يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية

مقالة منهجية

تنقية وتحديد البروتين المضاد للميكروبات من الطحالب الخضراء رباعية الأنواع CU2551

329 مشاهدات

⸱

DOI:

10.3791/70066

⸱

فبراير 17, 2026

 ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Biology, School of Science, King Mongkut's Institute of Technology Ladkrabang, 2Division of Biology, Faculty of Science and Technology, Rajamangala University of Technology Thanyaburi, 3Bioenergy Research Unit, School of Science, King Mongkut's Institute of Technology Ladkrabang

في هذه المقالة

ملخص

يصف هذا البروتوكول سير عمل للتحقيق في البروتينات المضادة للميكروبات السليمة باستخدام تقنيات متعددة، بما في ذلك تحسين مخازن استخراج البروتين، وتعطيل خلايا الطحالب، وتجزئة البروتينات بواسطة كروماتوغرافيا تبادل الأيونات، وفصل البروتينات بواسطة SDS-PAGE، واختبارات النشاط المضاد للميكروبات. تم تأكيد وتحديد البروتين النشط لاحقا باستخدام تحليل LC-MS/MALDI-TOF.

الملخص

مقاومة مضادات الميكروبات (AMR) هي تهديد صحي عالمي متصاعد، مما يستلزم اكتشاف عوامل مضادة للميكروبات جديدة. حظيت البروتينات والببتيدات المشتقة من الطحالب باهتمام متزايد بسبب إمكاناتها النشطة الحيوية؛ ومع ذلك، لا تزال البروتوكولات الموحدة للتحقيق في الببتيدات المضادة للميكروبات (AMPs) في الطحالب الخضراء، وخاصة Tetraspora sp. CU2551، محدودة. يصف هذا البروتوكول سير عمل خطوة بخطوة لعزل وتنقية وتوصيف البروتينات المضادة للميكروبات السليمة من الطحالب الخضراء Tetraspora sp. CU2551. يدمج الإجراء استخلاص البروتين المحسن، والتجزئة الكروماتوغرافية، والفصل الكهربائي، وفحص النشاط المضاد للميكروبات، وتحديد البروتين. يتم تحسين ظروف استخراج البروتين أولا لتقليل التأثيرات المثبطة الخلفية الناتجة عن مكونات المخزن المؤقت. عندما تكون هوية الببتيد النشط غير معروفة، يتم تطبيق اختبار سحب للأسفل لتقييم ارتباط البروتين عبر راتنجات تبادل الأيونات المختلفة ولتوجيه اختيار مصفوفة تنقية مناسبة. كروماتوغرافيا تبادل الأيونات DEAE-Sepharose هي طريقة مناسبة لإثراء كسور البروتينات المضادة للميكروبات. يتم تقييم جميع الأجزاء بشكل منهجي للنشاط المضاد للميكروبات وتحليلها بواسطة SDS-PAGE. يتم استئصال الشريط البروتيني المقابل لأعلى نشاط مضاد للميكروبات، إلى جانب ملف كهربائي مميز، وخضعه لتحليل LC-MS/MALDI-TOF لتحديد البروتين. يكمل سير العمل أيضا تحليلات في السيليكو لتوقع خصائص الببتيدات المضادة للميكروبات باستخدام أدوات معلوماتية حيوية متاحة للجمهور. يوفر هذا البروتوكول إطارا متعدد الاستخدامات لاكتشاف البروتينات المضادة للميكروبات ويمكن تكييفه بسهولة مع أنواع الطحالب الأخرى والتطبيقات الحيوية التكنولوجية ذات الصلة.

المقدمة

تمثل مقاومة المضادات الحيوية (AMR) تحديا صحيا عالميامتزايدا 1، مما يبرز أهمية الاستراتيجيات المستمرة لتحديد العوامل المضادة للميكروبات الجديدة من مصادر طبيعية. على الرغم من تزايد الأبحاث حول الخصائص المضادة للميكروبات للبروتينات والببتيدات المشتقة من الطحالب 2,3. تركز معظم الدراسات على الأساليب القائمة على الببتيدات أو التحللالمائي 4، وتظل الطرق الموحدة للحفاظ على وتقييم نشاط البروتينات الطحالبية الكاملة محدودة5. تصف هذه المقالة طريقة تهدف إلى عزل وتنقية وتقييم البروتينات السليمة من الطحالب الأخضر Tetraspora sp. CU2551 لنشاطها المضاد للميكروبات.

