تم تحليل GSE100927 ك مجموعة بيانات ثانوية متاحة للعموم وغير محددة للهوية. لم يتم تجنيد أي مشاركين، ولم يتم جمع عينات بشرية جديدة، ولم يتم الوصول إلى أي معرفات شخصية مباشرة؛ وبناءً على ذلك، لم تكن هناك حاجة لموافقة إضافية من مجلس المراجعة المؤسسية أو موافقة مستنيرة. استخدمت التجارب الخلوية فقط خط خلايا بلعمية فئرانية معتمد ولم تتضمن حيوانات حية، أو أنسجة حيوانية أولية، أو مشاركين بشر، أو مواد بشرية أولية؛ وبالتالي، لم تكن الموافقة المؤسسية لأخلاقيات البحث البشري أو الحيواني قابلة للتطبيق.
تحديد المركبات النشطة بيولوجياً وأهدافها في HQT
تم الدخول إلى قاعدة بيانات ومنصة تحليل علم الصيدلة النظمي للطب الصيني التقليدي (TCMSP)، وPubMed، والبنية التحتية الوطنية للمعرفة في الصين (CNKI)، وقواعد بيانات UniProt باستخدام الإصدارات المتاحة في 16 يوليو 2026. تم البحث عن كل من Scutellaria baicalensis Georgi، وPaeonia lactiflora Pall.، وGlycyrrhiza uralensis Fisch.، وZiziphus jujuba Mill. بشكل منفصل في قاعدة بيانات TCMSP باستخدام أسمائها الطبية باللغات اللاتينية والإنجليزية والصينية. تم الاحتفاظ بالمركبات التي بلغت توافرها الحيوي الفموي (OB) نسبة ≥30% وقيمة تشابه دوائي (DL) تبلغ ≥0.18. كما تم دمج المركبات المتكررة التي تم تحديدها في أكثر من مادة نباتية واحدة باستخدام اسم المركب والمعرف المقابل له في TCMSP.
تم البحث في PubMed باستخدام المصطلحات (“Huangqin Tang” OR “Huang-Qin-Tang” OR “Huang Qin Tang”) AND (constituent OR compound OR ingredient OR phytochemical OR target)، كما تم البحث في CNKI باستخدام “Huangqin Tang” AND (“chemical constituents” OR “active ingredients” OR “pharmacological targets”). وتمت مراجعة المقالات المنشورة حتى 16 ديسمبر 2025. وقد أُدرجت المركبات أو الأهداف فقط عندما يكون ارتباطها بـ HQT أو بأحد مكوناته النباتية الأربعة قد تم الإبلاغ عنه صراحةً. كما استُبعدت المراجعات التي تفتقر إلى أدلة أولية يمكن تتبعها، والمركبات غير المسماة، والأهداف المتوقعة التي تفتقر إلى دعم تجريبي أو دعم من قواعد البيانات.
تم تعيين البروتينات المستهدفة باستخدام أداة تعيين المعرفات (identifier-mapping tool) في قاعدة بيانات UniProt، مع حصر الكائن الحي في Homo sapiens (معرف التصنيف 9606). تم الإبقاء على رموز الجينات البشرية المعتمدة، بينما حُذفت المدخلات غير المعينة والمكررة. ثم استُوردت قائمة الحواف (edge list) للمركب والهدف بعد إزالة التكرارات إلى برنامج تصور الشبكات Cytoscape (الإصدار 3.7.2)، حيث تم بناء شبكة المركب والهدف لـ HQT.
تحديد وتحليل المعلوماتية الحيوية للأهداف المرتبطة بـ AS
تم الوصول إلى قواعد بيانات GeneCards، وOnline Mendelian Inheritance in Man (OMIM)، وComparative Toxicogenomics Database (CTD)، وGene Expression Omnibus (GEO) باستخدام الإصدارات المتاحة في 16 يوليو 2026. استُخدم مصطلح "atherosclerosis" للبحث في GeneCards وOMIM وCTD. تم الاحتفاظ بالجينات المسترجعة من GeneCards التي سجلت درجة صلة (Relevance Score) تبلغ ≥1.163، وهو ما يتوافق مع متوسط الدرجات لجميع السجلات المسترجعة. كما تم تضمين الجينات المرتبطة بـ AS الموثقة مباشرة من OMIM وCTD فقط.
تم تنزيل مصفوفة السلسلة GSE100927، وملف تعليقات العينات، وملف تعليقات المنصة GPL17077 من قاعدة بيانات GEO. صُنفت جميع عينات الشرايين الطرفية البشرية البالغ عددها 104 عينات إلى AS أو مجموعة ضابطة (Control) وفقًا للبيانات الوصفية للنمط الظاهري في المستودع، ولم يتم استبعاد أي عينات بناءً على موقع الشريان.
أُجريت تحليلات المعلوماتية الحيوية باستخدام برنامج R الإحصائي (الإصدار 4.3.2) مع حزمة limma (الإصدار 3.58.1)، وحزمة ggplot2 (الإصدار 3.4.4)، وحزمة ComplexHeatmap (الإصدار 2.18.0)، وحزمة clusterProfiler (الإصدار 4.10.1)، وحزمة org.Hs.eg.db (الإصدار 3.18.0). تم تعيين مسميات المسابر باستخدام ملف تعليقات المنصة GPL17077، وتم استبعاد المسابر التي تفتقر إلى رموز جينية معتمدة. كما تم حساب متوسط المسابر المتعددة التي تشير إلى الجين نفسه باستخدام دالة avereps. طُبق تحويل log2(x + 1) فقط عندما تجاوز المئين 99 قيمة 100؛ وخلاف ذلك، تم الاحتفاظ بالقيم اللوغاريتمية المقدمة. كما تمت معايرة المصفوفات باستخدام طريقة quantile.
