Ultra-Fast Amplicon-Based Next-Generation Sequencing in Non-Squamous Non-Small Cell Lung Cancer

Christophe Bontoux; Virginie Lespinet-Fabre; Olivier Bordone; Virginie Tanga; Maryline Allegra; Myriam Salah; Salom&#233; Lalv&#233;e; Samantha Goffinet; Jonathan Benzaquen; Charles-Hugo Marquette; Marius Ili&#233;; V&#233;ronique Hofman; Paul Hofman

doi:10.3791/65190

تسلسل الجيل التالي القائم على Amplicon فائق السرعة في سرطان الرئة ذو الخلايا غير الحرشفية غير الص...

JoVE Journal
Biology

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Biology

Ultra-Fast Amplicon-Based Next-Generation Sequencing in Non-Squamous Non-Small Cell Lung Cancer

تسلسل الجيل التالي القائم على Amplicon فائق السرعة في سرطان الرئة ذو الخلايا غير الحرشفية غير الصغيرة

Full Text

1,781 Views

07:59 min

September 8, 2023

DOI: 10.3791/65190-v

Christophe Bontoux^1,2,3,4,5, Virginie Lespinet-Fabre^1,2,3,4, Olivier Bordone^1,2,3,4, Virginie Tanga^1,2,3,4, Maryline Allegra^1,2,3,4, Myriam Salah^1,2,3,4, Salomé Lalvée^1,2,3,4, Samantha Goffinet^1,2,3,4, Jonathan Benzaquen^3,4,5,6, Charles-Hugo Marquette^3,4,5,6, Marius Ilié^1,2,3,4,5, Véronique Hofman^1,2,3,4,5, Paul Hofman^1,2,3,4,5

¹Laboratory of Clinical and Experimental Pathology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice,Université Côte d’Azur, CHU de Nice, ²Hospital-Integrated Biobank (BB-0033-00025),Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ³Institut Hospitalo-Universitaire (IHU), RespirERA,Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ⁴FHU OncoAge,Université Côte d'Azur, ⁵Team 4, Institute of Research on Cancer and Aging (IRCAN), CNRS INSERM, Centre Antoine-Lacassagne,Université Côte d'Azur, ⁶Department of Pulmonary Medicine and Thoracic Oncology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice,Université Côte d'Azur

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Overview

This study addresses the urgent need for rapid detection of genomic alterations in non-squamous non-small cell lung cancer (NS-NSCLC) to inform targeted therapies. An ultra-fast next-generation sequencing (NGS) workflow is presented as a solution for efficient analysis of small biopsy samples.

Key Study Components

Research Area

Oncology
Molecular diagnostics
Next-generation sequencing

Background

Targeted therapies for NS-NSCLC depend on timely detection of genomic alterations.
Traditional biopsy methods often yield small samples, complicating analysis.
A comprehensive approach for rapid testing is needed to enhance patient care.

Methods Used

Ultra-fast next-generation sequencing (NGS)
Analysis of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples
Automated purification and sequencing processes

Main Results

The workflow identifies key genetic mutations and fusions in a time-efficient manner.
High sensitivity for detecting various genomic alterations was achieved.
Comprehensive molecular profiling was performed on 259 NS-NSCLC patients.

Conclusions

This study demonstrates a new standard for rapid genomic profiling in NS-NSCLC.
It provides critical insights for personalized treatment strategies in oncology.

Frequently Asked Questions

What are the advantages of the ultra-fast NGS workflow?

The ultra-fast NGS workflow allows for rapid detection of genetic mutations in small biopsy samples, minimizing the time to diagnosis and treatment.

How many patients were analyzed in this study?

A total of 259 patients with non-squamous non-small cell lung cancer were included in the analysis.

What sample types were used for this analysis?

The study utilized various biopsy types and surgical specimens, including formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues.

What are the implications of this research for lung cancer treatment?

The findings support the development of rapid genomic profiling methods that can inform targeted therapy decisions, improving patient outcomes.

What methodologies are compared in this study?

The study compares traditional molecular testing methods, such as RT-PCR and fluorescence in situ hybridization, with the proposed NGS approach.

What is the primary goal of the proposed NGS workflow?

The primary goal is to enable timely and comprehensive genomic profiling for optimal therapy selection in NS-NSCLC patients.

دفعت زيادة المؤشرات الحيوية الجزيئية التي سيتم اختبارها لإدارة رعاية سرطان الرئة ذو الخلايا غير الحرشفية غير الصغيرة (NS-NSCLC) إلى تطوير طرق سريعة وموثوقة للكشف الجزيئي. نحن نصف سير عمل لتقييم التغيير الجينومي لمرضى NS-NSCLC باستخدام نهج تسلسل الجيل التالي فائق السرعة (NGS).

في الوقت الحاضر ، تتطلب العلاجات المستهدفة لسرطان الرئة ذو الخلايا غير الصغيرة الكشف السريع عن التغيرات الجينومية المتعددة. لذلك فهي ضرورية للحصول على رعاية مثالية ، لأن الخزعة الصدرية غالبا ما تكون صغيرة وتحتوي على عدد قليل من الخلايا السرطانية. لذلك نقدم سير عمل تسلسل الجيل التالي فائق السرعة يتم تنفيذه لتشخيص سرطان الرئة الروتيني ذو الخلايا غير الصغيرة في مختبر علم الأمراض.

إن NGS المستهدفة حاليا باستخدام أحجام مختلفة من الألواح ، واختبار تسلسل جيني واحد باستخدام RT-PCR ، وتفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي ، والتهجين الفلوري في الموقع ، والكيمياء الهيستولوجية المناعية هي الطرق المختلفة المستخدمة للكشف عن التغيرات الجزيئية. ومع ذلك ، يمكن أن تكون معظم هذه الطرق مستهلكة للوقت ومواد الأنسجة ، مما يؤدي إلى تأخر التشخيص ، وخطر مجهود الأنسجة. يكمن التحدي في اكتشاف التغيرات الجزيئية المتعددة بكفاءة مع توفير المواد والإجابة على التشخيص السريع.

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos