تحليل شبه آلي لسعة الذروة والكمون لأشكال موجات استجابة جذع الدماغ السمعية باستخدام R

يتم جمع استجابات جذع الدماغ السمعي بشكل روتيني لتحديد عتبات السمع. يحتوي شكل موجة ABR على معلومات إضافية عن نشاط جذع الدماغ ، ولكن في السابق ، كان على العديد من الباحثين تحليلها يدويا. تعمل البرامج النصية R مع برنامج R في إطار عمل RStudio لشبه أتمتة تحليل شكل موجة ABR.

فهي مجانية وسهلة الاستخدام. نأمل أن يمكن التحليل الروتيني لشكل موجة ABR الدراسات اللاحقة من تقييم أهمية هذه المعالجة السمعية قبل المعرفية في التشخيص. للبدء ، قم بتصدير استجابة جذع الدماغ السمعي أو تسجيل ABR كملف ASCII.

بالنسبة إلى IHS ، افتح برنامج الكمبيوتر ، وقم بتحميل ملف الاهتمام واعرض الأشكال الموجية المطلوبة على صفحة واحدة. ضمن علامة تبويب البيانات، حدد حفظ الصفحة باسم ASCII للحصول على ملف txt. بعد تسمية ملف البيانات بشكل مناسب باستخدام معرف، قم بتسجيل معلومات المعرف والموضوع في ملف بيانات تعريف باسم info.

csv ، مع التأكد من عدم تضمين أي معلومات مثل النمط الجيني أو الجنس أو العمر أو العلاج في ID.كرر الخطوات مع جميع الملفات المراد تحليلها كملفات معرف منفصلة والحصول على البيانات الوصفية. قم بتنزيل وتثبيت برامج R و RStudio من مواقع الويب الخاصة بكل منهما. ثم قم بتثبيت المكتبات المطلوبة ، tidyverse ، Shiny ، Plotly ، و Zoo ، مع الأوامر المطلوبة في نافذة أوامر RStudio.

بعد ذلك ، قم بتنزيل البرامج النصية findpeaks. ص و see_trace_click. r من White Lab GitHub ، بالإضافة إلى وقت الملف المرتبط .csv.

قم بإنشاء مجلد جديد باسم مجلد الاختبار لوضع جميع ملفات ASCII والمعلومات. CSV ، والوقت .csv. ضمن مجلد الاختبار ، قم بإنشاء مجلد فرعي باسم مجلد ASCII ووضع ملفات ASCII.

افتح قمم البحث. r البرنامج النصي في RStudio عن طريق النقر بزر الماوس الأيمن على علامة التبويب الخاصة بالبرنامج النصي في شريط الأدوات لتحديد دليل العمل المحدد وتعيينه على مجلد الاختبار. في نافذة البرنامج النصي ، انقر فوق المصدر في الجانب الأيمن العلوي من شريط الأدوات لتحميل البرنامج.

ثم في نافذة الأوامر ، استخدم الأوامر لتحليل الأشكال الموجية في أوضاع المعالجة الفردية والدفعية. قم بتحميل بيانات الشكل الموجي للفرد المحدد باستخدام الأمر. بعد ذلك ، في نافذة see_trace_click المفتوحة.

r البرنامج النصي في RStudio ، انقر فوق الزر "تشغيل التطبيق" في الرأس وانتظر ظهور نافذة تفاعلية جديدة. في المربع الموجود أعلى اليسار ، أدخل مستوى الصوت للشكل الموجي الذي يتطلب المراجعة وابحث عن الشكل الموجي المعروض في النافذة. حرك المؤشر حول الشكل الموجي للكشف عن زمن الوصول والسعة في أي وقت.

لتسجيل بيانات زمن الانتقال والسعة ، انقر فوق الذروة الصحيحة ثم انسخ / الصق البيانات في ملف csv. كرر العملية لتسجيل بيانات الحوض الصغير بعد ذروة فورية وحساب قياس السعة عن طريق طرح سعة الحوض الصغير من سعة الذروة في خلية جدول البيانات. نقل المؤكدة.

csv إلى مجلد فرعي جديد يسمى بيانات الذروة في مجلد الاختبار لإلحاق البيانات. بعد ذلك ، ادمج البيانات الوصفية عن طريق تنفيذ الأمر. لإجراء تحليل إحصائي على البيانات المجمعة ، استخدم اختبارا للحياة الطبيعية مثل اختبار Shapiro-Wilk لتقييم توزيع البيانات عن طريق تنفيذ الوظيفة.

إذا لم يكن اختبار Shapiro-Wilk مهما ، فهذا يعني أن مجموعة البيانات لها توزيع طبيعي. ومن ثم ، قم بتقييم البيانات باستخدام اختبار حدودي مثل ANOVA عن طريق تنفيذ الوظيفة. إذا كان اختبار Shapiro-Wilk أقل من P يساوي 0.05 ، فاستخدم اختبار مجموع رتبة Kruskal-Wallis أو مقياس آخر غير معلمي مناسب.

أخيرا ، اعرض متوسط الأشكال الموجية عن طريق تنفيذ الأمر. في استجابة شكل الموجة لتحفيز نقرة 75 ديسيبل لفأر F1 صغير ، تم تحديد القمم والقيعان تلقائيا باستخدام findpeaks.r. تتشكل الموجة بين 5 و 75 ديسيبل تم الحصول عليها من القمم والقمم المحددة يدويا.

r تمت مقارنتها. يتم رسم المتوسطات كخطوط ثقيلة مع المنطقة المظللة التي تمثل انحرافا معياريا واحدا والنتائج التي تم الحصول عليها بواسطة findpeaks. r يرتبط ارتباطا وثيقا بالنتائج اليدوية.

عند محاولة هذا الإجراء ، تذكر تعيين دليل العمل لأنه أمر بالغ الأهمية. يعين البرنامج النصي R القمم والقيعان بناء على نوافذ زمن الوصول للماوس ABR الذي تم تنفيذه مع الوقت. ملف CSV.

يمكن تعديل هذا من قبل المستخدمين لتحديد أشكال موجات EEG الأخرى.