الأهمية السريرية، ومشهد الارتشاح المناعي، وتحليل الشبكة الوظيفية لـ miR-192-5p في سرطان القولون والمستقيم

Wei Zhang; Xin Yang; Zhui Ke; Shouhua Wang; Li Feng

doi:10.3791/71908

يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية

مقالة بحثية

الأهمية السريرية، ومشهد الارتشاح المناعي، وتحليل الشبكة الوظيفية لـ miR-192-5p في سرطان القولون والمستقيم

72 مشاهدة

⸱

DOI:

10.3791/71908

⸱

سبتمبر 1, 2026

Wei Zhang^*¹ , Xin Yang^*² , Zhui Ke¹ , Shouhua Wang¹ , Li Feng³

¹XiangShui County People's Hospital, ²Inner Mongolia International Hospital of Mongolian Medicine, ³Affiliated Tumor Hospital of Inner Mongolia Medical University

^* These authors contributed equally

في هذه المقالة

ملخص

تدمج هذه الدراسة بين مجموعات البيانات العامة، والتحقق من صحة الأنسجة المزدوجة، ومقاييس هجرة الخلايا، والتنبؤ بالشبكة المستهدفة، وتحليل البصمة المناعية لتقييم miR-192-5p في سرطان القولون والمستقيم. وتسلط النتائج الضوء على التضارب بين بيانات التعبير في TCGA/GDC ونتائج qRT-PCR المحلية، وتحذر من المبالغة في تفسير أهميته التشخيصية والتنبؤية والوظيفية والمتعلقة بالمناعة.

الملخص

يعتبر سرطان القولون والمستقيم (CRC) ورماً خبيثاً غير متجانس، حيث قد تساهم جزيئات microRNA في تطور الورم واكتشاف المؤشرات الحيوية. قيمت هذه الدراسة الأهمية السريرية، والارتباطات المناعية، والشبكة الوظيفية لـ miR-192-5p في سرطان القولون والمستقيم من خلال دمج تحليلات المعلوماتية الحيوية من TCGA/GDC و GEO، والتحقق من خلال qRT-PCR للأنسجة المقترنة، وتوقع الأهداف، وتحليل البصمة المناعية، وتجارب التئام الجروح في خلايا HT29. شملت إعادة تحليل بيانات miRNA-seq من TCGA/GDC ما مجموعه 616 عينة ورمية و11 عينة طبيعية من COADREAD، وأظهرت إشارة hsa-mir-192 على مستوى قاعدة البيانات أعلى في العينات الورمية مقارنة بالعينات الطبيعية (Mann-Whitney p = 9.96 x 10^-8). ولوحظ الاتجاه ذاته في 11 حالة مقترنة من TCGA (متوسط الفرق بين الورم والطبيعي = 3.13 log2[RPM + 1]، Wilcoxon p = 0.0029)، بينما دعم تحليل qRT-PCR المحلي في الأنسجة السريرية المقترنة وجود تعبير منخفض لـ miR-192-5p الناضج في أنسجة سرطان القولون والمستقيم. وأظهر تحليل ROC القائم على TCGA فصلاً قوياً بين الورم والأنسجة الطبيعية، ولكن أكدت تحليلات إعادة أخذ العينات المتوازنة واستبعاد عينة طبيعية واحدة (leave-one-normal-out) ضرورة تفسير هذه النتيجة بحذر نظراً لمحدودية عدد العينات الطبيعية. واقترح التحليل المرضي السريري وجود ارتباطات مع مرحلة N والعمر في مجموعة TCGA، بينما لم تكن مرحلة T ومرحلة M ذات دلالة إحصائية في الجدول الملخص، ولم يظهر تحليل البقاء الإجمالي ارتباطاً إنذارياً ذا دلالة. ووفرت تحليلات الجينات المحورية المرشحة باستخدام RNA-seq من TCGA أدلة استكشافية حول التعبير والارتباط والبقاء، ولكنها لم تثبت استهدافاً مباشراً لـ miR-192-5p. وأظهر تحليل البصمة المناعية ارتباطات غير متجانسة وضعيفة في الغالب. ومن الناحية الوظيفية، أدى ترانسفكشن محاكي miR-192-5p إلى تقليل التئام الجروح في خلايا HT29. وتشير هذه النتائج إلى أن miR-192-5p ذو صلة بيولوجية بسرطان القولون والمستقيم، إلا أن اتجاه تعبيره وتفسيره السريري يعتمدان على المنصة المستخدمة ويتطلبان مزيداً من التحقق التجريبي.

