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A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins (RNPs) on Human pre-mRNA

Sequencing RNAs that co-immunoprecipitate (co-IP) with RNA binding proteins has increased our understanding of splicing by demonstrating that binding ...

Brown University

&#x52A0;&#x5F3A;&#x9884; mRNA &#x526A;&#x63A5;&#x65F6;&#x7528;&#xFF0C;&#x79F0;&#x4E3A; exonic &#x62FC;&#x63A5;&#x5242; &#xFF08;ESEs&#xFF09; &#x4E2D;&#x5B58;&#x5728;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x77ED;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5E8F;&#x5217;&#x53D1;&#x6325;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x5728;&#x672C;&#x6784;&#x548C;&#x66FF;&#x4EE3;&#x62FC;&#x63A5;&#x3002;&#x4E00;&#x79CD;&#x8BA1;&#x7B97;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x6551;&#x63F4;-ESE &#x88AB;&#x53D1;&#x8FBE;&#x56FD;&#x5BB6;&#x6240;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x5177;&#x6709; ESE &#x6D3B;&#x52A8;&#x7684;&#x5916;&#x663E;&#x5B50;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x7684;&#x7EDF;&#x8BA1;&#x5206;&#x6790;&#x548C;&#x62FC;&#x63A5;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7EC4;&#x6210;&#x3002;&#x5927;&#x578B;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217;&#x88AB;&#x4F7F;&#x7528;&#x65F6;&#xFF0C;&#x6B64;&#x65B9;&#x6CD5;&#x786E;&#x5B9A; 10 &#x9884;&#x6D4B;&#x7684; ESE &#x56FE;&#x6848;&#x3002;&#x6240;&#x6709; 10 &#x56FE;&#x6848;&#x4EE3;&#x8868;&#x53D1;&#x73B0;&#x663E;&#x793A;&#x5242;&#x6D3B;&#x6027;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#xFF0C;&#x800C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5E8F;&#x5217;&#x70B9;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F4D;&#x70B9;&#x5C55;&#x51FA;&#x5927;&#x5E45;&#x51CF;&#x5C11;&#x7684;&#x6D3B;&#x52A8;&#x3002;&#x6807;&#x8BC6;&#x56FE;&#x6848;&#x542F;&#x7528; exonic &#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x62FC;&#x63A5;&#x8868;&#x578B;&#x7684;&#x9884;&#x6D4B;&#x3002;

Exonic &#x62FC;&#x63A5;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x5242;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x9884;&#x6D4B;&#x6807;&#x8BC6;&#x3002;

Specific short oligonucleotide sequences that enhance pre-mRNA splicing when present in exons, termed exonic splicing enhancers (ESEs), play important roles in constitutive and alternative splicing. A computational method, RESCUE-ESE, was developed that predicts which sequences have ESE activity by statistical analysis of exon-intron and splice site composition. When large data sets of human gene sequences were used, this method identified 10 predicted ESE motifs. Representatives of all 10 motifs were found to display enhancer activity in vivo, whereas point mutants of these sequences exhibited sharply reduced activity. The motifs identified enable prediction of the splicing phenotypes of exonic mutations in human genes.

Predictive identification of exonic splicing enhancers in human genes.

S&#xE9;quences oligonucl&#xE9;otidiques sp&#xE9;cifiques qui am&#xE9;liorent &#xE0; court pr&#xE9;-ARNm &#xE9;pissage lorsqu&#x26;#39;ils sont pr&#xE9;sents dans les exons, appel&#xE9;s activateurs d&#x26;#39;&#xE9;pissage exoniques (ESES), jouent un r&#xF4;le important dans l&#x26;#39;&#xE9;pissage constitutif et alternatif. Une m&#xE9;thode de calcul, RESCUE-ESE, a &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;velopp&#xE9; qui pr&#xE9;dit les s&#xE9;quences ont une activit&#xE9; ESE par une analyse statistique de l&#x26;#39;exon-intron et la composition du site d&#x26;#39;&#xE9;pissage. Lorsque de grands ensembles de donn&#xE9;es de s&#xE9;quences de g&#xE8;nes humains ont &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9;es, cette m&#xE9;thode a identifi&#xE9; 10 motifs pr&#xE9;vus ESE. Des repr&#xE9;sentants de tous les 10 motifs ont &#xE9;t&#xE9; trouv&#xE9;s pour afficher l&#x26;#39;activit&#xE9; enhancer in vivo, alors que les mutants ponctuels de ces s&#xE9;quences a montr&#xE9; une activit&#xE9; fortement r&#xE9;duite. Les motifs identifi&#xE9;s permettre de pr&#xE9;dire les ph&#xE9;notypes d&#x26;#39;&#xE9;pissage de mutations dans les g&#xE8;nes de l&#x26;#39;homme exoniques.

Identification pr&#xE9;dictive de Enhancers &#xE9;pissage exonique dans les g&#xE8;nes humains

Predictive Identifizierung von Exon Splei&#xDF;en Verst&#xE4;rker in menschlichen Genen.

Sequenze specifiche del oligonucleotide breve che migliorano il pre-mRNA impionbatura quando presenti negli esoni, definiti esonico splicing enhancers (ESEs), giocano un ruolo importante a splicing alternativo e costitutiva. Fu sviluppato un metodo computazionale, RESCUE-ESE, che predice che sequenze hanno ESE attivit&agrave; di analisi statistica dell&#39;introne-esone e impalmatura composizione sito. Quando sono stati utilizzati grandi insiemi di dati di sequenze di geni umani, questo metodo identificato 10 motivi ESE predetti. I rappresentanti di tutti i 10 motivi sono stati trovati per visualizzare attivit&agrave; enhancer in vivo, considerando che il punto di mutanti di queste sequenze esposte nettamente ridotta attivit&agrave;. I motivi identificati abilitare pronostico i fenotipi splicing esonico mutazioni in geni umani.

