تسلسل الجيل التالي القائم على Amplicon فائق السرعة في سرطان الرئة ذو الخلايا غير الحرشفية غير الصغيرة
سبتمبر 8, 2023
دفعت زيادة المؤشرات الحيوية الجزيئية التي سيتم اختبارها لإدارة رعاية سرطان الرئة ذو الخلايا غير الحرشفية غير الصغيرة (NS-NSCLC) إلى تطوير طرق سريعة وموثوقة للكشف الجزيئي. نحن نصف سير عمل لتقييم التغيير الجينومي لمرضى NS-NSCLC باستخدام نهج تسلسل الجيل التالي فائق السرعة (NGS).
في الوقت الحاضر ، تتطلب العلاجات المستهدفة لسرطان الرئة ذو الخلايا غير الصغيرة الكشف السريع عن التغيرات الجينومية المتعددة. لذلك فهي ضرورية للحصول على رعاية مثالية ، لأن الخزعة الصدرية غالبا ما تكون صغيرة وتحتوي على عدد قليل من الخلايا السرطانية. لذلك نقدم سير عمل تسلسل الجيل التالي فائق السرعة يتم تنفيذه لتشخيص سرطان الرئة الروتيني ذو الخلايا غير الصغيرة في مختبر علم الأمراض.
إن NGS المستهدفة حاليا باستخدام أحجام مختلفة من الألواح ، واختبار تسلسل جيني واحد باستخدام RT-PCR ، وتفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي ، والتهجين الفلوري في الموقع ، والكيمياء الهيستولوجية المناعية هي الطرق المختلفة المستخدمة للكشف عن التغيرات الجزيئية. ومع ذلك ، يمكن أن تكون معظم هذه الطرق مستهلكة للوقت ومواد الأنسجة ، مما يؤدي إلى تأخر التشخيص ، وخطر مجهود الأنسجة. يكمن التحدي في اكتشاف التغيرات الجزيئية المتعددة بكفاءة مع توفير المواد والإجابة على التشخيص السريع.
يوفر سير العمل لأخصائي الأورام الصدرية معلومات شاملة عن الورم، بما في ذلك التشخيص النسيجي، وحالة PD-L1، والانحرافات الجينومية القابلة للاستهداف. إنه يتيح اتخاذ قرار العلاج السريع لاختيار العلاج الأمثل. يحدد بروتوكولنا جميع الأهداف الجزيئية الرئيسية في علم الأورام الصدري بناء على توصيات ESMO و NCCN و ASCO ، ويقدم نتائج في الوقت المناسب حتى مع أحجام العينات الصغيرة ومحدودية الحمض النووي / الحمض النووي الريبي.
وهكذا قلل النظام الآلي من عبء العمل الفني بثلاث ساعات فقط من التلاعب بالمختبر الرطب. نهدف إلى التركيز على توصيف التنميط الجينومي السريع والشامل للأورام من خلال تطوير لوحة NGS كبيرة لعينات الأنسجة والبلازما في المستقبل. ومع ذلك ، هناك حاجة ماسة إلى استراتيجيات متزايدة للكشف عن العديد من التغيرات الجزيئية في أحجام العينات الصغيرة والعينات الخلوية باستخدام الألواح الكبيرة.
اعرض النص الكامل واحصل على الوصول إلى آلاف الفيديوهات العلمية
نظرة عامة
تتناول هذه الدراسة الحاجة الملحّة للكشف السريع عن التغيرات الجينومية في سرطان الرئة غير صغير الخلايا وغير الحرشفى (NS-NSCLC) لتوجيه العلاجات المستهدفة. ويتم تقديم سير عمل فائق السرعة لتسلسل الجيل القادم (NGS) كحل للتحليل الفعال لعينات الخزعات الصغيرة.
المكونات الرئيسية للدراسة
مجال البحث
- علم الأورام
- التشخيص الجزيئي
- تسلسل الجيل القادم
خلفية علمية
- تعتمد العلاجات الموجهة لسرطان الرئة غير صغير الخلايا ذو الغزو غير المحدود (NS-NSCLC) على الكشف في الوقت المناسب عن التغيرات الجينومية.
- غالبًا ما تنتج طرق الخزعة التقليدية عينات صغيرة، مما يعقد عملية التحليل.
- هناك حاجة إلى نهج شامل للفحص السريع لتعزيز رعاية المرضى.
الطرق المستخدمة
- تسلسل الجيل القادم (NGS) فائق السرعة
- تحليل العينات المضمنة في البارافين والمثبتة بالفورمالين (FFPE)
- عمليات التنقية والتسلسل الآلية
النتائج الرئيسية
- يحدد سير العمل الطفرات والاندماجات الجينية الرئيسية بطريقة فعالة من حيث الوقت.
- تم تحقيق حساسية عالية في الكشف عن مختلف التغيرات الجينومية.
- أُجري توصيف جزيئي شامل لـ 259 مريضاً مصاباً بـ NS-NSCLC.
الاستنتاجات
- توضح هذه الدراسة معياراً جديداً للتوصيف الجينومي السريع في حالات NS-NSCLC.
- تقدم الدراسة رؤى بالغة الأهمية لاستراتيجيات العلاج الشخصي في علم الأورام.
