أُجريت الدراسة وفقاً لإعلان هلسنكي، واعتمدت لجنة الأخلاقيات في المستشفى الثاني التابع لجامعة نانجينغ الطبية البروتوكول (رقم الموافقة: 2021-KY-100-01). كما تم الحصول على موافقة مستنيرة مكتوبة من جميع المشاركين.
أُجريت هذه الدراسة الرصدية الاسترجاعية أحادية المركز في قسم أمراض الأعصاب بالمستشفى التابع الثاني لجامعة نانجينغ الطبية. وفي الفترة من يناير 2022 إلى ديسمبر 2023، تم إدراج ما مجموعه 32 مريضًا يعانون من مرض باركنسون الأولي والذين استوفوا المعايير التشخيصية لمرض باركنسون (إصدار 2020). وفي النهاية، تم إدراج ستة مرضى استوفوا معايير الاختيار الصارمة وأكملوا جميع إجراءات الدراسة في التحليل اللاحق. وتظهر تفاصيل الفحص والاستبعاد والمتابعة في الشكل التكميلي 1.
جمع عينات البراز وتحليل المجتمع الميكروبي
تم الحصول على ميكروبيوتات البراز من متطوعين أصحاء. وقد أجريت عملية فحص المتبرعين بدقة وفقاً للتوافق الصيني لخبراء التطبيقات السريرية لزراعة ميكروبيوتات البراز. معايير قبول المتبرعين: السن من 18 إلى 40 عاماً، مع عدم وجود تاريخ من الأمراض المزمنة؛ وعدم وجود تاريخ من أمراض الجهاز الهضمي، أو الاضطرابات الأيضية، أو أمراض المناعة الذاتية، أو الاضطرابات النفسية؛ وعدم استخدام المضادات الحيوية، أو البروبيوتيك، أو مثبطات المناعة، أو مثبطات مضخة البروتون خلال الأشهر الثلاثة الماضية؛ وعدم السفر إلى مناطق موبوءة، أو نقل الدم، أو وجود تاريخ جراحي خلال الأشهر الستة الماضية. يشمل فحص الدم والبراز لاستبعاد الأمراض المعدية والمسببات المرضية ما يلي: فيروس نقص المناعة البشرية (HIV)، وفيروس التهاب الكبد B (HBV)، وفيروس التهاب الكبد C (HCV)، وTreponema pallidum، وClostridium difficile، وSalmonella، وShigella، وCampylobacter، وEscherichia coli الممرضة، والفيروسات المعوية، والطفيليات. يجب ألا يقل حجم عينة البراز الواحدة الصالحة عن 50 g. وباستخدام نظام آلي لتنقية ميكروبيوتات البراز (انظر جدول المواد)، أضيف 500 mL من المحلول الملحي المعقم إلى كل 100 g من البراز الطازج، مع إجراء ثلاث جولات من الطرد المركزي والغسيل المعياري (700 × g، لمدة 3 min)، ثم يتم التلقيح مباشرة بعد تحضير معلق بالمحلول الملحي المعقم بنسبة حجمية 1:2. تلقى الخاضعون للدراسة حقنة واحدة بحجم 150 mL من المعلق الذي يحتوي على ما يقرب من 5 × 10^13 من البكتيريا الحية13.
تلقى جميع المرضى عملية نقل ميكروبيوم الأمعاء (FMT) عن طريق تنظير القولون، مع دفع المنظار وصولاً إلى الأعور والقولون الصاعد؛ حيث تم حقن المعلق ببطء وبشكل متساوٍ عبر قناة الخزعة لتعزيز الاستعمار التفضيلي للقولون الأيمن. وبعد الحقن، ظل المرضى في وضعية الاستلقاء الجانبي الأيمن لمدة ساعتين على الأقل. وقبل الإجراء، اتبع المرضى نظاماً غذائياً منخفض البقايا لمدة 3 أيام، ثم نظاماً غذائياً سائلاً كاملاً لمدة 24 h قبل الإجراء، مع الصيام عن المواد الصلبة لمدة 6 h وعن السوائل لمدة 2 h قبل الحقن. وفي مساء اليوم السابق للنقل، أُجري تنظيف قياسي للأمعاء بالكامل باستخدام محلول البولي إيثيلين جلايكول الإلكتروليتي حتى الحصول على إفرازات صافية وخالية من البراز. وشملت القيود الدوائية الامتناع عن تناول المضادات الحيوية الجهازية لمدة 72 h على الأقل قبل عملية FMT وتجنبها لمدة أسبوع بعد ذلك. كما يتم إيقاف مثبطات مضخة البروتون (PPIs) قبل 24–48 h من الإجراء، وتُعلق الملينات والبروبيوتيك في يوم عملية النقل.
