معالجة وخطية ودقة الكشف عن النسيلية
اعتمدت فحوصات نسيلية BCR/TCR على جولتين من تفاعل البوليميراز المتسلسل المتعدد (multiplex PCR) يليه تسلسل الجيل القادم NGS (الشكل 1). استطاعت فحوصات نسيلية BCR تحديد إعادة ترتيب IGH (VH-DH-JH أو DH-JH)، وIGK (Vκ-Jκ، وVκ-Kde، وintronRSS-Kde)، وIGL (Vλ-Jλ)، بالإضافة إلى انتقالات BCL1-IGH وBCL2-IGH باستخدام تفاعلات منفصلة أو تفاعل مختلط واحد معدل. بينما تمكنت فحوصات نسيلية TCR من الكشف عن إعادة ترتيب TCRB (Vβ-Dβ-Jβ) وTCRG (Vγ –Jγ). وأظهرت نسيلية BCR في الأورام اللمفاوية للخلايا البائية معدل كشف بلغ 93.94%، بينما أظهرت نسيلية TCR في الأورام اللمفاوية للخلايا التائية معدل كشف بلغ 90.91% (الجدول 1).
تم إثبات الخطية عبر نطاق واسع من مدخلات العينات (0.2 µg و 2 µg و 20 µg) بناءً على نتائج اختبارات الخطوط الخلوية، والتي شملت عدة رتب مقدارية. ولتحديد الخطية، تم تطعيم خلايا خبيثة في gDNA طبيعي باستخدام تخفيفات تسلسلية بمقدار 10 أضعاف (10 و 100 و 1,000 و 10,000 خلية). وقد لوحظت الخطية بميول تقديرية تتراوح من 0.93–1.06 عبر ترددات نسيليّة تتراوح من 1 إلى 10-6 (الشكل 2A). كما قُدِّر حد الكشف LOD بأن يكون بين 1 و 2 من الخلايا الخبيثة في كل من مقايسات نسيليّة BCR و TCR (الشكل 2B). علاوة على ذلك، تمكنت مقايسات نسيليّة BCR/TCR من الكشف عن النسيليّة في الليمفوما باستخدام عينات الأنسجة (BMA) والدم المحيطي المطابق (الجدول التكميلي 1).
المرضى والعينات المستخدمة للتحقق من صحة الكشف عن MRD
شمل التحقق من صحة الكشف عن MRD ما مجموعه 29 مريضاً مصاباً بـ MM، مع استبعاد مريض واحد بسبب تلف العينة. تألفت مجتمع الدراسة من 65.52% (19/29) من الذكور و34.48% (10/29) من الإناث، بمتوسط عمر يبلغ 65 عاماً (يتراوح بين 33-82) (الجدول 2). ومن بين هذه المجموعة، تم تصنيف 31.03% (9/29) من المرضى على أنهم ذوو مخاطر عالية، و24.14% (7/29) مخاطر قياسية، و37.93% (11/29) مخاطر منخفضة وفقاً لمعايير IMWG18. ومثلت مراحل النظام الدولي المعدل لتحديد مراحل المايلوما المتعددة (R-ISS) الأولى والثانية والثالثة نسبة 10.34% (3/29)، و48.28% (14/29)، و20.69% (6/29) من المرضى، على التوالي19.
