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Primer Extension Capture: Targeted Sequence Retrieval from Heavily Degraded DNA Sources

We present a method of targeted DNA sequence retrieval from DNA sources which are heavily degraded and contaminated with microbial DNA, as is typical of ...

Max-Planck Institute for Evolutionary Anthropology, Leipzig

454 &#x9AD8;&#x901A;&#x91CF; DNA &#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x5141;&#x8BB8;&#x66F4;&#x5FEB;&#x548C;&#x66F4;&#x5177;&#x6210;&#x672C;&#x6548;&#x76CA;&#x6BD4;&#x4F20;&#x7EDF;&#x7684; Sanger &#x6D4B;&#x5E8F;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x6280;&#x672F;&#x56FA;&#x6709;&#x9650;&#x5236;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5E76;&#x884C;&#x5904;&#x7406;&#x7684;&#x6837;&#x672C;&#x6570;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x5E76;&#x884C;&#x6807;&#x8BB0;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217; (PTS)&#xFF0C;&#x4E00;&#x79CD;&#x7B80;&#x5355;&#x3001; &#x5EC9;&#x4EF7;&#x3001; &#x7075;&#x6D3B;&#x7684;&#x6761;&#x7801;&#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x53EF;&#x7528;&#x4E8E;&#x5E76;&#x884C;&#x5E8F;&#x5217;&#x4EFB;&#x4F55;&#x6570;&#x76EE;&#x548C;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x53CC;&#x94FE;&#x8131;&#x6C27;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x9178;&#x6837;&#x672C;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BC1;&#x660E;&#x8B66;&#x6821;&#x7279;&#x522B;&#x5F3A;&#x5927;&#x7684;&#x8FDE;&#x7EED;&#x7684; DNA &#x7247;&#x6BB5;&#xFF0C;&#x5982;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#xFF1A; &#x7406;&#x8BBA;&#x4E0A;&#x591A;&#x8FBE; 250 &#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269;&#x7684;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5728;&#x8FD0;&#x884C;&#x5355;&#x4E2A; GS FLX &#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;&#x8B66;&#x6821;&#x5927;&#x5927;&#x63D0;&#x9AD8;&#x4E86;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x4E2D;&#x5E76;&#x884C;&#x7684;&#x6837;&#x672C;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x5145;&#x5206;&#x8C03;&#x52A8; 454 &#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x8D44;&#x6E90;&#xFF0C;&#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x7684;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;

&#x76EE;&#x6807;&#x6807;&#x8BB0;&#x7684;&#x6838;&#x9178;&#x6837;&#x54C1;&#x7684;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;

High-throughput 454 DNA sequencing technology allows much faster and more cost-effective sequencing than traditional Sanger sequencing. However, the technology imposes inherent limitations on the number of samples that can be processed in parallel. Here we introduce parallel tagged sequencing (PTS), a simple, inexpensive and flexible barcoding technique that can be used for parallel sequencing any number and type of double-stranded nucleic acid samples. We demonstrate that PTS is particularly powerful for sequencing contiguous DNA fragments such as mtDNA genomes: in theory as many as 250 mammalian mtDNA genomes can be sequenced in a single GS FLX run. PTS dramatically increases the sequencing throughput of samples in parallel and thus fully mobilizes the resources of the 454 technology for targeted sequencing.

Targeted high-throughput sequencing of tagged nucleic acid samples.

Technologie de s&eacute;quen&ccedil;age de l&#39;ADN High-throughput 454 permet beaucoup plus rapide et plus rentable de s&eacute;quen&ccedil;age que Sanger traditionnel de s&eacute;quen&ccedil;age. Cependant, la technologie impose des limitations intrins&egrave;ques sur le nombre d&#39;&eacute;chantillons qui peuvent &ecirc;tre trait&eacute;es en parall&egrave;le. Ici, nous introduisons s&eacute;quen&ccedil;age Tagg&eacute; parall&egrave;le (PTS), une technique de codage &agrave; barres simple, flexible et &eacute;conomique qui peut &ecirc;tre utilis&eacute; pour parall&egrave;le s&eacute;quen&ccedil;age n&#39;importe quel nombre et le type d&#39;acide nucl&eacute;ique bicat&eacute;naire &eacute;chantillons. Nous d&eacute;montrons que la PTS est particuli&egrave;rement puissant pour le s&eacute;quen&ccedil;age des fragments d&#39;ADN contigus tels que les g&eacute;nomes de l&#39;ADNmt : en th&eacute;orie autant que 250 g&eacute;nomes de mammif&egrave;res ADNmt peuvent &ecirc;tre s&eacute;quenc&eacute;s dans un seul FLX GS ex&eacute;cuter. PTS augmente consid&eacute;rablement le d&eacute;bit du s&eacute;quen&ccedil;age des &eacute;chantillons en parall&egrave;le et donc enti&egrave;rement mobilise les ressources de la technologie 454 cibl&eacute;e de s&eacute;quen&ccedil;age.

Cibl&eacute;es de s&eacute;quen&ccedil;age haut d&eacute;bit d&#39;&eacute;chantillons marqu&eacute;s des acides nucl&eacute;iques.

Hochdurchsatz-454-DNA-Sequenzierung-Technologie erm&ouml;glicht wesentlich schnellere und kosteng&uuml;nstigere Sequenzierung als traditionelle Sanger-Sequenzierung. Jedoch erlegt die Technologie inh&auml;rente Beschr&auml;nkungen f&uuml;r die Anzahl der Samples, die parallel verarbeitet werden k&ouml;nnen. Hier stellen wir parallel markierte Sequenzierung (PTS), eine einfache, kosteng&uuml;nstige und flexible Barcoding-Technik, die f&uuml;r die parallele, die Sequenzierung beliebiger Anzahl und Typ von Double-Stranded Nukleins&auml;ure-Proben verwendet werden kann. Wir zeigen, dass PTS besonders stark f&uuml;r die Sequenzierung von zusammenh&auml;ngenden DNA-Fragmente wie MtDNA Genome ist: theoretisch mehr als 250 S&auml;ugetier-MtDNA-Genome in einer einzigen GS FLX f&uuml;hren sequenziert werden k&ouml;nnen. PTS drastisch erh&ouml;ht den Durchsatz der Sequenzierung von Proben parallel und somit voll mobilisiert die Ressourcen der 454 Technologie f&uuml;r gezielte Sequenzierung.

Gezielte Hochdurchsatz-Sequenzierung markierte Nukleins&auml;ure-Proben.

Tecnologia di sequenziamento del DNA high-throughput 454 permette molto pi&ugrave; veloce e pi&ugrave; conveniente sequenziamento di Sanger tradizionale sequenziamento. Tuttavia, la tecnologia impone limitazioni inerenti al numero di campioni che possono essere elaborate in parallelo. Qui presentiamo parallelo tagged sequenziamento (PTS), una tecnica di codifica a barre semplice, economico e flessibile che pu&ograve; essere utilizzato per parallelo sequenziamento qualsiasi numero e tipo di acido nucleico double-stranded campioni. Dimostriamo che PTS &egrave; particolarmente potente per la sequenziazione di frammenti di DNA contigui quali genomi mtDNA: in teoria possono essere sequenziati altretanto come 250 genomi dei mammiferi del mtDNA in un singolo GS FLX eseguire. PTS aumenta drammaticamente la velocit&agrave; effettiva di sequenziamento dei campioni in parallelo e cos&igrave; completamente mobilita le risorse della tecnologia 454 per mirati sequenziamento.

Sequenziamento high-throughput mirato di campioni contrassegnati dell&#39;acido nucleico.

454 &#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6280;&#x8853;&#x306F;&#x3088;&#x308A;&#x901F;&#x304F;&#x3088;&#x308A;&#x4F4E;&#x30B3;&#x30B9;&#x30C8;&#x3088;&#x308A;&#x4F1D;&#x7D71;&#x7684;&#x306A;&#x30B5;&#x30F3;&#x30AC;&#x30FC;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x6280;&#x8853;&#x306F;&#x4E26;&#x5217;&#x3067;&#x51E6;&#x7406;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x6570;&#x306E;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x5236;&#x9650;&#x3092;&#x8AB2;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x4E26;&#x5217;&#x30BF;&#x30B0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; (PTS)&#x3001;&#x4EFB;&#x610F;&#x306E;&#x6570;&#x3068;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x306E;&#x4E8C;&#x91CD;&#x9396;&#x6838;&#x9178;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x51E6;&#x7406;&#x4E26;&#x5217; for &#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x5358;&#x7D14;&#x306A;&#x5B89;&#x4FA1;&#x3067;&#x67D4;&#x8EDF;&#x306A;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x6280;&#x8853;&#x3092;&#x7D39;&#x4ECB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;&#x3001;PTS &#x304C; mtDNA &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x9023;&#x7D9A;&#x3059;&#x308B; DNA &#x306E;&#x30D5;&#x30E9;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x51E6;&#x7406;&#x306F;&#x7279;&#x306B;&#x5F37;&#x529B;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;: &#x7406;&#x8AD6;&#x7684;&#x306B;&#x306F;&#x5B9F;&#x884C;&#x3092;&#x5358;&#x4E00;&#x306E; GS FLX &#x3067; 250 &#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x54FA;&#x4E73;&#x985E;&#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;PTS &#x306F;&#x4E26;&#x5217;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x51E6;&#x7406;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x5287;&#x7684;&#x306B;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x3046;&#x3057;&#x3066;&#x5B8C;&#x5168;&#x306B; 454 &#x6280;&#x8853;&#x30EA;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x51E6;&#x7406;&#x3092;&#x5BFE;&#x8C61;&#x3068;&#x3057;&#x305F;&#x52D5;&#x54E1;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30BF;&#x30B0;&#x6838;&#x9178;&#x8A66;&#x6599;&#x306E;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; 454 DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xC220;&#xC740; &#xD6E8;&#xC52C; &#xBE60;&#xB974;&#xACE0; &#xACBD;&#xC81C;&#xC801;&#xC778; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xC804;&#xD1B5;&#xC801;&#xC778; Sanger &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xAE30;&#xC220;&#xC740; &#xBCD1;&#xB82C;&#xB85C; &#xCC98;&#xB9AC;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC0D8;&#xD50C; &#xC218;&#xC5D0; &#xB0B4;&#xC7AC; &#xB41C; &#xD55C;&#xACC4;&#xB97C; &#xBD80;&#xACFC;. &#xBCD1;&#xB82C; &#xD0DC;&#xADF8; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; (&#xC810;), &#xBCD1;&#xB82C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC5B4;&#xB5A4; &#xC218;&#xC640; &#xC774;&#xC911; &#xAC00;&#xB2E5; &#xD575; &#xC0B0; &#xC2DC;&#xB8CC;&#xC758; &#xC885;&#xB958;&#xC5D0; &#xB300;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xAC04;&#xB2E8; &#xD558; &#xACE0; &#xC800;&#xB834; &#xD558; &#xACE0; &#xC720;&#xC5F0;&#xD55C; &#xBC14;&#xCF54;&#xB4DC; &#xAE30;&#xC220;&#xC744; &#xC18C;&#xAC1C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. PTS&#xB294; &#xD2B9;&#xD788; mtDNA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB4F1; &#xC5F0;&#xC18D; DNA &#xD30C;&#xD3B8;&#xC744; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xC2DC;&#xC5F0;: &#xC774;&#xB860;&#xC73C;&#xB85C; 250 &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; mtDNA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB2E8;&#xC77C; GS FLX &#xC2E4;&#xD589;&#xC5D0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. PTS &#xADF9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCD1;&#xB82C;&#xB85C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9;&#xC744; &#xC99D;&#xAC00; &#xD558; &#xACE0; &#xD0C0;&#xAC9F; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; 454 &#xAE30;&#xC220; &#xB9AC;&#xC18C;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC644;&#xBCBD; &#xD558; &#xAC8C; &#xB3D9;&#xC6D0;.

&#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD0DC;&#xADF8; &#xD575; &#xC0B0; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC758; &#xB300;&#xC0C1;.

Tecnolog&iacute;a de secuenciaci&oacute;n de ADN de alto rendimiento 454 permite mucho m&aacute;s r&aacute;pida y m&aacute;s rentable de secuenciaci&oacute;n de Sanger tradicional de la secuencia. Sin embargo, la tecnolog&iacute;a impone limitaciones inherentes en el n&uacute;mero de muestras que se pueden procesar en paralelo. Aqu&iacute; presentamos secuenciaci&oacute;n etiquetado en paralelo (PTS), una t&eacute;cnica de c&oacute;digo de barras simple, barata y flexible que se puede utilizar para ordenar cualquier n&uacute;mero y tipo de muestras de &aacute;cido nucleico de doble cadena en paralelo. Demostramos que PTS es particularmente de gran alcance para la secuenciaci&oacute;n de fragmentos de ADN contiguos como mtDNA genomas: en teor&iacute;a hasta 250 genomas de mam&iacute;feros mtDNA pueden ser ordenados en una sola GS FLX ejecutar. PTS aumenta dr&aacute;sticamente el rendimiento de la secuenciaci&oacute;n de muestras en paralelo y as&iacute; totalmente moviliza los recursos de la tecnolog&iacute;a 454 para apuntada de secuenciaci&oacute;n.

Secuenciaci&oacute;n de alto rendimiento espec&iacute;fico de muestras de &aacute;cido nucleico etiquetado.

&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x76F4;&#x63A5;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x5C31;&#x5DF2;&#x5230;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x6700;&#x8FD1;&#x6253;&#x5F00;&#x66F4;&#x65B0;&#x4E16;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x5206;&#x6790;&#x786E;&#x5B9A;&#x4ECE; Neandertal&#x3001; &#x731B;&#x72B8;&#x548C;&#x6D1E;&#x718A;&#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x9635;&#x5730;&#x6BD7;&#x90BB;&#x7B26;&#x5728;&#x53E4;&#x4EE3; DNA&#xFF0C;&#x662F;&#x4EFB;&#x804C;&#x4EBA;&#x6570;&#x8FC7;&#x591A;&#x560C;&#x5464;&#x6697;&#x793A;&#xFF0C;depurination &#x4E3A;&#x5176;&#x9000;&#x5316;&#x4F5C;&#x51FA;&#x4E86;&#x8D21;&#x732E;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x6B64;&#x5916;&#x663E;&#x793A;&#x7F16;&#x7801;&#x80DE;&#x5627;&#x5576;&#x6B8B;&#x7559;&#x7269;&#x6240;&#x5F15;&#x8D77;&#x7684;&#x66FF;&#x6362;&#x662F;&#x5927;&#x5927;&#x4EFB;&#x804C;&#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x800C;&#x5176;&#x4ED6;&#x66FF;&#x6362;&#x662F;&#x7F55;&#x89C1;&#x5927;&#x5E45;&#x805A;&#x96C6;&#x5728;&#x5206;&#x5B50;&#x7684;&#x4E24;&#x7AEF;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x89C2;&#x6D4B;&#x5230;&#x7684;&#x66FF;&#x4EE3;&#x6A21;&#x5F0F;&#x7528;&#x4E8E;&#x4F30;&#x8BA1;&#x7684;&#x8131;&#x6C28;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E2D;&#x5355;&#x548C;&#x53CC;&#x94FE; DNA&#x3001; &#x5355;&#x7EDE;&#x4E24;&#x7AEF;&#x7684;&#x957F;&#x5EA6;&#x548C;&#x9891;&#x7387;&#x7684;&#x7EDD;&#x7F18;&#x5C42;&#x6709;&#x65E0;&#x7834;&#x635F;&#x90E8;&#x5206;&#x80DE;&#x5627;&#x5576;&#x6B8B;&#x7559;&#x7387;&#x6A21;&#x578B;&#x3002;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4ECE;&#x66F4;&#x65B0;&#x4E16;&#x751F;&#x7269;&#x83B7;&#x5F97;&#x53EF;&#x9760;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;

&#x6A21;&#x5F0F;&#x7684;&#x635F;&#x5BB3;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x4ECE; Neandertal&#x3002;

High-throughput direct sequencing techniques have recently opened the possibility to sequence genomes from Pleistocene organisms. Here we analyze DNA sequences determined from a Neandertal, a mammoth, and a cave bear. We show that purines are overrepresented at positions adjacent to the breaks in the ancient DNA, suggesting that depurination has contributed to its degradation. We furthermore show that substitutions resulting from miscoding cytosine residues are vastly overrepresented in the DNA sequences and drastically clustered in the ends of the molecules, whereas other substitutions are rare. We present a model where the observed substitution patterns are used to estimate the rate of deamination of cytosine residues in single- and double-stranded portions of the DNA, the length of single-stranded ends, and the frequency of nicks. The results suggest that reliable genome sequences can be obtained from Pleistocene organisms.

Patterns of damage in genomic DNA sequences from a Neandertal.

Techniques de s&eacute;quen&ccedil;age direct haut d&eacute;bit ont r&eacute;cemment ouvert la possibilit&eacute; aux g&eacute;nomes de s&eacute;quence d&#39;organismes du Pl&eacute;istoc&egrave;ne. Ici, nous analysons les s&eacute;quences d&#39;ADN d&eacute;termin&eacute;es &agrave; partir d&#39;un Neandertal, un mammouth et un ours des cavernes. Nous montrons que les purines sont surrepr&eacute;sent&eacute;s aux positions adjacentes pour les pauses dans l&#39;ADN ancien, ce qui sugg&egrave;re que d&eacute;purination a contribu&eacute; &agrave; sa d&eacute;gradation. Nous montrent en outre que les substitutions r&eacute;sultant d&#39;erreurs de codification r&eacute;sidus cytosine sont largement surrepr&eacute;sent&eacute;es dans les s&eacute;quences d&#39;ADN et radicalement regroup&eacute;s dans les extr&eacute;mit&eacute;s des mol&eacute;cules, tandis que les autres substitutions sont rares. Nous pr&eacute;sentons un mod&egrave;le o&ugrave; les mod&egrave;les de substitution observ&eacute;s sont utilis&eacute;es pour estimer le taux de d&eacute;samination des r&eacute;sidus cytosine en portions de simple et double-brin de l&#39;ADN, la longueur des extr&eacute;mit&eacute;s simple brin et la fr&eacute;quence des pseudos. Les r&eacute;sultats sugg&egrave;rent que s&eacute;quences g&eacute;nomiques fiables peuvent &ecirc;tre obtenus aupr&egrave;s des organismes du Pl&eacute;istoc&egrave;ne.

Patrons de dommages en g&eacute;nomique des s&eacute;quences d&#39;ADN d&#39;un Neandertal.

Hochdurchsatz-Direkte Sequenzierung Techniken haben vor kurzem die M&ouml;glichkeit zu Genome aus Pleistoz&auml;n Organismen ge&ouml;ffnet. Hier analysieren wir DNA-Sequenzen, die aus einem Neandertal, Mammuts und H&ouml;hlenb&auml;ren ermittelt. Wir zeigen, dass Purine &uuml;berrepr&auml;sentiert an Positionen, die in der alten DNA, angrenzend an die Pausen darauf hindeutet, dass das Depurination seine Sch&auml;digung beigetragen hat. Wir au&szlig;erdem zeigen, dass die Ersetzungen aus Fehlcodierung Cytosin R&uuml;ckst&auml;nde in den DNA-Sequenzen erheblich &uuml;berrepr&auml;sentiert sind und drastisch-Cluster in die Enden der Molek&uuml;le, w&auml;hrend andere Substitutionen selten sind. Wir pr&auml;sentieren ein Modell, in denen die beobachteten Ersatz-Muster verwendet werden, um die Rate der Deamination Cytosin R&uuml;ckst&auml;nde in Portionen von Einzel- und Doppelstrang-DNA, die L&auml;nge der einzelstr&auml;ngige enden und die H&auml;ufigkeit der Nicknamen zu sch&auml;tzen. Die Ergebnisse legen nahe, dass zuverl&auml;ssige Genomsequenzen aus Pleistoz&auml;n Organismen abgerufen werden k&ouml;nnen.

Muster der Schaden in der genomischen Sequenzen DNA aus einer Neandertal.

Tecniche di sequenziamento diretto ad alta velocit&agrave; hanno recentemente aperto la possibilit&agrave; di genomi di sequenza da organismi del Pleistocene. Qui analizziamo le sequenze di DNA determinate da un Neandertal, un mammut e un orso della caverna. Mostriamo che le purine sono sovrarappresentate in posizioni adiacenti per le rotture nel DNA antico, suggerendo che depurinazione ha contribuito alla sua degradazione. Abbiamo inoltre mostrano che le sostituzioni derivanti da miscoding residui della citosina sono notevolmente sovrarappresentate nelle sequenze del DNA e drasticamente raggruppati nelle estremit&agrave; delle molecole, mentre le altre sostituzioni sono rare. Vi presentiamo un modello dove i modelli di sostituzione osservati sono utilizzati per stimare il tasso di deaminazione dei residui della citosina in porzioni di single e double-stranded del DNA, la lunghezza delle estremit&agrave; a singolo filamento e la frequenza dei Nick. I risultati suggeriscono che le sequenze di genoma affidabili possono essere ottenuti da organismi del Pleistocene.

Modelli di danno in genomic DNA sequenze da un Neandertal.

