المبادئ التوجيهية وتجربة استخدام التصوير مستكشف العلامات البيولوجية (الوعل) لراديوميكس

الهدف العام من أداة البرنامج هذه هو استخراج ميزات الصورة الكمية التي تقع في الشكل أو الملمس مثل فئات مصفوفة الحدوث المشترك على المستوى الرمادي. يمكن استخدام هذه الأداة للإجابة على بعض الأسئلة الرئيسية في مجال الأشعة الإشعاعية. على سبيل المثال ، يمكنك استخراج ميزات الصورة الكمية وإلقاء نظرة على الارتباطات بينها وبين نتائج المريض في العلاج الإشعاعي.

الميزة الرئيسية لهذه التقنية هي أنها مفتوحة المصدر ، وسهلة الاستخدام ، ولها تاريخ طويل من الأشخاص الذين يستخدمونها لاستخراج الميزات لاستخدامها في النماذج التنبؤية. يمكن أن توفر الأشعة معلومات حول الاستجابة المحتملة للورم لعلاجات معينة ، وبالتالي يمكن أن توفر معلومات إضافية يمكن للطاقم السريري استخدامها عند تحديد مدى ملاءمة العلاجات البديلة. يمكن أن توفر الأشعة نظرة ثاقبة للنمط الظاهري للورم ، ويمكن أيضا تطبيقها على التلوستنس مثل تغييرات القياس في المزيد من الأنسجة طوال فترة العلاج.

بشكل عام ، سيكافح الأفراد الجدد في هذه الطريقة ، لأن اختيار الإعدادات الصحيحة للميزات المختلفة مثل إعادة تشكيل عمق البت أمر مهم ، لذلك من الضروري الانتباه إليها. يعد العرض المرئي أمرا بالغ الأهمية نظرا لوجود العديد من الخطوات والتفاصيل. الاهتمام الدقيق بالتفاصيل مهم للحصول على نتائج جيدة في الدراسات الإشعاعية.

للبدء ، قم بتثبيت IBEX الموضح في بروتوكول النص المصاحب. بمجرد التثبيت ، قم بتحميل IBEX وإنشاء مستخدم جديد لاستيراد بياناتك وحفظها. بعد ذلك ، انقر فوق أيقونة الاستيراد ، وحدد إما تنسيق ملف DICOM أو Pinnacle الإصدار التاسع بالنقر فوق اسم التنسيق ، ثم انقر فوق التالي.

لاستيراد جميع المرضى مرة واحدة ، حدد مربع المجلد الدفعي في الزاوية اليمنى العليا ، ثم انقر فوق الزر "المزيد" بجوار الدليل المدرج. حدد المجلد الذي يحتوي على جميع مجلدات المرضى مع صور DICOM المقابلة لها وملفات بنية DICOM الإشعاعية. أخيرا ، انقر فوق زر الخروج.

للبدء ، قم بتحميل ملف المريض بالنقر أولا على أيقونة البيانات. ثم في قسم تحديد مريض ، انقر فوق ملف المريض المطلوب لفتحه. بعد ذلك ، في قسم تحديد مجموعة الصور ، انقر فوق مجموعة الصور لملف المريض المطلوب ، ثم انقر فوق الزر فتح.

استخدم الأسهم للتمرير عبر الصور التي تظهر في طرق العرض المحورية والإكليلية والسهمية. ثم حدد زر التكبير / التصغير وارسم مربعا على مستوى الصورة للتكبير. انقر بزر الماوس الأيمن على الصورة للتصغير.

بعد ذلك ، انقر فوق زر مستوى النافذة. سيظهر زر آخر ، عندما يحدث ذلك ، اسحب الجانبين الأيسر والأيمن إلى المنطقة المطلوبة ، أو أدخل مستوى النافذة يدويا في مربعات النافذة والمستوى في أسفل النافذة الجديدة. حدد مستويات نافذة مختلفة باستخدام القائمة المنسدلة الأولى على اليسار.

هناك ثمانية خيارات للتصوير المقطعي المحوسب ، وخيار واحد للتصوير بالإصدار البوزيتروني. تصور مناطق الاهتمام من خلال النقر على المربع بجوار منطقة الاهتمام لجعلها مرئية على الصور ، أو انقر فوق الزر "على جميع عائد الاستثمار" لتشغيل جميع مناطق الاهتمام. بعد ذلك ، قم بإعداد مجموعة البيانات لعرض الخطوط.

