ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

نشكر انجيليكا بيرغ للمساعدة المختبر. وأيد هذا العمل وبتمويل من جمعية ماكس بلانك ومدرسة جينا لالميكروبية الاتصالات (JSMC).

<ol><li>Pais, R., Lohs, C., Wu, Y. N., Wang, J. W., Aksoy, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+obligate+mutualist+Wigglesworthia+glossinidia+influences+reproduction%2C+digestion%2C+and+immunity+processes+of+its+host%2C+the+tsetse+fly%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The obligate mutualist Wigglesworthia glossinidia influences reproduction, digestion, and immunity processes of its host, the tsetse fly.</a> Appl. Environ. Microbiol. 74, 5965-5974 (2008).</li>
<li>Freitak, D., Heckel, D. G., Vogel, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dietary-dependent+trans-generational+immune+priming+in+an+insect+herbivore%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Biol.+Sci%22%5BJournal%5D)">Dietary-dependent trans-generational immune priming in an insect herbivore.</a> Proc. Biol. Sci. 276, 2617-2624 (2009).</li>
<li>Dillon, R. J., Vennard, C. T., Charnley, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Note%3A+Gut+bacteria+produce+components+of+a+locust+cohesion+pheromone%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Appl.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A Note: Gut bacteria produce components of a locust cohesion pheromone.</a> J. Appl. Microbiol. 92, 759-763 (2002).</li>
<li>Douglas, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nutritional+interactions+in+insect-microbial+symbioses%3A+Aphids+and+their+symbiotic+bacteria+Buchnera%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Entomol%22%5BJournal%5D)">Nutritional interactions in insect-microbial symbioses: Aphids and their symbiotic bacteria Buchnera.</a> Annu. Rev. Entomol. 43, 17-37 (1998).</li>
<li>Reichardt, N., Barclay, A. R., Weaver, L. T., Morrison, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+stable+isotopes+to+measure+the+metabolic+activity+of+the+human+intestinal+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of stable isotopes to measure the metabolic activity of the human intestinal microbiota.</a> Appl. Environ. Microbiol. 77, 8009-8014 (2011).</li>
<li>Dumont, M. G., Murrell, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stable+isotope+probing+-+linking+microbial+identity+to+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Stable isotope probing - linking microbial identity to function.</a> Nat. Rev. Microbiol. 3, 499-504 (2005).</li>
<li>Gil, R., Latorre, A., Moya, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+endosymbionts+of+insects%3A+insights+from+comparative+genomics%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bacterial endosymbionts of insects: insights from comparative genomics.</a> Environ. Microbiol. 6, 1109-1122 (2004).</li>
<li>Brune, A. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBrune%2C+A+%22Encyclopedia+of+Insects%22">Encyclopedia of Insects</a>. VH, R. esh, Cardé, R. T. , Elsevier. 1132(2005).</li>
<li>Breznak, J. A., Brune, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+microorganisms+in+the+digestion+of+lignocellulose+by+termites%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Entomol%22%5BJournal%5D)">Role of microorganisms in the digestion of lignocellulose by termites.</a> Annu. Rev. Entomol. 39, 453-487 (1994).</li>
<li>Broderick, N. A., Raffa, K. F., Goodman, R. M., Handelsman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Census+of+the+bacterial+community+of+the+gypsy+moth+larval+midgut+by+using+culturing+and+culture-independent+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Census of the bacterial community of the gypsy moth larval midgut by using culturing and culture-independent methods.</a> Appl. Environ. Microbiol. 70, 293-300 (2004).</li>
<li>Funke, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+hydrolysis+of+quorum-sensing+molecules+in+the+gut+of+lepidopteran+larvae%5BTitle%5D)+AND+%22Chembiochem%22%5BJournal%5D)">Rapid hydrolysis of quorum-sensing molecules in the gut of lepidopteran larvae.</a> Chembiochem. 9, 1953-1959 (2008).</li>
<li>Tang, X. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complexity+and+variability+of+gut+commensal+microbiota+in+polyphagous+lepidopteran+larvae%5BTitle%5D)+AND+%22PloS+One%22%5BJournal%5D)">Complexity and variability of gut commensal microbiota in polyphagous lepidopteran larvae.</a> PloS One. 7, (2012).</li>
<li>Amann, R. I., Ludwig, W., Schleifer, K. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogenetic+identification+and+in-situ+detection+of+individual+microbial-cells+without+cultivation%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol.+Rev%22%5BJournal%5D)">Phylogenetic identification and in-situ detection of individual microbial-cells without cultivation.</a> Microbiol. Rev. 59, 143-169 (1995).</li>
<li>Olsen, G. J., Lane, D. J., Giovannoni, S. J., Pace, N. R., Stahl, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+ecology+and+evolution+-+a+ribosomal-rna+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial ecology and evolution - a ribosomal-rna approach.</a> Annu. Rev. Microbiol. 40, 337-365 (1986).</li>
<li>Pilloni, G., von Netzer, F., Engel, M., Lueders, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electron+acceptor-dependent+identification+of+key+anaerobic+toluene+degraders+at+a+tar-oil-contaminated+aquifer+by+Pyro-SIP%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Electron acceptor-dependent identification of key anaerobic toluene degraders at a tar-oil-contaminated aquifer by Pyro-SIP.</a> FEMS Microbiol. Ecol. 78, 165-175 (2011).</li>
<li>Lu, Y. H., Conrad, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+stable+isotope+probing+of+methanogenic+archaea+in+the+rice+rhizosphere%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">In situ stable isotope probing of methanogenic archaea in the rice rhizosphere.</a> Science. 309, 1088-1090 (2005).</li>
<li>Radajewski, S., Ineson, P., Parekh, N. R., Murrell, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stable-isotope+probing+as+a+tool+in+microbial+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Stable-isotope probing as a tool in microbial ecology.</a> Nature. 403, 646-649 (2000).</li>
<li>Lueders, T., Pommerenke, B., Friedrich, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stable-isotope+probing+of+microorganisms+thriving+at+thermodynamic+limits%3A+Syntrophic+propionate+oxidation+in+flooded+soil%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Stable-isotope probing of microorganisms thriving at thermodynamic limits: Syntrophic propionate oxidation in flooded soil.</a> Appl. Environ. Microbiol. 70, 5778-5786 (2004).</li>
<li>Kunapuli, U., Lueders, T., Meckenstock, R. U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+stable+isotope+probing+to+identify+key+iron-reducing+microorganisms+involved+in+anaerobic+benzene+degradation%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">The use of stable isotope probing to identify key iron-reducing microorganisms involved in anaerobic benzene degradation.</a> ISME J. 1, 643-653 (2007).</li>
<li>Fuhrer, T., Fischer, E., Sauer, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Experimental+identification+and+quantification+of+glucose+metabolism+in+seven+bacterial+species%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Experimental identification and quantification of glucose metabolism in seven bacterial species.</a> J. Bacteriol. 187, 1581-1590 (2005).</li>
<li>Dunford, E. A., Neufeld, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+Stable-Isotope+Probing+%28DNA-SIP%29%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Vis.+Exp%22%5BJournal%5D)">DNA Stable-Isotope Probing (DNA-SIP).</a> J. Vis. Exp. (42), (2010).</li>
<li>Yamasaki, S., Nomura, N., Nakajima, T., Uchiyama, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cultivation-independent+identification+of+candidate+dehalorespiring+bacteria+in+tetrachloroethylene+degradation%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Sci.+Technol%22%5BJournal%5D)">Cultivation-independent identification of candidate dehalorespiring bacteria in tetrachloroethylene degradation.</a> Environ. Sci. Technol. 46, 7709-7716 (2012).</li>
<li>Lueders, T., Manefield, M., Friedrich, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhanced+sensitivity+of+DNA-+and+rRNA-based+stable+isotope+probing+by+fractionation+and+quantitative+analysis+of+isopycnic+centrifugation+gradients%5BTitle%5D)+AND+%22Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Enhanced sensitivity of DNA- and rRNA-based stable isotope probing by fractionation and quantitative analysis of isopycnic centrifugation gradients.</a> Environ. Microbiol. 6, 73-78 (2004).</li>
<li>Ishak, H. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+diversity+in+Solenopsis+invicta+and+Solenopsis+geminata+ant+colonies+characterized+by+16S+amplicon+454+pyrosequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Microb.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Bacterial diversity in Solenopsis invicta and Solenopsis geminata ant colonies characterized by 16S amplicon 454 pyrosequencing.</a> Microb. Ecol. 61, 821-831 (2011).</li>
<li>Sun, Y., Wolcott, R. D., Dowd, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tag-encoded+FLX+amplicon+pyrosequencing+for+the+elucidation+of+microbial+and+functional+gene+diversity+in+any+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Tag-encoded FLX amplicon pyrosequencing for the elucidation of microbial and functional gene diversity in any environment.</a> Methods Mol. Biol. 733, 129-141 (2011).</li>
<li>Kuczynski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+QIIME+to+Analyze+16S+rRNA+Gene+sequences+from+microbial+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Protoc.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Using QIIME to Analyze 16S rRNA Gene sequences from microbial communities.</a> Curr. Protoc. Microbiol. Chapter 1, Unit1E 5(2012).</li>
<li>Dillon, R. J., Dillon, V. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+gut+bacteria+of+insects%3A+nonpathogenic+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Entomol%22%5BJournal%5D)">The gut bacteria of insects: nonpathogenic interactions.</a> Annu. Rev. Entomol. 49, 71-92 (2004).</li>
<li>Neufeld, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+stable-isotope+probing%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">DNA stable-isotope probing.</a> Nat. Protoc. 2, 860-866 (2007).</li>
<li>Dumont, M. G., Murrell, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stable+isotope+probing+-+linking+microbial+identity+to+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Stable isotope probing - linking microbial identity to function.</a> Nat. Rev. Microbiol. 3, 499-504 (2005).</li>
</ol>

