Name: توليف وتحليل الطيف الكتلي اليغو-بيبتويدس (فيديو) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-02-21T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 44 s
Description: تعلم توليف اليغو-بيبتويدات يدوياً وتحليل تسلسلها باستخدام تقنيات الطيف الكتلي. تساعد هذه الطريقة الباحثين المبتدئين على فهم خصائص البيبتويدات الهيكلية في مختبرات الكيمياء التحليلية.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

الكتاب أود أن أشكر السيد مايكل كونولي والدكتور رونالد تسوكرمان (مسبك الجزيئية، مختبر لورنس بيركلي الوطني) لدعم تقنية في توليف بيبتويد. ونعترف الدعم من "المؤسسة الوطنية للعلوم" (تشي-1301505). جميع الكتلي تجارب أجريت في "منشأة قياس الطيف الكتلي الجماهيري الكيمياء" في جامعة المحيط الهادئ.

<ol><li>Sun, J., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoid+Polymers%3A+A+Highly+Designable+Bioinspired+Material%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Nano%22%5BJournal%5D)">Peptoid Polymers: A Highly Designable Bioinspired Material.</a> ACS Nano. 7 (6), 4715-4732 (2013).</li>
<li>Fowler, S. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure-function+relationships+in+peptoids%3A+Recent+advances+toward+deciphering+the+structural+requirements+for+biological+function%5BTitle%5D)+AND+%22Org.+Biomol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Structure-function relationships in peptoids: Recent advances toward deciphering the structural requirements for biological function.</a> Org. Biomol. Chem. 7 (8), 1508-1524 (2009).</li>
<li>Chongsiriwatana, N. P., Patch, J. A., Czyzewski, A. M., Dohm, M. T., Ivankin, A., Gidalevitz, D., Zuckermann, R. N., Barron, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoids+that+mimic+the+structure%2C+function%2C+and+mechanism+of+helical+antimicrobial+peptides%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A%22%5BJournal%5D)">Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 105 (8), 2794-2799 (2008).</li>
<li>Kruijtzer, J. A., Nijenhuis, W. A., Wanders, N., Gispen, W. H., Liskamp, R. M., Adan, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptoid-Peptide+Hybrids+as+Potent+Novel+Melanocortin+Receptor%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Med.+Chem%22%5BJournal%5D)">Peptoid-Peptide Hybrids as Potent Novel Melanocortin Receptor.</a> J. Med. Chem. 48 (13), 4224-4230 (2005).</li>
<li>Liu, B., Alluri, P. G., Yu, P., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Potent+Transactivation+Domain+Mimic+with+Activity+in+Living+Cells%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">A Potent Transactivation Domain Mimic with Activity in Living Cells.</a> J. Am. Chem. Soc. 127 (23), 8254-8255 (2005).</li>
<li>Patch, J. A., Barron, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Helical+Peptoid+Mimics+of+Magainin-2+Amide%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Helical Peptoid Mimics of Magainin-2 Amide.</a> J. Am. Chem. Soc. 125 (40), 12092-12093 (2003).</li>
<li>Ham, H. O., Park, S. H., Kurutz, J. W., Szleifer, I. G., Messersmith, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antifouling+Glycocalyx-Mimetic+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Chem.+Soc%22%5BJournal%5D)">Antifouling Glycocalyx-Mimetic Peptoids.</a> J. Am. Chem. Soc. 135 (35), 13015-13022 (2013).</li>
<li>Olivier, G. K., Cho, A., Sanii, B., Connolly, M. D., Tran, H., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibody-Mimetic+Peptoid+Nanosheets+for+Molecular+Recognition%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Nano%22%5BJournal%5D)">Antibody-Mimetic Peptoid Nanosheets for Molecular Recognition.</a> ACS Nano. 7 (10), 9276-9286 (2013).</li>
<li>Olsen, C. A., Ziegler, H. L., Nielsen, H. M., Frimodt-Moeller, N., Jaroszewski, J. W., Franzyk, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antimicrobial%2C+Hemolytic%2C+and+Cytotoxic+Activities+of+%CE%B2-Peptoid-Peptide+Hybrid+Oligomers%3A+Improved+Properties+Compared+to+Natural+AMPs%5BTitle%5D)+AND+%22ChemBioChem%22%5BJournal%5D)">Antimicrobial, Hemolytic, and Cytotoxic Activities of β-Peptoid-Peptide Hybrid Oligomers: Improved Properties Compared to Natural AMPs.</a> ChemBioChem. 11 (10), 1356-1360 (2010).</li>
<li>Lutz, J. -F., Ouchi, M., Liu, D. R., Sawamoto, M. <a target="_blank" href="http://science.sciencemag.org/content/341/6146/1238149.full">Sequence-Controlled Polymers.</a> Science. 341 (6146), Washington, DC. 628(2013).</li>
<li>Altuntas, E., Schubert, U. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((%22Polymeromics%22%3A+Mass+spectrometry+based+strategies+in+polymer+science+toward+complete+sequencing+approaches%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chim.+Acta%22%5BJournal%5D)">"Polymeromics": Mass spectrometry based strategies in polymer science toward complete sequencing approaches: A review.</a> Anal. Chim. Acta. 808, 56-69 (2014).</li>
<li>Paulick, M. G., Hart, K. M., Brinner, K. M., Tjandra, M., Charych, D. H., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cleavable+Hydrophilic+Linker+for+One-Bead-One-Compound+Sequencing+of+Oligomer+Libraries+by+Tandem+Mass+Spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Comb.+Chem%22%5BJournal%5D)">Cleavable Hydrophilic Linker for One-Bead-One-Compound Sequencing of Oligomer Libraries by Tandem Mass Spectrometry.</a> J. Comb. Chem. 8 (3), 417-426 (2006).</li>
<li>Thakkar, A., Cohen, A. S., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N., Pei, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-Throughput+Sequencing+of+Peptoids+and+Peptide-Peptoid+Hybrids+by+Partial+Edman+Degradation+and+Mass+Spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Comb.+Chem%22%5BJournal%5D)">High-Throughput Sequencing of Peptoids and Peptide-Peptoid Hybrids by Partial Edman Degradation and Mass Spectrometry.</a> J. Comb. Chem. 11 (2), 294-302 (2009).</li>
<li>Sarma, B. K., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Submonomer+Synthesis+of+A+Hybrid+Peptoid-Azapeptoid+Library%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Comb+Sci%22%5BJournal%5D)">Submonomer Synthesis of A Hybrid Peptoid-Azapeptoid Library.</a> ACS Comb Sci. 14 (10), 558-564 (2012).</li>
<li>Li, X., Guo, L., Casiano-Maldonado, M., Zhang, D., Wesdemiotis, C. <a target="_blank" href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ma200542p">Top-Down Multidimensional Mass Spectrometry Methods for Synthetic Polymer Analysis.</a> Macromolecules. 44 (12), 4555-4564 (2011).</li>
<li>Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+of+N-substituted+glycine+peptoid+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries.</a> Methods Enzymol. 267, 437-447 (1996).</li>
<li>Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. <a target="_blank" href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja00052a076">Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis.</a> J. Am. Chem. Soc. 114 (26), 10646-10647 (1992).</li>
<li>Utku, Y., Rohatgi, A., Yoo, B., Kirshenbaum, K., Zuckermann, R. N., Pohl, N. L. <a target="_blank" href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ed100202f">Rapid Multistep Synthesis of a Bioactive Peptidomimetic Oligomer for the Undergraduate Laboratory.</a> J. Chem. Educ. 87 (6), 637-639 (2010).</li>
<li>Tran, H., Gael, S. L., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solid-phase+submonomer+synthesis+of+peptoid+Polymers+and+their+self-assembly+into+highly-ordered+nanosheets%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Visualized+Exp%22%5BJournal%5D)">Solid-phase submonomer synthesis of peptoid Polymers and their self-assembly into highly-ordered nanosheets.</a> J. Visualized Exp. (57), e3373(2011).</li>
<li>Bolt, H. L., Cobb, S. L., Denny, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+Efficient+Method+for+the+Synthesis+of+Peptoids+with+Mixed+Lysine-type%2FArginine-type+Monomers+and+Evaluation+of+Their+Anti-leishmanial+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">An Efficient Method for the Synthesis of Peptoids with Mixed Lysine-type/Arginine-type Monomers and Evaluation of Their Anti-leishmanial Activity.</a> J Vis Exp. (117), (2016).</li>
<li>Morishetti, K. K., Russell, S. C., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1387380611003071">Tandem mass spectrometry studies of protonated and alkali metalated peptoids: Enhanced sequence coverage by metal cation addition.</a> Int. J. Mass Spectrom. 308 (1), 98-108 (2011).</li>
<li>Bogdanov, B., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electron+Capture+Dissociation+Studies+of+the+Fragmentation+Patterns+of+Doubly+Protonated+and+Mixed+Protonated-Sodiated+Peptoids%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Soc.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Electron Capture Dissociation Studies of the Fragmentation Patterns of Doubly Protonated and Mixed Protonated-Sodiated Peptoids.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 25 (7), 1202-1216 (2014).</li>
<li>Ren, J., Tian, Y., Hossain, E., Connolly, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fragmentation+Patterns+and+Mechanisms+of+Singly+and+Doubly+Protonated+Peptoids+Studied+by+Collision+Induced+Dissociation%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Soc.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Fragmentation Patterns and Mechanisms of Singly and Doubly Protonated Peptoids Studied by Collision Induced Dissociation.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 27 (4), 646-661 (2016).</li>
</ol>