&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x30C0;&#x30A4;&#x30EC;&#x30AF;&#x30C8; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x6280;&#x8853;&#x6700;&#x8FD1;&#x3001;&#x66F4;&#x65B0;&#x4E16;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x304B;&#x3089;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x958B;&#x3044;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x3001;&#x30DE;&#x30F3;&#x30E2;&#x30B9;&#x3068;&#x6D1E;&#x7A9F;&#x30D9;&#x30A2;&#x304B;&#x3089;&#x6C7A;&#x5B9A; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x79C1;&#x9054;&#x306F;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x306E;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x6539;&#x306B;&#x96A3;&#x63A5;&#x3059;&#x308B;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3067;&#x53CE;&#x76E3;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x305D;&#x306E; depurination &#x305D;&#x306E;&#x52A3;&#x5316;&#x306B;&#x8CA2;&#x732E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x30C1;&#x30C8;&#x30B8;&#x30F3;&#x306E;&#x6B8B;&#x4F59;&#x306E; miscoding &#x304B;&#x3089;&#x7D50;&#x679C;&#x306E;&#x7F6E;&#x63DB;&#x304C; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x53CE;&#x76E3;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x4ED6;&#x306E;&#x7F6E;&#x63DB;&#x306F;&#x7A00;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x305D;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x4E21;&#x7AEF;&#x3067;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x5316;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x89B3;&#x6E2C;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x7F6E;&#x63DB;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x30C1;&#x30C8;&#x30B8;&#x30F3;&#x306E;&#x6B8B;&#x4F59; DNA &#x4E00;&#x672C;&#x9396;&#x7AEF;&#x306E;&#x9577;&#x3055;&#x3001;&#x30CB;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x5468;&#x6CE2;&#x6570;&#x306E;&#x5358;&#x4E00;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x4E8C;&#x91CD;&#x9396;&#x306E;&#x90E8;&#x5206;&#x3067;&#x306E;&#x8131;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x5316;&#x7387;&#x3092;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4FE1;&#x983C;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x66F4;&#x65B0;&#x4E16;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x304B;&#x3089;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x640D;&#x50B7; DNA &#x304B;&#x3089;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC9C1;&#xC811; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xBC95; &#xCD5C;&#xADFC;&#xC5D0; &#xC5F0; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131; &#xC21C;&#xC11C; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xD6D9; &#xC801; &#xC138; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0;&#xC11C;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; Neandertal&#xB294; &#xB9D8;&#xBAA8;&#xC2A4; &#xB3D9;&#xAD74; &#xACF0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACB0;&#xC815; &#xD558;&#xB294; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBD84;&#xC11D;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xACE0; &#xB300; DNA&#xC5D0;&#xC11C; &#xD734;&#xC2DD;&#xC5D0; &#xC778;&#xC811; &#xD55C; &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0; purines overrepresented&#xB294; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; depurination&#xC758; &#xC800;&#xD558;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC; &#xD558;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB610;&#xD55C; &#xB300;&#xCCB4; miscoding &#xC2DC; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xADF8; &#xACB0;&#xACFC; &#xAD11;&#xB300; &#xD558; &#xAC8C; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; overrepresented&#xC744; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0; &#xB2E4;&#xB978; &#xB300;&#xCCB4;&#xB294; &#xB4DC;&#xBB38; &#xBC18;&#xBA74;, &#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xB05D;&#xC5D0; &#xACFC;&#xAC10; &#xD558; &#xAC8C; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xB41C;. &#xC120;&#xBB3C;&#xC774; &#xBAA8;&#xB378; &#xAD00;&#xCC30;&#xB41C; &#xB300;&#xCCB4; &#xD328;&#xD134; DNA &#xB2E8;&#xC77C; &#xAC00;&#xB2E5; &#xB05D;&#xC758; &#xAE38;&#xC774; &#xB2C9;&#xC2A4;&#xC758; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218;&#xC758; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBC0F; &#xC774;&#xC911; &#xAC00;&#xB2E5; &#xBD80;&#xBD84;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DC; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;&#xC758; &#xD0C8;&#xC758; &#xC18D;&#xB3C4; &#xCD94;&#xC815; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xACB0;&#xACFC; &#xBBFF;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD6D9; &#xC801; &#xC138; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5BB;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xC190;&#xC0C1;&#xC758; &#xD328;&#xD134;&#xC744; Neandertal&#xC5D0;&#xC11C; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C;.

T&eacute;cnicas de secuenciaci&oacute;n directa de alto rendimiento han abierto recientemente la posibilidad de secuenciar genomas de organismos Pleistocenos. Aqu&iacute; analizamos las secuencias de ADN determinadas un Neandertal, un mamut y un oso de las cavernas. Demostramos que los purines son representados en posiciones adyacentes a las roturas en el ADN antiguo, sugiriendo que depurinaci&oacute;n ha contribuido a su degradaci&oacute;n. Adem&aacute;s, mostramos que sustituciones resultantes de un residuos de citosina son enormemente en las secuencias de ADN y dr&aacute;sticamente agrupadas en los extremos de las mol&eacute;culas, mientras que otras sustituciones son raras. Presentamos un modelo donde los patrones observados de sustituci&oacute;n se utilizan para estimar la tasa de desaminaci&oacute;n de residuos de citosina en porciones de la solo - y double-stranded de la DNA, la longitud de los extremos monocatenario y la frecuencia de nicks. Los resultados sugieren que las secuencias del genoma confiable pueden obtenerse organismos Pleistocenos.

Patrones de da&ntilde;o gen&oacute;mico secuencias de ADN de un Neandertal.

&#x5E76;&#x884C;&#x6807;&#x8BB0;&#x6D4B;&#x5E8F; (PTS) &#x662F;&#x65E8;&#x5728;&#x9002;&#x5E94;&#x6700;&#x8FD1;&#x5F00;&#x53D1;&#x7684;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF; 454 &#x5E73;&#x884C;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x7528;&#x591A;&#x4E2A;&#x6837;&#x672C;&#x7684;&#x4E00;&#x79CD;&#x5206;&#x5B50;&#x6761;&#x5F62;&#x7801;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x4E0E;&#x5176;&#x4ED6;&#x6761;&#x5F62;&#x7801;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4E0D;&#x540C;&#xFF0C;&#x8B66;&#x6821;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5E94;&#x7528;&#x4E8E;&#x4EFB;&#x4F55;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x53CC;&#x94FE; DNA (&#x4F5C;&#x7528;) &#x6837;&#x672C;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x730E;&#x67AA; DNA &#x5E93;&#x548C;&#x6C60;&#x7684; PCR &#x4EA7;&#x7269;&#xFF0C;&#x5E76;&#x8981;&#x6C42;&#x6CA1;&#x6709;&#x653E;&#x5927;&#x6216;&#x51DD;&#x80F6;&#x7EAF;&#x5316;&#x6B65;&#x9AA4;&#x3002;&#x8BE5;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E8E;&#x9644;&#x52A0;&#x7279;&#x5B9A;&#x793A;&#x4F8B;&#x7684;&#x6761;&#x7801;&#x9002;&#x914D;&#x5668;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x5305;&#x62EC;&#x5E8F;&#x5217;&#x6807;&#x7B7E;&#x548C;&#x9650;&#x5236;&#x7AD9;&#x70B9;&#xFF0C;&#x5230;&#x949D;&#x7AEF;&#x4FEE;&#x590D; DNA &#x6837;&#x672C;&#x7684;&#x7ED3;&#x624E;&#x548C;&#x94A2;&#x7EDE;&#x7EBF;&#x4F4D;&#x79FB;&#x3002;&#x540E;&#x6C47;&#x96C6;&#x591A;&#x4E2A;&#x6761;&#x5F62;&#x7801;&#x6837;&#x672C;&#xFF0C;&#x5206;&#x5B50;&#x5E8F;&#x5217;&#x6807;&#x7B7E;&#x6CA1;&#x6709;&#x88AB;&#x6709;&#x6548;&#x5730;&#x6392;&#x9664;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x8131;&#x6C2E;&#x9664;&#x78F7;&#x548C;&#x9650;&#x5236;&#x6D88;&#x5316;&#x548C;&#x4F7F;&#x7528;&#x6807;&#x8BB0;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x8FFD;&#x67E5;&#x6BCF;&#x4E2A; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x6765;&#x6E90;&#x3002;&#x6B64;&#x534F;&#x8BAE;&#x5141;&#x8BB8;&#x6D4B;&#x5E8F; 300 &#x6216;&#x66F4;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E0A;&#x5355;&#x4E00;&#x7684; 454 GS FLX &#x8FD0;&#x884C;&#xFF0C;&#x6216;&#x53EA;&#x6709;&#x4E00;&#x4E2A; 16 &#x65E5;&#x4E8C;&#x5341;&#x4E94; 6 kb &#x8D28;&#x7C92;&#x5E8F;&#x5217;&#x677F;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x7684;&#x53CD;&#x5E94;&#x53EF;&#x4EE5;&#x6267;&#x884C;&#x5728; 96 &#x5B54;&#x53CD;&#x5E94;&#x677F;&#xFF0C;&#x5141;&#x8BB8;&#x5728;&#x51E0;&#x5929;&#x5185;&#x7531;&#x597D;&#x51E0;&#x767E;&#x7684;&#x6837;&#x54C1;&#x5904;&#x7406;&#x4E0A;&#x7684;&#x591A;&#x901A;&#x9053;&#x8BBE;&#x7F6E;&#x3002;

&#x5E76;&#x884C;&#x6807;&#x8BB0;&#x6D4B;&#x5E8F; 454 &#x5E73;&#x53F0;&#x4E0A;&#x3002;

Parallel tagged sequencing (PTS) is a molecular barcoding method designed to adapt the recently developed high-throughput 454 parallel sequencing technology for use with multiple samples. Unlike other barcoding methods, PTS can be applied to any type of double-stranded DNA (dsDNA) sample, including shotgun DNA libraries and pools of PCR products, and requires no amplification or gel purification steps. The method relies on attaching sample-specific barcoding adapters, which include sequence tags and a restriction site, to blunt-end repaired DNA samples by ligation and strand-displacement. After pooling multiple barcoded samples, molecules without sequence tags are effectively excluded from sequencing by dephosphorylation and restriction digestion, and using the tag sequences, the source of each DNA sequence can be traced. This protocol allows for sequencing 300 or more complete mitochondrial genomes on a single 454 GS FLX run, or twenty-five 6-kb plasmid sequences on only one 16th plate region. Most of the reactions can be performed in a multichannel setup on 96-well reaction plates, allowing for processing up to several hundreds of samples in a few days.

Parallel tagged sequencing on the 454 platform.

S&eacute;quen&ccedil;age Tagg&eacute; parall&egrave;le (PTS) est une m&eacute;thode de molecular barcoding con&ccedil;ue pour s&#39;adapter &agrave; la technologie de s&eacute;quen&ccedil;age parall&egrave;le 454 haut d&eacute;bit r&eacute;cemment d&eacute;velopp&eacute;s pour une utilisation avec plusieurs &eacute;chantillons. Contrairement aux autres m&eacute;thodes de codage &agrave; barres, PTS peut &ecirc;tre appliqu&eacute; &agrave; n&#39;importe quel type d&#39;&eacute;chantillon d&#39;ADN (dsDNA) double brin, y compris les biblioth&egrave;ques d&#39;ADN de fusil de chasse et de piscines, de produits PCR et ne n&eacute;cessite aucune &eacute;tape de purification amplification ou de gel. La m&eacute;thode repose sur la fixation des adaptateurs sp&eacute;cifiques &eacute;chantillon barcoding, incluent des &eacute;tiquettes et un site de restriction, d&#39;&eacute;mouss&eacute;-fin r&eacute;par&eacute; par ligature et strand-d&eacute;placement des &eacute;chantillons d&#39;ADN. Apr&egrave;s la mise en commun des &eacute;chantillons multiples avec code &agrave; barres, mol&eacute;cules sans &eacute;tiquettes de s&eacute;quence sont exclus de s&eacute;quen&ccedil;age par d&eacute;phosphorylation et la restriction de la digestion, et en utilisant les s&eacute;quences de la balise, la source de chaque s&eacute;quence de l&#39;ADN peut &ecirc;tre trac&eacute;e. Ce protocole permet pour le s&eacute;quen&ccedil;age des g&eacute;nomes mitochondriaux 300 ou plus compl&egrave;tes sur un seul GS 454 FLX ex&eacute;cuter, ou vingt-cinq s&eacute;quences de plasmide 6 kb seulement un 16 plaque r&eacute;gion. La plupart des r&eacute;actions peut &ecirc;tre effectu&eacute;e dans une configuration multicanal sur des plaques de 96 puits de r&eacute;action, ce qui permet &agrave; la transformation jusqu&#39;&agrave; plusieurs centaines d&#39;&eacute;chantillons dans les prochains jours.

Tagg&eacute; s&eacute;quen&ccedil;age sur la plate-forme 454 en parall&egrave;le.

Parallele markierte Sequenzierung (PTS) ist eine molekulare Barcoding-Methode entwickelt, die vor kurzem entwickelte Hochdurchsatz-454 parallel Sequenzierung Technik f&uuml;r die Verwendung mit mehreren Proben anzupassen. Im Gegensatz zu anderen Methoden Barcoding PTS kann auf jede Art von Doppelstrang-DNA (DsDNA) Stichprobe, Schrotflinte DNA-Bibliotheken und Schwimmb&auml;der der PCR-Produkte, angewendet werden und erfordert keine Verst&auml;rkung oder Gel-Reinigung-Schritte. Die Methode beruht auf Anf&uuml;gen Probe-spezifische Barcoding-Adaptern, die Sequenz-Tags enthalten, und eine Einschr&auml;nkung Website, stumpf-End repariert DNA-Proben von Ligaturen und Strang-Weg. Nach der Zusammenlegung mehrerer Barcoded Proben, Molek&uuml;le ohne Sequenz-Tags sind effektiv ausgeschlossen Sequenzierung durch Dephosphorylierung und Beschr&auml;nkung Verdauung, und verwenden die Tag-Sequenzen, die Quelle jeder DNA-Sequenz zur&uuml;ckverfolgt werden kann. Dieses Protokoll erm&ouml;glicht Sequenzierung 300 oder mehr komplette mitochondrische Genome auf einen einzigen 454 GS FLX f&uuml;hren, oder 25 6-kb-Plasmid Sequenzen auf nur ein 16. Platte Gebiet. Die meisten Reaktionen k&ouml;nnen in einem Mehrkanal-Setup auf Reaktion der 96er Platten, zulassend Verarbeitung bis zu mehreren hundert Proben in ein paar Tagen durchgef&uuml;hrt werden.

Parallel markierte Sequenzierung auf der 454-Plattform.

Sequenziamento tagged parallelo (PTS) &egrave; un metodo molecolare barcoding progettato per adattare la tecnologia di 454 sequenziamento parallela high-throughput recentemente sviluppati per l&#39;uso con campioni multipli. A differenza di altri metodi di codifica a barre, PT pu&ograve; essere applicato a qualsiasi tipo di campione di double-stranded DNA (dsDNA), tra cui le librerie di DNA fucile e piscine dei prodotti di PCR e non richiede nessuna amplificazione o gel passi di purificazione. Il metodo si basa sull&#39;associare schede campione specifici codici a barre, che includono sequence tags e un sito di restrizione, a smussato-fine riparato i campioni di DNA di legatura e strand-spostamento. Dopo pool di campioni multipli del codice a barre, molecole senza tag sequenza efficacemente sono esclusi dal sequenziamento di defosforilazione e restrizione digestione, e utilizzando le sequenze di tag, la fonte di ogni sequenza di DNA pu&ograve; essere rintracciata. Questo protocollo permette di sequenziamento genoma mitocondriale 300 o pi&ugrave; completo su una singola 454 GS FLX esegue, o venti-cinque sequenze del plasmide 6-kb solo uno 16 piastra regione. La maggior parte delle reazioni pu&ograve; essere eseguita in una configurazione multicanale su piastre 96 pozzetti di reazione, che consente per l&#39;elaborazione fino a diverse centinaia di campioni in pochi giorni.

Tagged sequenziamento sulla piattaforma 454 in parallelo.

&#x4E26;&#x5217;&#x30BF;&#x30B0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; (PTS) &#x306F;&#x3001;&#x6700;&#x8FD1;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; 454 &#x4E26;&#x5217;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x6280;&#x8853;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3067;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x9069;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x8A2D;&#x8A08;&#x5206;&#x5B50;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9; &#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x306E;&#x4ED6;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9; &#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3068;&#x306F;&#x7570;&#x306A;&#x308A; PTS &#x30B7;&#x30E7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30AC;&#x30F3; DNA &#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x3084;&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E; PCR &#x306E;&#x88FD;&#x54C1;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3001;&#x4E8C;&#x672C;&#x9396; DNA (dsDNA) &#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x4EFB;&#x610F;&#x306E;&#x578B;&#x306B;&#x9069;&#x7528;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3001;&#x5897;&#x5E45;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x30B2;&#x30EB;&#x306E;&#x7CBE;&#x88FD;&#x30B9;&#x30C6;&#x30C3;&#x30D7;&#x5FC5;&#x8981;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x30BF;&#x30B0;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x306E;&#x30A2;&#x30C0;&#x30D7;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x53D6;&#x308A;&#x4ED8;&#x3051;&#x308B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x983C;&#x308B;&#x3001;&#x7D50;&#x7D2E;&#x3068;&#x30B9;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30C9;&#x5909;&#x4F4D;&#x306B;&#x3088;&#x308B; DNA &#x8A66;&#x6599;&#x306E;&#x920D;&#x7D42;&#x308A;&#x3078;&#x306E;&#x5236;&#x9650;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3092;&#x4FEE;&#x5FA9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3092;&#x30D7;&#x30FC;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x5F8C;&#x3001;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30BF;&#x30B0;&#x306A;&#x3057;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x306F;&#x8131;&#x71D0;&#x9178;&#x5316;&#x3068;&#x5236;&#x9650;&#x306E;&#x6D88;&#x5316;&#x529B;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306B;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x9664;&#x5916;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x30BF;&#x30B0;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x5404; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x6E90;&#x3092;&#x305F;&#x3069;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x51E6;&#x7406;&#x7528; 300 &#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x3088;&#x308A;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x4E0A;&#x5358;&#x4E00; 454 GS FLX &#x3092;&#x5B9F;&#x884C;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F; 20 5 6 kb &#x306E;&#x30D7;&#x30E9;&#x30B9;&#x30DF;&#x30C3;&#x30C9; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x307F; 1 &#x3064; 16 &#x65E5;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x306E;&#x9818;&#x57DF;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x53CD;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306F;&#x30DE;&#x30EB;&#x30C1; &#x30C1;&#x30E3;&#x30F3;&#x30CD;&#x30EB; &#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x30A2;&#x30C3;&#x30D7;&#x6570;&#x65E5;&#x3067;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x6570;&#x767E;&#x307E;&#x3067;&#x306E;&#x51E6;&#x7406;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x3001;96 &#x30A6;&#x30A7;&#x30EB;&#x53CD;&#x5FDC;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x4E0A;&#x3067;&#x5B9F;&#x884C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

454 &#x30D7;&#x30E9;&#x30C3;&#x30C8;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x4E0A;&#x306E;&#x30BF;&#x30B0;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x4E26;&#x5217;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xBCD1;&#xB82C; &#xD0DC;&#xADF8; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; (&#xC810;)&#xC5D0; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC608;&#xC81C;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xCD5C;&#xADFC;&#xC5D0; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB41C; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; 454 &#xBCD1;&#xB82C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xC220;&#xC5D0; &#xC801;&#xC751; &#xD558;&#xB3C4;&#xB85D; &#xC124;&#xACC4; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBD84;&#xC790; &#xBC14;&#xCF54;&#xB4DC; &#xBC29;&#xBC95;&#xC740;. &#xB2E4;&#xB978; &#xBC14;&#xCF54;&#xB4DC; &#xBC29;&#xBC95;&#xACFC; &#xB2EC;&#xB9AC; PTS &#xC0F7;&#xAC74; DNA &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xBC0F; PCR &#xC81C;&#xD488;&#xC758; &#xD480;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xC774;&#xC911; &#xAC00;&#xB2E5; DNA (dsDNA) &#xC0D8;&#xD50C;&#xC758; &#xC5B4;&#xB5A4; &#xC720;&#xD615;&#xC5D0; &#xC801;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xD558;&#xBA70; &#xC99D;&#xD3ED; &#xB610;&#xB294; &#xC824; &#xC815;&#xD654; &#xB2E8;&#xACC4;. &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD0DC;&#xADF8;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xC0D8;&#xD50C; &#xD2B9;&#xC815; &#xBC14;&#xCF54;&#xB4DC; &#xC5B4;&#xB311;&#xD130;&#xB97C; &#xC5F0;&#xACB0;&#xC5D0; &#xC758;&#xC874; &#xD558; &#xACE0; &#xBB34;&#xB69D;&#xB69D;&#xD55C; &#xC5D4;&#xB4DC;&#xC5D0; &#xC81C;&#xD55C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC218;&#xB9AC; &#xACB0; &#xCC30; &#xBC0F; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB79C;&#xB4DC; &#xBCC0;&#xC704;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; DNA &#xC0D8;&#xD50C;. &#xC5EC;&#xB7EC; &#xAC1C;&#xC758; &#xBC14;&#xCF54;&#xB4DC; &#xC0D8;&#xD50C; &#xD480;&#xB9C1; &#xD6C4; &#xBD84;&#xC790; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD0DC;&#xADF8; &#xC5C6;&#xC774; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; dephosphorylation &#xBC0F; &#xC81C;&#xD55C; &#xC18C;&#xD654; &#xD558; &#xC5EC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC81C;&#xC678; &#xD558; &#xACE0; &#xD0DC;&#xADF8; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;, &#xAC01; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xC18C;&#xC2A4;&#xB97C; &#xCD94;&#xC801;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C;&#xC740; &#xB2E8;&#xC77C; 454 GS FLX&#xC5D0; 300 &#xB610;&#xB294; &#xB354; &#xC644;&#xC804; &#xD55C; &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2E4;&#xD589; &#xB610;&#xB294; &#xD55C; &#xC77C;&#xB9CC;&#xC5D0; 25 6 kb &#xD50C;&#xB77C;&#xC2A4; &#xBBF8;&#xB4DC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD50C;&#xB808;&#xC774;&#xD2B8; &#xC9C0;&#xC5ED; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBA70;&#xCE60;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0D8;&#xD50C; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC218;&#xBC31; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC704;&#xD574; &#xD5C8;&#xC6A9; 96-&#xC798; &#xBC18;&#xC751; &#xD310;&#xC5D0; &#xBA40;&#xD2F0; &#xCC44;&#xB110; &#xC124;&#xC815;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC18;&#xC751;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC744; &#xC218;&#xD589;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

454 &#xD50C;&#xB7AB;&#xD3FC;&#xC5D0; &#xD0DC;&#xADF8; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBCD1;&#xB82C;.