ليس لدينا شيء في الكشف عنها.

القناة الهضمية لمعظم الحشرات تؤوي المجتمع الميكروبية غنية ومعقدة، عادة 10 -10 7 9 خلايا أولية النواة تقديم هناك، يفوق عدد خلايا المضيف نفسه في معظم الحالات. وبالتالي، فإن القناة الهضمية للحشرات هو &quot;نقطة ساخنة&quot; للأنشطة الميكروبية متنوعة، تمثل جوانب متعددة من العلاقات الميكروبية، من التسبب إلزام تبادل المنافع والمصالح 27. على الرغم من أن العديد من الدراسات قد وصفت مجموعة متنوعة مذهلة من المجتمعات الميكروبية الأمعاء الحشرات، وتوصيف النشاط الأيضي من الأ...

ومن المعروف الجمعيات التكافلية الحشرات للبكتيريا لعدد كبير من أنواع الحشرات 7. في هذه الجمعيات التكافلية، والكائنات الدقيقة تلعب دورا هاما في نمو وتطور الحشرات. وقد ثبت أن الميكروبات إلى المساهمة في التكاثر الحشرات 1، 3 فرمون الحيوي، والتغذية، بما في ذلك تركيب الأحماض الأمينية الأساسية 4، وهضم الطعام قابلة للوصول إلى المضيف. على الرغم من مجموعة واسعة من الجمعيات العاملة في الأمعاء البكتيرية، كما هو معروف أقل بكثير عن دور وظيفي أنها تلعب لصالح الحشرات. فقط في حالة النمل الأبيض، والهضم التكافلية من مادة الخشب التي يقوم بها بدائيات النوى، البروتوزوا والفطريات، وقد درس على نطاق واسع 8،9. وعلى النقيض من ذلك، لا يعرف إلا القليل عن علاقة تكافلية موجودة في القناة الهضمية للحشرات اختصاصي دودة ورق القطن أي، ورق القطن littoralis. وعلاوة على ذلك، وذلك بسبب التحول المتكرر الجنود النبات، عامويتعرض الخاصة العراقية الحشرات والأمعاء البكتيرية المجتمعات المرتبطة بها بشكل دائم إلى التحديات الجديدة المرتبطة عادات التغذية الخاصة بهم طويلا النباتات مع مجموعة كبيرة من المواد الكيميائية النباتية. بجانب هذا، والبيئة في القناة الهضمية lepidopterans، يمثل في حد ذاته بيئة قاسية لنمو البكتيريا بسبب ارتفاع درجة الحموضة القناة الهضمية 10. لا سيما في حالة S. littoralis، وهي تتراوح بين 10.5 في المعى الأمامي، كاليفورنيا. 9 في المعي المتوسط ​​لدرجة الحموضة ما يقرب من 7 في المعى المؤخر 11. من ناحية أخرى، ويرتبط مع المجتمع البكتيرية أمعاء S. littoralis بسيط. تانغ، Freitak، وآخرون. ذكرت 12 كحد أقصى 36 phylotypes ينتمون إلى ما مجموعه 7 الأنواع البكتيرية المختلفة وأعضاء فقط من المجتمع البكتيرية المصاحبة لهذه الحشرات. وبالاضافة الى هذا، لا يلزم إجراء تربية معقدة لنمو الحشرات في المختبر. وعلاوة على ذلك، وهذا ودورة حياة قصيرة من الحشرات تسهيل متعدد زدراسات enerational، وتحول هذه الأنواع إلى نظام نموذج مثالي لدراسة التفاعلات القناة الهضمية للميكروب. مع ظهور تقنيات التسلسل PCR القائم، ازداد عدد من الدراسات التي تتناول القناة الهضمية الكائنات الحية من عدة كائنات (أي البشر والحشرات، أو الكائنات البحرية). وعلاوة على ذلك، فإن النتائج تكون مستقلة من العزلة وزراعة الأمعاء آوى البكتيريا كما هو الحال في الماضي. تقريبا 99٪ من البكتيريا ليست صالحة للزراعة ومحاكاة للظروف البيئية السائدة في القناة الهضمية من الصعب 12. باستخدام PCR، 16S الرنا الريباسي شظايا الجينات (المورثات علامة النشوء والتطور المستخدمة على نطاق واسع بين البكتيريا) يمكن التوسع بشكل انتقائي من قالب الحمض النووي مختلطة من المجتمعات البكتيرية امعاء، والتسلسل، والمستنسخة. مع هذه المعلومات، يكون المستخدم قادرا على تحديد الأنواع البكتيرية بعد استرجاع المعلومات من قواعد البيانات العامة تسلسل 13،14. ومع ذلك، تقترب من التسلسل لوصف البكتيريةلا تزال المجتمعات غير كافية نظرا لعدم وجود معلومات عن مساهمة الأيض لا يتجزأ من الأنواع الفردية داخل المجتمع. مستقر النظائر التحقيق (SIP) هو تقنية خالية من ثقافة واعدة. وغالبا ما تستخدم في علم الأحياء الدقيقة البيئية لتحليل phylogenies الجراثيم مرتبطة سيما أنشطة الأيضية. ويتحقق هذا من خلال تتبع مستقرة، وصفت ذرات النظائر من ركائز في المؤشرات الحيوية الميكروبية، مثل الأحماض الدهنية المشتقة من الدهون الفوسفاتية، الحمض النووي، والجيش الملكي النيبالي 5. عند النظر في الأحماض النووية، ويستند على منهجية فصل 13 الحمض النووي المسمى C أو الحمض النووي الريبي من الحمض النووي غير المسماة التي كتبها الكثافة تنبيذ فائق التدرج 6. ونتيجة لهذا الاتصال المباشر بين تسمية الحمض النووي والنشاط الأيضي، تحليل الجزيئي المصب من الأحماض النووية يحدد الأنواع ويقدم معلومات عن أنشطة الأيضية. علاوة على ذلك، مزيج من الحمض النووي SIP وpyrosequencing الذي يطبقهPilloni، فون نيتسر، 15 آخرون، يسمح بتحديد بسيطة وحساسة خاصة من الأنواع البكتيرية الموجودة في الثقيلة 13-C المسمى DNA الكسر. حتى الآن، وقد تم تطبيق هذه التقنية لوصف المجتمعات البكتيرية المشاركة في العمليات البيولوجية الكيميائية في التربة تحت الهوائية واللاهوائية 16،17 18،19 الظروف. إلى جانب استخدام في العلوم البيئية، وقد تم تطبيق هذه التقنية في العلوم الطبية كما ذكرت من قبل Reichardt، وآخرون. 5، الذي وصف الأنشطة الأيضية لمجموعات مختلفة من النشوء والتطور مجهريات البقعة المعوية الإنسان ردا على الكربوهيدرات غير قابلة للهضم. هنا نستخدم 13 C-الجلوكوز إلى &#39;التسمية&#39; الحمض النووي من الأنواع البكتيرية عملية الأيض نشطة في القناة الهضمية. الجلوكوز هو سكر استخدامها من قبل معظم الأنواع البكتيرية على طول نطاق واسع Entner-Doudoroff (ED) المسار، على الرغم من استثناءات معروفة 20. هذايبرر استخدام 13 C-الجلوكوز باعتباره التحقيق الأيض موثوقة التي توفر وصلة بين نواتج الأيض من الاهتمام ومصدر الكربون على طول مسارات ثابتة. اعتمادا على مسألة علمية، ركائز أخرى، أي 13 C-الميثان، 13 CO 2، أو النباتات التي أثيرت في إطار جو 13 CO 2، ويمكن استخدامها للتصدي للأنشطة الأيضية. عند هذه النقطة، فإننا نقدم البروتوكول المطبق في توصيف التمثيل الغذائي للمجتمع الأمعاء البكتيرية من حشرة اختصاصي، وهما س. littoralis (قشريات الجناح، Noctuidae). علاوة على ذلك، كان إلى جانب هذه التقنية لpyrosequencing، والذي يسمح بدوره بتحديد الحشرات الأمعاء البكتيرية المجتمع مع ارتفاع القرار والدقة. والركيزة الرئيسية، واستخدمت 13 الجلوكوز C المسمى خلال التجارب.