مقارنة بين مقايسات NGS وMFC
أُجريت مقارنة زوجية مباشرة لتقييم الدقة الكمية لمقايسات OriMIRACLE LTM وMFC. وأظهرت النتائج دقة كمية متماثلة عبر النطاق المختبر، لا سيما عند ترددات MRD التي تزيد عن 10−4، مع قيمة Pearson R بلغت 0.73 (الشكل 3). تم الكشف عن الخلايا الورمية بواسطة مقايسات MFC وNGS في 59 عينة من 29 مريضاً مصاباً بـ MM، وبلغ الاتساق 81.36% (48/59). ويعكس هذا الاتساق وجود خلايا ورمية يمكن الكشف عنها عبر نقاط زمنية مختلفة، وليس تطابقاً حقيقياً بين الطرق. ومن بين العينات، كانت 62.07% (18/29) إيجابية لـ MRD بواسطة كل من مقايسات NGS وMFC، وكان مريض واحد سلبياً لـ MRD بكلتا الطريقتين، بينما كانت نتائج 11 مريضاً إيجابية لـ MRD بواسطة NGS وسلبية لـ MRD بواسطة MFC. ومن بين المرضى الذين ظهرت لديهم نتائج كشف غير متسقة، كان لدى ثلاثة منهم تردد كشف أقل من 10-4، بينما كان لدى ثمانية تردد كشف ضمن النطاق 10-2–10-4 (الشكل 3). يتم إجراء استخلاص DNA من عينات لطاخات نخاع العظم المتبقية للحصول على أكبر كمية ممكنة من DNA. وللكشف عن النسيلية قبل العلاج، تم اختبار متوسط مدخلات DNA بلغ 91.95 ng (حتى 100.0 ng). وتم استخلاص متوسط 1623.39 ng (تراوح بين 50.1–17400.0 ng) من DNA لاختبار MRD اللاحق (الجدول التكميلي 2). وقد كشف ذلك أن NGS يمكنه الكشف عن MRD حتى عندما تكون العينة المتبقية غير كافية، بينما فشلت MFC في الكشف عن MRD في بعض الحالات.
الصلاحية السريرية للكشف عن MRD بواسطة مقايسة NGS للفترة الرئيسية
تم الكشف عن المتواليات النسلية عند الخط الأساسي لدى جميع مرضى MM، تلا ذلك تقييم MRD (الشكل 4). تم تأكيد أن ثمانية عشر مريضاً كانوا MRD+ من خلال الكشف بواسطة NGS وMFC. ومن بين المرضى الذين كانوا MRD+ بواسطة كل من MFC وNGS، عانى 61.11% (11/18) لاحقاً من PD أو انتكاسة. وحقق 38.89% (7/18) من المرضى استقراراً في المرض (SD) أو PR خلال الدراسة. ومن بين المرضى الذين تم تأكيد أنهم MRD+ بواسطة NGS ولكنهم MRD− بواسطة MFC، لم يتمكن 36.36% (4/11) من تحقيق CR سريرياً في أحدث تقييم سريري (الجدول التكميلي 2). بالإضافة إلى ذلك، من بين جميع المرضى الذين كانت استجابتهم السريرية CR، عانى 37.50% (3/8) من المرضى من انتكاسة بعد التوقف عن العلاج. كما استكشفنا السمات السريرية الأولية ونتائج MFC فيما يتعلق بنتيجة PFS (الشكل التكميلي 1). وكشفت تحليلات PFS أحادية المتغير ومتعددة المتغيرات أنها لم تكن مرتبطة بشكل كبير. وفي هذه الدراسة، لم يلاحظ وجود فرق معنوي في PFS عند تحليل نتائج MRD التي تم الحصول عليها من MFC فقط.
توافر البيانات
نظراً لقيود خصوصية المرضى والسياسات المؤسسية، فإن البيانات الخام غير متاحة للعموم. يتوفر ملخص للبيانات التي تم جمعها في الملف التكميلي 1.

الشكل 1: يتضمن تحليل النسيلية لـ BCR/TCR تفاعل البوليميراز المتسلسل المتعدد (multiplex PCR) يليه تسلسل الجيل القادم (NGS). قامت الجولة الأولى من تفاعل PCR بتضخيم منطقة CDR3 لجينات المستقبلات المناعية المعاد ترتيبها باستخدام بادئات خاصة بالموقع ومؤشرات خاصة بالعينة، وتمت إضافة مهيئات NGS خلال الجولة الثانية من تفاعل PCR. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 2: تم تقييم خطية الكشف عن النسيلية عن طريق إضافة gDNA لخط خلوي إلى gDNA طبيعي عبر نطاق من الترددات النسيلية. (أ) خطية اختبارات النسيلية لـ BCR وTCR. (ب) تقدير حد الكشف (LOD) باستخدام عينات سريرية وخطوط خلوية مضافة إلى gDNA دم محيطي من متبرع سليم. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 3: مقارنة زوجية لقياسات تردد الـ MRD بين الـ MFC ومقايسة NGS MRD. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 4: ديناميكيات MRD لمرضى MM والحالات السريرية المختلفة للمرضى. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.
