gP2S، نظام إدارة المعلومات لتجارب CryoEM

لتسجيل الدخول إلى gP2S، اكتب اسم المستخدم وكلمة المرور. على الجانب الأيسر، يمكنك مشاهدة شريط التنقل الذي يتكون من محدد مشروع ومجموعة من عناصر التنقل التي تسرد أنواع الكيان التجريبي لسير عمل CryoEMEM، أو العينات التي تتكون من البروتينات أو الليجاند أو مزيج من هذين، الشبكات، جلسات المجهر، جلسات المعالجة، الخرائط، والنماذج. العنصر الأخير في شريط التنقل هو ارتباط إلى قسم إعدادات التطبيق.

هنا، سوف تكون قادرا على إضافة عدد من الكيانات التي تسمح لك لتسجيل التجارب في gP2S. ملء في توفير المعلومات لمختلف القوائم المنسدلة لاستخدامها في جميع أنحاء النظام. تتضمن المخطوطة المرفقة معلومات مفصلة حول كيفية تثبيت gP2S وتكوينه بحيث يمكن استخدامه لتسجيل التجارب.

في هذا الفيديو، نوضح فقط إحدى خطوات التكوين، وكيفية تسجيل حامل عينة التبريد، ومن ثم توضيح كيفية تسجيل المستخدمين للتجارب في gP2S بمزيد من التفصيل. يمكن تكوين أصحاب العينات بمجرد تسجيل المجاهر عن طريق التنقل إلى قسم حامل العينة. عند تسجيل حامل عينة جديدة، يجب تحديد أي من المجاهر تكوين يمكن استخدامها مع، وما إذا كان يمكن استخدامها للعينات cryo.

تطبيق gP2S موجه للمشروع. وهذا يعني أنه لا يمكن إنشاء كيان سير العمل إلا في سياق مشروع. يجب تحديد المشروع ذي الصلة من القائمة المنسدلة.

عند تحديد مشروع، يتم عرض عدد الكيانات من كل نوع المقترنة بهذا المشروع في مقطع سير العمل. يمكنك أن ترى أنه في هذه الحالة بالذات، تم تسجيل 89 عينة، 203 شبكات، 80 جلسة المجهر، خمس جلسات معالجة، سبع خرائط، واثنين من النماذج. عند النقر فوق أي من أنواع كيان سير العمل، على سبيل المثال جلسات المجهر، يتم عرض قائمة بتلك الكيانات.

تتكون هذه القائمة من تسمية. قد يكون هناك أيضا علم ، كما هو الحال في هذه الحالة ، لإظهار ما إذا كان جلسة تصوير مجهري للبقعة أو سلبية ، وما يصل إلى ستة حقول بيانات تعريف رئيسية. في حالة جلسة الفحص المجهري، يمكنك معرفة الشبكة التي تم تصويرها، وعدد الصور التي تم جمعها، وأوقات تاريخ البدء والانتهاء من الجلسة، وما هو المجهر والكاشف المستخدم.

يؤدي تحديد أحد الكيانات المدرجة في القائمة إلى فتح صفحة تفاصيل تسرد جميع المعلومات المتاحة لهذا العنصر، والتي في حالة جلسات المجهر كثيرة. أسفل تفاصيل المجهر، يمكنك الاطلاع على قائمة موجزة لجميع الكيانات السلف مثل الشبكات والعينات. وهذا يسمح للتنقل السريع جدا من خلال نسب الكيان المعروض.

دعونا القفز إلى نماذج لتصور أفضل هذا. وأخيرا، يمكن التعليق على أي كيان في gP2S عن طريق اختيار التعليقات. كما ترون لهذا النموذج بالذات، يوجد تعليق واحد بالفعل.

النقر على ذلك يظهر من ومتى تم إنشاؤه. يمكنك إضافة تعليق آخر عن طريق إدخال نص حر وإرفاق ملف واحد أو أكثر بشكل اختياري. الآن بعد أن قمنا بجولة في الجزء الرئيسي من التطبيق ، سوف نبين كيفية تسجيل الكيانات التجريبية خلال تجربة CryoEM.

