Name: LeafJ: البرنامج المساعد ليماغيج نصف الآلي ورقة قياس الشكل (فيديو) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-01-21T12:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 14 s
Description: تعلم قياس شكل الأوراق الآلي باستخدام المسح الضوئي وإضافة LeafJ لتحليل صور النباتات. تُسرّع هذه التقنية الاستيعابية الظاهري النباتي وتُحسّن دقة البيانات المورفولوجية.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

كتب بواسطة LeafJ JNM بينما كان في اجازة في مختبر الدكتور كاثرين بولارد في المعاهد جلادستون. وأيد هذا العمل من خلال منحة من مؤسسة العلوم الوطنية (عدد المنح IOS-0923752).

1. مصنع مواد لاحظ أن هذا البروتوكول يهدف للكشف عن نمو النبات استجابة تجنب الظل. هل يمكن أن تنمو النباتات تحت ظروف المفضلة لديك. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> رش بذور thaliana ل arabidopsis على المياه غارقة أوراق الترشيح في 9 أطباق بتري الطول ومتجر (تطبق) منهم في 4 درجات مئوية لمدة أربعة أيام في الظلام. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل هذه أطباق بتري لظروف محاكاة أحد: 80-100 الإشعاع الضوئي μE بالموقع (PAR) والملحق الحمراء بعيدة لجلب R: FR نسبة إلى 1.86. استخدام الشروط يوم طويل (16 ساعة ضوء / 8 الظلام ساعة) ودرجة حرارة ثابتة من 22 ° C. احتضان في هذه الحالة لمدة ثلاثة أيام للسماح للبذور أن تنبت. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل البذور نبتت في التربة والحفاظ على النباتات تحت ظروف أحد على نطاق واسع التجارب، ونحن نوصي به إعداد صغيرة لوصفها كل النباتات باستخدام دمج البيانات في Microsoft Word مدير 2004 (أو أحدث) لجعل التسميات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد أحد عشر يوما TRansfer إلى التربة، نقل نصف النباتات لحالة الظل: نفس الشمس ولكن مع الضوء الأحمر بعيدة تكميلية لتحقيق نسبة R / FR الى 0.52. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد اثني عشر يوما إضافية، والنباتات هي على استعداد للتصوير ورقة. في هذه المرحلة قد نضجت تماما وأقدم أوراق في حين يترك الأصغر مازالت تتوسع، بحيث يمكنك التقاط لقطة من التنمية. قد تحتاج إلى اختيار وقت آخر التنموية اعتمادا على احتياجاتك. </li></ol> 2. التقاط الصور ليف مشرح <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد ورقة الشفافية المسمى مع النمط الوراثي النباتي وحالة النمو مع خمسة إطارات مستطيلة. إطار واحد يتوافق مع الأوراق من مصنع واحد. يمكن استخدام Microsoft Excel لطباعة الشبكة بما يتفق مع التسميات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تشريح أوراق النباتات القديمة 26 يوم. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مسح يترك في 600 نقطة في البوصة على الماسح الضوئي سرير مسطح. يجب وضع ملاحظة أن يترك من مصنع واحد عموديا ضمن إطار أسود في شطيرة من أوراق شفافة. تجنب لمس الأوراقإلى إطار نافذة سوداء والأوراق المتداخلة، والتي سوف تعطي أخطاء في الإجراءات التالية. </li></ol> 3. ورقة تحليل الصور بواسطة LeafJ <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحميل يماغيج سحب الملف إلى مجلد LeafJ.jar الإضافات من يماغيج. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> فتح ملف صورة في 1.45s يماغيج أو 14 في وقت لاحق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تقسيم الصورة إلى ثلاث قنوات اللون (الأحمر والأخضر والأزرق) من قبل &quot;صورة&gt; لون القنوات سبليت&gt;&quot; وتطبيق الحد الأدنى للصورة في القناة الزرقاء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحديد كافة الأوراق من مصنع واحد بواسطة أداة المستطيل (الشكل 1A). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حدد &quot;LeafJ&quot; من القائمة المساعد. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حدد المعلومات الشرح لهذا النبات من مربع الحوار الذي يظهر. يمكنكتحرير القيم الافتراضية التي تظهر هنا بالنقر على &quot;تحرير هذه الخيارات&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد تشغيل البرنامج المساعد وLeafJ قبل النقر فوق زر &quot;موافق&quot;، وتحرير خطوط تتبع من المنطقة من نافذة مدير مصلحة (ROI) (إذا لزم الأمر؛ 1B الشكل). A اللوحي التي تعمل باللمس (مثل آي باد) هو مفيد لهذا الإجراء. يمكن توصيل لاب توب بكمبيوتر وشاشة خارجية باستخدام البرمجيات الهواء العرض. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تصدير نتائج القياس والمعلومات المرتبطة بها (أسماء الملفات، والوقت المزهرة، تشريح من قبل، قياس، الخ) إلى Microsoft Excel أو برنامج ما يعادلها. </li></ol> 4. تحليل صورة ورقة خلية في يماغيج <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إصلاح تشريح يترك كما هو موضح في مرجع 15 بعد المسح (الخطوة 2). يمكن أن تظل ثابتة في أوراق FAA C ° 4 ل6 أشهر على الأقل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مسح أوراق من خلال تغيير FAA مثبت على حل هيدرات الكلورال ويترك لاحتضان 1 ساعة 2 ~ المراقبة المجهرية قبل 15. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جبل يترك على ميلcroscope الشرائح مع trichomes مواجهة. باستخدام التكبير 40X على مجمع المجهر طبقة الصورة، ونسيج الورقة المتوسط ​​من وسط كل ورقة على جانبي الوريد الرئيسي، وتجنب الخلايا قرب trichomes أو الأوردة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تتبع خلية ورقة تحدد بواسطة أداة يماغيج مدير ROI مع المعونة من قرص تعمل باللمس وقلم (كما هو موضح في الخطوة 3). خلية تحليل الصور يستخدم ميزات المدمج في ليماغيج ولكن لا يتطلب LeafJ. </li></ol>