Identificazione predittivo di esaltatori di splicing esonico nei geni umani.

&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x5185;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#xFF08;ESEs&#xFF09;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x3001;pre-mRNA&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x5411;&#x4E0A;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x77ED;&#x3044;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x914D;&#x5217;&#x306F;&#x3001;&#x69CB;&#x6210;&#x3068;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x679C;&#x305F;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x8A08;&#x7B97;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306F;&#x3001;RESCUE-ESE&#x306F;&#x3001;&#x914D;&#x5217;&#x304C;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3; - &#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x3068;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x7D44;&#x6210;&#x306E;&#x7D71;&#x8A08;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x306B;&#x3088;&#x308A;ESE&#x6D3B;&#x6027;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3057;&#x3066;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x305F;&#x5834;&#x5408;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x3001;10&#x306E;&#x4E88;&#x6E2C;ESE&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x70B9;&#x5909;&#x7570;&#x304C;&#x6025;&#x6FC0;&#x306B;&#x6D3B;&#x6027;&#x4F4E;&#x4E0B;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x306E;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3001;&#x5168;10&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x4EE3;&#x8868;&#x8005;&#x306F;&#x3001;in vivo&#x3067;&#x306E;&#x30A8;&#x30F3;&#x200B;&#x200B;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x6D3B;&#x6027;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x5224;&#x660E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306F;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306B;&#x5909;&#x7570;&#x304C;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x306E;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30D2;&#x30C8;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x8B58;&#x5225;

&#xAC15;&#xD654; &#xC0AC;&#xC804; mRNA &#xC811;&#xD569; exons, exonic &#xAC15;&#xD654; (ESEs) &#xC811;&#xD569; &#xB418; &#xB098;&#xC5D0; &#xC874;&#xC7AC; &#xD558;&#xB294; &#xACBD;&#xC6B0; &#xD2B9;&#xC815; &#xC9E7;&#xC740; oligonucleotide &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC81C;&#xC815; &#xBC0F; &#xB300;&#xCCB4; &#xC811;&#xD569;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xACC4;&#xC0B0; &#xBC29;&#xBC95;, &#xAD6C;&#xC870; ESE&#xB294; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; ESE &#xD65C;&#xB3D9; exon intron&#xC758; &#xD1B5;&#xACC4; &#xBD84;&#xC11D; &#xD558; &#xACE0; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xAD6C;&#xC131; &#xACB0;&#xD569;&#xC744; &#xC608;&#xCE21; &#xD558;&#xB294; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xB300;&#xD615; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC138;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xACBD;&#xC6B0;&#xC774; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB294; 10 &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; ESE &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC810; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xAE09;&#xACA9;&#xD788; &#xAC10;&#xC18C; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC744; &#xC804;&#xC2DC; &#xD558;&#xB294; &#xBC18;&#xBA74; &#xBAA8;&#xB4E0; 10 &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xC758; &#xB300;&#xD45C; &#xC99D;&#xAC15; &#xD65C;&#xB3D9; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xD45C;&#xC2DC;&#xC744; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC2DD;&#xBCC4; &#xB41C; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; exonic &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC778;&#xAC04; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xC811;&#xD569; &#xACE0;&#xAE30; &#xC608;&#xCE21; &#xAC00;&#xB2A5;

Exonic &#xC811;&#xD569; &#xAC15;&#xD654; &#xC778;&#xAC04; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC608;&#xCE21; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Secuencias espec&#xED;ficas de oligonucle&#xF3;tidos cortos que aumentan la pre-mRNA de empalme cuando se presenta en los exones, denominados exonic splicing enhancers (ESEs), juegan un papel importante en el empalme constitutiva y alternativa. Un m&#xE9;todo de c&#xE1;lculo, RESCUE-ESE, se ha desarrollado, que predice que las secuencias tienen una actividad ESE mediante el an&#xE1;lisis estad&#xED;stico del ex&#xF3;n-intr&#xF3;n y la composici&#xF3;n del sitio de empalme. Cuando grandes conjuntos de datos de secuencias de genes humanos fueron utilizados, este m&#xE9;todo se identificaron 10 predijo ESE motivos. Los representantes de los 10 motivos se encontraron para mostrar potenciador de la actividad in vivo, mientras que los mutantes puntuales de estas secuencias mostraron actividad muy reducida. Los motivos identificados permitir la predicci&#xF3;n de los fenotipos de las mutaciones de empalme exonic en los genes humanos.

