Name: تصور الديناميكيات الميكروبية لتدوير الميثان في الأراضي الرطبة الساحلية (فيديو) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-31T14:30:00.000+00:00
Duration: 7 min 26 s
Description: استكشف تصور الجينات الميكروبية لتدوير الميثان في الأراضي الرطبة الساحلية باستخدام تقنيات PCR وGIS. تساعد هذه الطريقة الباحثين على فهم ديناميكيات الميثان وتأثيراتها البيئية.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td>0.2 مل أنابيب PCR</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0620</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AB0620?SID=srch-srp-AB0620</td></tr><tr><td>0.5 مل أنابيب PCR</td><td>Promega</td><td>E4941</td><td>https://www.promega.com/products/biochemicals-and-labware/tips-and-accessories/0_5ml-pcr-tubes/?catNum=E4941</td></tr><tr><td>10 & نصائح L</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-187</td><td>Fisherbrand SureGrip Pipet Tip Helicoptered أو Reload System Tips Natural ؛ 10 & مو ؛ ل; | فيشر Scientific</td></tr><tr><td>15 مل أنبوب الطرد المركزي</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>14-959-53A</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/falcon-15ml-conical-centrifuge-tubes-5/p-193301</td></tr><tr><td>200 & نصائح L</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-190</td><td>Fisherbrand SureGrip Pipet Tip Racked أو Reload System Tips Natural ؛ 200 & ل; | فيشر العلمي</td></tr><tr><td>1000 & نصائح L</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-707-402</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sureone-micropoint-pipette-tips-specific-standard-fit/02707402?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kUsQ9Lu0YIq5i4vWege 17qPdtxIYZyvmJH1cDo ARuwereO1V4GLz9UaA lDREALw_wcB& ef_id=C j0KCQiApNW6BhD5ARI sACmEbkUsQ9Lu0YIq5i 4vWege17qPdtxIYZyvmJ H1cDoARuwereO1V4GLz 9UaAlDREALw_wcB:G:s & ppc_id=PLA_goog_2175 7693617_171052169911_02 707402__715434303113_1555 377385658230343& ev_chn = sh op & s_kwcid=AL!4428!3!71543430 3113!! ز!2366517300713!& gad_source = 1</td></tr><tr><td>الطاقة الحيوية التطبيقية SYBR Green Master Mix &nbsp ؛</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>4368577</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/4368577</td></tr><tr><td>ArcGIS Pro&nbsp;</td><td>Esri</td><td></td><td>https://www.esri.com/en-us/arcgis/products/arcgis-pro/overview?srsltid=AfmBOopatJ4 JvHJfscHRcAaDx0Jz5_Jrl8l5 vYkkBvfOqE-uNSsMghN1</td></tr><tr><td>CFX Duet Real-Time PCR system&nbsp;</td><td>Bio-Rad</td><td>12016265</td><td>https://www.bio-rad.com/en-us/product/cfx-duet-real-time-pcr-system?ID=97722926-9ed9-16a4-1d83-c92f587e427a</td></tr><tr><td>Corning Lambda plus ماصة أحادية القناة حجم 0.5-10 & L</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CLS4071-1EA</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4071</td></tr><tr><td>Corning&nbsp; Lambda&nbsp; بالإضافة إلى حجم الماصات أحادية القناة 100-1000 & nbsp ؛ مو L</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CLS4075-1EA</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4075</td></tr><tr><td>Corning&nbsp; Lambda&nbsp; بالإضافة إلى حجم الماصات أحادية القناة 20-200 & nbsp ؛ مو L</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CLS4074-1EA</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/US/en/product/sigma/cls4074</td></tr><tr><td>FastDNA طقم تدور للتربة</td><td>MP Biomedical</td><td>116560200-CF</td><td>https://www.mpbio.com/us/116560000-fastdna-spin-kit-for-soil-samp-cf?srsltid=AfmBOoqOxxGilzY3IHNIZR ajegGTr9MoX1oMZUh 3dcbJqe0UvvukY128</td></tr><tr><td>نسخة جينية&nbsp; آلة حاسبة</td><td>العلوم التمهيدي</td><td></td><td>https://scienceprimer.com/copy-number-calculator-for-realtime-pcr&nbsp؛.</td></tr><tr><td>جهاز طرد مركزي عالي السرعة</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>75004241</td><td>https://newlifescientific.com/products/thermo-scientific-sorvall-st16-high-speed-benchtop-centrifuge-75004241?gad_source=1&gclid=Cj0KCQiApN W6BhD5ARIsACmEbkVC_-cCIN9j 20TvYq8iDsBlUR5cPK_1_wN OBEcjMdv-CYVoGCfeOLYaAv enEALw_wcB</td></tr><tr><td>أجهزة الطرد المركزي الدقيقة عالية السرعة</td><td>VWR</td><td>75838-336</td><td>https://us.vwr.com/store/product/20546590/null</td></tr><tr><td>Lysing Matrix E tube&nbsp;</td><td></td><td></td><td>حبة زجاجية / أنبوب يحتوي على كرة خزفية</td></tr><tr>أنبوب<td>الطرد المركزي</td><td>الدقيق ThermoFisher Scientific</td><td>02-681-320</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/fisherbrand-low-retention-microcentrifuge-tubes-8/02681320?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACm EbkWbG4_o3oUiGk HJPU-_31-CuexDwQ fmWPnfyhBOf2BHXsy K3fFW1toaAgJbEALw_ wcB& ef_id=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kWbG4_o3oUiGkHJPU- _31-CuexDwQfmWPnfy hBOf2BHXsyK3fFW1toa AgJbEALw_wcB:G:s& PPC _id = PLA_goog_21757693 617_171052169911_0268 1320__ 715434303113_10 349826094968484711& ev _chn=تسوق& s_kwcid=AL!4 428!3!715434303113!!! ز!23 66517300713!& gad_source=1</td></tr><tr><td>PCR Master mix&nbsp;</td><td>Promega</td><td>M7502</td><td>https://www.promega.com/products/pcr/taq-polymerase/master-mix-pcr/?catNum=M7502</td></tr><tr><td>Quantiflour ONE نظام dsDNA&nbsp;</td><td>Promega</td><td>E4871</td><td>https://www.promega.com/products/rna-analysis/dna-and-rna-quantitation/quantifluor-one-dsdna-system/?gad_source=1&gbraid=0AAAAAD _rg189yJTY3cxeVqMdu8RPx10 Ma& gclid=CjwKCAjwxNW2BhAk EiwA24Cm9FUgViPNyWq7UfZL VeeoroLAZ5JIP6w07RGK_4D0w oZgAqf-G1XTmxoCxm8QAvD_B wE& catNum = E4871</td></tr><tr><td>مقياس الفلور الكمي &nbsp ؛</td><td>بروميجا</td><td>E6150</td><td>https://www.promega.com/products/microplate-readers-fluorometers-luminometers/fluorometers/quantus-fluorometer/?catNum=E6150</td></tr><tr><td>YSI برو 2030</td><td>YSI علامة تجارية 603174</td><td></td><td>https://www.ysi.com/product/id-p2030/pro2030-kits</td></tr></tbody></table>