المقدمة

يُعد سرطان القولون والمستقيم (CRC) أحد أكثر الأورام الخبيثة شيوعاً في جميع أنحاء العالم، ولا يزال سبباً رئيسياً للوفيات المرتبطة بالسرطان¹^,². وعلى الرغم من أن تنظير القولون، والاختبار الكيميائي المناعي للبراز، واختبار مثيلة SEPT9، وعلامات الورم الجوالة، والتنميط الجزيئي قد أدت إلى تحسين الكشف عن سرطان القولون والمستقيم وإدارته سريرياً³^,⁴، إلا أنه لا يزال هناك تباين كبير في بيولوجيا الورم، والاستجابة للعلاج، ونتائج المرضى⁵^,⁶^,⁷. لذا، فإن المؤشرات الحيوية التي تساعد في توصيف بيولوجيا سرطان القولون والمستقيم قد تساهم في تصنيف المخاطر وتطوير استراتيجيات علاجية أكثر تخصصاً لكل مريض⁸.

تعد الحموض النووية الريبوزية الميكروية (miRNAs) جزيئات صغيرة من الحمض النووي الريبوزي غير المشفر، يتراوح طولها تقريبًا بين 19–24 نيوكليوتيدة، وتعمل على تنظيم التعبير الجيني بشكل أساسي من خلال آليات ما بعد النسخ⁹. ويمكن أن يؤثر خلل تنظيم تعبير miRNA على تكاثر الخلايا السرطانية، وهجرتها، وغزوها، والموت الخلوي المبرمج، والتفاعلات المناعية، والاستجابة للعلاج¹⁰. وقد أُشير إلى أن miR-192-5p يعمل بطريقة تعتمد على السياق في مختلف الأمراض والسرطانات، حيث يرتبط إما بخصائص محفزة للأورام أو مثبطة لها بناءً على نوع النسيج، والخلفية الجزيئية، والنظام التجريبي¹¹^,¹²^,¹³^,¹⁴^,¹⁵^,¹⁶. وفي سرطان القولون والمستقيم (CRC)، أفادت الدراسات السابقة بوجود ملفات تعريف متغيرة لـ miRNA في العينات السريرية وتنظيم وظيفي للأنماط الظاهرية الخبيثة في خلايا سرطان القولون¹²^,¹⁴^,¹⁵. ومع ذلك، قد لا تظهر تحليلات قواعد البيانات العامة دائمًا نفس اتجاه التعبير، كما تتطلب الأهمية السريرية، وشبكة الأهداف، والارتباطات المناعية لـ miR-192-5p في سرطان القولون والمستقيم تقييمًا دقيقًا.

قامت الدراسة الحالية بتقييم miR-192-5p في سرطان القولون والمستقيم (CRC) من خلال دمج التحليلات المعلوماتية الحيوية لـ TCGA/GDC و GEO، والتحقق بواسطة qRT-PCR في أنسجة سريرية مزدوجة، ومقايسات الهجرة في المختبر، والتنبؤ بالجينات المستهدفة المرشحة، وإثراء المسارات، وتحليل ارتباط البصمة المناعية. استندت الدراسة إلى فرضية أن miR-192-5p الناضج قد يكون منخفض التعبير في أنسجة CRC وقد يمارس تأثيراً كابحاً للأورام. وبما أن إشارة miRNA-seq المعاد تحليلها من TCGA/GDC أظهرت اتجاه تعبير معاكساً، فقد تم تفسير النتائج على أنها استكشافية وتعتمد على المنصة المستخدمة بدلاً من كونها نمط تعبير واحداً وحاسماً.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

أُجريت هذه الدراسة وفقاً لإعلان هلسنكي. وقد منحت لجنة الأخلاقيات في جامعة منغوليا الداخلية الطبية الموافقة على الدراسة في 21 أكتوبر 2021. كما تم الحصول على موافقة كتابية مستنيرة من جميع المشاركين الذين شملتهم الدراسة.

جمع العينات السريرية

تم جمع عينات مزدوجة من سرطان القولون والمستقيم (CRC) والأنسجة غير السرطانية المجاورة من 45 مريضاً خضعوا لاستئصال جذري في الفترة ما بين ديسمبر 2017 وفبراير 2020. لم يتلقَّ أي من المرضى علاجاً إشعاعياً أو كيماوياً قبل الجراحة، كما تم استبعاد المرضى الذين يعانون من أورام خبيثة أخرى. جُمعت الأنسجة غير السرطانية المجاورة من مسافة لا تقل عن 5 cm من حافة الورم. جُمدت العينات فوراً بعد الاستئصال الجراحي وحُفظت في النيتروجين السائل حتى استخلاص الـ RNA. شملت المجموعة 27 مريضاً و18 مريضة؛ وكان 13 مريضاً دون سن 60 عاماً، بينما كان 32 مريضاً في سن 60 عاماً أو أكثر. شملت المتغيرات العيادية المرضية قطر الورم، ومرحلة TNM، والتمايز، والخثرة الورمية الوعائية، والنقائل العقدية اللمفاوية، ومستوى CEA قبل الجراحة.

