بيان الأخلاقيات
تمت الموافقة على هذه الدراسة من قبل لجنة الأخلاقيات في مستشفى شيجياتشوانغ الرابع (رقم الموافقة 20200031). تم الحصول على موافقة كتابية مستنيرة من جميع المتبرعين بأنسجة المشيمة قبل جمع العينات. أُجريت جميع الإجراءات التي شملت مشاركين بشريين وفقاً لإعلان هلسنكي. تتوفر قائمة كاملة بالكواشف والمستهلكات والمعدات والبرمجيات المستخدمة في هذا البروتوكول في جدول المواد.
جمع البيانات
تم الحصول على بيانات RNA-seq من قاعدة بيانات GEO. تضمنت مجموعات البيانات GSE75010، والتي تحتوي على بيانات التعبير الجيني من 157 مشيمة مصابة بـ PE و173 مشيمة غير مصابة بـ PE (العدد = 330). وتحتوي GSE10588 على بيانات التعبير الجيني من 26 مشيمة طبيعية و17 مشيمة مصابة بـ PE شديد (العدد = 43). بينما تحتوي GSE60438 على بيانات توصيف الترانسكريبتوم للغشاء الساقط القاعدي (decidua basalis) من مريضات مصابات بما قبل الإرجاج والحوامل ذوات الضغط الطبيعي (العدد = 125). كما تم الحصول على بيانات ترانسكريبتوم الخلية الواحدة من مجموعة بيانات GEO رقم GSE183338، والتي تتضمن عينات من النواة الواحدة من الزغابات الكوريونية/الواجهة الأمومية الجنينية في حالات الحمل المصابة بـ PE والحمل الصحي.
تحليل الجينات المعبّر عنها تفاضلياً (DEGs)
تم أولاً معالجة وتطبيع مجموعات البيانات GSE75010 وGSE10588 وGSE60438 المتعلقة بالجينات ذات التعبير التفاضلي (DEGs) المرتبطة بـ PE. بعد ذلك، أُجري تحليل تفاضلي باستخدام حزمة "limma" 14 في لغة R بناءً على معلومات تجميع العينات. تم اختيار الجينات التي كانت قيمة p < 0.05 وقيمة |log2FC| > 0.5. تم إنشاء مخططات البركان (Volcano plots) للجينات ذات التعبير التفاضلي باستخدام حزمة ggplot2 في لغة R. كما رُسمت الخرائط الحرارية لأعلى 20 جيناً من الجينات ذات التعبير التفاضلي باستخدام حزمة pheatmap في لغة R. لاحقاً، تم إيجاد التقاطع بين الجينات ذات التعبير التفاضلي المختارة من مجموعات البيانات الثلاث، وبُنيت شبكة تفاعل بروتين-بروتين (PPI) للجينات المرشحة باستخدام منصة STRING الإلكترونية، بدرجة تفاعل ≥0.15. تم تحديد أعلى 20 جيناً محورياً (hub genes) من شبكة PPI هذه بناءً على درجة اتصالها، وصُنفت باستخدام برنامج Cytoscape. وتم تصور نتائج شبكة PPI باستخدام برنامج Cytoscape أو منصة STRING.
تحليل الإثراء
تَم إجراء تحليل إثراء الجينات باستخدام حزمتي ClusterProfiler وDOSE بالاشتراك مع موقع Metascape الإلكتروني. وتم الحصول على قواعد البيانات من GO وKEGG. أُجري تحليل الإثراء باستخدام دالة “EnrichGO”. واعتُبرت المسارات التي كانت قيمة p < 0.05 مُثرية بشكل معنوي. وتم تمثيل نتائج الإثراء بصرياً باستخدام حزمتي “ggplot2” و“ggpubr”.
