Method Article

فك شفرة الإبيترانسكريبتوم: في سيليكو رؤى حول شبكة تنظيم m6A في سرطان الثدي

DOI:

10.3791/70545

⸱

June 9th, 2026

 ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Life Sciences, College of Science and General Studies, Alfaisal University, 2Department of Biological and Biomedical Sciences, Aga Khan University, 3College of Medicine, Alfaisal University, 4Affiliated Hospital of Hunan University, School of Biomedical Sciences, Hunan University

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يقدم هذا البروتوكول نهجا لإجراء تحليلات وراثية وجزيئية وتنبؤية لمنظمي تعديل m6A من خلال دمج ملفات الطفرات، وتغييرات عدد النسخ، والتعبير الجيني، والنتائج السريرية باستخدام مجموعات بيانات متاحة للجمهور من أطلس الجينوم السرطاني (TCGA)، ومشروع التعبير الجيني للأنسجة (GTEx)، ومنصات المصفوفات الدقيقة.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

يعد N6-ميثيلادينوزين (m6A) أكثر تعديلات الحمض النووي الريبي الداخلية وفرة في النسخ حقيقية النواة، ويلعب دورا حاسما في أيض الحمض النووي الريبي، والتعبير الجني، وتوازن الخلايا الداخلية. لقد أصبح اختلال تنظيم منظمي m6A، بما في ذلك "الكتاب" و"الممحاة" و"القراء"، مرتبطا بشكل متزايد ببيولوجيا السرطان؛ ومع ذلك، لا تزال أدوارهم الشاملة في سرطان الثدي غير مفهومة. الهدف الأساسي من هذه المقالة حول الطرق هو تزويد مبتدئي المعلوماتية الحيوية بإطار عمل خطوة بخطوة لاستخدام مجموعات بيانات السرطان المتاحة للجمهور لإجراء تحليلات الطفرات، وتقييم تغيرات التعبير الجيني، وفحص ارتباطها ببقاء المرضى. كدراسة حالة، تم تحليل منظمات m6A في سرطان الثدي باستخدام مجموعات بيانات من أطلس جينوم السرطان (TCGA)، ومشروع تعبير الجينوم-الأنسجة (GTEx)، ومنصات المصفوفات الدقيقة. تم تحليل ملفات النسخ بشكل منهجي لإظهار سير العمل لتقييم الأهمية التنبؤية لمكونات تنظيم m6A في سرطان الثدي. باستخدام هذا الإطار التحليلي، تم تحديد أنماط مميزة للتغيرات الجينية والتعبير التفاضلي بين منظمات m6A الرئيسية. ارتبطت عدة جهات تنظيمية، منها METTL14، CBLL1، YTHDC1، HNRNPC، HNRNPA2B1، وRBMX، ببقاء أفضل على قيد الحياة على قيد الحياة من المرضى، بينما ارتبطت YWHAG بضعف البقاء العام. توفر هذه الدراسة نظرة شاملة على جينوميات الأنظمة لجينات التنظيم m6A في سرطان الثدي مع إظهار سير عمل عملي وقابل للتكرار في المعلوماتية الحيوية عبر الويب. تعزز هذه النتائج فهم تنظيم الترطيحات في سرطان الثدي وتوفر أساسا لتطوير استراتيجيات تشخيصية وعلاجية جديدة قائمة على m6A.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تمثل التعديلات الشفافة طبقة مهمة من تنظيم الجينات بعد النسخ وتساهم في عمليات خلوية متنوعة وحالات مرضية. من بين أكثر من 170 تعديلا على الحمض النووي الريبي تم تحديدها حتى الآن، يعد N6-ميثيلادينوزين (m6A) الأكثر انتشارا وتوصيفا في mRNA حقيقياتالنواة 1. يتم تركيبه بواسطة مجمعات "كاتب" مثل METTL3/METTL14، وإزالته بواسطة "ممحاة" مثل FTO وALKBH5، ويتم تفسيره بواسطة بروتينات "قارئة" مثل YTH وأعضاء عائلتي IGF2BP، حيث ينسق m6A ربط الحمض النووي الريبي (RNA)، واستقراره، ونقله، وترجمته، مما يؤثر على العمليات البيولوجية الرئيسية بما في ذلك التطور، والتمايز، واستجابة الإجهاد2،

