هنا، نقدم بروتوكولا لاسترجاع والتحقق من صحة وتحليل سجلات مجموعة Web of Science Core حول Caenorhabditis elegans والشيخوخة باستخدام CiteSpace وVOSviewer وBibliometrix وScimago Graphica لإعادة إنتاج الخرائط الببليومترية.
يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية
مقالة منهجية
* These authors contributed equally
هنا، نقدم بروتوكولا لاسترجاع والتحقق من صحة وتحليل سجلات مجموعة Web of Science Core حول Caenorhabditis elegans والشيخوخة باستخدام CiteSpace وVOSviewer وBibliometrix وScimago Graphica لإعادة إنتاج الخرائط الببليومترية.
الشيخوخة هي ظاهرة بيولوجية معقدة تتميز بتدهور تدريجي للوظائف الفسيولوجية وزيادة التعرض للأمراض المرتبطة بالعمر. على المستوى الخلوي، يتجلى هذا العملية في الشيخوخة، حيث تمر الخلايا بتوقف لا رجعة فيه في الانقسام وتدخل في حالة توقف دائم للنمو دون التقدم إلى الاستماتة المبرمجة. ومع ذلك، لا تزال الآليات الأساسية غير مفهومة بشكل كامل. الدودة الخيطية Caenorhabditis elegans (C. elegans)، ذات عمر قصير وجينات مميزة جيدا، هي نموذج قوي لفك شفرة الأساس الجزيئي للشيخوخة. ومع ذلك، لا يزال هناك خرائط ببليومترية شاملة للأبحاث عند تقاطع C. elegans والشيخوخة مفقودة. هنا، نقدم بروتوكولا لاسترجاع السجلات من مجموعة Web of Science الأساسية، وإجراء معالجة البيانات، وإجراء تصور ببليومتري قابل لإعادة الإنتاج باستخدام CiteSpace وBibliometrix (R) وVOSviewer وPajek، بهدف رسم خريطة بنية المعرفة وتحديد الاتجاهات الناشئة في أبحاث شيخوخة C. elegans . باستخدام 6,117 مقالة نشرت من عام 1970 حتى 5 يونيو 2025، قمنا بتحليل مساهمات الدول والمؤسسات، والمؤلفين، وتأثير المجلة، وأنماط الاستشهاد، والتطور الموضوعي. تضمنت مجموعة البيانات 6,117 سجلا من 19,864 مؤلفا عبر 3,798 معهدا في 91 دولة. ارتفعت عدد المنشورات السنوية من 312 في 2020 إلى 341 في 2021 وظلت مرتفعة بعد ذلك. تصدرت الولايات المتحدة الإنتاج العالمي، تلتها الصين وألمانيا والمملكة المتحدة، مع شبكات تعاون تتركز بين هذه الدول. احتل نظام جامعة كاليفورنيا المرتبة الأولى في الإنتاجية، بينما احتلت الأكاديمية الصينية للعلوم المرتبة الثالثة. أشارت تطورات الموضوع إلى تحول من الدراسات الأساسية لمسارات إشارات عامل النمو 1 الشبيه بالأنسولين والإنسولين (IIS) واستجابات الإجهاد نحو مواضيع ناشئة مثل التحكم الحراري والاختباء في نماذج شيخوخة C. elegans . بشكل عام، يتيح هذا البروتوكول تحليلات ببليومترية شفافة وقابلة للتحديث، ويدعم الدراسات المستقبلية للاتجاهات الرئيسية، بما في ذلك تقييد السعرات الحرارية والميتوفاجية.
الشيخوخة هي عملية بيولوجية متعددة الأوجه تشير إلى فقدان القدرة على التكاثر للخلايا الجسدية الطبيعية بعد عدد محدود من الانقسامات. خلال عملية الشيخوخة، تتدهور الوظائف الفسيولوجية للكائن الحي تدريجيا، وتزداد قابلية الإصابة بالأمراض المرتبطة بالعمر1. على المستوى الخلوي، تظهر هذه العملية على شكل تلف في الحمض النووي، مثل تراكم كسور السلسلة المزدوجة والتلف التأكسدي، وتتجاوز هذه الأضرار قدرة آليات الإصلاح على التعامل معها. تنعكس هذه التغيرات على مستوى الخلايا على المستوى الكائني كتدهور تدريجي للوظائف الفسيولوجية. علاوة على ذلك، أظهرت بعض الدراسات أن الخلايا المتقدمة في السن تحرك العمليات المرضية المرتبطة بالعمر من خلال إفراز النمط الإفرازي المرتبط بالشيخوخة (SASP). هذه العوامل يمكن أن تعطل البيئة الدقيقة للأنسجة وتعزز التليف، مما يؤدي إلى التهاب مزمن وحتى تطور السرطان2. مع تعمق الأبحاث حول الشيخوخة، تم التعرف على أن الشيخوخة تلعب دورا مهما في حدوث وتطور أمراض مختلفة، بما في ذلك أمراض القلب والأوعية الدموية، والسكري من النوع الثاني، ومرض الزهايمر، والسرطان، وغيرها. مع تسارع التقدم في السن العالمي، أصبح فهم آليات الشيخوخة أمرا بالغ الأهمية لتمديد العمر الصحي.