الكتاب ليس لها علاقة بالكشف عن.

وقد تم تصنيعه بيبتويد نونامير، Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2، استخدام بروتوكول قدم. جهاز التوليف، ينطوي على سفينة مثل المحاقن البوليبروبيلين الصلبة-مرحلة رد فعل وشاكر ميكانيكية. أوعية التفاعل المتاحة تجارياً ومنخفضة التكلفة. شاكر ميكانيكية جهاز مشترك في مختبر الكيمياء. باستخدام سفينة رد فعل مثل المحاقن، يمكن أن تنجر إلى الحلول ودفعت من السفينة بتحريك المكبس يدوياً. هذا الأسلوب يسمح مركب إضافة الراتنج الانقسام وردود فعل تحدث في سفينة واحدة رد فعل واحد ويلغي في خطوة لتحويل منتج وسيط راتنج متجهة إلى سفينة أخرى...

بيبتويدس فئة من التحكم في تسلسل البوليمرات مع هياكل العمود الفقري محاكاة هيكل الببتيدات. يمكن توليفها من الأمينات المتنوعة، التي تمكن بيبتويدس يحمل خصائص الانضباطي الغاية1،2بيبتويدس. استخدمت بيبتويدس كنماذج جزيئية للبحوث الفيزيائية، تعتبر العوامل العلاجية، وصممت يغاندس للبروتينات3،4،،من56. وقد وضعت بيبتويدس في مجموعة متنوعة من المركبات النشيطة بيولوجيا، مثل المواد القاذورات وجسم ميميتيك ومضادات الجراثيم، وإنزيم مثبطات7،،من89. مع طابع مرتبة عالية والانضباطي، بيبتويدس أيضا قد فكرت كنوع من تخزين المعلومات الجزيئية10. اكتشاف هذه تطبيقات متنوعة تدعو إلى تطوير كفاءة أساليب تحليلية لتميز في تسلسل وهيكل بيبتويدس. وقد أظهرت تقنيات tandem الجماعية على أساس قياس الطيف الكتلي الوعد الأسلوب المفضل لتحليل خصائص تسلسل التحكم في تسلسل البوليمرات، بما في ذلك، بيبتويدس11،،من1213 ،من 1415. ومع ذلك، دراسات منهجية ربط أنماط التجزئة أيون بيبتويد الناتجة عن الجماعي دراسات قياس الطيف الكتلي والمعلومات الهيكلية من بيبتويدس محدودة للغاية.
يمكن توليفها بيبتويدس سهولة استخدام أسلوب مرحلة صلبة. طريقة متطورة تنطوي على تكرار الخطوتين مونومر إضافة دورة16،17. في كل دورة، وإضافة هو أسيتيلاتيد أمين راتنج زمنياً واسطة حمض هالواسيتيك (عادة برومو حمض، مؤسسة نقد البحرين)، ويعقب ذلك رد فعل تشرد مع أمين الابتدائي. على الرغم من أن البروتوكولات توليف الآلي قد طبقت بشكل روتيني لتوليف بيبتويد، بيبتويدس يمكن تجميعها يدوياً مع المحاصيل ممتازة في كيمياء قياسية مختبر16،،من1819، 20.
لدينا مختبر قد اعتمدت أسلوب التوليف اليدوي بيبتويد وتبسيط الأجهزة المستخدمة في الأساليب الحالية. وقد درسنا سابقا أنماط التجزئة من سلسلة من بيبتويدس باستخدام MS/MS تقنيات21،،من2223. النتائج التي توصلنا إليها تظهر أن بيبتويدس تنتج التشظيات مميزة عندما تتعرض للتفكك الناجمة عن تصادم (CID)21،23 أو أسر الإلكترون تجارب الانفصال (النماء)22 . في هذه المقالة، نحن تثبت كيف يمكن توليفها اليغو-بيبتويدس في مختبر كيمياء قياسية وكيفية القيام بتجارب CID استخدام مطياف كتلة من ثلاثي-الرباعي، وكيفية تحليل البيانات الطيفية. بيبتويد يتم تصنيعه وتتميز نونامير مع أسيتيليشن الطرفي ن والمحطة الطرفية ج أميديشن، Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2. هيكل بيبتويد يرد في الشكل 1.

