يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية

مقالة بحثية

يخفف جيغن تشينليان ديكوكشن التهاب القولون التقرحي عن طريق تثبيط PANoptosis: دراسة متعددة الأوميكس وتجريبية

225 مشاهدة

⸱

DOI:

10.3791/69858

⸱

مايو 22, 2026

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1College of Clinical Medicine, Chengdu University of Traditional Chinese Medicine, 2Department of Gynaecology, Hospital of Chengdu University of Traditional Chinese Medicine, 3Department of Traditional Chinese Medicine, Henan Provincial People's Hospital, Zhengzhou University, 4College of Basic Medical Sciences, Chengdu University of Traditional Chinese Medicine, 5College of Health and Rehabilitation, Chengdu University of Traditional Chinese Medicine, 6State Key Laboratory of Oral Diseases, National Center for Stomatology, National Clinical Research Center for Oral Diseases, Department of Traditional Chinese Medicine, West China Hospital of Stomatology, Sichuan University, 7Department of Stomatology, Hospital of Chengdu University of Traditional Chinese Medicine

* These authors contributed equally

في هذه المقالة

ملخص

هنا، نقدم بروتوكولا يدمج تحليل الميكروفونات متعددة الأوميكس مع التحقق من الصحة في الجسم لدراسة كيف يخفف جيغن كوينليان ديكوكشن من التهاب القولون التقرحي من خلال تنظيم الأهداف المرتبطة ب PANoptosis ومسارات الإشارات الالتهابية.

الملخص

نقدم بروتوكول متكامل للمعلوماتية الحيوية وعلم الأدوية الشبكي لتوضيح الآليات العلاجية لعلاج جيغن كوينليان ديكوشن (GQD) في التهاب القولون التقرحي (UC)، مع تركيز خاص على التنظيم المرتبط ب PANoptosis. تم تصميم هذا البروتوكول لتحديد المركبات النشطة الحيوية المحتملة، والأهداف العلاجية، ومسارات الإشارة، والآليات المتعلقة بالمناعة بشكل منهجي من خلال التعدين المتعدد قواعد البيانات والتحليل النصي. يتم تحليل ملفات التعبير الجيني من مجموعات الكولومبيوز، بما في ذلك GSE87466 و GSE92415 من قاعدة بيانات GEO، باستخدام تحليل التعبير التفاضلي وتحليل شبكات التعبير المشترك للجينات المرجحة لتحديد الجينات المرتبطة بالمرض. يتم جمع الأهداف المرشحة ل GQD من قواعد بيانات الأدوية العامة وتتقاطع مع جينات UC وPANoptosis لتحديد الأهداف العلاجية الأساسية. ثم يتم إجراء بناء شبكة تفاعل البروتين مع البروتين، وتحليلات الإثراء، ونمذجة شبكة المركبات-الهدف-المسارات لكشف الأساس الجزيئي لنشاط GQD. بالإضافة إلى ذلك، يتم دمج تحليل تسرب المناعة لاستكشاف العلاقة بين الجينات الرئيسية والبيئة الدقيقة المناعية المعوية. يستخدم الالتحام الجزيئي أيضا لتقييم جهد الارتباط بين المركبات النشطة الرئيسية وأهداف المحور. يوفر هذا البروتوكول إطارا منهجيا قابلا للتكرار للتحقيق في كيفية تخفيف GQD للالتهاب التقرحي التقرحية من خلال تعديل PANoptosis والمسارات الالتهابية المرتبطة به، وقد يكون مرجعا مفيدا للدراسات الميكانيكية لصيغ الطب الصيني التقليدية الأخرى في الأمراض الالتهابية المعقدة.

المقدمة

التهاب القولون التقرحي (UC)، وهو أحد الأشكال الرئيسية لأمراض الأمعاء الالتهابية، هو اضطراب التهابي مزمن انتكسي يشمل بشكل أساسي الغشاء المخاطي القولوني ويبدأ عادة في المستقيم مع امتداد مستمر للقرب المحيط. مسببه معقد ويتضمن تنشيط مناعية مخاطية شاذة، خلل في الحاجز الظهاري، اضطراب ميكروبي، وتفاعلات غير منظمة بين المضيف والبيئة، مما يفرض معا عبئا صحيا عالميا كبيرا ومتزايدا 1,2. الالتهاب المخاطي المستمر لا يسبب فقط أعراضا متكررة مثل ألم البطن، والإسهال، والدم الدموي، بل يزيد أيضا من خطر الإصابة بسرطان القولون والمستقيم المرتبط بالتهاب القولون والمستقيم، خاصة لدى المرضى الذينيعانون من مرض واسع وطويل الأمد.

تعتمد الإدارة الدوائية الحالية للالتهاب التقرحي بشكل رئيسي على 5-أمينوساليسيلات السميكة، والكورتيكوستيرويدات، ومعدلات المناعة، والبيولوجيات، والعوامل الجزيئية الصغيرة، وذلك حسب شدة المرض والاستجابة العلاجية5. على الرغم من أن هذه الاستراتيجيات حسنت النتائج السريرية، إلا أن نسبة كبيرة من المرضى لا يزالون يعانون من عدم استجابة أولية، فقدان ثانوي للاستجابة، عدم تحمل، اعتماد على الستيرويدات، أو أحداث جانبية مرتبطة بالعلاج، مما يبرز الحاجة إلى خيارات علاجية أكثر أمانا وتركيزا على الآليات6. لذلك، فإن تحديد البرامج الجزيئية العليا التي تنظم في الوقت نفسه إصابة الظهارة واضطراب المناعة المعوية له أهمية انتقالية كبيرة.

أظهرت الدراسات الحديثة أن موت الخلايا المبرمج غير المنظم له دور عميق في مسببات أمراض الالتهاب التقرحي. بعيدا عن الاستماتة الكلاسيكية، تم ربط البروبتوز والنكروب جميعها بتدمير الحاجز الظهاري وتضخيم التهاب الغشاءالمخاطي. علم البانوبتوسيس، وهو مسار موت خلايا مبرمج بالالتهاب تم تعريفه حديثا ويدمج السمات الرئيسية للبيروبتوزيس، والموت المبرمج، والنكروتروزيس، ظهر كإطار ميكانيكي ذو صلة خاصة للأمراض الالتهابية المزمنة8. تنسق هذه العملية بواسطة مركبات PANoptosome متعددة البروتينات وتشمل وسطاء مركزيين مثل ZBP1، RIPK1/RIPK3، CASP8، وجزيئات مرتبطة بالإنفلاماسومات بما في ذلك NLRP3 بطريقة تعتمد على السياق9. ومن المهم أن الأدلة المتراكمة تشير إلى أن PANoptosis يتم تنشيطه في الالتهاب التقرحي وقد يؤدي إلى تلف الظهارة المعوية، وانهيار الحاجز، واختلال المناعة في الأمعاء، مما يساهم في تقدم المرض 10,11,12. تشير هذه النتائج إلى أن PANoptosis ليس مجرد نتيجة لاحقة للالتهاب، بل قد يمثل عقدة ميكانيكية قابلة للتنفيذ تربط بين إصابة الظهارة وتضخيم المناعة المخاطية.

تتكون من بويراريا لوباتا، سكوتيلاريا بايكالينسيس، كوبتيس شينينسيس، وجليسيرا أورالينسيس (GQD)، وهو وصفة كلاسيكية سجلت لأول مرة في شانغ هان لون. لطالما استخدم في الطب الصيني التقليدي لعلاج الإسهال واضطرابات التهاب الأمعاء. أظهرت الدراسات الدوائية الحديثة أن GQD يمكن أن يخفف التهاب القولون التجريبي من خلال تثبيط الاستجابات الالتهابية، واستعادة سلامة الحاجز المعوي، وإعادة تشكيل ميكروبيوم الأمعاء، وتعديل التوازن المناعي، بما في ذلك الإشارات المرتبطة ب Th17/Treg ونشاط الالتهابات13,14. تجعل هذه الإجراءات متعددة الأهداف GQD مرشحا معقولا للتدخل في العمليات المرضية المرتبطة ب PANoptosis فيUC 15. ومع ذلك، وعلى الرغم من تزايد الأدلة على فعاليته المضادة للقولف، لا يزال من غير الواضح ما إذا كان GQD يؤثر على تأثيرات علاجية من خلال تنظيم منسق لشبكات الجزيئات المرتبطة ب PANoptosis.