خلال الإجراء، تمت مراقبة معدل ضربات القلب وضغط الدم وتشبع الأكسجين بشكل مستمر، مع ملاحظة أي أعراض مثل انتفاخ البطن أو الألم أو الغثيان؛ وتم إيقاف التسريب فوراً في حال حدوث ألم شديد في البطن أو انخفاض في ضغط الدم. وخلال الأيام السبعة الأولى بعد الزرع، تم إجراء متابعة يومية لتسجيل تكرار حركة الأمعاء وقوام البراز وجميع الأحداث الضائرة، بما في ذلك ألم البطن والإسهال والحمى وتبرز الدم. وامتدت المتابعة طويلة المدى إلى 5 أشهر، مع جدولة أخذ عينات من البراز لتحليل ميكروبيوم الأمعاء وإجراء تقييمات سريرية باستخدام مقياس توحيد تقييم مرض باركنسون (UPDRS) ومقياس ويكسنر للإمساك، إلى جانب توثيق التغيرات في الأعراض واستخدام الأدوية المصاحبة، وذلك لتقييم الفعالية والسلامة بشكل شامل.
جُمعت عينات البراز في ست نقاط زمنية: قبل عملية نقل ميكروبيوم الأمعاء (FMT)، وفي الأشهر 1 و2 و3 و4 و5 بعد العملية. تلقى جميع المشاركين تعليمات موحدة لجمع عينات البراز. جُمِع ما يقرب من 10–20 g من الجزء الأوسط من البراز باستخدام ملاقط معقمة ووُضعت في حاويات جمع معقمة. نُقلت العينات إلى المختبر خلال 2–3 h من الجمع، وقام باحثون مدربون بتقسيمها إلى حصص في أنابيب طرد مركزي دقيقة معقمة سعة 1.5 mL (انظر جدول المواد) تحت ظروف تعقيم. خُزنت جميع الحصص فوراً عند −80 °C لحين إجراء المزيد من التحليلات.
بعد جمع عينات البراز، نُقلت جميع العينات على الجليد الجاف إلى مزود تسلسل تجاري (انظر جدول المواد) لإجراء تسلسل جين 16S rRNA. وتم تنفيذ تحضير المكتبة، والتسلسل، ومراقبة الجودة الأولية وفقاً للبروتوكول القياسي للمزود. استُخلص الحمض النووي الجينومي من كل عينة براز، وتم تضخيم المناطق مفرطة التغير V3–V4 من جين 16S rRNA البكتيري بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) باستخدام البادئات 341F و 805R. أُجري التسلسل على منصة تسلسل ذات قراءات قصيرة مكتبية (انظر جدول المواد) باستخدام كيمياء النهاية المزدوجة 2 × 300 bp لتوصيف الملامح الميكروبية المعوية للمرضى قبل عملية FMT وفي نقاط زمنية مختلفة للمتابعة بعد FMT. وبعد التسلسل، تمت معالجة القراءات الخام للحصول على تسلسلات عالية الجودة للتحليل الميكروبي اللاحق. وأُجري التصنيف التصنيفي باستخدام حزمة تعيين تصنيفي تجارية لـ 16S وقاعدة بيانات تحديد الميكروبات المرتبطة بها (انظر جدول المواد). واستُخدمت الملامح التصنيفية الناتجة في التحليلات اللاحقة للتنوع الميكروبي، وتكوين المجتمع، والوفرة التفاضلية، والوظيفة الميكروبية المتوقعة.