يوضح البروتوكول عملية خطوة بخطوة تشمل استخراج البروتينات الكاملة، والتجزئة بواسطة كروماتوغرافيا تبادل الأيونات، وتقييم الخصائص المضادة للبكتيريا، وفصل البروتينات المعتمدة على الهلام، وتحديد البروتينات بواسطة مطيافية الكتلة، والتنبؤ بالببتيدات المضادة للميكروبات باستخدام تقنيات السيليكو. يتم تقييم فعالية العوامل المضادة للبكتيريا باستخدام اختبارات انتشار الأجار القياسية وتثبيط نمو السوائل على السلالات البكتيرية النموذجية الموجبة والسالبة للجرام 4,6. يتيح هذا النهج ربط النشاط المضاد للميكروبات المحددة بكسور بروتينية محددة أو نطاقات كهربائية للرحل، بدلا من الاعتماد فقط على خلطات الببتيدات المهضومة أو فقط على التنبؤات الحسابية التي قد تفشل في تحديد البروتينات المضادة للميكروبات أو التسلسلات الشبيهة ب AMP خارج تعريفات قواعد البيانات القانونية7،8.

اتباع هذا البروتوكول يمكن القراء من الحصول بشكل موثوق على أجزاء بروتينية نشطة حيويا تحتوي على تسلسلات محتملة من البروتينات المضادة للميكروبات، وهي مناسبة للتحقق المستقبلي والتقييم الوظيفي. تشير النتائج التمثيلية إلى تحديد الكسور النشطة حيويا تحتوي على مرشحين بروتينيين معروفين وغير معروفين. يوفر هذا البروتوكول إطارا عمليا متعدد الاستخدامات لتحديد المواد المضادة للميكروبات من البروتينات السليمة التي يتم الحصول عليها من الطحالب والمصادر البيولوجية الأخرى.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

لم تشمل هذه الدراسة مشاركين بشريين أو حيوانات أو فقاريات. تم إجراء جميع الإجراءات التجريبية وفقا لإرشادات السلامة البيولوجية وأخلاقيات البحث المؤسسية لكلية العلوم، معهد الملك مونغكوت للتكنولوجيا في لادكرابانغ (KMITL)، تايلاند. أجريت جميع التجارب الميكروبية تحت ظروف مختبرية لمستوى السلامة البيولوجية 2 (BSL-2) وفقا لمنظمة الصحة العالمية والمعيار الوطنيللسلامة الحيوية رقم 9.

ارتد معدات الحماية الشخصية المناسبة، بما في ذلك معاطف المختبر والقفازات والأقنعة طوال جميع الإجراءات التجريبية. جمع وتخلص من النفايات الكيميائية والمحتوية على الفضة وفقا لإرشادات إدارة النفايات الخطرة المؤسسية قبل إرسالها إلى شركة إدارة نفايات مرخصة.

تحضير محاليل مركزة من المواد الكيميائية الخطرة، بما في ذلك كبريتات الصوديوم الدوديسيل، β-ميركابتوإيثانول، وكاشف تلوين الفضة المحتوية على الفورمالديهايد، في غطاء أبخرة كيميائي. إجراء تجارب باستخدام تركيزات عمل منخفضة وأحجام صغيرة على طاولة المختبر وفقا لممارسات السلامة المختبرية القياسية.

1. ثقافة الطحالب

ملاحظة: حافظ على ظروف معقمة طوال فترة زراعة الطحالب.

  1. تحضير ثقافة البداية
    1. جهز متوسط TAP معقم (pH 7.0)10 ووزع 150 مل في قوارير إيرلنماير المعقمة بسعة 500 مل.
    2. قم بتلقيح الوسط بمزرعة 1٪ (v/v) ليلي من Tetraspora sp. CU2551 باستخدام تقنية المعقمة في خزانة أمان حيوي من الفئة الأولى.
    3. حضن الثقافات في حاضنة هزة مجهزة بالضوء عند 35 درجة مئوية، 120 دورة في الدقيقة، و45.9 ميكرومول/م2/ث لمدة 48 ساعة. استخدم الثقافة الناضجة كبداية لثقافة التوسع.
  2. الزراعة المكثفة وجمع الخلايا
    1. انقل 25 مل من زراعة البداية إلى 275 مل من وسط TAP المعقم الطازج. حضن الثقافات تحت نفس الظروف لمدة 48 ساعة.
    2. احصد خلايا الطحالب عن طريق الطرد المركزي عند 3,800 × جرام لمدة 15 دقيقة عند 25 درجة مئوية.
    3. اغسل حبيبات الخلايا مرة واحدة بماء مقطر معقم ثم استخدم الطرد المركزي مرة أخرى عند حرارة 3,800 × جرام لمدة 15 دقيقة عند 25 درجة مئوية.
    4. قم بإزالة المادة الفائقة تماما وتخزين حبيبات خلايا الطحالب عند −20 درجة مئوية حتى المعالجة الإضافية.

2. تركيبة المخزن التحليلي وفحص التثبيط الخلفي

تحذير: تعامل مع SDS و β-ميركابتوإيثانول باستخدام قفازات مطاطية أو نيتريلية. افتح زجاجة β ميركابتوإيثانول المركزة في غطاء بخار كيميائي.