حاليا، لا تزال هناك فجوتان رئيسيتان. أولا، ركزت الدراسات القائمة على آليات موت خلايا الالتهاب القليلي بشكل رئيسي على المسارات المعزولة مثل الاستماتة المبرمجة، أو البروبتوزيس، أو الفيروبتوزيس، في حين أن الدور المتكامل لPANoptosis في التوسط في التأثيرات العلاجية للصيغ العشبية لم يتم توضيحه بشكل كاف 7,10,11. ثانيا، رغم أن علم الأدوية الشبكي مناسب جدا لوصف طبيعة "المكونات المتعددة الأهداف والمسارات المتعددة" للصيغ التقليدية، إلا أن التنبؤات المبنية على قواعد بيانات المركبة المستهدفة وحدها قد تفتقر إلى خصوصية سياق المرض وتتطلب تحديد أولويات النسخ والتحقق التجريبي لتحسين المعقولية البيولوجية وموثوقية الترجمة 16,17,18,19 . لذا، قد توفر استراتيجية متكاملة تجمع بين نسخ المرض، وعلم الأدوية الشبكي، والتحقق في الجسم الحي إطارا أكثر صرامة لتوضيح آلية GQD في الوحدة الاتحادية.

مقارنة بالمناهج القائمة فقط على الملاحظة النسيجية المرضية، أو الاختبارات الجزيئية ذات المسار الواحد، أو علم الأدوية الشبكي المعتمد على قواعد البيانات فقط، فإن سير العمل الحالي أكثر ملاءمة لهذا السؤال لأنه يتيح التحقق المتقاطع بين إشارات النسخ النصية في سياق المرض، والتنبؤ بالصيغة والهدف، والتحقق البيولوجي في نموذج تجريبي لالتهاب القولون. القراءات الأنسجة أو الجزيئية وحدها يمكنها التقاط أبعاد محدودة فقط من علم أمراض الالتهاب التقرحي، بينما قد تفتقر الأدوية الشبكية وحدها إلى خصوصية الأمراض الكافية والدعم التجريبي. من خلال دمج أولوية النسخ مع التحقق الحي، يحسن هذا السير من المعقولية البيولوجية لتحديد الأهداف ويوفر إطارا أكثر تماسكا لربط تدخل GQD بالآليات المرتبطة ب PANoptosis في UC.

هذا البروتوكول مناسب جدا للدراسات الميكانيكية التي تهدف إلى تقييم كيفية تنظيم التدخلات متعددة المكونات لإصابة الظهارة، والاستجابات الالتهابية، والمسارات المرتبطة ب PANoptosis في التجارب الالتهابية التقرحية التقرحية. ويكون مفيدا بشكل خاص عندما يكون الهدف هو ربط التنبؤ الحاسوبي بالتحقق البيولوجي على مستوى الحيوان في سير عمل موحد. ومع ذلك، لا يقصد به استبدال المناهج التشخيصية السريرية، ولا يعالج بشكل شامل جميع أبعاد مرض الالتهاب التقرحي، مثل التغاير طويل الأمد للمرضى، والتفاعلات السببية على مستوى الميكروبيوم، أو رسم خرائط المناعة أحادية الخلية والمكان. لذلك، يعرف نطاقه بشكل أفضل بأنه إطار عمل ما قبل سريري قابل للتكرار للتقييم العلاجي الموجه نحو الآليات والعلاج.

لذلك افترضنا أن GQD يحسن الالتهاب القوليلي عن طريق تعديل شبكات الإشارات المرتبطة ب PANoptosis، مما يخفف من إصابة الظهارة المعوية ويعيد برمجة البيئة الالتهابية الدقيقة. لاختبار هذه الفرضية، قمنا بدمج التحليل النسخي للكترول التقرحي مع علم الأدوية الشبكي لتحديد الأهداف العلاجية المشتركة والمسارات الرئيسية ل GQD، مع التركيز بشكل خاص على المنظمين المرتبطين ب PANoptosis. قمنا بالتحقق من صحة الآليات المتوقعة في نموذج التهاب القولون الفأري الناتج عن كبريتات الصوديوم الديكستران (DSS). من خلال دمج أولويات الأهداف الحاسوبية مع التحقق البيولوجي، هدفت هذه الدراسة إلى تقديم تفسير أكثر ارتباطا بالأمراض وأكثر ميكانيكية لتأثيرات GQD المضادة للالتهاب التقرحي، وتقديم أدلة جديدة تدعم PANoptosis كمحور علاجي محتمل في الكولوراجين.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

تم إجراء جميع الإجراءات الحيوانية وفقا للإرشادات المؤسسية وتمت الموافقة عليها قبل بدء الدراسة من قبل اللجنة الأخلاقية في جامعة تشنغدو للطب الصيني التقليدي (رقم الموافقة 2022-126). تم استخدام مجموعات بيانات GEO وGWAS المتاحة للجمهور فقط في تحليلات المعلوماتية الحيوية؛ لذلك، لم تكن هناك حاجة إلى موافقة مستنيرة إضافية أو موافقة أخلاقية إضافية للمكون الحاسوبي لهذه الدراسة. تم تنفيذ جميع الإجراءات المتعلقة بالمواد الكيميائية الخطرة، والعينات البيولوجية، ونفايات الحيوانات وفقا للوائح السلامة المختبرية المؤسسية والإجراءات المؤسسية للتخلص من النفايات الخطرة.

الحصول على مجموعات بيانات GEO والمعالجة المسبقة

تم استرجاع مجموعات بيانات النسخات البشرية المتعلقة بالتهاب القولون التقرحي (UC) من قاعدة بيانات GEO باستخدام الكلمة المفتاحية "التهاب القولون التقرحي". بعد فحص مجموعات بيانات تحليل التعبيرات التي تحتوي على مجموعات تحكم بالوحدة التقرحية ومجموعة ضابطة صحية محددة بوضوح وحجم عينة كاف، تم اختيار GSE8746620 و GSE9241521، وكلاهما تم إنشاؤهما على منصة GPL13158، كمجموعة تدريب. احتوت هذه المجموعات على 87 عينة من الالتهاب العصبي و21 عينة صحية، و53 عينة من الالتهاب التقرحي و21 عينة صحية على التوالي. للتحقق الخارجي، GSE8747322 (106 عينة من القولون التقرحي و21 ضابطا صحيا)و23 GSE16879 (48 عينة من القولون التقرحية و12 مجموعة ضابطة صحية؛ تم تضمين منصة GPL570). تم تنزيل ملفات خام أو مصفوفة تسلسلية واستيرادها إلى R للمعالجة المسبقة. تم تحويل معرفات المجسات إلى رموز جينية وفقا لملفات التعليقات التوضيحية على المنصة المقابلة. عندما تم تعيين عدة مجسات إلى نفس رمز الجين، تم الاحتفاظ بمتوسط قيمة التعبير. تم استبعاد العينات التي تفتقر إلى معلومات واضحة عن المجموعة قبل التحليل اللاحق. تم دمج مجموعتي بيانات التدريب بواسطة رموز جينية مشتركة. تم تحويل قيم التعبير إلى log2 عند الحاجة، ثم تطبيعها باستخدام إجراء تطبيع قياسي بين المصفوفات، وتصحيحها لتأثيرات الدفعات باستخدام طريقة تعديل الدفعات بعد تعريف أصل مجموعة البيانات كمتغير دفعي. تم استخدام تحليل المكونات الرئيسية وفحص مخطط الصناديق قبل وبعد التطبيع/تصحيح الدفعات كنقاط تحقق لمراقبة الجودة. تم تحديد المعالجة المسبقة الناجحة من خلال تحسن تداخل توزيعات العينات عبر مجموعات البيانات وتخفيف التجميع المدفوع بمجموعات البيانات. تم تجميع ما مجموعه 902 جين مرتبط ب PANoptosis من الأدبيات المنشورة واستخدامها كمجموعة جينات مرجعية للتحليل التكاملي.