<ol><li>Furbank, R. T., Tester, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phenomics--technologies+to+relieve+the+phenotyping+bottleneck%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Phenomics--technologies to relieve the phenotyping bottleneck.</a> Trends Plant Sci. 16, 635-644 (2011).</li>
<li>Berger, B., Parent, B., Tester, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+shoot+imaging+to+study+drought+responses%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Exp.+Bot%22%5BJournal%5D)">High-throughput shoot imaging to study drought responses.</a> J. Exp. Bot. 61, 3519-3528 (2010).</li>
<li>Borevitz, J. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+genetic+variation+for+growth+and+development+revealed+by+high-throughput+phenotyping+in+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22G3+%28Bethesda%29%22%5BJournal%5D)">Natural genetic variation for growth and development revealed by high-throughput phenotyping in Arabidopsis thaliana.</a> G3 (Bethesda). 2, 29-34 (2012).</li>
<li>Albrecht, D. R., Bargmann, C. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-content+behavioral+analysis+of+Caenorhabditis+elegans+in+precise+spatiotemporal+chemical+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">High-content behavioral analysis of Caenorhabditis elegans in precise spatiotemporal chemical environments.</a> Nat. Methods. 8, 599-605 (2011).</li>
<li>Chitwood, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Native+environment+modulates+leaf+size+and+response+to+simulated+foliar+shade+across+wild+tomato+species%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Native environment modulates leaf size and response to simulated foliar shade across wild tomato species.</a> PLoS ONE. 7, e29570(2012).</li>
<li>Chitwood, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+developmental+trajectory+of+leaflet+morphology+in+wild+tomato+species%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">The developmental trajectory of leaflet morphology in wild tomato species.</a> Plant Physiol. 158, 1230-1240 (2012).</li>
<li>Casal, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shade+Avoidance%5BTitle%5D)+AND+%22The+Arabidopsis+Book%22%5BJournal%5D)">Shade Avoidance.</a> The Arabidopsis Book. , e0157(2012).</li>
<li>Smith, H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSmith%2C+H+%22Photomorphogenesis+in+Plants%22">Photomorphogenesis in Plants</a>. Kendrick, R. E., Kronenberg, G. H. M. , Kluwer Academic Publishers. 377-416 (1994).</li>
<li>Iwata, H., Ukai, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SHAPE%3A+a+computer+program+package+for+quantitative+evaluation+of+biological+shapes+based+on+elliptic+Fourier+descriptors%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Hered%22%5BJournal%5D)">SHAPE: a computer program package for quantitative evaluation of biological shapes based on elliptic Fourier descriptors.</a> J. Hered. 93, 384-385 (2002).</li>
<li>Bylesjo, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((LAMINA%3A+a+tool+for+rapid+quantification+of+leaf+size+and+shape+parameters%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">LAMINA: a tool for rapid quantification of leaf size and shape parameters.</a> BMC Plant Biol. 8, 82(2008).</li>
<li>Weight, C., Parnham, D., Waites, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((LeafAnalyser%3A+a+computational+method+for+rapid+and+large-scale+analyses+of+leaf+shape+variation%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+J%22%5BJournal%5D)">LeafAnalyser: a computational method for rapid and large-scale analyses of leaf shape variation.</a> Plant J. 53, 578-586 (2008).</li>
<li>Backhaus, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((LEAFPROCESSOR%3A+a+new+leaf+phenotyping+tool+using+contour+bending+energy+and+shape+cluster+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">LEAFPROCESSOR: a new leaf phenotyping tool using contour bending energy and shape cluster analysis.</a> New Phytol. 187, 251-261 (2010).</li>
<li>Tsukaya, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+of+Leaf-shape+determination%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+Review+of+Plant+Biology%22%5BJournal%5D)">Mechanisms of Leaf-shape determination.</a> Annual Review of Plant Biology. 57, 477-496 (2006).</li>
<li>Abramoff, M. D., Magalhaes, P. J., Ram, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Image+Processing+with+ImageJ%5BTitle%5D)+AND+%22Biophotonics+International%22%5BJournal%5D)">Image Processing with ImageJ.</a> Biophotonics International. 11, 36-42 (2004).</li>
<li>Horiguchi, G., Fujikura, U., Ferjani, A., Ishikawa, N., Tsukaya, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large-scale+histological+analysis+of+leaf+mutants+using+two+simple+leaf+observation+methods%3A+identification+of+novel+genetic+pathways+governing+the+size+and+shape+of+leaves%5BTitle%5D)+AND+%22Plant.+J%22%5BJournal%5D)">Large-scale histological analysis of leaf mutants using two simple leaf observation methods: identification of novel genetic pathways governing the size and shape of leaves.</a> Plant. J. 48, 638-644 (2006).</li>
<li>Horiguchi, G., Ferjani, A., Fujikura, U., Tsukaya, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coordination+of+cell+proliferation+and+cell+expansion+in+the+control+of+leaf+size+in+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Plant.+Res%22%5BJournal%5D)">Coordination of cell proliferation and cell expansion in the control of leaf size in Arabidopsis thaliana.</a> J. Plant. Res. 119, 37-42 (2006).</li>
<li>Pierik, R., de Wit, M., Voesenek, L. A. C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Growth-mediated+stress+escape%3A+convergence+of+signal+transduction+pathways+activated+upon+exposure+to+two+different+environmental+stresses%5BTitle%5D)+AND+%22New.+Phytol%22%5BJournal%5D)">Growth-mediated stress escape: convergence of signal transduction pathways activated upon exposure to two different environmental stresses.</a> New. Phytol. 189, 122-134 (2011).</li>
</ol>

الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

لدينا &quot;LeafJ&quot; البرنامج المساعد تمكن من قياس طول سويقات شبه تلقائيا، وزيادة الإنتاجية ما يقرب من 6 مرات خلال قياس دليل. طول سويقات هو مؤشر هام من SAS وأيضا معلما من ظواهر أخرى، مثل مقاومة الإغراق والنمو hyponastic 17. ولذلك قد يكون من المفيد هذا البرنامج المساعد لمجموعة واسعة من الباحثين النبات. ويتم تنفيذ البرنامج المساعد لدينا في برنامج جافا على أساس راسخ مجانا، يماغيج. وهذا يتيح سهولة عبر م...

<html><table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم كاشف </td><td> شركة </td><td> كتالوج رقم </td><td></td></tr><tr><td> الصمام بعيدة الضوء الأحمر </td><td> Orbitec </td><td> والعرف </td><td></td></tr><tr><td> شفافية </td><td> IKON </td><td> HSCA / 5 </td><td></td></tr><tr><td> الماسح الضوئي </td><td> EPSON </td><td> إبسون الكمال V700 PHOTO </td><td></td></tr><tr><td> الصورة J </td><td> NIH </td><td></td><td> <a href="http://rsbweb.nih.gov/ij/" target="_blank">http://rsbweb.nih.gov/ij/</a> </td></tr><tr><td> LeafJ </td><td> عرف </td><td></td><td> <a href="http://www.openwetware.org/wiki/Maloof_Lab" target="_blank">http://www.openwetware.org/wiki/Maloof_Lab</a> </td></tr><tr><td> عرض الجوية </td><td> Avatron برمجيات شركة </td><td></td><td>على بياض &quot;&gt; http://avatron.com/ </td></tr><tr><td> IPAD2 </td><td> شركة أبل </td><td></td><td> <a href="http://www.apple.com/" target="_blank">http://www.apple.com/</a> </td></tr></tbody></table>

leafj: البرنامج المساعد ليماغيج نصف الآلي ورقة قياس الشكل

LeafJ: An ImageJ Plugin for Semi-automated Leaf Shape Measurement

عالية الإنتاجية phenotyping (phenomics) هو أداة قوية لربط الجينات لوظائفها (انظر 1 مشاركة الأمثلة الحديثة و2-4). يترك هي الجهاز الضوئي الأولية، وحجمها وشكلها تختلف تنمويا وبيئيا داخل المصنع. لهذه الأسباب دراسات مورفولوجية على ورقة تتطلب قياس معلمات متعددة من أوراق عديدة، والتي تتم من قبل أفضل شبه الآلي أدوات phenomics 5،6. الظل هو المظلة جديلة البيئية المهمة التي تؤثر على بنية النبات وتاريخ حياة؛ والتي تسمى مجتمعة مجموعة من الردود على تجنب متلازمة الظل (SAS) 7. بين استجابات SAS، الظل الناجمة استطالة سويقات ورقة والتغيرات في المنطقة هي شفرة مفيدة بشكل خاص حيث مؤشرات 8. حتى الآن، يمكن لبرامج الشكل ورقة (مثل SHAPE 9، الصفيحة 10، LeafAnalyzer 11، LEAFPROCESSOR 12) قياس الخطوط العريضة الأوراق وتصنيف الأشكال ورقةولكن لا يمكن إخراج طول سويقات. عدم وجود أنظمة قياس على نطاق واسع من أعناق الأوراق وتحول دون النهج phenomics للبحث SAS. في هذه الورقة، ونحن وصف البرنامج المساعد يماغيج وضعت حديثا، ودعا LeafJ، والتي يمكن قياس طول سويقات بسرعة والمعلمات رقة شفرة للل arabidopsis thaliana نموذج المصنع. لأوراق المطلوبة العرضية التي التصحيح اليدوي للحدود شفرة سويقات / نبات كنا قرص تعمل باللمس. علاوة على ذلك، شكل الخلية ورقة أرقام خلية ورقة من المحددات الهامة لحجم ورقة 13. منفصلة عن LeafJ نقدم أيضا على بروتوكول لاستخدام لوحة تعمل باللمس لقياس شكل الخلية والمساحة والحجم. لا يقتصر لدينا نظام قياس سمة ورقة لتجنب الظل والبحوث من شأنها أن تعجل من المسوخ phenotyping أوراق العديد من النباتات والفحص من قبل phenotyping ورقة.