  1. تحضير بافر التحليل
    1. جهز مخزن التحلل المرجعي11 المكون من 10 ملليموتر تريس-HCl (pH 9.0) مع 0.1٪ w/v SDS و38 ملليمولار β-ميركابتوإيثانول.
      ملاحظة: الخطوة الحاسمة: تحسين تركيزات SDS و β ميركابتوإيثانول لتجنب النشاط المضاد للميكروبات الإيجابية الكاذبة.
    2. تحضير مجموعات عاملية كاملة من مخزن التحلل عن طريق تغيير كبريتات الصوديوم الدوديسيل (SDS) (0، 0.01، 0.05، أو 0.1٪ w/v) و β-ميركابتوإيثانول (0، 0.5، 1، أو 2 مللي مول)، لتوليد 16 تركيبة.
      ملاحظة: يتم تلخيص تركيبات جميع صيغ مخزن التحلل المختبرة في الجدول 1. أضف β-ميركابتوإيثانول مباشرة قبل الاستخدام.
  2. فحص الخلفية لمضادات الميكروبات
    1. استخدم ثقب ورق لتحضير أقراص 6 مم من ورق واتمان رقم 42. تطبيق 5 ميكرولتر من كل تركيبة مخزن تحلل على قرص الورق وإجراء اختبارات انتشار القرص وفقا لإرشادات CLSI6. حضن ألواح الفحص عند 37 درجة مئوية لمدة 20 ساعة وقيم مناطق التثبيط.
      1. تركيبات اختبار ضد العصية السببية TISTR 1248، المكورات العنقودية الذهبية TISTR 746، الإشريكية القولونية TISTR 074، وPseudomonas aeruginosa TISTR 2370.
    2. اختر التركيبة التي لا تظهر أي نشاط مثبط لاستخلاص البروتين لاحقا.

3. استخراج البروتين

ملاحظة: حافظ على العينات عند درجة حرارة منخفضة أثناء التصويب والطرد المركزي.

  1. قم بإذابة حبيبات الطحالب المجمدة (من الخطوة 1.2.5) عند 37 درجة مئوية وإعادة تجميدها عند −20 درجة مئوية. تكرار دورات التجمد والذوبان (-20 °م / 37 °م) 3 مرات.
  2. أضف مخزن التحلل الأمثل (10 ملليموتر تريس-HCl، رقم الهيدروجينيوم 9.0، 0.01٪ SDS، 2 مللي مولار β-ميركابتوإيثانول) إلى حجم نهائي 5 مل وحافظ على العينات على الجليد طوال عملية المعالجة اللاحقة. قم بتعطيل الخلايا عن طريق السوتيكشن المجسبي (25 كيلوهرتز، 500 واط، 40٪ سعة، 1 ثانية تشغيل/إيقاف، 5 دقائق).
  3. أضف كوكتيل مثبط البروتياز حسب تعليمات الشركة المصنعة وامزج بلطف.
  4. يقوم الطرد المركزي بتحلل عند 3,800 × جرام لمدة 15 دقيقة عند 4 درجات مئوية ويجمع المادة الفائقة كمستخلص بروتين خام.
  5. قم بتنقية المستخلصات عن طريق الطرد المركزي عند 10,000 × جرام لمدة 10 دقائق عند 4 درجات مئوية. اجمع وتخزين المواد الفائقة عند درجة حرارة 4 درجات مئوية.

