يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية

مقالة بحثية

تعبير بروتين m6A القارئ YTHDC2 في سرطان الرئة غير صغير الخلايا ضمن مجموعة سريرية صينية

75 مشاهدة

⸱

DOI:

10.3791/72012

⸱

أغسطس 14, 2026

 ,  , 
1The First School of Clinical Medicine, Hainan Medical University, 2School of Basic Medical Sciences, Hainan Medical University

في هذه المقالة

ملخص

تُقيم هذه الدراسة تعبير YTHDC2 في سرطان الرئة غير صغير الخلايا باستخدام المعلوماتية الحيوية وتقنية qRT-PCR. وبينما تشير تحليلات قواعد البيانات إلى انخفاض في التعبير وعلاقة إنذارية، فإن التحقق السريري لم يظهر أي فرق معنوي. وتسلط النتائج الضوء على وجود تضاربات، مما يشير إلى دقة تشخيصية محدودة وضرورة إجراء مزيد من التحقق قبل التطبيق السريري.

الملخص

لا يزال سرطان الرئة غير صغير الخلايا (NSCLC) سببًا رئيسيًا للوفيات المرتبطة بالسرطان في جميع أنحاء العالم، مع توفر عدد محدود من المؤشرات الحيوية للتشخيص المبكر والإنذار. وتلعب تعديلات الحمض النووي الريبي m6A (N6-methyladenosine) وبروتيناته القارئة، مثل YTHDC2، أدوارًا حاسمة في تنظيم الجينات وتكوين الأورام. تهدف هذه الدراسة إلى تقييم ملف تعبير YTHDC2 في أنسجة سرطان الرئة غير صغير الخلايا باستخدام المعلوماتية الحيوية وتفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي في الوقت الحقيقي (qRT-PCR)، وتقييم العلاقة بين YTHDC2 والخصائص المرضية السريرية، واستكشاف أهميته السريرية والبيولوجية المحتملة للأبحاث المستقبلية. تم تحليل بيانات التعبير الجيني والبقاء على قيد الحياة من قواعد البيانات لتقييم دقة الإنذار. كما تم قياس تعبير YTHDC2 في أنسجة سرطان الرئة غير صغير الخلايا ضمن مجموعة سريرية صينية، وتحليل الخصائص المرضية السريرية. وأظهرت تحليلات قواعد البيانات العامة أن YTHDC2 كان منخفض التعبير في أنسجة سرطان الرئة غير صغير الخلايا (p < 0.05) وكان مرتبطًا ببقاء المرضى على قيد الحياة، على الرغم من أن أداءه الإنذاري كان ضعيفًا (AUC ≈ 0.5). وأظهر تحليل qRT-PCR لـ 19 زوجًا من الأنسجة الورمية والأنسجة الطبيعية المجاورة عدم وجود فرق ذو دلالة إحصائية (p = 0.537) في تعبير YTHDC2 بين الأنسجة السرطانية والأنسجة المجاورة. وبشكل جماعي، تشير تحليلات قواعد البيانات العامة إلى أن YTHDC2 قد يكون منخفض التعبير وله صلة إنذارية محتملة في سرطان الرئة غير صغير الخلايا، ولكن التحقق السريري المستقل في مجموعتنا لم يؤكد وجود تعبير تفاضلي معتد به. تسلط هذه النتائج الضوء على التباين الكبير بين مجموعات البيانات واسعة النطاق والمجموعات السريرية الواقعية، مما يشير إلى أنه من غير المرجح أن يعمل YTHDC2 كمؤشر حيوي تشخيصي أو إنذاري موثوق بمفرده، وقد يتطلب دمجه مع مؤشرات جزيئية إضافية لتحقيق القابلية للتطبيق السريري.

المقدمة

يعد سرطان الرئة غير صغير الخلايا (NSCLC)، والذي يشمل سرطان الخلايا الحرشفية والسرطان الغدي، أكثر أنواع سرطان الرئة تشخيصاً وسبباً رئيسياً لوفيات السرطان على مستوى العالم1. وتظهر إحصائيات السرطان العالمية أن سرطان الرئة هو أحد الأسباب الرئيسية لوفيات السرطان2. ولم تؤدِ التطورات الأخيرة في التشخيص والجراحة والعلاج الإشعاعي والعلاج الموجه جزيئياً إلى تحسين مآل مرضى سرطان الرئة غير صغير الخلايا بشكل ملحوظ، وذلك لأن التشخيص الأولي يحدث في مرحلة متأخرة، وغالباً ما يكون المرض بدون أعراض في المراحل المبكرة3. وهذا يؤكد الحاجة إلى مؤشرات حيوية جديدة لتحديد المرض والتنبؤ بمآله وتقييم فعالية العلاج لدى مرضى سرطان الرئة غير صغير الخلايا.