تم ترميز العينات باسم "Control" و "AS"، كما تم إنشاء مصفوفة تصميم خالية من التقاطع باستخدام model.matrix(~0 + group)تَمَّ تطبيق النماذج الخطية باستخدام الـ lmFit, إنشاء التباينات (makeContrasts), ملاءمة التباينات، و إيبايز (eBayes) الوظائف. وقد استُخلصت جميع الجينات باستخدام topTable(number = Inf, adjust.method = “BH”)عُرِّفت الجينات ذات التعبير التفاضلي بأنها تلك التي تمتلك قيمة مطلقة للوغاريتم2 تغير طي (fold change) أكبر من 1 وقيمة اسمية p القيمة <0.05، بينما تم التعديل وفقاً لطريقة بنجاميني-هوخبرج (Benjamini–Hochberg) p تم الاحتفاظ بالقيم في المخرجات الكاملة.
تَمَّ إنشاء مخططات البركان (Volcano plots) باستخدام اللوغاريتم2 قيم التغير الطي (fold-change) و -log₁₀ اسمي p القيم. تم إنشاء الخرائط الحرارية بعد إجراء عملية التقييس لكل صف. زتوحيد درجات (z-score) الجينات المختارة. وقد طُبقت إعدادات المعالجة المسبقة والتصور ذاتها على جميع العينات.
تم توحيد الجينات المستمدة من GeneCards وOMIM وCTD وGEO باستخدام قاعدة بيانات UniProt. وحُوّلت معرفات الجينات إلى رموز جينية معتمدة بأحرف كبيرة، كما حُذفت المدخلات الفارغة وغير المحددة والمكررة من كل مصدر بيانات. وعُرِّفت الأهداف المرتبطة بـ AS المتفق عليها بأنها الجينات التي تم تحديدها في مصدرين على الأقل من مصادر البيانات الأربعة. واستُخدمت دالة intersect() في لغة R لتحديد الجينات المشتركة مع مجموعة أهداف HQT الموحدة.
تم إرسال أهداف HQT-AS المتداخلة إلى قاعدة بيانات STRING (الإصدار 12.0)، والتي تم الوصول إليها في 16 ديسمبر 2025. وقد اقتصر التحليل على Homo sapiens، مع ضبط الحد الأدنى لدرجة التفاعل عند 0.700، والاحتفاظ بجميع قنوات الأدلة، دون إضافة أي متفاعلات من الدرجة الأولى أو الثانية. تم تصدير جدول التفاعلات واستيراده في برنامج Cytoscape كشبكة غير موجهة. كما تم حذف الحلقات الذاتية والحواف المكررة، وحساب قيم مركزية الدرجة، والمركزية البينية، ومركزية القرب باستخدام إضافة CentiScaPe (الإصدار 2.2). وعُرّفت الجينات المحورية بأنها تلك التي تتجاوز فيها جميع مقاييس المركزية الثلاثة المتوسطات المقابلة في الشبكة.
تم تحويل رموز الجينات المعتمدة إلى معرفات Entrez باستخدام دالة bitr. وتم استبعاد المعرفات غير المحددة والمكررة، واستُخدمت جميع الجينات التي تم تحديدها بنجاح في مجموعة البيانات المشروحة كخلفية. أُجري تحليل إثراء الوجود الجيني (Gene Ontology) لجميع الأنطولوجيات باستخدام enrichGO (ont = “ALL”)، كما أُجري تحليل إثراء مسارات موسوعة كيوتو للجينات والجينومات (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) باستخدام enrichKEGG (organism = “hsa”). طُبق تصحيح بنجاميني-هوكبرج (Benjamini–Hochberg)، وتم الاحتفاظ بالمصطلحات المثرى التي كانت قيمة p المعدلة لها <0.05.
تم توفير النصوص البرمجية الكاملة للمعالجة المسبقة، والتعبير التفاضلي، والتصور، والإثراء تحت مسمى TCMSP analysis.R و Transcriptome analysis.R. وبناءً على نتائج تحليل الشبكة والأدلة المنشورة، تم تحديد paeoniflorin (PF) و liquiritin و baicalin و wogonoside و glycyrrhizic acid ككونونات أساسية في HQT20. وقد اختير PF كمركب ممثل نظرًا لأدواره المسجلة في تنظيم استقلاب الدهون ومسار إشارات AMP-activated protein kinase.
تحضير مستخلص HQT
تم دمج نباتات S. baicalensis Georgi و P. lactiflora Pall. و G. uralensis Fisch. و Z. jujuba Mill. الموثقة بنسبة وزن جاف بلغت 3:2:2:3. أضيف الماء منزوع الأيونات بنسبة 1:10 (w/v)، وتم تسخين الخليط تحت الارتجاع لمدة 1 h. رُشح المستخلص وهو ساخن، ثم استُخلص الراسب مرة ثانية بالماء منزوع الأيونات بنسبة 1:8 (w/v) لمدة 1 h، وفقاً لما تم وصفه سابقاً19. جُمعت الرشاحات، ورُكزت تحت ضغط منخفض عند 60°C، وجُففت بالتفريغ حتى الوصول إلى وزن ثابت؛ حيث بلغت حصيلة الاستخلاص 36.34%. أذيب المستخلص المجفف في ماء معقم بتركيز 1 g/mL، ورُشح عبر غشاء بمسامية 0.22 µm، ثم قُسم إلى حصص صغيرة وخُزن عند −20°C حتى الاستخدام. عُبر عن التركيزات التجريبية بميكروغرام من المستخلص المجفف لكل مليلتر من الوسط الزراعي.
