Name: تحليل R سهل الاستخدام وقوي لمجموعات البيانات واسعة النطاق (فيديو) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-04T13:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 56 s
Description: تعلم تحليل بيانات السلاسل الزمنية واسعة النطاق باستخدام RStudio. يتيح هذا البروتوكول سهولة الاستخدام للباحثين المبتدئين لإجراء تحليلات إحصائية قوية لدراسات الساعة الدائرية ورد الفعل المناعي في النباتات.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Yamazaki, S., Takahashi, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+luminescence+reporting+of+circadian+gene+expression+in+mammals%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Real-time luminescence reporting of circadian gene expression in mammals.</a> Methods Enzymol. 393 (10), 288-301 (2005).</li>
<li>McClung, C. R., Xie, Q. Measurement of luciferase rhythms in plant circadian networks. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMcClung%2C+CR+%22Circadian+Networks%22">Circadian Networks</a>. Staiger, D. , Springer. New York. 1-11 (2014).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22El+Temps%22">El Temps</a>. , Barcelona. (2020).</li>
<li>Abhilash, L., Sheeba, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RhythmicAlly%3A+Your+R+and+Shiny-based+open-source+ally+for+the+analysis+of+biological+rhythms%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Rhythms%22%5BJournal%5D)">RhythmicAlly: Your R and Shiny-based open-source ally for the analysis of biological rhythms.</a> J Biol Rhythms. 34 (5), 551-561 (2019).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22CAT%3A+Chronomics+Analysis+Toolkit%22">CAT: Chronomics Analysis Toolkit</a>. , University of Minnesota. (2013).</li>
<li>Geissmann, Q., Garcia Rodriguez, L., Beckwith, E. J., Gilestro, G. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rethomics%3A+An+R+framework+to+analyse+high-throughput+behavioural+data%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rethomics: An R framework to analyse high-throughput behavioural data.</a> PLoS One. 14 (1), e0209331(2019).</li>
<li>ShinyR-DAM. v.3. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22GNU+General+Public+License%22">GNU General Public License</a>. , (2007).</li>
<li>Zielinski, T., Moore, A. M., Troup, E., Halliday, K. J., Millar, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Strengths+and+limitations+of+period+estimation+methods+for+circadian+data%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Strengths and limitations of period estimation methods for circadian data.</a> PLoS One. 9 (5), e96462(2014).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22RStudio%3A+Integrated+Development+for+R%22">RStudio: Integrated Development for R</a>. , Boston, MA. (2020).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22R%3A+A+Language+and+Environment+for+Statistical+Computing.%C2%A0v.4.0.2%22">R: A Language and Environment for Statistical Computing. v.4.0.2</a>. , Vienna, Austria. (2020).</li>
<li>Wu, G., Anafi, R. C., Hughes, M. E., Kornacker, K., Hogenesch, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MetaCycle%3A+An+integrated+R+package+to+evaluate+periodicity+in+large+scale+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">MetaCycle: An integrated R package to evaluate periodicity in large scale data.</a> Bioinformatics. 32 (21), 3351-3353 (2016).</li>
<li>Yang, R., Su, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+circadian+expression+data+by+harmonic+regression+based+on+autoregressive+spectral+estimation%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Analyzing circadian expression data by harmonic regression based on autoregressive spectral estimation.</a> Bioinformatics. 26 (12), i168-i174 (2010).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22ggplot2%3A+Elegant+Graphics+for+Data+Analysis%22">ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis</a>. , Springer-Verlag. New York. (2016).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22dplyr%3A+A+Grammar+of+Data+Manipulation%22">dplyr: A Grammar of Data Manipulation</a>. v.1.0.2, (2020).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22magrittr%3A+A+Forward-Pipe+Operator+for+R%22">magrittr: A Forward-Pipe Operator for R</a>. v.2.0.3, (2022).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22stringr%3A+Simple%2C+Consistent+Wrappers+for+Common+String+Operations%22">stringr: Simple, Consistent Wrappers for Common String Operations</a>. v.1.4.0, (2019).</li>