يُعد m6A أول تعديل تم تحديده وأكثر تعديلات RNA وفرة في حقيقيات النوى، وقد ارتبط باستقرار RNA وترجمته ونسخه4. وتتميز تعديلات m6A بأنها ديناميكية وقابلة للعكس، وتتم بتسهيل من إنزيمات ميثيل ترانسفيراز (الكُتّاب)، وإنزيمات إزالة الميثيل (الممحاة)، وبروتينات ربط محددة (القراء)5. ومن بين هذه البروتينات، يقوم YTHDC2، وهو بروتين قارئ رئيسي لـ m6A، بتنظيم استقرار RNA ومعدل الترجمة6. وتشير الدراسات الحديثة إلى أن YTHDC2 يشارك في تنظيم أنواع متعددة من السرطانات، إما عن طريق تثبيط نمو الخلايا وغزوها أو عن طريق تحفيز موت الخلايا7. كما سلطت الدراسات الضوء على الأهمية السريرية لبروتينات قارئة أخرى لـ m6A، بما في ذلك YTHDF1 و YTHDF2 و YTHDC1، في تطور سرطان الرئة والتنظيم المناعي والإنذار المرضي، مما يؤكد أهمية التقييم المنهجي للقراء الفرديين لـ m6A في مجموعات مستقلة من المرضى8,9,10. وفي سرطان الرئة غير صغير الخلايا (NSCLC)، توجد مستويات منخفضة بشكل ملحوظ من YTHDC2، وهو ما ارتبط بمراحل الورم المتقدمة، وانتشار العقد اللمفاوية، وسوء الإنذار المرضي للمرضى، مما يشير إلى أنه قد يكون عاملاً مضاداً للأورام11. كما كشفت التجارب المختبرية والحيوية أن التعبير العالي لـ YTHDC2 يثبط تكاثر الخلايا والانتشار في سرطان الرئة7.

في هذه الدراسة، تم استقصاء تنظيم YTHDC2 في سرطان الرئة غير صغير الخلايا (NSCLC) من خلال تحليلات حاسوبية متكاملة وتحقق تجريبي عبر تقنية qRT-PCR. كما تم بحث العلاقة بين تعبير YTHDC2 والخصائص المرضية السريرية وإنذار المرضى. وعلى الرغم من تزايد الأدلة المستمدة من قواعد البيانات العامة التي تشير إلى خلل في تنظيم YTHDC2 في NSCLC، فقد أفادت الدراسات المنشورة بنتائج غير متسقة فيما يتعلق بحجم وأهمية هذا الخلل السريرية، ولا يزال التحقق المستقل في مجموعات سريرية واقعية محددة الخصائص، خاصة في المجموعات السكانية الآسيوية، محدوداً. علاوة على ذلك، اعتمدت معظم الدراسات السابقة بشكل أساسي على مجموعات بيانات ترانسكريبتومية عامة أو نماذج تجريبية، مع وجود عدد قليل نسبياً من الدراسات التي تدمج نتائج المعلوماتية الحيوية مع تحقق سريري مستقل. ومن خلال الجمع بين تحليلات ترانسكريبتومية عامة واسعة النطاق وتحقق مستقل بواسطة qRT-PCR في مجموعة سريرية صينية، هدفت هذه الدراسة إلى تقييم مدى تكرار النتائج السابقة ومعالجة الفجوة الانتقالية بين تحليلات قواعد البيانات العامة والعينات السريرية الواقعية. وبناءً على ذلك، هدفت هذه الدراسة إلى تقييم تعبير YTHDC2 بشكل منهجي باستخدام مناهج متكاملة من المعلوماتية الحيوية والتحقق السريري، وتقدير أهميته البيولوجية والسريرية المحتملة في NSCLC. وقد افترضت الدراسة أن تعبير YTHDC2 مختل في NSCLC، وأن دمج تحليلات المعلوماتية الحيوية مع التحقق السريري المستقل سيوفر تقييماً أكثر موثوقية لأهميته التشخيصية والإنذارية مقارنة باستخدام أي من النهجين بمفرده.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

تمت الموافقة على هذه الدراسة من قبل اللجنة الأخلاقية في جامعة هاينان الطبية (رقم الموافقة HMC1984.24)، وكانت متوافقة مع إعلان هلسنكي (بصيغته المنقحة في عام 2013).