زراعة الخلايا، والترانسفكشن، والمعالجة
تم استنبات الخلايا البلعمية الفأرية من سلالة RAW264.7 في وسط Dulbecco's modified Eagle عالي الجلوكوز، مُدعم بـ 10% من مصل الجنين البقري، و100 U/mL من البنسلين، و100 µg/mL من الستربتومايسين، عند درجة حرارة 37°C في حاضنة رطبة تحتوي على 5% CO2. تم إجراء استنبات فرعي للخلايا عند وصولها إلى حالة تلاقي تبلغ 80% تقريبًا، واستُخدمت فقط الخلايا التي تتراوح ممراتها بين 5 و20 بعد الإذابة. تم التحقق من هوية الخط الخلوي بمقارنتها مع شهادة المستودع، كما تم مراقبة مورفولوجيا الخلايا، وقدرتها على الالتصاق، وخصائص نموها بشكل روتيني. استُخدمت فقط المزارع الخالية من الميكوبلازما. وتم التخلص من المزارع التي ظهر بها تلوث، أو نمو غير طبيعي، أو تفجُّؤ مفرط، أو حطام خلوي واسع، أو انفصال ملحوظ، أو توزيع غير متساوٍ للخلايا.
لإسكات AMPKα1، تم استزراع الخلايا بكثافة 2 × 105 خلية لكل بئر في 2 mL من وسط الاستزراع في أطباق ذات 6 آبار، وأُجريت عملية التعداء (transfection) عندما وصلت نسبة الاندماج (confluence) إلى 50%–60%. تم تخفيف إجمالي 100 pmol من si-AMPKα1 أو siRNA غير مستهدف في 125 µL من وسط منخفض المصل، بينما خُفف 5 µL من كاشف التعداء القائم على الدهون بشكل منفصل في 125 µL من وسط منخفض المصل. وبعد التحضين لمدة 15 min في درجة حرارة الغرفة، جُمِع المحلولان وأُضيفا قطرة بقطرة إلى الخلايا للوصول إلى تركيز نهائي من siRNA يبلغ 50 nM. وكانت تسلسلات si-AMPKα1 كما يلي: التسلسل المعنى (sense)، 5′-CCCATCTTATAGTTCAACCAT-3′، والتسلسل المضاد للمعنى (antisense)، 5′-ATGGTTGAACTATAAGATGGG-3′. استُبدل وسط الاستزراع بعد 6 h، واستمر التحضين لمدة إجمالية بلغت 48 h قبل المعالجة بـ ox-LDL وPF. تم تأكيد تثبيط AMPKα1 عن طريق qRT-PCR واللطخة الغربية (western blotting)، وأُدرجت فقط التجارب التي أظهرت انخفاضاً معنوياً مقارنة بمجموعة siRNA الضابطة السالبة في التحليلات اللاحقة.
تم تحضير PF وdorsomorphin وBAY 11-7082 في ثنائي ميثيل سلفوكسيد (DMSO)، بينما تم تحضير HQT في ماء معقم. تم الحفاظ على التركيز النهائي لـ DMSO عند ≤0.1% في جميع مجموعات المعالجة، وأُضيف المذيب المقابل إلى مجموعات الضبط.
لإجراء فحص التركيز، عولجت الخلايا لمدة 24 h باستخدام PF بتركيزات 0 أو 1 أو 5 أو 10 أو 20 أو 40 µM، أو HQT بتركيزات 0 أو 12.5 أو 25 أو 50 أو 100 أو 200 µg/mL. بعد ذلك، تم تقييم حيوية الخلايا وفسفرة AMPK. وبناءً على هذه النتائج، تم اختيار 20 µM من PF و100 µg/mL من HQT لجميع التجارب اللاحقة.
لمقارنة PF وHQT، شملت مجموعات المعالجة مجموعة ضابطة، ومجموعة 50 µg/mL ox-LDL، ومجموعة ox-LDL مع 20 µM PF، ومجموعة ox-LDL مع 100 µg/mL HQT. تم تحضين جميع المجموعات لمدة 24 h. وللتثبيط الدوائي لـ AMPK، تمت معالجة مجموعة ox-LDL مع PF مسبقاً بـ 10 µM dorsomorphin لمدة 1 h قبل المعالجة المشتركة لمدة 24 h21,22.
للتثبيط الجيني لـ AMPK، تم ترانسفكشن الخلايا بـ si-NC أو si-AMPKα1 لمدة 48 h، ثم وُزعت على مجموعات: Control، و ox-LDL، و PF، ومجموعة si-AMPK مع PF. تلقت مجموعتا PF و si-AMPK مع PF تركيز 50 µg/mL من ox-LDL مع 20 µM من PF لمدة 24 h. بينما تلقت مجموعة ox-LDL مادة ox-LDL وحدها، في حين تلقت مجموعة Control المذيب المقابل.
لتقييم دور مسار إشارات NF-κB، تمت معالجة مجموعة علاجية إضافية مسبقاً بـ 10 µM من BAY 11-7082 لمدة 1 h قبل التعرض لـ 50 µg/mL من ox-LDL لمدة 24 h23,24,25. بعد ذلك، تم تحديد تعبير ABCA1، وتدفق الكوليسترول، وتراكم الدهون، ونسب البلاعم CD86⁺ وCD206⁺.
ما لم يُنص على خلاف ذلك، تم استزراع الخلايا قبل 12–16 h من المعالجة، واستُخدمت ثلاث آبار مكررة لكل مجموعة معالجة. وقد أُجري كل مقايسة باستخدام ثلاث تحضيرات خلوية مستزرعة بشكل مستقل في أيام مختلفة (n = 3)، باستثناء فحص حيوية الخلايا، الذي تألف من خمس تجارب مستقلة مع خمس آبار مكررة تقنيًا لكل تركيز. وتم حساب متوسط المكررات التقنية، والقياسات المزدوجة، والمجالات المجهرية المتعددة بشكل هرمي للحصول على قيمة واحدة لكل تجربة مستقلة.