Secuenciaci&oacute;n etiquetado en paralelo (PTS) es un m&eacute;todo de c&oacute;digo de barras molecular dise&ntilde;ado para adaptarse a la tecnolog&iacute;a de 454 secuenciaci&oacute;n en paralelo de alto rendimiento recientemente desarrollada para su uso con m&uacute;ltiples muestras. A diferencia de otros m&eacute;todos de c&oacute;digo de barras, PTS puede aplicarse a cualquier tipo de muestra de ADN (dsDNA) bicatenario, incluyendo bibliotecas de ADN de escopeta y piscinas de los productos PCR y no requiere ninguna amplificaci&oacute;n o gel pasos de purificaci&oacute;n. El m&eacute;todo se basa en colocar adaptadores espec&iacute;ficos muestra c&oacute;digo de barras, que incluyen etiquetas de secuencia y un sitio de la restricci&oacute;n, blunt-fin reparada muestras de ADN por la ligadura y el filamento-desplazamiento. Despu&eacute;s de reunir m&uacute;ltiples muestras de c&oacute;digo de barras, mol&eacute;culas sin etiquetas de secuencia efectivamente est&aacute;n excluidas la secuencia por la desfosforilaci&oacute;n y restricci&oacute;n de la digesti&oacute;n, y usando las secuencias de la etiqueta, la fuente de cada secuencia de ADN puede rastrearse. Este protocolo permite secuenciaci&oacute;n de genomas mitocondriales 300 o m&aacute;s completas en un solo 454 GS FLX ejecutan o secuencias de 6 kb pl&aacute;smido veinticinco s&oacute;lo uno 16 placa regi&oacute;n. La mayor&iacute;a de las reacciones se puede realizar en una instalaci&oacute;n multicanal en placas de 96 pocillos de reacci&oacute;n, permitiendo para procesar hasta varios centenares de muestras en unos d&iacute;as.

Paralelamente la secuencia etiquetada en la plataforma 454.

&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x9002;&#x5408;&#x5728;&#x5927;&#x578B;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x8BB8;&#x591A;&#x77ED;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5E8F;&#x5217;&#x641C;&#x7D22;&#x5DE5;&#x5177;&#x5141;&#x8BB8;&#x5B58;&#x5728;&#x7684;&#x5DEE;&#x8DDD;&#x548C;&#x4E0D;&#x5339;&#x914D;&#x7684;&#x9884;&#x5B9A;&#x4E49;&#x7684;&#x6570;&#x76EE;&#x3002;&#x5728;&#x547D;&#x4EE4;&#x884C;&#x9A71;&#x52A8;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x5B9E;&#x73B0;&#x81EA;&#x52A8;&#x5339;&#x914D;&#x7684;&#x641C;&#x7D22;&#x5B57;&#x7B26;&#x4E32;&#x5173;&#x952E;&#x5B57;&#x6811;&#x7B97;&#x6CD5;&#x7684;&#x975E;&#x786E;&#x5B9A;&#x6027;&#x673A;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x67E5;&#x8BE2;&#x548C;&#x65E0;&#x6B67;&#x4E49;&#x4EE3;&#x7801;&#x53EF;&#x4EE5;&#x8FDB;&#x884C;&#x641C;&#x7D22;&#x3002;&#x641C;&#x7D22;&#x65F6;&#x95F4;&#x662F;&#x77ED;&#x7684;&#x5B8C;&#x7F8E;&#x5339;&#x914D;&#xFF0C;&#x5E76;&#x68C0;&#x7D22;&#x65F6;&#x95F4;&#x4E0E;&#x5141;&#x8BB8;&#x7684;&#x7F16;&#x8F91;&#x6B21;&#x6570;&#x4E0A;&#x5347;&#x5448;&#x6307;&#x6570;&#x7EA7;&#x589E;&#x957F;&#x3002;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#xFF1A; PatMaN &#x7684; c + + &#x6E90;&#x4EE3;&#x7801;&#x5206;&#x53D1;&#x6839;&#x636E; GNU &#x901A;&#x7528;&#x516C;&#x5171;&#x8BB8;&#x53EF;&#x8BC1;&#x548C; GNU/Linux &#x64CD;&#x4F5C;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x4E0A;&#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x3002;&#x5B83;&#x662F;&#x4ECE; http://bioinf.eva.mpg.de/patman &#x53EF;&#x7528;&#x3002;&#x8865;&#x5145;&#x8D44;&#x6599;&#xFF1A; &#x8865;&#x5145;&#x6570;&#x636E;&#xFF0C;&#x5DF2;&#x5728;&#x751F;&#x7269;&#x4FE1;&#x606F;&#x5B66;&#x5728;&#x7EBF;&#x3002;

PatMaN&#xFF1A; &#x8FC5;&#x901F;&#x5BF9;&#x5927;&#x578B;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x7684;&#x77ED;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x5BF9;&#x9F50;&#x65B9;&#x5F0F;&#x3002;

We present a tool suited for searching for many short nucleotide sequences in large databases, allowing for a predefined number of gaps and mismatches. The commandline-driven program implements a non-deterministic automata matching algorithm on a keyword tree of the search strings. Both queries with and without ambiguity codes can be searched. Search time is short for perfect matches, and retrieval time rises exponentially with the number of edits allowed. AVAILABILITY: The C++ source code for PatMaN is distributed under the GNU General Public License and has been tested on the GNU/Linux operating system. It is available from http://bioinf.eva.mpg.de/patman. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

PatMaN: rapid alignment of short sequences to large databases.

Nous pr&eacute;sentons un outil adapt&eacute; &agrave; la recherche de plusieurs s&eacute;quences de nucl&eacute;otides court dans les grandes bases de donn&eacute;es, permettant &agrave; un nombre pr&eacute;d&eacute;fini de lacunes et d&#39;inad&eacute;quation. Le programme ax&eacute;e sur la ligne de commande impl&eacute;mente un automate non d&eacute;terministe matching algorithm sur un arbre de mots cl&eacute;s de cha&icirc;nes de recherche. Les deux requ&ecirc;tes avec ou sans codes ambigu&iuml;t&eacute; peuvent &ecirc;tre recherch&eacute;s. Temps de recherche est le diminutif des matchs parfaits, et des temps de r&eacute;cup&eacute;ration augmente exponentiellement avec le nombre de modifications autoris&eacute;es. Disponibilit&eacute; : Le code source C++ PatMaN est distribu&eacute; sous la GNU General Public License et a &eacute;t&eacute; test&eacute; sur le syst&egrave;me d&#39;exploitation GNU/Linux. Il est disponible sur http://bioinf.eva.mpg.de/patman. INFORMATIONS compl&eacute;mentaires : Donn&eacute;es suppl&eacute;mentaires sont disponibles &agrave; la bio-informatique en ligne.

PatMaN : alignement rapide de courtes s&eacute;quences de bases de donn&eacute;es volumineuses.

Wir pr&auml;sentieren ein Werkzeug f&uuml;r die Suche nach vielen kurzen Nukleotidsequenzen in gro&szlig;en Datenbanken, geeignet f&uuml;r eine vordefinierte Anzahl von L&uuml;cken und Diskrepanzen. Das Commandline-gesteuerte Programm implementiert eine nicht-deterministischen Automaten passenden Algorithmus auf ein Keyword-Struktur der Suchzeichenfolgen. Beide Abfragen mit und ohne Mehrdeutigkeit Codes k&ouml;nnen durchsucht werden. Suchdauer ist Abk&uuml;rzung f&uuml;r perfekte Treffer und Abrufzeiten steigt exponentiell mit der Anzahl der Bearbeitungen erlaubt. Verf&uuml;gbarkeit: Der C++-Quellcode f&uuml;r PatMaN wird unter der GNU General Public License vertrieben und wurde auf dem GNU/Linux-Betriebssystem getestet. Es ist frei von http://bioinf.eva.mpg.de/patman. Zusatzinformationen: Erg&auml;nzende Daten sind online abrufbar unter Bioinformatik.

PatMaN: schnelle Ausrichtung der kurze Sequenzen zu gro&szlig;en Datenbanken.

Vi presentiamo uno strumento adatto per la ricerca di molte sequenze nucleotidiche breve nel database di grandi dimensioni, che consente un numero predefinito di lacune e incongruenze. Il programma basato su riga di comando implementa un automa non deterministico corrispondente algoritmo su un albero di parole chiave delle stringhe di ricerca. Entrambe le query con e senza codici di ambiguit&agrave; possono essere cercate. Tempo di ricerca &egrave; breve per partite perfette, e tempo di recupero aumenta esponenzialmente con il numero di modifiche consentite. DISPONIBILIT&Agrave;: Il codice sorgente C++ PatMaN &egrave; distribuito sotto la GNU General Public License ed &egrave; stato testato su sistema operativo GNU/Linux. &Egrave; disponibile da http://bioinf.eva.mpg.de/patman. INFORMAZIONI supplementari: Dati supplementari sono disponibili presso bioinformatica online.

PatMaN: allineamento rapido di brevi sequenze di database di grandi dimensioni.

&#x5B9A;&#x7FA9;&#x6E08;&#x307F;&#x306E;&#x6570;&#x306E;&#x30AE;&#x30E3;&#x30C3;&#x30D7;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x4E0D;&#x4E00;&#x81F4;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3066;&#x8A31;&#x53EF;&#x3059;&#x308B;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x77ED;&#x3044;&#x5869;&#x57FA;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3067;&#x306E;&#x691C;&#x7D22;&#x306B;&#x6700;&#x9069;&#x306A;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3059;&#x308B;.&#x30B3;&#x30DE;&#x30F3;&#x30C9;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3; &#x30C9;&#x30EA;&#x30D6;&#x30F3; &#x30D7;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0; &#x30DE;&#x30C3;&#x30C1;&#x30F3;&#x30B0; &#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x306B;&#x95A2;&#x3059;&#x308B;&#x30AD;&#x30FC;&#x30EF;&#x30FC;&#x30C9; &#x30C4;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x691C;&#x7D22;&#x6587;&#x5B57;&#x5217;&#x306E;&#x975E;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x6027;&#x30AA;&#x30FC;&#x30C8;&#x30DE;&#x30C8;&#x30F3;&#x3092;&#x5B9F;&#x88C5;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3042;&#x3044;&#x307E;&#x3044;&#x3055;&#x306E;&#x7B26;&#x53F7;&#x306A;&#x3057;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x30AF;&#x30A8;&#x30EA;&#x3067;&#x691C;&#x7D22;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x691C;&#x7D22;&#x6642;&#x9593;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x77ED;&#x3044;&#x306E;&#x5B8C;&#x74A7;&#x306A;&#x4E00;&#x81F4;&#x3068;&#x691C;&#x7D22;&#x6642;&#x9593;&#x304C;&#x6307;&#x6570;&#x95A2;&#x6570;&#x7684;&#x306B;&#x7DE8;&#x96C6;&#x306E;&#x8A31;&#x53EF;&#x6570;&#x3092;&#x4E0A;&#x6607;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;: C++ &#x30BD;&#x30FC;&#x30B9; &#x30B3;&#x30FC;&#x30C9; PatMaN &#x306E; GNU General Public License &#x306E;&#x4E0B;&#x3067;&#x306E;&#x5206;&#x6563;&#x3057;&#x3001;GNU/Linux &#x30AA;&#x30DA;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C6;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3067;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;Http://bioinf.eva.mpg.de/patman &#x304B;&#x3089;&#x5229;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x88DC;&#x8DB3;&#x60C5;&#x5831;: &#x88DC;&#x8DB3;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30AA;&#x30F3;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3; &#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30A9;&#x30DE;&#x30C6;&#x30A3;&#x30AF;&#x30B9;&#x3067;&#x5229;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

PatMaN: &#x77ED;&#x3044;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x8FC5;&#x901F;&#x306A;&#x914D;&#x7F6E;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#xBBF8;&#xB9AC; &#xC815;&#xC758; &#xB41C; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xAC04;&#xACA9; &#xBC0F; &#xBD88;&#xC77C;&#xCE58;&#xB97C; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xD070; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB9CE;&#xC740; &#xC9E7;&#xC740; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC80;&#xC0C9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC801;&#xD569; &#xD55C; &#xB3C4;&#xAD6C;&#xB97C; &#xC18C;&#xAC1C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBA85;&#xB839;&#xD589; &#xAE30;&#xBC18; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8; &#xAD6C;&#xD604; &#xBE44;&#xACB0; &#xC624;&#xD1A0; &#xB9C8; &#xD0C0; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998; &#xAC80;&#xC0C9; &#xBB38;&#xC790;&#xC5F4;&#xC758; &#xD0A4;&#xC6CC;&#xB4DC; &#xD2B8;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC77C;&#xCE58; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB450; &#xCFFC;&#xB9AC; &#xBAA8;&#xB450;&#xC640; &#xBAA8;&#xD638;&#xC131; &#xCF54;&#xB4DC; &#xC5C6;&#xC774; &#xAC80;&#xC0C9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC80;&#xC0C9; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC9E7;&#xC740; &#xC644;&#xBCBD; &#xD558; &#xAC8C; &#xC77C;&#xCE58; &#xC774;&#xBA70; &#xAC80;&#xC0C9; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC774; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xD3B8;&#xC9D1;&#xC758; &#xC218;&#xC640; &#xAE30; &#xD558; &#xAE09;&#xC218;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0C1;&#xC2B9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC00;&#xC6A9;&#xC131;: Patman&#xC758; c + + &#xC18C;&#xC2A4; &#xCF54;&#xB4DC;&#xB294; GNU &#xC77C;&#xBC18; &#xACF5;&#xC911; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD5C8;&#xAC00;&#xC11C; &#xD558;&#xC5D0; &#xBC30;&#xD3EC; &#xD558; &#xACE0; g n U/&#xB9AC;&#xB205;&#xC2A4; &#xC6B4;&#xC601; &#xCCB4;&#xC81C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; http://bioinf.eva.mpg.de/patman&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBCF4;&#xCDA9; &#xC815;&#xBCF4;: &#xBCF4;&#xCDA9; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB294; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xC815;&#xBCF4;&#xD559;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC628;&#xB77C;&#xC778; &#xC81C;&#xACF5;.

&#xD070; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC9E7;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; PatMaN: &#xC2E0;&#xC18D; &#xD558; &#xAC8C; &#xC815;&#xB82C;.

Presentamos una herramienta adecuada para buscar muchas secuencias de nucle&oacute;tidos cortas en grandes bases de datos, permitiendo un n&uacute;mero predefinido de lagunas y desajustes. El programa impulsado por l&iacute;nea de comandos implementa una coincidencia de algoritmo en un &aacute;rbol de la palabra clave de las cadenas de b&uacute;squeda no determinista de aut&oacute;matas. Ambas consultas con y sin c&oacute;digos de ambig&uuml;edad pueden ser buscadas. Tiempo de b&uacute;squeda es la abreviatura de partidos perfectos, y tiempo de recuperaci&oacute;n aumenta exponencialmente con el n&uacute;mero de ediciones permitido. DISPONIBILIDAD: El c&oacute;digo fuente de C++ para PatMaN se distribuye bajo la Licencia P&uacute;blica General de GNU y se ha probado en el sistema operativo GNU/Linux. Est&aacute; disponible desde http://bioinf.eva.mpg.de/patman. INFORMACI&Oacute;N complementaria: Datos complementarios est&aacute;n disponibles en Bioinform&aacute;tica en l&iacute;nea.

PatMaN: r&aacute;pido alineamiento de secuencias cortas para grandes bases de datos.

&#x4E00;&#x4E2A;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53; (mt) &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x662F;&#x4ECE;&#x4E2A;&#x522B; 38,000 &#x5C81; Neandertal &#x6539;&#x9020;&#x7684; 8341 mtDNA &#x5E8F;&#x5217;&#x786E;&#x5B9A; 4.8 Gb &#x7684; DNA &#x751F;&#x6210;&#x4ECE;&#x5927;&#x7EA6; 0.3 g &#x7684;&#x9AA8;&#x4E4B;&#x95F4;&#x3002;&#x88C5;&#x914D;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x6BEB;&#x4E0D;&#x542B;&#x7CCA;&#x5730;&#x89C4;&#x5B9A; Neandertal &#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x53D8;&#x5F02;&#x7684;&#x73B0;&#x5B58;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B; mtDNAs&#xFF0C;&#x4E0D;&#x5C5E;&#x4E8E;&#x548C;&#x5141;&#x8BB8;&#x5206;&#x6B67;&#x65E5;&#x671F;&#x4E4B;&#x95F4;&#xFF0C;&#x4E24;&#x4E2A; mtDNA &#x5931;&#x4F20;&#x7684; 660,000 + 140,000 &#x5E74;&#x7684;&#x4F30;&#x8BA1;&#x6570;&#x3002;&#x5728;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7F16;&#x7801;&#x7684; 13 &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#xFF0C;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x547C;&#x5438;&#x94FE;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8272;&#x7D20; c &#x6C27;&#x5316;&#x9176;&#x4E9A; 2 &#x5355;&#x4F4D;&#x81EA;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x5206;&#x79BB;&#x7ECF;&#x5386;&#x4E86;&#x6570;&#x76EE;&#x6700;&#x5927;&#x7684;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x66FF;&#x6362;&#x4E2D;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x7956;&#x5148;&#x3002;&#x6709;&#x8BC1;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#x51C0;&#x5316; mtDNA &#x6CA6;&#x843D;&#x7684;&#x521D;&#x7A3F;&#x4E2D;&#x7684;&#x9009;&#x5B9A;&#x5185;&#x5BB9;&#x76F8;&#x6BD4;&#x5176;&#x4ED6;&#x7075;&#x957F;&#x7C7B;&#x8C31;&#x7CFB;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x8868;&#x660E;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x7684;&#x6709;&#x6548;&#x79CD;&#x7FA4;&#x5927;&#x5C0F;&#x5C0F;&#x3002;

&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x5B8C;&#x6210;&#x521D;&#x7A3F;&#x3002;

A complete mitochondrial (mt) genome sequence was reconstructed from a 38,000 year-old Neandertal individual with 8341 mtDNA sequences identified among 4.8 Gb of DNA generated from approximately 0.3 g of bone. Analysis of the assembled sequence unequivocally establishes that the Neandertal mtDNA falls outside the variation of extant human mtDNAs, and allows an estimate of the divergence date between the two mtDNA lineages of 660,000 +/- 140,000 years. Of the 13 proteins encoded in the mtDNA, subunit 2 of cytochrome c oxidase of the mitochondrial electron transport chain has experienced the largest number of amino acid substitutions in human ancestors since the separation from Neandertals. There is evidence that purifying selection in the Neandertal mtDNA was reduced compared with other primate lineages, suggesting that the effective population size of Neandertals was small.

A complete Neandertal mitochondrial genome sequence determined by high-throughput sequencing.

Une s&eacute;quence du g&eacute;nome mitochondrial complet (mt) a &eacute;t&eacute; reconstruite &agrave; partir d&#39;un Neandertal ans 38 000 individuels avec des s&eacute;quences d&#39;ADN mitochondrial 8341 identifi&eacute;s entre 4,8 Go d&#39;ADN produit d&#39;environ 0,3 g d&#39;os. Analyse de la s&eacute;quence Assembl&eacute;e &eacute;tablit sans &eacute;quivoque que l&#39;ADNmt de Neandertal ne rel&egrave;ve pas de la variation de l&#39;ADNmt humain existants et permet une estimation de la date de divergence entre les deux lign&eacute;es d&#39;ADNmt de 660 000 +/-140 000 ans. Des 13 prot&eacute;ines cod&eacute;es dans l&#39;ADN mitochondrial, sous-unit&eacute; 2 de cytochrome c oxydase de la cha&icirc;ne mitochondriale de transport d&#39;&eacute;lectrons a connu le plus grand nombre de substitutions d&#39;acides amin&eacute;s dans les anc&ecirc;tres de l&#39;homme depuis la s&eacute;paration des N&eacute;andertaliens. Il est prouv&eacute; que purifier la s&eacute;lection dans le Neandertal ADNmt a &eacute;t&eacute; r&eacute;duite par rapport aux autres lign&eacute;es de primates, sugg&eacute;rant que la taille effective de la population de N&eacute;andertal &eacute;tait petite.

Un Neandertal complet du g&eacute;nome mitochondrial s&eacute;quence d&eacute;termin&eacute;e par s&eacute;quen&ccedil;age haut-d&eacute;bit.

Eine vollst&auml;ndige mitochondriale (Mt)-Genom-Sequenz wurde mit 8341 MtDNA-Sequenzen identifiziert unter 4,8 Gb von DNA aus ca. 0,3 g Knochen generiert aus einem 38.000 Jahre Neandertal einzelne rekonstruiert. Analyse der montierten Sequenz legt eindeutig fest, dass die Neandertal MtDNA nicht in die Variation der erhaltenen menschlichen MtDNAs f&auml;llt und eine Sch&auml;tzung des Datums Divergenz zwischen den zwei MtDNA Abstammungen von 660.000 +/-140.000 Jahren erm&ouml;glicht. Der 13 Proteine codiert in der MtDNA hat 2-Untereinheit des Cytochrom-C-Oxidase der mitochondrialen Atmungskette die gr&ouml;&szlig;te Zahl von Aminos&auml;ure-Ersetzungen in menschlichen Vorfahren seit der Trennung von Neandertals erlebt. Es gibt Hinweise, dass reinigende Selektion aus dem Neandertal MtDNA reduziert wurde mit anderen Primaten-Linien verglichen, was darauf hindeutet, dass die effektive Populationsgr&ouml;&szlig;e des Neandertals klein war.