<table><tbody><tr><td>Dumont # 5 مرآة إنهاء ملقط</td><td>أدوات العلوم الدقيقة</td><td>11251-23</td> <td>&nbsp ؛</td></tr><tr><td>Vannas الربيع مقص</td><td>أدوات العلوم الدقيقة</td><td>15000-00</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>مكثف فراغ السرعة 5301</td><td>Eppendorf ألمانيا</td><td>5305 000.304</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>مدقة بلاستيكية</td><td>Carl Roth GmbH Co. ألمانيا</td><td>P986.1</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>مقياس الطيف الضوئي NanoVue</td><td>GE HealthCare ، المملكة المتحدة</td><td>28-9569-58</td> <td>&nbsp ؛</td></tr><tr><td>Mastercycler pro / thermocycler</td><td>Eppendorf ألمانيا</td><td>6321 000.515</td><td>&nbsp;</td></tr>غرفة <tr><td>الرحلان الكهربائي للهلام الأفقي القياسي Agagel</td> توقف <td>الميترا</td><td></td> <td>الحيوية &nbsp;</td></tr><tr><td>أجهزة الطرد المركزي الفائقة (Optima L-90K)</td><td>Beckman</td><td>A20684</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>دوار الطرد المركزي الفائق (NVT 90)</td><td>Beckman</td><td>362752</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>مضخة HPLC</td><td>Agilent</td><td>1100</td> <td>&nbsp ؛</td></tr><tr><td>ختم سريع ، أنبوب Polyallomer</td><td>بيكمان</td><td>342412</td><td>&nbsp;</td></tr><tr><td>Transilluminator UVstar 15 &nbsp ؛</td><td>القياسات الحيوية</td><td></td><td>&nbsp;</td></tr></tbody></table>

تحديد البكتيريا عملية الأيض نشطة في الوتر من اختصاصي<em&gt; ورق القطن littoralis</em&gt; عن طريق الحمض النووي النظائر مستقرة جس طريق<sup&gt; 13</sup&gt; c-الجلوكوز

Identification of Metabolically Active Bacteria in the Gut of the Generalist Spodoptera littoralis via DNA Stable Isotope Probing Using 13C-Glucose

