تحليل في الحجم والشكل واتجاهية شبكات من أستروسيتيس إلى جانب

نقدم هنا بروتوكولا لتقييم المنظمة لشبكات أستروسيتيك. الأسلوب وصف يقلل من التحيز لتوفير تدابير وصفية لهذه الشبكات مثل عدد الخلايا، وحجم ومجال والموقف داخل نواة. ويتم تقييم تباين مع تحليل اتجاهي.

يمكن أن تساعد هذه الطريقة في الإجابة على الأسئلة الرئيسية المتعلقة بتنظيم الشبكات الفلكية في هياكل الدماغ. الميزة الرئيسية لهذه التقنية هي أنها تقترح طريقة غير متحيزة لحساب خلايا التسمية وتوثيق تنظيمها التشريحي داخل بنية محددة. افتح ImageJFIJI، وحدد الملف المطلوب، وانقر فوق موافق في نافذة خيارات الاستيراد الخاصة بالتنسيق الحيوي.

لإعادة تعريف مكدس Z التي سوف تحتوي فقط على الشرائح البصرية اللازمة للكومة Z النهائي، حدد أولا STK و Z المشروع، ثم انقر فوق مقبض المكدس في شريط الأدوات. حدد الحد الأقصى للكثافة في إعداد نوع العرض. حفظ الملف، واسم ملف المكدس.

إذا كان ملف التصوير يحتوي على عدة قنوات، استخدم لون الصورة وقنوات الانقسام لإظهار القناة فقط مع صورة الشبكة الفلكية. تحقق من إعدادات البيكسل للصورة عن طريق تحديد الصورة، الخصائص، البيكسل، مع واحد للبعد بكسل. ثم استخدم أداة طرح الخلفية عن طريق فتح عملية وطرح الخلفية لإزالة الملصقات الحيوية الخلفية.

استخدم وظيفة المعاينة لتعيين نصف قطر الكرة المتداول، والتي يتم تعيينها بشكل عام في 50 بكسل. إذا كان هناك حاجة إلى مزيد من الحد من الضوضاء بعد طرح خطوة الخلفية، حدد العملية، والضوضاء، وإزالة القيم المتطرفة. حدد مشرق في الإعدادات التي تكون خارجية، واستخدم وظيفة المعاينة لتعيين نصف القطر والعتبة.

كن حذراً باستخدام أداة إزالة شاذ، لأنه قد طمس البيانات، كما هو مبين هنا. ضبط عتبة باستخدام الصورة، وضبط، عتبة. حدد الوضع الافتراضي ووضع B وW.

انقر على تطبيق. تحويل الصورة إلى صورة ثنائية مع أداة عملية ثنائية عن طريق تحديد العملية، ثنائي، وجعل ثنائي. حفظ الملف كملف tiff وتسمية الملف الثنائي.

لحساب الخلايا، قم أولاً بتعيين نوع القياس بالنقر فوق تحليل وتعيين القياس. ثم حدد الخيار المركزية. تأكد من أن الملف الثنائي مفتوح على الشاشة.

مرة أخرى، افتح قائمة التحليل، وهذه المرة حدد تحليل الجسيمات. بعد ذلك، حدد إظهار والخطوط العريضة. يؤدي ذلك إلى إنشاء ملف جديد يظهر نتيجة الكشف.

تحسين المعلمات لتحسين الكشف. للكشف عن الخلايا فقط، استخدم قيمة حجم بين 30 و6000، و دائرية بين صفر إلى واحد، حيث يحدد المرء دائرة مثالية وصفر شكل عشوائي. تشغيل الكشف عن طريق النقر فوق موافق. سوف يظهر جدولين، جدول بعنوان ملخص يوفر عدد الخلايا المكتشفة، وجدول بعنوان النتائج التي توفر إحداثيات س و ص لكل خلية.

نسخ القيم ولصقها في تطبيق جدول بيانات. حفظ هذا الجدول ضمن جدول الكشف عن الاسم. سيظهر ملف به مخطط من الخلايا المكتشفة أيضاً.

حفظ هذا الملف كملف tiff ضمن ملف الكشف عن الاسم. إذا تم الكشف عن مجموعة من اثنين أو أكثر من الخلايا المسماة كخلية واحدة مع أداة تحليل الجسيمات، استخدم أداة مستجمعات المياه على الصورة الثنائية عن طريق تحديد العملية، ثنائي، ومستجمعات المياه قبل تطبيق أداة تحليل الجسيمات. لقياس مساحة سطح الشبكات، استخدم ملف الكشف في ImageJ.

انقر على اليسار الماوس لتحديد أداة تحديد المضلع في شريط الأدوات. انقر مرة أخرى فوق اليسار للبدء في تتبع منطقة ذات أهمية، أو ROI، التي تربط جميع الخلايا الموجودة في المحيط الخارجي للشبكة. انقر بزر الماوس الأيمن لإغلاق المضلع.

افتح نافذة قياس المجموعة وحدد خيار المنطقة. ثم افتح مدير عائد الاستثمار وأضف المضلع المتتبع في مدير عائد الاستثمار بالنقر على إضافة. قم بتشغيل القياس بالنقر فوق القياس في مدير عائد الاستثمار.

