$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
توسعت العلاجات القائمة على الحمض النووي الريبوزي المرسال (mRNA) وتطبيقاته البحثية بشكل سريع في السنوات الأخيرة، مدفوعة بنجاح لقاحات mRNA1,2 والاعتراف المتزايد بتعدد استخدامات RNA كجزيء حيوي قابل للبرمجة. ويتمثل التحدي المركزي في هذا المجال في القدرة على تقييم كفاءة ترجمة mRNA كمياً وديناميكياً في سياقات متنوعة. وتوفر الطريقة الموضحة هنا -والتي تعتمد على نظام وسم لومينيسنتي منقسم- منصة مرنة وقابلة للتوسع لدراسة ترجمة mRNA الحية in cellulo3. والهدف العام من هذه الطريقة هو تمكين الباحثين من قياس كيفية تأثير ميزات التسلسل، والتعديلات الكيميائية، والعناصر الهيكلية على حركية الترجمة ومعدل دوران البروتين اللاحق، مما يوفر أداة قوية لتحسين تركيبات mRNA للتطبيقات العلاجية والعلوم الأساسية.
In vitro يحاكي الحمض النووي الريبوزي المرسال (mRNA) المنسوخ مخبرياً البنية الأساسية للنواتج النسخية الناضجة، حيث يشتمل على غطاء 5′، ومناطق غير مترجمة (UTRs)، وتسلسل مشفر، وذيل poly(A)، بينما يتضمن غالباً نيوكليوتيدات معدلة لتقليل الاستمناع4,5. وقد أظهرت أعمال مكثفة أن كل عنصر من هذه العناصر -سواء بمفرده أو مجتمعاً مع غيره- يمكن هندسته للتأثير بقوة على كفاءة الترجمة وإنتاج البروتين6,7. ومع ذلك، اعتمدت معظم الدراسات السابقة على بروتينات مراسلة محسنة للغاية مثل البروتين الفلوري الأخضر (GFP)7، أو NanoLuc8، أو بروتين spike الخاص بفيروس SARS-CoV-28,9، والتي تمت هندستها لتُترجم بكفاءة عالية ولتنتج بروتينات مستقرة جداً، وبالتالي فهي لا تعكس التحديات التي تواجه السياقات العلاجية. ونظراً لأن جزيئات mRNA العلاجية تشفر بروتينات اهتمام (POIs) متنوعة، يخضع كل منها لقيود هيكلية فريدة وتنظيم خاص بنوع الخلية، فإن مبادئ التصميم التي تزيد من الترجمة لبنية معينة قد لا تعمم على بنية أخرى، كما تم الإبلاغ عنه سابقاً3. لذا، فإن تحديد التكوين الأمثل لبروتين اهتمام علاجي معين يعد أمراً ضرورياً، ويتطلب طرقاً يمكنها تقييم مدى مساهمة السمات الفردية للناتج النسخي في إنتاج البروتين بشكل حساس ومنهجي.
تُميز الطرق التي تركز على الريبوسومات، مثل تحليل تعدد الريبوسومات (polysome profiling)، أجزاء الترجمة من خلال الطرد المركزي المتدرج10، بينما يوفر تحليل الريبوسومات (Ribo-seq) دقة على مستوى النيوكليوتيدات لشغل الريبوسومات ومواقع البدء والتوقف11. وعلى غرار Ribo-seq، تعمل نهج أخرى قائمة على التسلسل مثل التسلسل عالي الإنتاجية للحمض النووي الريبوزي المعزول عن طريق الترسيب المناعي للروابط المتقاطعة (HITS-CLIP) وتنقية تقارب الريبوسومات المترجمة (TRAP) على توصيف ترجمة الحمض النووي الريبوزي المرتبط بالبروتينات الرابطة للحمض النووي الريبوزي أو المرتبطة بالريبوسومات12. ورغم قوتها، تتطلب هذه التقنيات تحضيراً معقداً ومعدات متخصصة وخبرة حاسوبية، مما يجعلها غير مناسبة لتطوير الـ mRNA العلاجي عالي الإنتاجية. ويقوم الترسيب المناعي للسلسلة الناشئة13 بقياس كفاءة الترجمة باستخدام بروتينات موسومة بـ FLAG يتم ترسيبها مناعياً من الريبوسومات وتقدير كميتها بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل للنسخ العكسي الكمي (qRT-PCR). ومع إمكانية تكييف هذا المقايسة مع الـ mRNAs العلاجية، إلا أنها تتطلب مجهوداً عضلياً كثيفاً، وتفتقر إلى الدقة الزمنية، وغير مناسبة للتطبيقات عالية الإنتاجية. ويوفر نظام SunTag14 قياسات حية داخل الخلايا لمخرجات تخليق البروتين والتنظيم الترجمي من جزيئات mRNA مفردة، ويعمل من خلال تفاعل شظية متغيرة أحادية السلسلة (scFv) مدمجة مع GFP مع تكرارات ترادفيّة للحاتمة الببتيدية. يتيح هذا النظام قياسات ديناميكية للترجمة والتوطين بدقة جزيء mRNA واحد، وبالتالي فقد تم استغلاله لتطوير العديد من أنظمة تتبع السلاسل الناشئة15,16. ومع ذلك، فإن هذا النهج منخفض الإنتاجية ويتطلب استخدام مجاهر عالية القوة.
