Name: تقدير معدلات الإنتاج الفيروسات في النظم المائية (فيديو) | JoVE Journal
Uploaded: 2010-09-22T17:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 49 s
Description: اكتشف طريقة تقدير معدلات إنتاج الفيروسات في المجتمعات الميكروبية المائية باستخدام تقنية التخفيف والحضانة. تساعد هذه الطريقة الباحثين على فهم دور الفيروسات في تنظيم المجتمعات الميكروبية.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

وأيد نشر هذا المقال عن طريق منحة من مكتب البحوث في جامعة ولاية تينيسي. المؤلفان بالشكر إلى الجيل السابق من الطلاب والباحثين التي عملت على صقل هذه الإجراءات. وأيد البحوث من المنح المقدمة من مؤسسة العلوم الوطنية (NSF - 0851113 ، 0825405 ، وجبهة الخلاص الوطني ، جبهة الخلاص الوطني 0550485).

1. الفائق من مياه البحر لتوليد "خالية من الفيروسات" المياه (ويلهلم Poorvin 2001) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يتم جمعها من مياه البحر حوالي 20L / lakewater كما جو معقم و مطهر ممكن. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> غير متسلسل prefiltered المياه من خلال 142 ملم قطرها 0.8 البولي مرشحات ميكرومتر التي يمكن الاحتفاظ بها في -20 درجة مئوية لتحليل المجتمع. ويمكن استخدام مرشحات أكبر حجم المسام قبل هذه الخطوة لأنظمة مثمرة للغاية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> للحصول على المياه ultrafiltered من نظام M12 Amicon (ميليبور) يستخدم لمدة 30 خرطوشة دوامة كيلو دالتون ، قطع لاستبعاد كل الفيروسات ، وحتى الصغيرة فيروسات الحمض النووي الريبي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تتم معالجة العينات وتتركز في سرعة ~ 25 ٪ مع باسكال 15-16 ~ من الضغط الخلفي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وسوف تبقى من العينة 500 مل من الماء ~ تحتوي على الفيروس يتركز المجتمع (والتي يمكن حفظها لتجارب أخرى) ، في حين سيتم استخدام ما تبقى من 19.5 لتر من المياه للفيروسات مجانا للفحوصات الإنتاج الفيروسية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد كل يوم من الاستخدام ، يجب تنظيف M12 Amicon نظام لمنع تلف الغشاء من خرطوشة فلتر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا كنت تعمل مع مياه البحر ، وشطف الغشاء بها مع ما لا يقل عن 6L من الملة - Q المياه يليه الغسيل بمحلول هيدروكسيد الصوديوم 0.1N عن 30-45 دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> شطف مرة أخرى مع خرطوشة على الأقل من الملة 6L - Q المياه. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عند الانتهاء من استخدام نظام M12 ، ينبغي تخزين خرطوشة في دوامة 0.05MH 3 ص 4 حل في 4 درجات مئوية. </li></ol> 2. فيروس أسلوب الحد لإنتاج الفيروسي (فيلهلم وآخرون 2002) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يصل الى 500 مل من العينة مياه البحر / lakewater مع الحصول على كل من الدول المضيفة والفيروسات وضعت في وحدة sterifilter مع انخفاض 0.2 ميكرومتر مسام الحجم الاسمي البروتين الملزمة تصفية (على سبيل المثال ، Durapore) الملقاة على عاتقها. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وبلطف ضغط على فراغ العينة 200 مم زئبق &lt;إعادة التعليق في حين باستمرار العينة باستخدام ماصة معقمة لمنع نقل خلايا بكتيرية من التركيز على تصفية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ببطء تضاف ثلاثة مجلدات من رشاحة مستدقة إلى تعليق البكتيرية لخفض كبير في عدد الفيروسات مجانا في العينة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وتضعف البكتيريا مرة أخرى إلى كسر 500 مليلتر من الماء للفيروس مجانا ، وتنقسم إلى ثلاثة مكررات من كل 150 مل وتوضع في زجاجات البولي واضحة 250ml. </li></ol> 3. تدفق الترشيح عرضية (TFF) طريقة لإنتاج الفيروسي (Weinbauer وآخرون 2002 ، Winget وآخرون ، 2005) TFF يمثل نهجا بديلا لأسلوب الحد الفيروسية. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ويتم جمع ما يقرب من 500 مليلتر من العينة الطبيعية على النحو المبين أعلاه. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وتتركز هذه العينة باستخدام 0.2 ميكرومتر الاسمية مسام حجم تدفق الترشيح عرضية النظام. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عندما يتم تقليل نسبة البكتيريا إلى حوالي 10-15 مل ، يضاف ultrafiltered ، خالية من الفيروسات المياه وتوزيعها على النحو الوارد أعلاه. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يتم تحضين الزجاجات تكرار في الوضع الطبيعي في ظل ظروف استخدام غرف البيئية. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يتم تغيير مستويات الضوء على ظروف السطح باستخدام زرقاء ملون الاكريليك الاكريليك أو الفرز واضحة مع انخفاض صافي شدة الضوء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> غالبا ما يتم الحصول على درجات حرارة سطح المحيط باستخدام مياه البحر تتدفق على سطح السفينة الحاضنة. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وتؤخذ عينات لتقديرات وفرة البكتيرية والفيروسية في وقت 0 مع التركيز النهائي للغلوتارالدهيد العقيمة 2،0-2،5 ٪ تضاف الى cryovials. وعلى الفور هذه العينات فلاش المجمدة مع النيتروجين السائل وتخزينها مجمدة حتى معالجتها. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> اذا النيتروجين السائل لا يتوفر ، قد تكون على استعداد الشرائح المجهرية ومعالجتها فورا (انظر الإجراء أدناه) </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يتم جمع العينات الفرعية كل ساعة 2.5 لا يقل عن 10 ساعة من الطريقة الموصوفة أعلاه. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ربما في هذا الوقت يتم جمع المياه للتحليل PCR الكمي. ويمكن إضافة ما يصل إلى 5 مل من العينة إلى cryovial مع عدم وجود وكيل مثبت مع فلاش تجميد فوري في النيتروجين السائل. </li></ol></li></ol> 4. الفيروسية الميكروسكوب الإنتاج (وFuhrman نوبل عام 1998 ، ون جيا باو وآخرون 2004) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يجب إذابة العينات المجمدة لتكون 0.02 ميكرون ، تصفية للفحص المجهري على الجليد. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يعد حل الأسهم الخضراء SYBR بواسطة تمييع الحل 1:10 الأسهم مع الماء المعقم. القادم من الحل الأوراق المالية ، وتعد حلا العمل بإضافة 1mL من محلول المخزون إلى 39 مل من الماء المعقم. وينبغي أيضا الجلسرين 50 ٪ ، 50 ٪ فوسفات مخزنة حلول المالحة (PBS ، 0.05 م 2 نا هبو 4 ، 0.85 ٪ كلوريد الصوديوم ، ودرجة الحموضة 7.5) والحل الطازجة 2.5 ٪ من الأسهم ف phenylenediamine يكون مستعدا قبل بداية. الحفاظ على 50 ٪ حل PBS glycerol/50 ٪ في 4 درجات مئوية وphenylenediam - Pالمعهد الوطني للإحصاء المخزون في -20 درجة مئوية في الظلام حتى تبدأ. الحق قبل التصفية إضافة ف phenylenediamine إلى 50 ٪ PBS glycerol/50 ٪ لتركيز النهائي من 0.1 ٪ لاستخدامه كحل Antifade. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع 25 مم 0.02 ميكرون تصفية - Anodisc على رأس MicronStep - 0.45 ميكرون ، السليلوزية دعم مرشح. إضافة 850 ميليلتر من العينة ثابتة لأعلى Anodisc وفراغ في 20 الباكاف الحمضية حتى جفت تماما. مكان 100 ميكرولتر من محلول أخضر SYBR تعمل على طبق بتري معقمة و، مع فراغ لا يزال على إزالة بعناية Anodisc من برج تصفية ومكان على SYBR الخضراء. احتضان هذه العينات في الظلام في درجة حرارة الغرفة لمدة 20 دقيقة. إزالة بعناية مرشح من حل الخضراء SYBR الفتيل والجزء الخلفي من التصفية مع Kimwipe لإزالة كافة صبغ المتبقية. إذا رغبت في ذلك ، العودة إلى تصفية البرج وتمرير ما يصل الى 800 ميكرولتر من 0.02 ميكرون ، الماء المصفى أو وسائل الإعلام معقمة من خلال تصفية وصمة عار لشطف الزائدة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة قطرة صغيرة من محلول antifade على شريحة المجهر ووضع غطاء على رأس زلة. إزالة الغطاء زلة وإضافة إلى تصفية المجفف الشريحة المجهر مبللة بمحلول antifade. مرة أخرى ، إضافة كمية صغيرة من محلول antifade زلة لتغطية ومكان ببطء على أعلى من مرشح ، مع التأكد من التخلص من أي الفقاعات التي قد تشكل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تجمد على الفور الشرائح في -20 درجة مئوية لحين الحاجة إليها (وينبغي أن تستخدم هذه في غضون بضعة أشهر لمنع وخفض التهم يتلاشى الفيروس) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وترد الفيروسات باستخدام المجهر مضان (في حالتنا المجهر DMRXA ايكا) مع مجموعة واسعة تصفية الأزرق (λ = تحويلة 450-490 نانومتر ، λ = 510 نانومتر إم مع مرشح في قمع λ = 510 نانومتر). سيقوم كل مرشح على الأقل 20 حقول نظر عدها ، والتأكد من أن كمية الفيروسات من مجموع كل شبكة الميدانية لضمان توزيع عادل للفيروسات عبر غشاء التصفية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وبلغ متوسط ​​معدلات من تكرار الفيروس من المستقلين three متماثلة ومن ثم تحسب ويتم تحديد الانحراف المعياري من معدلات الإنتاج. </li></ol> 5. ممثل النتائج البيانات الأولية التي جمعها الباحث يتطلب الحد الأدنى من المعالجة الحسابية لتوليد معدلات تكرار وفرة الفيروس. مجموعة البيانات الأولية الناتجة عن هذه الدراسة هي معدلات تكرار وفرة الفيروس في العينات الفرعية من حضانات. هذه النتائج شكل انحدارات مستقلة وفرة الوقت ضد الفيروسات لكل من العينات. لكل عينة حضانات الفردية بمثابة علاج واحد ، حتى قبل إنجاز ثلاث نسخ ، الباحث حضانات يمكن حساب معدلات وكذلك تقدير الاختلاف (على سبيل المثال ، الانحراف المعياري) (انظر الشكل 1). التحذير واحدة من هذه العملية هو أن الحد من وفرة في الثوابت الفيروس يؤدي إلى انخفاض في الخلايا المضيفة في العينة التي تحمل عبء الفيروس. للتعويض عن هذه الخسارة ، والعد من وفرة من مصدر البكتيريا على السواء (فلتر مياه البحر أو مياه البحيرة) و= T عينة حضانة 0 ضرورية. ويمكن استخدام هذه المعلومات لحساب النسبة المئوية من الخلايا المفقودة : على افتراض أن عملية الحد من وفرة الفيروس ليس انتقائيا لصالح أو ضد أي من أفراد المجتمع الجرثومية ، ويمكن بعد ذلك أن هذا العامل يمكن استخدامها لتقدير معدل الإنتاج في الموقع من الفيروسات . <img src="/files/ftp_upload/2196/2196fig1.jpg" alt="الشكل 1" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="الشكل 1"> الشكل 1. وقد تم جمع عينات من إنتاج الفيروسات مثل الجزيئات على مدى 10 ساعة في الحضانة في ظروف الموقع باستخدام المجهر epifluorescence. العوالق النباتية خلال ازهر قبالة سواحل نيوزيلندا في شهر سبتمبر من عام 2008. <img src="/files/ftp_upload/2196/2196fig2.jpg" alt="الشكل 2" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="الشكل 2"> الشكل 2. رسم تخطيطي للعملية تدفق العمل لمعايرة الانتاج الفيروس. تبدأ العملية مع الفائق عينة من المياه لتوليد المياه خالية من الفيروسات. اكتمال هذا باستخدام نظام الترشيح الفائق. في عينات المياه موازية يتم جمعها من نفس الموقع والفيروسات حرة مرت من خلال مرشح في حين يتم الاحتفاظ المجتمع الميكروبية (التي تحتوي على خليط من الخلايا المصابة وغير المصابة). هو معلق ثم هذا المجتمع في الماء فيروس مجانا وحضنت تحت ظروف الموقع. ثم يتم رصد معدل تكرار الفيروسات للساعات ال 10 المقبلة لتحديد معدلات إنتاج الفيروس.