أشخاص الدراسة

أُجريت دراسة شملت 50 مريضاً بسرطان الرئة تم تشخيصهم بين عامي 2017 و2024 في مستشفى سانيا المركزي بمقاطعة هاينان، وذلك وفقاً للإرشادات السريرية للجمعية الطبية الصينية لتشخيص وعلاج سرطان الرئة (طبعة 2024). وقد تم اعتماد تصنيف CSCO (2024) ليتوافق مع الإصدار الثامن من تصنيف AJCC لضمان القابلية للمقارنة بين الدراسات، كما تم التحقق من ذلك في المجموعات الصينية12، مع مراجعة مريضين من قبل طبيبين أورام مستقلين لضمان الاتساق. وتلخص الشكل 1 عملية اختيار المرضى، وتوفر الأنسجة، وتقييم جودة الـ RNA، والعينات النهائية المدرجة لتحليل qRT-PCR.

بيانات الدراسة

استخدمت هذه الدراسة المعلوماتية الحيوية لتحليل مستويات تعبير YTHDC2 في سرطان الرئة غير صغير الخلايا (NSCLC) وعلاقتها بالسمات السريرية المرضية، مما يوفر رؤى حول الآليات المحتملة. أُجريت تحليلات المعلوماتية الحيوية حصرياً باستخدام بيانات تسلسل RNA المتاحة علناً من أطلس جينوم السرطان (TCGA)، بما في ذلك سرطان الرئة الغدي (LUAD)، وسرطان الرئة الحرشف الخلايا (LUSC)، وعينات أنسجة الرئة الطبيعية المقابلة التي تم تنزيلها عبر بوابة بيانات GDC ‏(https://portal.gdc.cancer.gov/). تضمنت مجموعة البيانات التي تم تنزيلها بيانات تعبير تسلسل RNA إلى جانب المتغيرات السريرية المتاحة (معرف المريض، ومعرف العينة، والعمر، والجنس، والمرحلة المرضية، وحالة البقاء على قيد الحياة، ووقت البقاء الإجمالي) للحالات المؤهلة من TCGA-LUAD وTCGA-LUSC. تم استبعاد العينات التي تفتقر إلى معلومات التعبير الجيني أو معلومات البقاء على قيد الحياة من تحليلات البقاء وتحليلات ROC اللاحقة. تتوفر مجموعة البيانات المستخدمة في هذه الدراسة في الملف التكميلي 1. لم تُستخدم أي عينات سريرية جُمعت من مستشفى سانيا المركزي في تحليلات المعلوماتية الحيوية. تتوفر الإجراءات التفصيلية لتحليلات GEPIA وKaplan–Meier Plotter وsurvivalROC في قسم تحليل المعلوماتية الحيوية أدناه. تم تلخيص سير عمل المعلوماتية الحيوية الكامل، بما في ذلك الحصول على البيانات، والمعالجة المسبقة، وتحليل التعبير الجيني، وتحليل البقاء، وتحليل ROC، في الشكل 2.

معايير الاشتمال والاستبعاد

تظهر معايير الإدراج والاستبعاد للمرضى في الجدول 1. وقد حدد تحليل القوة باستخدام برنامج تحليل القوة الإحصائية أن توفير 26 حالة على الأقل لكل مجموعة سيعطي قوة بنسبة 80% للكشف عن حجم تأثير متوسط (d = 0.8, α = 0.05، ثنائي الذيل). وبينما كان الهدف من التسجيل الأولي هو 50 زوجاً في مجموعة سرطان الرئة، شمل تحليل qRT-PCR النهائي 30 عينة ورمية و19 عينة من الأنسجة الطبيعية المجاورة بعد استبعاد العينات بسبب جودة الأنسجة أو الحمض النووي الريبي RNA. ويعكس هذا الانخفاض في حجم العينة القيود السريرية الواقعية ويسلط الضوء على أهمية سلامة RNA وتوفر الأنسجة في الدراسات الانتقالية. وعندما يكون n = 19 للمقارنات، فإن الحد الأدنى لحجم التأثير القابل للكشف هو d = 1.0 (قوة 80%، α = 0.05). وبالتالي، كانت التجربة ذات قوة كافية للكشف عن الاختلافات الكبيرة، ولكن ليس الاختلافات الصغيرة إلى المتوسطة، في تعبير YTHDC2.

