تحليل علم الأدوية الشبكي
تم استخدام كلمة "التوحد" ككلمة مفتاحية للبحث في قاعدة بيانات GeneCards (https://www.genecards.org/) عن أهداف متعلقة بالتوحد12، 13، 14. تم دمج الأهداف المسترجعة من قواعد البيانات بعد إزالة الإدخالات المكررة. تم تعزيز الأهداف المعروفة للمكونات النشطة التي لم تلتقط في تنبؤات قواعد البيانات بناء على تقارير الأدبيات15. تم توحيد أهداف الأمراض والأهداف المحتملة لمكونات الأدوية بشكل موحد إلى رموز الجينات باستخدام قاعدة بيانات بروتين UniProt (https://www.uniprot.org/)، وتم رسم هاتين المجموعتين للأهداف لتحديد الأهداف العلاجية المحتملة ل KSZZD للتوحد16.
استنادا إلى قاعدة بيانات وتحليل أنظمة الأدوية التقليدية للطب الصيني (TCMSP, http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php)، تم فحص المركبات النشطة الحيوية المحتملة في KSZZD وأهدافها المقابلة وفقا لمعايير التوافر الحيوي الفموي (OB ≥ 0.30) ومؤشر الشبه الدوائي (DL ≥ 0.18)17. تم استرجاع معرفات SMILES للمركبات من قاعدة بيانات PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)، وتم استخدام التنبؤ بالأهداف السويسرية (http://swisstargetprediction.ch/) لاستكشاف الأهداف المحتملة غير المدرجة في منصةTCMSP 18. لاحقا، تم استخدام قاعدة بيانات HERB (http://herb.ac.cn) للفحص التكميلي وفقا لقاعدة ليبينسكي الخمسة، مع المعايير التالية: الوزن الجزيئي (ميغاوات ≤ 500 دالتون)، معامل تقسيم الأوكتانول-الماء (AlogP ≤ 5)، عدد مانحي الروابط الهيدروجينية (Hdon ≤ 5)، عدد مستقبلات الروابط الهيدروجينية (Hacc ≤ 10)، وعدد الروابط القابلة للدوران (RBN ≤ 10). ثم تم إجراء الفحص المستهدف باستخدام قاعدة بيانات باتمان-الطب الصيني التقليدي (http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/) بالمعايير التالية: الحد الأدنى للدرجة (≥0.84)، درجة قابلية التخدير (≥0.10)، وقيمة P (≤0.05). وأخيرا، تم استخدام قاعدة بيانات UniProt (https://www.uniprot.org) لتحويل أسماء الأهداف المختارة إلى رموز جينية قياسية.
تم تحديد الأهداف المتداخلة بين أهداف الأدوية وأهداف التوحد باستخدام أداة رسم مخطط فين عبر الإنترنت (http://bioinformatics.psb.ugent.be). تم استيراد هذه الأهداف المتداخلة إلى قاعدة بيانات STRING (https://string-db.org/) لبناء شبكة تفاعل البروتين والبروتين (PPI)19. تم تعيين النوع على إنسان العاقل، وتم تصفية تفاعلات البروتين والبروتين ذات درجات الثقة أقل من 0.40. تم استيراد الشبكة الناتجة إلى برنامج Cytoscape 3.10.0 للتحليل البصري16، حيث تم تمثيل الأدوية والمركبات والأهداف بألماس أحمر، ودوائر زرقاء، ومثلثات خضراء على التوالي، وعكست أوزان الحواف مركزية الدرجات للعقد. ثم تم استخدام إضافة CytoNCA لحساب قيم مركزية الدرجات، وترتيب المركبات الأساسية، وتحديد المركبات الأساسية الرئيسية. تم إجراء تحليل إثراء المعلوماتية الحيوية للجينات المستهدفة باستخدام منصة Metascapeرقم 20، بما في ذلك تحليل GO (العملية البيولوجية، BP؛ الوظيفة الجزيئية، MF؛ مكون الخلوي، CC) وتحليل مسار KEGG.