Identificaci&#xF3;n predictivo de exonic splicing enhancers en los genes humanos

&#x4E00;&#x79CD;&#x5178;&#x578B;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5305;&#x542B;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7EA7;&#x522B;&#x7684;&#x4FE1;&#x606F;&#xFF1A; &#x5BF9;&#x67D0;&#x4E00;&#x7279;&#x5B9A;&#x86CB;&#x767D;&#x548C;&#x4E3B;&#x673A;&#x7684;&#x5176;&#x4ED6;&#x4FE1;&#x53F7;&#x6240;&#x5FC5;&#x9700;&#x7684;&#x6B63;&#x786E;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x8FDB;&#x884C;&#x7F16;&#x7801;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x591A;&#x88AB;&#x5173;&#x6CE8;&#x7684;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x53D8;&#x5F02;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#xFF0C;&#x5E72;&#x6270;&#x4FE1;&#x53F7;&#x5904;&#x7406;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x53EF;&#x4EE5;&#x663E;&#x8457;&#x5F71;&#x54CD;&#x57FA;&#x56E0;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x4F8B;&#x5982;&#xFF0C;&#x6270;&#x4E71;&#x4E86; exonic &#x62FC;&#x63A5;&#x589E;&#x5F3A;&#x5242; (ESE)&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E00;&#x53D8;&#x5316;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x5BFC;&#x81F4;&#x8DF3;&#x8FC7;&#x8FD9;&#x5C06;&#x5BFC;&#x81F4;&#x6574;&#x4E2A;&#x5916;&#x663E;&#x5B50;&#x6392;&#x9664; mRNA &#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x5916;&#x663E;&#x5B50;&#x3002;&#x6551;&#x63F4;-ESE&#xFF0C;&#x8BA1;&#x7B97;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4E0E;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x9A8C;&#x8BC1;&#xFF0C;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F7F;&#x7528;&#x5148;&#x524D;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x4E2D;&#x7684; 238 &#x540D;&#x5019;&#x9009;&#x4EBA; ESE hexamers&#x3002;&#x6551;&#x63F4; ESE &#x65B9;&#x6CD5;&#x6700;&#x8FD1;&#x5DF2;&#x5728;&#x4E09;&#x4E2A;&#x5176;&#x4ED6;&#x7269;&#x79CD;&#xFF1A; &#x9F20;&#x6807;&#x3001; &#x6591;&#x9A6C;&#x9C7C;&#x3001; &#x6CB3;&#x8C5A;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C06;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5728;&#x7EBF; ESE &#x5206;&#x6790;&#x5DE5;&#x5177; (http://genes.mit.edu/burgelab/rescue-ese/)&#xFF0C;&#x8BE0;&#x91CA;&#x6551;&#x63F4; ESE hexamers &#x5728;&#x810A;&#x690E;&#x52A8;&#x7269;&#x7528;&#xFF0C;&#x5E76;&#x53EF;&#x7528;&#x4E8E;&#x9884;&#x6D4B;&#x62FC;&#x63A5;&#x901A;&#x8FC7;&#x8BC6;&#x522B;&#x5E8F;&#x5217;&#x53D8;&#x5316;&#x7684;&#x7834;&#x574F;&#x6216;&#x6539;&#x53D8;&#x8868;&#x578B;&#x9884;&#x6D4B; ESEs&#x3002;

&#x6551;&#x63F4; ESE &#x6807;&#x8BC6;&#x5728;&#x810A;&#x690E;&#x52A8;&#x7269;&#x7528;&#x5019;&#x9009;&#x4EBA; exonic &#x62FC;&#x63A5;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x5242;&#x3002;

A typical gene contains two levels of information: a sequence that encodes a particular protein and a host of other signals that are necessary for the correct expression of the transcript. While much attention has been focused on the effects of sequence variation on the amino acid sequence, variations that disrupt gene processing signals can dramatically impact gene function. A variation that disrupts an exonic splicing enhancer (ESE), for example, could cause exon skipping which would result in the exclusion of an entire exon from the mRNA transcript. RESCUE-ESE, a computational approach used in conjunction with experimental validation, previously identified 238 candidate ESE hexamers in human genes. The RESCUE-ESE method has recently been implemented in three additional species: mouse, zebrafish and pufferfish. Here we describe an online ESE analysis tool (http://genes.mit.edu/burgelab/rescue-ese/) that annotates RESCUE-ESE hexamers in vertebrate exons and can be used to predict splicing phenotypes by identifying sequence changes that disrupt or alter predicted ESEs.

RESCUE-ESE identifies candidate exonic splicing enhancers in vertebrate exons.

Un g&#xE8;ne typique contient deux niveaux d&#x26;#39;information: une s&#xE9;quence qui code pour une prot&#xE9;ine particuli&#xE8;re et une foule d&#x26;#39;autres signaux qui sont n&#xE9;cessaires &#xE0; l&#x26;#39;expression correcte de la transcription. Alors que beaucoup d&#x26;#39;attention a &#xE9;t&#xE9; concentr&#xE9;e sur les effets de la variation de la s&#xE9;quence sur la s&#xE9;quence d&#x26;#39;acides amin&#xE9;s, des variations qui perturbent le traitement des signaux de g&#xE8;nes peut consid&#xE9;rablement influer sur la fonction des g&#xE8;nes. Une variation qui perturbe un &#xE9;pissage exonique enhancer (ESE), par exemple, pourrait provoquer le saut d&#x26;#39;exon, qui se traduirait par l&#x26;#39;exclusion d&#x26;#39;un exon ensemble de la transcription d&#x26;#39;ARNm. RESCUE-ESE, une approche de calcul utilis&#xE9;e en conjonction avec la validation exp&#xE9;rimentale, pr&#xE9;alablement identifi&#xE9; 238 candidats hexam&#xE8;res ESE dans les g&#xE8;nes humains. La m&#xE9;thode de sauvetage-ESE a r&#xE9;cemment &#xE9;t&#xE9; mis en &#x153;uvre dans trois autres esp&#xE8;ces: souris, poisson z&#xE8;bre et de poisson-globe. Nous d&#xE9;crivons ici un outil d&#x26;#39;analyse en ligne ESE (http://genes.mit.edu/burgelab/rescue-ese/) qui annote RESCUE-ESE hexam&#xE8;res dans les exons vert&#xE9;br&#xE9;s et peut &#xEA;tre utilis&#xE9; pour pr&#xE9;dire les ph&#xE9;notypes d&#x26;#39;&#xE9;pissage en identifiant les changements de s&#xE9;quence qui perturbent ou modifier ESE pr&#xE9;dites.

RESCUE-ESE Identifie Enhancers candidats &#xE9;pissage exonique dans les exons vert&#xE9;br&#xE9;s

RESCUE-ESE-Kandidat identifiziert exonische Splicing Enhancer in Wirbeltier-Exons.