تصور الديناميكيات الميكروبية لتدوير الميثان في الأراضي الرطبة الساحلية

Visualizing Methane-Cycling Microbial Dynamics in Coastal Wetlands

لفهم توزيع ووفرة الجينات المرتبطة بركوب الدراجات CH4 (mcrA و pmoA1 و pmoA2 و mmoX) في الأراضي الرطبة الساحلية في جنوب تكساس ، تم تحليل الحمض النووي الإلكتروني المستخرج من كل عينة بواسطة cPCR و qPCR. تم اختيار بادئات عالمية لكل مؤشر حيوي لتشغيل cPCR من الدراسات السابقة (الجدول 1) 22،34،35،36،37 ، و...

Coastal wetlands are the largest biotic source of methane, where methanogens convert organic matter into methane and methanotrophs oxidize methane, thus ...

visualizing-methane-cycling-microbial-dynamics-in-coastal-wetlands

Research

JoVE Journal

Environment

البيئة

وقد ثبت تحليل تدفق سيتوميتريك قيماً للتحقيق في ثقافات نقية ورصد ديناميات المجتمع الميكروبية. نحن نقدم ثلاث مهام سير العمل شاملة، من أخذ عينات لتحليل البيانات، نقية الثقافات والمجتمعات المعقدة في متوسطة واضحة كذلك كما هو الحال في المصفوفات صعبة، على التوالي.

تميز ميكروبيومي ديناميات – التدفق الخلوي على أساس مهام سير العمل من ثقافات نقية للمجتمعات الطبيعية

ويصف هذا البروتوكول سرعة نقل واحد للتقنيات التحليلية واوميكس تكميلية بلغت ذروتها في توصيف إقران تماما من المواد العضوية الطبيعية والبروتينات الميكروبية في النظم الإيكولوجية المختلفة. ويسمح هذا النهج مقارنات قوية لتحديد المسارات الأيضية والتحولات الهامة لوصف إنتاج غازات الدفيئة والتنبؤ بالاستجابات للتغير البيئي.

واحد الإنتاجية التكميلية التقنيات التحليلية عالية الدقة لوصف خليط معقد من المواد العضوية الطبيعية

يتم تقديم بروتوكول لتوليد المناظر الطبيعية الكيميائية الديناميكية عن طريق الانحلال الضوئي داخل الاجهزة microfluidic وmillifluidic. هذه المنهجية مناسبة لدراسة العمليات البيولوجية المتنوعة ، بما في ذلك السلوك المتنوعة ، وامتصاص المغذيات ، أو التكيف مع المواد الكيميائية للكائنات الحية الدقيقة ، سواء على مستوى الخلية الواحدة أو السكان.