Eine komplette Neandertal mitochondrialen Genom-Sequenz von Hochdurchsatz-Sequenzierung bestimmt.

Una sequenza del genoma mitocondriale completo (mt) &egrave; stata ricostruita da un Neandertal di 38.000 anni individuale con 8341 sequenze di DNA mitocondriale identificate tra 4,8 Gb di DNA generato da circa 0,3 g di osso. Analisi della sequenza montata stabilisce inequivocabilmente che il mtDNA di Neandertal non rientra la variazione dei mtDNAs umani esistenti e permette una stima della data divergenza tra i due lignaggi di mtDNA di 660.000 + 140.000 anni. Delle 13 proteine codificate nel mtDNA, subunit&agrave; 2 di citocromo c ossidasi della catena di trasporto degli elettroni mitocondriale ha sperimentato il maggior numero di sostituzioni dell&#39;amminoacido in antenati umani poich&eacute; la separazione da Neandertals. Ci sono prove che purificante selezione nel Neandertal mtDNA &egrave; stato ridotto rispetto a altri lignaggi di primate, suggerendo che la dimensione effettiva della popolazione di Neandertals era piccola.

Un Neandertal completa sequenza del genoma mitocondriale determinato dal sequenziamento di alto-rendimento.

&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; (mt) &#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F; 38,000 &#x6B73; Neandertal &#x304B;&#x3089;&#x500B;&#x5225; 8341 mtDNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x9593;&#x3067; 4.8 Gb &#x9AA8;&#x306E;&#x7D04; 0.3 g &#x304B;&#x3089;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x308B; DNA &#x306E;&#x8B58;&#x5225;&#x3068;&#x518D;&#x5EFA;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x7D44;&#x307F;&#x7ACB;&#x3066;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x306B;&#x306F;&#x306F;&#x3063;&#x304D;&#x308A;&#x3068;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x304C;&#x73FE;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E; Mtdna &#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x5916;&#x306B;&#x8A72;&#x5F53;&#x3057;&#x3001;&#x767A;&#x6563;&#x65E5;&#x4ED8; 2 &#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x7CFB;&#x7D71; 660,000 &plusmn; 14&#x4E07;&#x5E74;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x306B;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x305F; 13 &#x306E;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x96FB;&#x5B50;&#x4F1D;&#x9054;&#x9396;&#x30B7;&#x30C8;&#x30AF;&#x30ED;&#x30E0; c &#x9178;&#x5316;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30E6;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C8; 2 &#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x5206;&#x96E2;&#x4EE5;&#x6765;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x7956;&#x5148;&#x306E;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x7F6E;&#x63DB;&#x306E;&#x6700;&#x5927;&#x6570;&#x3092;&#x7D4C;&#x9A13;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x305F;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x306E;&#x6D44;&#x5316;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306A;&#x4EBA;&#x53E3;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x304C;&#x5C0F;&#x3055;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x305D;&#x306E;&#x4ED6;&#x970A;&#x9577;&#x985E;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3068;&#x3044;&#x3046;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x304C;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x3002;

&#xC644;&#xC804; &#xD55C; &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; (&#xC0B0;) &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB294; &#xAC1C;&#xBCC4; 38000 &#xC138; Neandertal&#xC5D0;&#xC11C; &#xC57D; 0.3 g&#xC758; &#xBF08;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xC131; &#xB41C; DNA&#xC758; 4.8 g b &#xC911; &#xC2DD;&#xBCC4; 8341 mtDNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC7AC;&#xAC74; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC870;&#xB9BD; &#xC21C;&#xC11C;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xBA85;&#xBC31; &#xD558; &#xAC8C; Neandertal mtDNA &#xD604;&#xC874; &#xC778;&#xAC04; Mtdnas&#xC758; &#xD3B8;&#xCC28;&#xB97C; &#xBC97;&#xC5B4;&#xB098;&#xB294; &#xACE0; 140000 &#xB144; + 660,000&#xC758; &#xB450; mtDNA &#xACC4;&#xBCF4; &#xC0AC;&#xC774; &#xBD84;&#xAE30; &#xB0A0;&#xC9DC; &#xACAC;&#xC801;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xB3C4;&#xB85D; &#xC124;&#xC815; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Mtdna&#xC5D0; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xB41C; 13 &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC18C; &#xB2E8;&#xC704; 2 &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; &#xC804;&#xC790; &#xC218;&#xC1A1; &#xCCB4;&#xC778;&#xC758; &#xC2DC; &#xD1A0; &#xD06C;&#xB86C; c &#xC0B0;&#xD654; &#xD6A8;&#xC18C; Neandertals&#xC5D0;&#xC11C; &#xBD84;&#xB9AC; &#xC774;&#xD6C4; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC870;&#xC0C1;&#xC5D0; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xB97C; &#xD568;&#xC720;&#xD55C; &#xC0B0; &#xC131; &#xB300;&#xCCB4;&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD070; &#xC218;&#xB97C; &#xACBD;&#xD5D8; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC99D;&#xAC70;&#xB294; Neandertals&#xC758; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xAD6C; &#xD06C;&#xAE30;&#xB294; &#xC791;&#xC740; &#xC81C;&#xC548; &#xB2E4;&#xB978; &#xC601;&#xC7A5;&#xB958; &#xACC4;&#xBCF4;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xC815;&#xD654; mtDNA &#xAC10;&#xC18C; &#xD588;&#xB2E4; Neandertal&#xC758; &#xC120;&#xD0DD; &#xC774;&#xB2E4;.

&#xC644;&#xC804; &#xD55C; Neandertal &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACB0;&#xC815; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Una secuencia del genoma mitocondrial completo (mt) fue reconstruida de un Neandertal de a&ntilde;os 38.000 individuales con 8341 secuencias de mtDNA entre 4,8 Gb de ADN generado a partir de aproximadamente 0,3 g de hueso. An&aacute;lisis de la secuencia montado establece inequ&iacute;vocamente que el Neandertal mtDNA cae fuera de la variaci&oacute;n de mtDNAs humanos existentes y permite una estimaci&oacute;n de la fecha de divergencia entre los dos linajes de mtDNA de 660.000 +/-140.000 a&ntilde;os. De las 13 prote&iacute;nas codificadas en el ADNmt, subunidad 2 de citocromo c oxidasa de la cadena de transporte de electrones mitocondrial ha experimentado el mayor n&uacute;mero de sustituciones de amino&aacute;cidos en los antepasados humanos desde la separaci&oacute;n de los neandertales. Existen evidencias que purificar la selecci&oacute;n en el Neandertal mtDNA se redujo en comparaci&oacute;n con otros linajes de primates, lo que sugiere que el tama&ntilde;o efectivo de poblaci&oacute;n de neandertales era peque&ntilde;o.

Un Neandertal completa secuencia del genoma mitocondrial determinado por secuenciaci&oacute;n de alto rendimiento.

Neandertal DNA &#x5206;&#x6790;&#x5B58;&#x5728;&#x5DE8;&#x5927;&#x6F5C;&#x529B;&#x7684;&#x8C03;&#x67E5;&#x4EBA;&#x53E3;&#x5386;&#x53F2;&#x8FD9;&#x4E00;&#x7FA4;&#x4F53;&#x7684;&#x667A;&#x4EBA;&#xFF0C;&#x4F46;&#x8FDB;&#x5C55;&#x4E00;&#x76F4;&#x6709;&#x9650;&#x7531;&#x4E8E;&#x6837;&#x672C;&#x548C; DNA &#x7684;&#x635F;&#x574F;&#x7684;&#x72B6;&#x6001;&#x7684;&#x7470;&#x5B9D;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x68C0;&#x7D22;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x5927;&#x5927;&#x51CF;&#x5C11;&#x6837;&#x54C1;&#x9500;&#x6BC1;&#x548C;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x8981;&#x6C42;&#xFF0C;&#x5E76;&#x4F7F;&#x7528;&#x6B64;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x91CD;&#x5EFA;&#x5B8C;&#x6574;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53; DNA (mtDNA) &#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E94;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x4ECE;&#x5176;&#x5730;&#x7406;&#x8303;&#x56F4;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x5728;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#xFF0C;&#x4F4F;&#x5728; 38,000 &#x5230;&#x4E03;&#x4E07;&#x5E74;&#x524D;&#x5E74;&#x524D; mtDNA &#x9057;&#x4F20;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x662F;&#x5927;&#x7EA6;&#x4E09;&#x5206;&#x4E4B;&#x4E00;&#x7684;&#x5728;&#x5F53;&#x4EE3;&#x7684;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x3002;&#x4E0E;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x86CB;&#x767D;&#x6F14;&#x53D8;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#x7684;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x7684;&#x957F;&#x671F;&#x6709;&#x6548;&#x79CD;&#x7FA4;&#x5927;&#x5C0F;&#x662F;&#x6BD4;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x548C;&#x73B0;&#x5B58;&#x7C7B;&#x4EBA;&#x733F;&#x7684;&#x5C11;&#x3002;

&#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x5730;&#x7684;&#x68C0;&#x7D22;&#x548C;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x4E94;&#x4E2A; Neandertal &#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;

Analysis of Neandertal DNA holds great potential for investigating the population history of this group of hominins, but progress has been limited due to the rarity of samples and damaged state of the DNA. We present a method of targeted ancient DNA sequence retrieval that greatly reduces sample destruction and sequencing demands and use this method to reconstruct the complete mitochondrial DNA (mtDNA) genomes of five Neandertals from across their geographic range. We find that mtDNA genetic diversity in Neandertals that lived 38,000 to 70,000 years ago was approximately one-third of that in contemporary modern humans. Together with analyses of mtDNA protein evolution, these data suggest that the long-term effective population size of Neandertals was smaller than that of modern humans and extant great apes.

Targeted retrieval and analysis of five Neandertal mtDNA genomes.

Analyse de l&#39;ADN de Neandertal offre de grandes possibilit&eacute;s pour l&#39;&eacute;tude de l&#39;histoire de la population de ce groupe des hominin&eacute;s, mais les progr&egrave;s ont &eacute;t&eacute; limit&eacute;s en raison de la raret&eacute; des &eacute;chantillons et &eacute;tat endommag&eacute; de l&#39;ADN. Nous pr&eacute;sentons une m&eacute;thode d&#39;antique DNA sequence recherche cibl&eacute;e qui r&eacute;duit consid&eacute;rablement la destruction de l&#39;&eacute;chantillon et le s&eacute;quen&ccedil;age des demandes et cette m&eacute;thode permet de reconstruire les g&eacute;nomes mitochondriaux complets d&#39;ADN (ADN mitochondrial) de cinq N&eacute;andertaliens de dans l&#39;ensemble de leur aire de r&eacute;partition g&eacute;ographique. Nous constatons que l&#39;ADN mitochondrial diversit&eacute; g&eacute;n&eacute;tique chez les N&eacute;andertaliens qui vivait il y a 38 000 &agrave; 70 000 ans &eacute;tait environ le tiers de celui chez l&#39;homme moderne contemporain. Avec des analyses de l&#39;&eacute;volution des prot&eacute;ines ADN mitochondrial, ces donn&eacute;es sugg&egrave;rent que la taille effective de la population &agrave; long terme des N&eacute;andertaliens a &eacute;t&eacute; inf&eacute;rieure &agrave; celle des hommes modernes et les grands singes.

Recherche cibl&eacute;e et l&#39;analyse des cinq g&eacute;nomes d&#39;ADNmt de Neandertal.

Analyse von Neandertal DNA h&auml;lt gro&szlig;es Potential f&uuml;r die Untersuchung der Bev&ouml;lkerung-Geschichte dieser Gruppe von Homininae, aber Fortschritte sind aufgrund der Seltenheit der Proben und besch&auml;digten Zustand der DNA. Wir pr&auml;sentieren eine Methode zur gezielten alte DNA Sequenz Abruf bereit, der Probe Zerst&ouml;rung und Sequenzierung Forderungen erheblich reduziert und verwenden Sie diese Methode, um die komplette mitochondriale DNA (MtDNA) Genome von f&uuml;nf Neandertals aus in ihrem geografischen Umfeld zu rekonstruieren. Wir finden, dass genetische Diversit&auml;t der MtDNA in Neandertals, die vor 38.000 bis 70.000 Jahren lebte etwa ein Drittel davon in zeitgen&ouml;ssischen modernen Menschen war. Zusammen mit der Analyse der MtDNA Protein Evolution zufolge diese Daten die langfristige effektive Populationsgr&ouml;&szlig;e des Neandertals kleiner als die des modernen Menschen und erhaltenen Menschenaffen war.

Gezielte Abruf- und Analyse von f&uuml;nf Neandertal MtDNA Genomen.

Analisi del DNA Neandertal detiene un grande potenziale per indagare la storia della popolazione di questo gruppo di ominidi, ma i progressi sono stati limitati a causa della rarit&agrave; dei campioni e stato danneggiato del DNA. Noi presentiamo un metodo mirato antico DNA sequenza recupero che riduce notevolmente la distruzione del campione e sequenziamento richieste e utilizzare questo metodo per ricostruire il genoma di DNA (mtDNA) mitocondriale completo di cinque Neandertals da attraverso il loro areale geografico. Troviamo che la diversit&agrave; genetica del DNA mitocondriale in Neandertals che visse 38.000 a 70.000 anni fa era circa un terzo di quello in contemporanei degli esseri umani moderni. Insieme con l&#39;analisi dell&#39;evoluzione della proteina del DNA mitocondriale, questi dati suggeriscono che la dimensione della popolazione efficace a lungo termine di Neandertals era inferiore a quella degli esseri umani moderni e grandi scimmie esistenti.

Recupero mirato e l&#39;analisi di cinque genomi mtDNA di Neandertal.

&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E; DNA &#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x30DB;&#x30DF;&#x30CB;&#x30F3;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x306E;&#x6B74;&#x53F2;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x4FDD;&#x6301;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x9032;&#x884C;&#x306F;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x304A;&#x3088;&#x3073; DNA &#x306E;&#x7834;&#x640D;&#x3057;&#x305F;&#x72B6;&#x614B;&#x306E;&#x5E0C;&#x5C11;&#x6027;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x5236;&#x9650;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x7834;&#x58CA;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x8981;&#x6C42;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x7D5E;&#x3063;&#x305F;&#x306E;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x691C;&#x7D22;&#x306E;&#x624B;&#x6CD5;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066; 5 &#x3064;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; DNA (mtDNA) &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x8D8A;&#x3048;&#x3066;&#x5730;&#x7406;&#x7684;&#x7BC4;&#x56F2;&#x3092;&#x518D;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x304C; 70,000 &#x306B; 38,000 &#x5E74;&#x524D;&#x4F4F;&#x3093;&#x3067;&#x3044;&#x305F;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x73FE;&#x4EE3;&#x7684;&#x306A;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x7D04; 1/3 &#x306E;&#x3053;&#x3068;&#x3060;&#x3063;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x307E;&#x3059;&#x3002;MtDNA &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3068;&#x3068;&#x3082;&#x306B;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x306E;&#x9577;&#x671F;&#x306E;&#x52B9;&#x679C;&#x7684;&#x306A;&#x4EBA;&#x53E3;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x306F;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x3068;&#x73FE;&#x751F;&#x985E;&#x4EBA;&#x733F;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x5C11;&#x306A;&#x3044;&#x3068;&#x8003;&#x3048;&#x3089;&#x308C;&#x305F;.

&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x7D5E;&#x3063;&#x305F;&#x691C;&#x7D22;&#x3068; 5 &#x3064;&#x306E;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2; Dna &#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x89E3;&#x6790;&#x3002;

Neandertal DNA&#xC758; &#xBD84;&#xC11D; &#xC870;&#xC0AC; hominins,&#xC774; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC758; &#xC778;&#xAD6C; &#xC5ED;&#xC0AC;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xC911;&#xB300; &#xD55C; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xB825;&#xC744; &#xBCF4;&#xC720; &#xD558; &#xACE0; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC9C4;&#xD589; &#xC0D8;&#xD50C; &#xBC0F; DNA&#xC758; &#xC190;&#xC0C1;&#xB41C; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC758; &#xD76C;&#xADC0; &#xD55C; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC81C;&#xD55C; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB300;&#xC0C1;&#xB41C; &#xACE0; &#xB300; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAC80;&#xC0C9; &#xC0D8;&#xD50C; &#xD30C;&#xAD34; &#xBC0F; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC694;&#xAD6C; &#xC0AC;&#xD56D;&#xC744; &#xD06C;&#xAC8C; &#xAC10;&#xC18C; &#xC2DC;&#xD0A4;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC81C;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0;&#xC774; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC9C0;&#xB9AC;&#xC801; &#xBC94;&#xC704;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &#xC644;&#xC804; &#xD55C; &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; DNA (mtDNA) &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0;&#xC11C; 5 Neandertals&#xC758; &#xC7AC;&#xAD6C;&#xC131;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; mtDNA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131; 38000 70000 &#xB144; &#xC804;&#xC5D0; &#xC0B4;&#xC558;&#xB358; Neandertals&#xC5D0;&#xB294; &#xC57D; 1 / 3&#xB294; &#xD604;&#xB300; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCC3E;&#xC744;. MtDNA &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC9C4;&#xD654;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;, &#xD568;&#xAED8; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; Neandertals&#xC758; &#xC7A5;&#xAE30; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xAD6C; &#xD06C;&#xAE30;&#xB294; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;&#xACFC; &#xD604;&#xC874; &#xC720;&#xC778;&#xC6D0;&#xC758; &#xADF8;&#xAC83; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xC791;&#xC740; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB300;&#xC0C1;&#xB41C; &#xAC80;&#xC0C9; &#xBC0F; 5 &#xAC1C;&#xC758; Neandertal mtDNA &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;.

An&aacute;lisis de ADN del Neandertal tiene gran potencial para la investigaci&oacute;n de la historia de la poblaci&oacute;n de este grupo de hom&iacute;nidos, pero el progreso ha sido limitado debido a la rareza de las muestras y estado da&ntilde;ado de la DNA. Presentamos un m&eacute;todo de espec&iacute;fica antigua recuperaci&oacute;n de secuencia de ADN que reduce la destrucci&oacute;n de la muestra y la secuenciaci&oacute;n de las demandas y utiliza este m&eacute;todo para reconstruir los genomas completos de ADN (mtDNA) mitocondriales de cinco neandertales de a trav&eacute;s de su &aacute;rea de distribuci&oacute;n geogr&aacute;fica. Encontramos que la diversidad gen&eacute;tica del mtDNA en neandertales que vivieron hace de 38.000 a 70.000 a&ntilde;os era aproximadamente un tercio de los en los seres humanos modernos contempor&aacute;neos. Junto con el an&aacute;lisis de la evoluci&oacute;n de prote&iacute;nas mtDNA, estos datos sugieren que el tama&ntilde;o efectivo de poblaci&oacute;n a largo plazo de los neandertales era menor que la de los seres humanos modernos y los grandes simios.

Recuperaci&oacute;n espec&iacute;fico y an&aacute;lisis de genomas de mtDNA de Neandertal cinco.

&#x867D;&#x7136;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x51FA;&#x73B0;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x542F;&#x7528;&#x4E86;&#x706D;&#x7EDD;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#xFF0C;&#x5728;&#x52A0;&#x901F;&#x4ECE;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x964D;&#x89E3; DNA &#x7684;&#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x7684;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x65B9;&#x9762;&#x53D6;&#x5F97;&#x4E86;&#x8FDB;&#x5C55;&#x751A;&#x5FAE;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x53E4;&#x4EE3;&#x548C;&#x9000;&#x5316;&#x7684; DNA&#xFF0C;&#x90A3;&#x4E00;&#x5BF9;&#x592B;&#x5987;&#x76F4;&#x63A5;&#x4E0E;&#x6837;&#x54C1;&#x6761;&#x5F62;&#x7801;&#x548C;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x591A;&#x91CD; PCR &#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x578B;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x654F;&#x611F;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x83B7;&#x5F97; 96%&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x4ECE; 31 &#x6D1E;&#x718A; &#xFF08;Ursus spelaeus&#xFF09; &#x6837;&#x54C1;&#x4F7F;&#x7528;&#x53EA;&#x6709;&#x4E24;&#x4E2A; 454 &#x751F;&#x547D;&#x79D1;&#x5B66; (&#x7F57;&#x6C0F;) GS FLX &#x8FD0;&#x884C;&#x3002;&#x4E0E;&#x4EE5;&#x5F80;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x53EA;&#x4F9D;&#x9760;&#x77ED;&#x5E8F;&#x5217;&#x7247;&#x6BB5;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x4E2D;&#x7684;&#x91CD;&#x590D;&#x90E8;&#x5206;&#x5305;&#x62EC;&#x51E0;&#x4E4E; 10 kb &#x7684;&#x590D;&#x5236;&#x7684;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x5141;&#x8BB8;&#x660E;&#x786E;&#x5206;&#x5316;&#x7684;&#x4E09;&#x4E2A;&#x4E3B;&#x8981;&#x7684;&#x6D1E;&#x718A; clades&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x5F00;&#x8F9F;&#x7684;&#x673A;&#x4F1A;&#xFF0C;&#x540C;&#x65F6;&#x4F7F;&#x8BB8;&#x591A; kilobases &#x7684;&#x91CD;&#x53E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x4ECE;&#x56F0;&#x96BE;&#x7684;&#x6837;&#x672C;&#xFF0C;&#x5982;&#x535A;&#x7269;&#x9986;&#x6807;&#x672C;&#x3001; &#x533B;&#x7597;&#x96C6;&#x5408;&#x6216;&#x6CD5;&#x533B;&#x6837;&#x54C1;&#x7684;&#x5927;&#x96C6;&#x3002;&#x5D4C;&#x5165;&#x5728;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x505A;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x7528;&#x4E8E;&#x5EFA;&#x8BBE;&#x7684;&#x6761;&#x5F62;&#x7801;&#x7684;&#x65B0;&#x534F;&#x8BAE;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5E93;&#xFF0C;&#x6240;&#x6709;&#x5F53;&#x524D;&#x7684;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x6280;&#x672F;&#x4E0E;&#x517C;&#x5BB9;&#x7684;&#x5E76;&#x4E14;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5B8C;&#x5168;&#x5728;&#x677F;&#x5B89;&#x88C5;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x4E2D;&#x6267;&#x884C;&#x3002;

&#x76F4;&#x63A5;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x591A;&#x91CD;&#x6CD5; &#xFF08;&#x64AD;&#x653E;&#x5668;&#xFF09; &mdash; &mdash; &#x53E4;&#x4EE3;&#x548C;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x9000;&#x5316;&#x7684; DNA &#x6D4B;&#x5E8F;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x6709;&#x9488;&#x5BF9;&#x6027;&#x7684;&#x65B0;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;

Although the emergence of high-throughput sequencing technologies has enabled whole-genome sequencing from extinct organisms, little progress has been made in accelerating targeted sequencing from highly degraded DNA. Here, we present a novel and highly sensitive method for targeted sequencing of ancient and degraded DNA, which couples multiplex PCR directly with sample barcoding and high-throughput sequencing. Using this approach, we obtained a 96% complete mitochondrial genome data set from 31 cave bear (Ursus spelaeus) samples using only two 454 Life Sciences (Roche) GS FLX runs. In contrast to previous studies relying only on short sequence fragments, the overlapping portion of our data comprises almost 10 kb of replicated mitochondrial genome sequence, allowing for the unambiguous differentiation of three major cave bear clades. Our method opens up the opportunity to simultaneously generate many kilobases of overlapping sequence data from large sets of difficult samples, such as museum specimens, medical collections, or forensic samples. Embedded in our approach, we present a new protocol for the construction of barcoded sequencing libraries, which is compatible with all current high-throughput technologies and can be performed entirely in plate setup.