تعلم الآلة
لتحديد الجينات المعبّر عنها تفاضلياً (DEGs) التي تتسم بالمتانة والأهمية البيولوجية المرتبطة بمرض ما قبل الارتعاج (PE)، تم إجراء تحليل لاختيار الميزات باستخدام تعلم الآلة متعدد النماذج، وذلك بناءً على مجموعة بيانات النسخ المتوفرة علناً GSE60438 (المنصة: GPL6884). تحتوي مجموعة البيانات هذه على ملفات تعريف التعبير الجيني لعينات من الساقط الأساسي (decidua basalis) التي جُمعت من حالات حمل مصابة بما قبل الارتعاج وحالات حمل ذات ضغط دم طبيعي أثناء العملية القيصرية. تم توحيد الجينات المعبّر عنها تفاضلياً التي تم ترشيحها مسبقاً، واستُخدمت مصفوفة التعبير، جنباً إلى جنب مع معلومات التصنيف السريري المقابلة، كمدخلات لأربعة خوارزميات متميزة لتعلم الآلة من أجل تقليل انحياز النموذج وتعزيز استقرار اختيار الميزات.
تم تطبيق الخوارزميات الأربع في وقت واحد، دون ترتيب محدد. أُجري تحليل LASSO باستخدام حزمة "glmnet" لإجراء تحليل الانحدار واختيار الجينات ذات الميزات الهامة. تمت إضافة حد تنظيم L1 إلى دالة الخسارة، مما يؤدي إلى تقليص معاملات الميزات الأقل أهمية إلى الصفر، وبذلك يتم تحقيق اختيار الميزات. نُفذت خوارزمية SVM-RFE باستخدام حزمة "e1071" لبناء آلة ناقلات الدعم مع حذف الميزات المتكرر. تم تدريب مصنف أولاً باستخدام SVM، ثم أُزيلت الميزات الأقل إفادة بشكل تكراري بناءً على أوزان الميزات، مما أدى إلى الحصول على مجموعة فرعية مثلى من الميزات. طُبقت خوارزمية XGBoost باستخدام حزمة "xgboost" لبناء أشجار قرار متعددة؛ حيث قامت كل شجرة بملاءمة المتبقيات من الشجرة السابقة، وجُمعت المخرجات المرجحة للحصول على التنبؤ النهائي. أُجري تحليل Boruta باستخدام حزمة "randomForest"، حيث تم إنشاء ميزات ظلية تنافست مع الميزات الحقيقية في تدريب الغابة العشوائية، وتم الاحتفاظ بالميزات التي كانت قيم أهميتها أعلى بكثير من الضوضاء العشوائية.
تحليل بيانات النسخ transcriptome للخلية الواحدة
تم الحصول على بيانات النسخ transcriptome أحادية الخلية من قاعدة بيانات GEO، واستُرجعت مصفوفة العد الخام من GSE183338. استُوردت مصفوفة العد باستخدام دالة “Read10X” من حزمة Seurat وحُوّلت إلى تنسيق dgCMatrix. دُمجت الكائنات الفردية في كائن تجميعي واحد باستخدام دالة “merge”، وجُعلت تسميات الخلايا فريدة باستخدام “RenameCells”. تم ترشيح الخلايا منخفضة الجودة بناءً على المعايير التالية: إزالة الجينات التي تم التعبير عنها في أقل من ثلاث خلايا، واستبعاد الخلايا التي تعبر عن أقل من 200 جين. خضعت الخلايا التي اجتازت مراقبة الجودة لعملية التسوية (normalization) وتم تحديد الجينات عالية التباين. طُبقت تسوية القياس الشاملة باستخدام “LogNormalize” (معامل القياس = 10,000)، واختيرت الجينات عالية التباين (n = 2,000) باستخدام “FindVariableFeatures”، وتم قياس البيانات باستخدام “ScaleData”. أُجري تحليل المكونات الرئيسية على الميزات عالية التباين، وتم الاحتفاظ بأعلى 30 مكوناً رئيسياً. صُححت تأثيرات الدفعة (batch effects) بين العينات باستخدام طريقة Harmony. تم تصور الخلايا وتقليل أبعادها باستخدام UMAP. أُنشئت رسوم الجيران الأقرب المشتركة باستخدام “FindNeighbors” و“FindClusters” بناءً على خوارزمية Louvain. تم تحسين معامل الدقة في “FindClusters” بين 0.1 و1. تم تصور شجرة التجميع باستخدام دالة “clustree”، واختيرت دقة 0.9 لتحديد تجمعات الخلايا. أُزيلت الثنائيات (doublets) المحتملة باستخدام خوارزمية Scrublet. تم توصيف تجمعات الخلايا من خلال تحديد الجينات المرجعية ذات التعبير التفاضلي باستخدام دالة “FindAllMarkers”. طُبق اختبار ويلكوكسون لمجموع الرتب (Wilcoxon rank sum test) غير المعلمي مع تصحيح بونفيروني. عُينت هويات الخلايا بناءً على المؤشرات السطحية، والمؤلفات العلمية ذات الصلة، وقاعدة بيانات تصنيف الخلايا15.