1. صور ورقة عرض تقديرات سويقات ورقة شفرة الحدود، ونافذة قياسها واحدة من السمات الأكثر فائدة من الكشف الآلي هو LeafJ من الحدود شفرة / سويقات ورقة (الشكل 1). الخوارزمية LeafJ يعمل على النحو التالي: يتم استخدام المدمج في وظائف ParticleAnalyzer يماغيج لإيجاد وتحديد اتجاه الأوراق داخل اختيار المستخدم. لكل ورقة يتم تحديد عرض ورقة على طول محور ورقة بأكمله. ثم يتم تحديد التغيير في العرض في كل موقف على طول ا...

مظاهرة للطرق الرئيسية لارتفاع قياسات أوراق الإنتاجية. ويمكن استخدام هذه الأساليب لتسريع phenotyping أوراق النبات عند دراسة العديد من المسوخ أو النباتات فحص أوراق النمط الظاهري خلاف ذلك.

LeafJ: البرنامج المساعد ليماغيج نصف الآلي ورقة قياس الشكل

High throughput phenotyping (phenomics) is a powerful tool for linking genes to their functions (see review1 and recent examples2-4). Leaves are the ...

الهدف من هذا الإجراء هو أتمتة قياس شكل الورقة لتجارب الإنتاجية العالية. يتم تحقيق ذلك عن طريق تشريح الأوراق أولا وتصويرها باستخدام ماسح ضوئي مسطح. الخطوة الثانية من الإجراء هي استخدام المكون الإضافي J للأوراق لاكتشاف الأوراق وقياسها.الخطوة الثالثة هي تحضير الأوراق للفحص المجهري وتصويرها باستخدام مجهر مركب. الخطوة الأخيرة هي تتبع خطوط البيع على الصور المكتسبة باستخدام جهاز لوحي بشاشة تعمل باللمس. في النهاية ، يمكن أن تظهر النتائج اختلافات في شكل الورقة وحجم الخلية وعدد الخلية من خلال هذا المزيج من تحليل الصور.الميزة الرئيسية لهذه التقنية على الأساليب الحالية هي سرعتها. إنه أسرع بست مرات من القياس اليدوي. عرف الأفراد أن هذه الطريقة قد تكافح لأن وضع الأوراق بشكل صحيح أمر بالغ الأهمية لتحليل المصب ، ولأن تركيب الأوراق على الشرائح يمكن أن يكون صعبا من الناحية الفنية.خطرت لي فكرة هذه الطريقة لأول مرة عندما أدركت أن لدينا حوالي 15000 ورقة لتحليلها ، وسيستغرق القيام بذلك يدويا عدة أشهر ويكون مملا بشكل لا يصدق ، مما يدل على أن تقنية تشريح النبات ستسبب المرض العصبي. عالم أبحاث من مختبري ابدأ بإعداد أوراق شفافية مقاس 8.5 × 11 بوصة. يجب تقسيم كل ورقة إلى إطارات مستطيلة ، كبيرة بما يكفي لاستيعاب الأوراق من نبات واحد ، وتفتق ورقة شفافية ثانية إلى الورقة المطبوعة لتكون بمثابة غطاء لمنع الأوراق من الجفاف.قم بتسمية النبات والنمط الجيني وحالة النمو. تشريح أوراق نباتات النهار 26. رتب الأوراق على الشفافية بترتيب تكتيكي من الأصغر إلى الأكبر.ضع الأوراق عموديا داخل الإطار دون لمس الحدود أو تداخل الأوراق الأخرى. خلاف ذلك ، سوف تترتب على ذلك مشاكل أثناء التحليل ، من المهم أن الأوراق الشرقية عموديا لا تلمس ، أو الإطار ، أو لا تتداخل مع الأوراق مرتبة. ضعيها بورقة الشفافية الفارغة الثانية ورف للحفاظ على الأوراق مسطحة.ثم قم بإنشاء صورة باستخدام ماسح ضوئي مسطح بدقة لا تقل عن 600 نقطة لكل بوصة. ابدأ بتثبيت المكون الإضافي. قم بتنزيل الصورة J واسحب ملف jja الورقي إلى مجلد المكونات الإضافية للصورة J.عند استخدام الصورة J ، سيكون المكون الإضافي J الورقي متاحا الآن.تابع فتح ملف الصورة الورقية في الصورة J.تأكد من أن الصورة J هي الإصدار 1.45 ثانية أو أحدث. قسم الصورة إلى ثلاث قنوات لونية ، الأحمر والأخضر والأزرق بالنقر فوق قنوات تقسيم ألوان الصورة. بعد ذلك ، قم بتطبيق عتبة على الصورة في القناة الزرقاء.