<ol><li>Higgins, J. L., Kudo, I., Nishioka, J., Tsuda, A., Wilhelm, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+response+of+the+virus+community+to+a+mesoscale+iron+fertilization+in+the+sub-Arctic+Pacific+Ocean%5BTitle%5D)+AND+%22Deep-Sea+Res+II%22%5BJournal%5D)">The response of the virus community to a mesoscale iron fertilization in the sub-Arctic Pacific Ocean.</a> Deep-Sea Res II. 56, 2788-2795 (2009).</li>
<li>Mioni, C. E., Poorvin, L., Wilhelm, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Virus+and+siderophore-mediated+transfer+of+available+Fe+between+heterotrophic+bacteria%3A+characterization+using+a+Fe-specific+bioreporter%5BTitle%5D)+AND+%22Aquat+Microb+Ecol%22%5BJournal%5D)">Virus and siderophore-mediated transfer of available Fe between heterotrophic bacteria: characterization using a Fe-specific bioreporter.</a> Aquat Microb Ecol. 41, 233-245 (2005).</li>
<li>Noble, R. T., Fuhrman, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+SYBR+Green+I+for+rapid+epifluorescence+counts+of+marine+viruses+and+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Aquat+Microb+Ecol%22%5BJournal%5D)">Use of SYBR Green I for rapid epifluorescence counts of marine viruses and bacteria.</a> Aquat Microb Ecol. 14, 113-118 (1998).</li>
<li>Parada, V., Herndl, G., Weinbauer, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viral+burst+size+of+heterotrophic+prokaryotes+in+aquatic+systems%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mar+Biol+Assoc+U+K%22%5BJournal%5D)">Viral burst size of heterotrophic prokaryotes in aquatic systems.</a> J Mar Biol Assoc U K. 86, 613-621 (2006).</li>
<li>Poorvin, L., Rinta-Kanto, J. M., Hutchins, D. A., Wilhelm, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viral+release+of+Fe+and+its+bioavailability+to+marine+plankton%5BTitle%5D)+AND+%22Limnol+Oceanogr%22%5BJournal%5D)">Viral release of Fe and its bioavailability to marine plankton.</a> Limnol Oceanogr. 49, 1734-1741 Forthcoming.</li>
<li>Rowe, J. M., Saxton, M. A., Cottrell, M. T., DeBruyn, J. M., Berg, G. M., Kirchman, D. L., Hutchins, D. A., Wilhelm, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Constraints+on+virus+production+in+the+Sargasso+Sea+and+North+Atlantic%5BTitle%5D)+AND+%22Aquat+Microb+Ecol%22%5BJournal%5D)">Constraints on virus production in the Sargasso Sea and North Atlantic.</a> Aquat Microb Ecol. 52, 233-244 (2008).</li>
<li>Weinbauer, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ecology+of+prokaryotic+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Rev%22%5BJournal%5D)">Ecology of prokaryotic viruses.</a> FEMS Microbiol Rev. 28, 127-181 (2004).</li>
<li>Weinbauer, M. G., Peduzzi, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Frequency%2C+size+and+distribution+of+bacteriophages+in+different+marine+morphotypes%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Ecol+Prog+Ser%22%5BJournal%5D)">Frequency, size and distribution of bacteriophages in different marine morphotypes.</a> Mar Ecol Prog Ser. 108, 11-20 (1994).</li>
<li>Weinbauer, M. G., Winter, C., H&ouml, fle, G, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reconsidering+transmission+electron+microscopy+based+estimates+of+viral+infection+of+bacterioplankton+using+conversion+factors+derived+from+natural+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Aquat+Microb+Ecol%22%5BJournal%5D)">Reconsidering transmission electron microscopy based estimates of viral infection of bacterioplankton using conversion factors derived from natural communities.</a> Aquat Microb Ecol. 27, 103-110 (2002).</li>
<li>Wen, K., Ortmann, A. C., Suttle, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Accurate+estimation+of+viral+abundance+by+epifluorescence+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Accurate estimation of viral abundance by epifluorescence microscopy.</a> Appl Environ Microbiol. 70, 3862-3867 (2004).</li>
<li>Wilhelm, S. W., Brigden, S. M., Suttle, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+dilution+technique+for+the+direct+measurement+of+viral+production%3A+a+comparison+in+stratified+and+tidally+mixed+coastal+waters%5BTitle%5D)+AND+%22Microb+Ecol%22%5BJournal%5D)">A dilution technique for the direct measurement of viral production: a comparison in stratified and tidally mixed coastal waters.</a> Microb Ecol. 43, 168-173 (2002).</li>
<li>Wilhelm, S. W., Matteson, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Freshwater+and+marine+virioplankton%3A+a+brief+overview+of+commonalities+and+differences%5BTitle%5D)+AND+%22Freshw+Biol%22%5BJournal%5D)">Freshwater and marine virioplankton: a brief overview of commonalities and differences.</a> Freshw Biol. 53, 1076-1089 (2008).</li>
<li>Wilhelm, S. W., Poorvin, L. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aWilhelm%2C+SW+%22Quantification+of+algal+viruses+in+marine+samples%22">Quantification of algal viruses in marine samples</a>. Paul, J. H. , Academic Press. London, UK. 53-66 (2001).</li>
<li>Wilhelm, S. W., Suttle, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viruses+and+nutrient+cycles+in+the+sea%5BTitle%5D)+AND+%22Bioscience%22%5BJournal%5D)">Viruses and nutrient cycles in the sea.</a> Bioscience. 49, 781-788 (1999).</li>
<li>Wilhelm, S. W., Weinbauer, M. G., Suttle, C. A., Jeffrey, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+sunlight+in+the+removal+and+repair+of+viruses+in+the+sea%5BTitle%5D)+AND+%22Limnol+Oceanogr%22%5BJournal%5D)">The role of sunlight in the removal and repair of viruses in the sea.</a> Limnol Oceanogr. 43, 586-592 (1998).</li>
<li>Winget, D. M., Williamson, K. E., Helton, R. R., Wommack, K. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tangential+flow+diafiltration%3A+an+improved+technique+for+estimation+of+virioplankton+production%5BTitle%5D)+AND+%22Aquat+Microb+Ecol%22%5BJournal%5D)">Tangential flow diafiltration: an improved technique for estimation of virioplankton production.</a> Aquat Microb Ecol. 41, 221-232 (2005).</li>
</ol>

الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

وثمة عنصر حاسم في فهم كيفية تأثير الفيروسات المجتمعات الميكروبية البحرية لتحديد المعدل الذي يتم إنتاج جسيمات الفيروس. بالنظر إلى أن الكميات المتوفرة هي (أكثر أو أقل) ثابتة في معظم أنظمة (ويلهلم Suttle 1999 ، Weinbauer 2004) ، وتتم إزالة تلك الفيروسات أو جعلها غير المعدية بسرعة في النظم المائية (ويلهلم وآخرون 1998) ، ثم يجب أن تكون معدلات الإنتاج النسبية السريع ليحل محل جزيئات المفقودة. تقدير معدل وفيات الفيروسات تتسبب في المجتمع الميكروبية يتطلب معرفة كيفية العديد من الفيروسات يتم إنتاجها في كل مرة فيروس lyses خلية (&quot;حجم الانفجار&quot;). يمكن أن تنفجر أحجام الفيروس في عينات طبيعية تختلف إلى حد كبير. ويمكن تحديد أحجام انفجر مباشرة انتقال المجهر الإلكتروني (على سبيل المثال ، وWeinbauer Peduzzi 1994) ، ولكن هذا غالبا ما يتجاوز قدرات مختبر معين ، أو ليست دائما عملية. في الحالات التي لا يمكن تحديدها تجريبيا ، يمكن استخدام قيم الأدب من 24 فيروسات في حال lytic للأنظمة البحرية و 34 لنظم المياه العذبة (بارادا وآخرون 2006). إذا تم تقسيم معدل إنتاج الفيروس عن طريق هذا الرقم ، والنتيجة هي وفرة من الخلايا لكل وحدة التخزين التي دمرتها الفيروسات على أساس يومي. ثم يمكن لهذه الميكروبات lysed تكون القيمة مقسوما على وفرة المخزون يقف الجرثومي مما أسفر عن وفيات الفيروس الناجم عن النظام في السؤال : تتراوح التقديرات الحالية في المئة من عدد قليل من السكان تقريبا كامل وغالبا ما تعتمد على عوامل أخرى في النظام في السؤال (ويلهلم وماتيسون 2008). لتحديد النسبة المئوية من مجموع الوفيات في كثير من الأحيان يتم ضرب هذا الرقم من قبل اثنين من (العمل من افتراض أن 50 ٪ من الخلايا تستمر في التكاثر ويتم فقدان 50 ٪ من الخلايا ، Weinbauer 2004). نظرا إلى أن المواد الغذائية وتتبع عنصر التوافر البيولوجي (على سبيل المثال ، N ، P ، الحديد) يمكن أن يحد من معدل الإنتاجية الأولية ، وكما تدفق الكربون من هذا القبيل ، من خلال النظم المائية ، وفهم دور وفيات فيروس يحركها الميكروبية في هذه العملية أصبحت تهم geochemists البحرية. وتوجد حاليا عدة تقديرات تشير إلى أن الفيروسات الافراج عن تركيزات كبيرة من العناصر الغذائية مرة أخرى إلى عمود الماء على أساس يومي (رو وآخرون 2008 ، هيغنز وآخرون 2009) والتي يتم استيعابها بسرعة هذه العناصر من قبل المجتمع الجرثومية (Poorvin وآخرون بن ، 2004 ، Mioni وآخرون 2005). ويمكن تحديد نسبة تدفق المواد الغذائية على البيئة عن طريق ضرب عدد الخلايا التي دمرها كمية من الخلايا في المغذيات (الرمز &quot;الحصص&quot;). ويمكن تقديم هذه المعلومات عنصرا حاسما في فهمنا للكيفية التي تعمل في شبكات الغذاء الجرثومية عبر النظم المائية. التطورات الجارية : الجهود الحالية لسلسلة من المجموعات البحثية تشمل التكيف مع الاستراتيجية المذكورة أعلاه لتعداد فيروسات محددة داخل المجتمع ، وعلى هذا النحو ، لتحديد كيفية تأثر الكائنات محددة من نشاط الفيروس. للقيام بذلك استخدم الباحثون سلسلة البلمرة الكمية التفاعل (qPCR) لتقدير وفرة من الجماعات فيروسات محددة أو الأسر في موازية لتقديرات المجتمع فيروس الكلي. ثم يتم تطبيق نتائج مباشرة لتقديم تقديرات لمعدل وفيات الفيروس ، ودوران المغذيات ، الخ العوالق للجماعات معينة. وهذا النهج قوية جديدة تسمح للباحثين في السنوات المقبلة لحفر أعمق بكثير في العمليات المرتبطة الفيروسات والايكولوجيا ، للمرة الأولى ، لقياس التفاعلات بين المجتمعات المضيفة للفيروسات محددة وراء القيود التي تفرضها النظم المختبرية.

