بنية حل أزرق نيون البروتين باستخدام ميشاندكوليكت

تم تطوير بروتوكول MeshAndCollect الآلي للجمع بين علم البلورات التسلسلي مع جمع بيانات الدوران القياسي لقياس البلورات الصغيرة من عينات عفريت. تحدد الطريقة أولاً موضع البلورات المثبتة على حامل العينة نفسه لتوجيه مجموعة البيانات الجزئية التي سيتم دمجها فيما بعد واستخدامها في حل الهيكل. MeshAndCollect مقنعة لأنها تسمح لك بإجراء تجارب بسرعة وبنفس الإعداد ، حل الهيكل ، وفحص الليجند ، وكل ذلك مع بلورات صغيرة.

هذه الطريقة متوافقة مع الخط الشعاعي السنكروترون VMX مجهزة بشكل مثالي مع فليكس الفوتون عالية، وقطر شعاع صغير، وكاشف إعادة تحميل سريع. أولاً، الاتصال بنظام المعلومات الموسع لقاعدة بيانات خط شعاع بلوريوغرافي البروتين واختيار MX.Log في مع رقم التجربة وكلمة المرور من النموذج A. بعد ذلك، حدد الشحن إضافة جديد وملء المعلومات المطلوبة.

حدد إضافة جزئية وملء البيانات ذات الصلة. حدد إضافة حاوية، واختيار عفريت SC3، وملء المعلومات المطلوبة بما في ذلك مواقف أصحاب العينة في عفريت. في الكوخ التجريبي ، قم بتحميل عفريت في دور المغير عينة ونلاحظ موقفها.

بعد ذلك، تسجيل الدخول إلى نظام المعلومات لقاعدة بيانات شعاع البلورات البروتينية. حدد تحضير التجربة، ابحث عن الشحنة، حدد التالي، وحدد خط الشعاع ووضع عفريت في مغير العينة. قم بتسجيل الدخول إلى برنامج التحكم بخط الشعاع مع الرقم التجريبي وكلمة المرور المتوفرة في النموذج A.

اضغط على مزامنة لمزامنة برنامج التحكم بخط الشعاع مع نظام المعلومات لقاعدة بيانات خط شعاع بلوريوغرافي البروتين. استخدم برنامج التحكم بخط الشعاع لتركيب حامل العينة على مقياس الزمنة. ثم انقر بزر الماوس الأيمن فوق موضع في منطقة تغيير العينة وحدد نموذج التحميل.

حدد زر الوسط ثم مركز ثلاث نقرات في منتصف حافة طرف الحلقة. حفظ موضع توسيط عن طريق تحديد حفظ. ضمن "خيارات متقدمة"، قم بإضافة إعادة توجيه Visual سير العمل إلى قائمة انتظار تجميع البيانات.

ثم قم بتشغيل سير العمل بالنقر على تجميع قائمة الانتظار. بعد ذلك، حدد أحد مواضع المراكز المحفوظة بالنقر فوقه. انقر مرة أخرى على زر الوسط ، ثم مركز ثلاث نقرات في منتصف بداية جذع الحلقة.

حفظ الموضع الثاني عن طريق النقر على حفظ. ثم انقر على متابعة. بعد سير العمل محاذاة الطائرة من حامل العينة مع محور دوران goniometer، مركز حامل العينة مرة أخرى في مكان ما في منتصف شبكة.

توجيه حامل العينة بحيث يكون وجه الشبكة عمودياً على اتجاه شعاع الأشعة السينية عن طريق تدوير محور أوميغا باستخدام برنامج التحكم بخط الحزم. في برنامج التحكم بخط الشعاع، انقر على القائمة المنسدلة Aperture وحدد قيمة. ثم انقر على أيقونة أداة شبكة لإحضار نافذة أداة شبكة.

في عرض عينة من برنامج التحكم خط شعاع، رسم شبكة بواسطة النقر على اليسار وسحب الماوس فوق المنطقة التي تحتوي على بلورات على حامل العينة. لحفظ الشبكة، انقر على زر الجمع في نافذة أداة الشبكة. في مجال دقة برنامج التحكم بخط الشعاع، أدخل الدقة التي يجب أن يتم بها جمع صور الحيود.

إذا لم تكن هناك معلومات مسبقة عن جودة الانعراج للبلورات، يوصى بقيمة بين اثنين و2.5. حدد MeshAndCollect في علامة التبويب "تجميع بيانات متقدمة". إضافته إلى قائمة الانتظار ثم انقر فوق تجميع قائمة الانتظار.

في إطار المعلمة، استخدم معلمات افتراضية تابعة لخط الشعاع. في التجربة الموضحة هنا، المعلمات الافتراضية هي 0.037 ثانية وقت التعرض لكل نقطة مسح شبكة، 100٪ انتقال، وتذبذب درجة واحدة لكل شبكة خط المسح الضوئي. انقر فوق متابعة.

يتم تحليل مسح الشبكة وصور الحيود التي تم جمعها في كل نقطة شبكة وترتيبها وفقًا لقوة الحيود مع برنامج Dozer. بعد تحليل Dozer، يتم إنشاء خريطة حرارية ويتم تعيين أمر مجموعات البيانات الجزئية اللاحقة تلقائيًا استنادًا إلى قوة الحيود. وأخيراً، انقر فوق متابعة لبدء مجموعات البيانات الجزئية.

وقد استخدم برنامج MeshAndCollect كما هو مطبق في MXCuBE لجمع مجموعات بيانات الحيود الجزئي من بلورات سيرولان الصغيرة الموجودة على نفس حامل العينة الذي كان من الصعب التعرف البصري على البلورات. ولفحص حامل العينة، تم رسم شبكة فوق مركز حلقة الشبكة، واستناداً إلى خريطة الحرارة درجة Dozer، تم جمع 85 مجموعة بيانات الحيود الجزئية تلقائياً. تم دمج هذه بشكل فردي ثم اندمجت لإنتاج مجموعة بيانات مع اكتمال 99.8٪في قرار من 1.7 angstroms.

كما هو متوقع، يمكن حل الهيكل البلوري لـ Cerulean عن طريق الاستبدال الجزيئي باستخدام مجموعة البيانات التي تم إنشاؤها. بعد صقل, حصل [ر] عمل من 22.8٪و [ر] حرّة من 25.4٪. موقف السوبر من هيكل يحدد سابقا يظهر RMSD العالمية على وظائف ج ألفا من 0.1 angstroms.

بالنسبة للمشاريع التي يكون فيها تحسين مرحلة النمو البلوري الأمثل، يوفر MeshAndCollect إمكانية الحصول على مجموعة بيانات كاملة تستند إلى الجمع بين هذه المجموعات الجزئية غير المتبلورة من البيانات التي تم الحصول عليها من بلورات أصغر. مهدت هذه التقنية الطريق لعلماء الأحياء الهيكلية لحل هيكل من عينة أجزاء حيث لا يمكن إنتاج سوى بضعة أعشار من البلورات الدقيقة.