Name: الوسم الأيضي للنسخ الناشئة في تكويث الأجنة المبكر لزينوبوس (فيديو) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-03-27T14:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 46 s
Description: اكتشف بروتوكول الوسم الأيضي للنسخ الناشئة في أجنة Xenopus laevis المبكرة. يتيح هذا الأسلوب تحليلًا دقيقًا لتفعيل الجينوم الزايجوتي أثناء التطور الجنيني المبكر.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Lee, M. T., Bonneau, A. R., Giraldez, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zygotic+genome+activation+during+the+maternal-to-zygotic+transition%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Zygotic genome activation during the maternal-to-zygotic transition.</a> Annu Rev Cell Dev Biol. 30, 581-613 (2014).</li>
<li>Jukam, D., Shariati, S. aM., Skotheim, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zygotic+genome+activation+in+vertebrates%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Zygotic genome activation in vertebrates.</a> Dev Cell. 42 (4), 316-332 (2017).</li>
<li>Vastenhouw, N. L., Cao, W. X., Lipshitz, H. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+maternal-to-zygotic+transition+revisited%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">The maternal-to-zygotic transition revisited.</a> Development. 146 (11), (2019).</li>
<li>Kojima, M. L., Hoppe, C., Giraldez, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+maternal-to-zygotic+transition%3A+Reprogramming+of+the+cytoplasm+and+nucleus%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">The maternal-to-zygotic transition: Reprogramming of the cytoplasm and nucleus.</a> Nat Rev Genet. 26 (4), 245-267 (2025).</li>
<li>Palfy, M., Joseph, S. R., Vastenhouw, N. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+timing+of+zygotic+genome+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Genet+Dev%22%5BJournal%5D)">The timing of zygotic genome activation.</a> Curr Opin Genet Dev. 43, 53-60 (2017).</li>
<li>Tadros, W., Lipshitz, H. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+maternal-to-zygotic+transition%3A+A+play+in+two+acts%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">The maternal-to-zygotic transition: A play in two acts.</a> Development. 136 (18), 3033-3042 (2009).</li>
<li>Schier, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+maternal-zygotic+transition%3A+Death+and+birth+of+rnas%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">The maternal-zygotic transition: Death and birth of rnas.</a> Science. 316 (5823), 406-407 (2007).</li>
<li>Chen, H., Good, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nascent+transcriptome+reveals+orchestration+of+zygotic+genome+activation+in+early+embryogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">Nascent transcriptome reveals orchestration of zygotic genome activation in early embryogenesis.</a> Curr Biol. 32 (19), 4314-4324.e7 (2022).</li>
<li>Chen, H., Einstein, L. C., Little, S. C., Good, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatiotemporal+patterning+of+zygotic+genome+activation+in+a+model+vertebrate+embryo%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Spatiotemporal patterning of zygotic genome activation in a model vertebrate embryo.</a> Dev Cell. 49 (6), 852-866.e7 (2019).</li>
<li>Chen, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantifying+nascent+transcription+in+early+embryogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Quantifying nascent transcription in early embryogenesis.</a> Methods Mol Biol. 2923, 143-162 (2025).</li>
<li>Heyn, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+earliest+transcribed+zygotic+genes+are+short%2C+newly+exmaved%2C+and+different+across+species%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">The earliest transcribed zygotic genes are short, newly exmaved, and different across species.</a> Cell Rep. 6 (2), 285-292 (2014).</li>
<li>Bhat, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Slamseq+resolves+the+kinetics+of+maternal+and+zygotic+gene+expression+during+early+zebrafish+embryogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Slamseq resolves the kinetics of maternal and zygotic gene expression during early zebrafish embryogenesis.</a> Cell Rep. 42 (2), 112070(2023).</li>
<li>Palozola, K. C., Donahue, G., Zaret, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Eu-rna-seq+for+in+vivo+labeling+and+high+throughput+sequencing+of+nascent+transcripts%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Eu-rna-seq for in vivo labeling and high throughput sequencing of nascent transcripts.</a> STAR Protoc. 2 (3), 100651(2021).</li>
<li>Kwasnieski, J. C., Orr-Weaver, T. L., Bartel, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Early+genome+activation+in+drosophila+is+extensive+with+an+initial+tendency+for+aborted+transcripts+and+retained+introns%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Early genome activation in drosophila is extensive with an initial tendency for aborted transcripts and retained introns.</a> Genome Res. 29 (7), 1188-1197 (2019).</li>