الشجاعة لمعظم الحشرات ويسكنها مجتمعات معقدة من البكتيريا التكافلية غير إمراضية. داخل هذه المجتمعات الميكروبية فمن الممكن لتحديد الأنواع المتعايشة أو البكتيريا المنفعة المتبادلة. تلك الأخيرة، وقد لوحظ أن تخدم وظائف متعددة لحشرة، أي مساعدة في مجال الإنجاب الحشرات 1، وتعزيز الاستجابة المناعية 2، وإنتاج فرمون 3، وكذلك التغذية، بما في ذلك تركيب الأحماض الأمينية الأساسية 4، وغيرها. نظرا لأهمية هذه الجمعيات، وقد بذلت الكثير من الجهود لتميز المجتمعات وصولا الى أعضاء الفردية. ومع ذلك، فإن معظم هذه الجهود استندت إما على طرق الزراعة أو الاعتماد على توليد شظايا الجينات 16S الرنا الريباسي التي كانت لتحديد التسلسل النهائي. للأسف، حدد هذه الأساليب فقط الأنواع البكتيرية الموجودة في الأمعاء وعدم تقديم المعلومات حول عمليةايون على النشاط الأيضي من الكائنات الحية الدقيقة. لتوصيف الأنواع البكتيرية عملية الأيض نشطة في القناة الهضمية للحشرة، وكنا النظائر مستقرة التحقيق (SIP) في الجسم الحي توظيف 13 C-الجلوكوز باعتباره الركيزة عالمية. هذا هو أسلوب خالية من الثقافة الواعدة التي تتيح الربط بين phylogenies الميكروبية إلى النشاط الأيضي الخاصة. هذا ممكن من خلال تتبع مستقرة، وصفت ذرات النظائر من ركائز في المؤشرات الحيوية الميكروبية، مثل الحمض النووي والجيش الملكي النيبالي 5. إدماج 13 C النظائر في الحمض النووي يزيد من كثافة الحمض النووي المسمى مقارنة أونلبلد (12 C) واحدة. في النهاية، يتم فصل الحمض النووي 13 C المسمى أو الحمض النووي الريبي التي كتبها الكثافة تنبيذ فائق التدرج من 12 C-أونلبلد مماثلة واحدة 6. التحليل الجزيئي لاحقة من isotopomers الحمض النووي يوفر فصل العلاقة بين النشاط الأيضي وهوية الأنواع. هنا، فإننا نقدم البروتوكول المستخدم لوصف عملية الأيض نشطة البكتيريا في أمعاء حشرة اختصاصي (نظام نموذجنا)، littoralis ورق القطن (قشريات الجناح، Noctuidae). وقد تم تحليل النشوء والتطور من الحمض النووي باستخدام pyrosequencing، مما سمح عالية الدقة والدقة في تحديد القناة الهضمية للحشرات المجتمع البكتيرية. والركيزة الرئيسية، وكان يستخدم الجلوكوز 13 C المسمى في التجارب. كان يتغذى الركيزة إلى الحشرات باستخدام نظام غذائي الاصطناعي.

لتحقيق وضع العلامات كافية من البكتيريا عملية الأيض نشطة موجودة في القناة الهضمية للحشرات، يجب أن تتعرض الحشرة الى 13-C الغنية الركيزة لفترة الأمثل سابقا كافية للسماح للانفصال وصفت جزء أثقل بسهولة من أخف وزنا غير المسماة واحد. في حالتنا، واستكملت 13 C-الجلوكوز في النظام الغذائي الاصطناعي في تركيز النهائي من 10 ملم لمدة 1 يوم (الشكل 1A). تم توفير نفس كمية الجلوكوز العادي (الشكل 1B) في النظام الغذائي الاصطناعي من الحشرات السيطرة...

المجتمع البكتيرية النشطة المرتبطة أمعاء littoralis ورق القطن، والتي يحددها مستقرة-سبر النظائر (SIP) بالإضافة إلى pyrosequencing. باستخدام هذه المنهجية، وقد تم التعرف على الأنواع البكتيريا عملية الأيض نشطة داخل المجتمع مع ارتفاع القرار والدقة.

تحديد البكتيريا عملية الأيض نشطة في الوتر من اختصاصي<em&gt; ورق القطن littoralis</em&gt; عن طريق الحمض النووي النظائر مستقرة جس طريق<sup&gt; 13</sup&gt; C-الجلوكوز

Guts of most insects are inhabited by complex communities of symbiotic nonpathogenic bacteria. Within such microbial communities it is possible to ...