Direct multiplex sequencing (DMPS)--a novel method for targeted high-throughput sequencing of ancient and highly degraded DNA.

Bien que l&#39;&eacute;mergence de technologies de s&eacute;quen&ccedil;age haut d&eacute;bit a permis le s&eacute;quen&ccedil;age du g&eacute;nome entier d&#39;organismes &eacute;teints, peu de progr&egrave;s accompli dans l&#39;acc&eacute;l&eacute;ration cibl&eacute; de s&eacute;quen&ccedil;age d&#39;ADN tr&egrave;s d&eacute;grad&eacute;. Nous pr&eacute;sentons ici une m&eacute;thode nouvelle et tr&egrave;s sensible pour le s&eacute;quen&ccedil;age cibl&eacute; de l&#39;ADN ancien et d&eacute;grad&eacute;, quels couples multiplex PCR directement avec &eacute;chantillon barcoding et s&eacute;quen&ccedil;age haut-d&eacute;bit. En utilisant cette approche, nous obtenu un ensemble de donn&eacute;es du g&eacute;nome mitochondrial complet de 96 % des 31 ours des cavernes (Ursus spelaeus) &eacute;chantillons &agrave; l&#39;aide de seulement deux 454 Life Sciences (Roche) GS FLX s&#39;ex&eacute;cute. Contrairement aux &eacute;tudes ant&eacute;rieures en s&#39;appuyant uniquement sur des fragments de la courte s&eacute;quence, la partie recouverte de nos donn&eacute;es compose de presque 10 Ko de la s&eacute;quence du g&eacute;nome mitochondrial r&eacute;pliqu&eacute;, permettant la diff&eacute;renciation claire des trois clades ours de caverne majeur. Notre m&eacute;thode s&#39;ouvre la possibilit&eacute; de g&eacute;n&eacute;rer simultan&eacute;ment des kilobases beaucoup de donn&eacute;es sur les s&eacute;quences qui se chevauchent de grands ensembles d&#39;&eacute;chantillons difficiles, tels que des sp&eacute;cimens de mus&eacute;e, les collections m&eacute;dicales ou &eacute;chantillons l&eacute;gale. Incorpor&eacute; dans notre approche, nous pr&eacute;sentons un nouveau protocole pour la construction de barcoded biblioth&egrave;ques de s&eacute;quen&ccedil;age, qui est compatible avec toutes les technologies de haut d&eacute;bit actuels et peut &ecirc;tre r&eacute;alis&eacute;e enti&egrave;rement dans la configuration de la plaque.

S&eacute;quen&ccedil;age multiplex direct (DMP)--une nouvelle m&eacute;thode pour cibl&eacute;e haut d&eacute;bit de s&eacute;quen&ccedil;age de l&#39;ADN ancien et tr&egrave;s d&eacute;grad&eacute;e.

Obwohl die Entstehung von Hochdurchsatz-Technologien ganz-Genom-Sequenzierung von ausgestorbenen Organismen aktiviert hat, hat wenig Fortschritte in gezielte Sequenzierung von stark abgebauten DNA zu beschleunigen. Hier pr&auml;sentieren wir eine neuartige und hochempfindliche Methode f&uuml;r gezielte Sequenzierung der antiken und degradierten DNA, welche Paare-PCR direkt mit Beispiel Barcoding und Hochdurchsatz-Sequenzierung Multiplex. Mit diesem Ansatz wir entnommen einer Datengruppe 96 % vollst&auml;ndige mitochondriale Genom 31 H&ouml;hlenb&auml;r (Ursus Spelaeus) Proben mit nur zwei 454 Life Sciences (Roche) GS FLX ausgef&uuml;hrt wird. Im Gegensatz zu fr&uuml;heren Studien, die nur auf kurze Sequenz Fragmente umfasst der &uuml;berlappende Teil unserer Daten fast 10 kb replizierten mitochondrialen Genom-Sequenz, zulassend die eindeutige Differenzierung der drei gro&szlig;en H&ouml;hle B&auml;r Kladen. Unsere Methode er&ouml;ffnet die M&ouml;glichkeit, gleichzeitig viele Kilobases von &uuml;berlappenden Sequenzdaten aus gro&szlig;e Mengen von schwierigen Proben wie Museumsexemplaren, medizinischen Sammlungen oder forensische Proben zu generieren. Eingebettet in unserem Ansatz, pr&auml;sentieren wir ein neues Protokoll f&uuml;r den Bau von Barcode Sequenzierung Bibliotheken, die ist kompatibel mit allen aktuellen Hochdurchsatz-Technologien und vollst&auml;ndig im Teller-Setup ausgef&uuml;hrt werden k&ouml;nnen.

Direkte multiplex-Sequenzierung (DMPS)--eine neuartige Methode zur gezielten Hochdurchsatz-Sequenzierung der alten und stark abgebauten DNA.

Sebbene l&#39;emergere delle tecnologie high-throughput sequencing ha permesso intero-genome sequencing da organismi estinti, piccoli progressi compiuti nell&#39;accelerare la sequenziazione mirata da DNA altamente degradato. Qui di seguito, presentiamo un metodo altamente sensibile e romanzo mirati sequenziamento del DNA antico e degradato, quali coppie multiplex PCR direttamente con sequenza di alto-rendimento e campione barcoding. Utilizzando questo approccio, abbiamo ottenuto un set di dati completa del genoma mitocondriale 96% dal 31 orso (Ursus spelaeus) campioni utilizzando solo due 454 Life Sciences (Roche) GS FLX corre. A differenza di precedenti studi basandosi solo su frammenti di sequenza corta, la sovrapposizione porzione dei nostri dati comprende quasi 10 kb di sequenza del genoma mitocondriale replicata, consentendo l&#39;inequivocabile differenziazione delle tre principali grotta orso cladi. Il nostro metodo si apre la possibilit&agrave; di generare simultaneamente molti kilobasi di sovrapposizione dei dati di sequenza da grandi insiemi di campioni difficili, quali esemplari del Museo, collezioni medicale o campioni forensi. Incorporato nel nostro approccio, vi presentiamo un nuovo protocollo per la costruzione del codice a barre librerie di sequenziamento, che &egrave; compatibile con tutte le tecnologie high-throughput attuale e pu&ograve; essere eseguita interamente in installazione piastra.

Multiplex sequenziamento diretto (DMPS) - un nuovo metodo per mirati high-throughput di sequenziamento del DNA antico e altamente degradato.

&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x6280;&#x8853;&#x306E;&#x51FA;&#x73FE;&#x304C;&#x7D76;&#x6EC5;&#x3057;&#x305F;&#x751F;&#x7269;&#x304B;&#x3089;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x6709;&#x52B9;&#x306B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x9032;&#x5C55;&#x304B;&#x3089;&#x9AD8;&#x3044;&#x52A3;&#x5316; DNA &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x52A0;&#x901F;&#x3067;&#x306A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3068;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x76F4;&#x63A5;&#x30DE;&#x30EB;&#x30C1;&#x30D7;&#x30EC;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9; PCR &#x306E;&#x30AB;&#x30C3;&#x30D7;&#x30EB;&#x304C;&#x53E4;&#x4EE3;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x4F4E;&#x4E0B;&#x3057;&#x305F; DNA &#x306E;&#x5BFE;&#x8C61;&#x3068;&#x306A;&#x308B;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5C0F;&#x8AAC;&#x3068;&#x6A5F;&#x5BC6;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x624B;&#x6CD5;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3059;&#x308B;.&#x3053;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005; 96 &#xFF05; &#x306E;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x304B;&#x3089; 31 &#x6D1E;&#x7A9F;&#x30D9;&#x30A2; 2 &#x3064;&#x3060;&#x3051; 454 &#x3092;&#x4F7F;&#x7528; (Ursus spelaeus) &#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x5F97;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D5; &#x30B5;&#x30A4;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9; &#xFF08;&#x30ED;&#x30C3;&#x30B7;&#x30E5;&#xFF09; GS FLX &#x5B9F;&#x884C;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x77ED;&#x3044;&#x4E00;&#x9023;&#x306E;&#x30D5;&#x30E9;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306B;&#x3060;&#x3051;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3068;&#x306F;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x91CD;&#x8907;&#x3057;&#x305F;&#x90E8;&#x5206;&#x307B;&#x307C; 10 kb &#x306E;&#x30EC;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B1;&#x30FC;&#x30C8;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30DF;&#x30C8;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C9;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;3 &#x3064;&#x306E;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x6D1E;&#x7A9F;&#x30D9;&#x30A2; &#x30AF;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C9;&#x306E;&#x660E;&#x78BA;&#x306A;&#x5DEE;&#x5225;&#x5316;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x81F4;&#x3057;&#x3066;&#x304A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x672C;&#x624B;&#x6CD5;&#x306F;&#x540C;&#x6642;&#x306B;&#x56F0;&#x96E3;&#x306A;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x535A;&#x7269;&#x9928;&#x306E;&#x6A19;&#x672C;&#x3001;&#x533B;&#x7642;&#x306E;&#x30B3;&#x30EC;&#x30AF;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x6CD5;&#x533B;&#x5B66;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x91CD;&#x8907;&#x3059;&#x308B;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x306E; kilobases &#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x6A5F;&#x4F1A;&#x3092;&#x958B;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3067;&#x57CB;&#x3081;&#x8FBC;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3001;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x306E;&#x5EFA;&#x8A2D;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x306F;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x6280;&#x8853;&#x3068;&#x4E92;&#x63DB;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x5B8C;&#x5168;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8; &#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x30A2;&#x30C3;&#x30D7;&#x3067;&#x5B9F;&#x884C;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x672C;.

&#x76F4;&#x63A5;&#x591A;&#x91CD;&#x914D;&#x5217; (DMP)--&#x53E4;&#x4EE3;&#x3068;&#x9AD8;&#x3044;&#x52A3;&#x5316; DNA &#x306E;&#x5BFE;&#x8C61;&#x3068;&#x306A;&#x308B;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x6CD5;&#x3002;

&#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xC220;&#xC758; &#xCD9C;&#xD604;&#xC740; &#xBA78;&#xC885; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xC124;&#xC815; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xC800;&#xD558; &#xB41C; DNA&#xC5D0;&#xC11C; &#xD0C0;&#xAC9F;&#xB41C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xAC00;&#xC18D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC57D;&#xAC04; &#xC9C4;&#xD589;&#xC774; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xACE0; &#xB300; &#xD558; &#xACE0; &#xC800;&#xD558; &#xB41C; DNA, &#xC5B4;&#xB5A4; &#xCEE4;&#xD50C; &#xC0D8;&#xD50C; &#xBC14;&#xCF54;&#xB4DC;&#xC640; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC9C1;&#xC811; PCR &#xB2E4;&#xC911;&#xD654;&#xC758; &#xD0C0;&#xAC9F;&#xB41C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC18C;&#xC124;&#xACFC; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xBBFC;&#xAC10;&#xD55C; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC81C;&#xC2DC;. &#xC774; &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;, &#xC6B0;&#xB9AC; 96% &#xC644;&#xB8CC; &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; &#xAC8C;&#xB188; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5BB;&#xC740; 31 &#xB3D9;&#xAD74; &#xACF0; (Ursus spelaeus) &#xC0D8;&#xD50C; &#xB450; 454&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC0DD;&#xBA85;&#xACFC;&#xD559; (&#xB85C;&#xC288;) GS FLX &#xC2E4;&#xD589; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC9E7;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC870;&#xAC01;&#xC5D0;&#xB9CC; &#xC758;&#xC874; &#xD558;&#xB294; &#xC774;&#xC804; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC640;&#xB294; &#xB300;&#xC870;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xACB9;&#xCE58;&#xB294; &#xBD80;&#xBD84; &#xAC70;&#xC758; 10 kb &#xC138; &#xC8FC;&#xC694; &#xB3D9;&#xAD74; &#xACF0; clades&#xC758; &#xBA85;&#xD655;&#xD55C; &#xCC28;&#xBCC4;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xBCF5;&#xC81C; &#xB41C; &#xBBF8;&#xD1A0; &#xCF58; &#xB4DC;&#xB9AC; &#xC544; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xBC29;&#xBC95;&#xC740; &#xB3D9;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xBC15;&#xBB3C;&#xAD00; &#xD45C;&#xBCF8;, &#xC758;&#xB8CC; &#xCEEC;&#xB809;&#xC158; &#xB610;&#xB294; &#xBC95;&#xC758;&#xD559; &#xC0D8;&#xD50C; &#xB4F1; &#xC5B4;&#xB824;&#xC6B4; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC758; &#xB300;&#xD615; &#xC138;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911;&#xCCA9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; kilobases&#xB97C; &#xC0DD;&#xC131; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xD68C;&#xB97C; &#xC5FD;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC5D0; &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xC120;&#xBB3C;&#xC774; &#xBC14;&#xCF54;&#xB4DC;&#xC758; &#xAC74;&#xC124;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xB294; &#xD604;&#xC7AC; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC; &#xAE30;&#xC220;&#xACFC; &#xD638;&#xD658; &#xB418; &#xACE0; &#xC644;&#xC804;&#xD788; &#xD50C;&#xB808;&#xC774;&#xD2B8; &#xC124;&#xCE58; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC218;&#xD589;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC9C1;&#xC811; &#xBA40;&#xD2F0;&#xD50C;&#xB809;&#xC2A4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; (DMPS)-&#xACE0; &#xB300; &#xD558; &#xACE0; &#xACE0;&#xB3C4;&#xB85C; &#xC800;&#xD558; &#xB41C; DNA&#xC758; &#xD0C0;&#xAC9F;&#xB41C; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xBC29;&#xBC95;.

Aunque la aparici&oacute;n de tecnolog&iacute;as de secuenciaci&oacute;n de alto rendimiento ha permitido la secuenciaci&oacute;n del genoma completo de organismos extintos, peque&ntilde;os progresos en acelerar la secuencia espec&iacute;fica de ADN altamente degradado. Aqu&iacute;, presentamos un m&eacute;todo novedoso y altamente sensible para espec&iacute;fica secuenciaci&oacute;n del ADN antiguo y degradado, que las parejas multiplexan PCR directamente con c&oacute;digo de barras muestra y secuenciaci&oacute;n de alto rendimiento. Usando esta aproximaci&oacute;n, obtuvimos un conjunto de datos del genoma mitocondrial completo de 96% de 31 oso de las cavernas (Ursus spelaeus) muestras utilizando s&oacute;lo dos 454 Life Sciences (Roche) GS FLX funciona. A diferencia de estudios anteriores confiando s&oacute;lo en fragmentos de secuencia corta, la porci&oacute;n superpuesta de nuestros datos comprende casi 10 kb de secuencia del genoma mitocondrial replicados, permitiendo la diferenciaci&oacute;n inequ&iacute;voca de tres principales cueva oso clades. Nuestro m&eacute;todo abre la oportunidad para generar simult&aacute;neamente muchos kilobases de datos superpuestos de la secuencia de grandes conjuntos de muestras dif&iacute;ciles, como espec&iacute;menes de Museo, colecciones m&eacute;dicas o muestras forenses. Arraigada en nuestro enfoque, presentamos un nuevo protocolo para la construcci&oacute;n de c&oacute;digo de barras las bibliotecas de la secuencia, que es compatible con todas las tecnolog&iacute;as actuales de alto rendimiento y puede realizarse enteramente en la configuraci&oacute;n de la placa.

Secuencia m&uacute;ltiplex directa (DMPS)--un novedoso m&eacute;todo de secuenciaci&oacute;n de alto rendimiento espec&iacute;fico de ADN antiguo y muy degradada.

&#x7167;&#x6392;&#x80F6;&#x7247;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x5668;&#x751F;&#x6210;&#x6570;&#x4EE5;&#x767E;&#x4E07;&#x8BA1;&#x7684;&#x77ED;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x8BFB;&#x53D6;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D; Ibis &#xFF08;&#x6539;&#x8FDB;&#x57FA;&#x8BC6;&#x522B;&#x7CFB;&#x7EDF;&#xFF09;&#xFF0C;&#x51C6;&#x786E;&#x3001; &#x5FEB;&#x901F;&#x548C;&#x5BB9;&#x6613;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x57FA;&#x7C7B;&#x8C03;&#x7528;&#x65B9;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x5927;&#x5927;&#x964D;&#x4F4E;&#x4E86;&#x6545;&#x969C;&#x7387;&#x548C;&#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x53EF;&#x7528;&#x8BFB;&#x53D6;&#x8F93;&#x51FA;&#x3002;Ibis &#x662F;&#x66F4;&#x5FEB;&#x3001; &#x66F4;&#x53EF;&#x9760;&#x5316;&#x5B66;&#x548C;&#x6280;&#x672F;&#x65B9;&#x9762;&#x6BD4;&#x5176;&#x4ED6;&#x516C;&#x5F00;&#x53EF;&#x7528;&#x7684;&#x8F6F;&#x4EF6;&#x5305;&#x3002;Ibis &#x662F; gpl &#x4ECE; http://bioinf.eva.mpg.de/Ibis/ &#x514D;&#x8D39;&#x63D0;&#x4F9B;&#x7684;&#x3002;

&#x6539;&#x5584;&#x57FA;&#x5730;&#x7535;&#x8BDD;&#x4F7F;&#x7528;&#x673A;&#x5668;&#x5B66;&#x4E60;&#x7B56;&#x7565;&#x7684;&#x7167;&#x6392;&#x80F6;&#x7247;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x4EEA;&#x3002;

The Illumina Genome Analyzer generates millions of short sequencing reads. We present Ibis (Improved base identification system), an accurate, fast and easy-to-use base caller that significantly reduces the error rate and increases the output of usable reads. Ibis is faster and more robust with respect to chemistry and technology than other publicly available packages. Ibis is freely available under the GPL from http://bioinf.eva.mpg.de/Ibis/.

Improved base calling for the Illumina Genome Analyzer using machine learning strategies.

Les Illumina Genome Analyzer g&eacute;n&egrave;re des millions de s&eacute;quen&ccedil;age de courtes lectures. Nous pr&eacute;sentons des Ibis (syst&egrave;me d&#39;identification de base am&eacute;lior&eacute;), un appelant base pr&eacute;cis, rapide et facile &agrave; utiliser qui a consid&eacute;rablement r&eacute;duit le taux d&#39;erreur et augmente la puissance utilisable se lit comme suit. Ibis est plus rapide et plus robuste en ce qui concerne la chimie et de la technologie que les autres packages accessibles au public. Ibis est librement disponible sous licence GPL de http://bioinf.eva.mpg.de/Ibis/.

Am&eacute;lioration de base pr&eacute;voyant l&#39;Illumina Genome Analyzer &agrave; l&#39;aide de strat&eacute;gies d&#39;apprentissage machine.

Die Illumina Genome Analyzer generiert Millionen von kurzen Sequenzierung mal gelesen. Wir pr&auml;sentieren Ibis (verbesserte Basis Identifikationssystem), eine pr&auml;zise, schnell und einfach zu bedienende Basis Anrufer, die deutlich reduziert die Fehlerquote und erh&ouml;ht die Ausgabe des nutzbaren mal gelesen. Ibis ist schneller und robuster in Bezug auf Chemie und Technologie als andere &ouml;ffentlich verf&uuml;gbaren Pakete. Ibis ist frei verf&uuml;gbar unter der GPL von http://bioinf.eva.mpg.de/Ibis/.

Basis der Ruf nach der Illumina Genome Analyzer mit Maschine Lernstrategien verbessert.

La Illumina Genome Analyzer genera milioni di letture brevi sequenze. Vi presentiamo Ibis (migliorato il sistema di identificazione base), un chiamante base preciso, veloce e facile da usare che notevolmente riduce il tasso di errore e aumenta l&#39;output di letture utilizzabile. Ibis &egrave; pi&ugrave; veloce e pi&ugrave; robusto rispetto alla chimica e la tecnologia di altri pacchetti disponibili pubblicamente. Ibis &egrave; liberamente disponibile sotto la licenza GPL da http://bioinf.eva.mpg.de/Ibis/.

Migliorata base chiamata per l&#39;Illumina Genome Analyzer utilizzando strategie di apprendimento di macchina.