الالتحام الجزيئي
تم معالجة بروتينات المستقبلات المرتبطة بالتوحد المذكورة أعلاه مسبقا قبل الالتحام من خلال إصلاح البقايا المفقودة، وتحسين حالة البروتون، وإزالة جزيئات الماء البلوري للحفاظ على سلامة المستقبل الهيكلي. ثم تم استخدام طريقة الالتحام شبه المرنة في وحدة CDOCKER21 . تم تعريف البقايا ضمن 10 أنغروميوم من الليغاند البلوري المساعد على أنها الجيب النشط، وتم محاكاة ارتباط مستقبلات الليغاند داخل هذه المنطقة.
تم تقييم نتائج الالتحام باستخدام طاقة تفاعل CDOCKER كمؤشر رئيسي، مع انخفاض قيم الطاقة إلى ارتباط متوقع أكثر استقرارا بين الليجاند والمستقبل. تم تقييم موثوقية وضع الالتحام من خلال مقارنة تكوين الارتباط المكاني للمكون الأساسي مع الرابط البلوري المساعد في الجيب النشط. تم اختيار المركب ذو الطاقة المثلى للارتباط وأقوى تفاعل كشكل أولي لمحاكاة الديناميكا الجزيئية اللاحقة.
محاكاة الديناميكا الجزيئية
استنادا إلى نتائج الالتحام الجزيئي، تم إجراء محاكاة للديناميكا الجزيئية لاستكشاف آلية الارتباط بين مركب الكيرسيتين وTNF-α. يحاكي هذا النهج الحركة الجزيئية والتفاعلات على المستوى الذري ويحلل التغيرات الديناميكية في البروتينات والروابط والبيئة المحيطة، مما يوفر معلومات عن التغيرات الجزيئية، واستقرار الربط، وديناميكيات البروتين-الرابط. تم حل مركب المستقبل-الليغاند باستخدام نموذج الماء TIP3P، مع مسافة عازلة لا تقل عن 12 آنغو å بين المجمع وحدود النظام لضمان الحلول الكاملة وتقليل تأثيرات الحدود. تم ضبط تركيز الأيونيات على 0.154 M، وأضيفت أيونات Na⁺ و Cl⁻ لتحييد شحنة النظام. لتحسين دقة المحاكاة، تم اعتماد حقل قوة بروتين Amber14SBرقم 22 ، الذي يصف بفعالية التفاعلات بين الجزيئات غير المرتبطة وأنماط الارتباط، وهو مناسب بشكل خاص لدراسات معقدة البروتين-الرابطة23.
لتقليل الطاقة الأولي، تم تشغيل طريقة النزول الأكثر انحدادا على 5000 خطوة لإزالة التلامسات غير المعقولة والتشكيلات عالية الطاقة، باستخدام عتبة تقارب 10 كيلوجول/مول/نانومتر لضمان استرخاء معلمات مجال القوة. ثم تم تشغيل طريقة التدرج المزدوج على 2000 خطوة لتحسين الحالة الديناميكية الحرارية وضمان استقرار النظام24.
خلال التوازن، تم إجراء محاكاة مجموعة NVT لأول مرة بسرعة 100 حصان ثانوي مع خطوة زمنية بسرعة 2 إطار ثانية. تم تسخين النظام تدريجيا إلى 300 كلفن لتقليل تأثير البنية الأولية والوصول إلى التوازن الحراري. ثم تم تحويل المجموعة إلى NPT، وتم إجراء توازن إضافي بقوة 100 حصان ثانوي عند ضغط ثابت قدره 1 بار لتثبيت الكثافة والضغط. تم استخدام هذه المرحلة لجعل النظام في حالة ديناميكية حرارية مستقرة قبل محاكاة الإنتاج25. تم إجراء المحاكاة الرسمية للديناميكا الجزيئية لمدة 20 نانوثانية، مع الحفاظ على درجة الحرارة عند 300 كلفن، والضغط عند 1 بار، وخطوة زمنية قدرها 2 fs. تم حفظ المسار كل 10 حصان. لضمان استقرار ودقة المحاكاة، تم مراقبة المعايير الفيزيائية بانتظام بما في ذلك درجة الحرارة والضغط والحجم، للتأكد من بقائها ضمن النطاقات المتوقعة.