الهدف العام من التجربة التالية هو تفصيل منهجية فعالة تُستخدم للتوصيف الجيني العرقي للبكتيريا النشطة أيضياً في أمعاء حشرة ما. ويتحقق ذلك أولاً عن طريق تغذية الحشرة بالجلوكوز المسمى بـ C 13 لإغناء الحمض النووي (DNA) للبكتيريا النشطة أيضياً في أمعائها نظائرياً. وتتمثل الخطوة التالية في استخلاص الـ DNA للمجتمع البكتيري الموجود في الأمعاء.تتمثل الخطوة الثالثة في فصل الحمض النووي (DNA) للأنواع النشطة استقلابياً، والتي دمجت C 13. بعد ذلك، يتم تحديد الحمض النووي تصنيفياً وتقدير كمية الأنواع الموجودة عن طريق تسلسل pyro. وبذلك يتم تحديد الأنواع البكتيرية النشطة استقلابياً والتي تشكل المجتمع الموجود في أمعاء الحشرة.إن أمعاء الكائنات متعددة الخلايا هي ابتكار عبقري لاستغلال القدرات الأيضية للكائنات الدقيقة في تحليل أو إذابة المواد العضوية المعقدة بحيث يمكنها في النهاية أن تعمل كمواد مغذية للحشرة المضيفة. ولفهم هذا النظام، يتعين علينا أولاً تحليل الكائنات الموجودة هناك، وثانياً تحديد من يمتلك أي من الأنشطة الأيضية. وإذا توفرت لدينا هذه البيانات، يمكننا إعادة بناء تدفق المستقلبات ونواتج التحلل بين الكائنات الدقيقة المحللة والحشرة المضيفة.يمكن لهذه الطريقة أن تساعدنا في الإجابة على أسئلة جوهرية في مجال الإيكولوجيا الميكروبية، وخاصة فيما يتعلق بكيفية تفاعل هذه الميكروبات مع مضيفها. وبهذا المعنى، يمكننا معرفة المزيد وتوضيح وتحديد الوظائف التي تؤديها هذه الكائنات لمضيفها. كما يمكن لهذه الطريقة أن توفر رؤية شاملة حول بكتيريا الأمعاء النشطة بشكل عام.من خلال تتبع glucose، يمكن إجراء هذه العملية أيضاً على مصادر كربون أخرى، مثل وسم cellose لتحديد البكتيريا النشطة المشاركة في عملية هضم nutrient. يتم الحفاظ على liters والبيض وأطباق Petri في درجة حرارة الغرفة حتى تفقس. بعد ذلك، تُنقل اليرقات حديثة الفقس إلى صندوق بلاستيكي نظيف وتُربى على نظام غذائي اصطناعي في درجة حرارة تتراوح من 23 إلى 25 درجة Celsius تحت نظام نهاري طويل يتكون من 16 ساعة من الإضاءة وثماني ساعات من الظلام. بعد بضعة أيام، يتم نقل تسعة إلى 15 يرقات سليمة من الطور الثاني من صندوق التربية إلى أطباق Petri فردية تحتوي على C 13 glucose طازج.بالنسبة للنظام الغذائي الاصطناعي المضاف إليه المادة، يلزم توفير ثلاث مكررات على الأقل لكل معاملة، بحيث تحتوي كل مكررة على ثلاث يرقات. استخدم نظاماً غذائياً اصطناعياً يوفر نفس كمية الجلوكوز الأصلية الموجودة في مصدر غذائي طبيعي مثل القطن لتغذية مجموعة الضبط. وذلك على مدار الـ 24 ساعة التالية.قم بتجديد الأنظمة الغذائية الاصطناعية بشكل متكرر. ابدأ بنقل اليرقات باستخدام ملقط ناعم إلى حوض من الماء المقطر لإزالة الشوائب الكبيرة. ثم انقلها إلى طبق نظيف جديد لتخدير الحشرات وقتلها.ضعها على الثلج ثم اخفض درجة الحرارة إلى خمس درجات مئوية تحت الصفر في مبرد. بعد ذلك، قم بتطهير الحشرات الميتة باستخدام 70% ethanol وغمرها في PBS لإجراء التشريح. يجب أيضاً تنظيف الأدوات باستخدام 70% ethanol.ابدأ بإجراء شقوق في القشيرة على الجانبين الأيمن والأيسر. ابدأ من الرأس وانتهِ عند الشرج. قم بإزالة الهيكل الخارجي بالكامل، والأنابيب المالبيجية، والجسم الدهني.بعد ذلك، استبدل المحلول المنظم قبل فتح الأمعاء بالأمعاء المعزولة عن الأنسجة الأخرى. قم بمعالجة الأمعاء كاملة أو أقسام منها سواء كانت المعي المتوسط أو المعي الخلفي، وذلك بناءً على السؤال العلمي.انقل أنسجة الأمعاء بدون PBS إلى أنبوب معقم صغير واحفظها في المجمد. قبل استخلاص DNA، جفف العينات عند 45 درجة مئوية في جهاز تركيز بالتفريغ لمدة تتراوح من 30 إلى 90 دقيقة، اعتماداً على حجم النسيج. بعد ذلك، اسحق النسيج المجفف باستخدام مدقة بلاستيكية معقمة لاستخلاص genomic DNA باستخدام مجموعة أدوات استخلاص DNA من التربة.ثم حدد تركيز الحمض النووي (DNA) النهائي المستخلص باستخدام مقياس الطيف الضوئي. وتحقق من نجاح استخلاص الحمض النووي الميتاجينومي الميكروبي من أمعاء الحشرة عن طريق إعداد تحليل PCR تشخيصي باستخدام بادئات بكتيرية عامة 27 F و 1, 492 R لأغراض التشخيص. قم بتشغيل خمسة µL من كل ناتج PCR على هلام agarose بتركيز 1% عند 300 فولت و 115 مللي أمبير لمدة 20 دقيقة تقريبًا.