&#x30A4;&#x30EB;&#x30DF;&#x30CA; &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30A2;&#x30CA;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B6;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x77ED;&#x3044;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x306E;&#x6570;&#x767E;&#x4E07;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30A4;&#x30D3;&#x30B9;&#x3092;&#x63D0;&#x793A; &#xFF08;&#x6539;&#x5584;&#x57FA;&#x672C;&#x8B58;&#x5225;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#xFF09;&#x3001;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x8AA4;&#x308A;&#x7387;&#x3092;&#x4F4E;&#x6E1B;&#x3057;&#x3001;&#x4F7F;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308A;&#x306E;&#x51FA;&#x529B;&#x304C;&#x5897;&#x52A0;&#x3001;&#x6B63;&#x78BA;&#x3001;&#x9AD8;&#x901F;&#x304B;&#x3064;&#x7C21;&#x5358;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x57FA;&#x672C;&#x306E;&#x767A;&#x4FE1;&#x8005;&#x3002;&#x30A4;&#x30D3;&#x30B9;&#x306F;&#x3088;&#x308A;&#x901F;&#x304F;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#x516C;&#x306B;&#x5229;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x30D1;&#x30C3;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B8;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x5316;&#x5B66;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x6280;&#x8853;&#x306B;&#x95A2;&#x3057;&#x3066;&#x3088;&#x308A;&#x5805;&#x7262;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30A4;&#x30D3;&#x30B9; http://bioinf.eva.mpg.de/Ibis/&#x304B;&#x3089; GPL &#x306E;&#x4E0B;&#x3067;&#x81EA;&#x7531;&#x306B;&#x5229;&#x7528;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x6A5F;&#x68B0;&#x5B66;&#x7FD2;&#x6226;&#x7565;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x30A4;&#x30EB;&#x30DF;&#x30CA; &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30A2;&#x30CA;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B6;&#x30FC;&#x306E;&#x57FA;&#x672C;&#x901A;&#x8A71;&#x3092;&#x6539;&#x5584;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

Illumina &#xAC8C;&#xB188; &#xBD84;&#xC11D;&#xAE30; &#xC9E7;&#xC740; &#xC5F0;&#xC18D; &#xC77D;&#xAE30;&#xC758; &#xC218;&#xBC31;&#xB9CC; &#xC0DD;&#xC131;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC120;&#xBB3C;&#xC774; &#xBE44;&#xC2A4; (&#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xAE30;&#xBCF8; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;), &#xC815;&#xD655;, &#xC2E0;&#xC18D; &#xD558; &#xACE0; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xAE30; &#xC26C;&#xC6B4; &#xAE30;&#xBCF8; &#xD638;&#xCD9C;&#xC790;&#xC5D0; &#xD06C;&#xAC8C; &#xC624;&#xB958; &#xBE44;&#xC728; &#xAC10;&#xC18C; &#xD558; &#xACE0; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC77D;&#xAE30;&#xC758; &#xCD9C;&#xB825; &#xC99D;&#xAC00;. &#xBE44;&#xC2A4;&#xB294; &#xC2E0;&#xC18D; &#xD558; &#xACE0; &#xACF5;&#xAC1C;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xB2E4;&#xB978; &#xD328;&#xD0A4;&#xC9C0; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xD654;&#xD559; &#xBC0F; &#xAE30;&#xC220;. &#xBE44;&#xC2A4;&#xB294; http://bioinf.eva.mpg.de/ibis/&#xC5D0;&#xC11C; GPL &#xC544;&#xB798; &#xC790;&#xC720;&#xB86D;&#xAC8C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xAE30;&#xACC4; &#xD559;&#xC2B5; &#xC804;&#xB7B5;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; Illumina &#xAC8C;&#xB188; &#xBD84;&#xC11D;&#xAE30;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAE30;&#xBCF8; &#xC804;&#xD654; &#xD5A5;&#xC0C1;.

El analizador de genoma Illumina genera millones de lecturas de secuenciaci&oacute;n corto. Presentamos Ibis (Improved base identification system), una llamada base exacta, r&aacute;pida y f&aacute;cil de usar que significativamente reduce la tasa de error y aumenta la producci&oacute;n de Lee utilizable. Hotel ibis es m&aacute;s r&aacute;pido y m&aacute;s s&oacute;lido con respecto a la qu&iacute;mica y la tecnolog&iacute;a que otros paquetes disponibles al p&uacute;blico. El Ibis est&aacute; libremente disponible bajo la GPL de http://bioinf.eva.mpg.de/Ibis/.

Mejorado llamado base para el analizador de genoma Illumina utilizando estrategias de aprendizaje de m&aacute;quina.

&#x786E;&#x5B9A;&#x4ECE;&#x53E4;&#x4EE3;&#x751F;&#x7269;&#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x6709;&#x9AD8;&#x7684;&#x9519;&#x8BEF;&#x7387;&#xFF0C;&#x4E3B;&#x8981;&#x662F;&#x7531;&#x4E8E;&#x5C3F;&#x5627;&#x5576;&#x57FA;&#x5730;&#x521B;&#x5EFA;&#x7684;&#x80DE;&#x5627;&#x5576;&#x8131;&#x6C28;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x5408;&#x6210;&#x7684;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4ECE;&#x731B;&#x72B8;&#x8C61;&#x548C; Neandertal &#x9057;&#x9AB8;&#x4E2D;&#x63D0;&#x53D6;&#x7684; DNA&#xFF0C;&#x4EE5;&#x663E;&#x793A;&#x5C3F;&#x5627;&#x5576;-DNA-&#x7CD6;&#x82F7;&#x9176;&#x4E0E;&#x6838;&#x9178;&#x5185;&#x5207;&#x9176;&#x516B;&#x6CBB;&#x7597;&#x4E2D;&#x5C3F;&#x5627;&#x5576;&#x6B8B;&#x7559;&#x5220;&#x9664;&#x4ECE;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x548C;&#x4FEE;&#x590D;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x4EA7;&#x751F;&#x4ECE;&#x65E0;&#x5230;&#x6709;&#x7F51;&#x7AD9;&#xFF0C;&#x79BB;&#x5F00;&#x672A;&#x635F;&#x574F;&#x90E8;&#x4EF6;&#x7684; DNA &#x7247;&#x6BB5;&#x4E0D;&#x53D8;&#x3002;Neandertal DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x4E0E;&#x672C;&#x8BAE;&#x5B9A;&#x4E66;&#x786E;&#x5B9A;&#x6781;&#x5927;&#x5730;&#x589E;&#x52A0;&#x4E86;&#x51C6;&#x786E;&#x6027;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E; Neandertal DNA &#x4FDD;&#x7559;&#x4F53;&#x5185; CpG &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x6A21;&#x5F0F;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x8BA9;&#x672A;&#x6765;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5931;&#x6D3B;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x548C;&#x5370;&#x8FF9;&#x5728;&#x8FDC;&#x53E4;&#x751F;&#x7269;&#x3002;

&#x53BB;&#x9664; deaminated &#x7684; cytosines &#x548C;&#x4F53;&#x5185;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x53E4; DNA &#x68C0;&#x6D4B;&#x3002;

DNA sequences determined from ancient organisms have high error rates, primarily due to uracil bases created by cytosine deamination. We use synthetic oligonucleotides, as well as DNA extracted from mammoth and Neandertal remains, to show that treatment with uracil-DNA-glycosylase and endonuclease VIII removes uracil residues from ancient DNA and repairs most of the resulting abasic sites, leaving undamaged parts of the DNA fragments intact. Neandertal DNA sequences determined with this protocol have greatly increased accuracy. In addition, our results demonstrate that Neandertal DNA retains in vivo patterns of CpG methylation, potentially allowing future studies of gene inactivation and imprinting in ancient organisms.

Removal of deaminated cytosines and detection of in vivo methylation in ancient DNA.

Les s&eacute;quences d&#39;ADN d&eacute;termin&eacute;es &agrave; partir d&#39;anciens organismes ont des taux d&#39;erreur &eacute;lev&eacute;s, en raison surtout de l&#39;uracile bases cr&eacute;&eacute;s par d&eacute;samination de la cytosine. Nous utilisons des oligonucl&eacute;otides synth&eacute;tiques, mais aussi l&#39;ADN extrait de mammouth et de restes de Neandertal, pour montrer que le traitement avec uracile-ADN-glycosylase et endonucl&eacute;ase VIII supprime les r&eacute;sidus de l&#39;uracile d&#39;ADN ancien et r&eacute;pare la plupart des sites abasiques qui en r&eacute;sulte, laissant intact les parties de l&#39;ADN fragments intacts. Les s&eacute;quences d&#39;ADN de Neandertal d&eacute;termin&eacute;s avec ce protocole ont grandement accru la pr&eacute;cision. En outre, nos r&eacute;sultats d&eacute;montrent que les ADN de Neandertal conserve des mod&egrave;les in vivo de la m&eacute;thylation de la CpG, potentiellement permettant les futures &eacute;tudes d&#39;inactivation de g&egrave;nes et d&#39;impression dans les anciens organismes.

Enl&egrave;vement des cytosines d&eacute;samin&eacute;s et d&eacute;tection d&#39;in vivo m&eacute;thylation de l&#39;ADN ancien.

DNA-Sequenzen, die aus alten Organismen ermittelt haben hohe Fehlerquoten, vor allem durch Uracil Grundlagen erstellt von Cytosin Deamination. Wir verwenden synthetische Oligonukleotide, sowie DNA extrahiert aus Mammut und Neandertal bleibt, um anzuzeigen, dass die Behandlung mit Uracil-DNA-Glycosylase und Endonuklease VIII alte DNA Uracil R&uuml;ckst&auml;nde entfernt und repariert die meisten resultierende abasic Websites, unbesch&auml;digt verlassen Teile der DNA Fragmente intakt. Neandertal DNA-Sequenzen, die mit diesem Protokoll bestimmt haben die Genauigkeit stark zugenommen. Dar&uuml;ber hinaus zeigen unsere Ergebnisse, dass Neandertal DNA in vivo Muster der CpG Methylierung, beh&auml;lt sich potenziell so dass zuk&uuml;nftige Studien der Gen-Inaktivierung und Pr&auml;gung in alten Organismen.

Entfernung von deaminated Cytosines und Erkennung der in-vivo-Methylierung in alte DNA.

Sequenze di DNA determinate da antichi organismi hanno tassi di errore elevato, principalmente a causa di uracile basi creati da deaminazione della citosina. Usiamo oligonucleotides sintetici, come pure il DNA Estratto da mammut e resti di Neandertal, per mostrare che il trattamento con uracile-DNA-glycosylase ed endonucleasi VIII rimuove i residui di uracile dal DNA antico e ripara la maggior parte dei siti abasic risultante, lasciando integro parti del DNA frammenti intatti. Sequenze di DNA Neandertal determinate con questo protocollo hanno notevolmente aumentato la precisione. Inoltre, i nostri risultati dimostrano che DNA Neandertal conserva modelli in vivo di CpG metilazione, potenzialmente permettendo che gli studi futuri di inattivazione del gene e l&#39;imprinting di antichi organismi.

Rimozione di cytosines deaminati e rilevamento di metilazione in vivo nel DNA antico.

&#x53E4;&#x4EE3;&#x751F;&#x7269;&#x304B;&#x3089;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x308B; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x4E3B;&#x306B;&#x30A6;&#x30E9;&#x30B7;&#x30EB;&#x5869;&#x57FA;&#x306E;&#x30B7;&#x30C8;&#x30B7;&#x30F3;&#x8131;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x5316;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x4F5C;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x9AD8;&#x3044;&#x8AA4;&#x308A;&#x7387;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30A6;&#x30E9;&#x30B7;&#x30EB; DNA &#x30B0;&#x30EA;&#x30B3;&#x30B7;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x3068;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30A2;&#x30FC;&#x30BC; VIII &#x6CBB;&#x7642;&#x306F;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x306E;&#x30A6;&#x30E9;&#x30B7;&#x30EB;&#x6B8B;&#x57FA;&#x3092;&#x524A;&#x9664;&#x3057;&#x3001;&#x7121;&#x50B7;&#x3092;&#x6B8B;&#x3057;&#x3001;&#x7D50;&#x679C;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x8131;&#x5869;&#x57FA;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x4FEE;&#x7406;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3059;&#x308B;&#x90E8;&#x54C1; DNA &#x306E;&#x30D5;&#x30E9;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x307E;&#x307E;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x5408;&#x6210;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x30DE;&#x30F3;&#x30E2;&#x30B9;&#x3084;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x907A;&#x4F53;&#x304B;&#x3089;&#x62BD;&#x51FA;&#x3057;&#x305F; DNA &#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x3067;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x306E;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x5927;&#x5E45;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB; &#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E; DNA &#x304C;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x4E0D;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x306E;&#x5C06;&#x6765;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3092;&#x8A31;&#x53EF;&#x3057;&#x3066;&#x53E4;&#x4EE3;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x5237;&#x308A;&#x8FBC;&#x307F;&#x306B; CpG &#x306E;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306E; in vivo &#x3067;&#x306E;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x4FDD;&#x6301;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Deaminated &#x30B7;&#x30C8;&#x30B7;&#x30F3;&#x3068;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x751F;&#x4F53;&#x5185;&#x3067;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#x306E;&#x9664;&#x53BB;&#x3002;

DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xACE0;&#xB300;&#xC758; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACB0;&#xC815; &#xC2DC; &#xD0C8;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB9CC;&#xB4E4;&#xC5B4;&#xC9C4; uracil &#xAE30;&#xC9C0; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC8FC;&#xB85C; &#xB192;&#xC740; &#xC624;&#xB958; &#xBE44;&#xC728;&#xC774; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB9D8;&#xBAA8;&#xC2A4; &#xBC0F; Neandertal&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD94;&#xCD9C;&#xD55C; DNA&#xB85C; &#xC11C; &#xD569;&#xC131; oligonucleotides &#xC0AC;&#xC6A9;, &#xD45C;&#xC2DC; uracil DNA glycosylase&#xC640; endonuclease 8 &#xC138; &#xCE58;&#xB8CC; &#xACE0; &#xB300; DNA&#xC5D0;&#xC11C; uracil &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;&#xC744; &#xC81C;&#xAC70; &#xD558; &#xACE0; &#xC190;&#xC0C1; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xB5A0;&#xB098;&#xB294; &#xACB0;&#xACFC; abasic &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC744; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xD558;&#xB294; DNA&#xC758; &#xBD80;&#xBD84; &#xC870;&#xAC01; &#xADF8;&#xB300;&#xB85C;. &#xC774; &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C;&#xC744; &#xACB0;&#xC815; &#xD558;&#xB294; Neandertal DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD06C;&#xAC8C; &#xC815;&#xD655;&#xB3C4; &#xC99D;&#xAC00;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBE44;&#xD65C;&#xC131;&#xD654;&#xC758; &#xBBF8;&#xB798; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB97C; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xD558; &#xACE0; &#xACE0; &#xB300; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0; &#xAC01; &#xC778; Neandertal DNA vivo&#xC5D0;&#xC11C; CpG &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xD328;&#xD134;&#xC744; &#xC720;&#xC9C0; &#xD558;&#xB294; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Deaminated cytosines &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xACE0; &#xB300; dna&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xAC80;&#xCD9C;&#xC758; &#xC81C;&#xAC70;.

Secuencias de ADN determinadas organismos antiguos tienen tasas de error altas, debido principalmente a uracilo bases creadas por desaminaci&oacute;n de la citosina. Utilizamos oligonucle&oacute;tidos sint&eacute;ticos, as&iacute; como ADN extra&iacute;do de mamut y restos de Neandertal, para mostrar que el tratamiento con uracil-DNA-glicosilasa y endonucleasa VIII elimina residuos de uracilo ADN antiguo y repara la mayor&iacute;a de los sitios un resultantes, dejando intacto fragmentos de piezas del ADN intacto. Secuencias de ADN de Neandertal determinadas con este protocolo han aumentado grandemente la precisi&oacute;n. Adem&aacute;s, nuestros resultados demuestran que ADN de Neandertal conserva vivo en patrones de metilaci&oacute;n CpG, potencialmente permitiendo estudios futuros de inactivaci&oacute;n del gen e imprimiendo en organismos antiguos.

Retiro de cytosines deaminated y detecci&oacute;n de metilaci&oacute;n en vivo en ADN antiguo.

&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x5F00;&#x8F9F;&#x4E86;&#x65B0;&#x9014;&#x5F84;&#x7814;&#x7A76;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x706D;&#x7EDD;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BC6;&#x522B;&#x548C;&#x91CF;&#x5316;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x7279;&#x5F81;&#x7684;&#x53E4; DNA &#x6837;&#x672C;&#x7684;&#x504F;&#x89C1;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x7528;&#x4E8E;&#x6B63;&#x786E;&#x5730;&#x8BC6;&#x522B;&#x548C;&#x5206;&#x7C7B;&#x5584;&#x610F;&#x5185;&#x6E90;&#x6027; DNA &#x7247;&#x6BB5;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4F7F;&#x7528;&#x5B9E;&#x73B0;&#x66F4;&#x51C6;&#x786E;&#x7684;&#x4ECE;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6B67;&#x4F30;&#x8BA1;&#x81F3;&#x5C11;&#x4E24;&#x4E2A; outgroup &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x548C;&#x9002;&#x5F53;&#x7684;&#x7B5B;&#x9009;&#x3002;

&#x53E4; DNA &#x5206;&#x6790;&#x4E2D;&#x7684;&#x8BA1;&#x7B97;&#x6311;&#x6218;&#x3002;

High-throughput sequencing technologies have opened up a new avenue for studying extinct organisms. Here we identify and quantify biases introduced by particular characteristics of ancient DNA samples. These analyses demonstrate the importance of closely related genomic sequence for correctly identifying and classifying bona fide endogenous DNA fragments. We show that more accurate genome divergence estimates from ancient DNA sequence can be attained using at least two outgroup genomes and appropriate filtering.

Computational challenges in the analysis of ancient DNA.

Technologies de s&eacute;quen&ccedil;age haut d&eacute;bit ont ouvert une nouvelle voie pour l&#39;&eacute;tude des organismes disparus. Ici nous identifier et de quantifier les biais introduits par les caract&eacute;ristiques particuli&egrave;res d&#39;anciens &eacute;chantillons d&#39;ADN. Ces analyses d&eacute;montrent l&#39;importance d&#39;une s&eacute;quence g&eacute;nomique &eacute;troitement apparent&eacute;e pour correctement identifier et classer les fragments d&#39;ADN endog&egrave;nes normale. Nous montrons qu&#39;une estimation plus pr&eacute;cise du g&eacute;nome divergence de s&eacute;quence d&#39;ADN ancien peut &ecirc;tre atteint en utilisant au moins deux g&eacute;nomes et filtrage adapt&eacute; l&#39;exogroupe.

D&eacute;fis informatiques dans l&#39;analyse de l&#39;ADN ancien.

Hochdurchsatz-Technologien haben eine neue Allee f&uuml;r ausgestorbene Organismen Studium er&ouml;ffnet. Hier wir identifizieren und quantifizieren der Vorurteile, die von besonderen Merkmalen des alten DNA-Proben eingef&uuml;hrt. Diese Analysen zeigen die Bedeutung der eng verwandten genomischen Sequenz zum richtig identifizieren und Klassifizieren von bona-fide endogener DNA-Fragmente. Wir zeigen, dass die genauere Sch&auml;tzungen der Genom-Divergenz aus alten DNA-Sequenz k&ouml;nnen erreicht werden mit mindestens zwei Fremdgruppe Genome und geeignete Filterung.

Computational Herausforderungen bei der Analyse der alte DNA.

Tecnologie high-throughput sequencing hanno aperto una nuova strada per lo studio degli organismi estinti. Qui noi identificare e quantificare le distorsioni introdotte da particolari caratteristiche di antichi campioni di DNA. Queste analisi dimostrano l&#39;importanza della sequenza genomica strettamente correlata per identificare e classificare i frammenti di DNA endogeni bona fide correttamente. Dimostriamo che il genoma divergenza stime pi&ugrave; accurate dalla sequenza del DNA antico possono essere raggiunto utilizzando almeno due outgroup genomi e filtraggio appropriato.

Sfide computazionale nell&#39;analisi del DNA antico.

&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30C6;&#x30AF;&#x30CE;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x306F;&#x7D76;&#x6EC5;&#x3057;&#x305F;&#x751F;&#x7269;&#x3092;&#x52C9;&#x5F37;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x9053;&#x3092;&#x958B;&#x3044;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x6211;&#x3005; &#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x3001;&#x53E4;&#x4EE3;&#x306E; DNA &#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x7279;&#x6027;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5C0E;&#x5165;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x3092;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x304C;&#x6B63;&#x3057;&#x304F;&#x8B58;&#x5225;&#x3068;&#x5584;&#x610F;&#x306E;&#x5185;&#x56E0;&#x6027; DNA &#x306E;&#x30D5;&#x30E9;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x5206;&#x985E;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x3088;&#x308A;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30C0;&#x30A4;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B8;&#x30A7;&#x30F3;&#x30B9;&#x63A8;&#x5B9A;&#x53E4;&#x4EE3; dna &#x5869;&#x57FA;&#x914D;&#x5217;&#x304B;&#x3089;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x9054;&#x6210;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3068;&#x3044;&#x3046;&#x8868;&#x793A;&#x306F;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082; 2 &#x3064;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x9069;&#x5207;&#x306A;&#x30D5;&#x30A3;&#x30EB;&#x30BF; &#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x91CD;&#x8981;&#x3002;

&#x8A08;&#x7B97;&#x8AB2;&#x984C;&#x306E;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x5206;&#x6790;&#x3002;

&#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xC220; &#xBA78;&#xC885; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xACF5;&#xBD80;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xAE38;&#xC744; &#xC5F4;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xD30C;&#xC545; &#xD558; &#xACE0; &#xACE0; &#xB300; DNA &#xC0D8;&#xD50C;&#xC758; &#xD2B9;&#xC815; &#xD2B9;&#xC131;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB3C4;&#xC785; &#xB41C; &#xD3B8;&#xACAC;&#xC744; &#xACC4;&#xB7C9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB4E4;&#xC774; &#xBD84;&#xC11D; &#xC62C;&#xBC14;&#xB974;&#xAC8C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; &#xD0C0;&#xACE0; &#xB09C; &#xC0DD; DNA &#xC870;&#xAC01; &#xBD84;&#xB958; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; genomic &#xC21C;&#xC11C;&#xC758; &#xC911;&#xC694;&#xC131;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xACE0; &#xB300; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xAC8C;&#xB188; &#xBC1C;&#xC0B0; &#xACAC;&#xC801;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB2EC;&#xC131; &#xB420; &#xC218; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB450; &#xAC1C; &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; outgroup &#xAC8C;&#xB188; &#xBC0F; &#xC801;&#xC808; &#xD55C; &#xD544;&#xD130;&#xB9C1;.