الأسئلة الشائعة
الأهمية الصناعية التنفيذية
يتيح تسلسل الجيل التالي (NGS) القائم على مضخمات الحمض النووي فائقة السرعة إجراء توصيف جزيئي شامل وسريع لسرطان الرئة غير صغير الخلايا وغير الحرشفي (NS-NSCLC) من عينات خزعات صغيرة ومتنوعة. وتعالج هذه القدرة الطلب المتزايد على الكشف السريع عن التغيرات الجينومية القابلة للاستهداف علاجياً، مما يدعم اختيار العلاج الدقيق ويقلل من التأخير في التشخيص. إن دمج مثل هذه مسارات العمل في نقطة التحول التشخيصية يعزز الثقة التنبؤية واتخاذ القرارات المتعلقة بخيارات العلاج في أورام الصدر.
التطبيقات الاستراتيجية في البحث والتطوير للصيدلة الحيوية
الاكتشاف المبكر والتحقق من الهدف
- يُمكِّن من التحديد الدقيق للتغيرات الجينومية القابلة للتطبيق سريريًا في حالات سرطان الرئة غير صغير الخلايا ذو الخلايا غير الحرشفية (NS-NSCLC).
- يدعم التحقق الوظيفي من الأهداف من خلال الكشف عن الطفرات المسببة والاندماجات الجينية.
- يسهل عملية الحد من المخاطر البيولوجية من خلال التوصيف الجزيئي الشامل.
- يُحسّن الثقة التنبؤية لاختبار الفرضيات العلاجية اللاحقة.
الفحص وتطوير المقايسة
- يقدم توصيفاً جزيئياً معيارياً وقابلاً للتكرار، بما يتناسب مع سير عمل التشخيص عالي الإنتاجية.
- يوفر مخرجات كمية لـ SNVs و INDELs و CNVs والاندماجات، مما يدعم جاهزية المقايسة.
- يقلل من استهلاك الأنسجة ووقت الإنجاز، مما يتيح فرزاً فعالاً للعينات.
- يجهز بيانات جزيئية مصدقاً عليها لدمجها في منصات الفحص والمؤشرات الحيوية.
الأبحاث الترجمية وما قبل السريرية
- يربط التنميط الجزيئي باستراتيجيات المؤشرات الحيوية الانتقالية في أورام الصدر.
- يضمن الاستمرارية من مرحلة الاكتشاف التشخيصي إلى اختيار النماذج قبل السريرية والتحقق من صحتها.
- يدعم قرارات التطوير المعدلة حسب المخاطر من خلال توفير بيانات جينومية شاملة.
- يتيح تقليل المخاطر الميكانيكية لتطوير علاجات جديدة في حالات NS-NSCLC.
تكامل مسار العمل وسير العمل
يربط سير عمل تسلسل الجيل القادم (NGS) فائق السرعة هذا بين الاكتشاف التشخيصي والبحث translation-al، مما يدعم التحديد السريع للمركبات الواعدة والتحقق من الصحة في المرحلة قبل السريرية ضمن مجموعات أبحاث سرطان الرئة غير صغير الخلايا ذو الغدّات (NS-NSCLC).
- بيولوجيا الاكتشاف: تسريع اختبار الفرضيات وتوضيح المسارات من خلال تمكين التحليل الجيني المتعدد.
- الفحص: توفير مخرجات جزيئية كمية وقابلة للتكرار لتطوير المقاييس وتقييم المركبات.
- التحليلات: توليد بيانات تفصيلية عن المتغيرات والاندماجات وأعداد النسخ للمقارنة بين الظروف المختلفة ودعم اتخاذ القرار.
- الأبحاث الانتقالية: تسهيل مواءمة المؤشرات الحيوية واختيار النماذج قبل السريرية بناءً على علم الجينوم الورمي في العالم الحقيقي.
- إعادة الاستخدام المؤسسي: إنشاء منصة آلية وقابلة للتوسع للتنميط الجزيئي المستمر عبر أنواع مختلفة من العينات.
التأثير التشغيلي والمؤسسي
- القيمة العلمية: تزيد من الثقة التنبؤية وتقلل من الغموض الميكانيكي في اختيار الأهداف.
- القيمة التشغيلية: توحد وتسرع التشخيصات الجزيئية مع الحد الأدنى من متطلبات الأنسجة.
- القيمة الاستراتيجية: تتيح اتخاذ قرارات أسرع بشأن الاستمرار أو التوقف (go/no-go) وتحسن تخصيص الموارد في مسارات تطوير أدوية الأورام.
- التأثير على المحفظة: تدعم تحديد الأولويات المعدلة حسب المخاطر والمضي قدماً في ترشيح العلاجات الموجهة.
اعتبارات التنفيذ
- يتطلب خبرة في علم الأمراض الجزيئي وتفسير بيانات تسلسل الجيل القادم (NGS).
- يعتمد على الأجهزة الآلية وبرمجيات تحليل الجينوم المتكاملة.
- يتطلب توحيد المعايير بين الفرق لمعالجة العينات وإعداد تقارير البيانات.
- يجب تكييف البروتوكولات وفقاً لأحجام العينات وأنواع الأنسجة المختلفة، بما في ذلك العينات الخلوية.
- يتأثر وقت إنجاز الفحص والحساسية بجودة العينة والقيود المفروضة على المواد المدخلة.
الأسئلة الشائعة حول الصيدلة الحيوية
Chapters in this video
0:00
Introduction
2:11
Preparation of FFPE DNA and RNA Samples for Sequencing Using Automated Purification Instrument (API)
4:42
Amplicon‐Based Next‐Generation Sequencing of Non‐Squamous Non‐Small Cell Lung Cancer
5:50
Sequencing Analysis of Non‐Squamous Non‐Small Cell Lung Cancer Using Integrated Genomic Viewer Software
