أبريل 21, 2023
يسلط هذا البروتوكول الضوء على طريقة معدلة للكشف عن الوصلات المتقاطعة لبروتين الحمض النووي (DPCs) وقياسها كميا وتعديلاتها اللاحقة للترجمة (PTMs) ، بما في ذلك الوجود في كل مكان ، و SUMOylation ، و ADP-ribosylation التي تسببها مثبطات توبويزوميراز والفورمالديهايد ، مما يسمح بدراسة تكوين وإصلاح DPCs و PTMs الخاصة بها.
حسنا ، يركز بحثي على إصلاح تلف الحمض النووي. على وجه الخصوص ، إصلاح تلف الحمض النووي الناجم عن مثبطات توبويزوميراز ، مثبطات PARP ، والألدهيدات. أحاول توضيح الآليات الجزيئية التي تقوم الخلايا من خلالها بإصلاح الروابط المتقاطعة لبروتين الحمض النووي التي تسببها هذه الأدوية.
تشمل التطورات الحديثة في إصلاح الروابط المتقاطعة لبروتين الحمض النووي تحديد مسارات إصلاح جديدة للروابط المتقاطعة لبروتين الحمض النووي وآليات تعديل ما بعد الزرع التي تنظم مسارات الإصلاح هذه. في الجسم الحي ، يعد اختبار المركب للإنزيم والنهج السريع لمقايسة استعادة تقريب الحمض النووي أكثر الطرق استخداما لقياس الارتباطات المتقاطعة لبروتين الحمض النووي وبعض الروابط المتقاطعة لبروتين الحمض النووي ، مثل الروابط المتقاطعة لبروتين الحمض النووي topoisomerase ، يمكن اكتشافها عن طريق التألق المناعي باستخدام جسم مضاد معين. أحد أكبر التحديات هو دراسة دور التعديلات اللاحقة للترجمة في إصلاح الروابط المتقاطعة لبروتين الحمض النووي.
لقد كان من الصعب للغاية إثراء واكتشاف الروابط المتقاطعة لبروتين الحمض النووي المترافق بعد الترجمة بسبب وفرتها المنخفضة جدا. يوفر هذا البروتوكول تفاصيل الكشف عن كمية الروابط المتقاطعة لبروتين الحمض النووي deubiquitylated و SUMOylated و ADP-ribosylated ، مما يسمح للباحثين بدراسة الحركية وتشكيل هذه التعديلات في إصلاح الروابط المتقاطعة لبروتين الحمض النووي من مصادر مختلفة. لا تحتوي البروتوكولات الأخرى للكشف عن الوصلات المتقاطعة لبروتين الحمض النووي على خطوات تصف الكشف عن تعديلات ما بعد الترجمة.
بينما يوفر هذا البروتوكول تفاصيل مثل تركيزات الدواء والفترات الزمنية للحث على التعديلات وطرق فصل التعديلات واكتشافها بالإضافة إلى طرق تثبيت التعديلات. لذلك تم تحديد العديد من التعديلات بعد الزرع في إصلاح الروابط المتقاطعة لبروتين الحمض النووي. كيف ينسقون الإصلاح لا يزال غير معروف إلى حد كبير.
ونتيجة لذلك ، فإن التفاعل بين هذه التعديلات يستدعي مزيدا من التحقيق.
يحدد هذا البروتوكول طريقة معدلة للكشف عن الروابط التشابكية بين الحمض النووي والبروتين (DPCs) وتقديرها كمياً، بالإضافة إلى تعديلات ما بعد الترجمة (PTMs) الخاصة بها. ويركز البروتوكول على آثار مثبطات إنزيم التوبوإيزوميراز والفورمالديهايد على تكوين هذه الروابط وإصلاحها.
يعالج الكشف الكمي عن الروابط التقاطعية بين الحمض النووي والبروتين (DPCs) وتعديلاتها ما بعد الترجمة (PTMs) عقبة حرجة في فهم آليات إصلاح تلف الحمض النووي ذات الصلة باكتشاف الأدوية. تتيح هذه القدرة تقليل المخاطر الميكانيكية وتعزيز الثقة التنبؤية للمركبات التي تستهدف مسارات إصلاح الحمض النووي، خاصة في سياق التعرض للعوامل الكيميائية العلاجية والعوامل المسببة للروابط التقاطعية. ويدعم الكشف والتقدير الكمي القوي للروابط التقاطعية (DPCs) المقترنة بتعديلات ما بعد الترجمة (PTM) عملية التحقق من الأهداف في المراحل المبكرة، وتوجه قرارات المحفظة الدوائية المعدلة حسب المخاطر.
يدمج هذا المقايسة المناعية في التسلسل الممتد من مرحلة الاكتشاف إلى المرحلة ما قبل السريرية، مما يتيح التحليل الكمي لآليات إصلاح DPC وديناميكيات PTM بعد التعرض لعقار أو عامل معين.