ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol>
	<li>Fazal FM, et al. Atlas of subcellular RNA localization revealed by APEX-seq. Cell. 2019;178(2):473-90.e26.</li>
	<li>Padron A, Iwasaki S, Ingolia NT. Proximity RNA labeling by APEX-seq reveals the organization of translation initiation complexes and repressive RNA granules. Mol Cell. 2019;75(4):875-87.e5.</li>
	<li>Dorner K, Ruggeri C, Zemp I, Kutay U. Ribosome biogenesis factors: from names to functions. EMBO J. 2023;42(7):e112699.</li>
	<li>Klinge S, Woolford JL Jr. Ribosome assembly coming into focus. Nat Rev Mol Cell Biol. 2019;20(2):116-31.</li>
	<li>Aviram N, Schuldiner M. Targeting and translocation of proteins to the endoplasmic reticulum at a glance. J Cell Sci. 2017;130(24):4079-85.</li>
	<li>Dahan N, et al. Peroxisome function relies on organelle-associated mRNA translation. Sci Adv. 2022;8(2):eabk2141.</li>
	<li>Koppers M, et al. Receptor-specific interactome as a hub for rapid cue-induced selective translation in axons. Elife. 2019;8:e48718.</li>
	<li>Hafner AS, et al. Local protein synthesis is a ubiquitous feature of neuronal pre- and postsynaptic compartments. Science. 2019;364(6441):eaau3644.</li>
	<li>Biever A, et al. Monosomes actively translate synaptic mRNAs in neuronal processes. Science. 2020;367(6477):eaay4991.</li>
	<li>Williams CC, Jan CH, Weissman JS. Targeting and plasticity of mitochondrial proteins revealed by proximity-specific ribosome profiling. Science. 2014;346(6210):748-51.</li>
	<li>Lesnik C, et al. OM14 is a mitochondrial receptor for cytosolic ribosomes that supports co-translational import into mitochondria. Nat Commun. 2014;5:5711.</li>
	<li>Gold VA, Chroscicki P, Bragoszewski P, Chacinska A. Visualization of cytosolic ribosomes on the surface of mitochondria by electron cryo-tomography. EMBO Rep. 2017;18(10):1786-800.</li>
	<li>Simsek D, et al. The mammalian ribo-interactome reveals ribosome functional diversity and heterogeneity. Cell. 2017;169(6):1051-65.e18.</li>
	<li>Kondrashov N, et al. Ribosome-mediated specificity in Hox mRNA translation and vertebrate tissue patterning. Cell. 2011;145(3):383-97.</li>
	<li>Shi Z, et al. Heterogeneous ribosomes preferentially translate distinct subpools of mRNAs genome-wide. Mol Cell. 2017;67(1):71-83.e7.</li>
	<li>Genuth NR, et al. A stem cell roadmap of ribosome heterogeneity reveals a function for RPL10A in mesoderm production. Nat Commun. 2022;13(1):5491.</li>
	<li>Li H, et al. A male germ-cell-specific ribosome controls male fertility. Nature. 2022;612(7941):725-31.</li>
	<li>Milenkovic I, et al. Dynamic interplay between RPL3- and RPL3L-containing ribosomes modulates mitochondrial activity in the mammalian heart. Nucleic Acids Res. 2023;51(11):5301-24.</li>
	<li>Sloan KE, et al. Tuning the ribosome: the influence of rRNA modification on eukaryotic ribosome biogenesis and function. RNA Biol. 2017;14(9):1138-52.</li>
	<li>Simsek D, Barna M. An emerging role for the ribosome as a nexus for post-translational modifications. Curr Opin Cell Biol. 2017;45:92-101.</li>