4. تقييم النشاط المضاد للميكروبات

  1. اختبارات انتشار القرص
    1. زراعة البكتيريا الممرضة (Bacillus subtilis TISTR 1248، Staphylococcus aureus TISTR 746، Escherichia coli TISTR 074، وPseudomonas aeruginosa TISTR 2370) على أجار المغذيات عند 37 درجة مئوية لمدة 16-18 ساعة.
    2. باستخدام حلقة من الألمنيوم المعقمة، قم بكشط المستعمرات من أسطح الأجار وأعد تعليقها ب 0.9٪ (بدون جدول) NaCl. اضبط نظام التعليق البكتيري إلى معيار ماكفارلاند 0.5 ومسح المسح بشكل متساو على ألواح الأجار مولر-هينتون.
    3. ضع أقراص ورقية معقمة على أسطح الأجار الملقحة وطبق 5 ميكرولتر من عينات الاختبار. حضن الألواح عند 37 درجة مئوية لمدة 16-20 ساعة وقس مناطق التثبيط باستخدام كاليبر فيرنييه.
      ملاحظة: حافظ على التباعد المتساوي بين جميع الأقراص.
  2. تحديد MIC وMBC
    1. تحضير معلقات بكتيرية بتركيز 2 × 10⁶ CFU/mL في مرق مولر-هينتون 4x.
    2. قم بتحويل 50 ميكرولتر من المعلقات البكتيرية و100 ميكرولتر من عينات البروتين المخففة تسلسليا إلى صفائح بسعة 96 بئرا وضبط جميع الآبار إلى حجم نهائي يبلغ 200 ميكرولتر باستخدام 10 مللي مولار من محلول Tris-HCl (pH 7.5).
    3. استخدم 5 ميكرولتر من الستربتومايسين (50 ميكروغرام) كوسيلة تحكم إيجابية. استخدم 10 مللي مولار Tris-HCl (درجة الحموضة 7.5) و0.9٪ (بدون الحمض المعدني) NaCl كعوامل سلبية.
    4. تقوم بحضنة الصفائح عند 37 درجة مئوية لمدة 20 ساعة وتحديد MIC كأدنى تركيز دون نمو بكتيريا مرئي.
    5. اللوحات تنقل من الآبار الشفافة إلى مولر-هينتون آجار لتحديد MBC.
  3. تحديد منحنى نمو البكتيريا
    1. جهز معلقات بكتيرية بمقدار 1 × 10⁶ CFU/mL في مرق مولر-هينتون مرطوبتين.
    2. حضن 100 ميكرولتر من الزراعة البكتيرية مع 100 ميكرولتر من عينات البروتين في صفيحة بسعة 96 بئر عند 37 درجة مئوية لمدة 20 ساعة.
    3. استخدم 5 ميكرولتر من الستربتومايسين (50 ميكروغرام) كوسيلة تحكم إيجابية. استخدم ماء مقطر معقم، و10 ملليمول تريس-HCl (درجة حموضة 7.5)، و500 ملليمول NaCl في 10 ملليمول Tris-HCl (درجة الحموضة 7.5) كعناصر تحكم.
    4. قس OD₆₀₀ كل 30 دقيقة باستخدام قارئ ميكرولوح مع اهتزاز مداري متقطع (دقيقتين قبل القياس).
    5. احسب منحنيات النمو ومعدلات النمو المحددة.
      ملاحظة: قد تتداخل تركيزات البروتين العالية مع قياسات الكثافة البصرية.

5. الاختبار السحب للأسفل وتنقية البروتين

  1. اختبار سحب للأسفل
    1. راتنج DEAE-Sepharose المتوازن مع 10 مللي مولار من حاجز Tris-HCl (pH 8.0) أو راتنج CM-Sepharose مع حاجز فوسفات 10 مللي مولار (pH 7.0).
    2. اخلط 100 ميكرولتر من الراتنج المتزن مع 500 ميكرولتر من مستخلص البروتين الخام، ثم أضف 100 ميكرولتر من مخزن التوازن المقابل (10 ملليمول تريس-HCl، الرقم الهيدروجيني 8.0 ل DEAE؛ 10 ملليمولار مخزن فوسفات، الرقم الهيدروجيني 7.0 للسم الصناعي). حضن باستخدام انعكاس لطيف (10 انعكاسات).
    3. يقوم بجهاز الطرد المركزي لفترة وجيزة، وجمع الفائق الحيوي، وتقييم النشاط المضاد للميكروبات باستخدام اختبار انتشار القرص.
    4. اختر الراتنج العامل (DEAE-Sepharose). لتحسين الرقم الهيدروجيني، قم بتسوية الراتنج مع 10 مللي مولار Tris-HCl عند درجة الحموضة 7.0، 7.5، 8.0، 8.5، أو 9.0 واتبع الخطوات 5.1.1-5.1.3.
    5. اختر حالة الرقم الهيدروجيني التي تظهر نشاطا مضادا للميكروبات في كروماتوغرافيا تبادل الأيونات.
  2. تنقية البروتينات القائمة على الكروماتوغرافيا بتبادل الأيونات
    1. تعبئة راتنج DEAE-Sepharose في عمود كروماتوغرافي زجاجي (حجم السرير 16 مل) وتوازن مع 10 مللي مولار من مخزن Tris-HCl (pH 7.5) عند 25 درجة مئوية لعشرة أحجام أعمدة.
    2. حمل 15 مل من مستخلص البروتين الخام (القسم 3.6) بمعدل تدفق 8 مل/دقيقة.
    3. اغسل العمود باستخدام عازل التوازن حتى ينخفض الامتصاص عند 280 نانومتر إلى أقل من 0.05.
    4. البروتينات المرتبطة بالإلوت باستخدام تدرج NaCl خطي من 0-500 ملليمولار في 10 ملليمولار تريس-HCl (رقم الهيدروجيني 7.5) فوق 500 ملليتر عند 8 مل/دقيقة.
    5. اجمع كسور 5 مل، راقب الامتصاص عند 280 و220 نانومتر، واحتفظ بالأجزاء على الثلج. تخزين الأجزاء عند 4 درجات مئوية حتى إجراء فحص المضادات الحيوية وتحليل البروتين.