الحجم الصحيح لنواتج التضخيم هو 1.5 kilobases. قم بتجميع الحمض النووي المستخلص المقابل لكل مكرر تجريبي، مع الحفاظ على فصل العينات التي تحتوي على C 13 glucose عن تلك التي لا تحتوي عليه.قم بتوحيد تركيزات الـ DNA لضمان مساهمة كل عينة بشكل متساوٍ في مجموعتها. ويُعد التركيز النهائي الذي يتراوح بين 500 و 5,000 nanograms من الـ DNA مناسباً لعملية الطرد المركزي الفائق. تحقق مرة أخرى من التركيز المتوقع باستخدام مقياس الطيف الضوئي في أنبوب معقم بسعة 15 milliliter ذو غطاء لولبي.قم بتحضير الوسط المتدرج. امزج الحمض النووي DNA الكمي مع 4.8 milliliters من محلول كلوريد السيزيوم. ثم استكمل الحجم بإضافة ستة milliliters من منظم التدرج.انقل المخاليط بعناية إلى أنابيب طرد مركزي فائقة سعة 5.1 milliliter. استخدم سرنجة وإبرة لملء الأنابيب حتى قاعدة عنقها، وتجنب الضخ أو تكوين أي فقاعات هوائية. يجب تضمين تدرج فارغ واحد على الأقل بدون DNA في كل عملية تشغيل.لعمل تدرج مرجعي، اختر أزواجاً من الأنابيب ووازنها بحيث لا يتجاوز الفرق بينها 10 milligrams. ضع سدادة محكمة على كل أنبوب وتحقق من عدم وجود تسريبات عن طريق قلب الأنبوب والضغط عليه يدوياً بضغط متوسط. استخدم دواراً شبه عمودي يحتوي على ثماني فتحات.أغلق آبار الدوار بإحكام وقم بتحميل الدوار في جهاز الطرد المركزي الفائق وفقاً لتعليمات الشركة المصنعة. قم بترسيب DNA بسرعة 50,000 RPM عند درجة حرارة 20 °C تحت تفريغ هوائي لمدة 40 ساعة. اختر أقصى تسارع والتباطؤ بدون كبح.بعد يومين، أخرج الأنابيب بعناية من دوار جهاز الطرد المركزي باستخدام ملقط. ضعها في حامل دون تعكير التدرجات المتكونة وقم بمعالجة الأنابيب على الفور. أولاً، قم بموازنة جهاز HPLC باستخدام معدل تدفق قدره 850 microliters per minute.بعد ذلك، قم بتثبيت أنبوب الطرد المركزي الفائق بواسطة حامل مشبك، واثقب قاع الأنبوب باستخدام إبرة مقاس 23 وبعرض بوصة واحدة متصلة بمحقنة. ثم اثقب الجزء العلوي من الأنبوب بعناية باستخدام ملقط تحكم لمنع تعكير شكل التدرج، مع التدرب مسبقاً لضمان نجاح عملية PSA. بعد ذلك، أدخل الإبرة المتصلة بأنابيب المضخة في الجزء العلوي من الأنبوب حيث لا يوجد سائل، وقم بجمع القطرات من القاع مباشرة في أنابيب Microfuge معقمة سعة 1.5 milliliter، مع جمع جزء كل 30 ثانية بمقدار 425 µL لكل جزء.في هذا المثال، يتم جمع 12 جزءًا من كل تدرج. بعد ذلك، قم بقياس كثافة كل جزء منفصل باستخدام ميزان تحليلي. باشر بعملية استعادة DNA وتسلسل pyro من خلال مراجعة البروتوكول النصي لمدة 24 ساعة.تمت إضافة 10 millimolar من C 13 glucose إلى النظام الغذائي ليرقات ssop liters. وأضيفت الكمية نفسها من الجلوكوز العادي إلى غذاء الحشرات في مجموعة الضبط. بعد ذلك، تم استخلاص DNA من المجتمع البكتيري في أمعاء الحشرة.على هلام الفصل الكهربائي، أكدت حزمة قوية من DNA الجينومي في الأعلى نجاح عملية استخلاص DNA، و PCR تشخيصي. وأظهر استخدام بادئات بكتيرية عامة وجود DNA بكتيري، كما أجري تسلسل pyro كمي مباشرة على تدرجات SIP الممثلة للكشف عن سلالات الأنواع ووفرتها النسبية. تم توليد ما مجموعه 120,045 قراءة عالية الجودة بمتوسط طول 404 OTs.أظهر ملف تسلسل البايروسيكوينسينج (pyro sequencing) زيادة في وفرة أنواع معينة، بما في ذلك enterococcus و panto في العينة الموصومة مقارنة بالمجموعة الضابطة. وبناءً على ذلك، تُعتبر هذه البكتيريا نشطة أيضياً وتستحق المزيد من الدراسة. لذا، عند محاولة تنفيذ هذا الإجراء، من المهم تذكر إدراج ضابط مناسب في تحليل CYP.وبذلك سيتم طرح تأثير الخلفية والتلوث في وميض الشعر، ولضمان أن ظهور أو اختفاء تنوع البكتيريا ووفرتها ليس مجرد نتيجة عرضية للكتلة نفسها. يمكن اتباع هذا الإجراء أو استخدام منهجيات مثل التهجين الموضعي المتألق (fluorescence in situ hybridization) وتنفيذها للإجابة على أسئلة إضافية. وفي هذه الحالة، سيتم البحث في تحديد مواقع البكتيريا وترتيبها داخل أمعاء الحشرة.