&#xACE0; &#xB300; DNA &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC804;&#xC0B0; &#xACFC;&#xC81C;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Tecnolog&iacute;as de secuenciaci&oacute;n de alto rendimiento han abierto una nueva v&iacute;a para el estudio de organismos extintos. Aqu&iacute; identificamos y cuantificar los sesgos introducidos por caracter&iacute;sticas particulares de las muestras de ADN antiguas. Estos an&aacute;lisis demuestran la importancia de la secuencia gen&oacute;mica estrechamente relacionada para correctamente identificar y clasificar bona fide fragmentos de ADN end&oacute;genos. Mostramos que estimaciones de divergencia m&aacute;s precisas del genoma de secuencia de ADN antiguo pueden lograrse utilizando al menos dos grupos genomas y filtrado adecuado.

Retos computacionales en el an&aacute;lisis de ADN antiguo.

&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#xFF0C;&#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x8FDB;&#x5316;&#x8FD1;&#x4EB2;&#x5728;&#x4E09;&#x4E07;&#x5E74;&#x524D;&#x6D88;&#x5931;&#x4E4B;&#x524D;&#x4F4F;&#x5728;&#x6B27;&#x6D32;&#x548C;&#x897F;&#x4E9A;&#x7684;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x5730;&#x533A;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x4E09;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x4ECE;&#x8D85;&#x8FC7; 40 &#x4EBF;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684; Neandertal &#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x8349;&#x56FE;&#x3002;&#x6765;&#x81EA;&#x4E16;&#x754C;&#x5404;&#x5730;&#x7684;&#x4E94;&#x4E2A;&#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684; Neandertal &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x627E;&#x51FA;&#x4E00;&#x4E9B;&#x53EF;&#x80FD;&#x53D7;&#x7956;&#x4F20;&#x7684;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x6240;&#x6D89;&#x53CA;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5728;&#x4EE3;&#x8C22;&#x548C;&#x8BA4;&#x77E5;&#x548C;&#x9AA8;&#x9ABC;&#x53D1;&#x5C55;&#x4E2D;&#x7684;&#x79EF;&#x6781;&#x9009;&#x62E9;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x4E0E;&#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5728;&#x6492;&#x54C8;&#x62C9;&#x4EE5;&#x5357;&#x975E;&#x6D32;&#x4E0E;&#x6B27;&#x4E9A;&#x5927;&#x9646;&#x6BD4;&#x5F53;&#x4ECA;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x5171;&#x4EAB;&#x4E86;&#x66F4;&#x591A;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x53D8;&#x5F02;&#x6697;&#x793A;&#x5230;&#x975E;&#x975E;&#x6D32;&#x4EBA;&#x7684;&#x7956;&#x5148;&#x6765;&#x81EA;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x57FA;&#x56E0;&#x6D41;&#x53D1;&#x751F;&#x524D;&#x6B27;&#x4E9A;&#x96C6;&#x56E2;&#x7684;&#x5206;&#x6B67;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x5F7C;&#x6B64;&#x3002;

Neandertal &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x8349;&#x56FE;&#x3002;

Neandertals, the closest evolutionary relatives of present-day humans, lived in large parts of Europe and western Asia before disappearing 30,000 years ago. We present a draft sequence of the Neandertal genome composed of more than 4 billion nucleotides from three individuals. Comparisons of the Neandertal genome to the genomes of five present-day humans from different parts of the world identify a number of genomic regions that may have been affected by positive selection in ancestral modern humans, including genes involved in metabolism and in cognitive and skeletal development. We show that Neandertals shared more genetic variants with present-day humans in Eurasia than with present-day humans in sub-Saharan Africa, suggesting that gene flow from Neandertals into the ancestors of non-Africans occurred before the divergence of Eurasian groups from each other.

A draft sequence of the Neandertal genome.

N&#xE9;andertaliens, les parents les plus proches de l&#x26;#39;&#xE9;volution de l&#x26;#39;homme d&#x26;#39;aujourd&#x26;#39;hui, vivaient dans de grandes parties de l&#x26;#39;Europe et l&#x26;#39;Asie occidentale avant de dispara&#xEE;tre il ya 30.000 ans. Nous pr&#xE9;sentons un projet de s&#xE9;quence du g&#xE9;nome de Neandertal compos&#xE9; de plus de 4 milliards de nucl&#xE9;otides de trois individus. Les comparaisons du g&#xE9;nome de Neandertal aux g&#xE9;nomes de cinq humains actuels de diff&#xE9;rentes parties du monde, &#xE0; identifier un certain nombre de r&#xE9;gions g&#xE9;nomiques qui peuvent avoir &#xE9;t&#xE9; affect&#xE9;s par une s&#xE9;lection positive dans ancestrales humains modernes, y compris les g&#xE8;nes impliqu&#xE9;s dans le m&#xE9;tabolisme et dans le d&#xE9;veloppement cognitif et du squelette . Nous montrons que les N&#xE9;andertaliens en commun des variantes g&#xE9;n&#xE9;tiques avec plus humains actuels en Eurasie qu&#x26;#39;avec les humains d&#x26;#39;aujourd&#x26;#39;hui en Afrique sub-saharienne, ce qui sugg&#xE8;re que le flux de g&#xE8;nes &#xE0; partir de N&#xE9;andertaliens dans les anc&#xEA;tres de non-Africains a eu lieu avant la divergence des groupes d&#x26;#39;Eurasie de l&#x26;#39;autre .

Un projet de s&#xE9;quence du g&#xE9;nome de Neandertal

Neandertals, die evolution&auml;ren engsten Verwandten des heutigen Menschen, lebte in weiten Teilen von Europa und Westasien vor dem Verschwinden vor 30.000 Jahren. Wir pr&auml;sentieren eine Entwurf-Sequenz von der Neandertal von mehr als 4 Milliarden Nukleotiden aus drei Personen Genom. Vergleiche des Genoms Neandertal in den Genomen von f&uuml;nf heutigen Menschen aus verschiedenen Teilen der Welt identifizieren zahlreicher genomischen Regionen, die durch positive Selektion beim Vorfahren moderner Menschen, einschlie&szlig;lich der beteiligten Gene im Stoffwechsel und in der kognitiven und Skelett beeinflusst worden sein k&ouml;nnten. Wir zeigen, dass Neandertals gemeinsam weitere genetischen Varianten mit den heutigen Menschen in Eurasien als mit den heutigen Menschen in Subsahara-Afrika, darauf hindeutet, dass Genfluss von Neandertals in die Vorfahren der nicht-Afrikaner vor die Divergenz der eurasischen Gruppen voneinander aufgetreten sind.

Ein Entwurf-Sequenz des Genoms Neandertal.

Neandertals, i parenti evolutivi pi&ugrave; vicini degli esseri umani dell&#39;attuale, vissuto nelle grandi parti di Europa e dell&#39;Asia occidentale prima di sparire 30.000 anni fa. Vi presentiamo una sequenza di bozza di Neandertal genoma &egrave; composto da pi&ugrave; di 4 miliardi di nucleotidi da tre individui. Confronti del genoma di Neandertal per i genomi dei cinque esseri umani attuali provenienti da diverse parti del mondo identificano un numero di regioni genomiche che potrebbe essere stata influenzata dalla selezione positiva in esseri umani moderni ancestrali, inclusi geni coinvolti nel metabolismo e nello sviluppo cognitivo e scheletrico. Mostriamo che Neandertals condivisi pi&ugrave; varianti genetiche con gli esseri umani attuali in Eurasia rispetto con gli esseri umani attuali nell&#39;Africa subsahariana, suggerendo che flusso genico da Neandertals negli antenati degli africani non si &egrave; verificato prima la divergenza dei gruppi Eurasian da altro.

Una sequenza di bozza del genoma di Neandertal.

&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x3001;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x8FD1;&#x3044;&#x89AA;&#x621A;&#x306F;&#x3001;&#x6D88;&#x3048;&#x3066;&#x4E07;&#x5E74;&#x524D;&#x306B;&#x524D;&#x306B;&#x3001;&#x30E8;&#x30FC;&#x30ED;&#x30C3;&#x30D1;&#x3084;&#x897F;&#x30A2;&#x30B8;&#x30A2;&#x306E;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x306B;&#x4F4F;&#x3093;&#x3067;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;3&#x4EBA;&#x304B;&#x3089;40&#x5104;&#x500B;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x304B;&#x3089;&#x6210;&#x308B;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30C9;&#x30E9;&#x30D5;&#x30C8;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4E16;&#x754C;&#x306E;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x90E8;&#x5206;&#x304B;&#x3089;5&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3068;&#x8A8D;&#x77E5;&#x3068;&#x9AA8;&#x683C;&#x306E;&#x767A;&#x9054;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x7956;&#x5148;&#x306E;&#x73FE;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x3001;&#x6B63;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5F71;&#x97FF;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x9818;&#x57DF;&#x306E;&#x756A;&#x53F7;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;&#x3001;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306F;&#x3001;&#x975E;&#x30A2;&#x30D5;&#x30EA;&#x30AB;&#x4EBA;&#x306E;&#x7956;&#x5148;&#x306B;&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x6D41;&#x52D5;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3001;&#x30B5;&#x30CF;&#x30E9;&#x4EE5;&#x5357;&#x306E;&#x30A2;&#x30D5;&#x30EA;&#x30AB;&#x3067;&#x306F;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x30E6;&#x30FC;&#x30E9;&#x30B7;&#x30A2;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;&#x4EBA;&#x9593;&#x3068;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x5171;&#x6709;&#x3057;&#x4E92;&#x3044;&#x306B;&#x30E6;&#x30FC;&#x30E9;&#x30B7;&#x30A2;&#xB7;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x5206;&#x5C90;&#x524D;&#x306B;&#x767A;&#x751F;&#x3057;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

&#x30CD;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4EBA;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30C9;&#x30E9;&#x30D5;&#x30C8;&#x914D;&#x5217;

Neandertals, &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC9C4;&#xD654; &#xAC00;&#xAE4C;&#xC6B4; &#xCE5C;&#xCC99; 30000 &#xB144; &#xC804;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xB77C;&#xC838; &#xC804;&#xC5D0; &#xC720;&#xB7FD;&#xACFC; &#xC11C; &#xBD80; &#xC544;&#xC2DC;&#xC544;&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; &#xBD80;&#xBD84;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0B4; &#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0;&#xC11C; 3 &#xAC1C;&#xC778;&#xC774; 4 &#xC5B5; &#xAC1C; &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xD558;&#xB294; Neandertal&#xC758; &#xCD08;&#xC548; &#xC21C;&#xC11C; &#xD604;&#xC7AC;. &#xC138;&#xACC4;&#xC758; &#xB2E4;&#xB978; &#xBD80;&#xBD84;&#xC5D0;&#xC11C; 5 &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188;&#xC744; Neandertal &#xAC8C;&#xB188; &#xBE44;&#xAD50; &#xC870;&#xC0C1; &#xD604;&#xB300; &#xC778;&#xAC04;, &#xC2E0;&#xC9C4; &#xB300;&#xC0AC;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xB4F1; &#xC778;&#xC9C0; &#xBC0F; &#xACE8;&#xACA9; &#xBC1C;&#xB2EC;&#xC5D0; &#xAE0D;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xC120;&#xD0DD;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188; &#xC601;&#xC5ED; &#xC218;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; Neandertals &#xC0AC;&#xD558;&#xB77C; &#xC0AC;&#xB9C9; &#xC774;&#xB0A8;&#xC758; &#xC544;&#xD504;&#xB9AC;&#xCE74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC778;&#xAC04; &#xBCF4;&#xB2E4;&#xB294; &#xC720;&#xB77C;&#xC2DC;&#xC544;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; &#xC778;&#xAC04;&#xC740; &#xB354; &#xB9CE;&#xC740; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBCC0;&#xD615; &#xACF5;&#xC720; &#xBE44; &#xC544;&#xD504;&#xB9AC;&#xCE74; &#xC870;&#xC0C1;&#xC5D0; Neandertals&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD750;&#xB984; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xC720;&#xB77C;&#xC2DC;&#xC544; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC758; &#xBC1C;&#xC0B0; &#xD558;&#xAE30; &#xC804;&#xC5D0; &#xC11C;&#xB85C; &#xC81C;&#xC548; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Neandertal &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xCD08;&#xC548; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Los neandertales, los parientes evolutivos m&#xE1;s cercanos de los humanos actuales, viv&#xED;an en grandes partes de Europa y Asia occidental antes de desaparecer hace 30.000 a&#xF1;os. Se presenta un proyecto de secuencia del genoma del Neandertal compuesta por m&#xE1;s de 4 mil millones de nucle&#xF3;tidos de tres individuos. Las comparaciones del genoma del Neandertal con los genomas de cinco humanos actuales de diferentes partes del mundo, identificar una serie de regiones gen&#xF3;micas que pueden haber sido afectados por la selecci&#xF3;n positiva en los ancestrales los seres humanos modernos, incluidos los genes implicados en el metabolismo y en el desarrollo cognitivo y del esqueleto . Se demuestra que los neandertales comparten variantes gen&#xE9;ticas con m&#xE1;s de hoy en d&#xED;a los seres humanos en Eurasia que con los actuales seres humanos en el &#xC1;frica subsahariana, lo que sugiere que el flujo gen&#xE9;tico de los neandertales a los ancestros de los no africanos se produjo antes de la divergencia de los grupos euroasi&#xE1;ticos entre s&#xED; .

Un esbozo de la secuencia del genoma del Neandertal

&#x867D;&#x7136;&#x5728;&#x8FC7;&#x53BB;&#x51E0;&#x5E74;&#x770B;&#x5230;&#x5F88;&#x5927;&#x7684;&#x8FDB;&#x6B65;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x5316;&#x77F3;&#x6807;&#x672C; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x68C0;&#x7D22;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x4E00;&#x4E9B;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x7684;&#x7279;&#x5F81;&#x4ECD;&#x7136;&#x77E5;&#x4E4B;&#x751A;&#x5C11;&#x3002;&#x8FD9;&#x662F;&#x963B;&#x585E;&#x6027;&#x75C5;&#x53D8;&#xFF0C;&#x5373;&#x5316;&#x5B66;&#x6539;&#x5EFA;&#xFF0C;&#x4E0D;&#x80FD;&#x88AB;&#x5FFD;&#x89C6;&#x7684; DNA &#x805A;&#x5408;&#x9176;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x9632;&#x6B62;&#x6269;&#x589E;&#x53CA;&#x53D7;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x968F;&#x540E;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5C24;&#x5176;&#x5982;&#x6B64;&#x3002;&#x4E00;&#x4E9B;&#x7814;&#x7A76;&#x5F97;&#x51FA;&#x7684;&#x7ED3;&#x8BBA;&#xFF0C;&#x7EDD;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x5206;&#x5B50;&#x643A;&#x5E26;&#x963B;&#x585E;&#x75C5;&#x53D8;&#xFF0C;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x62C6;&#x9664;&#x3001; &#x4FEE;&#x590D;&#x6216;&#x65C1;&#x8DEF;&#x7684;&#x963B;&#x585E;&#x75C5;&#x53D8;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x5927;&#x5927;&#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x65F6;&#x95F4;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x548C;&#x5730;&#x7406;&#x8303;&#x56F4;&#x7684;&#x6807;&#x672C;&#x53EF;&#x4F9B;&#x53E4; DNA &#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x524D;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x4F7F;&#x7528;&#x975E;&#x5E38;&#x95F4;&#x63A5;&#x68C0;&#x6D4B;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x6CA1;&#x6709;&#x5BF9;&#x9891;&#x7387;&#x7684;&#x963B;&#x585E;&#x75C5;&#x53D8;&#x4E2D;&#x5185;&#x6E90;&#x6027;&#x7684;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x63D0;&#x4F9B;&#x786E;&#x51FF;&#x7684;&#x4F30;&#x8BA1;&#x6570;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E2A;&#x65B0;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x5EF6;&#x4F38;&#x5206;&#x6790; &#xFF08;PEP&#xFF09;&#xFF0C;&#x76F4;&#x63A5;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x5728; DNA &#x6A21;&#x677F;&#x4E0A;&#x5931;&#x901F;&#x7684;&#x5339;&#x914D;&#x9879;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5355;&#x5F15;&#x7269;&#x5EF6;&#x4F38;&#x4EA7;&#x54C1;&#x4F7F;&#x7528; PEP &#x65B9;&#x6CD5;&#x6210;&#x5343;&#x4E0A;&#x4E07;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x4E3A;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x5728;&#x5355;&#x5206;&#x5B50;&#x6C34;&#x5E73;&#x4E0A;&#x7B2C;&#x4E00;&#x6B21;&#x76F4;&#x63A5;&#x786E;&#x5B9A;&#x963B;&#x585E;&#x75C5;&#x53D8;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x6211;&#x4EEC;&#x627E;&#x5230;&#x963B;&#x6B62;&#x75C5;&#x53D8;&#x4E09;/&#x56DB;&#x53E4;&#x4EE3;&#x6837;&#x54C1;&#x4E2D;&#x7684;&#x660E;&#x786E;&#x8BC1;&#x636E;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E0D;&#x8D85;&#x8FC7; 40%&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x53D7;&#x4E2D;&#x7684;&#x6837;&#x672C;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x8868;&#x660E;&#x8FD9;&#x79CD;&#x4FEE;&#x6539;&#x8FDC;&#x4E0D;&#x90A3;&#x4E48;&#x9891;&#x7E41;&#xFF0C;&#x5728;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x6BD4;&#x4EE5;&#x524D;&#x6240;&#x8BA4;&#x4E3A;&#x7684;&#x4EFB;&#x4F55;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;

&#x8DEF;&#x969C;&#x4E0A; paleogenomes &mdash; &mdash; &#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x5EF6;&#x4F38;&#x5206;&#x6790;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x963B;&#x585E;&#x75C5;&#x53D8;&#x5728;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x4E2D;&#x7684;&#x9891;&#x7387;&#x3002;

Although the last few years have seen great progress in DNA sequence retrieval from fossil specimens, some of the characteristics of ancient DNA remain poorly understood. This is particularly true for blocking lesions, i.e. chemical alterations that cannot be bypassed by DNA polymerases and thus prevent amplification and subsequent sequencing of affected molecules. Some studies have concluded that the vast majority of ancient DNA molecules carry blocking lesions, suggesting that the removal, repair or bypass of blocking lesions might dramatically increase both the time depth and geographical range of specimens available for ancient DNA analysis. However, previous studies used very indirect detection methods that did not provide conclusive estimates on the frequency of blocking lesions in endogenous ancient DNA. We developed a new method, polymerase extension profiling (PEP), that directly reveals occurrences of polymerase stalling on DNA templates. By sequencing thousands of single primer extension products using PEP methodology, we have for the first time directly identified blocking lesions in ancient DNA on a single molecule level. Although we found clear evidence for blocking lesions in three out of four ancient samples, no more than 40% of the molecules were affected in any of the samples, indicating that such modifications are far less frequent in ancient DNA than previously thought.

Road blocks on paleogenomes--polymerase extension profiling reveals the frequency of blocking lesions in ancient DNA.

Bien que ces derni&egrave;res ann&eacute;es ont vu de grands progr&egrave;s dans la r&eacute;cup&eacute;ration de s&eacute;quence ADN de sp&eacute;cimens de fossiles, certaines caract&eacute;ristiques de l&#39;ADN ancien restent mal compris. Ceci est particuli&egrave;rement vrai pour le blocage des l&eacute;sions, des alt&eacute;rations chimiques c&#39;est-&agrave;-dire qui ne peuvent pas &ecirc;tre contourn&eacute;es par des ADN polym&eacute;rases et pr&eacute;venir ainsi l&#39;amplification et le s&eacute;quen&ccedil;age subs&eacute;quent des mol&eacute;cules concern&eacute;es. Certaines &eacute;tudes ont conclu que la grande majorit&eacute; des mol&eacute;cules d&#39;ADN anciens porteurs de l&eacute;sions bloquants, sugg&eacute;rant que l&#39;enl&egrave;vement, la r&eacute;paration ou le contournement de blocage des l&eacute;sions pourrait augmenter consid&eacute;rablement la profondeur temporelle et sp&eacute;cimens disponibles pour l&#39;analyse de l&#39;ADN ancienne aire de r&eacute;partition g&eacute;ographique. Toutefois, des &eacute;tudes ant&eacute;rieures utilis&eacute; des m&eacute;thodes de d&eacute;tection tr&egrave;s indirecte qui n&#39;a pas fourni d&#39;estimations concluantes sur la fr&eacute;quence des l&eacute;sions dans l&#39;ADN antique endog&egrave;ne de blocage. Nous avons d&eacute;velopp&eacute; une nouvelle m&eacute;thode, l&#39;extension de polym&eacute;rase profilage (PEP), qui r&eacute;v&egrave;le directement des occurrences de la polym&eacute;rase caler sur les mod&egrave;les de l&#39;ADN. En s&eacute;quen&ccedil;ant les milliers de produits d&#39;extension amorce unique &agrave; l&#39;aide de la m&eacute;thodologie PEP, nous avons pour les premi&egrave;res fois identifi&eacute; directement blocage les l&eacute;sions ADN ancien sur le plan de la mol&eacute;cule unique. Bien que nous avons trouv&eacute; des preuves claires pour le blocage des l&eacute;sions dans trois des quatre &eacute;chantillons anciens, pas plus de 40 % des mol&eacute;cules ont &eacute;t&eacute; touch&eacute;s dans aucun des &eacute;chantillons, ce qui indique que de telles modifications sont beaucoup moins fr&eacute;quentes dans l&#39;ADN ancien, qu&#39;on ne le pensait.