	<li>Baghirova S, Hughes BG, Hendzel MJ, Schulz R. Sequential fractionation and isolation of subcellular proteins from tissue or cultured cells. MethodsX. 2015;2:440-5.</li>
	<li>Jagannathan S, Nwosu C, Nicchitta CV. Analyzing mRNA localization to the endoplasmic reticulum via cell fractionation. Methods Mol Biol. 2011;714:301-21.</li>
	<li>Fairhead M, Howarth M. Site-specific biotinylation of purified proteins using BirA. Methods Mol Biol. 2015;1266:171-84.</li>
	<li>Jan CH, Williams CC, Weissman JS. Principles of ER cotranslational translocation revealed by proximity-specific ribosome profiling. Science. 2014;346(6210):1257521.</li>
	<li>Dakshinamurti K, Chalifour L, Bhullar RP. Requirement for biotin and the function of biotin in cells in culture. Ann N Y Acad Sci. 1985;447:38-55.</li>
	<li>Roux KJ, Kim DI, Raida M, Burke B. A promiscuous biotin ligase fusion protein identifies proximal and interacting proteins in mammalian cells. J Cell Biol. 2012;196(6):801-10.</li>
	<li>Branon TC, et al. Efficient proximity labeling in living cells and organisms with TurboID. Nat Biotechnol. 2018;36(9):880-7.</li>
	<li>Rhee HW, et al. Proteomic mapping of mitochondria in living cells via spatially restricted enzymatic tagging. Science. 2013;339(6125):1328-31.</li>
	<li>Benedetti L, et al. Optimized Vivid-derived Magnets photodimerizers for subcellular optogenetics in mammalian cells. Elife. 2020;9:e63230.</li>
	<li>Zhang Z, et al. A subcellular map of translational machinery composition and regulation at the single-molecule level. Science. 2025;387(6738):eadn2623.</li>
	<li>Weinberg BH, et al. High-performance chemical- and light-inducible recombinases in mammalian cells and mice. Nat Commun. 2019;10(1):4845.</li>
	<li>Goldman A, Harper S, Speicher DW. Detection of proteins on blot membranes. Curr Protoc Protein Sci. 2016;86:10.8.1-10.8.11.</li>
	<li>Gravel P. Protein blotting by the semidry method. In: Walker JM, editor. The protein protocols handbook. 2nd ed. Totowa, NJ: Humana Press; 2002. p. 321-34.</li>
	<li>Kirkeby S, Moe D, Bog-Hansen TC, Van Noorden CJ. Biotin carboxylases in mitochondria and the cytosol from skeletal and cardiac muscle as detected by avidin binding. Histochemistry. 1993;100(6):415-21.</li>
	<li>Chandler CS, Ballard FJ. Multiple biotin-containing proteins in 3T3-L1 cells. Biochem J. 1986;237(1):123-30.</li>
	<li>Jaaro H, Rubinfeld H, Hanoch T, Seger R. Nuclear translocation of mitogen-activated protein kinase kinase (MEK1) in response to mitogenic stimulation. Proc Natl Acad Sci U S A. 1997;94(8):3742-7.</li>
	<li>Dang CV, Lee WM. Identification of the human c-myc protein nuclear translocation signal. Mol Cell Biol. 1988;8(10):4048-54.</li>
	<li>Snaar S, et al. Mutational analysis of fibrillarin and its mobility in living human cells. J Cell Biol. 2000;151(3):653-62.</li>
	<li>Shibata Y, et al. The reticulon and DP1/Yop1p proteins form immobile oligomers in the tubular endoplasmic reticulum. J Biol Chem. 2008;283(27):18892-904.</li>
	<li>Palmer AE, et al. Ca2+ indicators based on computationally redesigned calmodulin-peptide pairs. Chem Biol. 2006;13(5):521-30.</li>
