بروتوكول المسح الضوئي على مدار الساعة لتحليل الصور: إيماجيج الإضافات

الهدف العام لبروتوكولات مسح الساعة هذه هو السماح بالتوصيف السريع لمتوسط شدة البكسل داخل مناطق الاهتمام المحددة و / أو على طول حدودها و / أو خارجها. يمكن أن تساعد هذه الطريقة في الإجابة على الأسئلة الرئيسية وتعليم محللي الصور حول متوسط كثافة البكسل في مناطق معينة من الاهتمام. تتمثل المزايا الرئيسية لتقنية مسح الساعة هنا في أنه يمكن استخدامها لتوصيف متوسط شدة البكسل بسرعة من المدار في مناطق واحدة أو متعددة ذات أهمية.

لتحليل مسح الساعة القياسي، ضمن قائمة ملف، في برنامج ImageJ المناسب، حدد فتح لفتح ملف صورة محل اهتمام. على سبيل المثال ، هنا ، سيتم تحليل قسم الأنسجة الذي يحتوي على خلايا عصبية مصنفة لبروتين ذي أهمية. حدد أداة رسم مناسبة، وحدد منطقة الاهتمام.

حدد الإضافات ومسح الساعة من قائمة "ملف" لفتح بروتوكول مسح الساعة القياسي ، نافذة الخيار المنبثقة. سيتم أيضا فتح نافذة مدير منطقة الاهتمام، مع إضافة المخطط التفصيلي تلقائيا. في نافذة خيار المكون الإضافي ، استخدم أشرطة التمرير لتغيير إحداثيات x و y في وسط منطقة الاهتمام ، حسب الاقتضاء.

اعتمادا على مقدار منطقة الخلفية خارج الكائن التي يجب أن يغطيها المسح الضوئي، استخدم شريط تمرير حد المسح الضوئي لضبط حدود الفحص. حدد نصف القطر الحقيقي و/أو طرح الخلفية و/أو التحويل القطبي و/أو المخطط باستخدام خانات اختيار الانحراف المعياري حسب الاقتضاء تجريبيا. ثم انقر فوق "موافق" لتشغيل المكون الإضافي.

بمجرد اكتمال التحليل ، استخدم الأمر list للوصول إلى البيانات الرقمية لمزيد من التحليل. لتحليل مسح الساعة لمناطق متعددة، افتح ملف صورة يحتوي على مناطق متعددة ذات اهتمام. على سبيل المثال ، هنا ، سيتم تحليل لوحة من الإطارات التي تم التقاطها داخل نفس قسم الأنسجة ، كما هو موضح للتو.

انقر فوق تحليل، ثم أدوات، ثم مدير منطقة الاهتمام واستخدم أداة الرسم المناسبة لتحديد كل منطقة ذات اهتمام. تعد أداة الخط المجزأ مفيدة لتحديد مناطق الاهتمام غير المتماثلة ، ولاستبعاد تسمية الخلفية. انقر فوق إضافة في نافذة مدير منطقة الاهتمام لإضافة كل منطقة اهتمام إلى المدير كما تم تحديده.

في قائمة الإضافات، حدد فحص الساعة المتعددة لفتح النافذة المنبثقة لخيارات البروتوكول وإعادة تعيين حد الفحص، حسب الضرورة. تحقق من المؤامرة مع الانحراف المعياري و / أو مربعات الخلفية ، حسب الاقتضاء تجريبيا. ثم انقر فوق موافق لتشغيل البروتوكول ، والذي سيؤدي إلى إنشاء نافذتين لمخطط الإخراج.

لتحليل مسح الساعة لمكدس الصور، افتح مكدس صور محل اهتمام. هنا ، سيتم تحليل مجموعة صور لعقدة جذر ظهرية معزولة ، مصنفة بفلورسنت حساس للكالسيوم تم تصويره قبل وبعد تحفيز القطب داخل الخلايا. حدد منطقة الاهتمام داخل مكدس الصور.