تحديد الجينات المعبر عنها بشكل مختلف وبناء شبكة WGCNA

تم تحليل مصفوفة التدريب المدمجة بلغة R باستخدام سير عمل عبر التعبير التفاضلي. الجينات التي تتغير |log2 تم تعريف ≥ 0.585 والبسترين المعدل < 0.05 كجينات معبرة تفاضلا (DEGs). تم توليد مخططات البراكين وخرائط حرارية كمخرجات وسيطة لتأكيد أن معايير الترشيح أظهرت فروقا بيولوجية قابلة للتفسير في التعبير بين مجموعات الوحدة التوغربية ومجموعة التحكم. في تحليل شبكة التعبير المشترك للجينات المرجحة (WGCNA)، تم تصنيف الجينات حسب التباين عبر العينات، وتم الاحتفاظ بأعلى 25٪ من الجينات الأكثر تنوعا كمدخلات. تم فحص شجرة تجميع العينات أولا لتحديد العينات الشاذة المحتملة؛ لم يتم الاحتفاظ بأي استثناءات واضحة لبناء الشبكة ما لم يكن الإزالة مبررة بمعايير مراقبة الجودة. تم اختيار قدرة عتبة ناعمة بناء على مؤشر التوافق الطوبولوجي الخالي من المقياس، وتم استخدام أصغر قدرة تحقق شبكة شبه خالية من المقياس لبناء مصفوفة المجاور. ثم تم تحويل مصفوفة المجاور إلى مصفوفة تداخل طوبولوجية، وتم إجراء التجميع الهرمي باستخدام اختلاف التوافق القائم على TOM. تم تحديد الوحدات باستخدام قطع الأشجار الديناميكي بحجم وحدة لا يقل عن 100 جين. تم دمج وحدات ذات صلة وثيقة عندما تجاوز ارتباط الجين الذاتي معيار الدمج المسبق المعين. تم حساب الجينات الذاتية للوحدات، وأهمية الوحدات، وقيم الدلالة الجينية لتحديد الوحدات الأكثر ارتباطا بنمط الوحدة المزمنة. تم تحديد خطوة ناجحة في WGCNA من خلال فصل الوحدات المستقر، وأحجام وحدات بيولوجية معقولة، ووحدة أو أكثر تظهر ارتباطا واضحا بحالة المرض.

تحديد الأهداف المرشحة في GQD

تم جمع المركبات والأهداف المرشحة التي تتوافق مع المكونات العشبية الأربعة لديكوتشن جيغن كينليان (GQD)—بويراريا لوباتا، سكوتيلاريا بايكالينسيس، كوبتيس شينينسيس، وجليسيريزا يورانسيس—من TCMSP24 وBATMAN-TCM25. تم تحديد حدود الفحص كما يلي: التوافر البيولوجي الفموي ≥ 30٪ وشبه الدواء ≥ 0.18 للسجلات المستمدة من قاعدة بيانات واحدة؛ ≥ درجة الثقة 0.84 ونسبة P المعدلة < 0.05 للسجلات المستمدة من قاعدة بيانات أخرى. تم إضافة مركبات إضافية من قاعدة بيانات الطب العشبي عندما لم يتم جمع السجلات ذات الصلة في البحث الأولي. تم تقديم سلاسل من المركبات المحتفظ بها من SMILES إلى منصة تقييم ADME عبر الإنترنت. تم الاحتفاظ بالمركبات عندما أظهرت امتصاصا عاليا في الجهاز الهضمي واستوفت على الأقل مجموعتين من قواعد الشبيه بالأدوية بين ليبينسكي، غوز، فيبر، إيغان، ومويغ. ثم تم التنبؤ بالأهداف المفترضة باستخدام منصة توقع الأهداف باحتمالية > 0.1 وتوحيد إلى رموز جينية رسمية باستخدام قاعدة بيانات توضيحية للبروتين. تمت إزالة المركبات المكررة والأهداف المكررة بعد دمج قواعد البيانات. كان الناتج المتوقع من هذه الخطوة هو مجموعة بيانات مركبة غير مكررة من GQD ومناسبة لتحليل التداخل.

تحديد الجينات المتداخلة وأداء التحليل الوظيفي

تم تعريف الأهداف العلاجية المحتملة على أنها التقاطع بين الأهداف المرتبطة ب GQD، والجينات المرتبطة بالUC التي تم تحديدها من خلال التعبير التفريقي وWGCNA، ومجموعة الجينات المرتبطة ب PANoptosis. تم تصور علاقات التداخل باستخدام مخطط فين. ثم تم تقديم الجينات المتقاطعة إلى قاعدة بيانات تفاعل البروتين والبروتين (PPI)، وتم الاحتفاظ بأزواج التفاعل ذات درجة الثقة ≥ 0.4. تم تصدير شبكة PPI الناتجة وعرضها في منصة تحليل الشبكة. تم تعريف خطوة PPI الناجحة بوجود شبكة متصلة تحتوي على غالبية الجينات المتقاطعة بدلا من العقد المعزولة فقط. تم إجراء تحليل الإثراء الوظيفي، بما في ذلك تحليل أنطولوجيا الجينات (GO) وموسوعة كيوتو للجينات والجينومات (KEGG)، في R مع عتبة < q 0.05. تم استبعاد الشروط أو المسارات التي لا تستوفي هذا العتبة. تم تلخيص العمليات البيولوجية الغنية العليا ومسارات الإشارة لاستنتاج الآلية المحتملة التي قد تنظم من خلالها GQD الوحدة السرية التقرحية الميدانية. تم توليد مخططات الشريط ومخططات الفقاعات كنتائج وسيطة للتحقق مما إذا كانت نتائج الإثراء تهيمن عليها مسارات مرتبطة بالالتهاب أو المناعة أو إصابة الظهارة، كما هو متوقع من السياق البيولوجي.

تحليل أنماط التعبير، وتحديد مواقع الكروموسومات، والارتباطات

تمت مقارنة مستويات التعبير للجينات المشتركة بين مجموعات الكولوراسي والمجموعة الضابطة باستخدام سير عمل قياسي لتصور التعبير التفاضلي في R. تم توليد مخططات الصندوق وخرائط الحرارة، واعتبر P < 0.05 ذات دلالة إحصائية. تم الاحتفاظ فقط بالجينات ذات اتجاه التعبير القابل للتفسير والسلوك المتسق عبر مجموعة التدريب للتقييم الآلي اللاحق. تم رسم تحديد مواقع الكروموسومات لجينات أساسية مختارة بعد تنسيق ملفات التعليقات الجينية إلى الهيكل المطلوب للمدخلات، وتم تصور المواقع الجينومية باستخدام سير عمل رسم كروموسومات دائري. ثم تم حساب مصفوفات الارتباط بين الجينات الأساسية باستخدام تحليل الارتباط الزوجي. النتيجة المتوقعة لهذه الخطوة كانت تحديد أزواج الجينات التي تظهر أنماط تعبير منسقة يمكن أن تدعم التنظيم المشترك أو التفاعل الوظيفي.

بناء وتقييم نماذج التعلم الآلي

تم تطوير النماذج التشخيصية باستخدام مجموعة التدريب المدمجة (GSE87466 + GSE92415)، بينما تم استخدام GSE16879 و GSE87473 كمجموعات بيانات تحقق خارجية مستقلة. تم استخدام اثنتي عشرة خوارزمية تعلم آلي - Lasso، Ridge، Stepglm، XGBoost، Random Forest، Enet، plsRglm، GBM، NaiveBayes، LDA، glmBoost، وSVM - لتوليد 113 تركيبة نماذج26. تم تطبيق التحقق المتقاطع عشرة أضعاف داخل مجموعة التدريب. في كل طي، تم إجراء تدريب النماذج، واختيار الميزات، وتقدير الأداء باستخدام نفس منطق التدريب/الاختبار لتجنب تسرب المعلومات. تم تقييم أداء النموذج بشكل أساسي بناء على المساحة تحت منحنى خاصية تشغيل المستقبل (AUC). تم تعريف النموذج الأمثل بأنه النموذج الذي يحمل أعلى متوسط في AUC عبر مجموعات بيانات التدريب والتحقق وليس أعلى AUC تدريبي فقط. لم تحتفظ النماذج التي أظهرت تدريبا عاليا جدا ب AUC ولكن أداء ضعيف في التحقق الخارجي. تم توليد منحنيات ROC لكل نموذج محتفظ، وتم بناء رسم نوموغرامي من المؤشرات الحيوية النهائية المختارة. تم تعريف خطوة النمذجة الناجحة من خلال أداء التحقق المتقاطع المستقر والحفاظ على القدرة التمييزية في مجموعات البيانات الخارجية.