Un tipico gene contiene due livelli di informazione: una sequenza che codifica per una proteina particolare e una miriade di altri segnali che sono necessari per la corretta espressione della trascrizione. Mentre molta attenzione &egrave; stata focalizzata sugli effetti della variazione di sequenza in sequenza aminoacidica, variazioni che interrompono gene elaborazione segnali possono influire notevolmente funzione genica. Una variazione che sconvolge un potenziatore di splicing esonico (ESE), ad esempio, potrebbe causare exon skipping che comporterebbe l&#39;esclusione di un intero esone dalla trascrizione di mRNA. RESCUE-ESE, un approccio computazionale usato in congiunzione con validazione sperimentale, precedentemente identificato 238 candidato ESE esameri in geni umani. Il metodo di salvataggio-ESE recentemente &egrave; stato attuato in tre specie aggiuntive: mouse, zebrafish e pesce palla. Qui descriviamo un ESE analisi strumento online (http://genes.mit.edu/burgelab/rescue-ese/) che annota RESCUE-ESE esameri in vertebrati esoni e pu&ograve; essere utilizzato per prevedere lo splicing fenotipi identificando variazioni di sequenza che interferire o alterano predetto ESEs.

RESCUE-ESE identifica esaltatori di splicing esonico candidato in vertebrati esoni.

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RESCUE-ESE&#x306F;&#x3001;&#x810A;&#x690E;&#x52D5;&#x7269;&#x306E;&#x30A8;&#x30AD;&#x30BD;&#x30F3;&#x306E;&#x5019;&#x88DC;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3059;

&#xB450; &#xC218;&#xC900;&#xC758; &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xC804;&#xD615;&#xC801;&#xC778; &#xC720;&#xC804;&#xC790;: &#xD2B9;&#xC815; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBC0F; &#xC131;&#xC801;&#xD45C;&#xC758; &#xC62C;&#xBC14;&#xB978; &#xD45C;&#xD604;&#xC5D0; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xB2E4;&#xB978; &#xC2E0;&#xD638; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xD558; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;. &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC720;&#xC0AC;&#xC758; &#xD6A8;&#xACFC;&#xC5D0; &#xB9CE;&#xC740; &#xAD00;&#xC2EC;&#xC774; &#xC9D1;&#xC911; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xB3D9;&#xC548; &#xBC29;&#xD574; &#xC2E0;&#xD638;&#xB97C; &#xCC98;&#xB9AC; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBCC0;&#xD615; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xD06C;&#xAC8C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC608;&#xB97C; &#xB4E4;&#xC5B4;, exonic &#xC811;&#xD569; &#xC99D;&#xAC15; (ESE)&#xC744; &#xBC29;&#xD574; &#xD558;&#xB294; &#xBCC0;&#xD615; &#xC5D1;&#xC190; &#xC2A4;&#xD0A4; &#xD551; &#xD558;&#xB294; mRNA &#xC131;&#xC801;&#xD45C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC804;&#xCCB4; exon&#xC758; &#xBC30;&#xC81C; &#xB420; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC801;&#xC778; &#xC720;&#xD6A8;&#xC131; &#xAC80;&#xC0AC;&#xC640; &#xD568;&#xAED8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xC804;&#xC0B0; &#xC811;&#xADFC; &#xAD6C;&#xC870; ESE&#xB294; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; 238 &#xD6C4;&#xBCF4; ESE hexamers &#xBC1C;&#xACAC;. 3 &#xCD94;&#xAC00; &#xC885;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD6C;&#xC870; ESE &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC; &#xAD6C;&#xD604; &#xCD5C;&#xADFC;: &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4;, zebrafish&#xC640; &#xBCF5;&#xC5B4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC628;&#xB77C;&#xC778; ESE &#xBD84;&#xC11D; &#xB3C4;&#xAD6C; (http://genes.mit.edu/burgelab/rescue-ese/) &#xAD6C;&#xC870; ESE hexamers &#xCC99;&#xCD94; exons&#xC5D0; &#xC8FC;&#xC11D;&#xC744; &#xCD94;&#xAC00; &#xD558; &#xACE0; ESEs &#xC608;&#xCE21; &#xC911;&#xB2E8; &#xB610;&#xB294; &#xBCC0;&#xACBD; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBCC0;&#xACBD; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xC5EC; &#xACE0;&#xAE30;&#xB97C; &#xC811;&#xD569; &#xC608;&#xCE21;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xAD6C;&#xC870; ESE &#xD6C4;&#xBCF4; exonic &#xC811;&#xD569; &#xAC15;&#xD654; &#xCC99;&#xCD94; exons&#xC5D0; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Un gen t&#xED;pico contiene dos niveles de informaci&#xF3;n: una secuencia que codifica una prote&#xED;na particular y una serie de otras se&#xF1;ales que son necesarias para la expresi&#xF3;n correcta de la transcripci&#xF3;n. Mientras que mucha atenci&#xF3;n se ha centrado en los efectos de la variaci&#xF3;n de la secuencia en la secuencia de amino&#xE1;cidos, las variaciones gen&#xE9;ticas que alteran las se&#xF1;ales de procesamiento pueden impactar dram&#xE1;ticamente en funci&#xF3;n de los genes. Una variaci&#xF3;n que altere un exonic empalme potenciador (ESE), por ejemplo, podr&#xED;a causar la omisi&#xF3;n de ex&#xF3;n que dar&#xED;a lugar a la exclusi&#xF3;n de un ex&#xF3;n completo, desde la transcripci&#xF3;n del mRNA. RESCATE-ESE, un enfoque de c&#xE1;lculo utilizado en conjunci&#xF3;n con la validaci&#xF3;n experimental, previamente identificado 238 candidatos hex&#xE1;meros ESE en los genes humanos. El m&#xE9;todo de rescate-ESE ha sido recientemente implementada en tres nuevas especies: rat&#xF3;n, pez cebra y el pez globo. A continuaci&#xF3;n se describe una herramienta en l&#xED;nea ESE an&#xE1;lisis (http://genes.mit.edu/burgelab/rescue-ese/) que anota ESE RESCATE-hex&#xE1;meros en los exones de vertebrados y se puede utilizar para predecir los fenotipos de empalme mediante la identificaci&#xF3;n de la secuencia de cambios que alteran o alterar ESEs previsto.