<table><tbody><tr><td>2.5% &lt;em&gt;p&lt;/em&gt;-phenylenediamine</td><td>Acros Organics</td><td>130575000</td><td>محلول مخزن لمنع التلاشي (Antifade)</td></tr><tr><td>نظام Amicon Proflux M12</td><td>EMD Millipore</td><td>N/A</td><td>يمكن استخدام أي جهاز ترشيح فائق في هذه الخطوة</td></tr><tr><td>صبغة SYBR Green I للأحماض النووية في الهلام</td><td>Invitrogen</td><td>S-7563</td><td></td></tr><tr><td>مرشح Helicon S10 30kDa</td><td>EMD Millipore</td><td>CDUF010LT</td><td></td></tr><tr><td>مرشحات Pelicon XL بقطر 0.22 &amp;mu;m</td><td>Fisher Scientific</td><td>PXGVP dispositions50</td><td></td></tr><tr><td>مرشحات غشاء GE 0.2 &amp;mu;m PCTE (47mm)</td><td>Fisher Scientific</td><td>09-732-35</td><td></td></tr><tr><td>نظام Millipore للترشيح بالجريان المماسي على نطاق مختبري</td><td>EMD Millipore</td><td>XX42LSS11</td><td>يمكن استخدام أنظمة TFF أخرى في هذه الخطوة</td></tr><tr><td>مرشحات Micronstep سليلوزية، بيضاء سادة بقطر 0.45 &amp;mu;m (25mm)</td><td>Fisher Scientific</td><td>E04WP02500</td><td></td></tr><tr><td>مرشحات GE Whatman Anodisc بقطر 0.02 &amp;mu;m (25mm)</td><td>Fisher Scientific</td><td>68-09-6002</td><td></td></tr><tr><td>مجهر Leica DMRXA</td><td></td><td></td><td>يمكن استخدام أي مجهر فلوري فوقي (epifluorescence) مزود بمجموعة مرشحات زرقاء</td></tr><tr><td>قوارير بولي كربونات سعة 20L</td><td>Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>جليسرول</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP229-4</td><td></td></tr><tr><td>PBS (0.05 M Na&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;HPO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;, 0.85% NaCl, pH 7.5)</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP329-500, S640-500</td><td></td></tr><tr><td>جلوتارالدهيد 50%</td><td>Fisher Scientific</td><td>G151-1</td><td></td></tr><tr><td>أنابيب حفظ بالتبريد Corning سعة 2 mL - بولي بروبيلين ذات لولب خارجي</td><td>Fisher Scientific</td><td>09-761-71</td><td>يمكن استخدام أي أنابيب حفظ بالتبريد</td></tr><tr><td>أنابيب حفظ بالتبريد Corning سعة 5 mL - بولي بروبيلين ذات لولب خارجي</td><td>Fisher Scientific</td><td>09-761-74</td><td>يمكن استخدام أي أنابيب حفظ بالتبريد</td></tr><tr><td> 85% H&lt;sub&gt;3&lt;/sub&gt;PO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;</td><td>Fisher Scientific</td><td>A242-212</td><td>تخزين الغشاء الحلزوني</td></tr><tr><td>حبيبات NaOH</td><td>Fisher Scientific</td><td>S318-3</td><td>تنظيف M12</td></tr><tr><td>مخابير مدرجة</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>مرشح غشائي Isopore بقطر مسام 0.8-&amp;mu;m (142mm)</td><td>EMD Millipore</td><td>ATTP14250</td><td></td></tr><tr><td>حامل مرشح ضغط من الفولاذ المقاوم للصدأ Millipore (142mm)</td><td>Fisher Scientific</td><td>YY30 090 00</td><td></td></tr></tbody></table>

تقدير معدلات الإنتاج الفيروسات في النظم المائية

Estimating Virus Production Rates in Aquatic Systems

الفيروسات انتشارا هي مكونات النظم البحرية والمياه العذبة ، والمعروف أن وكلاء كبيرة من وفيات الميكروبية. وضع تقديرات كمية لهذه العملية أمر بالغ الأهمية لأننا يمكن أن تتطور ثم نماذج أفضل لهيكل المجتمع الميكروبية وظيفة فضلا عن تعميق فهمنا لكيفية عمل الفيروسات لتغيير دورات البيوجيوكيميائية المائية. تقنية تخفيض الفيروس يسمح للباحثين لتقدير السعر الذي يتم الافراج جزيئات الفيروس من المجتمع الميكروبية المتوطنة. باختصار ، هو انخفاض وفرة من الفيروسات (خارج الخلية) في عينة مجانية بينما يتم الحفاظ على تركيز المجتمع الميكروبية في المحيط القريب. ومن ثم حضنت المجتمع الميكروبية في غياب الفيروسات مجانا والمعدل الذي فيروسات تتكرر في العينة (من خلال تحلل أعضاء المصابة بالفعل للمجتمع) يمكن قياسها كميا بواسطة المجهر epifluorescence أو ، في حالة من فيروسات محددة ، والكمية PCR. ويمكن عندئذ أن تستخدم هذه المعدلات لتقدير معدل وفيات نتيجة لتحلل الميكروبي خلية الفيروس بوساطة.

ويمكن تقدير معدل الدوران من الفيروسات في الأنظمة البحرية والمياه العذبة عن طريق الحد من تكرار وتقنية. البيانات تسمح للباحثين لاستنتاج معدلات وفيات فيروس الميكروبية التي تتوسط في النظم المائية.

تعد الفيروسات مكونات منتشرة في الأنظمة البحرية وأنظمة المياه العذبة، ومن المعروف أنها عوامل مسببة لوفيات ميكروبية كبيرة. إن تطوير طرق كمية...

