$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
المعالجة والخطية والدقة في الكشف عن النسيلية
استندت مقايسات نسيلية BCR/TCR إلى جولتين من تفاعل البوليميراز المتسلسل المتعدد (multiplex PCR) متبوعة بتسلسل الجيل القادم NGS (الشكل 1). استطاعت مقايسات نسيلية BCR تحديد إعادة ترتيب IGH (VH-DH-JH أو DH-JH)، وIGK (Vκ-Jκ، وVκ-Kde، وintronRSS-Kde)، وIGL (Vλ-Jλ)، بالإضافة إلى انتقالات BCL1-IGH وBCL2-IGH باستخدام تفاعلات منفصلة أو تفاعل مختلط واحد معدل. أما مقايسات نسيلية TCR فتمكنت من الكشف عن إعادة ترتيب TCRB (Vβ-Dβ-Jβ) وTCRG (Vγ –Jγ). وقد أظهرت نسيلية BCR في الأورام اللمفاوية للخلايا البائية معدل كشف بلغ 93.94%، بينما أظهرت نسيلية TCR في الأورام اللمفاوية للخلايا التائية معدل كشف بلغ 90.91% (الجدول 1).
تم إثبات الخطية عبر نطاق واسع من مدخلات العينات (0.2 µg و2 µg و20 µg) بناءً على نتائج اختبارات الخطوط الخلوية، والتي شملت عدة رتب مقدارية. ولتحديد الخطية، تم تطعيم خلايا خبيثة في حمض gDNA طبيعي باستخدام تخفيفات تسلسلية بمقدار 10 أضعاف (10 و100 و1,000 و10,000 خلية). وقد لوحظت الخطية بميول تقديرية تتراوح بين 0.93 و1.06 عبر ترددات نسيلية تتراوح من 1 إلى 10-6 (الشكل 2A). وقُدّر حد الكشف (LOD) بأن يكون بين خلية واحدة وخليتين خبيثتين في كل من مقايسات نسيلية BCR وTCR (الشكل 2B). علاوة على ذلك، تمكنت مقايسات نسيلية BCR/TCR من الكشف عن النسيلية في اللمفوما باستخدام عينات الأنسجة (BMA) والدم المحيطي المطابق (الجدول التكميلي 1).
المرضى والعينات المستخدمة للتحقق من صحة الكشف عن الحد الأدنى للمرض المتبقي (MRD)
شمل التحقق من صحة الكشف عن MRD ما مجموعه 29 مريضاً مصاباً بـ MM، مع استبعاد مريض واحد بسبب تلف العينة. تكونت مجتمع الدراسة من 65.52% (19/29) من الذكور و 34.48% (10/29) من الإناث، بمتوسط عمر يبلغ 65 عاماً (تراوح بين 33-82) (الجدول 2). ومن بين هذه المجموعة، تم تصنيف 31.03% (9/29) من المرضى على أنهم ذوو مخاطر عالية، و 24.14% (7/29) مخاطر قياسية، و 37.93% (11/29) مخاطر منخفضة وفقاً لمعايير IMWG18. ومثلت المراحل الأولى والثانية والثالثة من النظام الدولي المعدل لتحديد مراحل الورم النخاعي المتعدد (R-ISS) نسب 10.34% (3/29) و 48.28% (14/29) و 20.69% (6/29) من المرضى، على التوالي19.
مقارنة بين مقايسات NGS وMFC
أُجريت مقارنة زوجية مباشرة لتقييم الدقة الكمية لمقايسات OriMIRACLE LTM وMFC. وأظهرت النتائج دقة كمية مماثلة عبر النطاق المختبر، لا سيما عند ترددات الحد الأدنى للمرض المتبقي (MRD) الأعلى من 10−4، مع قيمة معامل ارتباط بيرسون R تبلغ 0.73 (الشكل 3). تم اكتشاف الخلايا الورمية بواسطة كل من مقايسات MFC وNGS في 59 عينة من 29 مريضاً بـ MM، وبلغ الاتساق 81.36% (48/59). ويعكس هذا الاتساق وجود خلايا ورمية قابلة للكشف عبر نقاط زمنية مختلفة، وليس توافقاً حقيقياً بين الطرق. ومن بين العينات، كانت 62.07% (18/29) موجبة لـ MRD+ بواسطة كل من مقايسات NGS وMFC، وكان مريض واحد سالباً لـ MRD− بواسطة كلتا الطريقتين، بينما كان 11 مريضاً موجباً لـ MRD+ بواسطة NGS ولكن سالباً لـ MRD− بواسطة MFC. ومن بين المرضى الذين كانت نتائج الكشف لديهم غير متسقة، كان لدى ثلاثة منهم تردد كشف أقل من 10-4، بينما كان لدى ثمانية تردد كشف ضمن النطاق 10-2–10-4 (الشكل 3). يتم إجراء استخلاص الحمض النووي DNA من عينات لطاخات نخاع العظم المتبقية للحصول على أكبر قدر ممكن من الـ DNA. ومن أجل الكشف عن النسيلية قبل العلاج، تم اختبار متوسط مدخلات DNA قدره 91.95 ng (حتى 100.0 ng). وتم استخلاص متوسط 1623.39 ng (تتراوح من 50.1–17400.0 ng) من الـ DNA لاختبارات MRD اللاحقة (الجدول التكميلي 2). وقد كشف ذلك أن تقنية NGS يمكنها اكتشاف MRD حتى عندما تكون العينة المتبقية غير كافية، بينما فشلت تقنية MFC في اكتشاف MRD في بعض الحالات.