<li>filesstrings: An R Package for File and String Manipulation. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22J+Open+Source+Softw%22">J Open Source Softw</a>. , (2017).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22R+package+%27circular%27%3A+Circular+Statistics%22">R package 'circular': Circular Statistics</a>. v.0.4-95, (2022).</li>
<li>Mazerolle, M. J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aMazerolle%2C+MJ+%22AICcmodavg%3A+Model+Selection+and+Multimodel+Inference+Based+on+%28Q%29AIC%28c%29%22">AICcmodavg: Model Selection and Multimodel Inference Based on (Q)AIC(c)</a>. , (2023).</li>
<li>broom: Convert Statistical Objects into Tidy Tibbles. , 
 <a target="_blank" href="https://CRAN.R-project.org/package=broom">https://CRAN.R-project.org/package=broom</a> (2023).</li>
<li>Gao, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circadian+regulation+of+the+GLYCINE-RICH+RNA-BINDING+PROTEIN+gene+by+the+master+clock+protein+CIRCADIAN+CLOCK-ASSOCIATED+1+is+important+for+plant+innate+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Circadian regulation of the GLYCINE-RICH RNA-BINDING PROTEIN gene by the master clock protein CIRCADIAN CLOCK-ASSOCIATED 1 is important for plant innate immunity.</a> J Exp Bot. 74 (3), 991-1003 (2023).</li>
<li>Gao, M., Zhang, C., Lu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coronatine+is+more+potent+than+jasmonates+in+regulating+clock%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Coronatine is more potent than jasmonates in regulating clock.</a> Sci Rep. 10 (1), 12862(2020).</li>
<li>Zhang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((LUX+ARRHYTHMO+mediates+crosstalk+between+the+circadian+clock+and+defense+in+Commun%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">LUX ARRHYTHMO mediates crosstalk between the circadian clock and defense in Commun.</a> Nat Commun. 10 (1), 2543(2019).</li>
<li>Straume, M., Frasier-Cadoret, S. G., Johnson, M. L. Least squares analysis of fluorescence data. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aStraume%2C+M+%22Topics+in+Fluorescence+Spectroscopy%22">Topics in Fluorescence Spectroscopy</a>. 2, Plenum. 117-240 (1991).</li>
<li>Cal-Kayitmazbatir, S., Francey, L. J., Lee, Y., Liu, A. C., Hogenesch, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PSMD11+modulates+circadian+clock+function+through+PER+and+CRY+nuclear+translocation%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">PSMD11 modulates circadian clock function through PER and CRY nuclear translocation.</a> PLoS One. 18 (3), e0283463(2023).</li>
<li>Zhang, E. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+genome-wide+RNAi+screen+for+modifiers+of+the+circadian+clock+in+human+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A genome-wide RNAi screen for modifiers of the circadian clock in human cells.</a> Cell. 139 (1), 199-210 (2009).</li>
<li>Baggs, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Network+features+of+the+mammalian+circadian+clock%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">Network features of the mammalian circadian clock.</a> PLoS Biol. 7 (3), e52(2009).</li>
<li>Zipfel, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+disease+resistance+in+Arabidopsis+through+flagellin+perception%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Bacterial disease resistance in Arabidopsis through flagellin perception.</a> Nature. 428 (6984), 764-767 (2004).</li>
<li>Kunze, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+N+terminus+of+bacterial+elongation+factor+Tu+elicits+innate+immunity+in+Arabidopsis+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The N terminus of bacterial elongation factor Tu elicits innate immunity in Arabidopsis plants.</a> Plant Cell. 16 (12), 3496-3507 (2004).</li>