جمع البيانات العامة ومعالجتها المسبقة

تم الحصول على بيانات miRNA-seq وRNA-seq والبيانات السريرية المتاحة للوصول المفتوح لـ TCGA-COAD وTCGA-READ من بوابة Genomic Data Commons. تم تحديد عينات الأورام الأولية وعينات الأنسجة الصلبة الطبيعية وفقاً لنوع العينة في GDC. استُبعدت عينات الأورام النقيلية والمتكررة من تحليل التعبير التفاضلي بين الورم والأنسجة الطبيعية. بالنسبة لملفات miRNA-seq الخاصة بـ TCGA، كان الإدخال المكتشف على مستوى قاعدة البيانات لهذا التحليل هو hsa-mir-192؛ وحُللت قيم التعبير كـ log2(RPM + 1)، حيث تشير RPM إلى عدد القراءات لكل مليون من قراءات miRNA المحددة. أُجريت تحليلات الورم والأنسجة الطبيعية غير المقترنة والمقترنة عند توفر عينات متطابقة. استُخدمت مجموعات بيانات GEO ذات الرموز GSE89076 وGSE156355 لفحص الجينات المستهدفة المرشحة. فُحصت الجينات ذات التعبير التفاضلي من GEO باستخدام قيمة p المعدلة < 0.05 والقيمة المطلقة لـ log2 fold-change ≥ 2. وتم التحقق من اتساق أسماء مجموعات البيانات في جميع أنحاء المخطوطة.

التحليلات التشخيصية والكلينيكوباثولوجية وتحليلات البقاء على قيد الحياة

تم استخدام تحليل خصائص تشغيل المستقبل (ROC) لتقييم الفصل الاستكشافي بين الأورام والأنسجة الطبيعية في مجموعات TCGA-COAD وTCGA-READ، والمجموعة المدمجة COADREAD. ونظراً لصغر عدد العينات الطبيعية، تم إجراء تحليلات حساسية إضافية، شملت إعادة أخذ عينات متوازنة بين الأورام والأنسجة الطبيعية بـ 5,000 تكرار، وتحليل استبعاد عينة طبيعية واحدة (leave-one-normal-out). وبالنسبة لتحليلات الارتباط السريري المرضي، تم تقسيم عينات الورم الأولية إلى مجموعات ذات تعبير مرتفع ومنخفض بناءً على متوسط مستوى تعبير TCGA miR-192. كُررت التحليلات للمجموعة المدمجة COADREAD ولـ COAD وREAD بشكل منفصل عندما سمح حجم العينة بذلك. كما تم تقييم البقاء على قيد الحياة بشكل عام باستخدام تحليل Kaplan-Meier مع اختبار log-rank وانحدار Cox أحادي المتغير. وقد تم عرض التحليلات التشخيصية والسريرية المرضية وتحليلات البقاء على قيد الحياة بشكل منفصل لتجنب المبالغة في الاستنتاجات الإنذارية.

تحليلات الجينات المستهدفة المرشحة والجينات المركزية

تم تحديد الجينات المستهدفة المرشحة من خلال دمج تنبؤات miRWalk مع الجينات ذات التعبير التفاضلي المستمدة من GSE89076 وGSE156355. وقد تم الاحتفاظ بالتقاطع بين هذه المصادر الثلاثة لإجراء التحليلات الاستكشافية اللاحقة. كما تم بناء شبكة تفاعلات البروتين-بروتين باستخدام STRING، واختيرت الجينات المركزية (hub genes) بناءً على درجة العقدة واتصال الوحدة باستخدام تحليلات cytoHubba وMCODE المعتمدة على Cytoscape. وتم تقييم الجينات المركزية المختارة (KIF20A, TPX2, CDCA5, CCNB1, CDK1, PLP1, NRXN1, GRIK3, and KIF5C) بشكل أكبر باستخدام بيانات TCGA RNA-seq. ولخصت التحليلات الاستكشافية التكميلية فروق التعبير بين الأنسجة الورمية والطبيعية، وارتباطات Spearman مع تعبير TCGA miR-192، والارتباطات مع معدلات البقاء الإجمالية. واعتُبرت هذه الجينات أهدافاً مرشحة فقط؛ ولم يتم استنتاج أي ارتباط مباشر أو تأثير إنقاذي أو تنظيم على مستوى البروتين اللاحق من البيانات المعلوماتية الحيوية.