	<li>Seth RB, Sun L, Ea CK, Chen ZJ. Identification and characterization of MAVS, a mitochondrial antiviral signaling protein that activates NF-kappaB and IRF3. Cell. 2005;122(5):669-82.</li>
	<li>Collins JC, et al. Biotin-dependent expression of the asialoglycoprotein receptor in HepG2. J Biol Chem. 1988;263(23):11280-3.</li>
	<li>Moskowitz M, Cheng DK, Moscatello DK, Otsuka H. Growth stimulation of BHK cells in culture by free biotin in serum. J Natl Cancer Inst. 1980;64(3):539-44.</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>-80 &deg;C storage</td><td></td><td></td><td>للزراعة الخلوية</td></tr><tr><td>0.1% جيلاتين في الماء</td><td>MilliporeSigma</td><td>ES-006-B</td><td>للزراعة الخلوية</td></tr><tr><td>وحدات فلتر 0.2 &micro;m</td><td>Fisher</td><td>04-977-158</td><td>للزراعة الخلوية</td></tr><tr><td>0.5% trypsin-EDTA (10X)</td><td>ThermoFisher</td><td>15400-054</td><td>للزراعة الخلوية</td></tr><tr><td>1 M MgCl2</td><td>ThermoFisher</td><td>AM9010</td><td>للتحلل والتنقية بالانتحاب</td></tr><tr><td>1 M Tris pH 7.5</td><td>ThermoFisher</td><td>15567027</td><td>للتحلل والتنقية بالانتحاب</td></tr><tr><td>1 M Tris pH 8</td><td>ThermoFisher</td><td>AM9855G</td><td>اختياري: لإدخال FTA في موقع بروتين ريبوزومي داخلي</td></tr><tr><td>أنابيب طرد مركزي 1.5 و 2 مل، معقمة</td><td></td><td></td><td>للتحفير</td></tr><tr><td>أنابيب طرد مركزي 1.5 و 2 و 5 مل للبروتينات منخفضة الارتباط</td><td>Eppendorf</td><td>022431081, 022431102, 0030108302</td><td>للتحلل والتنقية بالانتحاب</td></tr><tr><td>صفائح زراعة الأنسجة مقاس 10 سم</td><td></td><td></td><td>للزراعة الخلوية</td></tr><tr><td>10 M NaOH</td><td>MilliporeSigma</td><td>72068-100ML</td><td>للتحلل والتنقية بالانتحاب</td></tr><tr><td>مخفف تشغيل Tris/glycine/SDS مركّز 10x</td><td>Bio-Rad</td><td>1610772</td><td>للغربلة المناعية</td></tr><tr><td>غرفة زراعة أنسجة 37 &deg;C x 2</td><td></td><td></td><td>للزراعة الخلوية. واحدة من هذه تستخدم كمحضنة رئيسية لزراعة الخلايا وإضاءة الخلايا المتحولة. هناك حاجة لمساحة مؤقتة في المحضنة الثانية في يوم تفعيل ALIBi لإيواء الخلايا المتحولة أثناء إعداد جهاز الإضاءة في المحضنة الرئيسية.</td></tr><tr><td>حمام مائي 37 &deg;C</td><td></td><td></td><td>للزراعة الخلوية</td></tr><tr><td>5 M NaCl</td><td>ThermoFisher</td><td>AM9010</td><td>للتحلل والتنقية بالانتحاب</td></tr><tr><td>50 mM biotin</td><td>ThermoFisher</td><td>B20656</td><td>للتحلل والتنقية بالانتحاب</td></tr><tr><td>محلول Laemmli 6x</td><td>FIsher</td><td>50-196-784</td><td>للغربلة المناعية</td></tr><tr><td>70% إيثانول</td><td></td><td></td><td>للتطهير</td></tr><tr><td>الأسيتونيتريل</td><td>Fisher</td><td>A955</td><td>اختياري: لتحضير عينات مطيافية الكتلة</td></tr><tr><td>مجموعة AcTEV protease</td><td>ThermoFisher</td><td>12575015</td><td>للتحلل والتنقية بالانتحاب</td></tr><tr><td>بلازميد C-fragment من ALIBi</td><td>Addgene</td><td>#235615, 235636 &ndash; 235641</td><td>مطلوب مقياس Midi-prep للتحفير</td></tr><tr><td>بلازميد N-fragment من ALIBi</td><td>Addgene</td><td>#235614, 235635, 235642, 235643</td><td>مطلوب مقياس Midi-prep للتحفير</td></tr><tr><td>ورق الألمنيوم</td><td></td><td></td><td>للتحلل والتنقية بالانتحاب</td></tr><tr><td>بيكربونات الأمونيوم</td><td>MilliporeSigma</td><td>5.3305</td><td>اختياري: لتحضير عينات مطيافية الكتلة</td></tr><tr><td>جسم مضاد anti-FLAG</td><td>MilliporeSigma</td><td>F3165</td><td>للغربلة المناعية</td></tr><tr><td>جسم مضاد anti-GAPDH</td><td>Cell Signaling</td><td>5174</td><td>للغربلة المناعية</td></tr><tr><td>جسم مضاد ثانوي anti-mouse</td><td>GE Healthcare</td><td>NA931V</td><td>للغربلة المناعية</td></tr><tr><td>جسم مضاد ثانوي anti-rabbit</td><td>GE Healthcare</td><td>NA934V</td><td>للغربلة المناعية</td></tr><tr><td>جسم مضاد anti-Rpl12</td><td>Abcam</td><td>ab175219</td><td>للغربلة المناعية</td></tr><tr><td>جسم مضاد anti-Rpl31</td><td>Abcam</td><td>ab103991</td><td>للغربلة المناعية</td></tr><tr><td>جسم مضاد anti-Rpl5</td><td>ProteinTech</td><td>15430-1-AP</td><td>للغربلة المناعية</td></tr><tr><td>جسم مضاد anti-V5</td><td>ThermoFisher</td><td>R960-25</td><td>للغربلة المناعية</td></tr><tr><td>Apyrase</td><td>NEB</td><td>M0398L</td><td>للتحلل والتنقية بالانتحاب</td></tr><tr><td>بيتا-ميركابتو إيثانول (55 ملي مولار)</td><td>ThermoFisher</td><td>21985-023</td><td>للزراعة الخلوية</td></tr><tr><td>جهاز إرسال الضوء الأزرق</td><td>Clare Research Chemical</td><td>DR46B (صغير) أو DR196 (كبير)</td><td>للتحلل والتنقية بالانتحاب</td></tr><tr><td>البومين مصل الثور (BSA)</td><td>Fisher</td><td>BP1600-100</td><td>للغربلة المناعية</td></tr><tr><td>نصائح C18 (نصائح OMIX C18)</td><td>Agilent</td><td>A57003100</td><td>اختياري: لتحضير عينات مطيافية الكتلة</td></tr><tr><td>حاوية تجميد الخلايا</td><td></td><td></td><td>للزراعة الخلوية</td></tr><tr><td>طارد مركزي مناسب للأنابيب المخروطية 15 مل و/أو 50 مل</td><td></td><td></td><td>للزراعة الخلوية</td></tr><tr><td>طارد مركزي لأنابيب الطرد المركزي 1.5-2 مل</td><td></td><td></td><td>للتحلل والتنقية بالانتحاب. يجب أن يكون قادرًا على التبريد إلى 4 C وسرعات تصل إلى 17000 g. من الناحية المثالية، يكون موجودًا في غرفة يمكن تعتيمها مؤقتًا أثناء نقل الأنابيب إلى الداخل والخروج.</td></tr><tr><td>مجموعة Clarity ECL</td><td>Bio-Rad</td><td>170-5061</td><td>للغربلة المناعية</td></tr><tr><td>خزان جل Criterion</td><td>Bio-Rad</td><td>1656001</td><td>للغربلة المناعية</td></tr><tr><td>جل Criterion TGX المصبوغ مسبقًا، 4-20%</td><td>Bio-Rad</td><td>5671095</td><td>للغربلة المناعية. تتوفر أحجام وتخطيطات إضافية للبئر</td></tr><tr><td>Cycloheximide</td><td>MilliporeSigma</td><td>C7698-5G</td><td>للتحلل والتنقية بالانتحاب</td></tr><tr><td>Deoxycholate</td><td>MilliporeSigma</td><td>S1827</td><td>للتحلل والتنقية بالانتحاب</td></tr><tr><td>Dithiothreitol</td><td>ThermoFisher</td><td>PIA39255</td><td>اختياري: لتحضير عينات مطيافية الكتلة</td></tr><tr><td>DPBS، بدون كالسيوم، بدون مغنيسيوم</td><td>ThermoFisher</td><td>14190-250</td><td>للزراعة الخلوية</td></tr><tr><td>FBS مؤهل لزراعة الخلايا الجنينية</td><td>MilliporeSigma</td><td>ES-009-B</td><td>للزراعة الخلوية</td></tr><tr><td>إيثانول</td><td>Gold Shield</td><td>412828</td><td>للغربلة المناعية</td></tr><tr><td>إيثانول</td><td>MilliporeSigma</td><td>459828</td><td>اختياري: لتحضير عينات مطيافية الكتلة</td></tr><tr><td>حمض الفورميك</td><td>MilliporeSigma</td><td>A117</td><td>اختياري: لتحضير عينات مطيافية الكتلة</td></tr><tr><td>محلل حجم الأجزاء ومواد الاستهلاك</td><td></td><td>