6. SDS-PAGE والتلوين بالفضة

ملاحظة: حضر محاليل تلوين الفضة في غطاء بخار كيميائي وارتد معدات الحماية الشخصية المناسبة. جهز جميع الحلول طازجة.

  1. افصل كسور البروتين باستخدام 12٪ SDS-PAGE12 وتصور الأشرطة عن طريق صبغ الفضة13.
  2. قم بإزالة أشرطة البروتين المستهدفة وتقديم عينات لتحليل التصلب المتقطع في مالدي-توف.
  3. حدد البروتينات من خلال البحث في قواعد البيانات مقابل NCBInr.

7. التنبؤ بالببتيدات المضادة للميكروبات

  1. استرجاع تسلسلات البروتين المرشحة من تحليل NCBInr.
  2. قيم الإمكانات المضادة للميكروبات باستخدام أدوات التنبؤ ب AMP المتاحة للجمهور (مثل DBAASP، APD3، AMPScanner، CAMPR4) وقواعد البيانات.
  3. مخرجات التنبؤ بالمستخلصات، بما في ذلك درجات احتمالية مضادات الميكروبات، التصنيف المتوقع، والخصائص الفيزيائية الكيميائية (الشحنة الصافية، محتوى البقايا الكارهة للماء، مؤشر GRAVY [ExPASy ProtParam]، والبرمائية).
  4. دمج النتائج الحاسوبية عبر المنصات لإعطاء الأولوية للبروتينات المضادة للميكروبات المرشحة للتحقق لاحقا.
    ملاحظة: في السيليكو ، تدعم التنبؤات اختيار المرشحين ولا تشكل تصنيفا نهائيا للببتيدات المضادة للميكروبات.

8. الاختبار الإحصائي

  1. قم بإجراء جميع التجارب بثلاثة نسخ بيولوجية. تحليل البيانات باستخدام تحليل أنوفاي أحادي الاتجاه متبوعا باختبار النطاقات المتعددة لدنكان أو تحليلات لاحقة مناسبة بنسبة ثقة 95٪.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

وقد مكن سير العمل المطور القائم على البروتين السليم، والذي دمج استخلاص البروتين المحسن، وتجزئة التبادل الأيوني، وفحص مضادات الميكروبات، وتحديد البروتين، بنجاح من اكتشاف كسور البروتين النشطة حيويا من Tetraspora sp. CU2551. تم تصميم هذا البروتوكول لتقليل التشوهات الخلفية مع الحفاظ على سلامة البروتينات الأصلية، مما يسمح بربط النشاط المضاد للميكروبات مباشرة بكسور كروماتوغرافية محددة وأشرطة كهربورتيكية.

كان تحسين مخزن التحليل أمرا بالغ الأهمية لتحقيق نتائج...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

للحصول على قراءات مضادة للميكروبات موثوقة باستخدام هذا البروتوكول، يجب التحكم بعناية في عدة خطوات حيوية، خاصة أثناء استخراج البروتينات والفحص المبكر للنشاط الحيوي. تحسين مخزن التحلل أمر ضروري، حيث أن التثبيط الخلفي من مكونات المخزن هو مصدر شائع للنتائج الإيجابية الكاذبة في فحص البروتينات المضادة للميكروبات. يبرز النشاط المضاد للميكروبات الذي لوحظ مع التركيبة الأصليةللمخزن 11 هذه المشكلة، نظرا لأن SDS يمكن أن يعطل أغشية البكتيريا عن طريق إدخالها في طبقات الفوسفوليب...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

المؤلفون لا يفرضون أي تضارب مصالح.