تحليل إثراء GO وKEGG

تم إجراء تحليلات الإثراء باستخدام هستولوجيا الجينات (GO) وموسوعة كيوتو للجينات والجينومات (KEGG) لمجموعة الجينات المرشحة ونماذج الشبكة ذات الدلالة. وقد تم تقسيم مصطلحات GO إلى فئات العمليات البيولوجية، والمكونات الخلوية، والوظائف الجزيئية. واعتبرت نتائج الإثراء التي كانت قيمة p فيها < 0.05 ذات دلالة إحصائية، وفُسرت على أنها إشارات لمسارات تولد فرضيات وليست آليات مثبتة تجريبياً.

استخلاص الـ RNA وتحليل qRT-PCR

تم استخلاص RNA الكلي من 45 عينة مزدوجة من سرطان القولون والمستقيم (CRC) والأنسجة غير السرطانية المجاورة باستخدام كاشف TRIzol وفقاً لبروتوكول الشركة المصنعة. تم تقييم نقاوة وتركيز RNA باستخدام القياس الطيفي، واستُخدمت العينات التي تراوحت قيم A₂₆₀/A₂₈₀ فيها بين 1.8 و2.1 في عملية النسخ العكسي. أُجري تفاعل qRT-PCR باستخدام نظام النسخ العكسي لـ miRNA وكواشف miRNA qPCR القائمة على SYBR Green من شركة TransGen Biotech. نُفذ النسخ العكسي وتضخيم qPCR وفقاً لتعليمات الشركة المصنعة للكواشف. أُجري كل تفاعل qRT-PCR في ثلاث مكررات تقنية. استُخدم RNU6B كمرجع داخلي. كانت بادئات miR-192-5p هي 5'-GGGGCTGACCTATGAATTGA-3' (أمامية) و5'-CAGTGCAGGGTCCGAGGT-3' (عكسية). وكانت بادئات RNU6B هي 5'-ATTGGAACGATACAGAGAAGATT-3' (أمامية) و5'-GGAACGCTTCACGAATTTG-3' (عكسية). استُخدم تحليل منحنى الانصهار لتقييم خصوصية التضخيم عندما كانت منصة qPCR تدعم ذلك. حُسب التعبير النسبي باستخدام طريقة 2^-ΔΔCt. وحُللت نتائج الورم والأنسجة المجاورة المزدوجة كقياسات سريرية مزدوجة.

زراعة الخلايا والترانسفكشن

تم الحصول على خط خلايا سرطان القولون والمستقيم البشري HT29 من المخزون الخلوي لمختبر المؤلفين، وتم التحقق من هويتها والتأكد من خلوها من تلوث الميكوبلازما. استُنبتت خلايا HT29 في وسط McCoy's 5A مضافاً إليه 10% مصل جنين البقر، و100 U/mL بنسلين، و100 µg/mL ستريبتومايسين عند درجة حرارة 37 ^oC في جو يحتوي على 5% CO₂. تم تمرير الخلايا عندما وصلت نسبة تلاقيها إلى 80% تقريباً. تم شراء محاكيات miR-192-5p وأوليغونوكليوتيد التحكم السلبي con238 من شركة Sangon Biotech (شنغهاي، الصين) واستُخدما في عملية عفن عابر. زُرعت خلايا HT29 في أطباق ذات 6 آبار، وأُجري لها عفن عندما وصلت الكثافة الخلوية إلى 20–30% تقريباً، باستخدام تركيز نهائي للأوليغونوكليوتيد قدره 50 nM وبروتوكول عفن يعتمد على الدهون تم تنفيذه وفقاً لتعليمات الشركة المصنعة للكاشف. اتبعت النسبة الدقيقة للكاشف إلى الأوليغونوكليوتيد وكمية الكاشف البروتوكول الموصى به من الشركة المصنعة والمستخدم في سجلات مختبر المؤلفين. حُضنت الخلايا مع معقدات العفن تحت ظروف استنبات قياسية، وأُجريت عمليات التصوير بعد العفن واختبارات التئام الجروح وفقاً للجدول الزمني التجريبي. تضمنت الدراسة الحالية بيانات خلايا HT29 فقط.

