في طريقة النمذجة Silico لعلم السموم المائية الحسابية من اضطرابات الغدد الصماء: نهج يستند إلى البرمجيات باستخدام أدوات QSAR

يستخدم بروتوكولنا برنامجًا برمجيًا مفتوحًا وسهل الوصول إلى حد كبير لتمكين الحساب السريع للآثار الضارة قصيرة الأجل للمواد الكيميائية التي تعطل الغدد الصماء. هذا الصندوق QSAR منظمة التعاون والتنمية في الميدان الاقتصادي مفيد للتنبؤ سمية المواد الكيميائية ويوفر طريقة فعالة لتقييم السمية الحيوية الحادة من الغدد الصماء اختلال بطريقة سهلة الاستخدام. عند بدء تشغيل مربع الأدوات QSAR يبدأ المستخدم في مرحلة مربع أدوات الإدخال بشكل افتراضي ثم مربع الأدوات تلقائياً بإنشاء ملف عمل يسمى المستند 1.

بعد النقر فوق "رقم خدمة المستخلص الكيميائي"، أدخل رقم الخدمة المجردة الكيميائية للمادة المستهدفة في حقل النص المتاح وانقر فوق بحث. عبر زر الهيكل ، يمكن أيضًا البحث في المادة بواسطة رمز نظام إدخال خط الإدخال الجزيئي المبسط. لإجراء فحص في السيليكو للمواد الهدف متعددة، اكتب قائمة مادة بسيطة في محرر نص يتم فيه سرد كل رقم خدمة مجردة كيميائية في صف واحد وحفظ الملف النصي مع اسم مناسب.

بعد ذلك، انقر فوق البيانات وتأكد من أن قواعد البيانات المدرجة تحت المعلومات السمية البيئية يتم التحقق منها. انقر فوق الإدخال، وحدد الاستعلام، وانقر فوق نعم في إطار الحوار لقبول الإعدادات المحددة. ضمن علامة التبويب خدمة الملخص الكيميائي، حدد قائمة التحميل لتحميل قائمة المواد المحفوظة كملف نصي.

انقر على إضافة في أسفل القائمة المنبثقة وانقر على تنفيذ. سيعرض مربع أدوات QSAR رسالة تشير إلى عدد المواد التي تم استردادها للبحث. لإنشاء تشكيل جانبي، انقر فوق الزر مرحلة مربع أدوات إنشاء ملفات تعريف ثم انتقل إلى "أساليب إنشاء ملفات تعريف في لوحة خيار المرحلة".

انقر فوق إلغاء تحديد الكل في نافذة طرق التنميط وتأكد من أن كافة ملفات التعريف المدرجة ضمن محدد مسبقاً و ملفات التعريف المتعلقة بالسمية المائية تحت نقطة النهاية محددة يتم التحقق منها، ثم انقر فوق تطبيق، انقر بزر الماوس الأيمن فوق المعلمات لتشغيل نماذج QSAR 2D و 3D المتكاملة كما هو مطلوب. لجمع البيانات، انقر فوق الزر مرحلة مربع أدوات البيانات ثم انقر فوق جمع على شريط الأدوات الإجراءات. حدد كل نقاط النهاية لجمع كافة البيانات التجريبية أو حدد اختيار لجمع بيانات تجريبية محددة لنقطة النهاية.

انقر بزر الماوس الأيمن فوق نقطة النهاية ذات الاهتمام، ثم قم بتنظيم شجرة نقطة النهاية بالطريقة المفضلة باستخدام الشروط والأسهم المتاحة قبل النقر فوق Okay. ثم انقر بزر الماوس الأيمن فوق نقطة النهاية من الفائدة وحدد تصدير البيانات مصفوفة لتصدير البيانات التي تم جمعها في جدول بيانات. سيظهر معالج تصدير المصفوفة، مما يتيح إضافة نقاط نهاية أخرى إلى قائمة التصدير.

قم بإنهاء التحديد وانقر فوق تصدير لحفظ الملف. لملء فجوة البيانات، انقر على زر مرحلة ملء فجوة البيانات مربع الأدوات وانقر على الآلي. حدد المعلومات السمية البيئية والأسماك، والتركيز القاتل في 50٪ في 96 ساعة وانقر فوق "حسنا".

ستظهر نافذة وحدة تحكم سير العمل. في حالة تشغيل وضع الدفعة، حدد نطاق المواد التي يتم تنفيذ سير العمل فوقها. إذا تم تنفيذ التنبؤ بنجاح، انقر فوق الزر تقرير مربع أدوات المرحلة، وانقر يسارًا فوق قيمة التنبؤ الناتجة، وانقر فوق التنبؤ، وتخصيص محتوى التقرير والمظهر في معالج المنبثقة.

بعد النقر فوق التالي، انقر فوق إنشاء تقرير، واحفظ تقارير التوقعات والفئة كملفات PDF ومصفوفة البيانات كملف جدول بيانات. في هذا التحليل الكمي للسميات الحادة المتوقعة من اضطرابات الغدد الصماء المختارة، عندما تم رسم نقاط البيانات المتوقعة مقابل نقاط البيانات التجريبية كمقياس سجل سجل تم العثور على ارتباط إيجابي بين كلا المعلمين لجميع الأسماك التي تم تحليلها وكذلك للأنواع ممثلنا. ولتمكين تقييم السلامة لأعلى درجة من الموثوقية، تم إجراء تحليل حسابي إضافي عن طريق رسم الحد الأدنى المتوقع للفترة الفاصلة الـ 95٪ من الثقة في التركيز المميت بنسبة 50٪ مقابل القيم المشتقة تجريبياً.

في هذا التقييم مع عتبة سلامة مرتفعة، تبين أن 92٪ من إجمالي مركبات الغدد الصماء المختبرة التي تم اختبارها تقع في نطاق الحماية بالمقارنة مع القيم المشتقة تجريبيًا. هنا كانت المستويات المتوسطة للتركيز المميت المتوقع في 50٪ قيم لموثق مستقبلات الإستروجين أعلى من تلك التي غير الموثقات. وعلى النقيض من ذلك، بالنسبة للتركيز القاتل التجريبي في 50٪ قيم، كانت ثلاثة مستويات من الموثقات غير والضعيفة أعلى من تلك التي من الموثقات مستقبلات هرمون الاستروجين أقوى.

لا يمكن تطبيق هذا الإجراء إلا على المواد الكيميائية ذات المعرف الفريد، والذي هو في هذه الحالة رمز SMILES. هناك سير عمل آلي آخر مدمج في صندوق أدوات QSAR التابع لمنظمة التعاون الاقتصادي والتنمية والذي يمكن تطبيقه بشكل مماثل وهو لتوعية البشرة.