في الخطوة الأولى من سير العمل، سيطلب منك وصف العينة. من أجل القيام بذلك، عليك أولا تحديد عنصر واحد على الأقل، البروتين أو ليغاند. إضافة بروتين جديد يتطلب فقط تسمية البروتين، ولكن للمساعدة في وصف أفضل للبروتين، يمكنك أيضا إضافة معرف تنقية.

يمكن أن يحتوي هذا الحقل على رقم دفعة كبيرة أو يكون بمثابة مكان لتسمية الباركود. إذا تم تخصيص gP2S للتكامل مع نظام تسجيل البروتين ، يمكن التحقق من صحة معرف PUR تلقائيا واستخدامه لاسترداد وعرض معلومات مفصلة حول هذا الكثير من البروتين. بالنسبة للربط، تكون التسمية وتركيز المخزون إلزاميين، وهناك حقلان آخران اختياريان، هما معرف الكمية المفهومية والدفعية.

يتم تعريف العينة من خلال أي مزيج من البروتينات والليجاند وتركيزاتها النهائية. في حالتنا، سوف نخلق عينة تحتوي على بروتين واحد تم تسجيله سابقا في gP2S. من السهل العثور على المكونات بفضل القائمة المنسدلة القابلة للبحث.

إذا لم تعثر على المكون الخاص بك، يمكنك إنشاء مكون من البداية في هذه الخطوة. اختياريا، يمكنك أيضا تحديد تفاصيل تجريبية أخرى للعينة، مثل وقت الحضانة ودرجة الحرارة، المخزن المؤقت، ووصف بروتوكول النص الحر. عندما تكون العينة جاهزة وكنت تقوم بإنشاء شبكات ، انتقل إلى الشبكات وإنشاء واحدة جديدة.

حدد نوع الشبكة وبروتوكول المعالجة السطحية المستخدم، على سبيل المثال بروتوكول تفريغ توهج. ثم قم بالإشارة إلى ما إذا كنت تقوم بإعداد cryo أو شبكة وصمة عار سالبة وحدد أحد بروتوكولات التزجيج التي تم تكوينها مسبقا من القائمة المنسدلة. بعد ذلك، حدد من القائمة المنسدلة العينة التي قمت بتطبيقها على الشبكة.

إذا اخترت تخفيف أو تركيز العينة المحددة، فاستخدم التبديل وحدد معامل التخفيف أو التركيز ذي الصلة. يجب عليك أيضا تحديد مستوى الصوت المطبق على الشبكة وتسجيل وقت الحضانة اختياريا. وأخيرا، يجب عليك تحديد موقع تخزين الشبكة.

إذا أردت، قم بتغيير التسمية الافتراضية وحفظ الشبكة. بمجرد تسجيل الشبكات الخاصة بك، سوف تكون قادرا على تسجيل تجارب جمع البيانات عن طريق إنشاء جلسة المجهر. يتكون النموذج من أربعة أقسام: المعلومات الأساسية ، إعدادات المجهر ، إعدادات التعرض ، والتحكم في المجهر.

يحتوي القسم الأول على معلومات أساسية، تسمية، تغيير القيمة الافتراضية إذا أردت. لاحظ أن النظام تلقائيا بتعبئة تاريخ ووقت البدء. تاريخ الانتهاء والوقت اختياريان لأنك ربما تقوم بتسجيل جلسة الفحص المجهري بينما تجربتك لا تزال مستمرة.

إذا كنت تعرف تاريخ ووقت الانتهاء، يمكنك كتابته يدويا أو استخدام الزر الآن لإدخال الزر الحالي. ثم حدد ما هي الشبكة التي تم تصويرها والمجهر الذي تم استخدامه. بشكل افتراضي، المجهر المستخدمة مؤخرا في المشروع الحالي هو محدد مسبقا.

حدد كاشف واختياريا، كم عدد الصور التي تم جمعها. يحتوي القسم الثالث من جلسة الفحص المجهري على معلومات حول إعدادات التعرض. في هذا القسم، يتم تسجيل البيانات الوصفية التالية: التكبير، وحجم البقعة، وقطر المنطقة المضيئة، ومعدل التعرض، ومدة التعرض، وعدد الإطارات.