RESCATE-ESE Identifica Potenciadores candidatos exonic empalme de exones vertebrados

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&#x5355;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x591A;&#x6001;&#x6027;-&#x57FA;&#x4E8E; exonic &#x62FC;&#x63A5;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x5242;&#x7684;&#x9A8C;&#x8BC1;&#x3002;

Because deleterious alleles arising from mutation are filtered by natural selection, mutations that create such alleles will be underrepresented in the set of common genetic variation existing in a population at any given time. Here, we describe an approach based on this idea called VERIFY (variant elimination reinforces functionality), which can be used to assess the extent of natural selection acting on an oligonucleotide motif or set of motifs predicted to have biological activity. As an application of this approach, we analyzed a set of 238 hexanucleotides previously predicted to have exonic splicing enhancer (ESE) activity in human exons using the relative enhancer and silencer classification by unanimous enrichment (RESCUE)-ESE method. Aligning the single nucleotide polymorphisms (SNPs) from the public human SNP database to the chimpanzee genome allowed inference of the direction of the mutations that created present-day SNPs. Analyzing the set of SNPs that overlap RESCUE-ESE hexamers, we conclude that nearly one-fifth of the mutations that disrupt predicted ESEs have been eliminated by natural selection (odds ratio = 0.82 +/- 0.05). This selection is strongest for the predicted ESEs that are located near splice sites. Our results demonstrate a novel approach for quantifying the extent of natural selection acting on candidate functional motifs and also suggest certain features of mutations/SNPs, such as proximity to the splice site and disruption or alteration of predicted ESEs, that should be useful in identifying variants that might cause a biological phenotype.

Single nucleotide polymorphism-based validation of exonic splicing enhancers.

Parce que all&#xE8;les d&#xE9;l&#xE9;t&#xE8;res r&#xE9;sultant d&#x26;#39;une mutation sont filtr&#xE9;s par la s&#xE9;lection naturelle, les mutations qui cr&#xE9;ent ces all&#xE8;les seront sous-repr&#xE9;sent&#xE9;es dans l&#x26;#39;ensemble de la variation g&#xE9;n&#xE9;tique commune existant dans une population &#xE0; un moment donn&#xE9;. Ici, nous d&#xE9;crivons une approche bas&#xE9;e sur cette id&#xE9;e appel&#xE9;e VERIFY (&#xE9;limination variante renforce la fonctionnalit&#xE9;), qui peut &#xEA;tre utilis&#xE9; pour &#xE9;valuer l&#x26;#39;ampleur de la s&#xE9;lection naturelle agissant sur un motif oligonucl&#xE9;otidique ou un ensemble de motifs pr&#xE9;dits &#xE0; avoir une activit&#xE9; biologique. Comme application de cette approche, nous avons analys&#xE9; un ensemble de 238 hexanucl&#xE9;otides d&#xE9;j&#xE0; pr&#xE9;dit d&#x26;#39;avoir exonique &#xE9;pissage enhancer (ESE) l&#x26;#39;activit&#xE9; dans les exons humains en utilisant le rapport enhancer et la classification silencieux par un enrichissement &#xE0; l&#x26;#39;unanimit&#xE9; (RESCUE)-ESE m&#xE9;thode. Aligner les polymorphismes nucl&#xE9;otide simple (SNP) de la base de donn&#xE9;es publique SNP humaine au g&#xE9;nome chimpanz&#xE9; autoris&#xE9; inf&#xE9;rence de la direction des mutations qui cr&#xE9;&#xE9;s actuelle SNP. L&#x26;#39;analyse de l&#x26;#39;ensemble de SNP qui se chevauchent RESCUE-ESE hexam&#xE8;res, nous concluons que pr&#xE8;s d&#x26;#39;un cinqui&#xE8;me des mutations qui perturbent ESE pr&#xE9;vus ont &#xE9;t&#xE9; &#xE9;limin&#xE9;s par la s&#xE9;lection naturelle (odds ratio = 0,82 + / - 0,05). Cette s&#xE9;lection est la plus forte pour les ESE pr&#xE9;dites qui sont situ&#xE9;s pr&#xE8;s des sites d&#x26;#39;&#xE9;pissage. Nos r&#xE9;sultats d&#xE9;montrent une nouvelle approche pour quantifier l&#x26;#39;&#xE9;tendue de la s&#xE9;lection naturelle agissant sur des motifs candidats fonctionnels et sugg&#xE8;rent &#xE9;galement certaines caract&#xE9;ristiques de mutations ou SNP, tels que la proximit&#xE9; du site d&#x26;#39;&#xE9;pissage et de la perturbation ou l&#x26;#39;alt&#xE9;ration de l&#x26;#39;ESES pr&#xE9;vues, qui devraient &#xEA;tre utiles dans l&#x26;#39;identification des variantes qui pourraient provoquer un ph&#xE9;notype biologique.

Single Nucleotide Polymorphism bas&#xE9;e sur la validation des Enhancers &#xE9;pissage exonique

Einzel-Nukleotid-Polymorphismus-basierte Validierung von exonische Splicing-Enhancer.