سيظهر قياس المنطقة في جدول وسيتم التعبير عنه بالبكسل. لا تنس تحويل هذه القيمة مع عامل تحويل للمجهر المستخدمة للحصول على القيمة في ميكرومتر مربع. افتح ملف المكدس في ImageJFIJI وتعرف على الخلية المصححة بكثافة الملصقات الأقوى الخاصة بها.

ثم افتح الملف المسمى جدول الكشف في تطبيق جدول بيانات، والعثور على الرقم المقترن مع الخلية patched والإحداثيات المقابلة لها. إذا لم تتمكن من تحديد الخلية المصححة بدقة، استخدم أداة المضلع لتطويق المنطقة التي يكون فيها ترسب السيتين الحيوي أكثر كثافة، والإشارة إلى هذا الموقف على أنه وضع الخلية المصححة. استخدم مدير عائد الاستثمار كما كان من قبل لرسم عائد الاستثمار في موقع الخلية المصححة وإضافته إلى مدير عائد الاستثمار.

بعد ذلك، قم بتعيين القياس وحدد خيار المركزية. في مدير ريو، انقر على قياس للحصول على إحداثيات المركزية من المنطقة تتبع. استخدم هذه الإحداثيات كنقطة مرجعية لهذه الشبكة المحددة.

استخدم هذه الصيغة لحساب إحداثيات كل خلية في إشارة إلى استروسيات مصححة. التعبير عن إحداثيات كل خلية في إشارة إلى استروسيات مصححة هو خطوة هامة لحساب متجه من الخلايا الفلكية مصححة. استخدم هذه الصيغة لحساب إحداثيات المتجه الرئيسي للتوجه التفضيلي.

10- والمتجه الرئيسي لتوجه الشبكة التفضيلي هو مجموع جميع المتجهات المحسوبة سابقاً لكل خلية تتألف منها الشبكة. تقسيم طول المتجه الرئيسي على عدد الخلايا في الشبكة، ناقص واحد لاستبعاد الخلية المصححة، لتطبيع القيم وتمكين المقارنات بين الشبكات. لتحديد موضع كل شبكة في نواة الفائدة، أولاً فتح الصورة x الأربعة مع محرر صورة متجه.

اضرب الأبعاد في نافذة البعد بخمسة لزيادة حجم الصورة الأربعة x. هنا، تم أخذ عينات من الصورة في 800 في 800 بكسل، وبالتالي يتم تغيير دقة أخذ العينات إلى 4000 في 4000 بكسل. تصدير الملف في تنسيق tiff واسم أنه تغيير حجمها أربعة x.

محاذاة الزاوية اليسرى العليا من حجمها أربعة x صورة مع أسفل الزاوية اليسرى من وثيقة أدوبي المصور. يوفر البرنامج إحداثيات من نقطة المرجعية الزاوية اليسرى السفلية. افتح صورة 20 x للشبكة.

استخدام ملف ثنائي أو ملف الكشف عن لأنها أسهل لمحاذاة. ثم، اللعب مع أداة التعتيم على الملف الثنائي من الصورة 20 x لمحاذاته مع حجمها أربعة x الصورة. عند الانتهاء من المحاذاة، حدد مع الاستمرار أداة ماصة حتى تظهر أداة القياس، وحددها في شريط الأدوات الأيسر.

استخدام أداة قياس إلى انقر على الزاوية اليسرى العليا من الصورة 20 س للحصول على إحداثيات نقطة المرجعية 20 س على حجمها أربعة x صورة. هذا إحداثيات 20 x المرجعية مفيدة للتعبير عن موضع كل شبكة على رسم تخطيطي للنواة. لتلخيص البيانات، يتم استخدام تطبيع النواة كمستطيل.

للقيام بذلك، استخدم أداة المضلع لتحيط النواة في الصورة الأربعة x التي تم تغيير حجمها. ثم افتح مدير عائد الاستثمار وأضف عائد الاستثمار المسحوب. استخدام الصورة مع أضواء شفافة إذا كان لا يمكن رؤية حدود النواة، وفي هذه الحالة تذكر لتغيير حجمها أولا.

في قياس مجموعة، حدد خيار المستطيل المحيط لحساب أصغر مستطيل داخل النواة المرسومة. وأخيراً، انقر فوق قياس، ثم اتبع الخطوات الموجودة في بروتوكول مكتوب للتعبير عن إحداثيات الخلايا المسماة في نواة عادية ممثلة بالمستطيل المحيط. تم استهداف مستو واحد في الجزء الظهري من النواة الحسية الرئيسية ثلاثية التوائم ، التي تحمل علامة SR101 ، لتسجيل الخلية الكاملة ومليئة بنسبة 0.2٪ biocytin.

التحفيز الكهربائي من الجهاز الخامس زيادة الملصقات الحيوية في الجزء الظهري من النواة الحسية الرئيسية ثلاثية التوائم، مما يمثل زيادة في عدد الخلايا المقترنة. وتظل الشبكات الفلكية محصورة في الجزء الظهري من النواة الحسية الرئيسية الثلاثية التوائم وتوجهها الرئيسي. وقد تم تطوير هذه التقنية لوضع الشبكات الفلكية داخل بنية محددة، ولكن يمكن استخدامها للتعبير عن موقف مجموعة الخلايا المسماة في أي هيكل.