الاستفادة المثلى من البروتينات التركيبية: تحديد فصل بين التبعيات مبينا هيكليا و / أو بقايا المرتبطة وظيفيا

الهدف العام من هذا الإجراء هو تحديد المخلفات المتطورة في محاذاة البروتين التي تنطوي على تبعيات تداخل أو IPDs. يتم تحقيق ذلك عن طريق تحميل المحاذاة أولا في عالم العصا ، وهي أداة تحليلات مرئية تنشئ تمثيلا تفاعليا ثلاثي الأبعاد لمحاذاة البروتين وتعرض بوضوح بقايا متفاوتة في عالم العصا. يتم تمثيل كل موضع في المحاذاة كعمود يتكون من كومة من الكرات ، كرة واحدة لكل من الأحماض الأمينية ال 20 المحتملة في هذا الموضع داخل المحاذاة التي يتم حجمها بطريقة تعتمد على التردد ، ويتم لف الأعمدة التي تمثل كل موضع حول أسطوانة لتمثيل IPDs.

يتم رسم خطوط بين المخلفات ، والتي تتطور بشكل مشترك أعلى أو أقل مما هو متوقع إذا كانت المخلفات الموجودة في المواضع تعتمد داخل البرنامج. يتم ضبط المتبقي حتى يكون هناك عدد يمكن التحكم فيه من الحواف ثم يتم تحديد حواف الاهتمام. في النهاية ، يتم استخدام عالم العصا لتحديد المخلفات التي تتطور مع بعضها البعض.

تم تحديد بقايا التجويف المطلوبة وظيفيا في كيناز التهوية. أحد الأسباب التي تجعل الناس يكافحون مع هذه العملية هو الحداثة. إنه شكل فني تقريبا بقدر ما هو علم.

يعد إظهار عالم العصا بصريا أمرا مهما لأنه أداة تحليلات مرئية ويتطلب تفاعل المستخدم. استخدم جهاز كمبيوتر يحتوي على معالج Intel I five أو أفضل مع ما لا يقل عن أربعة غيغابايت من Bram يعمل بنظام التشغيل Mac OS 10 أو Linux OS ، ومجهز بمكتبات Python المدرجة في بروتوكول النص. قم بتنزيل Stick World كأرشيف مضغوط يحتوي على جميع نصوص Python ذات الصلة.

أيضا ، قم بتنزيل البرنامج النصي FASTA ثنائي العصا لتحويل محاذاة تسلسل بروتين fasta DNA القياسية إلى تنسيق عالم العصا. استخرج الأرشيف وضع مجلد عالم العصا الناتج والبرنامج النصي FASTA ثنائي العصا على سطح المكتب. ثم قم بإنشاء محاذاة لتسلسلات البروتين باستخدام أي برنامج محاذاة قياسي.

احفظ المحاذاة على سطح المكتب. غزو التنسيق. افتح التطبيق الطرفي على كمبيوتر Linux الماكرو وانتقل إلى سطح المكتب عن طريق كتابة CD tilda slash desktop والضغط على return في المحطة الطرفية.

اكتب الأمر لجعل البرنامج النصي FASTA ثنائي الذراع قابلا للتنفيذ ثم اكتب الأمر لتنفيذ البرنامج النصي. اتبع التعليمات التي تظهر على الشاشة التي يوفرها البرنامج النصي لتحديد اسم ملف الإدخال واسم الإخراج المطلوب. احفظ ملف الإخراج في الجزء العلوي من سطح المكتب.

انتقل إلى مجلد الملفات التنفيذية لعالم العصا باستخدام التطبيق الطرفي لعالم تشغيل جهاز Mac أو Linux عن طريق كتابة Python dash 32 stick world demo pi في المحطة. تحقق من أن لوحة محمل بيانات عالم العصا مرئية على الشاشة. ثم قم بتحميل محاذاة تسلسل البروتين المحول بالضغط على زر بروتين التحميل.