أداء GSVA والتعبير الجيني الأساسي للملف الشخصي

تم إجراء تحليل تباين مجموعة الجينات (GSVA) لمقارنة إثراء المسارات بين المجموعات ذات التعبير العالي ومنخفض التعبير المعرفة بقيمة التعبير الوسيطة لكل جين أساسي. تم استخدام P < 0.05 المعدل كحد أقصى لفروق المسارات الكبيرة. تم استبعاد المسارات التي لم تحقق هذا الحد من التفسير. تم إنشاء خرائط حرارية ومخططات ارتباط لتوضيح نشاط المسارات وأنماط التعبير المشتركة. وقد أشير إلى النجاح المتوسط لهذه الخطوة من خلال ملفات الإثراء المتوافقة مع اضطراب الالتهاب أو المناعة أو الأيض المرتبط بالتهاب القولون التقرحي.

تحليل المشهد المناعي وبناء شبكة ceRNA

تم تقدير تركيب الخلايا المناعية باستخدام خوارزمية فك الالتفاف تحتوي على 1000 تبديل. تم استبعاد العينات التي فشلت في معيار دلالة فك الالتفاف الداخلي من تحليل الارتباط المناعي اللاحق. ولتكمل هذا التحليل، تم استخدام تحليل إثراء مجموعة الجينات بعينة واحدة (ssGSEA) أيضا لتقييم أنماط التسلل المناعي. ثم تم حساب وتصور الارتباطات بين كسور الخلايا المناعية والتعبير الجيني الأساسي. لبناء شبكة ceRNA، تم تحديد miRNA التي تستهدف mRNA الأساسية من قواعد بيانات التفاعل المتاحة للجمهور، وتم فحص lncRNA المرشحة التي تتفاعل مع هذه ال miRNA لاحقا. تم الاحتفاظ فقط بالتفاعلات المدعومة بسجلات التنبؤ أو التعليقات في قاعدة البيانات. تم تصور شبكة التنظيم mRNA-miRNA-lncRNA في منصة تحليل الشبكة. كان الناتج المتوقع من هذه الخطوة هو شبكة ceRNA منظمة مع منظمات بيولوجية معقولة مرتبطة بالجينات الأساسية.

أداء تحليل الخلايا الأحادية

تم استيراد GSE214695 مجموعة البيانات أحادية الخلية إلى R وتحويلها إلى كائنات خلية واحدة باستخدام سير عمل تحليل خلية واحدة قياسي. تم إجراء مراقبة الجودة عن طريق تصفية الخلايا وفقا للمقاييس القياسية، بما في ذلك الخلايا ذات الميزات المنخفضة، والقطرات الفارغة المحتملة، والخلايا ذات جودة النسخ الضعيفة. تم تطبيع الخلايا التي اجتازت مراقبة الجودة، وتم اختيار أفضل 2000 جين عالي التغير لتحليل المكونات الرئيسية. تم الاحتفاظ بالمكونات الرئيسية التي تساهم في تباين بيولوجي ذي معنى للتجميع غير المراقب، واستخدم UMAP للتصوير ثنائي الأبعاد. تم تحديد جينات العلامات التجمعية باستخدام تحليل التعبير التفاضلي عبر العناصر. ثم تم إجراء التعليقات على نوع الخلية عن طريق التصنيف المرجعي، وتم التحقق من التعليقات مع التعبير المعياري للعلامات عندما يكون ذلك ممكنا. تم تحديد خطوة خلية واحدة ناجحة من خلال فصل واضح للمجموعات الخلوية الرئيسية على مخطط UMAP، وجينات المؤشرات القابلة للتفسير لكل مجموعة27، وتوضيح متسق لأنواع الخلايا المناعية والخلايا البثمية الرئيسية ذات الصلة ب UC.

أداء تحليل العشوائية المندلية

تم إجراء العشوائية المندلية ذات العينتين (MR) لتقييم العلاقات السببية المحتملة بين التعبير الجيني الأساسي وقابلية الإصابة بالكولوكو. تم استخراج المتغيرات الآلية من مجموعات بيانات مواقع الصفات الكمية للتعبير، واستخدمت إحصائيات ملخص دراسة الارتباط على مستوى جينوم الكولومبر كمجموعة بيانات للنتائج. تم فحص SNPs وفقا لمعايير مراقبة الجودة القياسية للرنين المغناطيسي، بما في ذلك الصلة بسمة التعرض وإزالة المتغيرات الغامضة أو المكررة عند الحاجة للتوحيد المغناطيسي. تم استخدام طريقة الموزونة بالتباين العكسي كمقدر سببي أساسي. تم تطبيق اختبار كوكران Q لتقييم التباين (التباين والتنوع). تم استخدام تحليلات MR-Egger وMR-PRESSO كتحليلات حساسية لتقييم وتصحيح التنوع الأفقي عند الحاجة. تم تحديد خطوة ناجحة في MR من خلال توحيد صحيح للأجهزة، وغياب التغاير الرئيسي أو التعدد الثنائي28، وتقديرات متسقة اتجاهيا عبر طرق MR التكميلي.

أداء الالتحام الجزيئي للمركبات المرشحة

تم الحصول على الهياكل ثلاثية الأبعاد للبروتينات المستهدفة من بنك بيانات البروتين، وتم الحصول على هياكل الليغاند من قاعدة بيانات عامة للجزيئات الصغيرة. قبل التحم، كانت البروتينات والروابط تتم معالجتها مسبقا عن طريق إزالة جزيئات الماء عند الحاجة، وإضافة الهيدروجينات، وتحديد أنواع الذرات، وتحويل صيغ الملفات المطلوبة للالتحام العمودي. ثم تم إجراء الالتحام باستخدام سير عمل الالتحام الجزيئي، وتم حساب طاقات الربط لكل زوج من الليغاند-الهدف. تم تفسير التقارب المرتبط الأقل من -5 كيلو كالوري/مول على أنه ارتباط إيجابي، بينما تم تفسير القيم الأقل من -7 كيلو كالوري/مول على أنها ارتباط قوي نسبيا. تم رسم خرائط حرارة الالتحام لمقارنة أنماط الارتباط العالمية عبر الأهداف. تم عرض التشكيلات الأعلى تصنيفا في ثلاثة أبعاد لفحص الروابط الهيدروجينية، والتفاعلات الكارهة للماء، وقرب البقايا. تم تحديد إكمال هذه الخطوة بنجاح من خلال ملفات الإرساء المستقرة، ووضعيات الليغاند المعقولة داخل منطقة الربط المستهدفة، وطاقات الربط المتوافقة مع ترتيب أولويات المرشحين.

أداء التحقق التجريبي في الجسم الحي

تحضير GQD

تم تحضير GQD من أربعة أعشاب طبية صينية تقليدية بنسب الأدوية الخام التالية: 24 جرام من Puerariae Lobatae Radix (Gegen)، 9 جرام من Scutellariae Radix (هوانغتشين)، 9 جرام من Coptidis Rhizoma (هوانغليان)، و6 جرام من Glycyryrizae Radix et Rhizoma (غانكاو). تفاصيل المواد النباتية ومصادرها موفرة في جدول المواد. تم طحن الأعشاب إلى مسحوق ناعم، وخلطها جيدا، ونقعها في 390 مل من الماء المقطر لمدة ساعة واحدة. تم تحضير الخليط مرتين. في الطعم الأول، تم غلي الأعشاب على نار عالية ثم تغلي على نار هادئة لمدة 30 دقيقة. بعد الترشيح عبر الشاش، تعاد غلي البقايا بكمية ماء تتساوي عشرة أضعاف. تم دمج المرشحين وتركيزهما في حمام مائي حتى يصل تركيز الدواء الخام النهائي إلى 5 جرام/مل. ثم يتم ترشيح المستخلص وتبريده وتخزينه عند 4 درجات مئوية حتى الاستخدام.