شكر وتقدير

وقد تم دعم هذا العمل بمنح بحثية من كلية العلوم، معهد الملك مونغكوت للتكنولوجيا في لادكرابانغ، المقدمة إلى سي. مانيروتانارونغروج (RA/TA-2566-M-013)، ومن معهد الملك مونغكوت للتكنولوجيا في لادكرابانغ، والتي قدمت إلى ي. توناوت (KREF016329). تم إجراء التحليل الطيفي الكتلي بواسطة وحدة خدمات البروتيومكس، كلية التكنولوجيا الطبية، جامعة ماهيدول، تايلاند.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
محلول الأكريلاميد/بيس-أكريلاميدمختبرات بيو-راد1610156لتحضير جل SDS-PAGE
الفئة: كيميائي
مصباح الكحول / موقد بنسنمختلف—لتقنية المعقم
الفئة: آلة موسيقية
أمب سكانرجامعة جورج ميسون (فيلتري وآخرون)—أداة التنبؤ ب AMP القائمة على التعلم العميق
الفئة: البرمجيات / قاعدة البيانات
أدوات التنبؤ بالببتيدات المضادة للميكروبات (DBAASP، APD3، AMPscanner، CAMPR4)مصادر أكاديمية متنوعة—تحليل AMP في السيليكو
الفئة: البرمجيات / قاعدة البيانات
APD3مختبر وانغ، جامعة نبراسكا—قاعدة بيانات الببتيدات المضادة للميكروبات
الفئة: البرمجيات / قاعدة البيانات
الأوتوكلافتومي—تعقيم الوسائط والمواد
التصنيف: الأداة
خزانة السلامة الحيوية من الفئة الأولى/الثانيةمختلف—المناولة المعهرة
الفئة: الآلة
BioTool 2.0بروكر دالتونيكس—أداة لتصور أطياف وبيبتيدات التصلب المتعدد
الفئة: البرمجيات
واكل برادفوردميركB6916قياس كمية البروتين
الفئة: كيميائي
CAMPR4المعهد الهندي للتكنولوجيا بومباي—مجموعة الببتيدات المضادة للميكروبات
الفئة: البرمجيات / قاعدة البيانات
جهاز الطرد المركزي، إبندورف 5415R جهاز طرد مركزي دقيق مبردإبندورف—الطرد المركزي الدقيق
الفئة: جهاز
الطرد المركزي، ميغافوج العلوم الحراري 8Rثيرمو فيشر العلمي—الطرد المركزي عالي الحجم
الفئة: الآلة
عمود الكروماتوغرافيا (الزجاج)مختلف—كروماتوغرافيا تبادل الأيون
الفئة: أدوات الزجاج
راتنج CM-SepharoseميركCEF100راتنج تبادل الكاتيون
الفئة: كيميائي (راتنج)
قطن سوابمختلف—تلقيح البكتيريا
الفئة: أدوات بلاستيكية
كوفيت، كوارتزتحليلات هيلما—القياس الطيفي للأشعة فوق البنفسجية
التصنيف: أدوات الزجاج
DBAASPمعهد الكيمياء العضوية الحيوية (روسيا)—قاعدة بيانات النشاط المضاد للميكروبات وهياكل الببتيدات
الفئة: البرمجيات / قاعدة البيانات
راتنج DEAE-SepharoseميركDEFF100راتنج تبادل الأنيون
الفئة: كيميائي (راتنج)
قارورة إيرلنماير، 100 ملمختلف—زراعة الطحالب
الفئة: الأواني الزجاجية
قارورة إيرلنماير، 500 ملمختلف—زراعة الطحالب
الفئة: الأواني الزجاجية
إشريكيا قولونية TISTR 074تيستر، تايلاند—اختبار الكائنات الدقيقة
الفئة: المادة البيولوجية
ExPASy ProtParamالمعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية—أداة إلكترونية لحساب الخصائص الفيزيائية الكيميائية للبروتينات
الفئة: البرمجيات / قاعدة البيانات
الفورمالديهايدميرك1.04002تلوين الفضة
الفئة: كيميائي
الفريزر (-20 & درجة؛ C)مختلف—تخزين العينات
الفئة: آلة موسيقية
نظام الرحلان الكهربائي الهلام (تترا ميني-بروتيان)مختبرات بيو-راد—SDS-PAGE
الفئة: آلة موسيقية
أنبوب اختبار زجاجي (16 &0; 150 مم)بايركس / دوران—مناولة العينة
الفئة: أدوات زجاجية
قفازات، نيتريلمختلف—الحماية الشخصية