عزل مجموعات الريبوسومات تحت الخلوية بناء على بيوتينيل معززة بموقع معين للببتيدات المؤتلفة، مقيدة بالإضاءة،

Isolation of Subcellular Ribosome Subpopulations Based on Recombinant Peptide Tag-Specific Location-Restricted Illumination-Enhanced Biotinylation

Growing evidence suggests that mRNA translation is a highly compartmentalized process within a cell, and that subcellular trafficking and localization of ...

Our research investigates how ribosome composition and mRNA translation vary across subcellular domains to regulate local protein synthesis. Current methods lack spatial and temporal precision. ALIBi addresses this through optogenetically controlled proximity labeling of ribosomes.To begin, obtain L31FTA mouse embryonic stem cells and transfect them with ALIBi, GFP control, or full length BirA plasmids. After 24 to 48 hours of transfection, pre-chill the centrifuge to four degrees Celsius. With the lights off, move the transfected plates to a temporary 37-degree Celsius incubator.To prevent temperature fluctuations, once the transilluminator is placed in the main incubator, using 70%ethanol, wipe down the blue light transilluminator. After connecting the transilluminator to power, place it in the main incubator. Allow the incubator conditions to reequilibrate, while continuing the setup.Warm an aliquot of media to 37 degrees Celsius for dosing with biotin and cyclohexamide, or CHX. If preparing control samples without supplemental biotin, warm a separate aliquot for CHX-only dosing. Chill an aliquot of DPBS intended for CHX dosing.Prepare the RNase removal buffer, salt wash, lysis buffer, and wash buffers. Using a pipette, mix buffers containing dense or viscous components to ensure even mixing. Chill the prepared buffers on ice before use.Re-suspend the stock bottle of streptavidin beads by gentle pipetting or rocking. Transfer 450 microliters of beads into a protein low binding tube for each 10 centimeter plate of cells. Place the re-suspended beads on the magnetic rack for one minute, or until the beads have fully migrated.Aspirate and discard the bead storage buffer without touching the bead pellet. Wash the beads two times with 900 microliters of RNAs removal buffer. Wash the beads once with 900 microliters of salt wash.Wash the beads two times with 900 microliters of wash I buffer. Store the beads in the wash I buffer at four degrees Celsius while performing activation and cell lysis. Add biotin and CHX to the warmed aliquot of media and keep at 37 degrees Celsius until use.Add CHX to the cold DPBS aliquot and keep it chilled until use. Aspirate the media from the transfected plates. Immediately add 10 milliliters of warm media containing CHX with or without Biotin to each plate.Place negative control plates in a dark incubator. Place the remaining plates directly on top of the transilluminator. Turn on the transilluminator and incubate the plates for 15 minutes.Wash each plate two times with the 10 milliliters of cold DPBS containing CHX. Place the plates on ice between and after washes. After aspirating the second wash, tilt the plate and aspirate any residual DPBS.Keeping the plate flat on ice, add two milliliters of ice-cold lysis buffer and incubate the plate on ice for five minutes. Tap the plate two to three times during incubation to dislodge cells. Using a micropipette, pipette the lysate up and down across the plate surface to dislodge any remaining cells.Transfer the lysate to a chilled labeled protein low binding tube. In difficult to lyse organelles, sonicate all samples for 45 seconds at four degrees Celsius. And if required, transfer the lysate into a larger tube before sonication.Transfer the sonicated lysate into a two-milliliter tube. Incubate the lysate on ice for 15 minutes. Centrifuge the lysate at 17, 000 G for three minutes at four degrees Celsius.Transfer the supernatant into a chilled protein low binding tube without disturbing the pellet. Using a magnetic rack, pellet the washed strepped avident beads. Aspirate the wash one buffer.Transfer 1, 200 microliters of clarified lysate to the tube containing the washed beads. Pipette up and down gently to re-suspend the beads. Store the remaining clarified lysate at minus 80 degrees Celsius.Incubate the lysate with the beads at four degrees Celsius in the dark on a tube rotator for one hour. During the incubation, prepare the Tobacco Etch Virus, or TEV elution buffer. Pellet the beads on a magnetic rack.Transfer the supernatant to a chilled protein low binding tube. Store the supernatant at minus 80 degrees Celsius. Wash the beads two times with 900 microliters of wash I buffer and once with 900 microliters of wash II buffer.Add 450 microliters of TEV elution buffer to the beads. Incubate the beads in TEV elution buffer for one hour at room temperature on a tube rotator. Pellet the beads on the magnetic rack.Transfer the elute to a protein low binding tube. Store the eluate at minus 80 degrees Celsius if proteomics analysis or Western blot is intended. Cells containing all system components showed a L31-FTA band, which was stronger with full length burray and faint or absent when components were omitted.Endogenous biotinilated carboxylase proteins were detected in all lysates at 70 to 80 kilodaltons and 120 to 130 kilodaltons. ANTV5 probing confirmed expression of the split bore fragments. Biotinillated L31FTA decreased in the flow through relative to the lysate.No biotinillated L31-FTA was present in the eluate following TEV-mediated elution. Anti-flag probing showed a cleaved L31-FTA band at a lower molecular weight than intact L31-FTA ribosomal protein. S12 probing demonstrated the presence of the small ribosomal subunit in the eluate.Anti-V5 probing showed that proteins that do not bind the ribosome were absent from the eluate. When 2.5 fold more lysate was used with the same 450 microliters of streptavidin coated beads, a substantial amount of biotinilated L31-FTA remained in the flow through. Endogenous biotinilated proteins were partially depleted in the flow through.Endogenous biotinillated proteins were absent from the eluet, but were recovered after heating post-dilution beads in lambly buffer. Anti-flag probing detected cleaved L31-FTA at a lower molecular weight than intact L31-FTA. Anti-V5 probing showed that the split burray fragments were absent from the eluate.ALIBi enables the identification of ribosome-bound proteins and mRNAs in specific subcellular regions, revealing differences in translation regulation. The key challenge is maintaining specific proximity labeling through careful control of targeting construct expression and illumination conditions. Following this protocol, affinity purified ribosomes and associated mRNAs can be analyzed using quantitative proteomic and transcriptomic approaches.