أضف مكدس الصور المحدد إلى مدير منطقة الاهتمام، كما هو موضح للتو، وحدد فحص الساعة المتعددة لفتح النافذة المنبثقة لخيارات البروتوكول. أعد تعيين حد المسح الضوئي حسب الضرورة ، وتحقق من المؤامرة مع الانحراف المعياري ، و / أو طرح مربعات الخلفية ، حسب الاقتضاء تجريبيا. ثم انقر فوق "موافق" لتشغيل البروتوكول ، وإنشاء نافذتين لمخطط الإخراج.

في هذا التحليل التمثيلي لقسم الأنسجة من الخلايا العصبية المسماة بالفلورسنت ، تم رسم منطقة ذات أهمية من خلال الإشارة الساطعة للبروتين محل الاهتمام ، وتم إجراء تحليل قياسي لمسح الساعة لجمع عمليات مسح كثافة البكسل الشعاعي من مركز المنطقة محل الاهتمام إلى حد المسح الموضح. تم تطبيع عمليات المسح الشعاعي إلى منطقة نصف قطر الاهتمام في اتجاه الفحص. متوسط ، لإنتاج ملف تعريف شدة بكسل راديو متكامل ، يكشف أن معظم البروتين محل الاهتمام تم قياسه في غشاء البلازما للخلية.

كما تم اختيار مخطط مع الانحراف المعياري لهذا التحليل ، أشارت خطوط الانحراف المعياري الرأسية إلى شدة البكسل بين ملفات تعريف المسح الشعاعي الفردية على مسافة معينة من أصل المسح. في هذا التحليل ، تم مسح مناطق متعددة ذات أهمية داخل عينة أنسجة الخلايا العصبية ، كما هو موضح للتو ، مما أدى إلى إنشاء ملف تعريف كثافة بكسل متكامل لكل كائن تم مسحه ضوئيا في التسلسل الذي تمت إضافته إلى مدير منطقة الاهتمام. ومتوسط ملف تعريف كثافة البكسل لكل منطقة اهتمام محددة.

وبالتالي ، تمثل أشرطة الانحراف المعياري هذه التباين بين عمليات المسح المتكاملة للكائنات الفردية ، بدلا من عمليات المسح الشعاعي الفردية. هنا ، تم إجراء تحليل مكدس الصور لخلية عصبية عقدية جذرية ظهرية معزولة تم التقاطها في أوقات مختلفة ، قبل وبعد التحفيز ، عبر قطب كهربائي داخل الخلايا. في نهاية التحليل ، تم عرض ملف تعريف كثافة البكسل المتكامل للمثيلات الفردية للكائن محل الاهتمام على صور مختلفة داخل المكدس ، وملف تعريف متوسط شدة البكسل لجميع مثيلات الكائن.

علاوة على ذلك ، يوضح تحليل الانحراف المعياري لمكدس الصور الممسوحة ضوئيا على مدار الساعة تباين البيانات بين عمليات المسح الضوئي المتكاملة في جميع أنحاء مجموعة الصور. بعد مشاهدة هذا الفيديو ، يجب أن يكون لديك فهم جيد لكيفية قياس شدة البكسل باستخدام المكونات الإضافية لمسح الساعة. كان هدفنا من تطوير هذه المكونات الإضافية هو جعل هذه الأنواع من تحليل الصور متاحة مجانا لكل محقق.

نعتقد أنه سيتم استخدام بروتوكول مسح الساعة في العديد من مجالات البحث ، بما في ذلك على سبيل المثال لا الحصر ، تطبيق التصوير البيولوجي والكيميائي والفيزيائي. مع استمرارنا في تطوير وتشغيل هذه المكونات الإضافية لمسح الساعة، سنقدر أي ملاحظات وأي اقتراحات من الأطراف المهتمة حول كيفية تحسين هذه الأدوات.