الآن حدد جميع الأوراق من نبات واحد باستخدام أداة التحديد المستطيلة ثم حدد المكون الإضافي J للورقة. سيفتح المكون الإضافي الآن مربعا يسمح بتعيين الشروط المختلفة للتجربة ، مثل المجموعة التجريبية والنمط الجيني. قبل المتابعة، قم بتحرير هذه الخيارات، ثم حدد شروط الإجازات المحددة في منطقة الاهتمام وقم بتوفير اسم وصفي.اضغط على متابعة وستقوم الورقة J تلقائيا بتحديد كل ورقة بصورة عائد استثمار فريدة. تتناسب إجراءات J مع القطع الناقص مع الشفرة وتحسب المحاور الرئيسية والثانوية لتلك القطع الناقص إذا لزم الأمر. قم بتحرير خطوط التتبع من استخدام نافذة مدير عائد الاستثمار.يمكن أن يكون الجهاز اللوحي الذي يعمل باللمس متصلا كشاشة خارجية مفيدا لهذا الإجراء. مع تحديد الحدود بشكل صحيح ، قم بتنفيذ التحليل بالضغط. حسنا ، الآن تقوم الورقة J بإخراج طول البتلة والأشكال الهندسية المختلفة لشفرة الورقة.في النهاية، قم بتصدير نتائج القياس والمعلومات المرتبطة بها إلى جدول بيانات. بعد مسح الأوراق ، قم بإصلاحها في F-A-A-F-A. يمكن تخزين الأوراق الثابتة عند أربع درجات مئوية لمدة تصل إلى ستة أشهر.المضي قدما قبل ساعة أو ساعتين من تصوير الأوراق ، تزيل الأوراق عن طريق تغيير مثبت FAA إلى محلول كلوروهيدرات. بمجرد مسحها ، قم بتركيب الأوراق على شرائح بحيث تكون ثلاثية الأبعاد متجهة لأعلى باستخدام تكبير 40 × على صورة مجهر مركب ، وطبقة المسيل في مركز كل ورقة على جانبي الوريد الرئيسي ، وتجنب الخلايا بالقرب من ثلاثيات الأوردة أو الأوردة. لتجنب الصعوبات في معالجة الصور ، من المهم إزالة جميع فقاعات الهواء من الشرائح عند تركيب الأوراق وأيضا الحصول على صور مركزية في الخطوة التالية.بعد جمع الصور المطلوبة ، افتح واحدة في الصورة J وتتبع الخطوط العريضة للخلية الورقية بواسطة أداة مدير JROI للصورة بمساعدة الجهاز اللوحي الذي يعمل باللمس وقلم. هذا لا يستخدم المكون الإضافي LEAF J. قبل استخدام LEAF J للتجريب ، تمت مقارنة دقة وسرعة المكون الإضافي بتلك الخاصة بباحث متمرس. العام.أنهت الورقة J 5.7 بسرعة أكبر من الحسابات اليدوية وأظهرت مقارنة البيانات من الطريقتين أن النتائج كانت مرتبطة ارتباطا وثيقا بجميع المعلمات المقاسة ل 3،532 التي تمت مقارنتها. كانت نقاط البيانات 172 متطرفة. من بين هذه القيم المتطرفة ، كان 29 ناتجا عن المكون الإضافي LEAF J أقل بكثير من 143 ناتجا عن خطأ بشري.أثناء القياس اليدوي ، تم تحديث الورقة J منذ ذلك الحين لتقليل عدد الأخطاء بشكل أكبر. مع الوثوق في قياسات LEAF J ، تم استخدامه لفحص تجنب الظل باستخدام نموذج تأثيرات مختلطة. كان العلاج وعدد الأوراق تأثيرات ثابتة وكان التكرار كتأثير عشوائي.تأثرت العديد من المعلمات بشكل كبير بمعالجة الظل. بالتناوب ، لم تتأثر بعض المعلمات بشكل كبير بالظل. باستخدام تحليل مصور بمساعدة الكمبيوتر اللوحي لمعلمات الخلية ، تم فحص 67 نمطا وراثيا من نبات الأرابيدوبسيس ANA بإجمالي 8،629 خلية من 877 ورقة من 224 نباتا.ثم تم تجميع الأنماط الجينية في ست فئات. معظم الأنماط الجينية لها حجم وعدد طبيعي للخلية. ومع ذلك ، كان لدى العديد منها حجم خلية أكبر مع عدد خلية طبيعي.أثناء محاولة هذا الإجراء من المهم استخدام التوزيع العشوائي والتصميم التجريبي عند زراعة نباتاتك ، تذكر أن العمل مع الفورمالديهايد والكلورهيدرات يمكن أن يكون خطيرا للغاية. لذلك يجب اتخاذ الاحتياطات مثل ارتداء القفازات والعمل في غطاء الدخان عند القيام بهذا الإجراء. بعد مشاهدة هذا الفيديو ، يجب أن يكون لديك فهم جيد لكيفية إجراء فحص عالي الإنتاجية للأنماط الظاهرية لشكل الأوراق والخلية باستخدام ظروفك التجريبية باتباع هذا الإجراء.يمكن استخدام طرق إضافية مثل تسلسل الحمض النووي الريبي للإجابة على أسئلة مثل الجينات التي تتشكل بشكل فعال.

