالي، يظهر استقلاب NAD كهدف علاجي واعد لعمل الأورام. يعد حيويا في أنشطة خلوية متنوعة، بما في ذلك تنظيم ما بعد النسخ، بقاء الخلايا، استقلاب الطاقة، تقدم دورة الخلية، الاستماتة المبر.......

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

المؤلفون ليس لديهم ما يكشفون عنه.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
حزمة clusterProfilerالموصل الحيويالإصدار 4.8.0تحليل إثراء GO وKEGG
سيتوسكيباتحاد سايتوسكيبv3.9.1تصور شبكة PPI
حزمة DESeq2الموصل الحيويالإصدار 1.40.0التطبيع وتحليل التعبير
قاعدة بيانات GeneCardsمجموعة جينكاردزلا يوجدمصدر الجينات المرتبطة بأيض النيكوتيناميد
منصة جين مانياgenemania.orgلا يوجدوظيفة الجين والتنبؤ بالتفاعل
مجموعات بيانات GEO (GSE115810، GSE63678)النسخة الشاملة للتعبير الجيني (GEO)لا يوجدمجموعات بيانات التعبير الجيني العامة ل EC
حزمة ggplot2كرانv3.4.2تصور البيانات
حزمة ليماالموصل الحيويv3.54.0 (مثال)تحليل التعبير التفاضلي
حزمة pheatmapكرانv1.0.12رسم خريطة الحرارة
برنامج R (الإصدار 4.3.0)مؤسسة R للحوسبة الإحصائيةالإصدار 4.3.0منصة تحليل البيانات
قاعدة بيانات السلاسل النصيةالوتر (string-db.org)الإصدار 11.5تحليل تفاعل البروتين والبروتين
حزمة ال survminerكرانv0.4.9تحليل البقاء
حزمة SVAالموصل الحيويv3.46.0إزالة تأثير الدفعة
مجموعة بيانات TCGA-UCECأطلس جينوم السرطان (TCGA)لا يوجدالنسخ النصي والبيانات السريرية لمرضى UCEC
جامعة كاليفورنيا في إس سي زيناجامعة كاليفورنيا، سانتا كروزلا يوجدمنصة لتحميل البيانات السريرية/الجينومية

المراجع

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Bray, F., et al. Global cancer statistics 2018: Globocan estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA Cancer J Clin. 68 (6), 394-424 (2018).
  2. Ni, J., et al.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

Uterine Corpus Endometrial CarcinomaNicotinamide MetabolismGene Set EnrichmentDifferential Gene ExpressionCox RegressionProtein Interaction AnalysisPrognostic Biomarkers

مقالات ذات صلة