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ملاحظة: قائمة الجينات التي ترمز منظمات المثيلة m6A، المصنفة ككتاب، وقراء، وممحاة، معروضة في الجدول 1. تم تضمين جميع الجينات المدرجة في التحليلات اللاحقة للطفرات وأنماط التعبير والبقاء العام. جميع البرامج والأدوات المستخدمة في هذه الدراسة مدرجة في جدول المواد.

1. تحديد التغيرات الجينية في منظمات m6A

  1. ادخل إلى cBioPortal لجينوميات السرطان. انتقل إلى موقع cBioportal الإلكتروني (www.cbioportal.org)27,28. من الصفحة الرئيسية، اختر علامة تبويب "الاستعلام" لبدء تحليل جديد.
  2. اختر دراسة ال....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

المشهد الطفري لمنظمات مثيلة m6a في سرطان الثدي

في دراسة سابقة حول التحليل الجينومي لمجموعات بيانات TCGA، تم الإبلاغ عن طفرات متكررة في عدة جينات ترمز منظمات مثيلة الحمض النوويإلى 31. في هذه الدراسة، تم استخدام cBioPortal لتحليل مجموعة بيانات "سرطان الثدي الغازي (TCGA، أطلس PanCancer Atlas)" بهدف فحص ملفات الطفرات للجينات التي تشفر كتاب وقراء وممحيات مثيلة الحمض النووي الريبي m6A. كشف هذا التحليل عن تغيرات جينية متنوعة بين مرضى سرطان الثدي، حيث تفاوتت وت.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

توفر مقالة هذه الطريقة سير عمل شامل، متاح، ومتكامل للتحليل المنهجي متعدد الأوميكس والترجمة السريرية لأي توقيع جيني في أبحاث السرطان، كما تم إثباته هنا من خلال تحليل منظمات مثيلة الحمض النووي الريبي m6A في سرطان الثدي. من خلال دمج هذه المنصات العامة الرئيسية للمعلوماتية الحيوية، يمكن هذا النهج الباحثين من التقدم بكفاءة من اكتشاف الجينوم إلى الفرضيات ذات الصلة سريريا دون الحاجة إلى خبرة حسابية متقدمة.

القوة الأساسية لهذه المنهجية هي خط أنابيب التركيب النموذجي ال.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

تمت مراجعة أجزاء من هذا المخطوطة بمساعدة أدوات لغوية تعتمد على الذكاء الاصطناعي لتحسين الوضوح وسهولة القراءة. جميع المحتويات الجوهرية، والتفسيرات، والتحليلات، والاستنتاجات هي من نصيب المؤلفين فقط. نعلن أنه لا يوجد تضارب مصالح.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

لحسن الحظ، تم الاعتراف بمنحة من جامعة الفيصل (IRG 25450) إلى RM.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
cBioPortalمركز ميموري سلون كيترينج للسرطانhttps://www.cbioportal.org
التعبير الجيني للأنسجة (GTEx)اتحاد GTExhttps://gtexportal.org
مخطط Kaplan-Meierمعمل Gyorffy/A5 Genetics Ltdhttps://kmplot.com
أطلس الجينوم للسرطان (TCGA)المعهد الوطني للسرطان (NCI)https://www.cancer.gov/tcga
مستعرض UCSC Xenaجامعة كاليفورنيا سانتا كروزhttps://xenabrowser.net

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

m6A ModificationEpitranscriptomic RegulationBreast CancerRNA Methylationm6A RegulatorsBioinformatics WorkflowGene Expression AnalysisCancer GenomicsPrognostic BiomarkersTCGA Datasets

Related Articles