تحليل تجارب الحمض النووي الريبي متعدد العوامل باستخدام DiCoExpress

يوفر DiCoExpress تحليلا كاملا للأبهري من مراقبة الجودة إلى التعبير المشترك. يقوم بإجراء تحليل تفاضلي بناء على التناقضات داخل النموذج الخطي المعمم. علاوة على ذلك ، يمكنه أيضا إجراء تحليل إثراء على قائمة الجينات المعبر عنها بشكل تفاضلي ومجموعات الجينات المشتركة في التعبير.

الميزة الرئيسية ل DiCoExpress هي أنه يمكن استخدامه من قبل أشخاص مثلي تماما ، دون أي معرفة خاصة في الإحصاءات أو البرمجة الجوية. إنه يساعد حقا المستخدم غير المتخصص على كتابة التباين اللازم لتحليل التعبير الجيني التفاضلي. كما يوفر مخرجات بيانية توضح النتائج الجاهزة للنشر.

DiCoExpress ليست أداة مخصصة للخطة. يمكن استخدامه لأي كائن حي طالما أن التصميم التجريبي كامل مع ما يصل إلى عاملين بيولوجيين. علاوة على ذلك ، فإن تصميم الغشاء مع عدد غير متساو من النسخ المتماثلة بين الشرط ممكن أيضا.

يجب أن يكون لدى المبتدئ معرفة أولية في R.يجب أن تعرف كيفية استخدام وظيفة وتحديد الحجج المطلوبة والاختيارية. ثم الخطوة الحاسمة هي توفير الملفات التي تحتوي على التصميم التجريبي والتصميم التجريبي بشكل صحيح. للبدء، افتح جلسة عمل استوديو R.

قم بتعيين الدليل إلى البرامج النصية للقوالب وافتح البرنامج النصي DiCoExpress dot R. قم بتحميل وظائف DiCoExpress في جلسة عمل R. ثم قم بتحميل ملفات البيانات في جلسة R وقم بتقسيم ملفات بيانات الكائن إلى عدة كائنات لمعالجة الملفات بسهولة.

بعد ذلك ، حدد استراتيجية بين شروط NB أو تكرار NB وعتبة لتصفية الجينات المنخفضة التعبير. حدد ألوان المجموعة وحدد طريقة تطبيع. ثم قم بإجراء مراقبة الجودة.

إذا تم إقران البيانات وفقا لحالة عامل النسخ المتماثل على أنها صحيحة، وإلا فإن الحالة خاطئة. قم بتعيين التفاعل على أنه صحيح للنظر في التفاعل بين العاملين البيولوجيين. وإلا قم بتعيين false، ثم حدد النموذج الإحصائي وحدد عتبة معدل الاكتشاف الخاطئ.

إجراء التحليل التفاضلي متبوعا بتحديد عتبة لتحليل التخصيب وإجراء تحليل التخصيب لقوائم الجينات المعبر عنها بشكل تفاضلي. حدد قوائم DEG المراد مقارنتها. قم بتوفير اسم لمقارنة القائمة واستخدم نفس الاسم للدليل حيث سيتم حفظ ملفات الإخراج.

قم بتعيين عملية المعلمة إلى الاتحاد أو التقاطع لتحديد الإجراء المطلوب تنفيذه في قوائم DEG ، وقارن القوائم. إجراء تحليل التعبير المشترك يليه إجراء تحليل إثراء مجموعات التعبير المشترك. وأخيرا ، قم بإنشاء ملفين سجليين يحتويان على جميع المعلومات اللازمة لإعادة إنتاج التحليل.

يجب أن يكون إجمالي الأعداد الطبيعية لكل عينة متشابهة عند مقارنة كل من الظروف الداخلية والبينية. أظهرت أعداد التعبير الجيني الطبيعية وسيطا وتباينا مماثلين ، سواء في الظروف الداخلية أو البينية. لتحديد هياكل البيانات الأساسية المحتملة ، تم إنشاء مخططات PCA.

ولوحظ وجود تمييز واضح بين المعالجات والتجميع، مما يشير إلى وجود مجموعة بيانات جيدة النوعية. تم رسم المدرج التكراري للقيمة الخام لتقييم جودة النمذجة. كان توزيع القيم الخام موحدا ، مع ذروة في الجانب الأيسر من التوزيع ، كما هو متوقع.

يشير عدم وجود ذروة في الجانب الأيمن إلى أن النمذجة الإحصائية تبدو صحيحة. تم رسم ملف تعريف التعبير عن الجين CIG62301.1 ، في كل نمط وراثي وحالة. بالإضافة إلى عدد الجينات المعبر عنها بشكل تفاضلي صعودا وهبوطا ، تم رسمها أيضا لكل تباين تم اختباره.

تم إجراء تحليل التعبير المشترك على اتحاد خمس قوائم DEG. تم تحديده على النقيض من ذلك ، والبحث عن تباين استجابة العلاج بين النمط الوراثي واحد أو اثنين ضد الآخرين. تمت طباعة الجينات المعبر عنها بشكل مشترك لكل مجموعة محددة في ملفات نصية فردية وتم رسم ملف تعريف التعبير عن الجينات.

مع DiCoExpress ، سيحصل علماء الأحياء على تحليل التعبير الجيني السليم إحصائيا. الخطوة التالية هي جعل المنطق البيولوجي ، من هذه النتائج.