leafj-an-imagej-plugin-for-semi-automated-leaf-shape-measurement

Research

JoVE Journal

Biology

علم الأحياء

قمنا بتطوير برنامج كمبيوتر لتحليل مورفولوجيا الخلايا العصبية. في تركيبة مع اثنين من القائمة أدوات التحليل مفتوحة المصدر ، برنامجنا ينفذ تحليل Sholl ويحدد عدد neurites ، نقطة تفرع ، ونصائح neurite. يتم إجراء التحاليل بحيث يمكن ملاحظة التغيرات المحلية في التشكل neurite.

الآلي Sholl تحليل الصرف متعلق بالخلايا العصبية رقمية على مستويات متعددة

يتم وصف أساليب بمساعدة الحاسوب الرواية على نطاق واسع الشراء وتحليل العينات immunohistochemically البنكرياس الملون : (1) القبض على شريحة افتراضية للقسم كامل ، (2) التحليل الشامل للبيانات واسعة النطاق ، (3) إعادة بناء شرائح الظاهري 2D ، (4) رسم الخرائط 3D جزيرة ، و (5) التحليل الرياضي.

بمساعدة الحاسوب على نطاق واسع التصور النوعي والكمي لقداس جزيرة البنكرياس والتوزيع الحجم والعمارة

تصف هذه الورقة القياس الكمي لمقياس الدم والصور المجهرية للهجرة / الغزو من خلال اثنين من المكونات الإضافية الجديدة مفتوحة المصدر ImageJ حاسبة تركيز الخلية وعداد مقايسة الهجرة.  علاوة على ذلك ، فإنه يصف بروتوكولات الحصول على الصور ومعايرتها بالإضافة إلى مناقشة متطلبات إدخال المكونات الإضافية بالتفصيل.