عينات الأنسجة وتفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي في الوقت الحقيقي (qRT-PCR)

تم تحديد التشخيصات الباثولوجية بطريقة مزدوجة التعمية بواسطة اثنين من أطباء الباثولوجيا المختلفين. وقام أطباء الباثولوجيا بتقدير نقاء الورم (>70% من الخلايا الخبيثة) وتم تأكيده عبر ESTIMATE (TCGA). كما تم إجراء تشريح عياني للأنسجة الطبيعية المجاورة لتقليل التلوث السدوي. شملت الأنواع النسيجية لسرطان الرئة سرطان الرئة الغدي وسرطان الخلايا الحرشفية، بواقع 26 حالة من سرطان الرئة الغدي و4 حالات من سرطان الخلايا الحرشفية. أُجري التصنيف السريري لـ 50 مريضاً مصاباً بسرطان الرئة وفقاً لمعايير التصنيف الموضحة في "الإرشادات السريرية لجمعية medical association الصينية لسرطان الرئة (طبعة 2024)". ومثلت عينات NSCLC المؤكدة باثولوجياً (n = 50) التوزيعات السريرية النموذجية (انظر الجدول 2). ومن بين 50 مريضاً تم إدراجهم في البداية، استوفت 30 عينة من أنسجة الورم و19 عينة مطابقة من الأنسجة الطبيعية المجاورة معايير جودة RNA. ونظراً لأن التحليل الإحصائي المزدوج يتطلب عينات مطابقة من المريض نفسه، فقد أُجريت مقارنة التعبير الجيني في الورم مقابل الأنسجة الطبيعية المجاورة باستخدام الأزواج الـ 19 المطابقة المتاحة. استُخدمت هذه العينات السريرية حصرياً للتحقق التجريبي بواسطة qRT-PCR وتم تحليلها بشكل مستقل عن مجموعات بيانات TCGA العامة المستخدمة في تحليل المعلوماتية الحيوية. تمت معالجة هذه العينات المختارة فور التأكيد الباثولوجي والتعامل معها في ظروف خالية من RNase قبل استخلاص RNA. تعكس هذه المجموعة الفرعية الحالات التي أمكن فيها الحصول على كمية كافية من الأنسجة وRNA كلي عالي الجودة (رقم سلامة RNA، RIN >7.0). وتم قياس تركيز ونقاء RNA الكلي قبل النسخ العكسي، وأُدرجت فقط العينات ذات جودة RNA الكافية (RIN >7.0) في التحليلات اللاحقة. تم تحويل كميات متساوية من RNA الكلي إلى DNA مكمل (cDNA) عن طريق النسخ العكسي وفقاً لبروتوكول الشركة المصنعة قبل إجراء PCR الكمي. وضمنت هذه العملية صحة بيانات التعبير الجيني التي تم تحليلها. أُجريت تجارب qRT-PCR على جهاز thermocycler لـ PCR في الوقت الحقيقي باستخدام مقايسة PCR كمية تعتمد على المسبار. نُفذت جميع التفاعلات في ثلاث نسخ مكررة، جنباً إلى جنب مع ضوابط خالية من القالب لضمان قابلية التكرار التحليلي. أُجري تضخيم PCR في ظل ظروف الدورات التالية: خطوة تنشيط الإنزيم/المسخ الأولية عند 95°C لمدة 10 min، تلتها 40 دورة من المسخ عند 95°C لمدة 15 s والارتباط/التمديد عند 60°C لمدة 60 s. وتم الحصول على إشارات الفلورة في نهاية كل دورة تضخيم. تم الحصول على جميع الكواشف والمواد الاستهلاكية من موردين تجاريين (انظر جدول المواد). وتتوفر تسلسلات البادئات والمسبارات المستخدمة في qRT-PCR في الجدول 3.