الفئة: أدوات بلاستيكية
كوكتيل مثبط البروتياز المتوقف (100x)ثيرمو فيشر العلمي87786تثبيط البروتياز
الفئة: كيميائي
الحاضنةمختلف—مزرعة بكتيرية
الفئة: آلة
هزاز الحاضنةمختلف—ثقافة الطحالب
الفئة: آلة
حلقة التطعيمأي مورد مختبر—النقل الميكروبي
الفئة: مستهلك
KClميركP5405تحضير المخزن المؤقت
الفئة: كيميائي 
مطياف الكتلة مالدي-توف (رد الفعل IV)بروكر دالتونيكس—تحديد البروتين
الفئة: أداة
ماسكوتعلم المصفوفة—محرك بحث لتحديد البروتين عبر MS data
الفئة: البرمجيات / قاعدة البيانات
ماسكوت 2.2علم المصفوفة—تحديد البروتين
الفئة: البرمجيات
أسطوانة القياسبايركس—قياس الحجم
الفئة: أدوات الزجاج
أنبوب الطرد المركزي الدقيق (1.5 مل)-—معالجة العينات
الفئة: أدوات بلاستيكية
أنبوب الطرد المركزي الدقيق (2.0 مل)-—معالجة العينات
الفئة: أدوات بلاستيكية
ميكروبايبت (100– 1000 وميكرو؛ L)-—مناولة السوائل
الفئة: آلة
ميكروبايبت (1– 10 وميكرو؛ L)-—مناولة السوائل
الفئة: آلة
ميكروبايبت (1– 5 وميكرو؛ L)-—مناولة السوائل
الفئة: آلة
ميكروبايبت (1– 5 مل)-—مناولة السوائل
الفئة: آلة
ميكروبايبت (20– 200 وميكرو؛ L)-—مناولة السوائل
الفئة: آلة
قارئ اللوحة الدقيقةBioTek —قياس OD600
الفئة: الجهاز
Mueller– هينتون آغار/شورقمختلف—اختبارات مضادة للميكروبات
الفئة: متوسط
مطياف النانو دروب / بيودروبمختلف—قياس البروتين
الفئة: أداة
قاعدة بيانات NCBInrالمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية—قاعدة بيانات البروتين غير المتكررة
الفئة: البرمجيات / قاعدة البيانات
أجار المغذي-—مزرعة بكتيرية
الفئة: وسط
قرص ورقي (6 مم)واتمان رقم 42—اختبار انتشار القرص
الفئة: الأدوات البلاستيكية
بيتري ديشمختلف—الزراعة الميكروبية
الفئة: الأدوات البلاستيكية
مقياس الرقم الهيدروجينيميتلر توليدو—تعديل الرقم الهيدروجيني
الفئة: آلة
عازل الفوسفات (10 مللي مول، درجة حموضة 7.0)-—مخزن الكروماتوغرافيا
الفئة: مخزن مؤقت
بروب سونيكاتور (VCX500)سونيكس آند شركة المواد المحدودة.—تعطيل الخلية 500 واط، 20 كيلوهرتز، مع مسبار
الفئة: أداة
الثلاجة (4 ودرجات؛ C)مختلف—تخزين العينات
الفئة: آلة موسيقية
نترات الفضةمختبرات أبحاث سيسكو94118تلوين الفضة
الفئة: كيميائي
كلوريد الصوديوم (NaCl)ميركS9888مخزن التطهير
الفئة: كيميائي
كبريتات الصوديوم دوديسيل (SDS)مختبرات بيو-راد11667289001التحليل وPAGE
الفئة: كيميائي
مقياس الطيف الفوتونيشيمادزو—قياس الامتصاص
الفئة: جهاز
جهاز الطرد المركزي الدورانيإبندورف—الطرد المركزي السريع
الفئة: آلة
المكورات العنقودية الذهبية TISTR 746تيستر، تايلاند—اختبار الكائنات الدقيقة
الفئة: المادة البيولوجية
الستربتوميسينميركS9137-25GPositive Control
الفئة: كيميائي
تيتراسبورا النوع CU2551مجموعة الثقافة في KMITL—سلالة الطحالب
الفئة: المادة البيولوجية
وسط فوسفات تريس أسيتات (TAP)-—ثقافة الطحالب
الفئة: متوسط
تريس-HClميرك—تحضير المخزن المؤقت
الفئة: Buffer 
فيرنييه كاليبرمختلف—قياس المنطقة
الفئة: جهاز
حمام الماءمختلف—التحكم في درجة الحرارة
التصنيف: آلة
XMASSبروكر دالتونيكس—برنامج مطيافية الكتلة MALDI-TOF
الفئة: البرمجيات
α-Cyano-4-hydrooxycinnamic acid (CHCA)بروكر دالتونيكس—مصفوفة مالدي
الفئة: كيميائي