الهدف العام من هذا الإجراء هو تحديد معدل إنتاج الفيروسات في المجتمعات الميكروبية المائية. ويتم تحقيق ذلك أولاً عن طريق تقليل وفرة الفيروسات الحرة في العينة المعنية مع الحفاظ على المجتمع الميكروبي الأصلي. وتتمثل الخطوة الثانية من الإجراء في تحضين العينات تحت ظروف محفزة وجمع عينات فرعية كل ساعتين إلى ثلاث ساعات لمدة تصل إلى 10 ساعات.تتمثل الخطوة الثالثة من الإجراء في تعداد الفيروسات داخل العينات الفرعية التي تم جمعها من كل نقطة زمنية. أما الخطوة النهائية من الإجراء فهي تحديد المعدل الذي زادت به وفرة الجزيئات الفيروسية داخل العينة وتحديد معدلات إنتاج الفيروسات. وفي نهاية المطاف، يمكن الحصول على نتائج توضح معدلات إنتاج الفيروسات داخل المجتمع الميكروبي من خلال عمليات التعداد، مما يسمح للباحثين باستنتاج معدلات نفوق الميكروبات الناتجة عن النشاط الفيروسي.مرحباً بالجميع. اسمي أودري ماديسون، وأعمل في مختبر الدكتور Steven Milham وقسم الميكروبيولوجيا بجامعة تينيسي. اليوم، وبمساعدة تشارلز بودوف وكلير كامبل، سنعرض لكم إجراءً لتحليل معدلات إنتاج الفيروسات في الأنظمة المائية.للقيام بذلك، نقوم بتقليل عدد الفيروسات الحرة في العينات وحساب المعدل الذي تعاود فيه الظهور نتيجة تحلل الكائنات الحية الدقيقة المصابة فيروسياً. نستخدم حالياً هذا الإجراء في مختبرنا لدراسة إيكولوجيا الفيروسات وكيفية تأثيرها في تشكيل المجتمعات الميكروبية. والآن بعد أن قدمنا هذه المقدمة، دعونا نبدأ.قبل البدء في هذا الإجراء، اجمع حوالي 20 لترًا من مياه البحر بطريقة معقمة قدر الإمكان. وبمجرد جمع العينة، قم بترشيح المياه مسبقاً عبر مرشح بقطر 142 ملم ومسامية 0.8 ميكرون. وبالنسبة للأنظمة ذات الإنتاجية البيولوجية العالية، يمكن القيام بذلك مسبقاً عن طريق الترشيح عبر مرشح ذو مسام أكبر أو مرشح من الألياف الزجاجية.للحصول على مياه فائقة الترشيح، قم بتجهيز نظام ترشيح فائق مثل نظام AmCon M 12 المزود بخرطوشة غشاء ملفوف حلزونيًا لاستبعاد جميع الفيروسات. يتم بعد ذلك إزالة الفيروسات الموجودة في العينة وتركيزها عند سرعة تبلغ حوالي 25% من السرعة القصوى مع ضغط عكسي يتراوح بين 15 إلى 16 kilo pascals. يحتوي الرشاح، الذي يبلغ حجمه حوالي 500 milliliters، الآن على المجتمع الفيروسي المركز، والذي يمكن حفظه لدراسات أخرى، بينما يُستخدم الرشاحة الخالية من الفيروسات في فحوصات الإنتاج الفيروسي.بعد كل يوم من الاستخدام، قم بتنظيف نظام Omicron M 12 لمنع تلف غشاء خرطوشة المرشح. عند العمل بمياه البحر، اشطف الغشاء بما لا يقل عن ستة لترات من مياه Milli Q، يليه غسيل بمحلول هيدروكسيد الصوديوم بتركيز 0.1 molar لمدة تتراوح من 30 إلى 45 دقيقة. ثم اشطف الخرطوشة بما لا يقل عن ستة لترات إضافية من مياه Milli Q.عند الانتهاء، يمكن تخزين الخرطوشة الحلزونية في محلول حمض الفوسفوريك بتركيز 0.05 molar عند درجة حرارة أربع درجات مئوية. لبدء طريقة تقليل الفيروسات، يتم وضع 500 milliliters من عينة مياه البحر المأخوذة من نفس الموقع الذي جهزنا منه المياه الخالية من الفيروسات في وحدة ترشيح معقمة تحتوي على مرشح منخفض الارتباط بالبروتين وبحجم مسام اسمي 0.2 micro. في هذه المرحلة، يتم أيضاً جمع عينة فرعية لتحديد الوفرة الإجمالية للفيروسات والبكتيريا في المياه البدئية.قم بتطبيق ضغط تفريغ بسيط على العينة بحيث يكون أقل من 200 millimeters of mercury مع الاستمرار في إعادة تعليق العينة باستخدام ماصة نقل معقمة لمنع تركيز الخلايا البكتيرية على المرشح، ثم أضف ببطء ثلاثة أضعاف الحجم (500 milliliters) من الرشاحة فائقة الترشيح إلى المعلق البكتيري لتقليل وفرة الفيروسات الحرة في العينة مع الحفاظ على المجموعات البكتيرية بكثافة ثابتة. وأخيراً، خفف الجزء البكتيري ليعود إلى 500 milliliters باستخدام مياه فائقة الترشيح خالية من الفيروسات. بعد ذلك، قسم العينة إلى ثلاث مكررات بحجم 150 milliliters لكل منها، وضع هذه المكررات في زجاجات بولي كربونات شفافة سعة 250 milliliter.تمثل هذه المجموعة عينات الزمن صفر. خذ عينات لتقدير وفرة البكتيريا والفيروسات من عينات الزمن صفر الخاصة بك. انقل العينات إلى أنابيب حفظ بالتبريد (cryo vials) بتركيز نهائي يتراوح بين 2.0 إلى 2.5% من glutaraldehyde المعقم.