تم استخدام المزارع التي كانت ملتصقة بشكل متجانس وبنسبة تلاقي بلغت 60%–80% تقريبًا، أو بنسبة تلاقي 50%–60% لتجارب عفن التحول (transfection)، فقط في عملية المعالجة. المواد والبرمجيات والمعدات الأساسية مدرجة في جدول المواد المرفق.
اختبار حيوية الخلايا وتفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي في الوقت الحقيقي
تم استزراع خلايا RAW264.7 بكثافة 5 × 103 خلية لكل بئر في أطباق ذات 96 بئراً، وتُركت لتلتصق طوال الليل. عولجت الخلايا لمدة 24 h بتركيزات PF وHQT الموضحة في القسم 4. تم تحديد حيوية الخلايا عن طريق استبدال وسط المزرعة بـ 100 µL من المحلول التشغيلي لمقايسة حيوية الخلايا، متبوعاً بالتحضين لمدة 2 h عند 37°C في الظلام. تم قياس الامتصاصية عند 450 nm.
تضمنت التجربة آباراً فارغة تحتوي على الكاشف فقط، وتم طرح قيم امتصاصها من جميع القياسات. وحُسب متوسط قيم الامتصاص لخمسة آبار مكررة تقنياً لكل تركيز. كما حُسبت حيوية الخلايا وفق المعادلة التالية: (امتصاص المجموعة المعالجة/امتصاص مجموعة الضبط) × 100، مع تعريف مجموعة الضبط غير المعالجة بنسبة 100%. أُجريت خمس تجارب مستقلة.
تم استخلاص الـ RNA الكلي باستخدام كاشف استخلاص RNA مكون من الفينول والجوانيدينيوم، واستُخدمت فقط العينات التي تتراوح قيم A260/A280 فيها بين 1.8 و2.0. تم إجراء النسخ العكسي لمقدار 1 µg من الـ RNA الكلي، واحتوى كل تفاعل qPCR بمقدار 20 µL على 10 µL من 2× SYBR Green master mix، و0.4 µL من كل من البادئات الأمامية والعكسية بتركيز 10 µM، و2 µL من الـ cDNA، و7.2 µL من الماء الخالي من النوكلياز.
أُجري تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (Quantitative PCR) عند درجة حرارة 95°C لمدة 30 s، يليه 40 دورة تتكون من 95°C لمدة 10 s و60°C لمدة 30 s. بعد ذلك، أُجري تحليل منحنى الانصهار في نطاق حراري من 65°C إلى 95°C. وكانت تسلسلات البادئات كما يلي: بادئ Prkaa1 الأمامي، 5′-ACCAGAAGCGGTGCCGGAAAGCTGG-3′؛ وبادئ Prkaa1 العكسي، 5′-TGTAGTCGGTTTATGCAGCAACGAG-3′؛ وبادئ Gapdh الأمامي، 5′-CGACTTCAACAGCAACTCCCACTCTTCC-3′؛ وبادئ Gapdh العكسي، 5′-TGGGTGGTCCAGGGTTTCTTACTCCTT-3′.
تم تحليل كل عينة في ثلاث مكررات تقنية، مع إدراج ضوابط خالية من القالب. ولم تُقبل أزواج البادئات إلا عند ملاحظة ذروة انصهار واحدة وعدم اكتشاف أي تضخيم في الضوابط الخالية من القالب. وحُسب التعبير النسبي لجين Prkaa1 باستخدام طريقة 2−ΔΔCt مع استخدام Gapdh كجين مرجعي، كما تم توحيد التعبير في مجموعة si-NC ليكون 1.
قياس تراكم الدهون، ومستويات ATP، وتدفق الكوليسترول
لإجراء صبغ Oil Red O، تم استزراع خلايا RAW264.7 بكثافة 5 × 104 خلية لكل بئر في 500 µL من وسط الاستزراع في أطباق ذات 24 بئراً. وبعد المعالجة، غُسلت الخلايا مرتين باستخدام 500 µL من المحلول الملحي المنظم بالفوسفات (PBS)، ثم ثُبّتت باستخدام 500 µL من الفورمالين المنظم المتعادل بتركيز 10% لمدة 20 min، وغُسلت مرتين بمحلول PBS، وشُطفت مرة واحدة باستخدام 500 µL من الإيزوبروبانول بتركيز 60%، ثم صُبغت باستخدام 500 µL من محلول عمل Oil Red O المُحضّر حديثاً لمدة 15 min في درجة حرارة الغرفة. غُسلت الخلايا المصبوغة بالماء المقطر حتى تصبح الخلفية صافية. تم الحصول على خمسة حقول مجهرية من كل بئر كما هو موضح في القسم 8، وحُسبت المنطقة الموجبة لصبغة Oil Red O بقسمة المنطقة الموجبة على المساحة الإجمالية للحقل × 100 باستخدام عتبة لونية ثابتة. قُبلت نتائج الصبغ فقط عندما أظهرت الخلايا الضابطة الحد الأدنى من الصبغ، وأظهرت الخلايا المعالجة بـ ox-LDL قطرات دهنية داخل خلوية منفصلة، وظلت الخلفية خارج الخلوية صافية. أما العينات التي أظهرت ترسبات منتشرة أو صبغاً غير متجانس أو انفصالاً واسع النطاق للخلايا فقد تم استبعادها وتكرار إجراء الصبغ.