| أنواع العينات | لا. | نوع المرض | النمط النسيلة السائد |
| الخطوط الخلوية | تعبير RELH | 1 | ابيضاض الدم الليمفاوي الحاد من النوع ب (B-ALL) | IGH, IGK |
| NALM6 | 2 | ابيضاض الدم الليمفاوي الحاد من النوع ب (B-ALL) | IGH, IGK |
| جوركايت | 3 | سرطان الدم اللمفاوي الحاد من الخلايا التائية (T-ALL) | TCRB, TCRG |
| H9 | 4 | الليمفوما | TCRB, TCRG |
| الأورام اللمفاوية الخبيثة السريرية للخلايا البائية | 5 | سرطان الدم اللمفاوي الحاد من النوع ب (B-ALL) | السلسلة الثقيلة للغلوبولين المناعي (IGH) |
| 6 | ابيضاض الدم الليمفاوي الحاد من النوع ب (B-ALL) | IGL |
| 7 | سرطان الدم الليمفاوي الحاد من النوع ب (B-ALL) | السلسلة الثقيلة للغلوبولين المناعي |
| 8 | سرطان الدم الليمفاوي الحاد من النوع ب (B-ALL) | لم يُكتشف |
| 9 | سرطان الدم الليمفاوي المزمن | IGH, IGK |
| 10 | سرطان الدم الليمفاوي المزمن | IGH, IGK |
| 11 | ابيضاض الدم النقوي المزمن في المرحلة المزمنة | IGH |
| 12 | ابيضاض الدم النقوي المزمن في مرحلة الانفجار الأرومي | IGH |
| 13 | ميليمولار | IGK |
| 14 | المجهر المتباين الطور (MM) | IGH, IGK |
| 15 | مضاعف الميليمتر (MM) | IGK |
| 16 | مضاعفات الميلامين (MM) | IGH |
| 17 | تعدد المايلين (MM) | سلسلة الغلوبولين المناعي الثقيلة (IGH) |
| 18 | MM | IGK |
| 19 | مضاعفات العضلات (MM) | IGH |
| 20 | مضاعفات الميلامين (MM) | IGH, IGK |
| 21 | مضاعفات المييلوما المتعددة (MM) | IGH, IGK |
| 22 | مضاعفات مجهرية (MM) | IGH |
| 23 | ليمفوما | IGH, IGK |
| 24 | الليمفوما | IGH, IGK, IGL |
| 25 | ليمفوما | IGH, IGK, IGL |
| 26 | ليمفوما | IGH, IGK, IGL |
| 27 | ليمفوما | IGH |
| 28 | الليمفوما | السلسلة الثقيلة للغلوبولين المناعي |
| 29 | ليمفوما | IGH, IGK, IGL |
| 30 | الليمفوما | IGH, IGK |
| 31 | الليمفوما | IGH, IGK |
| 32 | الليمفوما | IGH, IGK, IGL |
| 33 | الليمفوما | IGK |
| 34 | الليمفوما | IGH |
| 35 | اللمفوما | لم يتم الكشف عنه |
| الأورام اللمفاوية الخبيثة في الخلايا التائية السريرية | 36 | اللمفوما | معدل نمو الخلايا (TCGR) |
| 37 | الليمفوما | TCRB, TCRG |
| 38 | الليمفوما | TCRB, TCRG |
| 39 | الليمفوما | TCRB, TCRG |
| 40 | الليمفوما | TCRB، TCRG |
| 41 | الليمفوما | TCRB, TCRG |
| 42 | الليمفوما | TCRB, TCRG |
| 43 | الليمفوما | TCRB, TCRG |
| 44 | الليمفوما | لم يتم الكشف عنه |
الجدول 1: الكشف عن النسيلة باستخدام فحوصات نسيلة BCR/TCR في 4 خطوط خلوية و40 عينة سريرية. B-ALL: ابيضاض الدم اللمفاوي الحاد من الخلايا البائية؛ T-ALL: ابيضاض الدم اللمفاوي الحاد من الخلايا التائية؛ CP-CML: ابيضاض الدم النقوي المزمن في المرحلة المزمنة؛ BP-CML: ابيضاض الدم النقوي المزمن في مرحلة الانفجار؛ CLL: ابيضاض الدم اللمفاوي المزمن؛ MM: الورم النخاعي المتعدد.