التحليل المعلوماتي الحيوي

تحليل قاعدة بيانات GEPIA للتعبير الجيني لـ YTHDC2

تم استخدام قاعدة بيانات GEPIA لتحليل تعبير YTHDC2 في سرطان الرئة غير صغير الخلايا (NSCLC). تم الدخول إلى خادم GEPIA الإلكتروني (http://gepia.cancer-pku.cn/) عبر متصفح الويب، واختيار وحدة Expression DIY، ثم إدخال رمز الجين "YTHDC2"، واختيار مجموعات بيانات LUAD وLUSC، مع الإبقاء على معلمات التعيير الافتراضية، ومن ثم توليد مخططات الصندوق للتعبير التفاضلي مباشرة عبر واجهة GEPIA. وقد حُددت الدلالة الإحصائية بأن تكون p < 0.05.

قاعدة بيانات Kaplan-Meier plotter لتحليل البقاء على قيد الحياة لمرضى سرطان الرئة

حللت الدراسة العلاقة بين تعبير YTHDC2 والإنذار لدى مرضى سرطان الرئة باستخدام قاعدة بيانات Kaplan-Meier Plotter. تم اختيار مجموعة بيانات سرطان الرئة، وإدخال رمز الجين "YTHDC2"، وتطبيق خيار نقطة القطع المثلى المختارة تلقائياً، ثم تم إنشاء منحنيات Kaplan–Meier للبقاء على قيد الحياة الإجمالي والبقاء على قيد الحياة بعد تطور المرض باستخدام إعدادات التحليل الافتراضية. تم تقسيم المرضى تلقائياً إلى مجموعات ذات تعبير عالٍ ومنخفض بناءً على نقطة القطع المثلى التي حددتها منصة Kaplan–Meier Plotter، كما تم استخراج نسب المخاطر مع فواصل الثقة 95% المقابلة باستخدام الإعدادات الافتراضية للمنصة.

تشغيل حزم R في برنامج R لرسم منحنى ROC

تم تنزيل بيانات تعبير تسلسل الـ RNA والبيانات السريرية الوصفية المقابلة لها للحالات المؤهلة من TCGA-LUAD وTCGA-LUSC من بوابة بيانات GDC. تم دمج مجموعات البيانات التي تم تنزيلها بواسطة معرف المريض واستيرادها إلى برنامج R لإجراء التحليلات اللاحقة. استُخدمت حزمة survivalROC لإنشاء منحنيات ROC المعتمدة على الوقت عند نقاط زمنية تنبؤية تبلغ 1 و3 و5 سنوات، وحُسبت قيم المساحة تحت المنحنى (AUC) المقابلة لتقييم الأداء الإنذاري لتعبير YTHDC2. شمل تحليل survival ROC فقط مرضى TCGA-LUAD وTCGA-LUSC الذين تتوفر لديهم معلومات تعبير RNA-seq ومعلومات البقاء على قيد الحياة. ولم تُستخدم المجموعة السريرية المحلية للتنبؤ بالبقاء على قيد الحياة نظراً لعدم توفر بيانات المتابعة طويلة الأمد.

تعبير YTHDC2 في الأنسجة بواسطة qRT-PCR

لتحليل مستويات التعبير الجيني، تم إجراء تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي في الوقت الحقيقي (qRT-PCR). أضيفت أحجام متساوية من cDNA إلى كل تفاعل وفقاً لظروف التفاعل الموصى بها من قبل الشركة المصنعة. تم إجراء التضخيم باستخدام مقايسة PCR كمية تعتمد على المسبار، وجُمعت بيانات الفلورة تلقائياً في نهاية كل دورة تضخيم. باختصار، تضمنت عملية استخلاص RNA عدة خطوات، شملت تحضير العينة، وإزالة البارافين، وإزالة السوائل المتبقية، والهضم باستخدام البروتيناز K، والحضن، والطرد المركزي، والمعالجة بإنزيم DNase، وإضافة DNase I، والترسيب بالإيثانول. ثم رُبطت العينة بعمود تنقية RNA يعتمد على السيليكا وجرى طردها مركزياً عند 8,000 × g لمدة 30 s. غُسل العمود بعد ذلك بمحلول الغسيل 1، ومحلول الغسيل 2، ومحلول الغسيل 2 المخفف بالإيثانول، ثم جُفف عند 13,000 × g لمدة 2 min. استُخلص RNA بعد ذلك بإضافة 70 µL من الماء الخالي من RNase إلى مركز غشاء العمود، متبوعاً بالطرد المركزي عند 13,000 × g لمدة 1 min. أظهر كل زوج من البادئات منتج تضخيم واحداً، وهو ما تم تأكيده بواسطة تحليل منحنى الانصهار قبل حساب التعبير الجيني النسبي. تم التحقق من كفاءة البادئات (90–110%) باستخدام منحنيات قياسية قبل تحليل العينات. وأكدت تحليلات منحنى الانصهار وجود مضخمات فردية وغياب ثنائيات البادئات. حُسب التعبير النسبي لـ YTHDC2 باستخدام طريقة 2-ΔCt، حيث تم تطبيع قيم Ct بالنسبة للجين المرجعي الداخلي GAPDH. وبما أن قيم التعبير قُدمت كمستويات تعبير مطبعة بدلاً من تغيرات طيّة بالنسبة لعينة معايرة، فقد تم الإبلاغ عن النتائج كقيم 2−ΔCt. تم اختيار GAPDH كجين تدبير منزلي لأن تعبيره أظهر تبايناً أدنى (CV < 5%) مقارنة بالبدائل المختبرة (ACTB، CV = 12%؛ 18S rRNA، CV = 18%)، وهو ما يتفق مع معايير اختيار الجينات المرجعية في دراسات m6A.