توليد المناظر الطبيعية الكيميائية الديناميكية الخاضعة للرقابة لدراسة السلوك الميكروبي

هنا ، نهدف إلى تصور تقسيم الإنتاجية البيولوجية في خليج ناراغانسيت ، رود آيلاند ، بناء على نموذج توازن كتلة النيتروجين. ستفيد النتائج إدارة المغذيات في المناطق الساحلية للحد من نقص الأكسجة والتخثث.

تصور مناطق الإنتاجية على أساس نموذج توازن كتلة النيتروجين في خليج ناراغانسيت ، رود آيلاند

توضح هذه الدراسة نهجا لقياس تركيزات غاز الميثان في العينات المائية باستخدام أجهزة تحليل بصرية محمولة مقترنة بغرفة حقن في حلقة مغلقة. وتتشابه النتائج مع كروماتوغرافيا الغاز التقليدية، حيث تقدم بديلا عمليا ومنخفض التكلفة مناسبا بشكل خاص للدراسات الميدانية عن بعد.

قياس الميثان المذاب في النظم البيئية المائية باستخدام محلل غاز التحليل الطيفي البصري

يتم وصف بروتوكول لإعداد نظام بيئي نموذجي بسيط يعيد إنشاء التدرج المضاد للميثان والأكسجين الموجود في الموائل الطبيعية للبكتيريا المؤكسدة للميثان الهوائية ، مما يتيح دراسة فسيولوجيتها في سياق يتم حله مكانيا. كما تم وصف التعديلات على المقايسات البيوكيميائية الشائعة للاستخدام مع النظام الإيكولوجي النموذجي القائم على الأغاروز.

النظام البيئي النموذجي القائم على الأغاروز لزراعة الميثانوتروف في تدرج مضاد للميثان والأكسجين

نقدم هنا بروتوكولا يوضح كيفية أخذ عينات من العينات الخشبية للتقييم العام لهياكل نموها. تم وصف تقنيات التحضير والتصور الكلية والمجهرية اللازمة لإنشاء مجموعة بيانات خشبية تشريحية وشجيرية عالية التكرار وعالية الحل.

منظور تقني في الحديث شجرة الدائري البحث - كيفية التغلب على Dendroecological والخشب تشريحية التحديات

تصف هذه المخطوطة نهجا آليا لاختيار حجم الهلام لتنقية شظايا الحمض النووي لتسلسل الجيل التالي. توفر تقنية رينجر أتمتة كاملة للعملية الكاملة لتحميل هلام الاغاروز ، والتحليل الكهربائي ، واستعادة شظايا الحمض النووي المستهدفة مما يسمح بمكتبات تسلسل عالية الإنتاجية وعالية الجودة من الجيل التالي.

جل الآلي الحجم التحديد لتحسين نوعية المكتبات تسلسل الجيل المقبل من إعداد من عينات المياه البيئة

يتم توفير بروتوكول لتحديد جينات 16S rRNA البكتيرية والنسخ من الرواسب الساحلية عبر تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الفعلي. تشمل المنهجية الاستخراج المشترك للحمض النووي والحمض النووي الريبي. تحضير الحمض النووي الريبي الخالي من الحمض النووي ؛ و 16S rRNA الجين والقياس الكمي للنسخ عبر RT-q-PCR ، بما في ذلك بناء المنحنى القياسي.

الحمض النووي الريبي في وقت واحد استخراج من الرواسب الساحلية والكمي ل16S الجينات الريباسي والنصوص التي في الوقت الحقيقي PCR

توفر الأحماض الدهنية فوسفورية المعلومات حول بنية المجتمعات الميكروبية التربة. نحن نقدم طرق لاستخراج عينات من التربة مع الكلوروفورم الخليط على مرحلة واحدة، تجزئة الدهون المستخرجة باستخدام الأعمدة استخراج المرحلة الصلبة، وتحلل الميثانول لإنتاج استرات الميثيل الأحماض الدهنية، والتي يتم تحليلها من قبل اللوني للغاز الشعرية.

استخراج وتحليل الميكروبية الفوسفوليبيدية الأحماض الدهنية في التربة

استكشف تصور الجينات الميكروبية لتدوير الميثان في الأراضي الرطبة الساحلية باستخدام تقنيات PCR وGIS. تساعد هذه الطريقة الباحثين على فهم ديناميكيات الميثان وتأثيراتها البيئية.

تصور الديناميكيات الميكروبية لتدوير الميثان في الأراضي الرطبة الساحلية

استكشف المزيد من الفيديوهات