| الخاصية | الإجمالي (N = 29) |
| متوسط العمر، سنة (المدى) | 65 (33-82) |
| الجنس، n (%) | |
| ذكر | 19 (65.52) |
| أنثى | 10 (34.48) |
| نوع السلسلة الثقيلة، n (%) | |
| IgG | 14 (48.28) |
| IgA | 7 (24.14) |
| IgE | 1 (3.45) |
| نوع السلسلة الخفيفة، n (%) | |
| k | 19 (65.52) |
| λ | 8 (27.59) |
| الخلل الوراثي الخلوي، n (%) | |
| del17p | 2 (6.90) |
| del13q14 | 9 (31.03) |
| 1q21 gain/amp | 12 (41.38) |
| t (4;14) | 2 (6.90) |
| لا توجد اختلالات | 9 (31.03) |
| مرحلة ISS، n (%) | |
| I | 4 (13.79) |
| II | 13 (44.83) |
| III | 12 (41.38) |
| مرحلة R-ISS، n (%) | |
| I | 3 (10.34) |
| II | 14 (48.28) |
| III | 6 (20.69) |
| مفقود | 6 (20.69) |
| IMWG، n (%) | |
| عالي الخطورة | 9 (31.03) |
| خطورة قياسية | 7 (24.14) |
| منخفض الخطورة | 11 (37.93) |
| مفقود | 2 (6.90) |
الجدول 2: الخصائص الأساسية لمرضى الورم النخاعي المتعدد (MM) البالغ عددهم 29 والمشاركين في هذه الدراسة. k: كابا؛ λ: لامدا؛ DS: تصنيف دوري-سالمون؛ ISS: النظام الدولي لتحديد المراحل؛ R-ISS: النظام الدولي المطور لتحديد المراحل؛ IMWG: المجموعة الدولية للعمل على الورم النخاعي
الشكل التكميلي 1: تحليل البقاء على قيد الحياة بناءً على الخصائص السريرية ونتائج MFC. (أ) تحليلات أحادية المتغير ومتعددة المتغيرات لـ PFS. (ب) منحنى Kaplan-Meier مع نتيجة MFC. (ج) منحنى Kaplan-Meier مع نتيجة NGS. يرجى النقر هنا لتنزيل هذا الملف.
الجدول التكميلي 1: الكشف عن النسيلية في اللمفوما باستخدام مقايسات نسيلية BCR/TCR في عينات الأنسجة والدم المحيطي المتطابق.NHL: لمفوما غير هودجكين؛ HGBL: لمفوما الخلايا البائية عالية الدرجة؛ FL: اللمفوما الجريبية؛ DLBCL: لمفوما الخلايا البائية الكبيرة المنتشرة؛ ITLPD-GI: اضطرابات التكاثر اللمفاوي التائية الخاملة في الجهاز الهضمي. يرجى النقر هنا لتنزيل هذا الملف.
الجدول التكميلي 2: نتائج الكشف عن الحد الأدنى من المرض المتبقي (MRD) استنادًا إلى مقايسات MFC وNGS. ND: لم يتم الكشف عنه؛ استجابة جزئية: PR؛ استجابة كاملة: CR؛ مرض مستقر: SD؛ استجابة جزئية جيدة جدًا: VGPR. يرجى النقر هنا لتحميل هذا الملف.
الملف التكميلي 1: ملخص للبيانات الأولية التي تم جمعها في هذه الدراسة. يرجى النقر هنا لتنزيل هذا الملف.