المسح المرن بالألانين
استنادا إلى الشكل المستقر الذي تم الحصول عليه من محاكاة الديناميكا الجزيئية، تم إجراء مسح الألانين على جميع بقايا الأحماض الأمينية ضمن دائرة نصف قطرها 3 أنغستروما من واجهة ارتباط الليجاند. في هذه الإجراءات، يتم استبدال بقايا الهدف بشكل منهجي بالألانين، مما يؤدي إلى قطع السلسلة الجانبية مع الحفاظ على تكوين السلسلة الرئيسية وإزالة التفاعلات المحددة التي تتوسط السلسلة الجانبية. تم قياس وزن مساهمة كل بقايا في ألفة الارتباط من خلال حساب التغير في طاقة الارتباط الحرة بين المجمعات البرية والمتحولة. على عكس النماذج الثابتة التقليدية، قدمت هذه الدراسة آلية استرخاء مرنة بسلسلة جانبية، تسمح للبيئة حول موقع الطفرة بالخضوع للاسترخاء الهيكلي ومحاكاة الاستجابة الديناميكية لواجهة الارتباط بشكل أكثر واقعية. هدف هذا التحليل إلى تحديد بقايا النقاط الساخنة المرشحة التي تحافظ على الاستقرار المعقد، مما يوفر بصمة طاقية لتحسين مركبات الرصاص المستهدفة البروتينات المرتبطة بالتوحد.
تجارب حيوانية
الحيوانات التجريبية
تم اختيار فئران سبراج-داولي (SD) السليمة من درجة SPF (ثلاثة ذكور وثلاث إناث، تبلغ أعمارهم 3 أشهر)، ولدت وتربت في ظروف متطابقة. تم التحكم في درجة حرارة الغرفة عند 18–22 درجة مئوية، وحافظت الرطوبة النسبية على 60٪–70٪، ودورة الضوء كانت 12 ساعة: 12 ساعة (الفاتح: داكن). تمت الموافقة على جميع العمليات التجريبية على الحيوانات من قبل لجنة أخلاقيات الحيوانات التجريبية في مستشفى الشعب الأول في زوني (رقم الموافقة: لونشين (2025)-2-362).
تزاوج الحيوانات، تحديد الحمل، والتجميع
تم إطعام جميع الفئران بشكل تكيفي في بيئة حماية شمس لمدة أسبوع واحد بعد الشراء. كانت أنثى فأر وذكر آخر يحتجزان معا في الساعة 18:00 مساء كل يوم. تم إجراء فحص السدادة المهبلية في الساعة 8:00 صباحا في اليوم التالي (بعد 12 ساعة من الحبس). كان وجود سدادة مهبلية يعتبر تزاوجا ناجحا، وتم تعيين نفس اليوم كيوم حمل 0.5 (GD0.5). كانت الفئران الحوامل توضع بشكل فردي في أقفاص منفصلة. تم قياس وتسجيل وزن أجسام الفئران الحوامل يوميا. زاد وزن جسم الفئران الحوامل باستمرار، مع متوسط زيادة يومية يتراوح بين 2–5 جرام، وكان الوزن الكلي قد يزداد بحوالي 30٪ قبل الولادة. بعد حوالي 10 أيام من الحمل، كان هناك انتفاخ غير متماثل على شكل كمثرى في البطن ظاهر، وكان يمكن الشعور بكتل الأجنة الصلبة باللمس، وهو ما كان مميزا عن محيط البطن الموحد واللين الناتج عن السمنة.
إنشاء النماذج وإعداد مجموعة الضبط:
بالنسبة للمجموعة النموذجية، تم اختيار فأرتين حامل عشوائيا وحقنهما داخل الصفاق بمحلول VPA (600 ملغ/كغ) مرة واحدة في يوم الحمل 12.5 (GD12.5). تم إعطاء VPA عن طريق حقنة واحدة داخل الصفاق بجرعة 600 ملغ/كغ في يوم الحمل 12.5. تم اختيار هذا النظام بناء على العمل الأساسي الذي أجراه شنايدر وبريزوفسكي26، اللذان أثبتا أن التعرض ل VPA في هذه النقطة الزمنية المحددة للحمل يعكس كل من السمات العصبية والسلوكية لاضطراب طيف التوحد البشري. أصبح هذا البروتوكول منذ ذلك الحين النموذج القياسي وتم التحقق منه باستمرار في الدراسات الصيدلانية الحديثة باستخدام نفس المعايير27. بالنسبة لمجموعة الضابط الفارغة، تم اختيار فأر حامل واحد وحقنه داخل الصفاق بحجم متساوي 0.9٪ من محلول ملحي طبيعي في نفس النقطة الزمنية. ولدت الفئران الحوامل بشكل طبيعي، وتم تسجيل يوم ميلاد النسل كيوم ما بعد الولادة 0 (PND0). تم فطام جميع الفئران النسبية وإيواؤها بشكل منفصل حسب الجنس في يوم PND21.