مقايسة التئام الجروح

تم استزراع خلايا HT29 المنقولة جينياً في أطباق ذات 6 عيون، وحُضنت حتى تشكلت طبقة أحادية متصلة. تم إنشاء خدش خطي باستخدام طرف ماصة معقم سعة 200 µL، وأزيلت الخلايا المنفصلة عن طريق الغسل بمحلول PBS. استُبدل الوسط بعد ذلك بوسط خالٍ من المصل لتقليل التأثيرات المرتبطة بالتكاثر أثناء تقييم الهجرة. تم التقاط صور للجرح عند 0 h و24 h و48 h. أُجري اختبار التئام الجروح في ثلاث مكررات بيولوجية مستقلة، وقِيست عدة حقول مجهرية لكل مجموعة ونقطة زمنية. تم قياس عرض الجرح كمياً من الصور المجهرية باستخدام برنامج لتحليل الصور؛ ولم تكن نسخة البرنامج الدقيقة المستخدمة في القياسات الأصلية متاحة في السجلات المصدرية. حُسب معدل التئام الجروح وفق المعادلة: [(عرض الجرح عند 0 h - عرض الجرح عند النقطة الزمنية المحددة) / عرض الجرح عند 0 h] × 100%. ونظراً لأن بيانات المخطوطة المتاحة لا تتضمن تجربة منفصلة للتحكم في التكاثر، فقد فُسرت نتائج التئام الجروح على أنها مرتبطة بالهجرة، ولكن دون استبعاد تام لتأثيرات التكاثر.

تحليل ارتباط البصمة المناعية

أُعيد تقييم الارتباط بين تعبير miR-192 في قاعدة بيانات TCGA والبصمات المرتبطة بالمناعة باستخدام بيانات RNA-seq للأورام الأولية. شمل تحليل ارتباط درجة البصمة إجمالي 425 عينة ورمية ذات بيانات miRNA وRNA-seq متطابقة. أظهر تعبير miR-192 ارتباطات سلبية ضعيفة ولكنها ذات دلالة إحصائية مع العديد من البصمات المناعية بعد تصحيح معدل الاكتشاف الكاذب، بما في ذلك خلايا Tfh (rho = -0.205, FDR = 0.00049)، والخلايا التغصنية المنشطة (rho = -0.186, FDR = 0.00098)، وخلايا Treg (rho = -0.185, FDR = 0.00098)، والخلايا التغصنية البلازمية (rho = -0.169, FDR = 0.0027)، والبلعميات (rho = -0.149, FDR = 0.0092). كما لُوحظ وجود ارتباطات إيجابية بشكل أساسي لبصمات الخلايا الحمضية (rho = 0.139, FDR = 0.0155) وبصمات خلايا Th17 (rho = 0.121, FDR = 0.0296). وتشير هذه النتائج إلى وجود ارتباطات مناعية غير متجانسة وضعيفة عموماً، بدلاً من وجود نمط موحد من الارتشاح المناعي الإيجابي.

التحليل الإحصائي

أُجريت التحليلات الإحصائية باستخدام برامج GraphPad Prism 9.0 و SPSS 25.0 و R software 3.6.3. ولُخصت المتغيرات المستمرة في شكل متوسط ± انحراف معياري أو وسيط مع المدى الربيعي، حسبما كان مناسباً. وحُللت مقارنات الأنسجة المزدوجة باستخدام الاختبارات المزدوجة عندما تمت مطابقة عينات الورم والأنسجة المجاورة. واستُخدمت الاختبارات غير المعلمية عندما لم تتحقق افتراضات التوزيع الطبيعي. كما استُخدمت منحنيات ROC، وإعادة أخذ العينات المتوازنة، وتحليل استبعاد حالة طبيعية واحدة (leave-one-normal-out) للتمييز التشخيصي الاستكشافي؛ واستُخدمت اختبارات مربع كاي (Chi-square) للارتباطات السريرية المرضية الفئوية؛ ونماذج log-rank و Cox لتحليلات البقاء؛ وارتباط سبيرمان (Spearman correlation) لتحليلات المناعة والجينات المركزية (hub-gene). واعتُبرت قيمة p < 0.05 ثنائية الجانب ذات دلالة إحصائية، مع تسجيل تصحيح معدل الاكتشاف الخاطئ لارتباطات التوقيع المناعي.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

تحليل التعبير في مجموعات البيانات العامة والأنسجة السريرية المقترنة

أُعيد تقييم نمط تعبير miR-192 باستخدام بيانات miRNA-seq من TCGA-COAD وTCGA-READ المستمدة من GDC (الشكل 1). في هذه الملفات، تم توصيف الإدخال على مستوى قاعدة البيانات على أنه hsa-mir-192 بدلاً من توصيفه مباشرة كنوع hsa-miR-192-5p الناضج؛ وبناءً على ذلك، فُسرت نتيجة قاعدة البيانات العامة هذه على أنها إشارة TCGA لـ miR-192. وفي مجموعة COADREAD المجمعة، تم تحليل 616 ورماً أولياً و11 عي...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

قيمت هذه الدراسة الأهمية السريرية والبيولوجية لـ miR-192-5p في سرطان القولون والمستقيم (CRC) من خلال الجمع بين تحليل مجموعات البيانات العامة، والتحقق من الأنسجة المحلية، والتنبؤ بشبكة الأهداف، وتحليل البصمة المناعية، وتجارب الهجرة في المختبر. استخدمت التحليلات تعريفات عينات TCGA التي تم التحقق منها، وفصلت بين سرطان القولون (COAD) وسرطان المستقيم (READ) حيثما أمكن، واستخدمت قيم miRNA بصيغة log2(RPM + 1)، وميزت بين المقارنات المزدوجة وغير المزدوجة، واختبرت متانة منحنى ROC، وأضافت تحليلات حساسية RNA-seq للجينات المركزية. وت...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

ليس لدى المؤلفين أي تضارب في المصالح للإفصاح عنه.