كمادة مثبتة، قم بالتجميد السريع لهذه العينات فوراً باستخدام النيتروجين السائل وخزنها عند درجة حرارة -80 °C حتى يتم معالجتها. بدلاً من ذلك، يمكن استخدام نظام الترشيح الجرياني المماسي لتركيز الميكروبات البحرية. لاستخدام طريقة TFF، احصل على 500 mL تقريباً من العينة الطبيعية.قم بتركيز هذه العينة باستخدام نظام ترشيح التدفق المماسي بقطر مسام اسمي 0.2 micron عندما يتم تقليل الجزء البكتيري إلى حوالي 10 إلى 15 milliliters باستخدام مياه خالية من الفيروسات مرشحة للغاية كما هو موضح في طريقة تقليل الفيروسات، ثم قم بتحضين الزجاجات المكررة الناتجة في ظروف تحاكي البيئة الطبيعية. وباستخدام غرف بيئية في البحر، نستخدم حاضنات مياه بحر متدفقة متصلة بإمدادات من المياه السطحية التي تحافظ على درجات الحرارة المحيطة. ويمكن مواءمة مستويات الضوء مع الظروف السطحية عن طريق استخدام أكريليك ملون بالأزرق أو شبكة تظليل ذات كثافة محايدة لتقليل شدة الضوء.عند العمل من محطة ميدانية أو مختبر، أو عند عدم توفر مياه البحر للتدفق، يمكن استخدام حاضنة نمو مضيئة. استمر في جمع العينات الفرعية كل 2.5 hours لمدة 10 hours على الأقل باتباع الطريقة المطبقة على العينة في الزمن صفر. وبالإضافة إلى عينات الفحص المجهري، قد يرغب بعض الباحثين في جمع المياه لإجراء تحليل quantitative PCR لفيروسات محددة.بالنسبة لعينات QPCR، أضف خمسة ملليلتر من العينة إلى أنبوب تجميد (cryo vial) خالٍ من أي مادة مثبتة، ثم قم بالتجميد السريع فوراً في النيتروجين السائل استعداداً لمجهر إنتاج الفيروسات. قم بإذابة العينات المجمدة على الثلج وتحضير المحاليل حديثاً كما هو موضح في البروتوكول المكتوب. بعد ذلك، ضع قرص ترشيح بقطر 25 مليمتر وبحجم مسام 0.02 ميكرون فوق مرشح دعم سليلوزي بمسام 0.45 ميكرون. ثم أضف 850 µL من العينة المثبتة إلى الجزء العلوي من مرشح anadi، وقم بعملية الشفط تحت تفريغ أقل من 20 kilo Pascals حتى تجف العينة تماماً.بمجرد جفاف مرشح القرص الأنودي، يتم سحب 100 µL من محلول العمل Cyber Green بواسطة الماصة ووضعها في طبق بتري معقم. ومع استمرار تشغيل جهاز التفريغ، يرفع القرص الأنودي بعناية من برج الترشيح ويوضع فوق محلول Cyber Green. تُحضن العينات في الظلام في درجة حرارة الغرفة لمدة 20 دقيقة.أخرج المرشح بعناية من محلول cyber green وقم بتجفيف الجزء الخلفي منه باستخدام منديل Kim wipe لإزالة جميع بقايا الصبغة. بعد ذلك، أضف قطرة صغيرة من محلول Antifa إلى شريحة مجهرية وضع غطاء الشريحة فوقها. ارفع غطاء الشريحة ثم ضع المرشح المجفف على الشريحة المجهرية.مرة أخرى، أضف كمية صغيرة من محلول Antifa إلى غطاء الشريحة وضعه ببطء فوق المرشح، مع التأكد من إزالة أي فقاعات قد تتكون. قم بتعداد الفيروسات باستخدام المجهر الفلوري مع مرشح أزرق واسع؛ عُدّ ما لا يقل عن 20 مجال رؤية لكل مرشح، مع الحرص على قياس إجمالي الفيروسات من كل شبكة مجال لضمان التوزيع المتساوي للفيروسات عبر غشاء المرشح. احسب متوسط معدلات تكرار الفيروسات من الثلاث مكررات المستقلة وحدد الانحراف المعياري من معدلات الإنتاج. أخيراً، قم بتصحيح هذه المعدلات بناءً على تخفيف الكائنات الحية الدقيقة من الوفرة الأولية إلى الوفرة المخففة في العينة المختزلة من الفيروسات.تتمثل مجموعة البيانات الأساسية الناتجة عن هذه الدراسة في معدلات تكرار وفرة الفيروسات في العينات الفرعية المأخوذة من عمليات التحضين. وتشكل هذه النتائج تحليلات انحدار مستقلة لوفرة الفيروسات مقابل الوقت لكل عينة من العينات. وقد تمت مراقبة إنتاج الجسيمات الشبيهة بالفيروسات على مدار تحضين استمر لمدة 10 hour في ظروف تحاكي الواقع باستخدام مجهر الفلوريسنت فوق البؤري (epi fluorescence microscopy).جُمعت هذه العينات أثناء ازدهار العوالق النباتية قبالة ساحل نيوزيلندا في سبتمبر من عام 2008. لقد أوضحنا لكم للتو كيفية تقدير معدلات إنتاج الفيروسات، وهو ما يتضمن استخدام أنظمة ترشيح فائقة مختلفة وإجراء تجارب لقياس معدلات إنتاج الفيروسات.كذلك، أوضحنا لكم كيفية تعداد هذه الفيروسات باستخدام مجهر الفلورسنت فوق البنفسجي (epi fluorescence microscopy). عند تنفيذ هذا الإجراء، من المهم تذكر استخدام معدات نظيفة، والتعامل بحذر مع الفيروسات المصبوغة، وتقليل الإضاءة، ومعالجة العينات بسرعة، وتنظيف خراطيش الترشيح الفائق (ultra filtration cartridges) بشكل صحيح بعد كل استخدام. وهذا كل شيء.شكرًا للمشاهدة، ونتمنى لكم التوفيق في تجاربكم.