بينما لا يمكن تجنب وسم البروتين الناشئ، فقد تم تحديد الاستخدام المحتمل لوسم ببتيدي صغير، مشتق من لوسيفيراز NanoLuc، للإبلاغ عن ترجمة mRNA في الخلايا الحية. تم هندسة NanoLuciferase لتقسيمه إلى وحدة فرعية صغيرة مكونة من 11 حمضاً أمينياً (HiBiT) ووحدة فرعية أكبر مكونة من 158 حمضاً أمينياً (LgBiT)، واللتان يمكنهما التماثر بسرعة، وبوجود الركيزة، إعادة تكوين لوسيفيراز وظيفي17,18. هناك عدة مزايا رئيسية لنظام الوسم المضيء المقسم لدراسات ديناميكيات mRNA. أولاً، يسمح الحجم الضئيل للوحدة الفرعية الصغيرة المدمجة مع البروتين المستهدف (POI) ببقاء البنية المشفرة أقرب ما يمكن إلى البروتين الأصلي المستهدف. وبما أن طول التسلسل المشفر يمكن أن يؤثر بشكل مباشر على نسب الترجمة19، فإن تقليل طول الوسم يحسن من توقعاتنا لديناميكيات ترجمة mRNAs الاصطناعية. ومن الأهمية بمكان أن استراتيجية الوسم الضئيلة هذه تمكن من اكتشاف الاختلافات في الترجمة الناتجة عن تباين التسلسلات المشفرة المترادفة، مما يسمح باستقصاء كفاءة الترجمة بشكل مستقل عن تسلسل البروتين أو استقراره3. لهذا السبب، يعتبر استخدام الأوسمة الأكبر، مثل البروتينات الفلورية أو اللوسيفيرازات كاملة الطول، غير مثالي. ثانياً، يتيح نظام الوسم المضيء المقسم المستخدم هنا توليد إشارة فورية. حيث أن تفاعل التكملة السريع والفعال in cellulo يتمتع بتقارب عالٍ مسجل (KD = 700 pM) وقد استُخدم لقياس تعديل turnover البروتين بقراءات قصيرة تصل إلى كل 30 s18. وبينما تم قياس نظام الوسم المضيء المقسم الأصلي بشكل أساسي مقارنة بأنظمة لوسيفيراز مقسمة أخرى17,18، فإن الميزة الرئيسية في هذا السياق هي أن توليد الإشارة لا يتقيد بنضوج البروتين. وفي المقابل، تتطلب البروتينات الفلورية نضوجاً للكروموفور، والذي قد يستغرق من دقائق إلى ساعات20، مما يحد من الدقة الزمنية. أخيراً، يتجاوز نظام الوسم المضيء المقسم المعتمد والمستخدم هنا قيود أنظمة البروتين الفلوري المقسمة، والتي تتطلب عادةً تكوين الكروموفور بعد التكملة21، مما يتسبب في تأخير إضافي ويحد من ملاءمتها لالتقاط العمليات الديناميكية السريعة. وقد أثبتت الدراسات السابقة فائدة الوسم المضيء المقسم في مقايسات turnover البروتين ودراسات التحلل22,23,24. ويمثل توسيع هذه التكنولوجيا المعتمدة لتشمل حركية الترجمة تقدماً منهجياً كبيراً. على سبيل المثال، بينما يمكن أن يكشف تحديد مواقع الريبوسومات (ribosome profiling) عن كثافة الريبوسومات على طول النسخ، إلا أنه لا يمكنه بسهولة التقاط التغيرات الديناميكية في معدلات بدء أو استطالة الترجمة تحت ظروف مختلفة. وكما تم توضيحه سابقاً3، يمكن لنظام الوسم المضيء المقسم هذا اكتشاف الاختلافات عند تغيير بنية الغطاء (cap structure)، وتكوين المنطقة غير المترجمة 5′ (UTR)، وتحسين الكودونات، وتعديلات النيوكليوتيدات، وطول ذيل poly(A)، وكلها محددات حرجة لكفاءة الترجمة. وهذا النطاق من القابلية للتطبيق يجعل هذه الطريقة قوية بشكل فريد لتشريح مساهمات الميزات الفردية لـ mRNA في إنتاج البروتين الإجمالي. ومن الجدير بالذكر أنه، اعتماداً على الجهاز المستخدم، يمكن التقاط بيانات الخلية الواحدة والبيانات الخاصة بالبئر الكاملة باستخدام هذه التكنولوجيا. كما أن منصات التصوير القادرة على الحصول على صور قائمة على الإضاءة الحيوية يمكن أن تمكن من استخدام هذه التكنولوجيا لدراسة ديناميكيات ترجمة الخلية الواحدة. وهنا، نركز على تطبيق قائم على الآبار باستخدام قارئ الأطباق، نظراً لطبيعته ذات الإنتاجية المتوسطة إلى العالية ومتطلباته الدنيا لتحليل البيانات.