لقياس ATP، تم استزراع الخلايا بكثافة 5 × 105 خلية لكل بئر في 2 mL من وسط الزرع في أطباق ذات 6 آبار. وبعد المعالجة، غُسلت الخلايا مرتين باستخدام 1 mL من PBS مبرد بالثلج، ثم حُللت باستخدام 200 µL من منظم محلول تحلل مقايسة ATP، وجرى طردها مركزياً عند 12,000 × g لمدة 5 min عند 4°C. خُلطت عينة قدرها 10 µL من السائل الطافي مع 100 µL من كاشف الكشف عن ATP، ثم قيست التألق الكيميائي. حُسبت تركيزات ATP من منحنى قياسي. وقيس كل محلول تحلل في مكررات ثنائية، كما حُللت ثلاثة آبار مكررة في كل تجربة من ثلاث تجارب مستقلة.
لتحليل تدفق الكوليسترول، تم استزراع الخلايا بكثافة 5 × 104 خلية لكل بئر في 500 µL من وسط الزرع في أطباق ذات 24 بئراً. وبعد المعالجة، تم تحميل الخلايا بـ 1 µg/mL من NBD-cholesterol لمدة 24 h، ثم غُسلت ثلاث مرات باستخدام 500 µL من PBS، وحُضنت لمدة 4 h في 500 µL من وسط خالٍ من المصل يحتوي إما على 10 µg/mL من apolipoprotein A-I أو 50 µg/mL من high-density lipoprotein. جُمعت السوائل الطافية من المزارع وجرى طردها مركزياً عند 1,000 × g لمدة 5 min. ثم غُسلت الخلايا مرتين باستخدام PBS وحُللت باستخدام 200 µL من محلول التحلل (lysis buffer). وقيس الفلوريسنس (الوميض الفلوري) في السوائل الطافية ونواتج التحلل في عينات مكررة عند أطوال موجية للإثارة والانبعاث تبلغ 485 و 535 nm على التوالي. طُرحت قيم الفلوريسنس التي تم الحصول عليها من الآبار التي لا تحتوي على NBD-cholesterol، وحُسب تدفق الكوليسترول كنسبة فلوريسنس السائل الطافي مقسوماً على مجموع فلوريسنس السائل الطافي ونواتج التحلل × 100 لكل مستقبل كوليسترول.
قياس السيتوكينات الالتهابية، وجهد الغشاء الميتوكوندري، وأنواع الأكسجين التفاعلية، والموت الخلوي المبرمج
بالنسبة لمقايسة الممتز المناعي المرتبط بالإنزيم (ELISA)، تم استزراع خلايا RAW264.7 بكثافة 5 × 105 خلية لكل بئر في 2 mL من الوسط الزرعي في أطباق سداسية الآبار. وبعد 24 ساعة من المعالجة، جُمعت الطافات الزرعية، وجرى طردها مركزياً عند 1,000 × g لمدة 10 دقائق عند 4°C، ثم حُللت فوراً أو قُسمت إلى حصص وخُزنت عند −80°C حتى وقت التحليل. وقد تم تجنب دورات التجميد والإذابة المتكررة. قِيست تركيزات TNF-α وIL-6 وIL-1β للفئران باستخدام أطقم Sandwich ELISA. وجرى موازنة جميع الكواشف مع درجة حرارة الغرفة قبل الاستخدام. ثم وُضعت المعايير والعينات الفارغة والعينات في مكررات بحجم 100 µL لكل بئر. غُسلت الآبار خمس مرات باستخدام 300 µL من محلول الغسيل بعد كل فترة تحضين للأجسام المضادة. تم تحقيق ظهور اللون باستخدام ركيزة tetramethylbenzidine، وأُوقف التفاعل وفقاً لتعليمات الشركة المصنعة، وقِيست الامتصاصية عند 450 nm. حُسبت تركيزات السيتوكينات من منحنيات قياسية لوجستية رباعية المعاملات وعُبر عنها بـ pg/mL. وأُعيدت القياسات التي تجاوزت فيها معاملات الاختلاف للمكررات 15%، كما خُففت العينات التي تجاوزت نطاق المقايسة قبل إعادة تحليلها.
لتحليل جهد الغشاء الميتوكوندري، تم استزراع الخلايا بكثافة 5 × 104 خلية لكل بئر في 500 µL من وسط الاستزراع في أطباق ذات 24 بئراً. وبعد المعالجة، غُسلت الخلايا مرتين وحُضنت مع 500 µL من محلول JC-1 التشغيلي لمدة 20 min عند 37°C في الظلام. ثم غُسلت الخلايا مرتين بمحلول التصبغ المنظم، وتم الحصول على فلورة التجمعات الحمراء والمونومرات الخضراء من مجالات مجهرية متطابقة عند أطوال موجية للاستثارة/الانبعاث تبلغ 525/590 nm و 490/530 nm، على التوالي. وفي وقت لاحق، تم حساب نسبة الفلورة الخضراء إلى الحمراء بعد طرح الخلفية.
لتحليل أنواع الأكسجين التفاعلية (ROS) داخل الخلايا، تم استزراع الخلايا بكثافة 5 × 104 خلية لكل بئر في أطباق ذات 24 بئرًا. وبعد المعالجة، غُسلت الخلايا مرتين بوسط خالٍ من المصل وحُضنت مع 10 µL من 2′,7′-dichlorodihydrofluorescein diacetate المُخفف في 200 µL من وسط استزراع لمدة 2 h عند 37°C في الظلام. وتم رج الأطباق بلطف كل 5 min أثناء الحضن. بعد ذلك، غُسلت الخلايا ثلاث مرات، وقِيس الفلورسنت عند أطوال موجية للإثارة والانبعاث تبلغ 488 و525 nm على التوالي.