تأسيس نموذج الفأر UC المستحث بواسطة DSS

تم استخدام ثمانية عشر فأرا ذكرا من نوع BALB/c (عمره 8 أسابيع) في هذه الدراسة، وتمت الموافقة على جميع إجراءات الحيوانات من قبل لجنة الأخلاقيات في جامعة تشنغدو للطب الصيني التقليدي (الموافقة رقم 2022-126). تفاصيل مصدر الحيوان متوفرة في جدول المواد. تم إيواء الفئران في ظروف خالية من مسببات الأمراض عند 20–22 درجة مئوية ورطوبة 55٪ خلال دورة ضوء/ظلام مدتها 12 ساعة. بعد فترة تأقلم مدتها أسبوع واحد، تم تقسيم الحيوانات عشوائيا إلى ثلاث مجموعات (n = 6 لكل مجموعة): NC، UC، وGQD. تلقت مجموعة NC مياه شرب معقمة طوال التجربة، بينما تم إعطاء مجموعتي UC وGQD 1.5٪ (مع الوزن) من كبريتات الدكستران (MW 36-50 كيلو دالتون) في مياه الشرب لمدة 5 أيام متتالية تلاها يومين من الماء العادي. تم تكرار هذه الدورة ثلاث مرات لتأسيس التهاب القولون المزمن. خلال فترة التدخل، تم تناول مجموعتي NC وUC مرتين يوميا بجرعة 200 ميكرولتر من كربوكسي ميثيل الصوديوم 0.5٪، بينما تلقت مجموعة GQD GQD عن طريق التشويش الفموي مرتين يوميا.

تكون الوصفة السريرية ل GQD من 24 جرام جيغن، 9 جرام هوانغتشين، 9 جرام هوانغليان، و6 جرام جانكاو، وهو ما يعادل إجمالي كمية دواء خام تبلغ 48 جراما يوميا للبالغين. بافتراض وزن الجسم البالغ القياسي 60 كجم، كانت الجرعة المكافئة للبالغين 0.8 جرام/كجم/يوم. استنادا إلى معامل التحويل التقليدي بين الإنسان إلى الفأر البالغ 1:12، كانت الجرعة المكافئة للفأر 9.6 جرام/كجم/يوم. وفقا لنسبة الجرعات المنخفضة والمتوسطة والعالية المحددة مسبقا وهي 1:2:4، كانت الجرعات المحسوبة 9.6، 19.2، و38.4 جرام/كجم/يوم، على التوالي. نظرا لشدة واستمرار التهاب القولون في نموذج التهاب القولون المتكرر الناتج عن DSS، تم اختيار نظام الجرعة العالية لضمان تدخل دوائي كاف أثناء التحقق الحي. لدعم التعرض الدوائي الكافي خلال المرحلة الالتهابية النشطة، تم تقسيم الجرعة اليومية الإجمالية 38.4 جرام/كغ/يوم إلى إعطاءين متساويين. طوال التجربة، تم مراقبة وزن الجسم، وتماسك البراز، والنزيف الشرجي يوميا. في نهاية البروتوكول، تم القضاء على الفئران وجمع أنسجة القولون لإجراء تحليلات لاحقة.

تقييم وزن الجسم ومؤشر نشاط الأمراض

تم تسجيل وزن الجسم يوميا والتعبير عنه كنسبة من وزن الجسم الأولي في اليوم 0. تم تقييم شدة المرض باستخدام مؤشر نشاط المرض (DAI)، الذي تضمن ثلاثة معايير: فقدان وزن الجسم، اتساق البراز، والنزيف الشرجي. تم تقييم كل معلمة بشكل مستقل على مقياس من 0 إلى 4 حسب شدة المظاهر السريرية، مع النقاط الأعلى التي تشير إلى نشاط مرضي أكثر شدة. تم حساب المؤشر النهائي كمتوسط الدرجات الثلاثة الفردية، مما أدى إلى مجموع درجات يتراوح من 0 إلى 4. باختصار، أشارت درجة 0 إلى عدم وجود أي شذوذ، في حين أن الدرجات من 1 إلى 4 أظهرت فقدانا أكبر للوزن، وتناسق براز أكثر تدريجيا، ونزيف شرجي أكثر شدة. معايير التقييم التفصيلية تعرض في الجدول 1.

أداء التلوين ب H&E وحساب مؤشر النشاط النسيجي

للتقييم الأنسيجي، تم تثبيت أنسجة القولون في بارافورمالديهايد بنسبة 4٪، وتجفيفها عبر الإيثانول التدريجي، وغرسها في البارافين، وقطعها بسماكة 4 ميكرومتر. تم إزالة البارافين، وإعادة ترطيب، وصبغ الهيماتوكسيلين، وصبغها بالإيوزين، وتجفيفها، وإزالتها، وتركيبها. تمت ملاحظة الصور الأنسجة باستخدام مجهر ذو مجال ساطع ومسحها باستخدام نظام مسح الشريحات. معلومات المعدات المحددة مدرجة في جدول المواد. تم تقييم الإصابة النسيجية بناء على ثلاثة معايير، منها استنزاف خلايا الكأس، وتلف هيكل القبوة، وتسلل الخلايا الالتهابية. تم تقييم كل معلم حسب درجة إصابة الأنسجة، وتم تعريف مجموع درجات المعلمات الثلاثة كمؤشر النشاط الأنسجي (HAI)، الذي يتراوح من 0 إلى 10، كما هو موضح في الجدول 2. لقياس خلايا الكأس، تم تحليل خمسة حقول غير متداخلة مختارة عشوائيا في كل قسم بتكبير 400× تم عد عدد خلايا الكأس في كل حقل يدويا بطريقة عمياء، وتم حساب متوسط العد لكل حقل لكل قسم قولوني تمثيلي.

أداء التلوين المناعي الكيميائي

بعد إزالة البارافين وإعادة الترطيب، خضعت أقسام الأنسجة لاسترجاع مستضدات بنسبة 0.1٪ تريبسين عند 37 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة، تلاها حضانة مع 3٪ بيروكسيد الهيدروجين لمنع نشاط البيروكسيداز الداخلي. ثم تم حضن الأقسام طوال الليل عند 4 درجات مئوية باستخدام الأجسام المضادة الأولية للأرانب ضد STAT3 (1:200، HUABIO، ET1605-45)، TIMP1 (1:1000، Proteintech، 26847-1-AP)، SPHK2 (1:500، Proteintech، 17096-1-AP)، وHSPA5 (1:1000، تقنية الإشارات الخلية، #3177)، مخففة بنسبة 1٪ BSA. تفاصيل الأجسام المضادة ومصادرها موفرة في جدول المواد. بعد الغسل باستخدام PBS، تم حضن الأقسام مع الجسم المضاد الثانوي المقابل (1:2000) في درجة حرارة الغرفة لمدة 1.5 ساعة. تم رصد النشاط المناعي باستخدام مادة كشف كروموجينية، وتم صبغ النوى بمضاد الهيماتوكسيلين. تم إجراء تحليل الصور الكمي باستخدام برنامج تحليل الصور المدرج في جدول المواد.

أداء تحليل qRT-PCR

تم استخراج إجمالي الحمض النووي الريبي باستخدام كاشف استخراج RNA قائم على الفينول وتم نسخه عكسيا باستخدام مجموعة تخليق cDNA للسلسلة الأولى. تم إجراء النسخ العكسي عند 25 درجة مئوية لمدة 10 دقائق، و55 درجة مئوية لمدة 15 دقيقة، و85 درجة مئوية لمدة 5 دقائق. تم إجراء qRT-PCR لاحقا باستخدام نظام PCR في الوقت الحقيقي ومزيج من SYBR Green qPCR. كانت شروط التضخيم كما يلي: إزالة الطبيعة الأولية عند 95 درجة مئوية لمدة 60 ثانية، تلتها 40 دورة عند 95 درجة مئوية لمدة 15 ثانية، 60 درجة مئوية لمدة 15 ثانية، و72 درجة مئوية لمدة 45 ثانية. تم تصميم تسلسلات البادئات باستخدام برامج تصميم البادئات وهي مدرجة في الجدول 3. تم استخدام GAPDH كمرجع داخلي، وتم حساب مستويات تعبير mRNA النسبية باستخدام طريقة 2^-ΔΔCt . تم تحليل كل عينة على ثلاث نسخ، وتم تكرار كل تجربة على الأقل ثلاث مرات. تفاصيل المواد والأدوات والبرمجيات موفقة في جدول المواد.