Perch&eacute; gli alleli deleteri derivanti dalla mutazione sono filtrati attraverso la selezione naturale, mutazioni che creano tali alleli saranno essere sottorappresentate nel set di variazioni genetiche comuni esistenti in una popolazione in un dato momento. Qui, descriviamo un approccio basato su questa idea chiamata VERIFY (eliminazione variante rafforza la funzionalit&agrave;), che pu&ograve; essere utilizzato per valutare l&#39;entit&agrave; della selezione naturale che agisce su un motivo del oligonucleotide o una serie di motivi previsto per avere attivit&agrave; biologica. Come un&#39;applicazione di questo approccio, abbiamo analizzato una serie di 238 hexanucleotides precedentemente previsto per avere esonico splicing enhancer (ESE) attivit&agrave; negli esoni umani usando la relativa classificazione enhancer e silenziatore di arricchimento unanime (RESCUE)-Metodo ESE. Allineando i polimorfismi a singolo nucleotide (SNPs) dal database SNP pubblico umano per il genoma di scimpanz&eacute; ha permesso l&#39;inferenza della direzione delle mutazioni che ha creato odierna SNPs. analizzando il set di SNPs che si sovrappongono RESCUE-ESE esameri, possiamo concludere che quasi un quinto delle mutazioni che interrompono predetto ESEs sono stati eliminati dalla selezione naturale (odds ratio = 0,82 + /-0.05). Questa selezione &egrave; pi&ugrave; forte per l&#39;ESEs predetto che si trovano nelle vicinanze di siti di splicing. I nostri risultati dimostrano un nuovo approccio per quantificare la misura della selezione naturale che agisce sui motivi funzionali candidato e anche suggeriscono alcune caratteristiche delle mutazioni/polimorfismi, come vicinanza al sito di splice e interruzione o alterazione del predetto ESEs, che dovrebbe essere utile per identificare varianti che potrebbero causare un fenotipo biologico.

Single nucleotide polymorphism-based validation di esaltatori di splicing esonico.

&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x304B;&#x3089;&#x751F;&#x3058;&#x308B;&#x6709;&#x5BB3;&#x306A;&#x5BFE;&#x7ACB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x81EA;&#x7136;&#x9078;&#x629E;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30D5;&#x30A3;&#x30EB;&#x30BF;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x306E;&#x3067;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x5BFE;&#x7ACB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x4F5C;&#x6210;&#x3057;&#x3066;&#x5909;&#x7570;&#x306F;&#x3001;&#x4EFB;&#x610F;&#x306E;&#x6642;&#x70B9;&#x3067;&#x4EBA;&#x53E3;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x5171;&#x901A;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3067;&#x904E;&#x5C0F;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x6D3B;&#x6027;&#x3092;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x4F5C;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x81EA;&#x7136;&#x6DD8;&#x6C70;&#x306E;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x3092;&#x8A55;&#x4FA1;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x306E;&#x30A2;&#x30A4;&#x30C7;&#x30A2;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#xFF08;&#x30D0;&#x30EA;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x9664;&#x53BB;&#x306F;&#x3001;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x5F37;&#x5316;&#xFF09;&#x3092;&#x8A18;&#x8FF0;&#x200B;&#x200B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306E;&#x5FDC;&#x7528;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;238 hexanucleotides&#x4E00;&#x9023;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x5168;&#x4F1A;&#x4E00;&#x81F4;&#x306E;&#x6FC3;&#x7E2E;&#xFF08;RESCUE&#xFF09;-ESE&#x6CD5;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x53CA;&#x3073;&#x30B5;&#x30A4;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x3067;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#xFF08;ESE&#xFF09;&#x6D3B;&#x6027;&#x3092;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30C1;&#x30F3;&#x30D1;&#x30F3;&#x30B8;&#x30FC;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3078;&#x306E;&#x30D1;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;SNP&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x5358;&#x4E00;&#x5869;&#x57FA;&#x591A;&#x578B;&#xFF08;SNP&#xFF09;&#x3092;&#x63C3;&#x3048;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306F;&#x73FE;&#x4EE3;&#x306E;SNP&#x3092;&#x4F5C;&#x6210;&#x3057;&#x305F;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x65B9;&#x5411;&#x6027;&#x3092;&#x63A8;&#x8AD6;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; RESCUE-ESE&#x306E;&#x30D8;&#x30AD;&#x30B5;&#x30DE;&#x30FC;&#x3092;&#x91CD;&#x8907;SNP&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x4E88;&#x6E2C;ESEs&#x3092;&#x6DF7;&#x4E71;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x307B;&#x307C;&#x4E94;&#x5206;&#x306E;&#x4E00;&#x306F;&#x81EA;&#x7136;&#x6DD8;&#x6C70;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6392;&#x9664;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3068;&#x7D50;&#x8AD6;&#x4ED8;&#x3051;&#x305F;&#xFF08;&#x30AA;&#x30C3;&#x30BA;&#x6BD4;= 0.82 + /  -  0.05&#xFF09;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x306F;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x8FD1;&#x304F;&#x306B;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3057;&#x3066;&#x4E88;&#x6E2C;ESEs&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x6700;&#x5F37;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x5019;&#x88DC;&#x8005;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306B;&#x4F5C;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x81EA;&#x7136;&#x6DD8;&#x6C70;&#x306E;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x3092;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x65AC;&#x65B0;&#x306A;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x4E9C;&#x7A2E;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x6709;&#x7528;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3068;&#x8003;&#x3048;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306B;&#x8FD1;&#x63A5;&#x3057;&#x3001;&#x4E2D;&#x65AD;&#x3084;&#x4E88;&#x6E2C;ESEs&#x306E;&#x5909;&#x66F4;&#x7B49;&#x306E;&#x5909;&#x7570;/ SNP&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x3001;&#x793A;&#x5506;&#x3059;&#x308B;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3059;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x306E;&#x4E00;&#x5869;&#x57FA;&#x591A;&#x578B;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x691C;&#x8A3C;