التقييمات السريرية والتصنيفات التحليلية
تم تقسيم المرضى المصابين بمرض باركنسون (PD) إلى مجموعتين حسب شدة المرض بناءً على مدة الإصابة: مجموعة شديدة الإصابة (>6 سنوات، ويرمز لها بـ "_H") ومجموعة قليلة الإصابة (≤6 سنوات، ويرمز لها بـ "_L"). عُرفت عينات البراز التي جُمعت قبل زراعة الميكروبيوم البرازي (FMT) بأنها عينات أساسية، وسُميت FB_H أو FB_L وفقاً لمجموعة الشدة المقابلة. أما العينات التي جُمعت بعد مرور شهر واحد، وشهرين، و3 أشهر، و4 أشهر، و5 أشهر من زراعة الميكروبيوم البرازي، فقد سُميت FP1M_H وFP2M_H وFP3M_H وFP4M_H وFP5M_H للمجموعة شديدة الإصابة، وFP1M_L وFP2M_L وFP3M_L وFP4M_L وFP5M_L للمجموعة قليلة الإصابة. شملت المعايير السريرية التي تم تقييمها مقياس ويكسنر للإمساك، ومقياس الأعراض غير الحركية (NMSS)، واستبيان الأعراض غير الحركية (NMSQ)، وجرد الاضطرابات النفسية العصبية (NPI)، ومرحلة هوهن-يار، ومقياس أنشطة الحياة اليومية (ADL)، ومؤشر بيتسبرغ لجودة النوم (PSQI)، ومقياس UPDRS الأصلي (I–VI)، وإجمالي درجة UPDRS. استُخدم مزيج من الطرق الإحصائية الوصفية والاستنتاجية لتحليل التغيرات في المؤشرات السريرية لمرضى باركنسون في المجموعة شديدة الإصابة (مجموعة _H) والمجموعة قليلة الإصابة (مجموعة _L) عبر ست نقاط زمنية. ولاستكشاف الفروق بين المجموعتين أولياً عبر جميع النقاط الزمنية، تمت مقارنة توزيعات المؤشرات بين مجموعتي _H و_L عند كل نقطة زمنية باستخدام اختبار ويلكوكسون لمجموع الرتب، كما طُبق نموذج خطي مختلط (LMM) أكثر صرامة مع تقاطعات عشوائية خاصة بكل مريض. ونظراً لمحدودية حجم العينة، قُدمت نتائج نموذج التأثيرات المختلطة كمرجع استكشافي فقط. كانت الغاية الأساسية من هذه الدراسة الاستكشافية هي قياس التغير في تنوع وتركيب ميكروبيوم الأمعاء من الخط الأساسي إلى النقاط الزمنية التي تلت زراعة الميكروبيوم البرازي، مع تقييم التغيرات السريرية كغايات ثانوية.
تجميع وحدات التصنيف التشغيلية (OTU)، وتحليل التنوع، والوفرة التصنيفية
استُخدمت الوحدات التصنيفية التشغيلية (OTUs) لتلخيص تركيب المجتمع الميكروبي، وجُمّعت التسلسلات التي تبلغ نسبة تشابهها ≥97% في نفس الـ OTU. كما تم تقييم عمق التسلسل باستخدام منحنيات التخفيف القائمة على مؤشر Shannon، حيث يشير استقرار المنحنيات (plateaus) عموماً إلى تغطية كافية لتحليلات التنوع اللاحقة.
تم تقييم التنوع ألفا (Alpha diversity) باستخدام مؤشري Chao1 وتقدير التغطية القائم على الوفرة (ACE) لقياس الغنى الميكروبي، ومؤشري Shannon وSimpson لقياس التنوع العام والتكافؤ. كما تم تقييم التنوع بيتا (Beta diversity) باستخدام مسافات UniFrac المرجحة وغير المرجحة، متبوعة بتحليل الإحداثيات الرئيسية (PCoA) لتصور الاختلافات في تكوين المجتمع الميكروبي بين المجموعات. وتم تقييم الاختلافات بين المجموعات في التنوع ألفا وبيتا باستخدام الاختبارات غير المعلمية وتحليل التباين متعدد المتغيرات التبديلى (PERMANOVA)، على التوالي، كما هو موضح في قسم التحليل الإحصائي.