زراعة الخلايا
تم استزراع خط خلايا الأرومة الغاذية HTR-8/SVneo في وسط RPMI-1640 مضاف إليه 10% من مصل الجنين البقري و1% من البنسلين/ستربتوميسين. تم تهيئة ظروف نقص الأكسجة عن طريق استزراع الخلايا عند 1% O₂ و5% CO₂ و94% N₂ لمدة 24 h؛ بينما تم الحفاظ على ضوابط سويّة الأكسجة عند 20% O₂ و5% CO₂16. يجب تنفيذ جميع إجراءات استزراع الخلايا داخل كابينة سلامة حيوية من الفئة الثانية (Class II biosafety cabinet) باستخدام تقنية تعقيمية. كما يجب التخلص من أوساط الاستزراع وكواشف عفن الخلايا ونفايات الخلايا وفقاً لإرشادات السلامة الحيوية المؤسسية.
ترانسفكشن الخلايا
تم تخليق بلازميدات تحتوي على sh-SASH1 وsh-NC وOE-SASH1 وOE-NC. وزعت خلايا HTR-8/SVneo بكثافة 5 × 105 خلية لكل بئر في أطباق ذات ستة آبار. بعد ذلك، تم نقل 2 µg من بلازميد sh-SASH1 أو sh-NC أو OE-SASH1 أو OE-NC لكل بئر إلى الخلايا باستخدام كاشف نقل وفقًا لتعليمات الشركة المصنعة. وباختصار، تم تخفيف DNA البلازميد وكاشف P3000 في وسط Opti-MEM، ومزجهما مع Lipofectamine 3000 المخفف بشكل منفصل في Opti-MEM، ثم حضن الخليط لمدة 15 min في درجة حرارة الغرفة، وأضيف إلى الخلايا عندما وصلت درجة تلاقيها إلى 70–80%. وبعد ثمان وأربعين ساعة من عملية النقل، تم تقييم تعبير SASH1 عن طريق RT-qPCR واللطخة الغربية (Western blot). وتظهر تسلسلات الهدف لـ shRNA المستخدمة لتثبيط SASH1 في الجدول التكميلي 1.
تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي في الوقت الحقيقي
تم استخلاص الحمض النووي الريبوزي الكلي (Total RNA) من خلايا HTR-8/SVneo وتحويله عكسياً إلى cDNA باستخدام مجموعة أدوات النسخ العكسي عند 42 °C لمدة 30 min، تلاها 85 °C لمدة 5 min. وأُجري تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي في الوقت الحقيقي (qPCR) باستخدام مزيج SYBR Green الرئيسي وفقاً لظروف الدورات التالية: 95 °C لمدة 10 min، تلاها 40 دورة من 95 °C لمدة 15 s و60 °C لمدة 1 min. وحُسب التعبير النسبي لـ mRNA باستخدام طريقة ΔΔCt، مع اعتبار β-actin مرجعاً داخلياً. تسلسلات البادئات المستخدمة في هذه التجربة مدرجة في الجدول التكميلي 2.