<table><tbody><tr><td>مطياف الكتلة الرباعي الأقطاب ESI الثلاثي، فاريان 320L</td><td>شركة أجيلنت تكنولوجيز إنك.</td><td></td><td>تم شراء مطياف الكتلة من شركة فاريان.</td></tr><tr><td>محطة عمل فاريان MS، الإصدار 6.9.2، برنامج لجمع البيانات ومراجعة البيانات</td><td>شركة فاريان</td><td></td><td>البرنامج جزء من حزمة فاريان 320L</td></tr><tr><td>هزاز المعصم بوريل العلمي، موديل 75 DD</td><td>شركة فيشر العلمية الدولية.</td><td>14-400-126</td><td></td></tr><tr><td>جهاز الطرد المركزي هيرمل، الطراز Z 206 A</td><td>شركة هيرمل لابورتكنيك GmbH</td><td></td><td></td></tr><tr><td>وعاء تفاعل الطور الصلب، 10 مل</td><td>تورفيك</td><td>SF-1000</td><td></td></tr><tr><td>أغطية الضغط لأوعية التفاعل</td><td>تورفيك</td><td>PC-SF</td><td></td></tr><tr><td>مرشحات الحقنة، حجم المسام 0.2 & mu; m</td><td>شركة فيشر العلمية</td><td>03-391-3B</td><td></td></tr><tr><td>مرشحات الحقنة، حجم المسام 0.45 & mu; m</td><td>شركة فيشر العلمية</td><td>03-391-3A</td><td></td></tr><tr><td>سحب الطرد المركزي من البولي بروبيلين، 50 مل</td><td>شركة VWR الدولية، ذ.م.م.</td><td>490001-626</td><td></td></tr><tr><td>قاطرات طرد مركزي من البولي بروبيلين، 15 مل</td><td>شركة VWR الدولية، ذ.م.م.</td><td>490001-620</td><td></td></tr><tr><td>ChemBioDraw، Ultra، الإصدار 12.0</td><td>شركة كامبريدج سوفت</td><td></td><td>كامبريدج سوفت أصبحت الآن جزءا من شركة بيركين إلمر إنك.</td></tr><tr><td>كوب من الستايروفوم، 12 أونصة</td><td>سوبرماركت كومون</td><td></td><td></td></tr><tr><td>راتنج أميد الحلبة</td><td>شركة كيم-إمبكس إنترناشونال، إنك.</td><td>10619</td><td></td></tr><tr><td>بيبريدين</td><td>شركة كيم-إمبكس إنترناشونال، إنك.</td><td>02351</td><td>شديدة السمية</td></tr><tr><td>N، N'-ثنائي إيزوبروبيل كاربوديميد</td><td>شركة كيم-إمبكس إنترناشونال، إنك.</td><td>00110</td><td>شديدة السمية</td></tr><tr><td>حمض بروموسيتيك</td><td>شركة كيم-إمبكس إنترناشونال، إنك.</td><td>26843</td><td>شديدة السمية</td></tr><tr><td>2-فينيل إيثيل أمين</td><td>شركة VWR الدولية، ذ.