الآلي الكمي وتحليل إجراءات الفرز الخلية باستخدام يماغيج الإضافات

تصف هذه الورقة اثنين من الإضافات إيماجيج رواية لتحليل الصور "مسح الساعة". هذه الإضافات توسيع وظائف البرنامج البصري الأساسي 6 الأصلي، والأهم من ذلك، جعل البرنامج متاح لمجتمع بحثي كبير من خلال تجميعه مع إيماجيج مجانا حزمة برامج تحليل الصور.

بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة لتحليل الصور: إيماجيج الإضافات

نقدم سير عمل لتجزئة والتحديد الكمي للعظام ترابيكولار لصور ثنائية الأبعاد وثلاثية الأبعاد استناداً إلى خط الحدود الخارجي للعظام باستخدام البرنامج المساعد إيماجيج. هذا النهج هو أكثر كفاءة ودقة من النهج الكنتوري اليد اليدوي الحالي، ويوفر طبقة من طبقة كوانتيفيكيشنز، التي لا تتوفر في البرامج التجارية الحالية.

وساعد خط الحدود الخارجي تجزئة والتحديد الكمي للعظام ترابيكولار بالبرنامج المساعد إيماجيج

ميكروجليا هي الخلايا المناعية الدماغ أن الدراسات الاستقصائية والرد على فسيولوجيا الدماغ غيرت من خلال تغييرات السمات التي يمكن تقييمها كمياً. هذه الخطوط العريضة للبروتوكول ImageJ على أساس تحليل بروتوكول لتمثيل مورفولوجيا microglia كبيانات مستمرة وفقا لمقاييس مثل الخلية تشعبت والتعقيد، والشكل.

التحديد الكمي مورفولوجية Microglia من Photomicrographs Immunohistochemistry استعداد النسيج باستخدام إيماجيج

حجم وشكل جزيئات في للحماه هي المعالم الهامة التي يتم قياسها باستخدام أساليب مختلفة. تنشأ أخطاء من العينات غير ممثلة، والصور دون المستوى الأمثل، والمعلمات تحليل ذاتي. لتقليل هذه الأخطاء وسهولة قياس، نقدم بروتوكول تحديد كل خطوة من خطوات، بما في ذلك أنبوب لبرمجيات مصدر مفتوح.

قياس شكل وحجم الجسيمات للحماه معطلة في أجار مع أنبوب لبرمجيات مصدر المفتوح

ويصف المقال كم من 1) حجم وعدد من الالتصاقات البؤري و 2) مؤشر شكل الخلية وتوزيعها من الصور confocal من monolayers التقاء من الخلايا MCF7.

القياس الكمي لمنطقة التصاق الخلايا الركازة وتوزيعات شكل الخلية في الطبقات الأحادية الخلية MCF7

أوراق الذرة البدائية مغلفة بعمق وملفوفة ، مما يجعل من الصعب دراستها. هنا ، نقدم طرقا لإعداد المقاطع المستعرضة وحوامل كاملة غير ملفوفة من أوراق الذرة البدائية للتألق والتصوير متحد البؤر.

طرق محسنة لإعداد المقاطع المستعرضة وحوامل كاملة غير ملفوفة من أوراق الذرة الأولية للتصوير الفلوري والبؤري

يظهر البروتوكول المقدم القياس والتحليل الرقمي للسمات الفسيولوجية المستمرة للأوراق على الأوراق الأحفورية لإعادة بناء المناخ القديم وعلم البيئة القديمة باستخدام علم فراسة الأوراق الرقمي وطرق إعادة بناء كتلة الأوراق لكل منطقة.

إعادة بناء المناخ القديم الأرضي وعلم البيئة القديمة بالأوراق الأحفورية باستخدام علم الفراسة الرقمي للأوراق وكتلة الأوراق لكل منطقة

تعلم قياس شكل الأوراق الآلي باستخدام المسح الضوئي وإضافة LeafJ لتحليل صور النباتات. تُسرّع هذه التقنية الاستيعابية الظاهري النباتي وتُحسّن دقة البيانات المورفولوجية.

LeafJ: البرنامج المساعد ليماغيج نصف الآلي ورقة قياس الشكل

استكشف المزيد من الفيديوهات