الصلاحية السريرية للكشف عن MRD بواسطة مقايسة NGS للفترة الزمنية الرائدة
تم الكشف عن التسلسلات النسلية عند الخط الأساسي في جميع مرضى MM، متبوعاً بتقييم MRD (الشكل 4). تم تأكيد أن ثمانية عشر مريضاً كانوا MRD+ من خلال الكشف بواسطة NGS وMFC. ومن بين المرضى الذين كانوا MRD+ بواسطة كل من MFC وNGS، عانى 61.11% (11/18) لاحقاً من PD أو انتكاسة. وحقق 38.89% (7/18) من المرضى استقراراً في المرض (SD) أو استجابة جزئية PR خلال الدراسة. ومن بين المرضى الذين تأكد أنهم MRD+ بواسطة NGS ولكنهم MRD− بواسطة MFC، لم يتمكن 36.36% (4/11) من تحقيق استجابة سريرية كاملة CR في أحدث تقييم سريري (الجدول التكميلي 2). بالإضافة إلى ذلك، من بين جميع المرضى الذين كانت استجابتهم السريرية CR، عانى 37.50% (3/8) من المرضى من انتكاسة بعد التوقف عن العلاج. كما استقصينا الميزات السريرية الأولية ونتائج MFC فيما يتعلق بنتيجة PFS (الشكل التكميلي 1). وأظهرت التحليلات أحادية المتغير ومتعددة المتغيرات لـ PFS أنها لم تكن مرتبطة بشكل كبير. وفي هذه الدراسة، لم يُلاحظ وجود فرق معنوي في PFS عند تحليل نتائج MRD التي تم الحصول عليها من MFC فقط.
توافر البيانات
نظراً لقيود خصوصية المرضى والسياسات المؤسسية، فإن البيانات الخام ليست متاحة للعامة. تتوفر خلاصة للبيانات التي تم جمعها في الملف التكميلي 1.

الشكل 1: يتضمن تحليل استنساخ BCR/TCR تفاعل البوليميراز المتسلسل المتعدد (multiplex PCR) يليه تسلسل الجيل التالي (NGS). عمل تفاعل PCR في الجولة الأولى على تضخيم منطقة CDR3 لجينات المستقبلات المناعية المعاد ترتيبها باستخدام بادئات محددة للموضع ومؤشرات محددة للعينة، وأضيفت محولات NGS خلال تفاعل PCR في الجولة الثانية. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 2: تم تقييم خطية الكشف عن النسيلية عن طريق إضافة gDNA من خط خلوي إلى gDNA طبيعي عبر نطاق من الترددات النسيلية. (A) خطية اختبارات نسيلية BCR وTCR. (B) حد الكشف (LOD) المقدر باستخدام عينات سريرية وخطوط خلوية مضافة إلى gDNA من دم محيطي لمتبرع سليم. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 3: مقارنة زوجية لقياسات تكرار الـ MRD بين MFC ومقايسة NGS MRD. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

الشكل 4: ديناميكيات المرض المتبقي الأدنى (MRD) لمرضى الورم النخاعي المتعدد (MM) والحالات السريرية المختلفة للمرضى. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.