لتحليل الموت الخلوي المبرمج (apoptosis)، تم استزراع الخلايا بكثافة 5 × 104 خلية لكل بئر في أطباق ذات 24 بئراً. وبعد المعالجة، غُسلت الخلايا مرتين، ثم ثُبتت باستخدام 4% paraformaldehyde لمدة 20 min، وغُسلت ثلاث مرات، ثم نُفذت عملية النفاذية باستخدام 0.1% Triton X-100 في PBS لمدة 10 min. أُضيف إجمالي 250 µL من خليط تفاعل وسم النهايات المقطوعة بـ dUTP بواسطة إنزيم terminal deoxynucleotidyl transferase (TUNEL)، وحُضنت الخلايا لمدة 60 min عند 37°C في غرفة مظلمة رطبة. وبعد ثلاث غسلات، صُبغت النوى صبغة تباينية باستخدام 4′,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) لمدة 5 min. كما تم تضمين ضابط سلبي يفتقر إلى إنزيم terminal deoxynucleotidyl transferase في كل تجربة.
أشارت الفلورة الحمراء المنقطة لصبغة JC-1 بشكل أساسي إلى الحفاظ على جهد الغشاء الميتوكوندري، بينما أشارت زيادة الفلورة الخضراء المنتشرة إلى إزالة استقطاب الغشاء. وقُبلت صور أنواع الأكسجين التفاعلية (ROS) فقط عندما كانت الفلورة الخضراء داخل الخلايا وخالية من الرواسب أو تشبع الإشارة. كما قُبل تلوين الموت الخلوي المبرمج (Apoptosis) فقط عندما كانت الفلورة الحمراء نووية بشكل أساسي، وأظهرت مجموعة التحكم التي تم فيها حذف الإنزيم حداً أدنى من إشارة الخلفية.
التقاط الصور والتحليل الكمي
تم الحصول على صور المجال المضيء والفلورة باستخدام مجهر فلوري مقلوب مجهز بكاميرا رقمية وعدسة شيئية بقوة 20×. جُمعت خمسة حقول غير متداخلة من كل بئر، بما في ذلك حقل مركزي واحد وأربعة حقول محيطية. استُبعدت المناطق التي تحتوي على خدوش، أو حواف الآبار، أو طبقات خلوية منفصلة، أو حطام كبير قبل الكشف عن هويات المعالجات. تم تعطيل إعدادات التعريض الضوئي والربح التلقائية. حُددت شدة الإضاءة، ووقت التعريض، والربح، والعدسة الشيئية، وأبعاد الصورة باستخدام آبار ممثلة لمجموعة Control وox-LDL لضمان بقاء أقوى إشارة فلورية غير مشبعة. تم الحفاظ على إعدادات متطابقة للحصول على الصور لجميع مجموعات المعالجة ضمن كل تجربة مستقلة. تم الحصول على قنوات الفلورة الحمراء والخضراء المزدوجة دون إعادة تحريك منصة المجهر. حُللت الصور غير المعدلة باستخدام برنامج تحليل الصور ImageJ بينما ظل الباحث متعامياً عن توزيع المعالجات. تم طرح إشارة الخلفية من منطقة خالية من الخلايا، وحُددت عتبات الصور باستخدام صور ممثلة لمجموعة Control وox-LDL. طُبقت العتبات نفسها طوال كل تجربة. طُبقت تعديلات موحدة على الصورة بأكملها فقط لغرض عرض الأشكال. عُبّر عن نتائج JC-1 كنسبة الفلورة الخضراء إلى الحمراء. عُبّر عن إشارات أنواع الأكسجين التفاعلية والاستماتة كمتوسط فلورة مطروح منها الخلفية ومطبع حسب المنطقة التي تم تحليلها، مع تطبيع القيمة المتوسطة لمجموعة Control لتكون 1 للتحليلات النسبية. تم حساب متوسط خمسة حقول مجهرية للحصول على قيمة واحدة لكل بئر، وحُسب متوسط القيم من ثلاثة آبار لإنتاج قيمة واحدة لكل تجربة مستقلة.
تحليل لطخة ويسترن
تم استزراع خلايا RAW264.7 بكثافة 5 × 105 خلية لكل بئر في 2 mL من وسط الاستزراع في أطباق ذات 6 آبار، وتم تحضير محلل بروتيني واحد من كل بئر. ولإجراء استخلاص البروتين من الخلية الكاملة، غُسلت الخلايا مرتين بمحلول PBS بارد (في درجة حرارة الثلج)، ثم حُللت لمدة 30 min على الثلج باستخدام منظم RIPA (radioimmunoprecipitation assay) المدعم بمثبطات البروتياز والفوسفاتاز، ثم طُردت مركزياً عند 12,000 × g لمدة 15 min عند 4°C. ولإجراء استخلاص البروتين النووي، عُلقت الخلايا في منظم يحتوي على 10 mM HEPES، و10 mM KCl، و1.5 mM MgCl2، و0.5 mM dithiothreitol، ومثبطات البروتياز/الفوسفاتاز، وحُضنت على الثلج لمدة 15 min. بعد ذلك، أُضيف منظف غير أيوني ليصل التركيز النهائي إلى 0.5%، متبوعاً برج سريع بجهاز vortex ثم الطرد المركزي عند 700 × g لمدة 5 min عند 4°C. استُخلص الراسب النووي لمدة 30 min على الثلج مع الخلط المتقطع في منظم يحتوي على 20 mM HEPES، و420 mM NaCl، و1.5 mM MgCl2، و0.2 mM EDTA، و25% glycerol، و0.5 mM dithiothreitol، ومثبطات البروتياز/الفوسفاتاز. وفي النهاية، طُرد المستخلص مركزياً عند 14,000 × g لمدة 15 min عند 4°C.