&#xD574;&#xB85C;&#xC6B4; &#xB300;&#xB9BD; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD558;&#xB294; &#xC790;&#xC5F0; &#xC120;&#xD0DD;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD544;&#xD130;&#xB9C1; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB300;&#xB9BD;&#xC744; &#xB9CC;&#xB4DC;&#xB294; &#xBCC0;&#xC774; &#xC5B4;&#xB5A4; &#xC8FC;&#xC5B4;&#xC9C4;&#xB41C; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC5D0; &#xC778;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBCC0;&#xD615; &#xC9D1;&#xD569;&#xC5D0; &#xC774;&#xB8E8;&#xC5B4;&#xC9C0;&#xC9C0; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB77C;&#xB294; &#xD655;&#xC778;&#xC774;&#xC774; &#xC0DD;&#xAC01;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; (&#xBCC0;&#xD615; &#xC81C;&#xAC70; &#xAE30;&#xB2A5; &#xAC15;&#xD654;), &#xC790;&#xC5F0; &#xC120;&#xD0DD; oligonucleotide &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504; &#xB610;&#xB294; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC744; &#xC608;&#xCE21; &#xD558;&#xB294; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xC758; &#xC9D1;&#xD569; &#xD589;&#xB3D9;&#xC758; &#xC815;&#xB3C4; &#xD3C9;&#xAC00; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294;. &#xC774; &#xBC29;&#xBC95;&#xC758; &#xC751;&#xC6A9;&#xC73C;&#xB85C; 238 hexanucleotides &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xB9CC;&#xC7A5;&#xC77C;&#xCE58;&#xB85C; &#xB18D;&#xCD95; (&#xAD6C;&#xC870;)&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; exons &#xC0C1;&#xB300; &#xC99D;&#xAC15; &#xBC0F; &#xC18C;&#xC74C; &#xAE30; &#xBD84;&#xB958;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; exonic &#xC811;&#xD569; &#xC99D;&#xAC15; (ESE) &#xD65C;&#xB3D9;&#xC744; &#xC608;&#xCE21; &#xC9D1;&#xD569; &#xBD84;&#xC11D;-ESE &#xBC29;&#xBC95;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xAC70;&#xC758; &#xC911;&#xB2E8; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC758; 5 &#xBD84;&#xC758; 1 &#xC608;&#xCE21; ESEs &#xC790;&#xC5F0; &#xC120;&#xD0DD;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC81C;&#xAC70; &#xB418;&#xC5B4; &#xACB0;&#xB860; &#xB9CC;&#xB4E0; &#xD604;&#xC7AC;&#xC758; Snp. &#xACB9;&#xCE58;&#xB294; &#xAD6C;&#xC870; ESE hexamers Snp &#xC9D1;&#xD569;&#xC744; &#xBD84;&#xC11D; &#xD558;&#xB294; &#xBCC0;&#xC774;&#xC758; &#xBC29;&#xD5A5; &#xC720;&#xCD94; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xCE68;&#xD32C;&#xC9C0; &#xAC8C;&#xB188;&#xC744; &#xACF5;&#xAC1C; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; SNP &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E8;&#xC77C; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; polymorphisms (Snp)&#xC744; &#xC815;&#xB82C; (&#xD655;&#xC728; &#xBE44;&#xC728; 0.05 + 0.82 =). &#xC774; &#xC120;&#xD0DD;&#xC740; &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; ESEs &#xC2A4;&#xD50C;&#xB77C;&#xC774;&#xC2A4; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xADFC;&#xCC98;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xB300; &#xD55C; &#xAC15;&#xD55C;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xD6C4;&#xBCF4; &#xAE30;&#xB2A5; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xC5D0; &#xC790;&#xC5F0; &#xC120;&#xD0DD;&#xC758; &#xC815;&#xB3C4; &#xCE21;&#xC815; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD558; &#xACE0; &#xB610;&#xD55C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;/Snp &#xADFC;&#xC811; &#xC2A4;&#xD50C;&#xB77C;&#xC774;&#xC2A4; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC0F; &#xC911;&#xB2E8; &#xB610;&#xB294; &#xBCC0;&#xACBD; &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; ESEs &#xBCC0;&#xC885; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; &#xD45C;&#xD604; &#xD615;&#xC744; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC720;&#xC6A9; &#xD574;&#xC57C; &#xD558;&#xB294; &#xB4F1;&#xC758; &#xD2B9;&#xC815; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC81C;&#xC548;.

Exonic &#xC811;&#xD569; &#xAC15;&#xD654;&#xC758; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC5FC;&#xAE30; &#xB2E4;&#xD615;&#xC131; &#xAE30;&#xBC18; &#xD655;&#xC778;.

Debido a que los alelos delet&#xE9;reos derivados de mutaci&#xF3;n se filtr&#xF3; por selecci&#xF3;n natural, las mutaciones que crean tales alelos se subrepresentadas en el conjunto de la variaci&#xF3;n gen&#xE9;tica com&#xFA;n existente en una poblaci&#xF3;n en un momento dado. Aqu&#xED;, se describe un m&#xE9;todo basado en esta idea llamada VERIFY (eliminaci&#xF3;n variante refuerza la funcionalidad), que se puede utilizar para evaluar el grado de selecci&#xF3;n natural que act&#xFA;a sobre un motivo oligonucle&#xF3;tido o conjunto de motivos predijo que tienen actividad biol&#xF3;gica. Como aplicaci&#xF3;n de este enfoque, hemos analizado un conjunto de 238 hexanucle&#xF3;tidos previsto anteriormente para que empalme exonic potenciador (ESE) la actividad en los exones humanos utilizando el potenciador y la clasificaci&#xF3;n relativa silenciador por enriquecimiento un&#xE1;nime (RESCATE)-ESE m&#xE9;todo. Alineaci&#xF3;n de los polimorfismos de nucle&#xF3;tido &#xFA;nico (SNPs) de la base de datos p&#xFA;blica humana SNP en el genoma del chimpanc&#xE9; permiti&#xF3; inferir la direcci&#xF3;n de las mutaciones que crearon la actual SNPs. Analizando el conjunto de SNPs que se superponen ESE RESCATE-hex&#xE1;meros, llegamos a la conclusi&#xF3;n de que casi una quinta parte de las mutaciones que alteran las ESEs previstos han sido eliminados por la selecci&#xF3;n natural (odds ratio = 0,82 + / - 0,05). Esta selecci&#xF3;n es m&#xE1;s fuerte para las ESEs predijo que se encuentran cerca de los sitios de empalme. Nuestros resultados demuestran un nuevo m&#xE9;todo para cuantificar el alcance de la selecci&#xF3;n natural act&#xFA;a sobre los motivos candidatos funcionales, as&#xED; como sugerir algunas caracter&#xED;sticas de las mutaciones o SNPs, tales como la proximidad al sitio de empalme y la interrupci&#xF3;n o alteraci&#xF3;n de las ESEs previstos, que deber&#xED;an ser &#xFA;tiles en la identificaci&#xF3;n de variantes que pueda causar un fenotipo biol&#xF3;gico.

