تجزئة الآلي للمادة الرمادية القشرية من صور الرنين المغناطيسي T1 المرجحة

يمكن لهذه الطريقة الإجابة على الأسئلة الرئيسية في مجالات التصوير العصبي والأعصاب. مثل, ما إذا كانت هناك اختلافات جماعية في حجم القشرية للسكان غير السريرية مقابل السريرية. الميزة الرئيسية لهذه التقنية هي أنها تمكن الباحثين من استخدام أفضل أداة لبياناتهم.

للبدء، أولاً فتح برنامج SPM عن طريق فتح إطار الأوامر MATLAB وكتابة SPM في سطر الأوامر. ثم، لتنفيذ التجزئة الموحدة حدد VBM PET لفتح مربع أدوات التصوير بالرنين المغناطيسي الهيكلية. الآن، افتح محرر الدفعة لإجراء تجزئة على عمليات مسح متعددة في وقت واحد.

حدد SPM والمكاني والقطع، ثم البيانات، وحدد الملفات، واختر عمليات المسح المرجحة بـ T1 كمدخل. بعد ذلك، انقر على ملفات الإخراج، المادة الرمادية، وتأكد من أن يتم تحديد المساحة الأصلية، وكرر هذا الأمر لـ "المسألة البيضاء". إذا لم يكن تجزئة CSF مطلوبًا، اترك هذه المجموعة إلى بلا.

إذا كان قد تم تصحيح التفحص بالفعل، تغيير هذا الخيار إلى عدم حفظ تصحيح. ثم استخدم تنظيف أي أقسام واختبار الخيارات الثلاثة قبل تشغيل التحليل الكامل. الآن، اترك الإعدادات الأخرى تعيين إلى الافتراضات وانقر على العلم الأخضر لتشغيل التجزئة.

سوف يقول إطار MATLAB تم عند الانتهاء من التجزئة. وأخيراً، تنفيذ التحكم في الجودة المرئية على الملف NIfTI رمادي الناتجة. لتنفيذ الخيار "مقطع جديد" في 8 SPM أولاً حدد VBM PET قبل فتح محرر الدفعية.

ثم حدد SPM والأدوات وشرائح جديدة وحدد ملفات الصور T1 تنسيق NIfTI ليتم استخدامها. تعيين الخيار نوع الأنسجة الأصلية إلى المساحة الأصلية، وإيقاف تشغيل فئات الأنسجة غير مطلوبة. أيضا إيقاف الأنسجة مشوه، ثم انقر على العلم الأخضر لتشغيل تجزئة وتنفيذ مراقبة الجودة البصرية عند الانتهاء.

لتنفيذ تجزئة في SPM 12 مرة أخرى اضغط VBM PET ثم افتح محرر الدفعية. ثم حدد SPM والقطع المكاني و وحدات تخزين البيانات. ثم حدد نوع الأنسجة الفضائية الأصلية وقم بإيقاف تشغيل فئات الأنسجة غير الضرورية.

تعيين الأنسجة مشوه إلى لا شيء، وانقر فوق العلم الأخضر. بمجرد اكتمال تجزئة، مرة أخرى تأكد من تنفيذ التحكم في الجودة المرئية كما هو مفصل في القسم التالي من هذا البروتوكول. يمكن إجراء التحكم في الجودة المرئي باستخدام FSLeyes.

ابدأ بفتح نافذة المحطة الطرفية، ثم افتح FSLeyes بكتابة FSLeyes في المحطة الطرفية. ثم حدد ملف، إضافة من ملف، وحدد T1 الأصلي والمناطق المجزأة لعرضها. بمجرد فتح FSLeyes، استخدم تبديل التعتيم للسماح بالتصور لصورة T1 الأساسية.

كما يمكنك تغيير لون تراكب التجزئة حسب الحاجة عبر علامة التبويب المنسدلة اللون في الجزء العلوي. الآن، انتقل من خلال كل شريحة في الدماغ والتحقق من كل واحد من المناطق تحت أو المبالغة في تقدير في المنطقة التي يجري تفتيشها. التحكم في الجودة المرئية هو خطوة أساسية لهذا الإجراء.

من خلال مقارنة المناطق المجزأة بالمسح الضوئي T1 الأصلي، يمكنك التأكد من أن المناطق ذات جودة عالية، وأن استنتاجاتك دقيقة بيولوجياً. لتنفيذ مراقبة الجودة البصرية من البيانات FreeSurfer باستخدام فريفيو ، فتح نافذة المحطة الطرفية وتغيير الدليل إلى مجلد الموضوع الذي يحتوي على إخراج FreeSurfer معالجتها. ثم اكتب الأمر الذي يظهر على الشاشة هنا لعرض منطقة المادة الرمادية الحجمية المتراكبة على T1. مرة أخرى، انتقل من خلال كل شريحة في الدماغ والتحقق من المناطق تحت أو المبالغة لمنطقة الدماغ التي يجري تفتيشها.

هنا، نرى مثالاً على تجزئة فاشلة معروضة على فحص T1. وينبغي إعادة معالجة هذا التقسيم واستبعاده من التحليل إذا لم يكن من الممكن تحسينه. يُظهر هذا الشكل أمثلة على أداء أدوات مختلفة على الفص الصدغي في فحص T1.

وتُشاهد هنا أمثلة على ترسيم إقليمي جيد، بينما تُعرض هنا أمثلة على سوء الترسيم الإقليمي، الذي يُظهر الانسكابات في الفصوص الزمنية اليسرى واليمنية. هذا الرقم يبين أمثلة على أداء أدوات مختلفة على الفص القذالي على فحص T1. هنا نرى المسح T1 مع مثال على ترسيم إقليمي جيد ، في حين أن هنا مثال على تعيين إقليمي ضعيف ، مما يظهر الانسكاب في دورا الوسيط.

هنا نرى مثالا على منطقة المادة الرمادية التي تسربت إلى دورا، وأبرزت من قبل المنطقة الزرقاء. يُظهر هذا الشكل مثالاً لمنطقة المادة الرمادية التي استبعدت مناطق من القشرة من التجزئة، وهي أفضل طريقة تظهر في المنظر المحوري. أثناء محاولة هذا الإجراء، من المهم أن تتذكر اختبار أدوات مختلفة في البيانات، وإجراء مراقبة جودة مرئية على عمليات الفحص العملية.

بعد تطورها ، مهدت هذه التقنية الطريق للباحثين في التصوير العصبي لدراسة التغيرات في حجم الدماغ مع مرور الوقت دون الحاجة إلى اختبارات الغازية.