أجريت هذه الدراسة باستخدام بيانات ملخصة على مستوى GWAS متاحة للجمهور. جميع الدراسات الأصلية اجتازت المراجعة الأخلاقية وحصلت على موافقة لجنة المراجعة المؤسسية قبل صدور البيانات. قدم جميع المشاركين في الدفعات الأصلية موافقة مستنيرة موقعة. ونظرا لأن البحث الحالي استخدم فقط بيانات غير محددة الهوية ومجمعة ومنشورة، لم تكن هناك حاجة لمراجعة أخلاقية إضافية وموافقة المشاركين المستنيرة على المشاركين.
تصميم العشوائية المندلية
العشوائية المندلية (MR)13، التي تستخدم تعدد أشكال النيوكليوتيد الواحد (SNPs) كمتغيرات أداة (IVs)، هي طريقة للاستدلال السببي تعتمد على التنوع الجيني. تعمل هذه الطريقة من خلال الاستفادة من التأثير الطبيعي للأنماط الجينية المخصصة عشوائيا على الأنماط الظاهرية لاستنتاج كيف تؤثر العوامل البيولوجية الجينية على تطور المرض. نظرا لأن المتغيرات الجينية توزع عشوائيا وتظهر قبل حدوث المرض، يعتبر التصوير بالرنين المغناطيسي تجربة عشوائية طبيعية محكمة (RCT). وعلى عكس التصاميم البحثية التقليدية، فإنه يقضي فعليا على التحيزات الناتجة عن السببية العكسية والمتغيرات المربكة التي قد تقوض صحة النتائج. يعرض الشكل 1 سير العمل العام لهذا التحقيق في العشوائية المندلية (MR). تم اعتماد المتغيرات الجينية كمتغيرات آلية (IVs) لإجراء تحليل الرنين المغناطيسي في هذا البحث. ثلاثة افتراضات رئيسية تدعم صحة هذا التصميم للMR14: (1) افتراض الصلة: يجب أن تكون المتغيرات الجينية مرتبطة ارتباطا قويا بالتعرض المعني. (2) افتراض الاستقلالية: لا ينبغي ربط المتغيرات الجينية بأي عوامل مربكة قد تؤثر على المسار السببي بين التعرض والنتيجة. (3) افتراض الاستبعاد والتقييد: تؤثر المتغيرات الجينية على النتيجة فقط من خلال التعرض. تعتمد موثوقية تحليل التصوير بالرنين المغناطيسي كليا على هذه المتطلبات الثلاثة الأساسية.
مصدر بيانات GWAS للتعرض
تم فحص المتغيرات الجينية المناسبة واعتمادها كمتغيرات أداة لعدوى هيليكومبيك بيلوري ؛ كان جميع المشاركين المشمولين لديهم خلفية جينية أوروبية موحدة، مما خفض التحيز المربك الناتج عن الاختلافات العرقية. من خلال استرجاع الأنماط الظاهرية المرتبطة ب H.pylori من قاعدة بيانات IEU OpenGWAS، أكدت هذه الدراسة أن مؤشرات التعرض السبعة المطبقة في هذا التحليل للرنين المغناطيسي تم اشتقاقها جميعا من دراسة أصلية واحدة، شملت 8,735 مشاركا في بنك بيولوجي بريطاني يتكون من 55.9٪ إناث و44.1٪ ذكور، بمتوسط عمر تجنيد يبلغ 58 سنة (النطاق الربعي: 51–64 سنة) وقيمت الإيجابية المصلية عبر 13 علامة حيوية مرتبطة بمسببات الأمراض. من بينها الإيجابية المضادة لفيروس H. pylori شملت 8,735 فردا لديهم 9,170,312 SNP، والأجسام المضادة CagA لفيروس H. pylori شملت 985 فردا مع 9,165,056 SNPs، والأجسام المضادة المقطعية H. pylori شملت 1,558 فردا مع 9,167,570 SNPs، والأجسام المضادة H . pylori GroEL شملت 2,716 فردا مع 9,172,299 SNPs، والأجسام المضادة OMP في H. pylori شملت 2,640 فردا مع 9,167,440 SNP، وH. pylori شمل الأجسام المضادة UREA 2,251 فردا لديهم 9,170,248 SNPs، وشملت الأجسام المضادة H. pylori VacA 1,571 فردا مع 9,178,635 SNP (الجدول 1).