identification-metabolically-active-bacteria-gut-generalist

Research

JoVE Journal

Biology

علم الأحياء

DNA - النظائر مستقرة تحقق هو أسلوب زراعة مستقل لتحديد وتوصيف المجتمعات النشطة من الكائنات الحية الدقيقة التي هي قادرة على الاستفادة من ركائز محددة. استيعاب الركيزة المخصب في النظائر الثقيلة يؤدي إلى دمج ذرات المسمى في الكتلة الحيوية الميكروبية. الكثافة تنبيذ فائق التدرج يسترد الحمض النووي المسمى لتحاليل جزيئية المصب.

DNA - النظائر المستقرة جس (DNA - SIP)

يوصف التنميط النظائر مستقرة التحليل اللوني للغاز الكتلة الطيفي لتدفق الاستقلابية المتوسطة في الديدان...

النظائر مستقرة من التنميط التمويه الاستقلابية المتوسطة في مرحلة تطوير والكبار انواع معينة ايليجانس</em

13 C - النظائر الوسم هو تقنية مفيدة لتحديد استقلاب الخلية المركزية لمختلف أنواع الكائنات الحية الدقيقة. بعد أن تم مثقف الخلايا مع ركيزة محددة المسمى ، يمكن GC - MS قياس تكشف المسارات الأيضية الوظيفية استنادا إلى أنماط وسم فريدة من نوعها في الأحماض الأمينية proteinogenic.

تأكيد المسار الأيضي والاكتشاف من خلال 13 C - وضع العلامات من الأحماض الأمينية Proteinogenic

يتم تحليل محتوى الأمعاء الأكثر شيوعاً ماكروينفيرتيبراتيس البصرية. تتطلب معرفة مكثفة عن تنوع الكائنات الحية فريسة المورفولوجية، أنها ملكة جمال الفريسة جسديا لينة، وسبب قوي كومينوشن الجارحة، يكاد يكون من المستحيل لبعض الكائنات الحية، بما في ذلك أمفيبودس. ونحن نقدم النهج الوراثية رواية مفصلة ماكروينفيرتيبراتي فريسة الهوية في النظام الغذائي من أمفيبودس.