أداء تحليل البقعة الغربية

تم تجانس أنسجة القولون في محلول تحلل يحتوي على مثبط بروتيز على الثلج وتم تحللها جيدا لمدة ساعتين. تم تحديد تركيزات البروتين باستخدام مجموعة اختبار البروتين. تم خلط كميات متساوية من البروتين مع عازل التحميل، وتم تفكيكها قبل الرحلان الكهربائي، وفصلها بنسبة 10٪ SDS-PAGE، ونقلها إلى أغشية PVDF عند 100 فولت لمدة ساعة واحدة. بعد الحظر بحليب خالي من الدهون بنسبة 5٪ لمدة ساعة في درجة حرارة الغرفة، تم حضان الأغشية طوال الليل عند 4 درجات مئوية باستخدام الأجسام المضادة الأولية للأرانب ضد STAT3 (1:200، HUABIO، ET1605-45)، TIMP1 (1:1000، Proteintech، 26847-1-AP)، SPHK2 (1:500، Proteintech، 17096-1-AP)، HSPA5 (1:1000، Cell Signaling Technology، #3177)، وGAPDH عند تخفيف العمل المقابل. بعد الغسل باستخدام TBST (20 ملليموتر تريس، 150 ملليمولار NaCl، 0.1٪ Tween-20؛ pH 7.4)، تم حضن الأغشية مع الجسم المضاد الثانوي المقابل (1:5000) في درجة حرارة الغرفة لمدة ساعة واحدة. تم تصور أشرطة البروتين باستخدام كاشف كشف كيميائي مضيء. تم تحليل شدة النطاق باستخدام برنامج تحليل الصور، وتم تطبيع مستويات تعبير البروتينات المستهدفة إلى GAPDH. كانت الأوزان الجزيئية المتوقعة للبروتينات المكتشفة حوالي 88 كيلو دالتون ل STAT3، 21 كيلو دالتون ل TIMP1، 28 كيلو دالتون ل SPHK2، 70 كيلو دالتون ل HSPA5، و36 كيلو دالتون ل GAPDH. تفاصيل الأجسام المضادة، والأغشية، والكواشف، والبرمجيات متوفرة في جدول المواد. يتم توفير أسماء المنتجات المحددة، والمصنعين، وأرقام الكتالوج، ونماذج الأجهزة، وتفاصيل البرمجيات في جدول المواد، بينما تستخدم الوصف العام في النص الرئيسي لتحسين الحيادية والتطبيق العام.

أداء التحليل الإحصائي

تعرض البيانات كمتوسط ± انحراف معياري. تم إجراء الاختبارات الإحصائية باستخدام برامج إحصائية. تم استخدام تحليل أنوفاس أحادي الاتجاه متبوعا باختبار توكي اللاحق للمقارنات متعددة المجموعات. واعتبرت قيمة P ≤ 0.05 ذات دلالة إحصائية.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

اكتساب مجموعة بيانات GEO وتحديد الجينات المرتبطة ب UC

لدراسة تغيرات التعبير الجيني في الكولوريلين المزمن، تم الحصول على مجموعتين بيانات ترانسكريبتوميتين - GSE87466 و GSE92415 - من قاعدة بيانات GEO باستخدام مصطلح "التهاب القولون التقرحي" كمصطلح بحث، مع معايير اختيار تشمل نوع مجموعة البيانات، وتوضيح واضح للمرض/الضابطة، وحجم عينة كاف. شملت هذه المجموعات 140 حالة من الالتهاب التقرفي التقرحي و42 حالة ضابطة صحية. تم استبعاد العينات التي تفتقر إلى عل...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

التهاب القولون التقرحي (UC) هو حالة التهابية مزمنة ومجهول السبب تؤثر بشكل أساسي على الغشاء المخاطي القولوني، وتتميز بالتهاب مستمر أو متقطع. يقلل المرض بشكل كبير من جودة حياة المريض ويزيد من خطر الإصابة بسرطان القولون والمستقيم. على الرغم من أن انتشاره العالمي في تزايد مستمر، إلا أن السبب الدقيق والآليات الأساسية لا تزال مفهومة جزئيا فقط. غالبا ما تؤدي خيارات العلاج الحالية إلى نتائج غير مثالية وغالبا ما تصاحبها آثار جانبية، مما يبرز الحاجة الملحة لأساليب علاجية أكثر فعالية. تؤكد الأبحاث ...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

يعلن المؤلفون أنه لا توجد لديهم مصالح مالية متنافسة معروفة أو علاقات شخصية قد تكون أثرت على العمل المبلغ عنه في هذه الورقة.

شكر وتقدير

كما يشكر المؤلفون قاعدة بيانات GEO على الوصول المفتوح للبيانات والمراجعين على تعليقاتهم البناءة.

التمويل: تم دعم هذا العمل من قبل المؤسسة الوطنية للعلوم الطبيعية في الصين (81973684، 82174358)، ومؤسسة العلوم الطبيعية في مقاطعة سيتشوان (2023NSFSC1760، 2025ZNSFSC1834)، والمشروع الخاص بأبحاث الطب الصيني التقليدي التابع لإدارة مقاطعة سيتشوان للطب الصيني التقليدي (2023MS365، 2020JC0094)، وصندوق الابتكار المشترك للجنة الصحة في تشنغدو وجامعة تشنغدو للطب الصيني التقليدي (WXLH202402019، WXLH202403012، WXLH202501238، WXLH202501201).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
Puerariae Lobatae Radixشركة سيتشوان نيوتوس للطب الصيني التقليدي المحدودة.NTC-001المواد العشبية لتحضير GQD
Scutellariae Radixشركة سيتشوان نيوتوس للطب الصيني التقليدي المحدودة.NTC-002المواد العشبية لتحضير GQD
ورم كوبتيديس ريزوماشركة سيتشوان نيوتوس للطب الصيني التقليدي المحدودة.NTC-003المواد العشبية لتحضير GQD
الجليسيريازا راديكس وراثوماشركة سيتشوان نيوتوس للطب الصيني التقليدي المحدودة.NTC-004المواد العشبية لتحضير GQD
فئران BALB/c، ذكر، عمرها 8 أسابيعشركة بكين HFK للعلوم الحيوية المحدودةلا يوجدالحيوانات التجريبية
كبريتات الدكستران الصوديوم (DSS)، ميغاواط 36-50 كيلو دالتونMP Biomedicals160110كاشف محفز التهاب القولون
كربوكسي ميثيل السليلوز الصوديومسيغما-ألدريتش، سانت لويس، ميزوري، الولايات المتحدة الأمريكيةC5678مركبة للقمع الفموي
بارافورمالديهايدسيغما-ألدريتش، سانت لويس، ميزوري، الولايات المتحدة الأمريكية158127مثبت الأنسجة
الهيماتوكسيلينسيغما-ألدريتش، سانت لويس، ميزوري، الولايات المتحدة الأمريكيةH9627الصبغة النووية
إيوسينسيغما-ألدريتش، سانت لويس، ميزوري، الولايات المتحدة الأمريكيةE4009التصبغ المضاد لعلم الأنسجة
المجهر ذو المجال الساطعنيكونإكليبس 80iالملاحظة النسيجة
نظام المسح الشرائحشركة 3DHISTECH المحدودةبانوراميك 250التقاط صورة الشرائح الرقمية الكاملة
تريبسنجيبكو، كارلسباد، كاليفورنيا، الولايات المتحدة الأمريكية25200-056كاشف استرجاع المستضدات
بيروكسيد الهيدروجينسيغما-ألدريتش، سانت لويس، ميزوري، الولايات المتحدة الأمريكيةH1009حجب نشاط البيروكسيداز الداخلي
ألبومين مصل البقر (BSA)سيغما-ألدريتش، سانت لويس، ميزوري، الولايات المتحدة الأمريكيةA7906مخفف الأجسام المضادة / كاشف حاجب
الأجسام المضادة الأساسية لمضاد STAT3، الأرنبتقنية الإشارة الخلوية9139الجسم المضاد الأساسي ل IHC/WB
الأجسام المضادة الأولية المضادة ل TIMP1، الأرنبأبكامAB211925الجسم المضاد الأساسي ل IHC/WB
الجسم المضاد الأساسي لمضاد SPHK2، الأرنبأبكامab187030الجسم المضاد الأساسي ل IHC/WB
الأجسام المضادة الأساسية المضادة لمادة HSPA5، الأرنبتقنية الإشارة الخلوية3177الجسم المضاد الأساسي ل IHC/WB
الأجسام المضادة الأولية المضادة لGAPDH، الأرنبأبكامab9485التحكم في التحميل ل WB
الأجسام المضادة الثانوية المضادة للأرانب في الماعزتكنولوجيا ييسن الحيوية33201الأجسام المضادة الثانوية ل IHC/WB
كاشف الكشف الكروموجينيشركة بيوتايم للتكنولوجيا الحيوية [شنغهاي] المحدودة، شنغهاي، الصينP0202تطور الإشارات في الكيمياء النصفية المناعية
برنامج تحليل الصورالسائبر الإعلاميإيميج-برو بلس 7.0قياس كمية التلوين وشدة الشريط
كاشف استخراج الحمض النووي الريبي المعتمد على الفينولإنفيتروجينواشاف تريزول، 15596026استخراج الحمض النووي الريبي الكلي
مجموعة تخليق cDNA للسلسلة الأولىبيوتايم بيوتكنولوجيDRR047Aالنسخ العكسي
نظام PCR في الوقت الحقيقيأنظمة حيوية تطبيقيةABI بريزم 7300التضخيم الكمي لتفاعل PCR
مزيج SYBR الأخضر qPCRبيوتايم بيوتكنولوجيDRR420Aكاشف كشف qPCR
برمجيات تصميم البرايمربريميير بايوسوفت إنترناشونال، بالو ألتو، كاليفورنيا، الولايات المتحدة الأمريكيةبرايمر 5.0تصميم البرايمر
مخزن تحليل RIPAبيوتايم بيوتكنولوجيP0013Bكاشف استخراج البروتين
مثبط البروتيز (PMSF)بيوتايم بيوتكنولوجيST506حماية البروتين أثناء التحلل
مجموعة اختبار بروتين BCAبيوتايم بيوتكنولوجيP0010قياس البروتين
غشاء PVDFميرك ميليبورIPVH00010غشاء نقل البروتين
كاشف / نظام كشف الأشعة الكيميائيةثيرمو فيشر العلمي32106كشف الإشارة للنقطة الغربية
البرمجيات الإحصائيةآي بي إمSPSS 23.0التحليل الإحصائي