مقايسة لطخة ويسترن
تم استخلاص البروتين الكلي من خلايا HTR-8/SVneo باستخدام محلول التحلل (lysis buffer). جُمعت نواتج تحلل الخلايا، وحُضنت على الثلج، ثم طُردت مركزياً عند 12,000 × g لمدة 30 min عند 4 °C لإزالة الحطام غير القابل للذوبان. حُدد تركيز البروتين باستخدام جهاز المطياف الضوئي (spectrophotometer). وفُصلت كميات متساوية من البروتين (50 µg) عن طريق الفصل الكهربائي لهلام SDS-PAGE، ثم نُقلت لاحقاً إلى أغشية PVDF. عولجت الأغشية بـ 5% من الحليب الخالي من الدسم لغلق مواقع الارتباط غير المحددة (blocked)، وحُضنت مع الأجسام المضادة الأولية طوال الليل عند 4 °C. وبعد الغسل، حُضنت الأغشية مع الأجسام المضادة الثانوية المناظرة، وتم تصور حزم البروتين باستخدام نظام كشف التألق الكيميائي المُعزز (enhanced chemiluminescence detection system).
للكشف عن البروتين، شملت الأجسام المضادة الأولية anti-SASH1 و β-actin. كما استُخدمت أجسام مضادة ثانوية مناسبة مقترنة بإنزيم بيروكسيديز الفجل (HRP)، وهي goat anti-rabbit و goat anti-mouse. واستُخدم β-actin كضابط تحميل داخلي لضمان تساوي كميات البروتين المحملة. وقد تم قياس كثافة حزم البروتين وتقديرها كميًا باستخدام برنامج ImageJ.
عزل P-EXOS
تم عزل P-EXOS من نسيج الزغابات المشيمية الذي تم الحصول عليه من مشيمات مكتملة النمو لنساء أصحاء خضعن لعملية قيصرية اختيارية. غُسل نسيج الزغابات المشيمية جيداً بـ PBS معقم، ثم قُطع إلى شظايا بحجم 1 mm3 تقريباً، وزُرع في وسط RPMI-1640 مضاف إليه 10% FBS منزوع الإكسوزومات عند 37 °C في 5% CO2 لمدة 48 h. خضع الوسط المكيف لطرد مركزي تفاضلي على النحو التالي: 300 × g لمدة 10 min لإزالة الخلايا وبقايا الأنسجة؛ و2,000 × g لمدة 20 min لإزالة بقايا الخلايا؛ و10,000 × g لمدة 30 min لإزالة الحويصلات الدقيقة، وكل ذلك عند 4 °C. ثم تم إجراء طرد مركزي فائق للمادة الطافية الناتجة عند 120,000 × g لمدة 70 min عند 4 °C لترسيب الإكسوزومات. غُسلت الرواسب مرة واحدة بـ PBS وأعيد إخضاعها للطرد المركزي الفائق عند 120,000 × g لمدة 70 min عند 4 °C. وأخيراً، أُعيد تعليق الرواسب النهائية في PBS. تم توصيف الإكسوزومات المعزولة عن طريق تحليل Western blot للكشف عن علامات الإكسوزومات (PLAP و CD63 و TSG101، مع استخدام GM130 كضابط سلبي) وفُحصت كذلك بواسطة المجهر الإلكتروني النافذ للملاحظة المورفولوجية.