<li>Chan, S. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Brd4+and+p300+confer+transcriptional+competency+during+zygotic+genome+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Brd4 and p300 confer transcriptional competency during zygotic genome activation.</a> Dev Cell. 49 (6), 867-881.e8 (2019).</li>
<li>Sive, H. L., Grainger, R. M., Harland, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Xenopus+laevis+in+vitro+fertilization+and+natural+mating+methods%5BTitle%5D)+AND+%22CSH+Protoc%22%5BJournal%5D)">Xenopus laevis in vitro fertilization and natural mating methods.</a> CSH Protoc. , (2007).</li>
<li>Patro, R., Duggal, G., Love, M. I., Irizarry, R. A., Kingsford, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Salmon+provides+fast+and+bias-aware+quantification+of+transcript+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression.</a> Nat Methods. 14 (4), 417-419 (2017).</li>
<li>Love, M. I., Huber, W., Anders, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Moderated+estimation+of+fold+change+and+dispersion+for+rna-seq+data+with+deseq2%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Moderated estimation of fold change and dispersion for rna-seq data with deseq2.</a> Genome Biol. 15 (12), 550(2014).</li>
<li>Dobin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrafast+universal+rna-seq+aligner%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Ultrafast universal rna-seq aligner.</a> Bioinformatics. 29 (1), 15-21 (2013).</li>
<li>Chen, H., Good, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Imaging+nascent+transcription+in+wholemount+vertebrate+embryos+to+characterize+zygotic+genome+activation%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Imaging nascent transcription in wholemount vertebrate embryos to characterize zygotic genome activation.</a> Methods Enzymol. 638, 139-165 (2020).</li>
<li>Ma, S., Hong, Y., Chen, J., Xu, J., Shen, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+nascent+transcription+reveals+sparse+genome+usage+and+plasticity%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Single-cell nascent transcription reveals sparse genome usage and plasticity.</a> Cell. 188 (24), 6873-6891.e23 (2025).</li>
<li>Battich, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sequencing+metabolically+labeled+transcripts+in+single+cells+reveals+mrna+turnover+strategies%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Sequencing metabolically labeled transcripts in single cells reveals mrna turnover strategies.</a> Science. 367 (6482), 1151-1156 (2020).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>&gt; ماكينة PUPM Microinjectionor</td><td>وورلد بريسيجن إنسترومنتس</td><td>UPUMP</td><td>للحقن الدقيق (الحقن الدقيق بالضغط)</td></tr><tr><td>5-إثينيل يوريدين</td><td>ثيرمو فيشر العلمي</td><td>E10345</td><td>للحقن الدقيق (وضع علامات على الخطوط الناشئة)</td></tr><tr><td>المجاهر الستيريو ACCU-SCOPE 3075 زووم</td><td>VWR</td><td>470351-130</td><td>للحقن الدقيق (رؤية الأجنة)</td></tr><tr><td>أسيتات الأمونيوم</td><td>سيغما-ألدرتش</td><td>A2706</td><td>بالنسبة لترسيب الحمض النووي الريبي</td></tr><tr><td>حمض الأسكوربيك</td><td>سيغما-ألدرتش</td><td>A7506</td><td>للضغط على رد الفعل</td></tr><tr><td>شعيرات زجاج البوروسيليكات</td><td>وورلد بريسيجن إنسترومنتس</td><td>TW100-4</td><td>للحقن الدقيق (صنع إبر زجاجية)</td></tr><tr><td>الطرد المركزي</td><td>إبندورف</td><td>5425R</td><td>للطرد المركزي</td></tr><tr><td>مجموعة التقاط الحمض النووي الريبي الناشئ Click-iT</td><td>ثيرمو فيشر العلمي</td><td>C10365</td><td>لبيوتنيل وتنقية الحمض النووي الريبي الناشئ</td></tr><tr><td>CuSO4</td><td>سيغما-ألدرتش</td><td>61230</td><td>للضغط على رد الفعل</td></tr><tr><td>DNase I</td><td>روش ديسجنوستيكس</td><td>4716728001</td><td>لاستخراج الحمض النووي الريبي</td></tr><tr><td>فيكول 400</td><td>سيغما-ألدرتش</td><td>GE17-0300-10</td><td>للحقن الدقيق (حضانة الأجنة)</td></tr><tr><td>طبق بتري زجاجي (60 مم)</td><td>VWR</td><td>75845-542</td><td>للتخصيب</td></tr><tr><td>الجليكوجين</td><td>ثيرمو فيشر العلمي</td><td>AM9510</td><td>بالنسبة لترسيب الحمض النووي الريبي</td></tr><tr><td>زيت هالوكربون 27</td><td>سيغما-ألدرتش</td><td>H8773</td><td>للحقن الدقيق (معايرة حجم الحقن)</td></tr><tr><td>إل-سيستين</td><td>سيغما-ألدرتش</td><td>168149</td><td>لإزالة الأجنة</td></tr><tr><td>نصائح المكرولودر</td><td>كاليبر ساينتيفك</td><td>EPE-5242956003</td><td>للحقن الدقيق (تحميل 5-EU في إبرة الزجاج)</td></tr><tr><td>مجموعة الكم في مكتبة NEBNext للعبة Illumina</td><td>NEB</td><td>E7630</td><td>لقياس المكتبات</td></tr><tr><td>NSQ 500/550 Hi Output KT v2.5 (75 CYS)</td><td>إلومينا</td><td>20024906</td><td>للتسلسل</td></tr><tr><td>فلورومتر كوبي فليكس</td><td>ثيرمو فيشر العلمي</td><td>س33327</td><td>لقياس تركيز الحمض النووي الريبي</td></tr><tr><td>مجموعة ربط الحمض النووي الريبي الكيوبت HS</td><td>ثيرمو فيشر العلمي</td><td>س32852</td><td>لقياس تركيز الحمض النووي الريبي</td></tr><tr><td>مجموعة RNeasy الصغيرة</td><td>تشياغن</td><td>74104</td><td>لاستخراج الحمض النووي الريبي</td></tr><tr><td>ميكرومتر المرحلة</td><td>علم وارد</td><td>470175-914</td><td>للحقن الدقيق (معايرة حجم الحقن)</td></tr><tr><td>تسلسل RNA شامل مع NuQuant</td><td>NuGEN</td><td>0364</td><td>للتحضير للمكتبة</td></tr></tbody></table>