المراجع

  1. Kobayashi, T., Siegmund, B., Le Berre, C., et al. Ulcerative colitis. Nat Rev Dis Primers. 6 (1), 74 (2020).
  2. Bu, S., Cheng, X., Chen, M., et al. Ulcerative colitis: advances in pathogenesis, biomarkers, and therapeutic strategies. Pharmgenomics Pers Med. 18, 219-238 (2025).
  3. Wetwittayakhlang, P., Golovics, P. A., Gonczi, L., et al. Stable incidence and risk factors of colorectal cancer in ulcerative colitis: a population-based cohort between 1977-2020. Clin Gastroenterol Hepatol. 22 (1), 191-193.e3 (2024).
  4. Catalano, M., Mini, E., Nobili, S., et al. Ulcerative colitis and colorectal cancer: pathogenic insights and precision strategies for prevention and treatment. World J Gastrointest Oncol. 17 (10), 108514 (2025).
  5. Raine, T., Bonovas, S., Burisch, J., et al. ECCO guidelines on therapeutics in ulcerative colitis: medical treatment. J Crohns Colitis. 16 (1), 2-17 (2022).
  6. Singh, S., Loftus, E. V., Limketkai, B. N., et al. AGA living clinical practice guideline on pharmacological management of moderate-to-severe ulcerative colitis. Gastroenterology. 167 (7), 1307-1343 (2024).
  7. Wu, B., Su, S., Li, Y., et al. Dysregulated programmed cell death of intestinal epithelial cells in ulcerative colitis: molecular mechanisms and novel therapeutic interventions (review). Int J Mol Med. 56 (6), 230 (2025).
  8. Upmanyu, K., Upadhyay, S. Wiring and rewiring PANoptosis: molecular vulnerabilities for targeting inflammatory cell death in human disease. Cytokine Growth Factor Rev. 86, 1-16 (2025).
  9. Jiang, Y., Qiang, Z., Liu, Y., et al. Diverse functions of NLRP3 inflammasome in PANoptosis and diseases. Cell Death Discov. 11 (1), 389 (2025).
  10. Wang, J. M., Yang, J., Xia, W. Y., et al. Comprehensive analysis of PANoptosis-related gene signature of ulcerative colitis. Int J Mol Sci. 25 (1), 348 (2023).
  11. Ji, Y., Li, P., Ning, T., et al. PANoptosis-related genes: molecular insights into immune dysregulation in ulcerative colitis. J Gastroenterol Hepatol. 40 (1), 177-191 (2025).
  12. Ye, Z., Deng, M., Yang, Y., et al. Epithelial mitochondrial fission-mediated PANoptosis is crucial for ulcerative colitis and its inhibition by saquinavir through Drp1. Pharmacol Res. 210, 107538 (2024).
  13. Liang, Y., Li, Y., Lee, C., et al. Ulcerative colitis: molecular insights and intervention therapy. Mol Biomed. 5 (1), 42 (2024).
  14. Hu, Y., Tang, J., Xie, Y., et al. Gegen Qinlian decoction ameliorates TNBS-induced ulcerative colitis by regulating Th2/Th1 and Tregs/Th17 cells balance, inhibiting NLRP3 inflammasome activation and reshaping gut microbiota. J Ethnopharmacol. 328, 117956 (2024).
  15. Wang, Y., Yan, R., Ye, L., et al. Gegen Qinlian decoction ameliorated DSS-induced colitis by attenuating inflammation, restoring intestinal mucosal barrier and modulating gut microbiota. J Inflamm Res. 18, 8065-8084 (2025).
  16. Zhai, Y., Liu, L., Zhang, F., et al. Network pharmacology: a crucial approach in traditional Chinese medicine research. Chin Med. 20 (1), 8 (2025).
  17. Cui, G., Li, M., Guo, W., et al. AI driven network pharmacology: multi-scale mechanisms of traditional Chinese medicine from molecular to patient analysis. Comput Struct Biotechnol J. 27, 5087-5104 (2025).
  18. Wu, J., Zhang, F., Li, Z., et al. Integration strategy of network pharmacology in traditional Chinese medicine: a narrative review. J Tradit Chin Med. 42 (3), 479-486 (2022).
  19. Panossian, A. Trends and pitfalls in the progress of network pharmacology research on natural products. Pharmaceuticals (Basel). 18 (4), 538 (2025).
  20. Li, K., Strauss, R., Ouahed, J., et al. Molecular comparison of adult and pediatric ulcerative colitis indicates broad similarity of molecular pathways in disease tissue. J Pediatr Gastroenterol Nutr. 67 (1), 45-52 (2018).
  21. Sandborn, W. J., Feagan, B. G., Marano, C., et al. Subcutaneous golimumab induces clinical response and remission in patients with moderate-to-severe ulcerative colitis. Gastroenterology. 146 (1), 85-e15 (2014).
  22. Zhou, Z., Cao, J., Liu, X., et al. Evidence for the butyrate metabolism as key pathway improving ulcerative colitis in both pediatric and adult patients. Bioengineered. 12 (1), 8309-8324 (2021).
  23. Arijs, I., De Hertogh, G., Lemaire, K., et al. Mucosal gene expression of antimicrobial peptides in inflammatory bowel disease before and after first infliximab treatment. PLoS One. 4 (11), e7984 (2009).
  24. Yang, M., Chen, J. L., Xu, L. W., et al. Navigating traditional chinese medicine network pharmacology and computational tools. Evid Based Complement Alternat Med. 2013, 731969 (2013).
  25. Kong, X., Liu, C., Zhang, Z., et al. BATMAN-TCM 2.0: an enhanced integrative database for known and predicted interactions between traditional Chinese medicine ingredients and target proteins. Nucleic Acids Res. 52 (D1), D1110-D1120 (2024).
  26. Zhang, H., Zhang, H., Yang, H., et al. Machine learning-based integrated identification of predictive combined diagnostic biomarkers for endometriosis. Front Genet. 14, 1290036 (2023).
  27. Chen, B., Khodadoust, M. S., Liu, C. L., et al. Profiling tumor infiltrating immune cells with CIBERSORT. Methods Mol Biol. 1711, 243-259 (2018).
  28. Burgess, S., Thompson, S. G. Interpreting findings from Mendelian randomization using the MR-Egger method. Eur J Epidemiol. 32 (5), 377-389 (2017).
  29. Feuerstein, J. D., Cheifetz, A. S. Ulcerative colitis: epidemiology, diagnosis, and management. Mayo Clin Proc. 89 (11), 1553-1563 (2014).
  30. Gros, B., Kaplan, G. G. Ulcerative colitis in adults: a review. JAMA. 330 (10), 951-965 (2023).
  31. Wang, M., Fu, R., Xu, D., et al. Traditional Chinese medicine: a promising strategy to regulate the imbalance of bacterial flora, impaired intestinal barrier and immune function attributed to ulcerative colitis through intestinal microecology. J Ethnopharmacol. 318 (Pt A), 116879 (2024).
  32. Naito, Y., Takagi, T. Role of gut microbiota in inflammatory bowel disease pathogenesis. J Clin Biochem Nutr. 75 (3), 175-177 (2024).
  33. Su, M., Tang, T., Tang, W., et al. Astragalus improves intestinal barrier function and immunity by acting on intestinal microbiota to treat T2DM: a research review. Front Immunol. 14, 1243834 (2023).