يجب أن تشير إلى ما إذا كان قد تم استخدام nanoprobe، وضع العد، تجزئة الجرعة، والقرار السوبر. يتم تمكينها فقط إذا كان المجهر المحدد والكاشف لديهما هذه الميزات. بعد إدخال عامل binning بكسل، إن وجدت، يتم حساب عدد من المعلمات الهامة تجريبيا على الطاير وعرضها.

يتم تسجيل عمل معالجة الصور في جلسة معالجة. ترتبط كل جلسة معالجة بجلسة تصوير مجهرية واحدة على الأقل، والتي تحددها من القائمة المنسدلة. يمكنك إضافة جلسات عمل المجهر أكثر إذا قمت بدمج البيانات من عدة جلسات أثناء المعالجة.

يجب أيضا الإشارة إلى حزم البرامج التي تم استخدامها عن طريق تحديد تسمية البرنامج وإصداره. هناك أيضا مكان لبعض الملاحظات ذات الصلة. لديك لتوفير عدد من micrographs والجسيمات التي التقطت.

يمكنك أيضا تسجيل اسم الدليل أو المسار الكامل حيث قمت بالمعالجة. وبمجرد الحصول على إعادة بناء ثلاثية الأبعاد أو أكثر، يمكن إيداع الخرائط في gP2S. كل خريطة مقترنة بجلسة معالجة وتتكون من ملف الخريطة الفعلي.

يسمح gP2S لأي نوع ملف. أدخل بيانات تعريف رئيسية مثل حجم البكسل، يوصى به هو مستوى كفاف للعرض السطحي، وما هو التماثل الذي قمت بتطبيقه، وعدد الصور المستخدمة لإنشاء الخريطة، والدقة المقدرة في أفضل أجزائه، ومتوسط الدقة العالمية، والدقة في أسوأ الأجزاء. كما هو الحال في العديد من أجزاء gP2S، تحقق قواعد التحقق من صحة الإدخال الخاص بك عن أخطاء واضحة.

قد تكون الخرائط مقترنة ببعضها البعض باستخدام أنواع مختلفة من العلاقات. عند تسجيل مثل هذا الاقتران، يجب تحديد نوع العلاقة والخريطة ذات الصلة. بمجرد الحصول على نموذج ذري ، يمكن إيداعه في gP2S.

إضافة ملف طراز ودقة الخريطة أو قائمة الخرائط التي اشتق منها الطراز. بالإضافة إلى ذلك، من الممكن الإشارة إلى أن النموذج هو إصدار مكرر من طراز تم إيداعه مسبقا. تغيير التسمية وحفظ السجل.

إذا تعاونت مع باحثين آخرين ليس لديهم حق الوصول إلى التطبيق، فقد يكون من الضروري إنشاء مستندات موجزة يمكنك مشاركتها بعد ذلك. لهذا الغرض، يوفر gP2S وظيفة تقرير. يؤدي ذلك إلى إنشاء ملف PDF قابل للطباعة يتضمن جميع البيانات الوصفية التي تصف الكيان وكل كيان من كياناته السلف ، بما في ذلك جميع التعليقات.

هذه الميزة قيمة بشكل خاص بعد ترسب النموذج ، لأن جميع البيانات والبيانات الوصفية تتبع نسب النموذج الذري النهائي على طول الطريق إلى بروتين محدد والكثير ليجند جزيء صغير عبر جلسات المجهر والشبكات متوفرة في وثيقة واحدة. ولكن يمكن إنشاء PDF من أي صفحة عرض التفاصيل. كما ترون، يتيح لك gP2S تتبع مختلف الكيانات التي هي منظمة تنظيما جيدا وسهلة التنقل إلى.

وكما هو مبين سابقا، يساهم التحقق من صحة البيانات عند تسجيل كيانات معينة في بيانات تعريفية ذات جودة أعلى مما يمكن تحقيقه من خلال جداول البيانات أو دفاتر الملاحظات الكلاسيكية. شكرا لك على المشاهدة نأمل أن يشجعك هذا الفيديو على تجربة gP2S كنظام إدارة معلومات مختبرية لمختبر CryoEM الخاص بك.