بروتوكول التشريح الآلي لإثراء الورم في الأنسجة منخفضة محتوى الورم

يمكن عزل أو إثراء المناطق الصغيرة المتناثرة ذات الأهمية من FFPE ، أو المواد المجمدة الطازجة ، عن طريق التشريح الآلي بسرعة وكفاءة أكبر من الطرق التقليدية. استخراج المواد الجينومية من FFPE ، أو الأنسجة المجمدة الطازجة ، هو شرط للعديد من مختبرات البحوث السريرية والانتقالية. يملأ التشريح الآلي فجوة كبيرة بين التشريح الكلي والتشريح الجزئي لالتقاط الليزر.

للبدء، أضف تعليقات توضيحية على صور الشرائح الممسوحة ضوئيا لمناطق الورم ذات الاهتمام، باستخدام منصة عرض يوفرها المورد، أو عارض مفتوح المصدر. ضع شريحة أنسجة العينة غير الملطخة على المسرح في موضع الشريحة من الأول إلى الرابع عند استخدام مرجع شريحة رقمي. قم بإنشاء مهمة طحن باستخدام برنامج تشريح الأنسجة التلقائي عن طريق فتح قائمة الوظائف، ثم حدد إنشاء وظيفة جديدة، وأدخل معرف الحالة والاسم لإدخال اسم الوظيفة.

انتقل إلى السماكة، وحدد سمك القسم باستخدام علامة التبويب السهم لأعلى أو لأسفل. ثم انتقل إلى إعداد الأنسجة، وحدد البارافينيز، أو المنزوع البارافين. حدد صورة مرجعية"من ملف، واستيراد صورة.

ثم حدد الملف المراد استيراده من القائمة المنسدلة كمرجع رقمي. امسح المرحلة ضوئيا عن طريق تحديد الزر "مرحلة المسح الضوئي" في الزاوية السفلية اليمنى لالتقاط كل شريحة من أنسجة العينة في الموضع الأول إلى الرابع. بالنسبة للمرجع على المسرح، اسحب المربع لإنشاء مساحة مستطيلة فوق الأنسجة، وحدد الفقاعة الدائرية أسفل المساحة المستطيلة لالتقاط صورة مرجع المرحلة.

انسخ حقل المستطيل هذا إلى شرائح أنسجة العينة المتبقية في مواضع الشرائح من الثانية إلى الرابعة عن طريق تحديد خيار النسخ في الزاوية العلوية اليسرى من الصورة المرجعية. ثم قم بالمحاذاة وتغيير الحجم حسب الضرورة. بالنسبة للصورة المرجعية الرقمية، قم بتراكب الصورة على المساحة المستطيلة المحددة.

بعد ذلك ، قم بتغيير حجم المرجع الرقمي ومحاذاته بشكل كبير ، بالطبع ، التكبير / التصغير ، لمطابقة الحجم والموضع على أفضل وجه فوق أنسجة العينة. انسخ حقل المستطيل هذا إلى شرائح أنسجة العينة المتبقية في مواضع الشرائح من الثانية إلى الرابعة عن طريق تحديد خيار النسخ في الزاوية العلوية اليسرى من الصورة المرجعية. ثم قم بالمحاذاة وتغيير الحجم حسب الضرورة.

حدد الزر "مرحلة المسح الضوئي" في الزاوية السفلية اليمنى للانتقال إلى خطوة الضبط الدقيق. حدد موضع المرحلة الأولى، وأيقونة أداة التحويل في شريط الأدوات الأيمن، لإجراء محاذاة دقيقة ومعايرات تكبير/تصغير للمرجع لمطابقة تراكب شريحة العينة على أفضل وجه. استخدم المرجع لعينة من الشريط المنزلق في أسفل الشاشة، مع التبديل بين المرجع وعينة الصور.

وميزة التكبير والتصغير لضبط وتحقيق محاذاة كل موضع شريحة. بمجرد تحقيق تراكب العينة الأمثل، ارسم تسميات مسار الطحن على الجزء الملون من الصورة المرجعية المقنعة عن طريق تحديد أيقونة أداة انتقاء الألوان في شريط الأدوات الأيمن. ارسم مسارات الطحن على شرائح العينة عن طريق تحديد الزر "الحصول على التعليقات التوضيحية" في الزاوية السفلية اليسرى من الشاشة.

التقط المنطقة المشروحة ذات الأهمية واجمعها باستخدام أربع نصائح طحن أو أقل عند حساب مسار الطحن. يتم حساب استخدام طرف الطحن في الزاوية العلوية اليسرى بناء على المساحة المغطاة وحجم الطرف المحدد. يمكن تغيير حجم الطرف تحت سهم طرف الطحن ، وسيتم إعادة حساب استخدام الطرف.

عند تحديد مسار الطحن في موضع الشريحة الأول، سيتم نسخه إلى مواضع الشريحة المتبقية. حدد زر مرحلة الإعداد "في الزاوية السفلية اليمنى من الشاشة للتحميل الفوري لنصائح الطحن من أنابيب التجميع في تعيينها الصحيح على المسرح. املأ الخزان بثلاثة ملليلترات من مخزن التشريح المناسب لنوع الأنسجة ، ولاستخراج الحمض النووي في المصب.

ثم حدد الزر تشريح "في الزاوية اليمنى السفلى من الشاشة. بعد التشريح الآلي ، قم بإزالة أنابيب التجميع وشرائح العينة التشريحية من المرحلة. ضع أنابيب التجميع في رف الأنبوب، والشرائح في رف الشرائح.

تم مسح الفورمالين الملطخ H&E ، والبارافين الثابت المضمن ، وأقسام كبد الفئران المجمدة الطازجة التي تحتوي على سرطان القولون والمستقيم النقيلي في xenografts على جهاز تصوير شريحة كامل عند تكبير 20x ، واستخدامها كشرائح مرجعية. تم شرح الشرائح المرجعية الملطخة H & E وملثمة رقميا لمناطق الورم للتشريح واستخراج الحمض النووي. تم تلطيخ شرائح العينة بعد تشريحها H & E لتأكيد مناطق التشريح في شرائح 10 ميكرومتر و 20 ميكرومتر.

أظهرت المقاييس التي تم التقاطها نجاح التشريح الآلي واستخراج الحمض النووي. عند محاولة استخدام هذا البروتوكول، ضع في اعتبارك أن تحقيق تراكب دقيق نسبيا للتعليق التوضيحي على الشرائح غير الملطخة أمر مهم لعزل مجالات الاهتمام.