Les barrages routiers sur paleogenomes--polym&eacute;rase extension profilage r&eacute;v&egrave;le la fr&eacute;quence des l&eacute;sions dans l&#39;ADN antique de blocage.

Obwohl in die letzten Jahren gro&szlig;en Fortschritte in der DNA-Sequenz-Abruf von fossilen Exemplaren gesehen haben, bleiben einige der Merkmale der alte DNA weitgehend unverstanden. Dies gilt insbesondere f&uuml;r blockierende L&auml;sionen, d.h. chemische Ver&auml;nderungen, die k&ouml;nnen nicht umgangen werden durch DNA-Polymerasen und verhindern so Amplifizierung und anschlie&szlig;ende Sequenzierung der betroffenen Molek&uuml;le. Einige Studien haben geschlossen, dass die &uuml;berwiegende Mehrheit der alten DNA-Molek&uuml;le blockierende L&auml;sionen tragen, was darauf hindeutet, dass die Entfernung, die Reparatur oder die Umgehung der Sperrung L&auml;sionen dramatisch die Zeit Tiefe und die geographische Reichweite von Exemplaren zur alten DNA-Analyse zur Verf&uuml;gung erh&ouml;hen. Fr&uuml;here Studien verwendet jedoch sehr indirekte Nachweismethoden, die nicht schl&uuml;ssige Sch&auml;tzungen &uuml;ber die H&auml;ufigkeit von L&auml;sionen im endogenen alte DNA blockieren bieten konnte. Wir entwickelten eine neue Methode, Polymerase-Erweiterung (PEP), Profilerstellung, da&szlig; direkt Vorkommen der Polymerase abw&uuml;rgen auf DNA-Vorlagen. Durch Sequenzierung Tausende von einzelnen Primer Extension-Produkte mit PEP-Methodik, haben wir f&uuml;r die ersten Zeit direkt identifiziert blockierende L&auml;sionen in alte DNA auf ein einzelnes Molek&uuml;l-Ebene. Obwohl wir klare Beweise f&uuml;r das Blockieren von L&auml;sionen in drei der vier alten Proben gefunden, waren nicht mehr als 40 % der Molek&uuml;le betroffen, in der Beispiele, die darauf hinweist, dass solche &Auml;nderungen weit weniger h&auml;ufig in alte DNA sind, als bisher angenommen.

Stra&szlig;ensperren auf Paleogenomes--Polymerase Erweiterung Profilerstellung zeigt die H&auml;ufigkeit der L&auml;sionen im Alter DNA blockieren.

Anche se gli ultimi anni hanno visto grandi progressi nel recupero di sequenza del DNA da campioni fossili, alcune delle caratteristiche del DNA antico rimangono scarsamente comprensibile. Questo &egrave; particolarmente vero per bloccare lesioni, alterazioni chimiche cio&egrave; che non possono essere aggirate da una polimerasi del DNA e quindi impediscono amplificazione e successivo sequenziamento di molecole colpite. Alcuni studi hanno concluso che la stragrande maggioranza delle molecole di DNA antichi porta bloccare lesioni, suggerendo che la rimozione, riparazione o bypass di bloccare le lesioni potrebbe aumentare drammaticamente la profondit&agrave; del tempo e la gamma geografica degli esemplari disponibili per l&#39;analisi del DNA antica. Tuttavia, precedenti studi utilizzati metodi di rilevamento molto indiretto che non hanno fornito stime conclusive sulla frequenza delle lesioni in ancient DNA endogeno di blocco. Abbiamo sviluppato un nuovo metodo, estensione della polimerasi profilatura (PEP), che rivela direttamente occorrenze di stallo sui modelli del DNA polimerasi. Sequenziando migliaia di prodotti di estensione dell&#39;iniettore singolo utilizzando la metodologia PEP, abbiamo per la prime volta identificato direttamente blocco lesioni in ancient DNA a livello di singola molecola. Anche se abbiamo trovato prove evidenti per lesioni in tre dei quattro antichi campioni di blocco, non pi&ugrave; del 40% delle molecole sono stato colpito in uno qualsiasi dei campioni, indicando che tali modifiche siano molto meno frequenti nel DNA antico quanto si pensasse.

Blocchi stradali su paleogenomes - polimerasi estensione profilatura rivela la frequenza delle lesioni nel DNA antico di blocco.

&#x6700;&#x5F8C;&#x306E;&#x6570;&#x5E74;&#x5316;&#x77F3;&#x6A19;&#x672C;&#x304B;&#x3089;&#x306E; DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x53D6;&#x5F97;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x9032;&#x6B69;&#x3092;&#x898B;&#x3066;&#x304D;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x306E;&#x7279;&#x6027;&#x306E;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x3088;&#x304F;&#x7406;&#x89E3;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x307E;&#x307E;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F; DNA &#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30D0;&#x30A4;&#x30D1;&#x30B9;&#x3067;&#x304D;&#x306A;&#x3044;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x3046;&#x3057;&#x3066;&#x5897;&#x5E45;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5F8C;&#x7D9A;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x308B;&#x5206;&#x5B50;&#x3092;&#x9632;&#x3050;&#x3059;&#x306A;&#x308F;&#x3061;&#x5316;&#x5B66;&#x5909;&#x5316;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x75C5;&#x5909;&#x306F;&#x7279;&#x306B;&#x305D;&#x3046;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3092;&#x9664;&#x53BB;&#x3001;&#x4FEE;&#x5FA9;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x75C5;&#x5909;&#x306E;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0; &#x30D0;&#x30A4;&#x30D1;&#x30B9;&#x5287;&#x7684;&#x306B;&#x6642;&#x9593;&#x306E;&#x6DF1;&#x3055;&#x3068;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x5206;&#x6790;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x6A19;&#x672C;&#x306E;&#x5730;&#x7406;&#x7684;&#x7BC4;&#x56F2;&#x9AD8;&#x3081;&#x308B;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3001;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x75C5;&#x5909;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x5927;&#x534A;&#x3092;&#x904B;&#x3076;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x7DE0;&#x7D50;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x5185;&#x56E0;&#x6027;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x75C5;&#x5909;&#x306E;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF;&#x306E;&#x983B;&#x5EA6;&#x306B;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x7684;&#x306A;&#x898B;&#x7A4D;&#x3082;&#x308A;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x306A;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x9593;&#x63A5;&#x7684;&#x306A;&#x691C;&#x51FA;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x304C;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x305F;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x3001;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0; &#xFF08;PEP&#xFF09; &#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x62E1;&#x5F35;&#x5B50;&#x306F;&#x76F4;&#x63A5;&#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x304C; DNA &#x306E;&#x30C6;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x306E;&#x5931;&#x901F;&#x306E;&#x51FA;&#x73FE;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;PEP &#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x8AD6;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x62E1;&#x5F35;&#x88FD;&#x54C1;&#x306E;&#x4F55;&#x5343;&#x3082;&#x3092;&#x914D;&#x5217;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x53E4;&#x4EE3; DNA 1 &#x5206;&#x5B50;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x8B58;&#x5225;&#x6642;&#x306B;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AD;&#x30F3;&#x30B0;&#x75C5;&#x5909;&#x306E;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061; 4 &#x4EBA;&#x306E;&#x3046;&#x3061; 3 &#x3064;&#x306E;&#x53E4;&#x4EE3;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x75C5;&#x5909;&#x3092;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x660E;&#x78BA;&#x306A;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x5206;&#x5B50;&#x306E; 40% &#x306F;&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x5909;&#x66F4;&#x304C;&#x4EE5;&#x524D;&#x601D;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x3067;&#x306F;&#x308B;&#x304B;&#x306B;&#x983B;&#x7E41;&#x306B;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3001;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x305F;&#x3002;

Paleogenomes--&#x4E0A;&#x306E;&#x9053;&#x8DEF;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF; &#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;&#x62E1;&#x5F35;&#x5B50;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x53E4;&#x4EE3; DNA &#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x75C5;&#x5909;&#x306E;&#x30D6;&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF;&#x306E;&#x983B;&#x5EA6;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC9C0;&#xB09C; &#xBA87; &#xB144; &#xB3D9;&#xC548; &#xD654;&#xC11D; &#xD45C;&#xBCF8;&#xC5D0;&#xC11C; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAC80;&#xC0C9;&#xC5D0; &#xD070; &#xC9C4;&#xC804;&#xC744; &#xBCF4;&#xC558;&#xB2E4;, &#xBE44;&#xB85D; &#xACE0; &#xB300; DNA&#xC758; &#xD2B9;&#xC131;&#xC758; &#xC77C;&#xBD80; &#xC800;&#xC870;&#xD55C; &#xC774;&#xD574; &#xB0A8;&#xC544; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC774;&#xAC83;&#xC740; &#xCC28;&#xB2E8; &#xBCD1; &#xBCC0;, &#xC989; &#xD654;&#xD559; &#xBCC0;&#xACBD; DNA &#xD3F4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBB34;&#xC2DC; &#xB420; &#xC218; &#xC5C6;&#xB294; &#xBC0F; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xC99D;&#xD3ED; &#xBC0F; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xB294; &#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xD6C4;&#xC18D; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xBC29;&#xC9C0; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xD2B9;&#xD788; &#xC9C4;&#xC2E4; &#xD558;&#xB2E4;. &#xC77C;&#xBD80; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xB530;&#xB974;&#xBA74; &#xACE0; &#xB300; DNA &#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84; &#xCC28;&#xB2E8; &#xC7A5;&#xC560; &#xC2DC;&#xAC04; &#xAE4A;&#xC774; &#xD45C;&#xBCF8;&#xC758; &#xACE0; &#xB300; DNA &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC9C0;&#xB9AC;&#xC801; &#xBC94;&#xC704; &#xC81C;&#xAC70;, &#xBCF5;&#xAD6C; &#xB610;&#xB294; &#xBCD1; &#xBCC0; &#xCC28;&#xB2E8; &#xC6B0;&#xD68C; &#xC99D;&#xAC00; &#xADF9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC218;&#xB3C4; &#xC81C;&#xC548; &#xC218;&#xD589; &#xACB0;&#xB860;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC774;&#xC804; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC0DD; &#xACE0; &#xB300; DNA&#xC5D0; &#xBCD1; &#xBCC0; &#xCC28;&#xB2E8; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218;&#xC5D0; &#xACB0;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xACAC;&#xC801;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xAC04;&#xC811; &#xAC80;&#xCD9C; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xBC29;&#xBC95;, &#xD6A8;&#xC18C; &#xD655;&#xC7A5; &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xB9C1; (PEP) &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC744; &#xC9C1;&#xC811; &#xD6A8;&#xC18C; DNA &#xD15C;&#xD50C;&#xB9BF;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xAE30;&#xC758; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;. PEP &#xBC29;&#xBC95;&#xB860;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB2E8;&#xC77C; &#xB1CC;&#xAD00; &#xD655;&#xC7A5; &#xC81C;&#xD488;&#xC758; &#xC218;&#xCC9C;&#xC744; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD558; &#xC5EC; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xACE0; &#xB300; DNA &#xB2E8;&#xC77C; &#xBD84;&#xC790; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCC98;&#xC74C; &#xC9C1;&#xC811; &#xD655;&#xC778; &#xD558;&#xB294; &#xC2DC;&#xAC04; &#xCC28;&#xB2E8; &#xBCD1; &#xBCC0;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; 3 4 &#xACE0; &#xB300; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCD1; &#xBCC0; &#xCC28;&#xB2E8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBD84;&#xBA85; &#xD55C; &#xC99D;&#xAC70; &#xBC1C;&#xACAC;, &#xBD84;&#xC790;&#xC758; 40% &#xD574;&#xB2F9; &#xBCC0;&#xACBD;&#xC740; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC0DD;&#xAC01; &#xD588;&#xB358; &#xAC83; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xACE0; &#xB300; DNA&#xC5D0; &#xD6E8;&#xC52C; &#xB35C; &#xC790;&#xC8FC; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xB294; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xC558;&#xB2E4;.

Paleogenomes-&#xC5D0;&#xB85C; &#xBE14;&#xB85D; &#xACE0; &#xB300; DNA&#xC5D0; &#xBCD1; &#xBCC0; &#xCC28;&#xB2E8; &#xC8FC;&#xD30C;&#xC218;&#xB97C; &#xBC1D;&#xD600; &#xD6A8;&#xC18C; &#xD655;&#xC7A5; &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xB9C1;.

Aunque los &uacute;ltimos a&ntilde;os han visto grandes avances en la recuperaci&oacute;n de la secuencia de ADN de muestras f&oacute;siles, algunas de las caracter&iacute;sticas de ADN antiguo siguen siendo mal entendidas. Esto es particularmente cierto para las lesiones bloquea, alteraciones qu&iacute;micas, es decir que no pueden evitarse por DNA polimerasas y evitar as&iacute; la amplificaci&oacute;n y posterior secuenciaci&oacute;n de mol&eacute;culas afectadas. Algunos estudios han concluido que la mayor&iacute;a de las mol&eacute;culas de ADN antiguas lleva bloquea lesiones, lo que sugiere que la remoci&oacute;n, reparaci&oacute;n o derivaci&oacute;n de bloquear las lesiones puede aumentar dram&aacute;ticamente el tiempo profundidad y distribuci&oacute;n geogr&aacute;fica de las muestras para an&aacute;lisis de ADN antiguo. Sin embargo, estudios anteriores utilizaron m&eacute;todos de detecci&oacute;n muy indirecta que no proporcionaron estimaciones concluyentes sobre la frecuencia de lesiones en el ADN antiguo end&oacute;gena de bloqueo. Hemos desarrollado un nuevo m&eacute;todo, la extensi&oacute;n de la polimerasa perfilado (PEP), que revela directamente las ocurrencias de estancamiento en las plantillas de la DNA de la polimerasa. Mediante la secuenciaci&oacute;n de miles de productos de extensi&oacute;n de la cartilla &uacute;nica metodolog&iacute;a PEP, tenemos para las lesiones bloqueo de primeras tiempo directamente identificado en ADN antiguo a nivel de un sola mol&eacute;cula. Aunque encontramos evidencia clara para bloquear las lesiones en tres de las cuatro muestras antiguas, no m&aacute;s del 40% de las mol&eacute;culas se vieron afectado en ninguna de las muestras, lo que indica que dichas modificaciones son mucho menos frecuentes en ADN antiguo que se pensaba.

Bloqueos en paleogenomes--perfiles de extensi&oacute;n de polimerasa revela la frecuencia de lesiones en el ADN antiguo de bloqueo.

&#x4F7F;&#x7528;&#x4ECE;&#x5728;&#x897F;&#x4F2F;&#x5229;&#x4E9A;&#x5357;&#x90E8;&#x7684; Denisova &#x5C71;&#x6D1E;&#x53D1;&#x73B0;&#x624B;&#x6307;&#x9AA8;&#x4E2D;&#x63D0;&#x53D6;&#x7684; DNA&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7EA6; 1.9-fold &#x8986;&#x76D6;&#x5230;&#x53E4; hominin &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x7EC4;&#x3002;&#x6B64;&#x4EBA;&#x662F;&#x4ECE;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x4E0E;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x5171;&#x4EAB;&#x5171;&#x540C;&#x7684;&#x8D77;&#x6E90;&#x3002;&#x8FD9;&#x90E8;&#x5206;&#x4EBA;&#x53E3;&#x6CA1;&#x6709;&#x53C2;&#x4E0E;&#x4ECE;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x7684;&#x63A8;&#x5B9A;&#x57FA;&#x56E0;&#x6D41;&#x6210;&#x4EBA;&#x58EB; &#xFF1B;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#x5B83;&#x8D21;&#x732E;&#x53CA;&#x5176;&#x5BF9;&#x5F53;&#x4ECA;&#x7F8E;&#x62C9;&#x5C3C;&#x897F;&#x4E9A;&#x4EBA;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x6750;&#x6599;&#x7684; 4-6%&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x6307;&#x5B9A;&#x6B64; hominin &#x4EBA;&#x53E3; &#39;Denisovans&#39;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x5B83;&#x53EF;&#x80FD;&#x662F;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x5B58;&#x5728;&#x4E8E;&#x4E9A;&#x6D32;&#x671F;&#x95F4;&#x5728;&#x665A;&#x66F4;&#x65B0;&#x4E16;&#x3002;&#x5728; Denisova &#x5C71;&#x6D1E;&#x91CC;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x4E00;&#x9897;&#x7259;&#x8FDB;&#x884C;&#x7EBF;&#x7C92;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x76F8;&#x4F3C;&#x7684;&#x624B;&#x6307;&#x9AA8;&#x3002;&#x8FD9;&#x9897;&#x7259;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x4E0E;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#xFF0C;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x8868;&#x660E; Denisovans &#x6709;&#x4E0D;&#x540C;&#x4E8E;&#x5C3C;&#x5B89;&#x5FB7;&#x7279;&#x4EBA;&#x4E0E;&#x73B0;&#x4EE3;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x8FDB;&#x5316;&#x5386;&#x53F2;&#x4E00;&#x6837;&#x6CA1;&#x6709;&#x6D3E;&#x751F;&#x7684;&#x5F62;&#x6001;&#x7279;&#x5F81;&#x3002;

&#x4ECE;&#x897F;&#x4F2F;&#x5229;&#x4E9A;&#x7684; Denisova &#x5C71;&#x6D1E;&#x53E4; hominin &#x7EC4;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x53F2;&#x3002;

Using DNA extracted from a finger bone found in Denisova Cave in southern Siberia, we have sequenced the genome of an archaic hominin to about 1.9-fold coverage. This individual is from a group that shares a common origin with Neanderthals. This population was not involved in the putative gene flow from Neanderthals into Eurasians; however, the data suggest that it contributed 4-6% of its genetic material to the genomes of present-day Melanesians. We designate this hominin population 'Denisovans' and suggest that it may have been widespread in Asia during the Late Pleistocene epoch. A tooth found in Denisova Cave carries a mitochondrial genome highly similar to that of the finger bone. This tooth shares no derived morphological features with Neanderthals or modern humans, further indicating that Denisovans have an evolutionary history distinct from Neanderthals and modern humans.

Genetic history of an archaic hominin group from Denisova Cave in Siberia.

En utilisant l&#39;ADN extraite &agrave; partir d&#39;un os de doigt trouv&eacute; dans la grotte de Denisova en Sib&eacute;rie du Sud, nous avons s&eacute;quenc&eacute; le g&eacute;nome d&#39;un archa&iuml;que hominiens &agrave; environ 1.9-fold de couverture. Cette personne est un groupe qui partage une origine commune avec les N&eacute;andertaliens. Cette population n&#39;&eacute;tait pas impliqu&eacute;e dans le flux de g&egrave;nes putatif de N&eacute;andertaliens dans eurasiens ; Cependant, les donn&eacute;es indiquent qu&#39;il a contribu&eacute; &agrave; 4-6 % de son mat&eacute;riel g&eacute;n&eacute;tique aux g&eacute;nomes des M&eacute;lan&eacute;siens actuels. Nous d&eacute;signer cette population d&#39;hominiens &laquo; Denisovans &raquo; et sugg&egrave;rent qu&#39;il &eacute;taient r&eacute;pandue en Asie durant le Pl&eacute;istoc&egrave;ne tardif. Une dent dans la caverne Denisova transporte un g&eacute;nome mitochondrial tr&egrave;s semblable &agrave; celle de l&#39;os de doigt. Cette dent ne partage aucuns d&eacute;riv&eacute;es de caract&eacute;ristiques morphologiques avec l&#39;homme de N&eacute;andertal ou l&#39;homme moderne, indiquant que les Denisovans ont une histoire &eacute;volutionnaire distincte de l&#39;homme de N&eacute;andertal et l&#39;homme moderne.

Article	Year
Targeted high-throughput sequencing of tagged nucleic acid samples. Nucleic acids research\| PubMed ID: 17670798	2007
Patterns of damage in genomic DNA sequences from a Neandertal. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America\| PubMed ID: 17715061	2007
Parallel tagged sequencing on the 454 platform. Nature protocols\| PubMed ID: 18274529	2008
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A complete Neandertal mitochondrial genome sequence determined by high-throughput sequencing. Cell\| PubMed ID: 18692465	2008
Targeted retrieval and analysis of five Neandertal mtDNA genomes. Science (New York, N.Y.)\| PubMed ID: 19608918	2009
Direct multiplex sequencing (DMPS)--a novel method for targeted high-throughput sequencing of ancient and highly degraded DNA. Genome research\| PubMed ID: 19635845	2009
Improved base calling for the Illumina Genome Analyzer using machine learning strategies. Genome biology\| PubMed ID: 19682367	2009
Removal of deaminated cytosines and detection of in vivo methylation in ancient DNA. Nucleic acids research\| PubMed ID: 20028723	2010
Computational challenges in the analysis of ancient DNA. Genome biology\| PubMed ID: 20441577	2010
A draft sequence of the Neandertal genome. Science (New York, N.Y.)\| PubMed ID: 20448178	2010
Road blocks on paleogenomes--polymerase extension profiling reveals the frequency of blocking lesions in ancient DNA. Nucleic acids research\| PubMed ID: 20587499	2010
Genetic history of an archaic hominin group from Denisova Cave in Siberia. Nature\| PubMed ID: 21179161	2010

Udo Stenzel

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