التحليل الإحصائي

أجريت التحليلات الإحصائية باستخدام برامج إحصائية، بما في ذلك إنشاء الرسوم البيانية والمخططات. ولتحليل البيانات الكمية والفئوية الخاصة بالتعبير الجيني لـ YTHDC2 في مرضى NSCLC، استُخدم برنامج R لإجراء تحليلات المعلوماتية الحيوية وإنشاء منحنيات ROC. كما استُخدمت منحنيات ROC والمساحة تحت المنحنى (AUC) لتقييم الأداء التشخيصي للتعبير عن YTHDC2 في التنبؤ بالبقاء على قيد الحياة. وبالنسبة للتحليلات القائمة على الانحدار، تم تسجيل تقديرات التأثير (نسب الأرجحية) مع فواصل الثقة المقابلة بنسبة 95% حيثما كان ذلك مناسباً. استُخدم اختبار ويلكوكسون للرتب الموقعة (Wilcoxon signed-rank test) لمقارنة التعبير عن YTHDC2 بين عينات الورم والأنسجة الطبيعية المجاورة المقترنة، بينما استُخدم تحليل ارتباط بيرسون لتقييم العلاقة بين التعبير عن YTHDC2 والسمات المرضية السريرية. وتم تسجيل معاملات الارتباط (r) وقيم p المقابلة لها. ونظراً لأن بيانات qRT-PCR تضمنت عينات مقترنة من الورم والأنسجة الطبيعية المجاورة من نفس المرضى، ولأن بيانات التعبير الجيني لم تكن موزعة توزيعاً طبيعياً، فقد استُخدم اختبار ويلكوكسون للرتب الموقعة لمقارنة مستويات التعبير عن YTHDC2 بين الأنسجة المقترنة؛ حيث لا يفترض هذا الاختبار طبيعية توزيع البيانات ويُستخدم عادةً للبيانات البيولوجية ذات التوزيع الملتوي. كانت جميع الاختبارات الإحصائية ثنائية الذيل، واعتُبرت قيمة p <0.05 دالة إحصائياً. كما تم تقييم المتغيرات المستمرة للتأكد من طبيعية توزيعها قبل التحليل، وعُرضت المتغيرات المستمرة كمتوسط ± انحراف معياري أو وسيط (المدى الربيعي)، حسبما هو مناسب.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

تعبير جين YTHDC2 في الأورام بناءً على قاعدة بيانات TCGA

الشكل 3 يوضح الارتباط بين NSCLC و YTHDC2 من خلال فحص مستويات تعبير YTHDC2 عبر أنواع مختلفة من السرطانات باستخدام أداة GDC في قاعدة بيانات TCGA.

تعبير جين YTHDC2 في سرطان الرئة غير صغير الخلايا (NSCLC) في قاعدة بيانات GEPIA

تم الحصول على 483 عينة نسيجية من سرطان الرئة الغدي، و347 عينة نسيجية من الرئة الطبيعية، و486 عينة ن...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

يعد YTHDC2، وهو أكبر بروتين رابط لـ N6-methyladenosine (m6A) في عائلة YTH، فريداً بنشاطه كإنزيم RNA helicase المعتمد على ATP، مما يجعله منظماً رئيسياً لاستقلاب RNA13. وبخلاف الأعضاء الآخرين في عائلة YTH، يتواجد YTHDC2 في كل من النواة والسيتوبلازم، حيث يعمل على تنظيم ترجمة mRNA واستقرار RNA14. وقد أظهرت الدراسات التجريبية السابقة أن YTHDC2 يثبط تطور سرطان الرئة الغدي (LUAD) من خلال تثبيط تعبير mRNA لكل من ADIRF و MRPL12، وتعزيز الموت الخلوي المبرمج، وتقليل تكاثر الخلايا والا...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

لا يوجد لدى المؤلفين أي مصالح مالية أو غير مالية ذات صلة للإفصاح عنها.

