نمذجة البنية الرباعية من خلال قياس الطيف الكتلي المتقاطع الكيميائي: توسيع تقارير TX-MS Jupyter

تستخدم هذه الطريقة قوة Jupyter Notebook لتقديم تقارير غنية بالمعلومات وجذابة بصريا مع السماح للمستخدمين بتوسيع التقرير وتخصيصه بطريقة قابلة للتكرار والتتبع. تسمح هذه التقنية المرنة بالتقاط جميع تعديلات المستخدم بتفصيل كاف ليتم استنساخها في إطار زمني لاحق أو من قبل مستخدم مختلف. على الرغم من أن هذه الطريقة قابلة للتطبيق بشكل عام في أي مجال بحثي ، إلا أنها مصممة في المقام الأول لعلوم الحياة Mucor ، وهو مجال بحث يمكن أن ينتج بيانات معقدة.

قبل البدء في التحليل، افتح موقع قياس الطيف الكتلي المستهدف عبر الروابط. عند التنقل إلى موقع الويب ، ستظهر شاشة ترحيب توفر وصفا عالي المستوى لخدمة TX MS.web. تحت علامة التبويب التعليمية ، يمكن ملاحظة وصف مفصل للخدمات المقدمة بما في ذلك معلومات حول كيفية استخدام الخدمة وكيفية تحليل النتائج.

ضمن علامة التبويب "تنزيل"، يمكن تنزيل البرامج والموارد. جميع البرامج متاحة بموجب ترخيص مفتوح المصدر. ضمن علامة التبويب "الترخيص" ، يجعل ترخيص BSD المكون من 3 بنود البرنامج قابلا للاستخدام على نطاق واسع قدر الإمكان.

توفر علامة التبويب "جهة الاتصال" معلومات الاتصال لإرسال الأسئلة أو التعليقات. لإرسال بريد إلكتروني يطلب بيانات اعتماد المستخدم، ارجع إلى علامة التبويب Cheetah وانقر على الارتباط التشعبي لعنوان البريد الإلكتروني في أسفل الصفحة. أدخل المعلومات ذات الصلة في سطر الموضوع في نص البريد الإلكتروني.

سيتم إرسال الرد في أسرع وقت ممكن. بعد تلقي رسالة تأكيد بالبريد الإلكتروني تحتوي على بيانات اعتماد المستخدم ، قم بتسجيل الدخول وتحميل بيانات قياس الطيف الكتلي إلى موقع الويب. انقر فوق إرسال سير العمل وأدخل عنوانا ووصفا.

ثم انقر فوق عرض سير العمل وحدد سير عمل الفهد. بعد اتباع المعالج، استخدم العارض عبر الإنترنت لفحص دفتر ملاحظات Jupyter. لتثبيت JupyterHub ، قم بتثبيت Docker وفقا للتعليمات وقم بتنزيل حاوية JupyterHub Docker مع ملحق Jupyter openBIS.

بعد بدء تشغيل Docker P8171: 8000 malmstroem / jove: أحدث حاوية. انتقل إلى عنوان الويب المشار إليه وقم بتسجيل الدخول باستخدام اسم المستخدم وكلمة المرور المستخدم. لتنزيل التقرير، انقر فوق جديد في Python 3 لفتح علامة تبويب جديدة باستخدام دفتر ملاحظات بدون عنوان.

انقر فوق تكوين اتصالات openBIS في قائمة أداة Jupyter وأدخل TX MS للاسم وعنوان ويب TX MS لعنوان URL وGuest للمستخدم وG-U-E-S-T-P-A-S-S-W-D لكلمة المرور. حدد الاتصال الجديد وانقر على اختيار اتصال للبحث عن التقرير. ثم انقر على الخلية وقم بالتنزيل في الخلية وقم بتشغيل الكل لإرجاع التقرير.

لتوسيع التقرير، انقر على الخلية وأدرج أدناه لإضافة خلية جديدة في الأسفل. ثم انقر فوق التعليمات البرمجية واضغط على shift وأدخل لتنفيذ الخلية. لتحميل التقرير، انقر على زر التحميل لإنشاء مجموعة بيانات جديدة.

يتم عرض بنية تمثيلية ل M1 والألبومين مع أعلى الروابط المتقاطعة المعينة على الهيكل هنا. تم الحصول على جميع الوصلات المتقاطعة عن طريق قياس الطيف الكتلي المستهدف بعد تحليل بيانات الاكتساب المعتمدة على بيانات MS1 عالية الدقة والمستقلة وتم توفير النماذج الحسابية بواسطة بروتوكول RosettaDock. من المهم أن نتذكر أن تفاعلات بروتين البروتين متنوعة من حيث استقرارها.

لذلك ، قد تختلف نتائجك. تقتصر المنهجية الحالية على التفاعلات الثنائية وبالتالي لا يمكن تطبيقها على الهياكل الرباعية البروتينية الأكثر تعقيدا. ومع ذلك ، يمكن أن توفر نمذجة الأزواج الفردية قاعدة جيدة لبناء هياكل أكثر تعقيدا.

يمكن أن تكون التفاصيل حول واجهة الربط مفيدة بعدة طرق ، على سبيل المثال ، لاقتراح طفرات يمكن أن تؤدي إما إلى استقرار تفاعلات البروتين أو زعزعتها. لذلك ، يمكن أن يكون هذا مفيدا لفهم دور تفاعلات البروتين والبروتين بشكل أفضل.