Nuclei Isolation from Mouse Cardiac Progenitor Cells for Epigenome and Gene Expression Profiling at Single-Cell Resolution

Stephanie Ibrahim; Catherine Robert; Camille Humbert; Clotilde Ferreira; Gwena&#235;lle Collod; Sonia Stefanovic

doi:10.3791/65328

عزل النوى من الخلايا السلفية القلبية للفأر من أجل التنميط فوق الجينوم والتعبير الجيني بدقة خلية و...

JoVE Journal
Developmental Biology

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

JoVE Journal Developmental Biology

Nuclei Isolation from Mouse Cardiac Progenitor Cells for Epigenome and Gene Expression Profiling at Single-Cell Resolution

عزل النوى من الخلايا السلفية القلبية للفأر من أجل التنميط فوق الجينوم والتعبير الجيني بدقة خلية واحدة

Full Text

4,052 Views

10:03 min

May 12, 2023

DOI: 10.3791/65328-v

Stephanie Ibrahim¹, Catherine Robert², Camille Humbert², Clotilde Ferreira¹, Gwenaëlle Collod², Sonia Stefanovic¹

¹Center for Cardiovascular Disease & Nutrition, U1263,Aix-Marseille University, ²Marseille Medical Genetics, U1251,Aix-Marseille University

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

هنا ، نقدم بروتوكولا يصف تحضير نوى الخلية. بعد التشريح المجهري والتفكك الأنزيمي للأنسجة القلبية إلى خلايا مفردة ، تم تجميد الخلايا السلفية ، تليها عزل الخلايا النقية القابلة للحياة ، والتي تم استخدامها لتسلسل الحمض النووي الريبي أحادي النواة ومقايسة النواة المفردة للكروماتين الذي يمكن الوصول إليه بواسطة transposase مع تحليلات تسلسل عالية الإنتاجية.

الهدف الرئيسي من هذا البروتوكول هو دراسة تفاعل العوامل الوراثية والبيئية في سياق نمو القلب ومساهمتها في عيوب القلب الخلقية. تظهر مناهج النوى المفردة مثل RNA-seq أحادي النوى وترنح النوى المفردة كطرق رئيسية لدراسة عدم التجانس الخلوي في الصحة والمرض أثناء نمو القلب. إحدى الخطوات المحددة لهذه التجارب هي أنه يجب تشغيل جميع العينات في وقت واحد.

أثناء العمل مع جميع الظروف التجريبية ، فإن جمع مواد جديدة كافية لجميع الحالات في وقت واحد قد يكون أمرا صعبا. على الرغم من إحراز تقدم كبير في هذا المجال في خلية واحدة خلال السنوات الأخيرة ، إلا أن الصعوبة الرئيسية تكمن في معالجة العينات المجانية. تجنب الصعوبة مفيد للغاية لتحديد الآلية الجزيئية الكامنة وراء عيوب أمراض القلب الخلقية.

View the full transcript and gain access to thousands of scientific videos