شكر وتقدير

تم دعم هذه الدراسة من قبل مؤسسة هاينان الإقليمية للعلوم الطبيعية (رقم 821RC735).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
بادئات ومجسات مخصصةSangon Biotech Co., Ltd., Shanghai, Chinaتخليق مخصصتسلسلات البادئات والمجسات مدرجة في الجدول 6
DNase IMagen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ChinaDNase I (HiPure FFPE RNA Kit)إزالة تلوث DNA الجينومي
خوارزمية ESTIMATEYoshihara et al.حزمة R (الإصدار 1.0.13)تقدير نقاء الورم
طقم استخلاص RNA من أنسجة FFPEMagen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ChinaHiPure FFPE RNA Kit (R4130-02)استخلاص RNA من أنسجة FFPE
بوابة بيانات GDCNational Cancer Institute (NCI), NIH, USAhttps://portal.gdc.cancer.govتنزيل مجموعات بيانات TCGA
خادم GEPIA الويبPeking University, Chinahttp://gepia.cancer-pku.cnتحليل التعبير الجيني
مخطط Kaplan–Meier PlotterSemmelweis University, Hungaryhttps://kmplot.comتحليل البقاء على قيد الحياة
جهاز طرد مركزي دقيقEppendorf AG, Hamburg, Germany5424 Rإجراءات تنقية RNA
جهاز قياس الطيف الضوئي NanoDropThermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USANanoDrop 2000/2000cتقدير كمية RNA
مزيج qPCR الرئيسي القائم على المجساتThermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USATaqMan Universal PCR Master Mix II (4440040)تضخيم PCR الكمي
برنامج R الإحصائيR Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austriaالإصدار 4.4.1التحليلات الإحصائية وتحليل ROC
نظام PCR في الوقت الحقيقيBio-Rad Laboratories, Hercules, CA, USACFX Opus 96PCR الكمي في الوقت الحقيقي
طقم النسخ العكسيThermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USARevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit (K1622)تخليق cDNA
عمود تنقية RNAMagen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ChinaHiPure Mini Column Iعمود تنقية RNA بغشاء السيليكا
ماء خالٍ من RNaseMagen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ChinaRNase-Free Waterشطف RNA
إحصائيات SPSSIBM Corp., Armonk, NY, USAIBM SPSS Statistics Version 27.0التحليلات الإحصائية
حزمة survivalROCCRAN (R Foundation for Statistical Computing)الإصدار 1.0.3.1تحليل ROC المعتمد على الوقت
قاعدة بيانات TCGANational Cancer Institute (NCI), NIH, USAhttps://portal.gdc.cancer.govقاعدة بيانات عامة لعلم الجينوم السرطاني
محلول غسيل RW1Magen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ChinaBuffer RW1محلول غسيل لتنقية RNA
محلول غسيل RW2Magen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ChinaBuffer RW2محلول غسيل لتنقية RNA