شكر وتقدير

يتوجه المؤلفون بالشكر إلى مختبر التشخيص الجزيئي للأورام بجامعة منغوليا الداخلية الطبية على الدعم الفني. تم دعم هذا العمل من خلال مشروع البحث العلمي التابع للجنة الصحة ببلدية يانتشينغ (منحة رقم YK2023101)، والتي قامت أيضاً بتمويل رسوم معالجة المقالة.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسم	الشركة	رقم فهرسي	التعليقات
0.25%+2:60 trypsin-EDTA	Biological Industries	03-054-1	هضم/تمرير الخلايا
10% ammonium persulfate	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	A8090	كاشف SDS-PAGE
10% sodium dodecyl sulfate	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	SIS1070	كاشف SDS-PAGE
4x protein loading buffer	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	P1016	تحضير عينة البروتين
مجمد فائق انخفاض الحرارة -80 C	Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd.	https://www.haiermedical.com/	تخزين العينات
كاشف Anti-Myc لإزالة الميكوبلازما	Wuhan Procell Life Science & Technology Co., Ltd.	P-CMR-001	تطهير الميكوبلازما
مجموعات بادئات ARL2 و BATF2 و MEN1 و beta-actin	Sangon Biotech Co., Ltd., Shanghai, China	Custom synthesized	بادئات mRNA qPCR
قارئ أطباق دقيقة أوتوماتيكي	PerkinElmer, USA	VICTOR Nivo	قياس الامتصاصية
BCA Protein Assay Kit	Thermo Fisher Scientific	23225	تقدير كمية البروتين
خزانة سلامة بيولوجية / بنش نظيف	Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd.	https://www.haiermedical.com/	زراعة الخلايا في ظروف معقمة
غرفة عد الخلايا / مقياس كرات الدم	Shanghai Qiujing Biochemical Reagent Instrument Co., Ltd.	http://www.shqiujing.net/	عد الخلايا
Cell Counting Kit-8 (CCK-8)	Biosharp	BS350B	اختبار تكاثر الخلايا/السمية الخلوية
دوارق زراعة الخلايا، وأطباق الزراعة، وأنابيب الطرد المركزي، ورؤوس الماصات	Corning	https://www.corning.com/in/en.html	مستهلكات عامة لزراعة الخلايا
طقم الكشف عن دورة الخلية وموت الخلايا المبرمج	Meilun Biotechnology Co., Ltd., Dalian, China	https://www.chemicalbook.com/ShowSupplierProductsList13366/0_EN.htm	تحليل دورة الخلية/موت الخلايا المبرمج عن طريق قياس التدفق الخلوي
حضانة خلايا CO2	Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd.	https://www.haiermedical.com/	زراعة الخلايا
أوليغونوكليوتيد con238 للتحكم السلبي	Sangon Biotech Co., Ltd., Shanghai, China	Custom synthesized	التحكم في عفن الخلايا (transfection)
برنامج Cytoscape	Cytoscape Consortium	https://cytoscape.org/	تصوير الوحدة الشبكية والجينات المركزية
مقلب مغناطيسي حراري رقمي	Changzhou Saipu Experimental Instrument Factory	https://czxtyq.en.alibaba.com/	تحضير المحاليل
فرن تجفيف بنفخ هواء حراري كهربائي	Nanjing Wohuan Technology Industry Co., Ltd.	https://www.wtsensor.com/about-wt/aboutwt/	دعم التجفيف/التعقيم
نظام الرحلان الكهربائي	Bio-Rad Laboratories	Mini-PROTEAN 3 Cell	الرحلان الكهربائي للهلام
نظام النقل الكهربائي	Hoefer	TE77XP	نقل البروتين
مصل جنين البقر	Biological Industries	04-001-1ACS	مكمل لزراعة الخلايا
جهاز قياس التدفق الخلوي	ACEA Biosciences	NovoCyte	قياس التدفق الخلوي
مجهر مقلوب فلوري	Ningbo Sunny Instruments Co., Ltd.	https://www.sunny-instrument.com/en	تصوير الخلايا والجروح
بوابة GDC/TCGA	National Cancer Institute	Open-access database	بيانات عامة لـ miRNA-seq و RNA-seq والبيانات السريرية
قاعدة بيانات GEO	National Center for Biotechnology Information	GSE89076 and GSE156355	مجموعات بيانات التعبير الجيني العامة
GraphPad Prism	GraphPad Software	Version 9	التحليل الإحصائي والرسم البياني
جهاز طرد مركزي مبرد عالي السرعة	Shanghai Huxiangyi Centrifuge Instrument Co., Ltd.	https://www.bioridgecentrifuge.com/	تحضير العينات
خلايا HT29	Authors' laboratory cell stock	Not applicable	خط خلايا سرطان القولون والمستقيم البشري
برنامج تحليل الصور	ImageJ	Not applicable	تقدير عرض الجرح كمياً
نظام التصوير	Tanon Science & Technology Co., Ltd.	Tanon-5200	تصوير الهلام/اللطخة