تجميع النسل والتدخل
في PND28، تم اختيار 12 جروا ذكرا عشوائيا من نسل الفئران الحوامل المعرضة ل VPA (6 في مجموعة النموذج و6 في مجموعة تدخل الكيرسيتين)، وتم اختيار 6 جراء ذكور عشوائيا من نسل فئران حوامل معرضة للمحلول الملحي طبيعية (6 في المجموعة الفارغة). تم التأكد من عدم وجود فرق كبير في وزن الجسم بين الجراء في كل مجموعة. تم تعيين الأبناء المولودين لفئران حوامل عولجت بمحلول ملحي طبيعي إلى المجموعة الفارغة، وأولئك المولودون لفئران حوامل عولجت ب VPA إلى المجموعة النموذجية، وأولئك المولودون لفئران حوامل عولجت ب VPA إلى مجموعة التدخل بالكيرسيتين.
تم إجراء التدخل المستمر لمدة 4 أسابيع بدءا من PND28. بالنسبة لمجموعة تدخل الكيرسيتين، تم إعطاء تعليق الكيرسيتين عن طريق المعدة في وقت محدد يوميا بجرعة 100 ملغ/كغ/يوم. تم اختيار هذه الجرعة بناء على الأدلة المتكاملة التالية: (1) دراسة سابقة لتحديد الجرعات حددت 100 ملغ/كجم كأفضل جرعة لتخفيف السلوكيات الشبيهة بالقلق وتقليل السيتوكينات المؤيدة للالتهاب في نموذج فئران التهاب عصبي ناتج عن LPS28؛ (2) أثبت أن الكيرسيتين بجرعة 50 ملغ/كغ يمنع عجز التفاعل الاجتماعي وتلف الدماغ التأكسدي في نموذج29 من فئران التوحد الناتج عن VPA قبل الولادة؛ و(3) تم مؤخرا إثبات أن الكيرسيتين الفموي يقلل من مستويات TNF-α في الدماغ ويحسن السلوكيات الشبيهة بالتوحد في نموذج30 من فئران التوحد الناتجة عن حمض البروبيونيك. تدعم هذه المراجعات المستقلة مجتمعة اختيار 100 ملغ/كجم لضمان مشاركة قوية للمسار الالتهابي الذي بوساط TNF α في نموذج اضطراب طيف التوحد الحالي الناتج عن VPA بعد الولادة. بالنسبة للمجموعتين الفارقة والنموذجية، تم إعطاء محلول ملحي طبيعي CMC-Na بنسبة 0.5٪ يوميا عن طريق المعدة بحجم متساو. كان لدى جميع الحيوانات إمكانية الوصول المجاني للطعام والماء خلال فترة التدخل، وتم قياس أوزان أجسامها كل أسبوع لتعديل حجم الإعطاء حسب أوزانها.
اختبار الملعب المفتوح
بعد 4 أسابيع من التدخل (حوالي PND56)، أجري اختبار المجال المفتوح لتقييم النشاط التلقائي ومستويات القلق. اختبار المجال المفتوح (OFT) هو تجربة سلوكية كلاسيكية لتقييم السلوك المرتبط بالقلق لدى الحيوانات التجريبية. كانت المؤشرات المقاسة هي القدرة العفوية على الحركة للفئران في البيئة المفتوحة والوقت الذي يقضيه في مركز الحقل المفتوح. كان جهاز OFT للفئران يبلغ ارتفاعه 30 سم، وطوله 50 سم، وعرضه 50 سم في الأسفل، مع جدران داخلية بيضاء، وكان مقسما صناعيا إلى 16 شبكة صغيرة، منها 4 شبكات في المنطقة الداخلية و12 شبكة في المنطقة الخارجية. تم إبقاء موقع التجربة هادئا لتجنب تحفيز الصوت الذي قد يؤثر على دقة نتائج التجارب. تم وضع كل فأر في وسط قاع الصندوق، وتم تسجيل الفيديو وتوقيت الجرعة في نفس الوقت. غطى مجال رؤية الكاميرا كامل الحقل المفتوح وسجل حركة الجرذان العفوية وعدد المرات التي تعبر بين الشبكات. استمر كل اختبار لمدة 5 دقائق، وبعدها توقف تسجيل الفيديو. تم مسح الجدار الداخلي وأسفل الصندوق المفتوح بنسبة 75٪ كحول لمنع البراز ورائحة الجسم التي يتركها حيوان واحد من التأثير على نتائج اختبار الحيوان التالي. تم تكرار العملية بعد استبدال الفئران حتى أكملت جميع الفئران الاختبار.