المراجع

  1. Antimicrobial Resistance Collaborators. Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: a systematic analysis. Lancet. 399 (10325), 629-655 (2022).
  2. Vasquez-Moscoso, C. A., Merlano, J. A. R., Olivera Gálvez, A., Volcan Almeida, D. Antimicrobial peptides (AMPs) from microalgae as an alternative to conventional antibiotics in aquaculture. Prep Biochem Biotechnol. 55 (1), 26-35 (2025).
  3. Mekhalfi, M., Berteina-Raboin, S. Microalgae, cell factories for antimicrobial peptides: a promising response to antibiotic resistance. Antibiotics. 14 (10), 959(2025).
  4. Singh, L. A., et al. Microalgae-derived antioxidants and antimicrobials: a sustainable approach for natural food preservatives. Front Sustain Food Syst. 9, 1669731(2025).
  5. Wang, X., Ma, S., Kong, F. Microalgae biotechnology: methods and applications. Bioengineering. 11 (10), 965(2024).
  6. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. CLSI supplement M100. , 35th ed, Standards Institute Clinical and Laboratory. (2025).
  7. Sun, S. Progress in the identification and design of novel antimicrobial peptides against pathogenic microorganisms. Probiotics Antimicrob Proteins. 17 (2), 918-936 (2025).
  8. Yang, R., et al. Advances in antimicrobial peptides: from mechanistic insights to chemical modifications. Biotechnol Adv. 81, 108570(2025).
  9. Laboratorybiosafety manual. , 4th ed, World Health Organization. (2020).
  10. Bolton, J. Algal culturing techniques. J Exp Mar Biol Ecol. 336, 262-262 (2006).
  11. Tonawut, Y., et al. In silico encrypted peptide from green alga Tetraspora sp. CU2551 showed high antimicrobial activities. Algal Res. 78, 103382(2024).
  12. Laemmli, U. K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature. 227 (5259), 680-685 (1970).
  13. Oakley, B. R., Kirsch, D. R., Morris, N. R. A simplified ultrasensitive silver stain for detecting proteins in polyacrylamide gels. Anal Biochem. 105 (1), 361-363 (1980).
  14. Zhu, Q., et al. Effect of sodium dodecyl sulfate (SDS) on microbial community structure and function in lake-terrestrial ecotones: a simulation experiment. Environ Technol Innov. 34, 103594(2024).
  15. Mattern, K. L., Evans, C. A., Lara, J. C. Selective antibacterial action of 2-mercaptoethanol on propionibacteria in skin cultures. Appl Environ Microbiol. 37 (1), 177-179 (1979).
  16. Click, R. E. Review: 2-mercaptoethanol alteration of in vitro immune functions of species other than murine. J Immunol Methods. 402 (1-2), 1-8 (2014).
  17. Ishak, A., Mazonakis, N., Spernovasilis, N., Akinosoglou, K., Tsioutis, C. Bactericidal versus bacteriostatic antibacterials: clinical significance, differences and synergistic potential in clinical practice. J Antimicrob Chemother. 80 (1), 1-17 (2025).
  18. Vaisbourd, E., et al. Principles of bacteriostatic and bactericidal antibiotics at subinhibitory concentrations. mBio. 16 (11), e0206625(2025).
  19. Marciano, C. L., et al. A comprehensive overview of antimicrobial peptides: broad-spectrum activity, computational approaches, and applications. Antibiotics. 14 (11), 1115(2025).
  20. Lu, Z., et al. Studies on the antibacterial activity of the antimicrobial peptide Mastoparan X against methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Front Cell Infect Microbiol. 15, 1552872(2025).
  21. Keeratikunakorn, K., Aunpad, R., Ngamwongsatit, N., Kaeoket, K. The effect of antimicrobial peptide (PA-13) on Escherichia coli carrying antibiotic-resistant genes isolated from boar semen. Antibiotics. 13 (2), 138(2024).
  22. Maneeruttanarungroj, C., Lindblad, P., Incharoensakdi, A. A newly isolated green alga, Tetraspora sp. CU2551, from Thailand with efficient hydrogen production. Int J Hydrogen Energy. 35, 13193-13199 (2010).
  23. Brizuela, C. A., Liu, G., Stokes, J. M., de la Fuente-Nunez, C. AI methods for antimicrobial peptides: progress and challenges. Microb Biotechnol. 18 (1), e70072(2025).
  24. Maccari, G., Di Luca, M., Nifosì, R. In silico design of antimicrobial peptides. Methods Mol Biol. 1268, 195-219 (2015).
  25. Huan, Y., Kong, Q., Mou, H., Yi, H. Antimicrobial peptides: classification, design, application and research progress in multiple fields. Front Microbiol. 11, 582779(2020).
  26. Alzain, M., et al. Antimicrobial peptides: mechanisms, applications, and therapeutic potential. Infect Drug Resist. 18, 4385-4426 (2025).
  27. Rivero-Pino, F., Millan-Linares, M. C., Montserrat-de-la-Paz, S. Strengths and limitations of in silico tools to assess physicochemical properties, bioactivity, and bioavailability of food-derived peptides. Trends Food Sci Technol. 138, 433-440 (2023).
  28. Curnutte, J. T., Babior, B. M. Biological defense mechanisms: the effect of bacteria and serum on superoxide production by granulocytes. J Clin Invest. 53 (6), 1662-1672 (1974).
  29. Eleftheriadis, T., Pissas, G., Liakopoulos, V., Stefanidis, I. Cytochrome c as a potentially clinically useful marker of mitochondrial and cellular damage. Front Immunol. 7, 279(2016).
  30. Min, L., Jian-xing, X. Detoxifying function of cytochrome c against oxygen toxicity. Mitochondrion. 7 (1), 13-16 (2007).
  31. Mühlhaus, T., et al. Quantitative shotgun proteomics using a uniform N-labeled standard reveals new insights into the heat stress response of Chlamydomonas reinhardtii. Mol Cell Proteomics. 10 (9), M110.004739(2011).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

الوسوم

Tetraspora CU2551 SDS PAGE LC MS
اتصل بنا
أوصِ بها للمكتبة

الخصوصية

شروط الاستخدام

السياسات

2026 © حقوق الطبع والنشر MyJoVE Corporation. جميع الحقوق محفوظة.