بروتوكول مختبر لتحليل محتوى الأمعاء الوراثية ماكروينفيرتيبراتيس المائية استخدام مجموعة محددة المتاشب كبسولة تفجير

نهج علامة المستوى الغذائي الأحماض الدهنية، أي استيعاب الأحماض الدهنية كجزيء كامل ونقل الأنسجة المستهلك مع عدم وجود ثانوية أو التعديل، ويعوقها عن الثغرات المعرفية في استقلاب الأحماض الدهنية من اللافقاريات الصغيرة التربة. إيسوتوبولوجوي التنميط يتم توفيرها كأداة قيمة تشابك التفاعلات التغذوية.

13ج الأحماض الدهنية إيسوتوبولوجوي التنميط يوفر نظرة ثاقبة نقل الكربون التغذوية والايض الدهني للمستهلكين اللافقاريات

لتقارير هذه الورقة البروتوكول المتعلق مقايسة التعرف سريع حيث دراسة تستند إلى تقنية التضخيم متحاور بوساطة حلقة (المصباح). البروتوكول يتطلب التدريب المختبري الحد الأدنى، ويمكن، لذلك، تنفيذ في الموقع عند نقاط الدخول للواردات النباتية مثل الموانئ والمطارات.

مقايسة متحاور تضخيم (مصباح) بوساطة حلقة "التعرف السريع على" دراسة حيث

تصف البروتوكولات أساليب الكروماتوغرافيا السائلة عالية الأداء إلى جانب مؤشر الانكسار أو الكشف الطيفي الكتلي لدراسة التفاعلات الأيضية في الأنظمة المعقدة الخالية من الخلايا القائمة على اليسات.

الكروماتوغرافيا السائلة إلى جانب مؤشر الانكسار أو الكشف الطيفي الكتلي لتنميط المستقلب في الأنظمة الخالية من الخلايا القائمة على Lysate

نقدم عملية عزل وتكاثر وتوصيف البكتيريا المسببة للهيدروكربون من الموائل المائية. يحدد البروتوكول العزل البكتيري ، والتعرف عليه بطريقة 16S rRNA ، واختبار قدرتها على تحلل الهيدروكربونات. ستساعد هذه المقالة الباحثين في توصيف التنوع البيولوجي الميكروبي في العينات البيئية ، وعلى وجه التحديد فحص الميكروبات ذات إمكانات المعالجة البيولوجية.

عزل وتكاثر وتحديد الأنواع البكتيرية ذات خصائص استقلاب الهيدروكربون من الموائل المائية

للحصول على حشرة محورية ، يتم تعقيم سطح بيضتها ، ويتم تربية اليرقة المفرخة لاحقا باستخدام أوراق محورية. توفر هذه الطريقة طريقة فعالة لإعداد الحشرات المحورية دون إعطاء المضادات الحيوية أو تطوير نظام غذائي اصطناعي ، والذي يمكن تطبيقه أيضا على الحشرات الأخرى التي تأكل الأوراق.

إعداد وتربية الحشرات المحورية مع الشتلات المستزرعة في الأنسجة لدراسات تفاعل الميكروبات بين الأمعاء المضيفة لخنفساء الأوراق

Caenorhabditis elegans هو نموذج قوي لفحص المحددات الجزيئية التي تقود تفاعلات الميكروبيوم المضيف. نقدم خط أنابيب عالي الإنتاجية يحدد مستويات الواحد لاستعمار ميكروبيوم الأمعاء جنبا إلى جنب مع الجوانب الرئيسية لفسيولوجيا C. elegans.

تطبيق قياس تدفق الفيرميمتر لتحديد وتحليل ميكروبيوم الأمعاء Caenorhabditis elegans

هنا ، نقدم بروتوكولا باستخدام التهجين الموضعي للأشعة تحت الحمراء الضوئية الحرارية (OPTIR-FISH) ، المعروف أيضا باسم الأسماك الحرارية الضوئية في منتصف الأشعة تحت الحمراء (MIP-FISH) ، لتحديد الخلايا الفردية وفهم عملية التمثيل الغذائي لها. يمكن تطبيق هذه المنهجية على نطاق واسع لتطبيقات متنوعة ، بما في ذلك رسم خرائط التمثيل الغذائي الخلوي بدقة الخلية الواحدة.

التهجين البصري للأشعة تحت الحمراء الحرارية الضوئية في الموقع (OPTIR-FISH)

اكتشف كيفية تحديد البكتيريا النشطة أيضياً في أمعاء حشرة Spodoptera littoralis باستخدام تقنية التنبؤ بالنظائر المستقرة مع الجلوكوز المُعلَّم بـ 13C. تتيح هذه الطريقة ربط الهوية البكتيرية بالنشاط الأيضي عبر تتبع دمج الركيزة المُعلَّمة في الحمض النووي.

تحديد البكتيريا عملية الأيض نشطة في الوتر من اختصاصي ورق القطن littoralis عن طريق الحمض النووي النظائر مستقرة جس طريق 13 C-الجلوكوز (فيديو) | JoVE Journal

تحديد البكتيريا عملية الأيض نشطة في الوتر من اختصاصي

استكشف المزيد من الفيديوهات