  34. Sun, X., Yang, Y., Meng, X., et al. PANoptosis: mechanisms, biology, and role in disease. Immunol Rev. 321 (1), 246-262 (2024).
  35. Wu, Y., Fang, Y., Li, Y., et al. A network pharmacology approach and experimental validation to investigate the anticancer mechanism of Qi-Qin-Hu-Chang formula against colitis-associated colorectal cancer through induction of apoptosis via JNK/p38 MAPK signaling pathway. J Ethnopharmacol. 319 (Pt 3), 117323 (2024).
  36. Liu, B., Piao, X., Niu, W., et al. Kuijieyuan decoction improved intestinal barrier injury of ulcerative colitis by affecting TLR4-dependent PI3K/AKT/NF-κB oxidative and inflammatory signaling and gut microbiota. Front Pharmacol. 11, 1036 (2020).
  37. Lin, C., Zhou, Z., Zhang, L., et al. Gegen Qinlian decoction relieves ulcerative colitis via adjusting dysregulated Nrf2/ARE signaling. Evid Based Complement Alternat Med. 2022, 2934552 (2022).
  38. Chong, J., Chen, Z., Ma, J., et al. Mechanistic investigation and the optimal dose based on baicalin in the treatment of ulcerative colitis-a preclinical systematic review and meta-analysis. BMC Gastroenterol. 25 (1), 50 (2025).
  39. Li, X., Xu, S., Zhang, Y., et al. Berberine depresses inflammation and adjusts smooth muscle to ameliorate ulcerative colitis of cats by regulating gut microbiota. Microbiol Spectr. 10 (6), e0320722 (2022).
  40. Li, H., Fan, C., Lu, H., et al. Protective role of berberine on ulcerative colitis through modulating enteric glial cells-intestinal epithelial cells-immune cells interactions. Acta Pharm Sin B. 10 (3), 447-461 (2020).
  41. Jia, N., Meng, Y., Li, J., et al. Pharmacodynamic and pharmacokinetic study of Shaoyao Gancao decoction for repairing intestinal barrier damage in ulcerative colitis. Mol Immunol. 175, 132-142 (2024).
  42. Yu, T., Xie, Y., Wang, Z., et al. Quercetin ameliorates celiac-related intestinal inflammation caused by wheat gluten through modulating oxidative stress, Th1/Th2/Treg balance, and intestinal microflora structure. Food Funct. 15 (18), 9343-9356 (2024).
  43. Sun, W., Jia, J., Liu, G., et al. Polysaccharides extracted from old stalks of Asparagus officinalis L. improve nonalcoholic fatty liver by increasing the gut butyric acid content and improving gut barrier function. J Agric Food Chem. 73 (11), 6632-6645 (2025).
  44. Huang, R., Wang, K., Gao, L., et al. TIMP1 is a potential key gene associated with the pathogenesis and prognosis of ulcerative colitis-associated colorectal cancer. Onco Targets Ther. 12, 8895-8904 (2019).
  45. Tran, M. T. Identification of TIMP1-induced dysregulation of epithelial-mesenchymal transition as a key pathway in inflammatory bowel disease and small intestinal neuroendocrine tumors shared pathogenesis. Front Genet. 15, 1376123 (2024).
  46. Sukocheva, O. A., Lukina, E., McGowan, E., et al. Sphingolipids as mediators of inflammation and novel therapeutic target in inflammatory bowel disease. Adv Protein Chem Struct Biol. 120, 123-158 (2020).
  47. Gong, Z. Z., Li, T., Yan, H., et al. Exploring the autophagy-related pathogenesis of active ulcerative colitis. World J Clin Cases. 12 (9), 1622-1633 (2024).
  48. Gao, F., Zhu, F., Shuai, B., et al. Quercetin ameliorates ulcerative colitis by restoring the balance of M2/M1 and repairing the intestinal barrier via downregulating cGAS-STING pathway. Front Pharmacol. 15, 1351538 (2024).
  49. Elhefnawy, E. A., Zaki, H. F., El Maraghy, N. N., et al. Genistein and/or sulfasalazine ameliorate acetic acid-induced ulcerative colitis in rats via modulating INF-γ/JAK1/STAT1/IRF-1, TLR-4/NF-κB/IL-6, and JAK2/STAT3/COX-2 crosstalk. Biochem Pharmacol. 214, 115673 (2023).
  50. Qu, Y., Li, X., Xu, F., et al. Kaempferol alleviates murine experimental colitis by restoring gut microbiota and inhibiting the LPS-TLR4-NF-κB axis. Front Immunol. 12, 679897 (2021).
  51. Yao, X., Chen, Y., Li, Y., et al. Chrysin ameliorates dextran sulfate-induced ulcerative colitis in mice by modulating inflammation and gut microbiota. Int J Colorectal Dis. 40 (1), 57 (2025).
  52. Lu, J. Z., Ye, D., Ma, B. L. Constituents, pharmacokinetics, and pharmacology of Gegen-Qinlian decoction. Front Pharmacol. 12, 668418 (2021).
  53. Jiang, Z., Yan, M., Qin, Y., et al. Quercetin alleviates ulcerative colitis through inhibiting CXCL8-CXCR1/2 axis: a network and transcriptome analysis. Front Pharmacol. 15, 1485255 (2024).
  54. Helmy, S. A., Samaha, M. M., Abd El Salam, A. S. G., et al. Biotin/sulfasalazine combination therapy alleviates acetic acid-induced ulcerative colitis in rats via modulation of S1PR1/NF-κB/IL-23/STAT3/COX-2 axis. Sci Rep. 15 (1), 27037 (2025).
  55. Tang, L., Liu, Y., Tao, H., et al. Combination of Youhua Kuijie Prescription and sulfasalazine can alleviate experimental colitis via IL-6/JAK2/STAT3 pathway. Front Pharmacol. 15, 1437503 (2024).
  56. Yang, T., Ma, X., Wang, R., et al. Berberine inhibits IFN-γ signaling pathway in DSS-induced ulcerative colitis. Saudi Pharm J. 30 (6), 764-778 (2022).
  57. Wu, G. L., Li, L., Chen, X. Y., et al. Machine learning-based B cell-related diagnostic biomarker signature and molecular subtypes characteristic of ulcerative colitis. Aging (Albany NY). 16 (3), 2774-2788 (2024).
  58. Zhang, M., Li, X., Zhang, Q., et al. Roles of macrophages on ulcerative colitis and colitis-associated colorectal cancer. Front Immunol. 14, 1103617 (2023).
  59. Li, H., Wang, Z., Guan, Z., et al. UCFNNet: ulcerative colitis evaluation based on fine-grained lesion learner and noise suppression gating. Comput Methods Programs Biomed. 247, 108080 (2024).
  60. Wu, Y., Zeng, M., Jiao, X., et al. Protective effects of pollenin B in asthma: PPAR-γ-mediated regulation of inflammatory pathways and arachidonic acid metabolism. Phytomedicine. 145, 156975 (2025).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

الوسوم

تثبيط الـ PANoptosisتحليل الأوميكس المتعددالفارماكولوجيا الشبكيةالمركبات النشطة بيولوجياًالتعبير الجينيالارتشاح المناعيالإرساء الجزيئيشبكة التفاعلات البروتينية
تواصل معنا
أوصِ به للمكتبة

الخصوصية

شروط الاستخدام

السياسات

حقوق الطبع والنشر © 2026 MyJoVE Corporation. جميع الحقوق محفوظة.