<li>Fabian, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+flowering+time+regulator+FLK+controls+pathogen+defense+in+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiol%22%5BJournal%5D)">The flowering time regulator FLK controls pathogen defense in Arabidopsis thaliana.</a> Plant Physiol. 191 (4), 2461-2474 (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>R</td><td>مشروع R</td><td><a href="https://www.r-project.org/">https://www.r-project.org/&nbsp; </أ></td><td>منصة مجانية ومفتوحة المصدر يمكن تنزيلها من الإنترنت واستخدامها في البرمجة، خاصة في الإحصاءات.</td></tr><tr><td>Rstudio</td><td>برنامج الوضع</td><td><a href="https://posit.co/download/rstudio-desktop/">https://posit.co/download/rstudio-desktop/&nbsp; </أ></td><td>برنامج مجاني يمكن تحميله من الإنترنت للوصول بسهولة أكبر إلى R.</td></tr><tr><td>ميتاسايكل</td><td>غانغ وو، كزافييه لي، ماثيو كارلوتشي، رون أنافي، مايكل هيوز، كارل كورناكر، وجون هوغينيش</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/MetaCycle/vignettes/implementation.html">https://cran.r-project.org/web/packages/MetaCycle/vignettes/implementation.html&nbsp; </أ></td><td>تستخدم خوارزمية ARSER في حزمة MetaCycle لتقييم معلمات الساعة، والدورة، والطور، والسعة.</td></tr><tr><td>ggplot2</td><td>برنامج الوضع</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/index.html&nbsp; </أ></td><td>ينشئ تصورات بيانات، خاصة للرسومات الإحصائية.</td></tr><tr><td>dplyr</td><td>برنامج الوضع</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/dplyr/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/dplyr/index.html&nbsp; </أ></td><td>مكتبة R أساسية للتلاعب الفعال بالبيانات.</td></tr><tr><td>ماغريتر</td><td>برنامج الوضع</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/magrittr/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/magrittr/index.html&nbsp; </أ></td><td>يوفر مجموعة من المشغلين لتعزيز قابلية قراءة الكود وتسهيل تدفق عمليات البيانات بشكل أكثر طبيعية.</td></tr><tr><td>سترينجر</td><td>برنامج الوضع</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/stringr/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/stringr/index.html&nbsp; </أ></td><td>يوفر مجموعة دوال متسقة وبسيطة وسهلة الاستخدام للعمل مع سلاسل الحروف.</td></tr><tr><td>سلاسل الملفات</td><td>روري نولان وسيرجي باديلا-بارا</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/filesstrings/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/filesstrings/index.html&nbsp; </أ></td><td>يوفر وظائف مريحة للتلاعب بالملفات والسلاسل النصية، خصوصا تلك المتعلقة بأسماء الملفات والمسارات.</td></tr><tr><td>دائرة</td><td>أولريك لوند، كلاوديو أغوستينيلي، هيرويوشي أراي، أليساندو غالياردي، إدواردو غارك&ياكوتي؛ أ-برتغالي وحاد؛ س، ديميتري جيونكي، جان-أوليفييه إيريسون، ماثيو بوتشيرنيش، وفيديريكو روتولو</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/circular/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/circular/index.html&nbsp; </أ></td><td>يوفر التحليل الإحصائي وتمثيل الرسوم البيانية للبيانات الدائرية.</td></tr><tr><td>AICcmodavg</td><td>مارك جيه. مازيرول</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/AICcmodavg/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/AICcmodavg/index.html&nbsp; </أ></td><td>ينشئ جداول اختيار النماذج بناء على معيار معلومات أكايكي (AIC) والمعلومات ذات الصلة.</td></tr><tr><td>المكنسة</td><td>برنامج الوضع</td><td><a href="https://cran.r-project.org/web/packages/broom/index.html">https://cran.r-project.org/web/packages/broom/index.html&nbsp; </أ></td><td>يحول مخرجات النماذج الإحصائية والكائنات المختلفة إلى "تيبلز" (تنسيق إطارات بيانات حديث)، مما يسهل العمل معها وتحليلها وتصور نتائج النموذج.</td></tr><tr><td>آلة الأوتوكلاف</td><td>ستيريس أمسكو إيجل سينشري SG120 ساينتفيك، إنك.</td><td>8901400012</td><td>وسائط الأوتوكلاف</td></tr><tr><td>غطاء بخار كيميائي</td><td>تصميم المختبر والمختبر الإمداد&nbsp;</td><td></td><td>تعقيم البذور</td></tr><tr><td>قارئ أوميغا للوهج &nbsp;</td><td>شركة بي إم جي لاب تيك، إنك.</td><td></td><td>قارئ الألواح</td></tr><tr><td>خزانة التدفق الطبقي</td><td>نوآير نو-408FM-400</td><td>الفئة الثانية/النوع A&nbsp;</td><td>نقل الشتلات إلى صفيحة بئر 96</td></tr><tr><td>الصفائح الصغيرة ذات 96 بئر</td><td>بيركين-إلمر</td><td>OptiPlate-96&nbsp;</td><td>زراعة الشتلات لاختبار لوسيفيراز</td></tr><tr><td>Flg22</td><td>GenScript Inc.</td><td>RP19986</td><td>مستهج من السوط البكتيري.</td></tr><tr><td>Elf26</td><td>شركة ألفا ديناجينيسيوم إنترناشونال.</td><td>2427</td><td>مستلهي من ترجمة بكتيرية عامل الإطالة-Tu.</td></tr><tr><td>دي-لوسيفيرين فايرفلاي، ملح البوتاسيوم</td><td>الكيمياء الحيوية والسينث علم الأحياء</td><td>L-8220</td><td>ركيزة لوسيفيراز</td></tr><tr><td>L-012 (لومينول)</td><td>فيشر ساينتيفك</td><td>NC0733364</td><td>كاشف اختبار ROS</td></tr></tbody></table>