النتيجة: مصادر بيانات GWAS
تم استرجاع المواقع الجينية ذات الصلة المرتبطة ب IDA من مجموعة بيانات منشورة ل GWAS، تضم 12,317 حالة و468,624 ضابطا مع إجمالي 24,180,477 متغيرات جينية؛ كان جميع الأفراد المسجلين من أصل عرقي أوروبي (الجدول 1).
اختيار الوريديات
اختيار الآلات. نظرا لصغر حجم العينة، لم تستوف أي من SNPs المعايير عندما تم تعيين عتبة قيمة p على 5 × 10⁻8. لذلك، قامت هذه الدراسة بتعديل العتبة إلى 5 × 10⁻6. وقد استخدم هذا العتبة المعدلة على نطاق واسع في دراسات MR السابقة، مما يؤكد عقلانيته وموثوقيته15. للقضاء على التأثيرات المربكة لاختلال توازن الربط (LD)، تم تطبيق معايير تصفية صارمة في هذه الدراسة. نظرا لأن LD يمنع الفصل المستقل الكامل للجينات المختلفة، فإن قانون مندل للتوزيع المستقل لا ينطبق على جميع المتغيرات الجينية. تم إجراء إجراء تجمع ال LD بمعايير واضحة (r2 < 0.001، المسافة الجينية 10,000 كيلو بايت) لتقليل التحيز التحليلي الناتج عن LD. بالإضافة إلى ذلك، أجريت فحوصات اتساق على اتجاهات التأثير بين أليل التأثير (EA) والأليل الآخر (OA). خلال هذه العملية، تم استبعاد مواقع SNP ذات البنى الباليندرومية لتقليل التحيز التحليلي الناتج عن مشاكل مثل الاقتران الأليلي غير الصحيح. أخيرا، تم قياس قوة الارتباط بين المتغيرات الوراثية الآلية المستمرة أو المنفصلة (IVs) وعوامل التعرض المستمر باستخدام إحصائية F المستمدة من نماذج الانحدار الخطي. بشكل عام، يعتبر إحصائي F ≥ 10 كافيا لتجنب تحيز التقدير السببي الناتج عن ضعف المتغيرات الأداتية. قامت هذه الدراسة بتقييم قوة المتغيرات الآلية (IVs) باستخدام الصيغة
(1)
βالتعرض = معامل بيتا للتعرض (حجم تأثير SNP على التعرض).
SEالتعرض = الخطأ القياسي لتقدير بيتا للتعرض.
F = إحصائية F (مقياس قوة المتغيرات الأداة).
باستخدام الطرق المذكورة أعلاه، حددت هذه الدراسة 59 SNP.
تحليلات التصوير بالرنين المغناطيسي والحساسية من عينتين
ضمن إطار العشوائية المندلية المكون من عينتين، تم تطبيق عدة طرق تحليلية لاستكشاف العلاقة السببية بين الأجسام المضادة للهيليكومبيوم البواب وIDA، بما في ذلك النهج المرجح بالتباين العكسي (IVW)، وانحدار MR-إيجر، والوسيط الموزون، والنمط الموزون، والنمط البسيط. تم استخدام نهج IVW كتحليل أساسي، بافتراض أن جميع SNPs صالحة لكنها معرضة للتعدد المتعدد الأفقي13. تم استخدام اختبار MR-Egger للاعتراض لتحديد التنوع العددي، حيث تشير P > 0.05 إلى عدم وجود فرق معنوي، مما يشير إلى غياب التنوع العددي. بالإضافة إلى ذلك، أجريت تحليلات حساسية باستخدام MR-PRESSO للكشف وتصحيح تأثير المؤشرات الشاذة في البيانات17. تم تقييم طريقتي IVW الأولية وMR-Egger من حيث التباين. تم استخدام إحصائية Q لكوكران للتحقق مما إذا كانت الوريديات الوريدية تظهر تباينا، مع إشارة P > 0.05 إلى عدم وجود تنوع. تم استخدام تحليل ترك واحد خارج لضمان بقاء النتائج غير متأثرة ب SNPs المتحيزةللفرد 18. تم إجراء تحليلات إحصائية وتصوير بيانات باستخدام الإصدار 4.3.2 من R. تم إجراء تحليلات العشوائية المندلية باستخدام حزمة TwoSampleMR (الإصدار 0.6.8) وحزمة MRPRESSO (الإصدار 1.0). شملت الوظائف التحليلية الرئيسية: TwoSampleMR::harmonise_data()، TwoSampleMR::mr()، و RPRESSO::mr_presso().