Name: تحليل تعبير الجينات المسرطنة مع التغيرات في الأس الهيدروجيني في خط خلايا قنية البنكرياس (فيديو) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-11T14:10:00.000+00:00
Duration: 6 min 24 s
Description: اكتشف كيف يؤثر انخفاض الأس الهيدروجيني على تعبير الجينات المسرطنة في خلايا قنية البنكرياس باستخدام تحليل RNA-seq. تسلط الدراسة الضوء على العلاقة بين البيئات الحمضية ونشاط الجينات المسرطنة.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Franck, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+pancreatic+ductal+adenocarcinoma%3A+Moving+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Advanced pancreatic ductal adenocarcinoma: Moving forward.</a> Cancers (Basel). 12 (7), 1955(2020).</li>
<li>Kong, X., Sun, T., Kong, F., Du, Y., Li, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis+and+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Gastrointest+Tumors%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis and pancreatic cancer.</a> Gastrointest Tumors. 1 (3), 123-134 (2014).</li>
<li>Jura, N., Archer, H., Bar-Sagi, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis%2C+pancreatic+adenocarcinoma+and+the+black+box+in-between%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis, pancreatic adenocarcinoma and the black box in-between.</a> Cell Res. 15 (1), 72-77 (2005).</li>
<li>Kloppel, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis%2C+pseudotumors+and+other+tumor-like+lesions%5BTitle%5D)+AND+%22Mod+Pathol%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis, pseudotumors and other tumor-like lesions.</a> Mod Pathol. 20 (Suppl 1), S113-S131 (2007).</li>
<li>Schneider, A., Whitcomb, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hereditary+pancreatitis%3A+a+model+for+inflammatory+diseases+of+the+pancreas%5BTitle%5D)+AND+%22Best+Pract+Res+Clin+Gastroenterol%22%5BJournal%5D)">Hereditary pancreatitis: a model for inflammatory diseases of the pancreas.</a> Best Pract Res Clin Gastroenterol. 16 (3), 347-363 (2002).</li>
<li>Boedtkjer, E., Pedersen, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+acidic+tumor+microenvironment+as+a+driver+of+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Physiol%22%5BJournal%5D)">The acidic tumor microenvironment as a driver of cancer.</a> Annu Rev Physiol. 82, 103-126 (2020).</li>
<li>Coussens, L. M., Werb, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Inflammation and cancer.</a> Nature. 420 (6917), 860-867 (2002).</li>
<li>Balkwill, F., Mantovani, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+cancer%3A+back+to+Virchow%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Inflammation and cancer: back to Virchow.</a> Lancet. 357 (9255), 539-345 (2001).</li>
<li>Clevers, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((At+the+crossroads+of+inflammation+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">At the crossroads of inflammation and cancer.</a> Cell. 118 (6), 671-674 (2004).</li>
<li>Kato,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acidic+extracellular+microenvironment+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell+Int%22%5BJournal%5D)">Acidic extracellular microenvironment and cancer.</a> Cancer Cell Int. 13 (1), 89(2013).</li>
<li>Hegyi, P., Maléth, J., Venglovecz, V., Rakonczay, Z. Jr <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pancreatic+ductal+bicarbonate+secretion%3A+challenge+of+the+acinar+acid+load%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Physiol%22%5BJournal%5D)">Pancreatic ductal bicarbonate secretion: challenge of the acinar acid load.</a> Front Physiol. 2, 36(2011).</li>
<li>Ibrahim-Hashim, A., Estrella, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acidosis+and+cancer%3A+from+mechanism+to+neutralization%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Metastasis+Rev%22%5BJournal%5D)">Acidosis and cancer: from mechanism to neutralization.</a> Cancer Metastasis Rev. 38 (1-2), 149-155 (2019).</li>
<li>Vakkila, J., Lotze, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+necrosis+promote+tumour+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Inflammation and necrosis promote tumour growth.</a> Nat Rev Immunol. 4 (8), 641-648 (2004).</li>
<li>Zepecki, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+human+glioma+cell+migration%2C+tumor+growth%2C+and+stemness+gene+expression+using+a+Lck+targeted+inhibitor%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of human glioma cell migration, tumor growth, and stemness gene expression using a Lck targeted inhibitor.</a> Oncogene. 38 (10), 1734-1750 (2019).</li>
<li>Kim, R. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+lymphocyte-specific+protein+tyrosine+kinase+%28LCK%29+in+the+expansion+of+glioma-initiating+cells+by+fractionated+radiation%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">Role of lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) in the expansion of glioma-initiating cells by fractionated radiation.</a> Biochem Biophys Res Commun. 402 (4), 631-636 (2010).</li>