م.م.</td><td>EM8.07334.0250</td><td></td></tr><tr><td>2-ميثيوكسي إيثيلامين</td><td>شركة سيغما-ألدريتش ذات المسؤولية المحدودة.</td><td>241067</td><td></td></tr><tr><td>ن-بوك-إيثيلين ديامين</td><td>شركة VWR الدولية، ذ.م.م.</td><td>AAAL19947-06</td><td></td></tr><tr><td>أنهيدريد الخليك</td><td>شركة سيغما-ألدريتش ذات المسؤولية المحدودة.</td><td>252845</td><td></td></tr><tr><td>N، N-ثنائي ميثيل فوراميد</td><td>شركة VWR الدولية، ذ.م.م.</td><td>BDH1117-4LG</td><td>التقطير الإضافي قبل الاستخدام</td></tr><tr><td>N، N-ثنائي الأيزوبروبيل إيثيل أمين</td><td>شركة كيم-إمبكس إنترناشونال، إنك.</td><td>00141</td><td></td></tr><tr><td>ترايزوبروبيلسيلان</td><td>شركة كيم-إمبكس إنترناشونال، إنك.</td><td>01966</td><td></td></tr><tr><td>حمض ثلاثي فلورو أسيتيك</td><td>شركة كيم-إمبكس إنترناشونال، إنك.</td><td>00289</td><td>شديدة السمية</td></tr><tr><td>نظام تنقية المياه الأكاديمي ميليبور MILLI-Q</td><td>شركة ميليبور</td><td>ZMQP60001</td><td>لتوليد مياه بدرجة عالية الكثافة عالية الكثافة (HPLC)</td></tr><tr><td>مياه عالية الجودة عالية الكفاءة (HPLC)</td><td></td><td></td><td>تم إنتاجه من ميليبور MILLI-Q&reg; نظام تنقية المياه الأكاديمي</td></tr><tr><td>الميثانول</td><td>فارمكو-آبر</td><td>339USP/NF</td><td>درجة HPLC</td></tr><tr><td>الأسيتونيتريل</td><td>شركة فيشر العلمية الدولية.</td><td>A998-4</td><td>درجة HPLC</td></tr><tr><td>الإيثر ثنائي إيثيل</td><td>شركة VWR الدولية، ذ.م.م.</td><td>BDH1121-19L</td><td>التقطير الإضافي قبل الاستخدام</td></tr><tr><td>ثنائي كلوروميثان</td><td>شركة VWR الدولية، ذ.م.م.</td><td>BDH1113-19L</td><td>التقطير الإضافي قبل الاستخدام</td></tr><tr><td>غاز النيتروجين</td><td>فريسنو أوكسجين/بارنز سبلاي</td><td>NIT 50-C-F</td><td>نقاء فائق الجودة، 99.9995٪</td></tr><tr><td>غاز الأرجون</td><td>فريسنو أوكسجين/بارنز سبلاي</td><td>ARG 50-C-F</td><td>نقاء فائق الجودة، 99.9995٪</td></tr></tbody></table>