الوسم الأيضي للنسخ الناشئة في تكويث الأجنة المبكر لزينوبوس

Metabolic Labeling of the Nascent Transcriptome in Xenopus Early Embryogenesis

Early embryogenesis requires new transcription of zygotic genes from the initially dormant zygotic genome after fertilization. A major challenge has been ...

metabolic-labeling-nascent-transcriptome-xenopus-early

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

علم الأحياء النمائي

القيطم ظهائر الجنينية هي نموذج مثالي لنظام دراسة سلوكيات الخلية مثل التنمية وتغير شكل القطبية خلال التشكل الظهارة. ويتزايد الأنسجة التقليدية لعينات محددة يجري استكمالها التصوير الخلية الحية مبائر. هنا نظهر طرق لعزل الأنسجة الضفادع وتصور الخلايا الظهارية العيش والهيكل الخلوي وذلك باستخدام الخلايا الحية المجهري متحد البؤر.

تعيش خلية التصوير والتحليل الكمي من الخلايا الظهارية في الجنينية القيطم المورق</em

يوصف أسلوب النقر على الكيمياء التي تسمح لوضع العلامات وسريع موسع ، وقوية من آلكاين الموسومة glycans في الأجنة الزرد. وقد التقط glycans Fucosylated في طبقة التغليف الأجنة الزرد في مرحلة تكون المعيدة في وقت متأخر من هذه الدراسة.

Glycans التصوير في الأجنة التي وصفها اسماك الزرد الاستقلابية والكيمياء Bioorthogonal انقر

يوفر مجموع RNA الخلوية قالب الفقيرة لدراسة التغيرات قصيرة الأجل في تخليق الحمض النووي الريبي والاضمحلال وكذلك حركية معالجة RNA. هنا، نحن تصف وضع العلامات الأيضية من الحمض النووي الريبي المحولة حديثا مع 4 thiouridine تليها biotinylation ثيول محددة وتنقية RNA المحولة حديثا السماح للتغلب على هذه القيود.