تجربة الامتصاص الخلوي لـ P-EXOS
لتأكيد الامتصاص الخلوي لـ P-EXOS، تم وسم الإكسوسومات فلوريسنتياً باستخدام صبغة الغشاء المحبة للدهون PKH67 وفقاً لبروتوكول الشركة المصنعة. وباختصار، تم تحضين P-EXOS مع PKH67 (4 µM) في Diluent C لمدة 5 min في درجة حرارة الغرفة، ثم أوقف التفاعل بإضافة حجم مساوٍ من ألبومين المصل البقري (BSA) بتركيز 1%. أعيد عزل الإكسوسومات الموسمة عن طريق الطرد المركزي الفائق (120,000 × g، 70 min، 4 °C) لإزالة الصبغة غير المرتبطة. ثم أضيفت P-EXOS الموسمة بـ PKH67 (50 µg/mL) إلى خلايا HTR-8/SVneo وحُضنت معاً لمدة 24 h تحت ظروف طبيعية أو ظروف نقص الأكسجة (1% O₂). غُسلت الخلايا لاحقاً ثلاث مرات باستخدام PBS، وثُبتت باستخدام بارافورمالدهيد بتركيز 4% لمدة 15 min، وصُبغت النوى بصبغة DAPI (1 µg/mL). تم تصوير الامتصاص الخلوي للإكسوسومات الموسمة بـ PKH67 باستخدام المجهر البؤري الماسح بالليزر (CLSM؛ إثارة 490 nm، انبعاث 502 nm). أما بالنسبة لتجارب الزراعة المشتركة الوظيفية، فقد عولجت خلايا HTR-8/SVneo بـ P-EXOS بتركيز 50 µg/mL (ما يعادل البروتين) في وسط RPMI-1640 كامل مضاف إليه 10% FBS خالية من الإكسوسومات تحت ظروف نقص الأكسجة (1% O₂) لمدة 24 h.
المقايسة الامتصاصية المناعية المرتبطة بالإنزيم (ELISA)
تم جمع السوائل الطافية من المزارع الخلوية، وقياس مستويات IL-6 و IL-1β و TNF-α باستخدام أطقم ELISA الخاصة بـ IL-6 و IL-1β و TNF-α على التوالي، وفقاً لتعليمات الشركات المصنعة. تم قياس الامتصاصية عند 450 nm باستخدام قارئ الصفائح الدقيقة، وحُسبت التركيزات الفعلية من منحنيات القياس المعيارية.
وسم نهايات القطوع بـ dUTP بوساطة إنزيم TdT (تقنية TUNEL)
تم الكشف عن الخلايا المبرمجة (Apoptotic cells) باستخدام مجموعة أدوات مقايسة TUNEL وفقاً لتعليمات الشركة المصنعة. وباختصار، تم تثبيت الخلايا باستخدام 4% paraformaldehyde لمدة 15 min في درجة حرارة الغرفة، ثم جعل غشاؤها نفاذاً باستخدام 0.1% Triton X-100 في PBS لمدة 5 min على الثلج، وحُضنت مع خليط تفاعل TUNEL لمدة 60 min عند 37 °C في الظلام. تمت صبغ الأنوية صبغاً مضاداً باستخدام DAPI، ووُثقت الخلايا الموجبة لـ TUNEL باستخدام مجهر فلوري، وتم قياسها كمياً عن طريق حساب النسبة المئوية للخلايا الموجبة لـ TUNEL في خمسة حقول مختارة عشوائياً على الأقل لكل عينة.
التحليل الإحصائي
تم تحليل جميع البيانات باستخدام برنامج R وبرنامج GraphPad Prism. عُرضت المتغيرات المستمرة في شكل المتوسط ±الانحراف المعياري (SD). أُجريت المقارنات بين مجموعتين باستخدام اختبار t لـ Student، بينما أُجريت المقارنات بين مجموعات متعددة باستخدام تحليل التباين أحادي الاتجاه (one-way ANOVA) متبوعاً باختبار Tukey للمقارنات البعدية. وقُيمت الدلالة الإحصائية للمتغيرات الفئوية باستخدام اختبار مربع كاي (Chi-square test) أو اختبار فيشر الدقيق (Fisher’s exact test). وما لم ينص على خلاف ذلك، حُسبت الارتباطات بين الجزيئات باستخدام تحليل ارتباط سبيرمان. نُفذت تجارب توصيف الإكسوزومات باستخدام P-EXOS المعزولة من ثلاثة متبرعين مستقلين بالمشيمة. وأُجريت التجارب القائمة على الخلايا في ثلاث مكررات بيولوجية مستقلة، تمثل تجارب مستقلة أُجريت في مناسبات منفصلة باستخدام خلايا HTR-8/SVneo من ممرات مختلفة، مع استخدام P-EXOS المعزولة من متبرع مشيمي مختلف في كل مكرر. واعتُبرت القيمة p < 0.05 ذات دلالة إحصائية.