تم تلخيص التركيب التصنيفي على مستويات الشعبة، والطائفة، والرتبة، والفصيلة، والجنس بناءً على بيانات تسلسل جين 16S rRNA. وباستخدام حزمة تحليل الإيكولوجيا المجتمعية لبرنامج R (انظر جدول المواد)، يتم تحديد وتصوير أكثر 10 أصناف وفرة عند كل مستوى تصنيفي. عُرضت الملامح التصنيفية باستخدام المخططات الشريطية، وتمت مقارنة أصناف مختارة بشكل أكبر بين المجموعات باستخدام المخططات الصندوقية.
تحليل الوفرة التفاضلية للأصناف الميكروبية
تم تحديد الأصناف ذات الوفرة المتباينة بين المجموعات المحددة مسبقاً باستخدام تحليل حجم تأثير التمييز الخطي (LEfSe). يدمج تحليل LEfSe بين اختبار كروكسال-واليس، واختبار ويلكوكسون، والتحليل التمييزي الخطي (LDA) لتحديد الأصناف التي تتمتع بكل من الدلالة الإحصائية والقيمة التمييزية. واعتُبرت الأصناف ذات القيمة P < 0.05 ودرجة LDA (log10) > 3 ذات وفرة متباينة. وتم تمثيل الوفرة النسبية للأصناف التمييزية بيانياً باستخدام مخططات شريطية تصنيفية.
التنبؤ الوظيفي وتحليل الارتباط السريري
تم استنتاج ملفات تعريف الوظائف المتوقعة للميكروبيوم المعوي من بيانات تسلسل جين 16S rRNA باستخدام برنامج Tax4Fun2، وتم توصيفها وفقاً لقاعدة بيانات موسوعة كيوتو للجينات والجينومات (KEGG). كما تم تحديد المسارات المتوقعة المثرية تفاضلياً باستخدام تحليل LEfSe، مع اعتماد P < 0.05 ودرجة LDA (log10) > 3 كحدود فاصلة. ونظراً لأن ملفات التعريف الوظيفية هذه كانت مستنتجة وليست مقاسة مباشرة عن طريق مناهج الميتاجينوميات أو الميتابولوميات، فقد تم تفسيرها كاختلافات وظيفية متوقعة. كما أُجري تحليل ارتباط رتب سبيرمان لاستكشاف الارتباطات بين السمات الميكروبية والمؤشرات السريرية.
التحليل الإحصائي
أُجريت التحليلات الإحصائية باستخدام برنامج R (راجع جدول المواد). لُخصت المتغيرات السريرية في شكل وسيط ونطاقات (الحد الأدنى–الحد الأقصى). وقورنت مؤشرات التنوع ألفا (Alpha diversity) بين المجموعات باستخدام اختبار ويلكوكسون لمجموع الرتب (Wilcoxon rank-sum test)، بينما قُيم التنوع بيتا (beta diversity) عبر تحليل التباين المتعدد المتغيرات التبادلي (PERMANOVA) بـ 999 تبديلة. وحُددت الأصناف ذات الوفرة المتباينة والمسارات الوظيفية المتوقعة باستخدام أداة LEfSe، مع اعتبار P < 0.05 ودرجة LDA (log10) > 3 كعتبات للدلالة الإحصائية. وبالنسبة لتحليل الوفرة المتباينة الطولي، طُبق نموذج التأثيرات المختلطة مع تقاطعات عشوائية خاصة بكل مريض، يليه إجراء مقارنات زوجية بعدية (post-hoc) مع تصحيح بنجاميني-هوتشبرج لمعدل الاكتشاف الخاطئ. واستُخدم تحليل ارتباط الرتب لسبيرمان لتقييم الارتباطات بين سمات الميكروبات المعوية والمؤشرات السريرية، مع تطبيق تصحيح بنجاميني-هوتشبرج لمعدل الاكتشاف الخاطئ على قيم P الخاصة بالارتباط. واعتُبرت القيمة P < 0.05 ثنائية الجانب ذات دلالة إحصائية. كما طُبق تصحيح المقارنات المتعددة على تحليلات الارتباط والوفرة التصنيفية. ونظراً لصغر حجم العينة وتصميم أخذ العينات الطولي المتكرر، اعتبرت التحليلات الإحصائية استكشافية، وفُسرت النتائج بحذر.