وصفها الأيضية من الحمض النووي الريبي كتب حديثا للدقة عالية التنميط التعبير الجيني من تخليق الحمض النووي الريبي، ومعالجة تسوس في خلية ثقافة

مسألة كيفية المنظمين والدول لونين لونين تؤثر على الجينوم في الجسم الحي هو المفتاح لفهمنا لكيفية اتخاذ القرارات في وقت مبكر مصير الخلايا في الجنين النامية. رقاقة تسلسل-النهج الأكثر شعبية للتحقيق ميزات الكروماتين في-والمستوى العالمي المبينة هنا للأجنة القيطم.

لقطة على نطاق الجينوم من المنظمين لونين والدول في<em&gt; القيطم</em&gt; الأجنة عن طريق رقاقة تسلسل

يصف لنا منصة تحليل الحمض النووي الريبي نقل الأصلي المسمى بقعة (منهاج مبسط لمراقبة الحمض الريبي النووي النقال). بقعة في الوقت ذاته تدابير الخلوية مستويات ترنس جميع العينات البيولوجية وفي ثلاث خطوات فقط، وفي أقل من 24 ساعة.

وسم الأيضية والتنميط لنقل الكشف باستخدام ماكروارايس

ونحن تصف الخطوات التي تمكن بسرعة في الموقع لأخذ العينات من جزء صغير من خلية مفردة بدقة عالية وغزو الحد الأدنى باستخدام المستندة إلى الشعرية الصغرى-أخذ العينات، تيسيرا لتوصيف المواد الكيميائية للقطة نشاط الأيضي في ويعيش الأجنة باستخدام خلية واحدة مبنية خصيصا التفريد الشعرية ومنصة الكتلي.

ميكروبروبي الشعرية التفريد قياس الطيف الكتلي لجميع الخلايا المفردة في أجنة "الضفادع يعيش" (ليفيس النمو)

البروتوكول هو موضح هنا يستند إلى التحديد الكمي للمركب حديثا مرناً تنقيته من خلايا الخميرة المسمى مع 4-ثيوراسيل على نطاق الجينوم. هذا الأسلوب يسمح بقياس توليف مرناً فصل من تسوس مرناً، ويوفر بالتالي، قياس دقيق للحمض النووي الريبي بوليميراز الثاني النسخ.

Saccharomyces cerevisiae الأيضية وسم مع 4-ثيوراسيل والتحديد الكمي حديثا توليفها مرناً كوكيل للنشاط الثاني رنا بوليميراز

نقدم بروتوكولًا من جزئين يجمع بين تصوير الكالسيوم الفلوري مع التهجين في الموقع ، مما يسمح للمجرب بربط أنماط نشاط الكالسيوم بملفات تعريف التعبير الجيني على مستوى خلية واحدة.

تصوير الكالسيوم الفلوري والتهجين في الموقع اللاحق لتوصيف السلائف العصبية في زينوبوس laevis

نصف هنا توصيفا بروتينيا قائما على قياس الطيف الكتلي لسلالات الخلايا ذات مصائر الأنسجة المعروفة في جنين الفقاريات Xenopus laevis .

البروتيوميات قياس الطيف الكتلي الموجه بسلالة الخلية في الجنين النامي (الضفدع)

نحن نصف طرقا لتصور النسخ الناشئ أثناء تنشيط الجينوم الزوجوي في الخلايا الفردية خلال التطور الجنيني المبكر.

تصور تنشيط الجينوم الزيجوي في الخلايا المفردة للأجنة المبكرة

اكتشف بروتوكول الوسم الأيضي للنسخ الناشئة في أجنة Xenopus laevis المبكرة. يتيح هذا الأسلوب تحليلًا دقيقًا لتفعيل الجينوم الزايجوتي أثناء التطور الجنيني المبكر.

الوسم الأيضي للنسخ الناشئة في تكويث الأجنة المبكر لزينوبوس

استكشف المزيد من الفيديوهات