estimating-virus-production-rates-in-aquatic-systems

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

علم المناعة والعدوى

لجعل lentiviruses ، هي ناقلات transfected الحمض النووي في الخلايا البشرية 293. بعد الحصاد ، وتركيز طاف ، يتم تحديد عيار الفيروس عن طريق التعبير مضان مع تدفق عداد الكريات.

الفيروسة البطيئة الإنتاج

Source: Fout, G. S., Cashdollar, J. L. EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. II. Total Culturable Virus Assay. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates the use of a total culturable virus assay to quantify infectious viruses in water samples. It outlines host cell inoculation, observation of cytopathic effect, and statistical quantification of infectious virus concentration.

Quantifying Infectious Viruses in Water Samples Using an In Vitro Total Culturable Virus Assay

وصفنا استخدام مراسل الفلورسنت فيروس اللقاحية التي تمكن قياس الوقت الحقيقي من العدوى الفيروسية والتعبير الجيني من خلال التعبير مرحلة محددة من fluorophores مراسل متميزة طيفيا. نحن بالتفصيل طريقة القائمة على لوحة لتحديد بدقة المرحلة التي يتأثر تكاثر الفيروس ردا على تثبيط جزيء صغير.

اللقاحية مراسل الفيروسات لقياس وظيفة الفيروسية في جميع مراحل التعبير الجيني

تم تطوير نهج لتحديد ظروف التركيز الفيروسي المثلى لعينات المياه ذات الحجم الصغير باستخدام طفرات من الفيروس الغدي البشري. تستخدم التقنيات الموضحة هنا لتحديد معلمات التركيز للأهداف الفيروسية الأخرى ، ويتم تطبيقها على تجارب تركيز الفيروس على نطاق واسع.

إجراء بأحجام صغيرة للتركيز الفيروسي من المياه

تقدم هذه المقالة طريقة عالية الإنتاجية قائمة على تعبير لوسيفيراز لمعايرة فيروسات الحمض النووي الريبي والحمض النووي المختلفة باستخدام معالجات السوائل الآلية واليدوية.

عالية الإنتاجية المعايرة من luciferase المراسل، معربا عن الفيروسات المؤتلف

هنا نقدم بروتوكول لنشر خلايا Homalodisca vitripennis وHoCV-1 في المختبر. تمت إزالة المتوسطة من HoCV-1 الثقافات الإيجابية والحمض النووي الريبي المستخرج كل 24 ساعة عن 168 ساعة. وكان كميا البقاء على قيد الحياة الخلية تلطيخ التريبان الأزرق. تم استخراج جزيئات الفيروس كاملة بعد الإصابة. وكان كميا الحمض النووي الريبي المستخرج من QRT-PCR.

نشر<em&gt; Homalodisca coagulata فيروس-01</em&gt; عبر<em&gt; Homalodisca vitripennis</em&gt; الثقافة خلية

تستخدم طريقة EPA Method 1615 مرشحا إيجابيا للكهرباء لتركيز الفيروسات المعوية ونوروفيروسات في المياه البيئية ومياه الشرب. تصف هذه المخطوطة إجراءات جمع العينات لتحليلات الطريقة 1615.

EPA الطريقة 1615. قياس الفيروسة المعوية ونوروفيروس حدوثها في المياه عن طريق الثقافة وRT-QPCR. I. جمع عينات الفيروسات

نقدم هنا إجراء لقياس إجمالي الفيروسات القابلة للزراعة باستخدام خط خلايا الكلى Buffalo Green Monkey. يوفر الإجراء أداة موحدة لقياس حدوث الفيروسات المعدية في المياه البيئية ومياه الشرب.

وكالة حماية البيئة الطريقة 1615. قياس الفيروسة المعوية وقوع نوروفيروس في المياه عن طريق الثقافة وRT-QPCR. II. مجموع زروع الفحص الفيروسات

يعد تركيز الفيروس من عينات المياه البيئية ومياه الصرف الصحي مهمة صعبة ، يتم تنفيذها في المقام الأول لتحديد الفيروسات وقياسها. بينما تم تطوير واختبار العديد من طرق تركيز الفيروس ، فإننا نوضح هنا فعالية الترشيح الفائق وتلبد الحليب منزوع الدسم لفيروسات الحمض النووي الريبي بأنواع مختلفة من العينات.

تركيز جزيئات الفيروس من عينات المياه البيئية ومياه الصرف الصحي باستخدام تلبد الحليب منزوع الدسم والترشيح الفائق

يستفيد اختبار TCID50 المذكور هنا من قياسات المقاومة الفورية الخالية من العلامات ووحدة علم الفيروسات في النظام لمراقبة التأثيرات السيتوباتية الناتجة عن الفيروسات (CPE) بشكل موضوعي في الوقت الحقيقي. يقلل هذا الاختبار المبسط بشكل كبير من وقت التفاعل مع دعم قياسات CPE الحركية عالية الإنتاجية والقدرة على الإنتاج، وتمكين حسابات TCID50 آلية في الوقت الحقيقي.

اختبار جرعة معدية من زراعة الأنسجة بنسبة 50٪ في الوقت الحقيقي ومبسط وخالي من الملصقات باستخدام المقاومة لقياس عيار الفيروسات الآلي

هنا ، نصف طرق أخذ العينات من المناطق الإيجابية للنظم البيئية البحرية والمياه العذبة لعزل العاث الزرقاء (ومضيفيها) وعمليات ما بعد أخذ العينات التي تثري الأنماط الجينية الفردية وتميز ديناميكيات تفاعل الفيروس والمضيف.

أخذ عينات بيئية من ميكروبات التمثيل الضوئي وفيروساتها: من الحقل إلى المختبر

اكتشف طريقة تقدير معدلات إنتاج الفيروسات في المجتمعات الميكروبية المائية باستخدام تقنية التخفيف والحضانة. تساعد هذه الطريقة الباحثين على فهم دور الفيروسات في تنظيم المجتمعات الميكروبية.

تقدير معدلات الإنتاج الفيروسات في النظم المائية

استكشف المزيد من الفيديوهات