طريقة الكشف المرضي
بعد التثبيت على 4٪ بارافورمالديهايد، خضع نسيج الدماغ لتجفيف تدرج باستخدام جهاز تجفيف آلي بالكامل: 75٪ إيثانول لمدة ساعتين، 85٪ إيثانول لمدة ساعة، 95٪ إيثانول لمدة ساعة، وإيثانول مطلق I-IV لمدة 20 دقيقة لكل منهما. ثم تم تنظيف الأنسجة بمادة تنظيف I لمدة 25 دقيقة ومادة تنظيف II لمدة 30 دقيقة، تلاها إضافة البارافين. تم إزالة الشمع من الأقسام بسماكة 5 ميكرومتر باستخدام محلول إزالة الشمع I و II لمدة 30 دقيقة لكل منهما وإعادة ترطيبها بالإيثانول التدرجي. تم صبغ الأقسام بالهيماتوكسيلين لمدة 5–10 دقائق، ثم تم تمييزها بكحول حمض الهيدروكلوريك لمدة 3 ثوان، ثم صبغت بالماء القلوي لتتحول إلى اللون الأزرق. ثم تم تلوينها بالإيوزين القابل للذوبان في الكحول لمدة 3 دقائق، ثم جففها بالإيثانول التدرجي، ثم تنظف، ثم غطت بوسط تثبيت محايد، وتمت مراقبتها تحت المجهر.
الكشف عن مستويات TNF-α في المصل وأنسجة الدماغ
بعد آخر إعطاء، تم جمع دم الأبهر البطني من الفئران وتم تمركزه في الطرد المركزي عند 3,000 r/min عند 4 درجات مئوية لمدة 15 دقيقة، وتم جمع المادة الفائقة في المصل. وفي الوقت نفسه، تم تشريح أنسجة الحصين والقشرة القشرى، وأضيفت الأنسجة المبردة مسبقا بنسبة 1:9 للتجانس الميكانيكي. ثم تم تطرد الخليط المركزي عند 12,000 r/min عند 4 °C لمدة 20 دقيقة لجمع السوبرناتانت. تم استخدام طريقة BCA لقياس كمية بروتينات الأنسجة. وفقا لتعليمات مجموعة ELISA، تمت إضافة العينات المراد اختبارها والأجسام المضادة البيوتينيلة إلى الصفيحة الصغيرة بالتسلسل. بعد الحضانة والغسيل، أضيف مركب أفيدين-بيروكسيداز وحضانته. بعد غسل آخر، أضيف محلول الركيزة لتطوير اللون، وتم إنهاء التفاعل بمحلول التوقف، وتم قياس الامتصاص عند 450 نانومتر باستخدام قارئ الميكرولوبلايت. تم حساب تركيزات TNF-α في المصل (pg/mL) وأنسجة الدماغ (pg/mg prot) باستخدام المنحنى القياسي.
التحليل الإحصائي
تم استخدام دالة RANDBETWEEN في Microsoft Excel لعشوائية الفئران وتوليد أرقام عشوائية لتخصيص الفئران. تم التعبير عن جميع البيانات التجريبية في هذه الدراسة كمتوسط ± انحراف معياري (SD). قبل التحليل الإحصائي، تم إجراء اختبار الطبيعية (اختبار شابيرو-ويلك) واختبار تجانس التباين (اختبار ليفين) أولا على بيانات كل مجموعة. للبيانات التي تتوافق مع التوزيع الطبيعي وتجانس التباين، تم استخدام تحليل التباين أحادي الاتجاه (ANO أحادي الاتجاه). إذا كان الفرق ذا دلالة إحصائية، فقد تم استخدام طريقة LSD أيضا في عدة مقارنات. تم اعتبار قيمة *p < 0.05، و**p < 0.01، و***p < 0.001 ذات دلالة إحصائية.