<li>Hu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Requirement+of+Src+kinases+Lyn%2C+Hck+and+Fgr+for+BCR-ABL1-induced+B-lymphoblastic+leukemia+but+not+chronic+myeloid+leukemia%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Requirement of Src kinases Lyn, Hck and Fgr for BCR-ABL1-induced B-lymphoblastic leukemia but not chronic myeloid leukemia.</a> Nat Genet. 36 (5), 453-461 (2004).</li>
<li>Sharp, N. A., Luscombe, M. J., Clemens, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+c-fgr+proto-oncogene+expression+in+Burkitt%27s+lymphoma+cells%3A+effect+of+interferon+treatment+and+relationship+to+EBV+status+and+c-myc+mRNA+levels%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of c-fgr proto-oncogene expression in Burkitt's lymphoma cells: effect of interferon treatment and relationship to EBV status and c-myc mRNA levels.</a> Oncogene. 4 (8), 1043-1046 (1989).</li>
<li>Hui, A. B., Lo, K. W., Yin, X. L., Poon, W. S., Ng, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+multiple+gene+amplifications+in+glioblastoma+multiforme+using+array-based+comparative+genomic+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Detection of multiple gene amplifications in glioblastoma multiforme using array-based comparative genomic hybridization.</a> Lab Invest. 81 (5), 717-723 (2001).</li>
<li>Fang, Z. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+identification+and+functional+characterization+of+a+novel+ARF6+GTPase-activating+protein%2C+ACAP4%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomic identification and functional characterization of a novel ARF6 GTPase-activating protein, ACAP4.</a> Mol Cell Proteomics. 5 (8), 1437-1449 (2006).</li>
<li>Okabe, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+development+and+differentiation+enhancing+factor-like+1+%28DDEFL1%29+as+a+drug+target+for+hepatocellular+carcinomas%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Oncol%22%5BJournal%5D)">Isolation of development and differentiation enhancing factor-like 1 (DDEFL1) as a drug target for hepatocellular carcinomas.</a> Int J Oncol. 24 (1), 43-48 (2004).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>أنابيب الطرد المركزي المتدرجة 15 مل (فالكون) &nbsp;</td><td>Tarsons&nbsp;</td><td>500031</td><td>تستخدم لإعداد العينة &nbsp ؛</td></tr><tr><td>50 مل أنابيب الطرد المركزي المتدرجة (فالكون)</td> <td>Tarsons&nbsp;</td><td>500041</td><td>تستخدم لإعداد العينة &nbsp ؛</td></tr>أداة <tr><td>Agilent 2100 Bioanalyzer</td><td>Agilent</td><td>Agilent G2938A</td><td>Instrment لتقييم جودة الحمض النووي الريبي &nbsp;</td></tr><tr><td>محلول مضاد حيوي مضاد للفطريات 100x سائل</td><td>هيميديا</td><td>A002-100 مل</td><td>يستخدم لمنع التلوث &nbsp ؛</td></tr><tr><td>مكشطة الخلية بشفرة قابلة للدوران</td><td>Himedia&nbsp;</td><td>TCP223</td><td>كشط وجمع الخلايا</td></tr><tr><td>CO2 incubator&nbsp;</td><td>نيو برونزويك</td><td>غالاكسي 170 S</td><td>تستخدم لاحتضان الثقافة&nbsp;</td></tr><tr><td>Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM) ، نسبة عالية من الجلوكوز &nbsp ؛</td><td>هيميديا</td><td>AL007S-500 مل</td><td>وسط يستخدم لزراعة الخلايا</td></tr><tr><td>محلول ملحي مخزن فوسفات دولبيكو 1x</td><td>هيميديا</td><td>TL1006-500 مل</td><td>غسيل الخلايا</td></tr><tr><td>جالاكسي & nbsp ؛</td><td>(https://usegalaxy.org)</td><td></td> <td>أداة إلكترونية لمعالجة بيانات NSG</td></tr><tr><td>HI FBS (الأصل: أستراليا)</td> <td>Gibco</td><td>10100-147</td><td>تستخدم لنمو الخلايا &nbsp ؛</td></tr><tr><td>خط الخلايا الظهارية القنوية للبنكرياس البشري (HPDEC / H6C7)</td><td>Addex Bio</td><td>T0018001</td><td>خط الخلايا القنوية البنكرياس</td></tr><tr><td>أيون إجمالي الحمض النووي الريبي Seq Kit v2</td><td>طقم تحضير</td><td></td><td>عينة</td>الحمض</tr> النووي الريبي 4475936 Thermo fisher العلمي تدفق <tr><td>الهواء</td><td></td><td></td><td></td>الرقائقي</tr><tr><td>Na 2HPO4 Diabasic</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S3264-250G</td><td>فوسفات الصوديوم إعداد المخزن المؤقت&nbsp;</td></tr><tr><td>NaH2PO4 أحادي القاعدة</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S3139-250G</td><td>تحضير عازلة فوسفات الصوديوم &nbsp;</td></tr><tr><td>NovaSeq 6000</td><td>Illumina</td><td>3376672</td><td>Sequencer&nbsp;</td></tr><tr><td>سطح دلتا نونكلون (لوحة 6 آبار)</td><td>140675 علمي حراري</td><td></td><td>لزراعة الخلايا &nbsp ؛</td></tr><tr><td>أجهزة الطرد المركزي المبردة على الطاولة</td><td>Thermo Scientific&nbsp;</td><td>Sorvall ST 8R</td><td>تستخدم للطرد المركزي</td></tr><tr><td>RiboMinus Eukaryote System v2</td><td>Thermo fisher scientific</td><td>A15026</td><td>rRNA depletion Kit &nbsp ؛</td></tr><tr><td>مجموعة Rneasy Mini &nbsp;</td>كيت <td>Qiagen</td><td>74104</td><td>لعزل الحمض النووي الريبي الكلي من الخلايا &nbsp ؛</td></tr><tr><td>Cycler الحراري</td><td>Eppendorf</td><td>E950040025</td><td>تفاعل PCR &nbsp ؛</td></tr><tr><td>حمام مائي&nbsp;</td><td>Equitron</td><td>#8406M</td><td>ذوبان العينة</td></tr></tbody></table>