على مدى العقود القليلة الماضية، لعبت الكائنات النموذجية دورا لا غنى عنه في كشف العوامل الجينية والجزيئية والبيئية للشيخوخة. تظهر الكائنات النموذجية مزايا واضحة، بما في ذلك فترات قصيرة من الأجيال، وخلفيات جينية محددة جيدا، وقابلية تجريبية عالية. تشمل الكائنات النموذجية الشائعة الخميرة، ذباب الفاكهة، والفئران4. في الستينيات، تم تأسيس Caenorhabditis elegans (C. elegans) لأول مرة كنموذج كائن نموذجي جديد. تشمل مزاياه الأساسية للانتقاء دورة حياة قصيرة وسهولة في الزراعة، مع مجموعة من الأدوات الجينية الناضجة. علاوة على ذلك، وبسبب حجمه الصغير، يمكن زراعته والتحكم به على نطاق واسع بطريقة موحدة، مثل الكائنات الدقيقة5. والأهم من ذلك، أنه يملأ فجوة كبيرة في الأبحاث السابقة، حيث أن الكائنات وحيدة الخلية، رغم بساطتها وسهولة التشغيل، إلا أنها تمثل تحديا في الاستخدام في أبحاث الوراثة حول آليات الحياة المعقدة. بالإضافة إلى ذلك، فإن الحيوانات النموذجية التقليدية محدودة في كفاءة الفحص واسع النطاق بسبب تعقيد عملياتها. تطبيق C. elegans يحل بدقة المشاكل السابقة6.
يعود استخدام C. elegans في أبحاث الشيخوخة إلى الثمانينيات. لم يأخذ مجال C. elegans في أبحاث الشيخوخة قفزة تحويلية إلا في عام 1993. حددت فحوصات الطفرات التي قادها توماس جونسون وزملاؤه أول طفرة طويلة العمر، وهو جين العمر1 8,9. غير هذا الاكتشاف الرأي السائد بأن الشيخوخة عملية عشوائية وغير منظمة، بل تورط في مسارات جينية محددة في تحديد العمر. بنت الدراسات اللاحقة على هذا الأساس، كاشفة عن شبكة محفوظة من مسارات الإشارة التي تنسق الشيخوخة. برز مسار IIS كجهة تنظيمية مركزية. الطفرة في daf-2، التي تشفر أرثولوج C. elegans لمستقبل الإنسولين/عامل النمو الشبيه بالأنسولين (IIGF-1)، قد تقلل من نشاط IIS، مما ينشط عامل النسخ FOXO DAF-16، مما يؤدي إلى انتقاله من السيتوبلازم إلى النواة، مما يعزز تعبير جينات استجابة الإجهاد، والشابرونات الجزيئية، وإنزيمات إزالة السموم، وبالتالي يؤخر عملية الشيخوخة ويطيل العمر الصحي10. ينتقل DAF-16 من السيتوبلازم إلى النواة، مما يعزز التعبير عن جينات مقاومة الإجهاد، والشابرونات الجزيئية، وإنزيمات إزالة السموم، مما يطيل فترة صحة الكائن الحي ويؤخر تقدم التقدم في العمر ويطيل فترة صحة الكائنات الحية11. علاوة على ذلك، أضاء C. elegans آليات أخرى محفوظة للشيخوخة. على سبيل المثال، أظهر أن مسار الراباميسين (TOR)، وهو محور رئيسي لاستشعار المغذيات، يضبط العمر من خلال التفاعلات مع IIS12.