تحليل r سهل الاستخدام وقوي لمجموعات البيانات واسعة النطاق

A User-friendly and Powerful R Analysis of Large-scale Datasets

تحليل R سهل الاستخدام وقوي لمجموعات البيانات واسعة النطاق

Large datasets are increasingly common in the scientific field. It is important to develop user-friendly tools to allow researchers to analyze these large ...

a-user-friendly-and-powerful-r-analysis-of-large-scale-datasets

Research

JoVE Journal

Biology

علم الأحياء

تحليلات بصرية (VA) هو نهج جديد من تحليل البيانات بشكل تفاعلي. في هذا الفيديو ، نناقش مشكلة الزائد البيانات الناتجة عن الإنتاجية العالية التجارب البيولوجية ، واقتراح VA كحل لمشكلة من هذا القبيل. شريط الفيديو يظهر تحليل داخل وبين مجموعات البيانات المناعية باستخدام أداة تسمى VA تابلوه.

تيسير تحليل البيانات مناعية مع التقنيات التحليلية البصرية

من خلال تشغيل أداة دراسة جمعية المسار (PAST) ، إما من خلال التطبيق اللامع أو من خلال وحدة التحكم R ، يمكن للباحثين اكتساب فهم أعمق للمعنى البيولوجي لنتائج دراسة الارتباط على نطاق الجينوم (GWAS) من خلال التحقيق في المسارات الأيضية المعنية.

أداة دراسة رابطة المسار لتحليل GWAS لمعلومات المسار الأيضي

DiCoExpress هي أداة قائمة على البرنامج النصي يتم تنفيذها في R لإجراء تحليل RNA-Seq من مراقبة الجودة إلى التعبير المشترك. يتعامل DiCoExpress مع التصميم الكامل وغير المتوازن حتى 2 من العوامل البيولوجية. يرشد هذا الفيديو التعليمي المستخدم من خلال الميزات المختلفة ل DiCoExpress.