المراجع

  1. Shen, Y., Chen, J. Q., Li, X. P. Differences between lung adenocarcinoma and lung squamous cell carcinoma: Driver genes, therapeutic targets, and clinical efficacy. Genes Dis. 12 (1), 101374 (2025).
  2. Cao, W., Qin, K., Li, F., Chen, W. Comparative study of cancer profiles between 2020 and 2022 using global cancer statistics (GLOBOCAN). J. Natl. Cancer Cent. 4 (2), 128-134 (2024).
  3. Alduais, Y., Zhang, H., Fan, F., Chen, J., Chen, B. Non-small cell lung cancer (NSCLC): A review of risk factors, diagnosis, and treatment. Medicine (Baltimore). 102 (13), e32899 (2023).
  4. Sun, H., Li, K., Liu, C., Yi, C. Regulation and functions of non-m6A mRNA modifications. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 24 (11), 714-731 (2023).
  5. Zhang, W., Qian, Y., Jia, G. The detection and functions of RNA modification m6A based on m6A writers and erasers. J. Biol. Chem. 297 (2), 100973 (2021).
  6. Li, Y. et al. Autophagy activation is required for N6-methyladenosine modification to regulate ferroptosis in hepatocellular carcinoma. Redox Biol. 69, 102971 (2024).
  7. Wang, J. et al. Downregulation of m6A reader YTHDC2 promotes the proliferation and migration of malignant lung cells via the CYLD/NF-κB pathway. Int. J. Biol. Sci. 17 (10), 2633-2651 (2021).
  8. Koh, Y. W., Han, J. H., Haam, S., Lee, H. W. Prognostic and predictive value of YTHDF1 and YTHDF2 and their correlation with tumor-infiltrating immune cells in non-small cell carcinoma. Front. Oncol. 12, 996634 (2022).
  9. Tsuchiya, K. et al. YTHDF1 and YTHDF2 are associated with better patient survival and an inflamed tumor-immune microenvironment in non-small-cell lung cancer. Oncoimmunology. 10 (1), 1962656 (2021).
  10. Diao, H. et al. The m6A reader YTHDF1 promotes lung carcinoma progression via regulating ferritin-mediated ferroptosis in an m6A-dependent manner. Pharmaceuticals (Basel). 16 (2), 185 (2023).
  11. Sun, S. et al. Downregulation of m6A reader YTHDC2 promotes tumor progression and predicts poor prognosis in non-small cell lung cancer. Thorac. Cancer. 11 (11), 3269-3279 (2020).
  12. Chen, S., Wang, Z., Sun, B. Chinese Society of Clinical Oncology Non-small Cell Lung Cancer (CSCO NSCLC) guidelines in 2024: Key update on the management of early and locally advanced NSCLC. Cancer Biol. Med. In Press (2025). doi:10.20892/j.issn.2095-3941.2024.0592. (2025).
  13. Fan, S., Xu, X., Chen, J., Yin, Y., Zhao, Y. Genome-wide identification, characterization, and expression analysis of m6A readers-YTH domain-containing genes in alfalfa. BMC Genomics. 25, 18 (2024).
  14. Shi, R. et al. Linking the YTH domain to cancer: The importance of YTH family proteins in epigenetics. Cell Death Dis. 12 (4), 346 (2021).
  15. Wu, X. et al. The biological function of the N6-methyladenosine reader YTHDC2 and its role in diseases. J. Transl. Med. 22, 490 (2024).
  16. Teng, Y., Zhao, X., Xi, Y., Fu, N. N6-methyladenosine-regulated ADIRF impairs lung adenocarcinoma metastasis and serves as a potential prognostic biomarker. Cancer Biol. Ther. 24 (1), 2249173 (2023).
  17. Ma, L. et al. The m6A reader YTHDC2 inhibits lung adenocarcinoma tumorigenesis by suppressing SLC7A11-dependent antioxidant function. Redox Biol. 38, 101801 (2021).
  18. Ma, L. et al. Targeting SLC3A2 subunit of system XC− is essential for m6A reader YTHDC2 to be an endogenous ferroptosis inducer in lung adenocarcinoma. Free Radic. Biol. Med. 168, 25-43 (2021).
  19. Lin, Y. et al. Pan-cancer analysis reveals m6A variation and cell-specific regulatory network in different cancer types. Genomics Proteomics Bioinformatics. 22 (4), qzae052 (2024).
  20. Li, L. et al. Bioinformatic analysis of m6A "reader" YTH family in pan-cancer as a clinical prognosis biomarker. Sci. Rep. 13, 17350 (2023).
  21. Sun, Y., Liu, Y., Wang, P., Chang, L., Huang, J. The m6A reader YTHDC2 suppresses lung adenocarcinoma tumorigenesis by destabilizing MRPL12. Mol. Biotechnol. 66 (8), 1051-1061 (2024).
  22. Hajian-Tilaki, K. Receiver operating characteristic (ROC) curve analysis for medical diagnostic test evaluation. Caspian J. Intern. Med. 4 (2), 627-635 (2013).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

الوسوم

YTHDC2 RNA m6A
تواصل معنا
أوصِ به للمكتبة

الخصوصية

شروط الاستخدام

السياسات

حقوق الطبع والنشر © 2026 MyJoVE Corporation. جميع الحقوق محفوظة.