توليف وتحليل الطيف الكتلي اليغو-بيبتويدس

Synthesis and Mass Spectrometry Analysis of Oligo-peptoids

بيبتويدس يتم التحكم في تسلسل ليغومرات محاكاة الببتيد تتكون من وحدات جليكاين N-يؤلكل. بين العديد من التطبيقات المحتملة، وقد فكرت بيبتويدس كنوع من تخزين المعلومات الجزيئية. واعتبر تحليل الطيف الكتلي الأسلوب المفضل للتسلسل بيبتويدس. يمكن توليفها بيبتويدس عن طريق الكيمياء المرحلة الصلبة استخدام دورة رد فعل خطوتين مكرر. هنا نقدم طريقة لتجميع يدوياً اليغو-بيبتويدس وتحليل تسلسل بيبتويدس استخدام تقنيات الطيف الكتلي (MS/MS) جنبا إلى جنب. بيبتويد عينة من نونامير تتكون من N-(2-ميثيلوكسيثيل) جليكاين (Nme) و N-(2-فينيليثيل) جليكاين (Npe)، فضلا عن N-(2-أمينو إيثايل) جليكاين (دار الوثائق) في ن-المحطة بالتناوب. صيغة تسلسل بيبتويد Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2، حيث التيار المتردد مجموعة أسيتيل. التوليف يأخذ مكان في سفينة رد فعل المرحلة الصلبة متاحة تجارياً. الراتنج أميد حلبة كدعم قوي تسفر عن بيبتويد مع مجموعة أميد في ج-المحطة. وناتج بيبتويد يخضع لتحليل تسلسل استخدام مطياف شامل ثلاثي-الرباعي بالإضافة إلى مصدر تاين اليكتروسبراي. قياس MS/MS تنتج طائفة أيونات الشظايا الناجمة عن التفكك بيبتويد مشحونة. يتم فرز الأيونات يفتت استناداً إلى قيم نسبة الكتلة بتهمة (m/z). تتم مقارنة القيم m/z من الأيونات جزء ضد الجماهير الأسمى من أيونات يفتت المتوقع نظرياً، وفقا لمخطط تجزئة بيبتويد. التحليل يولد نمط تجزئة من بيبتويد التهمة الموجهة إليه. يرتبط نمط التجزؤ إلى تسلسل مونومر بيبتويد محايدة. وفي هذا الصدد، تحليل مرض التصلب العصبي المتعدد يقرأ المعلومات التسلسل بيبتويدس.

ويرد هيكل بيبتويد 9-مير مع acetylation الطرفي ن، Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2، في الشكل 1. بيبتويد تم تصنيعه يدوياً في سفينة فريتيد رد فعل البولي بروبلين عبر نهج المرحلة الصلبة. حلبة أميد الراتنج (0.047 ملمول, 84 ملغ مع تحميل 0.56 mmol/ز) كدعم متين تؤتي بيبتويد مع أميداتيد ج-المحطة. تم إنشاؤها في سلسلة بيبتويد بدورات متعددة لإضافة مونومر. كل دورة إضافة مركب يتضمن الخطوات ردود فعل اثنين وبرومواسيتيليشن والتشريد. برومواسيتيليشن يتحقق عن طريق إضاف...

هو وصف بروتوكول للتوليف اليدوي من اليغو-بيبتويدس يتبعه تحليل تسلسل الكتلي.

Peptoids are sequence-controlled peptide-mimicking oligomers consisting of N-alkylated glycine units. Among many potential applications, peptoids have ...