تحليل تعبير الجينات المسرطنة مع التغيرات في الأس الهيدروجيني في خط خلايا قنية البنكرياس

Oncogene Expression Analysis with Alterations in pH in a Pancreatic Ductal Cell Line

التغيرات المورفولوجية أدى حضانة خلايا الأقنية البنكرياس البشرية في وسط حمضي إلى تغيير مورفولوجيا الخلايا. أدى نمط الخلية المتجانسة والمكتظة بإحكام إلى خلايا مشتتة في ظل ظروف حمضية ، ويصبح موت الخلايا بارزا بمرور الوقت. بالمقارنة مع الخلايا الطبيعية المحتوية على الوسط ، تقلصت الخلايا القنوية وتقلص حجمها. لوحظ تغير جذري في معدل الوفيات بعد 6 ساعات من الحضانة. بعد 24 ساعة ، انخفض عدد الخلايا ، وبدا أن الخلايا في حالة توتر (الشكل 1 ، الشكل 2 ، <s...

The fourth leading cause of cancer-related death, pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), has a 12% five-year survival rate. This disease has a poor ...

oncogene-expression-analysis-with-alterations-ph-pancreatic-ductal

Research

JoVE Journal

Cancer Research

أبحاث السرطان

هناك حاجة إلى تحسين فهم بيولوجيا سرطان البنكرياس حاسمة لتمكين وضع خيارات علاجية أفضل لعلاج سرطان البنكرياس. لتلبية هذه الحاجة، ونحن لشرح نموذج مثلي من سرطان البنكرياس الذي يسمح للرصد غير الغازية من تطور سرطان...

نموذج مثلي إضاءة الحيوية من سرطان البنكرياس التقدم

هنا، نحن تصف طريقة لعزل الخلايا في البنكرياس المكروية من الجنينية والأنسجة الماوس حديثي الولادة والكبار، مع التركيز على عزل خلايا اللحمة المتوسطة. وتسمح هذه الطريقة التنميط التعبير الجيني الخلايا وإفراز البروتين من أجل توضيح الإشارات التي تنظم خارجي تطوير البنكرياس، وظيفة، وتكون الأورام.

عزل وتحليل خلايا البنكرياس اللحمة المتوسطة عن طريق التدفق الخلوي

عزل خلية acinar الأساسي والبروتين التحوير التعبير أو النشاط، الثقافة وتطبيقات تيار أسفل مفيدة تماما في السابق دراسة فيفو حؤول acinar للأقنية (ADM)، حدث مبكرا في الإصابة بسرطان البنكرياس.