لتحقيق ذلك ، انقر أولا فوق الزر إظهار مجموعة البيانات لعرض الخطوط في مجموعة البيانات. بمجرد عرض مجموعات البيانات ، أغلق النافذة. هذا مستخدم جديد مع مرضى تم استيرادهم للتو ، لذلك ليس لدينا مجموعات بيانات تم إنشاؤها حتى الآن.

بعد ذلك ، حدد الخطوط لإضافتها إلى مجموعة البيانات بالنقر فوق خانة الاختيار بجوار اسمها ، وانقر فوق الزر إضافة إلى مجموعة البيانات. انقر فوق اسم مجموعة البيانات لإضافة الخطوط ، أو انقر فوق الزر الجديد لمجموعة بيانات جديدة. إذا تم تحديد جديد، فأدخل اسم مجموعة البيانات في النافذة الجديدة، ثم انقر فوق الزر موافق.

عند الانتهاء ، انقر فوق زر الخروج للعودة إلى قائمة المرضى والفحوصات. انقر فوق أيقونة الميزة ، وأضف المعالجة المسبقة إذا رغبت في ذلك ، بالنقر فوق زر الإضافة وتحديد خيار المعالجة المسبقة من القائمة المنسدلة في النافذة الجديدة. بعد ذلك ، انقر فوق i ضمن المعلمات لتحديد معلمات المعالجة المسبقة.

حدد الرقم الموجود أسفل عمود القيمة، واكتب قيمة المعلمة الجديدة، ثم انقر فوق الزر موافق. للحصول على وصف لطريقة المعالجة المسبقة والمعلمات المحددة ، انقر فوق زر علامة الاستفهام في الزاوية اليمنى العليا. بمجرد الرضا ، انقر فوق الزر "إضافة" لإضافة خطوة المعالجة المسبقة.

لحذف خطوات المعالجة المسبقة غير المرغوب فيها، حدد خطوة المعالجة المسبقة، ثم انقر فوق حذف. في قائمة فئات الميزات، حدد مصفوفة coocurrence ذات المستوى الرمادي 25 في فرق شدة الجار 25 فئة ميزة لحساب مصفوفة الحدوث المشترك للمستوى الرمادي ومصفوفة فرق شدة الجوار على التوالي في 2.5D. يتم تحقيق ذلك عن طريق حساب كل شريحة على حدة ، ثم جمع جميع المصفوفات معا.

خيار آخر هو تحديد الحدوث المشترك للمستوى الرمادي ثلاثة في فرق شدة الجار ثلاث فئات للميزات لحساب مصفوفة الحدوث المشترك للمستوى الرمادي ومصفوفة فرق شدة الجوار ، على التوالي ، في 3D. انقر فوق I لرؤية المعلمات المحددة لفئة الميزة هذه. لتغيير معلمة، أدخل القيمة الجديدة وانقر فوق الزر موافق.

للحصول على معلومات إضافية ، انقر فوق علامة الاستفهام في الزاوية اليمنى العليا. بمجرد تعيين جميع المعلمات بشكل صحيح ، انقر فوق زر الاختبار لعرض فئة ميزة أو ميزة معينة بالنقر فوق الزر الموجود بجوار الميزة أو الفئة المطلوبة. حدد مجموعة البيانات لعرض الاختبار عليها، ثم انقر فوق الزر فتح.

حدد المربع بجوار المرضى من مجموعة البيانات المحددة ، وانقر فوق زر الاختبار. أغلق النافذة بمجرد الرضا عن الاختبار. قم بإلغاء تحديد أي ميزات غير مرغوب فيها للفئة المحددة.

لإلغاء تحديد جميع الميزات ، انقر فوق كلمة الميزات "ضمن المجموعة الثانية ، الميزات. لإضافة كافة الميزات المحددة مع المعالجة المسبقة المحددة، انقر فوق الزر إضافة إلى مجموعة الميزات. حدد الاسم ومجموعة الميزات، وانقر فوق الزر فتح، أو لإضافة هذه الميزات إلى مجموعة جديدة، انقر فوق الزر جديد.