نظام IncuCyte S3 للمراقبة الديناميكية للخلايا والتحليل الوظيفي	Beijing Sensi Wantong Technology Co., Ltd.	IncuCyte S3	تصوير الخلايا الحية/التحليل الوظيفي
حمام مائي حراري ذكي	Leica	HI1210	حضن تحت التحكم في درجة الحرارة
الفيروسات البطيئة (Lentivirus) وكاشف العدوى	Shanghai GeneChem Co., Ltd.	https://synapse.patsnap.com/organization/04ffbf33ff2a6311226a8fa05498cec4	نقل الجينات المستقر للخلايا
ماصات يدوية	Gilson	PIPETMAN P	التعامل مع السوائل
وسط McCoy's 5A الأساسي	Wuhan Procell Life Science & Technology Co., Ltd.	PM150710	وسط زراعة خلايا HT29
جهاز طرد مركزي طبي	Zhuhai manufacturer not specified	3200	تحضير العينات
ثلاجة-مجمد طبي	Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd.	https://www.haiermedical.com/	تخزين الكواشف/العينات
ركيزة Meilunbio Fixer Supersensitive ECL Chemiluminescence	Meilun Biotechnology Co., Ltd., Dalian, China	MA0186	كشف اللطخة المناعية
جهاز طرد مركزي صغير	Beijing DLAB Scientific Co., Ltd.	https://www.dlabsci.com/	تحضير العينات
مجموعات بادئات miR-192-5p و U6	TIANGEN Biotech Co., Ltd., Beijing, China	Custom synthesized	بادئات miRNA qPCR
محاكي miR-192-5p	Sangon Biotech Co., Ltd., Shanghai, China	Custom synthesized	أوليغونوكليوتيد لعفن الخلايا العابر
miRcute Enhanced miRNA First-Strand cDNA Synthesis Kit	TIANGEN Biotech Co., Ltd., Beijing, China	KR211	النسخ العكسي لـ miRNA
miRcute Enhanced miRNA Fluorescence Quantitation Kit (SYBR Green FP)	TIANGEN Biotech Co., Ltd., Beijing, China	FP411	miRNA qPCR
miRWalk	Public database	Web database	قاعدة بيانات التنبؤ بأهداف miRNA
غشاء نيتروسليلوز	Millipore	HATF00010	غشاء نقل البروتين
حليب جاف خالي الدسم	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	D8340	كاشف حجب لللطخة المناعية
أنسجة سرطان القولون والمستقيم المتزاوجة والأنسجة المجاورة غير السرطانية	Authors' institution	Not applicable	عينات سريرية
أنابيب PCR	Corning	PCR-02-C	إعداد PCR/qRT-PCR
محلول بنسيلين-ستريبتومايسين	Biological Industries	03-031-1B	مضاد حيوي لزراعة الخلايا
PerfectStart Uni RT&qPCR Kit	TransGen Biotech Co., Ltd., Beijing, China	AUQ-01	النسخ العكسي لـ mRNA و qPCR
محلول ملحي منظم بالفوسفات (PBS)	Biological Industries	02-023-1A	محلول غسيل الخلايا
مؤشر بروتين مصبوغ مسبقاً	Fermentas	26619	مؤشر الوزن الجزيئي للبروتين
نظام تحضير المياه النقية	China Moer	Not available	تحضير المياه النقية
بوروميسين (Puromycin)	Phygene	PH1143	اختيار الخلايا المنقولة جينياً
برنامج R	R Foundation for Statistical Computing	Version 3.6.3	التحليل الإحصائي والمعلوماتية الحيوية
محلول نقل سريع	Crisbio	Not applicable	النقل الكهربائي للبروتين
نظام PCR الكمي الفلوري في الوقت الحقيقي	Applied Biosystems (ABI), USA	Not available	كشف qRT-PCR
محلول RIPA لتحليل الخلايا	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	R0020	استخلاص البروتين
أنابيب طرد مركزي دقيقة خالية من RNase	Corning	3208	التعامل مع RNA
وسط حفظ الخلايا بالتبريد الخالي من المصل	New Cell & Molecular Biotech Co., Ltd.	C40100	حفظ الخلايا بالتبريد
SPSS Statistics	IBM	Version 25	التحليل الإحصائي
مخفف أجسام مضادة مستقر	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	Not applicable	تخفيف الأجسام المضادة الأولية/الثانوية
رؤوس ماصات معقمة	Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd.	TP-10-C	أداة خدش التئام الجروح
قاعدة بيانات STRING	STRING Consortium	Web database	تحليل شبكة تفاعل البروتينات
TEMED	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	T8090	كاشف SDS-PAGE
TransZol Up	TransGen Biotech Co., Ltd., Beijing, China	ET111-01	استخلاص RNA
محلول Tris-HCl المنظم، pH 6.8	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	T1020	محلول منظم لهلام التجميع في SDS-PAGE
محلول Tris-HCl المنظم، pH 8.8	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	T1010	محلول منظم لهلام الفصل في SDS-PAGE
Tween-20	Solarbio Science & Technology Co., Ltd.	T8220	كاشف غسيل لللطخة المناعية
معقم بخاري بالضغط الرأسي	Shanghai Boxun Medical Biological Instrument Corp.	BXM-30R	التعقيم