الهدف العام من هذا الإجراء هو إظهار كيفية تصنيع الأوليغو-بيبتويدات يدويا وكيفية تحليل تسلسل الأحاديث الخاصة بها باستخدام تقنيات مطيافية الكتلة. يمكن أن تساعد هذه الطريقة المبتدئين على الإجابة على أسئلة رئيسية في مجال الببتويديات مثل كيفية صنع الببتويدات وكيفية توصيف تسلسل الأحاديث الخاصة بها. الميزة الرئيسية لهذه التقنية هي أن البابتويدات ذات البقايا المونومرة الخاصة يمكن تصنيعها وتحليلها في مختبر الكيمياء التحليلية القياسي.على الرغم من تركيز هذه الطريقة على الأوليغو-بيبتويدات، إلا أنه يمكن تطبيقها أيضا على أنظمة أخرى مثل الببتيدات والقليغو-النيوكليوتيدات. بشكل عام، سيواجه الأفراد الجدد على هذه التقنية صعوبة لأن تحقيق ظروف مطيافية كتلة مثالية صعب بدون عرض بصري. جاءتنا فكرة هذه الطريقة لأول مرة عندما أردنا توصيف الخصائص الهيكلية للختام الببتيدية باستخدام طرق مطيافية الكتلة المتتالية.أولا، زن 84 ملليغرام من راتنج أميد رينك وأضفه إلى وعاء تفاعل طور صلب بولي بروبيلين بسعة 10 ملليتر. ثم أدخل مكبس في الوعاء. بعد ذلك، أضف ملليلترين من TMF إلى وعاء التفاعل وغط الوعاء بغطاء ضغط.حرك الوعاء على هزاز في درجة حرارة الغرفة بزاوية حركة تقارب 12 درجة و385 اهتزاز في الدقيقة لمدة 30 دقيقة. بعد إزالة الغطاء، قم بتفريغ المحلول إلى حاوية نفايات عن طريق دفع مكبس وعاء التفاعل. أضف ملليلترين من 20٪ بيبريد

synthesis-and-mass-spectrometry-analysis-of-oligo-peptoids

Research

JoVE Journal

Chemistry

الكيمياء

وصفت وسيلة سريعة للحصول على نظرة ثاقبة لبنية السكريات في المصفوفة خارج الخلية. الأسلوب يستفيد من خصوصية وحساسية glycosylhydrolases من مطياف الكتلة يسمح تحليل كميات ضئيلة من المواد. هذا الأسلوب هو قابل للتكيف لاستخدامها مباشرة على النسيج نفسه.

أليغو التنميط قداس (OLIMP) من السكريات خارج الخلية

معايير النظائر مستقرة والتقط بواسطة أجسام المضادة للالببتيد (SISCAPA) أزواج من الببتيدات تخصيب تقارب مع النظائر مستقرة تخفيف الطيف الكتلي (MRM - MS) لتوفير قياس الكمي من الببتيدات كبدائل للبروتينات كل منهما. نحن هنا وصف بروتوكول باستخدام الجزيئات المغناطيسية في شكل الآلي جزئيا.

الكمي من البروتينات عن طريق التخصيب الببتيد Immunoaffinity اقترن الطيف الكتلي

ويرد بسيطة وعامة التوليف peptoid الطريقة اليدوية التي تنطوي على المعدات والكواشف الأساسية المتاحة تجاريا ، مما يمكن توليفها peptoids بسهولة في معظم المختبرات. يوصف التوليف ، وتنقية وتوصيف ل36mer peptoid amphiphilic ، وكذلك التجميع الذاتي حيز العالية أمر nanosheets.

الصلبة مرحلة تجميع Submonomer من البوليمرات Peptoid واحترامهن الجمعية ، في الارتحال التي تأمر Nanosheets

الببتيد الأميدات العالي (اتفاقيات التجارة التفضيلية) هي الفصيلة من peptidomimetics التي تشمل ولكن لا تقتصر على الببتيدات، peptoids والببتيدات ميثليته N-. نحن هنا تصف طريقة الاصطناعية الذي يجمع بين كل تقسيم وحمام سباحة واستراتيجيات مونومر فرعية لتجميع، حبة واحدة مكتبة المجمع واحدة من اتفاقيات التجارة التفضيلية.

التجميعي تقسيم وبركة وتوصيف الببتيد المكتبة أميد العالي

هنا ، نقدم بروتوكولات مفصلة لقياس الطيف الكتلي لتبادل الهيدروجين / الديوتيريوم في الحالة الصلبة (ssHDX-MS) وقياس الطيف الكتلي لوضع العلامات الضوئية للحالة الصلبة (ssPL-MS) للبروتينات في المساحيق الصلبة. توفر الطرق معلومات عالية الدقة حول تشكل البروتين والتفاعلات في الحالة الصلبة غير المتبلورة ، والتي قد تكون مفيدة في تصميم الصياغة.