في السنوات الأخيرة، تم تطبيق طرق القياس الببليومتري على نطاق واسع في العديد من المجالات. يستخدم تحليل الشبكات الببليومترية طرقا إحصائية لكشف أنماط التطور، والهياكل التخصصية، ونقاط البحث الساخنة، والاتجاهات في المجال من خلال فحص الكمية والبنية والتوزيع وعلاقات الاستشهاد في الأدبيات13. على الرغم من الأبحاث المكثفة حول C. elegans في مجال الشيخوخة، لم تقدم أي دراسة تحليلا ببليومتري شاملا لهذا المجال متعدد التخصصات. في هذه الدراسة، نقدم تحليلا شاملا متعدد الأساليب وقابلا لإعادة الإنتاج يوضح الإطار التعاوني، والأساس الفكري، والتطورات الموضوعية الديناميكية داخل المجال، مما يحدد مسارات ناشئة لجهود البحث المستقبلية. تستعرض هذه المقالة مشهد الإنجازات الحديثة في أبحاث الشيخوخة في مجال C. elegans . علاوة على ذلك، تهدف هذه الدراسة إلى: (1) تحليل اتجاهات النشر والاستشهاد في أبحاث شيخوخة C. elegans من عام 1970 حتى 5 يونيو 2025؛ (2) تقييم مساهمات الدول والمؤسسات واستكشاف شبكات التعاون؛ (3) تحديد أفضل المؤلفين والمجلات الرئيسية حسب الإنتاجية وتأثير الاستشهاد؛ (4) كشف الأساس الفكري للمجال من خلال الاقتباس المشترك وتحليل الانفجار الاستشهادية؛ و(5) تتبع المواضيع البحثية الرئيسية والاتجاهات الناشئة باستخدام الظهور المشترك للكلمات المفتاحية والتحليل الزمني. في النهاية، ستسهل هذه الرؤى فهما أعمق لمسار تطور المجال.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
هذه الدراسة لا تشير إلى الموافقة الأخلاقية والموافقة على المشاركة. تم الحصول على البيانات المستخدمة في هذه الدراسة من مجموعة Web of Science Core Collection (WoSCC).
1. اختيار قاعدة البيانات
2. معايير البحث
3. استرجاع البيانات وصيغتها
4. معالجة البيانات مسبقا
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
نظرة عامة على اتجاهات وتطور C. elegans في منطقة الشيخوخة
شمل التحليل الببليومتري 6,117 سجل نشر من 1,123 مصدرا، تم اختيارها من أصل 6,205 منشورات أولية من WOSCC استوفت معايير الأهلية. شمل ذلك 45 مراجعة وصول مبكر و145 ورقة وقائع. بعد استبعاد 87 منشورا غير ذي صلة ونشر واحد تم سحبه، تم تحليل البيانات من حيث التوزيع الزمني وأنواع الوثائق. خلال العقود الخمسة الماضية، نشرت 4,949 مقالة (80.90٪) و1,168 مراجعة (19.09٪) عن C. elegans والشيخوخة، وكان أول منها في ...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
لضمان قابلية التكرار والتفسير، تشمل الخطوات الرئيسية في هذا سير العمل: الإبلاغ الشامل عن استراتيجية الاسترجاع (مصدر قاعدة البيانات، الاستعلام، أنواع المستندات، حدود اللغة، تاريخ الاسترجاع)، إجراء فحص الصلة والتحقق من البيانات لتقليل السجلات خارج الموضوع، الإبلاغ المستمر عن معلمات الأدوات (تقطيع الوقت، أنواع العقد، التقليم، العتبات، التجميع)، وتصدير المخرجات بصيغ قياسية مع توثيق إصدارات البرمجيات للشفافية والتحديثات المستقبلية. يمكن تعديل هذا البروتوكول لتناسب أحجام المجموعات المختلفة وأ...
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
المؤلفون ليس لديهم ما يكشفون عنه.
يرغب المؤلفون في التعبير عن تقديرهم لجميع المشاركين والباحثين الذين ساهموا في هذا العمل. علاوة على ذلك، هم ممتنون للأدوات التحليلية التي وفرتها CiteSpace وVOSviewer وScimago Graphica وR، والتي كانت لها دور أساسي في إجراء هذا البحث.
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.
| الاسم | الشركة | رقم فهرسي | التعليقات |
|---|---|---|---|
| لابتوب LEGION Savior Y7000 2019 (رقم تسلسلي PF1CGZJU) | لينوفو | https://pcsupport.lenovo.com/us/en/products/laptops-and-netbooks/legion-series/legion-y7000-2019 | الحاسوب المستخدم في التحليلات |
| R (الإصدار 4.5.2) | مؤسسة R للحوسبة الإحصائية / فريق R الأساسي | https://www.r-project.org/ | بيئة الحوسبة الإحصائية |
| CiteSpace (الإصدار 6.3.R3) | CiteSpace / Chaomei Chen (جامعة دريكسل) | https://citespace.podia.com/ | برامج التصور والتحليل الببليومترية |
| VOSviewer (الإصدار 1.6.20) | كلية كلية المعلمين في جامعة لايدن (نيس يان فان إيك، لودو والتمان) | https://www.vosviewer.com/ | برنامج رسم الخرائط الببليومترية |
| باجيك (الإصدار 64.6.01) | جامعة ليوبليانا (فلاديمير باتاجيلي، أندريه مرفار) | http://mrvar.fdv.uni-lj.si/pajek/ | برامج تحليل الشبكات والتصوير |
الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.