isolation-subcellular-ribosome-subpopulations-based-on-recombinant

Research

JoVE Journal

Biology

علم الأحياء

وعائقا رئيسيا أمام التحليلات الكيميائية الحيوية للريبوسوم تحتوي الوليدة ببتيديل - tRNAs تم بحضور ريبوسوم أخرى في نفس العينات ، ريبوسوم لم يشارك في الترجمة من تسلسل مرنا محددة يجري تحليلها. وضعنا منهجية بسيطة لتنقية ، حصرا ، على ريبوسوم تحتوي على الحمض الريبي النووي النقال - ببتيديل الوليدة من الفائدة.

عزلة ريبوسوم ترجمة المتضمن ببتيديل - tRNAs للتحليلات الوظيفية والهيكلية

وصفت وهناك تقنية لتحديد المواقع وقفة متعدية على مرنا. ويستند هذا الإجراء على عزل البروتينية وليدة تراكم على ريبوسوم في المختبر خلال ترجمة لمرنا هدف، يليه تحليل حجم السلاسل الوليدة باستخدام هلام إستشراد يبدل طبيعة المكونات.

عزلة البروتينية ريبوسوم الوليدة منضم<em&gt; في المختبر</em&gt; لتحديد المواقع وقفة بالحركة على طول مرنا

نحن هنا وصف الاسلوب الذي يستخدم الآن بشكل روتيني لعزل متجهة ستابلي الريبوسوم المجمعات سلسلة الوليدة (RNCs). هذه التقنية يستفيد من اكتشاف ان 17 حمض أميني طويل "تسلسل اعتقال" SecM يمكن وقف استطالة ترجمة في بروكاريوتيك...

باستخدام SecM تسلسل توقيف كأداة لعزل البروتينية منضم ريبوسوم

تم وصفها تقنيات لتشريح الآليات الكامنة وراء من إفراز من فيروس نقص المناعة البشرية-1 نيف في exosomes. تم استغلال الببتيدات قصيرة محددة المستمدة من NEF وترنسفكأيشن البروتين لتحديد هيكل، وظيفة، والشركاء ملزم من نيف للسفر إفراز تعديل المنطقة. هذه الإجراءات ديك صلة عامة بالموضوع في العديد من الدراسات الآلتي.

تحديد القائمة على الببتيد من الزخارف وظيفية وشركائها التجليد

يوضح هذا البروتوكول التعديلات الضرورية من polyribosome تجزئة من أجل دراسة translatome في الجسم الحي من عينات الجهاز العصبي المركزي. لأنها تتيح تقييم عالمي للترجمة والنسخ التنظيم من خلال العزلة ومقارنة الحمض النووي الريبي مجموع الكسور إلى الريبوسوم الحمض النووي الريبي ملزمة.