كتلة الطيفية المداخل لدراسة بنية البروتين والتفاعلات في مساحيق المجففة بالتبريد

يصف هذا البروتوكول التقنيات المحددة المستخدمة للتوصيف الهيكلي للنهاية المختزلة (RE) وتسلسل (تسلسلات) الجليكوسيل في المنطقة الداخلية من غير المتجانسة عن طريق وضع علامات على RE ب 2 أمينوبنزاميد قبل التحلل المائي الأنزيمي (إندوكسيلاناز) ثم تحليل السكريات قليلة السكاريد الناتجة باستخدام قياس الطيف الكتلي (MS) والرنين المغناطيسي النووي (NMR).

تسلسل مصنع ستريت Heteroxylans عن طريق إنزيمي، والمواد الكيميائية (مثلأيشن) والمادية (الطيف الكتلي، الرنين المغناطيسي النووي) تقنيات

توفر هذه المقالة إجراء مفصل على التوليف المرحلة الصلبة، وتنقية، وتوصيف دوديكامرز من الحمض النووي الريبي تعديلها في C2'- O -position. وتستخدم الأشعة فوق البنفسجية والدائرية تحلل ضوئي اللون الضوئية لتحديد وتوصيف الجوانب الهيكلية، أي أحادية أو خيوط مزدوجة.

بروتوكول لتجميع المرحلة الصلبة من أوليغوميرس من الحمض النووي الريبي تحتوي على 2&#39;-<em&gt; O</em&gt; -thiofenylmethyl تعديل وتوصيف عن طريق التعميم ديكرويسم

يتم تقديم بروتوكول لتركيب أوليغوس اتبرويد مشفرة بالمعلومات وللتجميع الذاتي الموجه للتسلسل من هذه الببيدويدات في سلالم جزيئية باستخدام الأمينات والألدهيدات كأزواج ديناميكية متفاعلة التكافؤ ولويس الحمضية النادرة الأرض المضخات المعدنية ككواشف متعددة الأدوار.

توليف البببتيدات الحاملة للمعلومات والتجميع الذاتي الديناميكي المنضدي الموجه للتسلسل

يغطي هذا البروتوكول تحليلا مفصلا لتكوين الببتيدوغليكان باستخدام قياس الطيف الكتلي للكروماتوغرافيا السائلة إلى جانب استخراج الميزات المتقدمة وبرامج تحليل المعلوماتية الحيوية.

التحليل شبه الكمي للببتيدوغليكان بواسطة الكروماتوغرافيا السائلة قياس الطيف الكتلي والمعلوماتية الحيوية

يصف هذا البروتوكول نهج معالجة الصور القائم على iSCAT وتتبع الجسيمات المفردة الذي يتيح التحقيق المتزامن للكتلة الجزيئية والسلوك المنتشر للجزيئات الكبيرة التي تتفاعل مع الأغشية الدهنية. يتم توفير إرشادات خطوة بخطوة لإعداد العينات، والتحويل من الكتلة إلى التباين، والحصول على الأفلام، وما بعد المعالجة جنبا إلى جنب مع الاتجاهات لمنع المزالق المحتملة.

تتبع الجسيمات الحساسة للكتلة لتوصيف ديناميكيات الجزيئات الكبيرة المرتبطة بالغشاء

Oligonucleotide 5′-triphosphates هي مكونات في كل مكان في المسارات البيولوجية الأساسية وشهدت استخداما متزايدا في تطبيقات التكنولوجيا الحيوية. هنا ، نصف تقنيات التوليف الروتيني وتنقية oligonucleotide 5′-triphosphates ، بدءا من oligonucleotides التي أعدتها تقنيات التوليف الآلي القياسية.

الفسفرة الثلاثية الكيميائية لأوليغونوكليوتيدات

تعلم توليف اليغو-بيبتويدات يدوياً وتحليل تسلسلها باستخدام تقنيات الطيف الكتلي. تساعد هذه الطريقة الباحثين المبتدئين على فهم خصائص البيبتويدات الهيكلية في مختبرات الكيمياء التحليلية.

توليف وتحليل الطيف الكتلي اليغو-بيبتويدس

استكشف المزيد من الفيديوهات