حدد الملف الذي تم إنشاؤه واضغط على Open stick world سيفتح العديد من النوافذ الجديدة ، بما في ذلك التحكم في عالم العصا و العصا العالمية المفتوحة gl. حدد عالم العصا افتح نافذة GL. اختر إعادة تعيين العرض من قائمة GL المفتوحة لعرض التصور الافتراضي لعالم العصا في عرض من أعلى إلى أسفل من خلال الأسطوانة، مما يمثل البيانات في نوافذ GL المفتوحة القابلة لتغيير الحجم.

توجد العديد من خيارات العرض في عالم العصا. حدد مربعات تسميات الأعمدة والتسميات الكروية في جزء التحكم في عالم العصا لعرض قيم الأعمدة والكرات. قم بإلغاء تحديد المربع الخاص بحواف الأعمدة في جزء التحكم في عالم الذراع لإخفاء خطوط حافة العمود.

اضبط سمك العمود على 0.1 في جزء التحكم في عالم العصا لرسم خط رفيع عبر الأعمدة. لتسهيل التنقل في طريقة العرض ثلاثية الأبعاد، اضغط على رجع لقبول التغيير. أعد تعيين العرض في نافذة GL.

ثم اضغط على زر ملء الشاشة لتعظيم العرض للتنقل داخل البرنامج. قم بتدوير شاشة العالم ثلاثية الأبعاد عن طريق الضغط باستمرار على زر الماوس الأيسر أثناء تحريك الماوس في أي اتجاه. قم بتكبير شاشة العالم ثلاثية الأبعاد عن طريق الضغط باستمرار على زر الماوس الأيمن أثناء تحريك الماوس لأعلى أو لأسفل.

تصفح العرض عن طريق تحريك وتكبير المخلفات المتطورة التي تتجاوز متطلبات العتبة لكل من p والمتبقية متصلة عبر خطوط الحافة. إذا كان هناك عدد كبير جدا أو عدد قليل جدا من الحواف التي تربط المخلفات، فقم بتغيير العتبة المتبقية لإظهار حواف أقل أو أكثر زيادة العتبة المتبقية على ألم التحكم في عالم العصا حتى لا تظهر خطوط حافة IPD ويتم تكثيفها ببطء حتى تظهر العلاقات. استمر في زيادة المتبقي حتى يكون هناك عدد كاف من العلاقات لفحصها.

حدد العلاقات التي تتضمن إما بقايا ذات أهمية معروفة أو بقايا بعيدة عن بعضها البعض داخل المحاذاة باستخدام الأمر بالإضافة إلى النقر بزر الماوس الأيسر، حدد أي حواف ذات أهمية. سيشير جزء التحكم في عالم العصا إلى الأعمدة ويربط بقايا معينة. تمثل الخطوط الصلبة ارتباطات إيجابية.

بينما تمثل الخطوط المتقطعة ارتباطات سلبية. اضغط على زر حواف الإخراج في جزء التحكم في عالم العصا لحفظ ملف بتنسيق نص عادي لجميع الحواف المرئية في الدليل الصحيح ، بما في ذلك بقايا الوصلة وقيمها المتبقية الفعلية. تظهر في المقدمة تبعيات تداخل عنقودي كبيرة أو IPDs ، بما في ذلك ارتباط ثلاث عقد بين الجلايسين في الموضع 1 32 ، وموضع التيروزين 1 35 والبرولين في الموضع 1 41.

هنا ، تم تحريف العرض لوضع المستخدم فوق الأسطوانة قليلا ، مما يكشف عن IPD بين الهيستامين في الموضع 1 36 والميثيونين في الموضع التسعة والعشرين ومائة وسبع بقايا بعيدة. على العكس من ذلك ، فإن الشكل المشتق من A-P-A-M-H-M-M من نفس المجال لا يكتشف هذه التباين على أنه تباين في الشكل المتزامن على وجه التحديد ويحدد أيضا المجموعات الإجمالية في مخطط غير مدعوم بيولوجيا. عند تنفيذ هذا الإجراء ، من المهم أن تتذكر تجربته بطريقتين مختلفتين.

ابدأ ببقايا عالية وشق طريقك لأسفل ، أو ابدأ ببقايا منخفضة وشق طريقك لأعلى ، وبهذه الطريقة يمكنك استكشاف المساحة بطريقتين مختلفتين.