تم تحديد تركيزات البروتين باستخدام مقايسة حمض البيسينكونينيك. تم تحميل كميات متساوية من البروتين (25–30 µg) في كل مسار، ثم سُخنت عند 95°C لمدة 5 min، وفُصلت على هلامات بولي أكريلاميد وبيريدوك سلفات الصوديوم بنسبة 8%–12%، ونُقلت إلى أغشية بولي فينيليدين فلورايد بمسامية 0.45 µm عند 100 V لمدة 90 min تحت ظروف تبريد. تم حجب الأغشية التي تحتوي على البروتينات الكلية باستخدام حليب خالي الدسم بنسبة 5%، بينما حُجبت الأغشية التي تحتوي على البروتينات المفسفرة باستخدام ألبومين المصل البقري بنسبة 5% المُحضر في محلول ملحي منظم بـ Tris يحتوي على بوليسوربات 20 لمدة 1 h. حُضنت الأغشية طوال الليل عند 4°C مع أجسام مضادة أولية ضد AMPK و phosphorylated AMPK و BAX و BCL-2 و caspase-3 و ABCA1 و p65 و phosphorylated p65 و LXRα و IκB-α و phosphorylated IκB-α و histone H3 بتخفيف 1:1,000، باستثناء histone H3 الذي استُخدم بتخفيف 1:2,000. كما استُخدمت الأجسام المضادة لـ GAPDH و β-actin بتخفيف 1:5,000. وبعد تحضين الأجسام المضادة الأولية، غُسلت الأغشية ثلاث مرات لمدة 10 min لكل غسلة، ثم حُضنت لمدة 1 h مع أجسام مضادة ثانوية من الماعز مضادة للأرنب أو من الماعز مضادة للفأر مقترنة ببيروكسيداز الفجل وبتركيز تخفيف 1:5,000. وبعد غسيل إضافي، تم الكشف عن حزم البروتين باستخدام كاشف الكشف بالتألق الكيميائي المعزز. تم اختيار أقصر فترة تعريض تُنتج حزمًا غير مشبعة لجميع البروتينات المستهدفة، مع الحفاظ على إعدادات التعريض واكتساب الصور نفسها لجميع المجموعات على الغشاء ذاته.
تم قياس كمية حزم البروتين باستخدام برنامج تحليل الصور ImageJ بعد طرح الخلفية المحلية. وقد تم تطبيع مستويات Total AMPK وABCA1 وBAX وBCL-2 وcaspase-3 وIκB-α وphosphorylated IκB-α بالنسبة لـ GAPDH أو β-actin. كما تم حساب نسب phosphorylated AMPK إلى total AMPK ونسب phosphorylated p65 إلى total p65. وتم تطبيع مستويات Nuclear LXRα وp65 وphosphorylated p65 بالنسبة إلى histone H3، كما تم تطبيع القيمة المتوسطة لمجموعة Control أو si-NC ضمن كل تجربة مستقلة لتكون 1. وقد شمل التحليل فقط اللطخات التي أظهرت حزمًا منفصلة عند الأوزان الجزيئية المتوقعة، وخلفية منخفضة، وإشارات غير مشبعة، وضوابط تحميل قابلة للمقارنة. أما الأغشية التي أظهرت مسارات مشوهة، أو انتقالًا غير مكتمل للبروتين، أو خلفية مفرطة، أو تشبعًا في الإشارة، فقد تمت إعادة معالجتها أو استبعادها. وقد أُجريت ثلاث تجارب مستقلة باستخدام محللات بروتينية تم تحضيرها بشكل منفصل.
مقايسة الإزاحة الحرارية للخلايا
تم استزراع خلايا RAW264.7 بكثافة 3 × 106 خلية في 10 mL من وسط الزرع في أطباق زرع قطرها 100 mm وحُضنت طوال الليل. حُصدت الخلايا، وغُسلت مرتين باستخدام PBS مبرد بالثلج، ثم تم تحللها لمدة 30 min على الثلج في PBS يحتوي على 0.4% NP-40 ومثبطات البروتياز والفوسفاتاز، ثم طُردت مركزياً عند 20,000 × g لمدة 20 min عند 4°C. عُدلت تركيزات البروتين في المستخلصات المصفاة لتصبح 2 mg/mL. حُضنت أحجام متساوية من المستخلص المصفى إما مع 20 µM PF أو 0.1% DMSO لمدة 1 h في درجة حرارة الغرفة. قُسمت كل عينة إلى حصص بحجم 50 µL وسُخنت لمدة 3 min عند 37°C، أو 41°C، أو 45°C، أو 49°C، أو 53°C، أو 57°C، أو 61°C، أو 65°C، أو 69°C، أو 73°C. بُردت العينات فوراً عند 4°C لمدة 3 min وطُردت مركزياً عند 20,000 × g لمدة 20 min عند 4°C. حُللت أحجام متساوية من الرواسب الطافية الذائبة بواسطة تقنية western blotting للكشف عن AMPK وAMPK المفسفر. عُيرت الإشارة التي تم الحصول عليها عند كل درجة حرارة وفقاً للإشارة المقابلة عند 37°C، والتي اعتُبرت بنسبة 100%. تم رسم وفرة البروتين الذائب كدالة في درجة الحرارة، وكُرّر الاختبار كاملاً ثلاث مرات باستخدام خلايا مُستزرعة بشكل مستقل. شمل التحليل فقط التجارب التي أظهرت حزمة مرجعية قابلة للكشف عند 37°C، وفقداناً تدريجياً لبروتين AMPK الذائب مع زيادة درجة الحرارة، وغياب التشوه الشديد في مسارات الفصل أو الزيادات غير الطبيعية في البروتين الذائب عند أعلى درجات الحرارة.