المراجع

Sung, H. et al. Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA Cancer J Clin. 71 (3), 209-249 (2021).
Siegel, R. L., Miller, K. D., Jemal, A. Cancer statistics, 2019. CA Cancer J Clin. 69 (1), 7-34 (2019).
Issa, I. A., Noureddine, M. Colorectal cancer screening: an updated review of the available options. World J Gastroenterol. 23 (28), 5086-5096 (2017).
Song, L., Jia, J., Peng, X., Xiao, W., Li, Y. The performance of the SEPT9 gene methylation assay and a comparison with other CRC screening tests: a meta-analysis. Sci Rep. 7 (1), 3032 (2017).
Linnekamp, J. F., Wang, X., Medema, J. P., Vermeulen, L. Colorectal cancer heterogeneity and targeted therapy: a case for molecular disease subtypes. Cancer Res. 75 (2), 245-249 (2015).
Sveen, A., Kopetz, S., Lothe, R. A. Biomarker-guided therapy for colorectal cancer: strength in complexity. Nat Rev Clin Oncol. 17 (1), 11-32 (2020).
Whiffin, N. et al. Identification of susceptibility loci for colorectal cancer in a genome-wide meta-analysis. Hum Mol Genet. 23 (17), 4729-4737 (2014).
Ballman, K. V. Biomarker: predictive or prognostic? J Clin Oncol. 33 (33), 3968-3971 (2015).
Bartel, D. P. MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function. Cell. 116 (2), 281-297 (2004).
Forterre, A., Komuro, H., Aminova, S., Harada, M. A comprehensive review of cancer microRNA therapeutic delivery strategies. Cancers (Basel). 12 (7), 1852 (2020).
Ren, F. J., Yao, Y., Cai, X. Y., Fang, G. Y. Emerging role of miR-192-5p in human diseases. Front Pharmacol. 12, 614068 (2021).
Nagy, Z. B. et al. Colorectal adenoma and carcinoma specific miRNA profiles in biopsy and their expression in plasma specimens. Clin Epigenetics. 9, 22 (2017).
Hanzelmann, S., Castelo, R., Guinney, J. GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-seq data. BMC Bioinformatics. 14 (1), 7 (2013).
Staiteieh, S. A. et al. Study of microRNA expression profiling as biomarkers for colorectal cancer patients in Lebanon. Mol Clin Oncol. 16 (2), 39 (2022).
Przygodzka, P. et al. Regulation of miRNAs by Snail during epithelial-to-mesenchymal transition in HT29 colon cancer cells. Sci Rep. 9 (1), 2165 (2019).
Sun, C. Y., Zhang, X. P., Wang, W. Coordination of miR-192 and miR-22 in p53-mediated cell fate decision. Int J Mol Sci. 20 (19), 4768 (2019).
Zhao, L., Wang, B., Sun, L., Sun, B., Li, Y. Association of miR-192-5p with atherosclerosis and its effect on proliferation and migration of vascular smooth muscle cells. Mol Biotechnol. 63 (12), 1244-1251 (2021).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

استكشف المزيد من المقالات

تحليل TCGA والتحقق بواسطة qRT-PCR واكتشاف المؤشرات الحيوية ومقايسة التئام الجروح والبصمة المناعية وتحليل الجينات المحورية