في الجسم الحي الاستجواب من النظام العصبي المركزي Translatome بواسطة Polyribosome تجزئة

نصف هنا طريقة لتحديد البروتينات المرتبطة بالجزيئات الصغيرة باستخدام وضع العلامات على التقارب الضوئي. تتمثل ميزة هذه التقنية في أن الربط والتساهمية للبروتينات المستهدفة يحدث داخل البيئة الخلوية الحية ، مما يزيل خطر تعطيل بنية البروتين الأصلي وظروف الارتباط عند تحلل الخلية.

تحديد البروتينات ملزمة جزيء صغير في الخلوي البيئة الأصلية التي تعيش خلية Photoaffinity وصفها

نحن نقدم طريقة لتنقية والكشف وتحديد الببتيدات diGly التي تنشأ من البروتينات في كل مكان من عينات بيولوجية معقدة. الطريقة المعروضة قابلة للاستنساخ وقوية وتتفوق على الأساليب المنشورة فيما يتعلق بمستوى عمق تحليل كل يوم.

الكشف عن مواقع اكتشاف البروتين من قبل إثراء الببتيد وقياس الطيف الكتلي

هنا ، نصف الترسيب المناعي للريبوسوم والحمض النووي الريبي المرتبط به من مجموعات مختارة من الخلايا الجرثومية الذكور الذكور البالغين باستخدام نظام RiboTag. التربية الاستراتيجية والتناهيال المناعة دقيق يؤدي إلى نتائج نظيفة، قابلة للاستنساخ التي تبلغ عن الترجمة الخلية الجرثومية وتوفير نظرة ثاقبة في آليات الظواهر المتحولة.

الترسيب المناعي للريبوسوتاغ في الخلايا الجرثومية للفأر الذكر

نقل الطاقة الفلوري جزيء واحد هو الأسلوب الذي يتتبع ديناميات الحمض النووي الريبي أثناء تخليق البروتين ريبوسومات. من خلال تتبع الريبوسومات الفردية ، يتم تحديد السكان غير المتجانسين ، مما يلقي الضوء على الآليات. ويمكن استخدام هذه الطريقة لتتبع التغيرات البيولوجية تشكيلية بشكل عام للكشف عن العلاقات الحيوية وظيفة في العديد من النظم الحيوية المعقدة الأخرى. يمكن لطرق جزيء واحد مراقبة الخطوات المقيدة غير المعدلة والمتوسطات الرئيسية منخفضة السكان ، والتي لا يمكن الوصول إليها عن طريق طرق الفرقة التقليدية...

جزيء واحد فلورسينس دراسة نقل الطاقة من تخليق البروتين ريبوسوم

تلعب التفاعلات الانتقالية المشتركة دورا حاسما في تعديلات السلسلة الوليدة واستهداف مسارات الطي والتجميع. هنا ، نصف التنميط الريبوسومي الانتقائي ، وهي طريقة للتحليل المباشر لهذه التفاعلات في الجسم الحي في نموذج حقيقيات النوى Saccharomyces cerevisiae.

التحديد العالمي لشبكات التفاعل الانتقالي المشترك عن طريق التنميط الريبوسومي الانتقائي

نقدم بروتوكولا من خطوتين لعزل الميتوكوندريا عالي الجودة متوافق مع اكتشاف البروتين وقياسه على نطاق البروتين. لا يتطلب بروتوكولنا هندسة وراثية وبالتالي فهو مناسب لدراسة الميتوكوندريا من أي خلايا وأنسجة أولية.

عزل الميتوكوندريا بخطوتين بدون علامات لتحسين اكتشاف البروتين وقياسه

Stanford School of Medicine.  تقنية البيوتينيل المعززة بالإضاءة المحددة بالموقع الخاصة ب AviTag (ALIBi) هي طريقة جديدة مفعلة بصريا تم تطويرها لوضع وسم وتنقية تجمعات الخلايا الفرعية للريبوسومات لأغراض التسلسل اللاحق والتحليل البروتيومي.

عزل مجموعات الريبوسومات تحت الخلوية بناء على بيوتينيل معززة بموقع معين للببتيدات المؤتلفة، مقيدة بالإضاءة،

استكشف المزيد من الفيديوهات