محاكاة والتلاعب في البنكرياس حؤول Acinar للأقنية في ثقافة الخلية 3 الأبعاد

ويستخدم هذا البروتوكول تفاعلاً متسلسلاً للبوليميراز في الوقت الحقيقي القائم على المسبار، ومسباراً من نوع سولفورهوامين B (SRB)، واستنساخ 3 مناطق غير مترجمة (3' UTR)، وإمكانية اختبار لوسيفيراز للتحقق من الجينات المستهدفة لميرنا ذات الأهمية ولفهم وظائف الميرنا.

بروتوكول في المختبر لتقييم مستويات MicroRNA، وظائف، والجينات المستهدفة المرتبطة بها في الخلايا السرطانية

توضح هذه المقالة طريقه للتعرف علي التعديلات النسيلي و subclonal بين العينات المختلفة من مريض معين. علي الرغم من ان التجارب الموصوفة هنا تركز علي نوع معين من الورم ، والنهج ينطبق علي نطاق واسع علي الأورام الصلبة الأخرى.

تحليل آلافات المقارنة من خلال نهج التسلسل المستهدف

هنا نقدم بروتوكول لاختبار فعالية العلاجات المستهدفة المختارة على أساس التركيبة الجينومية للورم. ويصف البروتوكول تحديد وإعادة التحقق من إعادة ترتيب الحمض النووي الهيكلي، وgragraftment من أورام المرضى في الفئران واختبار الاستجابات للأدوية المقابلة.

اختبار العلاجات المستهدفة في السرطان باستخدام تحليل تعديل الحمض النووي الهيكلي وXenografts المستمدة من المريض

عصير البنكرياس هو مصدر ثمين للمؤشرات الحيوية لسرطان البنكرياس البشري. نصف هنا طريقة لإجراء الجمع أثناء الجراحة. للتغلب على التحدي المتمثل في اعتماد هذا الإجراء في نماذج الفئران ، نقترح عينة بديلة ، السائل الخلالي للورم ، ونصف هنا بروتوكولين لعزله.

عزل السوائل القريبة للتحقيق في البيئة الدقيقة للورم من سرطان البنكرياس الغدي

الخلايا النتوءية البنكرياسية هي سلائف للخلايا الخبيثة التي تؤدي إلى أورام البنكرياس. ومع ذلك ، فإن عزل خلايا البنكرياس السليمة القابلة للحياة يمثل تحديا. هنا ، نقدم طريقة فعالة لتفكك أنسجة البنكرياس. يمكن بعد ذلك استخدام الخلايا لتسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية (scRNA-seq) أو للزراعة المشتركة ثنائية أو ثلاثية الأبعاد.

تشريح أنسجة البنكرياس لعزل الخلايا المفردة القابلة للحياة

الهدف من هذا البروتوكول هو تحديد مستويات الالتهام الذاتي في سرطان البنكرياس وخلايا أسينار البنكرياس من خلال التألق المناعي LC3 والقياس الكمي لنقطة LC3.

تقييم مستويات الالتهام الذاتي في نموذجين مختلفين لخلايا البنكرياس باستخدام التألق المناعي LC3

يصف البروتوكول الحالي إعادة برمجة سرطان البنكرياس الغدي القنوي (PDAC) والخلايا الظهارية البنكرياسية القنية الطبيعية إلى خلايا جذعية مستحثة متعددة القدرات (iPSCs). نحن نقدم إجراء محسنا ومفصلا خطوة بخطوة ، من تحضير فيروس العدس إلى إنشاء خطوط iPSC مستقرة.

إعادة برمجة سرطان البنكرياس الغدي النخوي إلى تعدد القدرات

لا يزال سرطان البنكرياس أحد أصعب أنواع السرطان التي يمكن علاجها. لذلك ، من الأهمية بمكان أن تكون النماذج قبل السريرية التي تقيم فعالية العلاج قابلة للتكرار وذات صلة سريريا. يصف هذا البروتوكول إجراء بسيطا للاستزراع المشترك لتوليد كرويات قابلة للتكرار وذات صلة سريريا.

تزايد كرويات سرطان البنكرياس ثلاثية الأبعاد Desmoplastic من الثقافة المشتركة

اكتشف كيف يؤثر انخفاض الأس الهيدروجيني على تعبير الجينات المسرطنة في خلايا قنية البنكرياس باستخدام تحليل RNA-seq. تسلط الدراسة الضوء على العلاقة بين البيئات الحمضية ونشاط الجينات المسرطنة.

تحليل تعبير الجينات المسرطنة مع التغيرات في الأس الهيدروجيني في خط خلايا قنية البنكرياس

استكشف المزيد من الفيديوهات