ينبغي للباحثين الذين يفكرون في استخدام هذه الطريقة تقييم مدى ملاءمتها في ضوء أهدافهم التجريبية المحددة. وتكتسب هذه المقايسة قيمة خاصة في السياقات التي تتطلب فحصاً عالي الإنتاجية لبنى mRNA الاصطناعية، كما هو الحال في مسارات تصميم العلاجات القائمة على mRNA. وهي مناسبة تماماً للتحليلات المقارنة لخصائص تتابعات mRNA الاصطناعية - بما في ذلك المناطق غير المترجمة، أو استخدام الكودونات، أو تعديلات النيوكليوتيدات - حيث يمكن اكتشاف الاختلافات الطفيفة في كفاءة الترجمة3. وبما أن النظام يتوافق مع منصات الترجمة الخالية من الخلايا، ومقاييس الخلايا الحية، ومقاييس التحلل الخاصة بنقاط زمنية محددة، فإنه يوفر مرونة للباحثين الذين يرغبون في تفصيل تصميمهم التجريبي سواء للدراسات الميكانيكية أو البحوث التطبيقية. وفي الوقت ذاته، من المهم إدراك حدود هذه التقنية؛ فمن الناحية النقدية، لا توفر مقايسة الوسم المضيء المنقسم دقة في تحديد إشغال الريبوسوم، وهي قدرة تظل فريدة في مناهج بصمة الريبوسوم، كما أنها لا تقيس استقرار RNA أو تحلله بشكل مباشر، وهو ما قد يتطلب تقييمه باستخدام طرق تكميلية. ومع ذلك، ونظراً لمحدودية التقنيات الحالية المرتكزة على الريبوسوم، يعتمد الباحثون على المقاييس القائمة على الوسوم مثل نظام الإضاءة المنقسم لاستقصاء تعبير البروتين المدفوع بـ mRNA والمحدد زمنياً كبديل لديناميكيات الترجمة. وبناءً على ذلك، فبينما يعد هذا النظام أداة قوية لمراقبة تعبير البروتين المدفوع بـ mRNA الاصطناعي، فإن ملاءمته تعتمد على ما إذا كان سؤال البحث يركز على مخرجات البروتين الديناميكية بدلاً من تحديد موضع الريبوسوم الدقيق أو تحلل RNA.
باختصار، يمثل نظام الوسم المضيء المنقسم طريقة قوية ومتعددة الاستخدامات لدراسة ترجمة mRNA. ويتمثل هدفه العام في تزويد الباحثين بأداة مرنة، وقابلة للتوسع، وعالية الإنتاجية، وقادرة على اكتشاف الاختلافات في إنتاج البروتين الناتجة عن mRNA اصطناعي يحتوي على عناصر هيكلية وتسلسلية متنوعة3. وتكمن الغاية من تطويره في التغلب على قيود التقنيات الحالية، مما يوفر مزايا من حيث الحساسية، وقابلية التوسع، والدقة الزمنية. وبموضعه ضمن الأدبيات الأوسع حول بيولوجيا RNA والعلاجات الجينية، يشكل هذا الأسلوب إضافة قيمة للمجموعة التجريبية، مما يتيح تحقيق رؤى أساسية وتقدمات ترجمية. ومن خلال النظر بعناية في نقاط القوة والقيود الخاصة بهذا المقايسة، يمكن للباحثين تحديد مدى ملاءمتها لتطبيقاتهم المحددة، وبذلك يتم تعظيم تأثيرها في مجال علوم RNA سريع التطور.