أدخل اسم مجموعة الميزات في النافذة الجديدة، ثم انقر فوق موافق. بعد ذلك ، انقر فوق الزر إظهار مجموعة الميزات لعرض الميزات مع تقنيات المعالجة المسبقة المقابلة. حدد مجموعة الميزات المراد عرضها، ثم انقر فوق فتح. راقب معلمات المعالجة المسبقة وفئات الميزات في القوائم المنسدلة.

قم بتحريرها بالنقر فوق الزر I ضمن المعلمات. بمجرد الانتهاء ، أغلق النافذة. في نافذة الميزة الرئيسية ، انقر فوق الزر إظهار مجموعة البيانات لعرض مجموعات البيانات الحالية.

ثم حدد مجموعة البيانات المراد عرضها، ثم انقر فوق الزر فتح. عند الانتهاء، انقر فوق زر الخروج. لإعداد الإخراج ، انقر أولا على أيقونة النتيجة ، ثم انقر فوق مجموعة البيانات لتشغيل الميزات عليها ، ضمن الخطوة الأولى ، وانقر فوق مجموعة الميزات للتشغيل على البيانات المحددة ضمن الخطوة الثانية.

بعد ذلك ، انقر فوق الزر عرض البيانات لعرض مجموعة البيانات المحددة ، متبوعا بزر ميزة العرض لعرض مجموعة الميزات المحددة. أخيرا ، انقر فوق زر حساب وحفظ النتيجة. أدخل اسم الملف للنتائج وحدد حفظ.

الإخراج من IBEX هو جدول بيانات يحتوي على ثلاث أوراق. يظهر هنا إخراج أكثر تعقيدا مع المزيد من مناطق الاهتمام والميزات المحددة مما تم تشغيله في هذا الفيديو التعليمي. تحتوي الورقة الأولى على قيم المعالم لكل منطقة اهتمام موضوعة في مجموعة البيانات.

بالنسبة لمصفوفة الحدوث المشترك للمستوى الرمادي وميزات مصفوفة طول التشغيل ذات المستوى الرمادي ، يتم إخراج قيمة لكل اتجاه يتم حساب المصفوفة فيه ، بالإضافة إلى مصفوفة متوسطة عبر جميع الاتجاهات تم تعيينها على أنها 333. يذكر الصف الرابع فئة الميزة، ويحدد الصف الخامس رأس هذا العمود، إما يعين الفهرس أو الصورة أو منطقة الاهتمام أو MRN أو ميزة معينة. تحتوي الورقة الثانية على معلومات البيانات.

هذه معلومات حول الصورة التي تم الحصول على منطقة الاهتمام منها ، مثل أبعاد فوكسيل X و Y و Z. تحتوي الورقة الثالثة على معلومات الميزة. يتم فصل الميزات حسب فئتها.

يتم سرد معلمات فئة الميزة في العمود الثاني. يتم سرد جميع الميزات المحددة لهذه الفئة في العمود الثالث. يعرض العمود الخامس المعالجة المسبقة التي تم تطبيقها على الميزات، ويعرض العمود السادس معلمات المعالجة المسبقة.

بمجرد إتقانها ، يمكن استخدام هذه الأداة لاستخراج بيانات النسيج بكفاءة من الصور الطبية. من المهم أن تتذكر مراجعة جميع البيانات بعناية، بما في ذلك التأكد من أهمية المعالجة المسبقة وإعدادات الميزات الأخرى. على سبيل المثال ، استخدم أداة مراجعة IBEX لمراجعة صور ما بعد المعالجة بعناية.

بعد تطويرها ، مهدت هذه التقنية الطريق للباحثين في مجال الأشعة لاستكشاف استخدام الصور لتقسيم المرضى إلى طبقات للحصول على نتائج مثل المراقبة الإقليمية المحلية ومرضى السرطان. بعد مشاهدة هذا الفيديو ، يجب أن يكون لديك فهم جيد لكيفية استخدام IBEX لاستخراج ميزات الصورة من الصور الطبية. يمكنك بعد ذلك وضع ميزات الصور هذه في مناهج إحصائية أو تعلم آلي لتعلم شيء عن النمط الظاهري للورم.