تحليل التدفق الخلوي
تم استزراع خلايا RAW264.7 بكثافة 5 × 105 خلية لكل بئر في 2 mL من وسط الزرع في أطباق ذات 6 آبار. وبعد المعالجة، غُسلت الخلايا مرتين باستخدام PBS مبرد بالثلج، ثم فُصلت بلطف باستخدام كاشطة الخلايا في PBS يحتوي على 2% من مصل الجنين البقري و 2 mM EDTA. تم طرد مركزي لمعلقات الخلايا عند 400 × g لمدة 5 min عند 4°C، وغُسلت مرتين باستخدام PBS، وضُبطت لتصل إلى تركيز 1 × 106 خلية لكل عينة تقريبًا. صُبغت الخلايا بصبغة حيوية تفاعلية مع الأمينات وقابلة للتثبيت لمدة 20 min في درجة حرارة الغرفة وفي الظلام. وبعد الغسيل، تم حجب مستقبلات Fc باستخدام جسم مضاد anti-mouse CD16/32 لمدة 15 min عند 4°C. أضيفت أجسام مضادة مقترنة بفلوروكروم ضد CD45 و CD11b و F4/80 و CD86 و CD206 بمقدار 5 µL لكل جسم مضاد لكل 1 × 106 خلية، وحُضنت الخلايا لمدة 30 min عند 4°C في الظلام.
بعد صبغ الأجسام المضادة، غُسلت الخلايا مرتين، وأُعيد تعليقها في 300 µL من محلول التصبغ المنظم، ثم حُللت بواسطة قياس التدفق الخلوي. تم الحصول على ما لا يقل عن 50,000 حدث إجمالي، وكلما أمكن، ما لا يقل عن 20,000 حدث من خلايا CD45⁺CD11b⁺F4/80⁺ الحيوية لكل عينة. تضمنت التجارب ضوابط غير مصبوغة، وضوابط تعويض مصبوغة بصبغة واحدة، وضوابط "طرح فلورسنت واحد" (fluorescence-minus-one) لكل من CD86 وCD206. طُبقت مصفوفة التعويض نفسها على جميع مجموعات العلاج ضمن كل تجربة. استُبعدت الحطام الخلوي بناءً على خصائص التشتت الأمامي والجانبي، واستُبعدت الخلايا المزدوجة باستخدام مساحة التشتت الأمامي مقابل ارتفاع التشتت الأمامي. تم تحديد الخلايا السلبية لصبغة الحيوية، وتحديد بوابات (gated) خلايا CD45⁺، وعُرّفت البلاعم بأنها خلايا CD11b⁺F4/80⁺. تم قياس كمية خلايا CD86⁺ وCD206⁺ ضمن بوابة البلاعم باستخدام عتبات تم تحديدها من ضوابط "طرح فلورسنت واحد" المقابلة. طُبق نفس التسلسل الهرمي للبوابات على جميع العينات. تم تحضير معلق خلوي مصبوغ واحد من كل بئر من الآبار الثلاثة المكررة، وحُسب متوسط النسب المئوية التي تم الحصول عليها من الآبار الثلاثة لإنتاج قيمة واحدة لكل تجربة مستقلة. كُررت التجربة ثلاث مرات باستخدام خلايا مستنبتة بشكل مستقل.
السلامة والتخلص من النفايات
أُجريت جميع إجراءات زراعة الخلايا، والتعامل مع ox-LDL، ومعالجة المواد المشتقة من الخلايا داخل كبينة سلامة بيولوجية من الفئة الثانية وفقًا لممارسات المستوى الثاني من السلامة البيولوجية. كما تم ارتداء معاطف المختبر، والقفازات، ووسائل حماية العين طوال جميع الإجراءات. وعُقمت أسطح العمل والمعدات بعد الاستخدام. تم التعامل مع الفورمالدهيد والبارافورمالدهيد باتباع الاحتياطات المناسبة نظرًا لسميتهما وإمكانية تسببهما في السرطان. كما تم التعامل مع المثبتات، ومحاليل Oil Red O، والمحاليل التي تحتوي على DMSO، ومحاليل الصبغ الفلورية باستخدام معدات الوقاية الشخصية المناسبة والتهوية الكافية. وجُمعت المثبتات، ومحاليل الصبغ، والمحاليل التي تحتوي على DMSO، وأوساط الزراعة التي تحتوي على ox-LDL بشكل منفصل، وتخلص منها كنفايات كيميائية خطرة وفقًا للوائح المؤسسة. أما أوساط الزراعة التي تحتوي على خلايا، والمستهلكات الملوثة، وعينات قياس التدفق الخلوي فقد عُوملت كنفايات بيولوجية. وعُقمت النفايات البيولوجية السائلة باستخدام هيبوكلوريت الصوديوم بتركيز 10% المُحضّر حديثًا لمدة 30 min على الأقل، بينما عُقمت النفايات البيولوجية الصلبة بجهاز الأوتوكلاف قبل التخلص منها وفقًا لإجراءات السلامة البيولوجية المؤسسية.
التحليل الإحصائي
أُجريت جميع التحليلات الإحصائية باستخدام برنامج GraphPad Prism الإحصائي (الإصدار 10.1.2). وتُعرض البيانات على شكل المتوسط ± الانحراف المعياري. تمثل قيمة n عدد التجارب المستقلة بدلاً من عدد آبار المكررات التقنية، أو قياسات الأجهزة، أو الحقول المجهرية. واستُخدمت القيم المتوسطة ذات التسلسل الهرمي التي تم الحصول عليها من كل تجربة مستقلة، كما هو موضح في الأقسام السابقة، في جميع التحليلات الإحصائية. أُجريت المقارنات بين مجموعتين باستخدام اختبار Student's t-test غير المقترن ثنائي الذيل. أما المقارنات بين ثلاث مجموعات أو أكثر، فقد أُجريت باستخدام تحليل التباين أحادي الاتجاه (one-way analysis of variance) متبوعاً باختبار Tukey للمقارنات المتعددة. كانت جميع الاختبارات الإحصائية ثنائية الجانب، واعتُبرت قيمة p <0.05 ذات دلالة إحصائية.