| أنواع العينات | الرقم | نوع المرض | النمط النسيلة السائد |
| الخطوط الخلوية | REH | 1 | B-ALL | IGH, IGK |
| NALM6 | 2 | B-ALL | IGH, IGK |
| Jurkat | 3 | T-ALL | TCRB, TCRG |
| H9 | 4 | Lymphoma | TCRB, TCRG |
| الأورام اللمفاوية الخبيثة السريرية من الخلايا البائية | 5 | B-ALL | IGH |
| 6 | B-ALL | IGL |
| 7 | B-ALL | IGH |
| 8 | B-ALL | لم يتم الكشف عنه |
| 9 | CLL | IGH, IGK |
| 10 | CLL | IGH, IGK |
| 11 | CP-CML | IGH |
| 12 | BP-CML | IGH |
| 13 | MM | IGK |
| 14 | MM | IGH, IGK |
| 15 | MM | IGK |
| 16 | MM | IGH |
| 17 | MM | IGH |
| 18 | MM | IGK |
| 19 | MM | IGH |
| 20 | MM | IGH, IGK |
| 21 | MM | IGH, IGK |
| 22 | MM | IGH |
| 23 | Lymphoma | IGH, IGK |
| 24 | Lymphoma | IGH, IGK, IGL |
| 25 | Lymphoma | IGH, IGK, IGL |
| 26 | Lymphoma | IGH, IGK, IGL |
| 27 | Lymphoma | IGH |
| 28 | Lymphoma | IGH |
| 29 | Lymphoma | IGH, IGK, IGL |
| 30 | Lymphoma | IGH, IGK |
| 31 | Lymphoma | IGH, IGK |
| 32 | Lymphoma | IGH, IGK, IGL |
| 33 | Lymphoma | IGK |
| 34 | Lymphoma | IGH |
| 35 | Lymphoma | لم يتم الكشف عنه |
| الأورام اللمفاوية الخبيثة السريرية من الخلايا التائية | 36 | Lymphoma | TCGR |
| 37 | Lymphoma | TCRB, TCRG |
| 38 | Lymphoma | TCRB, TCRG |
| 39 | Lymphoma | TCRB, TCRG |
| 40 | Lymphoma | TCRB, TCRG |
| 41 | Lymphoma | TCRB, TCRG |
| 42 | Lymphoma | TCRB, TCRG |
| 43 | Lymphoma | TCRB, TCRG |
| 44 | Lymphoma | لم يتم الكشف عنه |
الجدول 1: الكشف عن النسيلية باستخدام فحوصات النسيلية BCR/TCR في 4 خطوط خلوية و40 عينة سريرية.B-ALL: ابيضاض الدم الليمفاوي الحاد للخلايا البائية؛ T-ALL: ابيضاض الدم الليمفاوي الحاد للخلايا التائية؛ CP-CML: ابيضاض الدم النقوي المزمن في المرحلة المزمنة؛ BP-CML: ابيضاض الدم النقوي المزمن في المرحلة الأرومية؛ CLL: ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن؛ MM: الورم النخاعي المتعدد.
| الخاصية | الإجمالي (N = 29) |
| العمر الوسيط، سنة (المدى) | 65 (33-82) |
| الجنس، n (%) | |
| ذكر | 19 (65.52) |
| أنثى | 10 (34.48) |
| نوع السلسلة الثقيلة، n (%) | |
| IgG | 14 (48.28) |
| IgA | 7 (24.14) |
| IgE | 1 (3.45) |
| نوع السلسلة الخفيفة، n (%) | |
| k | 19 (65.52) |
| λ | 8 (27.59) |
| الخلل الوراثي الخلوي، n (%) | |
| del17p | 2 (6.90) |
| del13q14 | 9 (31.03) |
| 1q21 gain/amp | 12 (41.38) |
| t (4;14) | 2 (6.90) |
| لا توجد اختلالات | 9 (31.03) |
| مرحلة ISS، n (%) | |
| I | 4 (13.79) |
| II | 13 (44.83) |
| III | 12 (41.38) |
| مرحلة R-ISS، n (%) | |
| I | 3 (10.34) |
| II | 14 (48.28) |
| III | 6 (20.69) |
| بيانات مفقودة | 6 (20.69) |
| IMWG، n (%) | |
| مخاطر عالية | 9 (31.03) |
| مخاطر قياسية | 7 (24.14) |
| مخاطر منخفضة | 11 (37.93) |
| بيانات مفقودة | 2 (6.90) |
الجدول 2: الخصائص الأساسية لـ 29 مريضاً بـ MM تم إدراجهم في هذه الدراسة. k: كابا؛ λ: لامدا؛ DS: دوري-سالمون؛ ISS: نظام التصنيف الدولي؛ R-ISS: نظام التصنيف الدولي المراجع؛ IMWG: مجموعة العمل الدولية للمايلوما
الشكل التكميلي 1: تحليل البقاء على قيد الحياة بناءً على الخصائص السريرية ونتائج MFC. (أ) تحليلات أحادية المتغير ومتعددة المتغيرات لـ PFS. (ب) منحنى Kaplan-Meier مع نتيجة MFC. (ج) منحنى Kaplan-Meier مع نتيجة NGS. يرجى النقر هنا لتحميل هذا الملف.
الجدول التكميلي 1: الكشف عن النسيلية في اللمفوما باستخدام فحوصات نسيلية BCR/TCR في عينات الأنسجة والدم المحيطي المتطابق. NHL: لمفوما غير هودجكين؛ HGBL: لمفوما الخلايا البائية عالية الدرجة؛ FL: لمفوما جريبية؛ DLBCL: لمفوما الخلايا البائية الكبيرة المنتشرة؛ ITLPD-GI: اضطرابات التكاثر اللمفاوي التائية الخاملة في الجهاز الهضمي. يرجى النقر هنا لتنزيل هذا الملف.
الجدول التكميلي 2: نتائج الكشف عن الحد الأدنى من المرض المتبقي (MRD) بناءً على فحوصات MFC وNGS. ND: لم يتم اكتشافه؛ استجابة جزئية: PR؛ استجابة كاملة: CR؛ مرض مستقر: SD؛ استجابة جزئية جيدة جداً: VGPR. يرجى النقر هنا لتنزيل هذا الملف.
الملف التكميلي 1: ملخص للبيانات الخام التي تم جمعها في هذه الدراسة. يرجى النقر هنا لتحميل هذا الملف.