تطبيق المعلوماتية الكيميائية لتطوير قاعدة بيانات هيكلية قابلة للبحث للطرق التحليلية

نريد إنشاء طريقة سهلة لعلماء وكالة حماية البيئة للعثور على طرق تحليلية من عبر الموارد الموزعة حتى يتمكن علماؤنا من قضاء وقت أقل في البحث في الإنترنت ، وبدلا من ذلك يكون لديهم مورد منسق مدمج في نظام المعلوماتية الكيميائية الحالي لدينا. ما قمنا ببنائه هو في الأساس نظام إدارة مستندات خفيف الوزن يقوم بتعيين تلك المستندات إلى المواد الكيميائية المستخرجة. نتيجة لذلك ، يمكن البحث في آلاف الطرق التحليلية باستخدام معرفات كيميائية مختلفة للعثور على الطرق المطبقة بالفعل للكشف عن تلك المواد الكيميائية. لا توجد قاعدة بيانات مجانية أخرى على الإنترنت للطرق التحليلية للمجتمع للبحث عنها للحصول على طريقة تحليلية مرجعية موجودة لمادة كيميائية ، أو مجموعة جيدة من شروط البدء لطريقة معينة. يعلم هذا البروتوكول القارئ كيفية استخدام AMOS لجمع بيانات مفيدة لدعم عمل تطوير الأسلوب الخاص بهم. لقد تعلمنا الكثير حول كيفية جمع بيانات الأساليب التحليلية ودمجها في قاعدة البيانات والتطبيق الخاص بنا. من خلال تجميع هذه الآلاف من المستندات ورسم الخرائط على المواد الكيميائية المرتبطة بها ، لدينا الآن مجموعة بيانات ممتازة لاستكشاف استخدام هذه المستندات وزيادة نموذج الذكاء الاصطناعي اللغوي الكبير الذي يمكن للعلماء الاستعلام عنه.

[راوي] للبدء، انتقل إلى حقل النص في الجزء العلوي الأيسر من شريط التنقل أو حقل البحث في الصفحة الأولى وأدخل اسم المادة أو رقم سجل CAS أو InChIKey أو معرف مادة DSSTox. اضغط على Enter أو انقر فوق بحث لتنفيذ البحث. حدد صفا في الجدول الناتج لعرض السجل المقترن على الجانب الأيسر من الصفحة. لإجراء بحث دفعي ، أدخل قائمة بمعرفات مادة DSSTox في حقل بيانات الإدخال ، مع وضع معرف واحد لكل سطر. استخدم خانات الاختيار ضمن خيارات البحث لتصفية النتائج أو إضافة معلومات إضافية إلى السجلات. انقر فوق البحث في أسفل الصفحة لإنشاء وتنزيل ملف جدول بيانات يسرد معلومات عن جميع السجلات في قاعدة البيانات المرتبطة بقائمة معينة من المواد. بمجرد اكتمال البحث ، انقر فوق عمليات بحث إضافية ، متبوعا بالبحث عن بنية التشابه. أدخل معرف المادة ، واضبط الحد الأدنى لتشابه المادة في المرشح على 0.8 ، وانقر فوق بحث للحصول على جدول علامات تبويب. بعد ذلك، حدد صفا في الجدول لعرض مقارنة هيكلية بين المادة التي تم البحث عنها والمادة المحددة من الجدول. لإجراء بحث في المصنف، حدد مستوى التصنيف الأول باستخدام الحقل الموجود أعلى الصفحة. ثم انقر فوق الزر الموجود أسفل الحقل لعرض قائمة التصنيفات للمستوى التالي. كرر هذه العملية للمستويين الثاني والثالث ، في كل مرة حدد تصنيفا وانقر فوق الزر للمتابعة. بعد تحديد المستوى الرابع ، انقر فوق الزر أدناه لتشغيل البحث وسرد جميع المواد التي تنتمي إلى المستويات الأربعة المحددة لتصنيف المصنف. ابحث في قاعدة البيانات عن جميع صحائف الوقائع والأساليب عن طريق إجراء قائمة طرق وبحث في صحيفة الوقائع. بمجرد تحميل جدول النتائج، استخدم حقول الإدخال في أعلى كل عمود لتصفية البيانات حسب حقول محددة. لإجراء بحث طيف كتلي ، أدخل نطاقا كتليا للمادة المستهدفة في Daltons ، جنبا إلى جنب مع هامش خطأ إما في Daltons أو أجزاء في المليون. قم بتعيين قيمة النافذة لتشابه الذروة إلى 0.05 دالتون. حدد منهجية ، إما كروماتوغرافيا الغاز - قياس الطيف الكتلي أو الكروماتوغرافيا السائلة - قياس الطيف الكتلي. أدخل طيف الكتلة كقائمة بأزواج الكتلة إلى الشحن والشدة. بعد الانتهاء من جميع الحقول، انقر فوق الزر بحث لاسترداد قائمة بتطابقات الطيف الكتلي من قاعدة البيانات بناء على الطيف الذي يوفره المستخدم. حدد صفا في الجدول الناتج للعرض الطيفي. الآن ، لتصور تصنيف الاستخدام الوظيفي ، استخدم حقل البحث في الفئات للبحث في قائمة فئات الاستخدام الوظيفي. مرر مؤشر الماوس فوق اسم الفئة في القائمة لتمييز العقدة المقابلة في الرسم البياني. إذا كنت تستكشف الرسم البياني مباشرة ، فقم بالتمرير فوق عقدة لعرض وصف موجز للفئة وتمييز أي فئات أصل أو فرعية مباشرة لتلك العقدة. يتم تقديم قطعة أرض ثلاثية للتربة تصنف أنواع الملمس بناء على نسب الطين والطمي والرمل مع المناطق المسماة ، مثل الطين والطمي والطميية الرملية ، هنا. مكنت أداة التصنيف هذه مستخدمي AMOS من ربط أنواع نسيج التربة بصحائف الوقائع ذات الصلة والطرق التحليلية والأطياف التجريبية ، مما يسهل سير العمل الفعال من البيانات التركيبية إلى عمليات البحث عن المواد المستهدفة بناء على التصنيفات الوظيفية.