تحليل تجارب الحمض النووي الريبي متعدد العوامل باستخدام DiCoExpress

توفر هذه المنصة الحسابية التحليلية إرشادات عملية لعلماء الأحياء الدقيقة وعلماء البيئة وعلماء الأوبئة المهتمين بعلم جينوم السكان البكتيري. وعلى وجه التحديد، أظهر العمل المعروض هنا كيفية القيام بما يلي: (أ) رسم الخرائط الموجهة بالسلالات للأنماط الجينية الهرمية؛ و (ب) رسم الخرائط الوراثية الهرمية الموجهة بالسلالات الوراثية؛ و (ج) رسم الخرائط الموجهة بالسلالات للأنماط الجينية الهرمية؛ و (ج) رسم الخرائط الوراثية الموجهة بالسلالات للأنماط ب) التحليل القائم على التردد للأنماط الوراثية؛ ج) تحليلات...

التعدين الإرشادي للأنماط الجينية الهرمية ومواقع الجينوم الملحقة في المجموعات البكتيرية

تم وصف إجراء لدراسة ديناميكيات استقلاب الحمض النووي للميتوكوندريا (mtDNA) في الخلايا باستخدام تنسيق لوحة متعددة الآبار والتصوير المناعي الآلي للكشف عن تخليق وتوزيع mtDNA وتحديده. يمكن استخدام هذا أيضا للتحقيق في آثار مثبطات مختلفة ، والضغوط الخلوية ، وإسكات الجينات على استقلاب mtDNA.

القياس الكمي عالي الإنتاجية القائم على الصور لتخليق وتوزيع الحمض النووي للميتوكوندريا

يوجه هذا البروتوكول المبتدئين في المعلوماتية الحيوية من خلال خط أنابيب تحليل CUT &amp;RUN التمهيدي الذي يمكن المستخدمين من إكمال التحليل الأولي والتحقق من صحة بيانات تسلسل CUT&amp;RUN. سيسمح إكمال خطوات التحليل الموضحة هنا ، جنبا إلى جنب مع التعليق التوضيحي للذروة النهائية ، للمستخدمين باستخلاص رؤى ميكانيكية لتنظيم الكروماتين.

التحليل التمهيدي والتحقق من صحة بيانات تسلسل CUT &#38;RUN

يتطلب التحليل الدقيق لبيانات الفحص المجهري متعدد الأبعاد تدفقات عمل معقدة. توضح هذه المقالة كيفية استخدام برنامج Cell-ACDC. إنه يستفيد من أحدث النماذج التي تعتمد على الذكاء الاصطناعي للتجزئة والتتبع وتحليل نسب الخلايا والقياس الكمي لبيانات الفحص المجهري. بشكل حاسم ، أنه يكمل هذه النماذج بإطار مبتكر للتصحيح شبه الآلي لمخرجات النماذج.

تحليل بيانات الفحص المجهري متعدد الأبعاد باستخدام Cell-ACDC

يسمح هذا البروتوكول بمراقبة الجودة الأولية لتجارب تسلسل الحمض النووي الريبي لعلماء الأحياء في المختبرات الرطبة ذوي الخبرة المحدودة في المعلوماتية الحيوية.

Rup (خط أنابيب تقييم قابلية الاستخدام RNA-seq) - مراقبة الجودة لتجارب تسلسل الحمض النووي الريبي السائبة في حقيقيات النوى

على نطاق واسع من شاشات مكتبات Metagenomic

الخلايا البطانية التي تشكل مستعمرة السلف (ECFCs) هي أداة واعدة لدراسة التوازن الأوعية الدموية والإصلاح.

العزلة وتوقعات بنمو كبير من الكبار الإنسان خلايا غشائي السلف تشكيل مستعمرة

تعلم تحليل بيانات السلاسل الزمنية واسعة النطاق باستخدام RStudio. يتيح هذا البروتوكول سهولة الاستخدام للباحثين المبتدئين لإجراء تحليلات إحصائية قوية لدراسات الساعة الدائرية ورد الفعل المناعي في النباتات.

تحليل R سهل الاستخدام وقوي لمجموعات البيانات واسعة النطاق

استكشف المزيد من الفيديوهات