Polimorfismos de nucle&#xF3;tido &#xFA;nico basado en la validaci&#xF3;n de exonic splicing enhancers

&#x5148;&#x5929;&#x514D;&#x75AB;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x7EC4;&#x6210;&#x90E8;&#x5206;&#xFF0C;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x8865;&#x5145;&#x63D0;&#x4F9B;&#x7684;&#x521D;&#x6B65;&#x53CD;&#x5E94;&#xFF0C;&#x9632;&#x6B62;&#x611F;&#x67D3;&#x7684;&#x75C5;&#x539F;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x3002;C5 &#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x969C;&#x788D;&#x60A3;&#x8005;&#x663E;&#x793A;&#x4E25;&#x91CD;&#x590D;&#x53D1;&#x6027;&#x611F;&#x67D3;&#x7684;&#x503E;&#x5411;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x63D0;&#x51FA;&#x4E00;&#x4E2A;&#x75C5;&#x4EBA; C5 &#x865A;&#x514D;&#x75AB;&#x5316;&#x5B66;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#x5206;&#x6790;&#x53EF;&#x89C1;&#x4E00;&#x6591;&#x3002;&#x76F4;&#x63A5;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6CD5;&#x7684;&#x6240;&#x6709; C5 &#x7528;&#x663E;&#x793A;&#x6CA1;&#x6709;&#x660E;&#x663E;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x610F;&#x4E49;&#xFF0C;&#x9664; A &#x81F3; G &#x8F6C;&#x578B;&#x5916;&#x663E;&#x5B50; 10 &#x9884;&#x6D4B;&#x4ECE;&#x8D56;&#x6C28;&#x9178;&#x4E0E;&#x7CBE;&#x6C28;&#x9178;&#x8FDB;&#x884C;&#x4EA4;&#x6362;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x3002;&#x6B64;&#x5E8F;&#x5217;&#x6539;&#x53D8;&#x5728;&#x573A;&#x53EA;&#x6709;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7B49;&#x4F4D;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x6210;&#x5458;&#x5177;&#x6709;&#x964D;&#x4F4E;&#x7684;&#x8840;&#x6E05; C5 &#x5728;&#x548C;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7B49;&#x4F4D;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x75C5;&#x4EBA;&#x51E0;&#x4E4E;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684; C5 &#x865A;&#xFF0C;&#x8868;&#x660E;&#x8FD9;&#x4E00;&#x53D8;&#x52A8;&#x53EF;&#x80FD;&#x751F;&#x4EA7;&#x578B;&#x3002;&#x6700;&#x8FD1;&#x7684;&#x8C03;&#x67E5;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x79F0;&#x4E3A; exonic &#x62FC;&#x63A5;&#x5242; &#xFF08;ESEs&#xFF09;&#xFF0C;&#x5F71;&#x54CD;&#x62FC;&#x63A5;&#x7684;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x3002;&#x4ECE;&#x6240;&#x6709;&#x7684;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x6210;&#x5458;&#xFF0C;&#x7A9D;&#x85CF;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x7B49;&#x4F4D;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684; cDNA &#x663E;&#x793A;&#x8DF3;&#x8FC7;&#x7684;&#x5916;&#x663E;&#x5B50; 10&#xFF0C;&#x5BFC;&#x81F4;&#x8FC7;&#x65E9;&#x7EC8;&#x6B62;&#x5BC6;&#x7801;&#xFF0C;&#x89E3;&#x91CA;&#x5728; propositus C5 &#x7684;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x3002;&#x7A81;&#x53D8;&#x533A;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x663E;&#x793A;&#x66FF;&#x4EE3;&#x4F4D;&#x4E8E; ESE &#x4F5C;&#x4E3A;&#x9884;&#x6D4B;&#x7531;&#x6551;&#x63F4; ESE &#x7A0B;&#x5E8F;&#x3002;&#x6539;&#x53D8;&#x7684; ESE &#x5E8F;&#x5217;&#x4F4D;&#x4E8E;&#x9644;&#x8FD1; 5&#39; &#x62FC;&#x63A5;&#x7AD9;&#x70B9;&#x548C;&#x4E5F;&#x964D;&#x4F4E;&#x4E86;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x62FC;&#x63A5;&#x7F51;&#x7AD9;&#x672C;&#x8EAB;&#x7684;&#x5F3A;&#x5EA6;&#x3002;&#x8FD9;&#x663E;&#x7136;&#x662F;&#x65E0;&#x8DB3;&#x8F7B;&#x91CD;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x53D8;&#x5316;&#x8868;&#x793A;&#x6539;&#x53D8; ESE &#x53EF;&#x89C6;&#x70B9;&#x62FC;&#x63A5;&#x7A81;&#x53D8;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x65B0;&#x63ED;&#x793A;&#x7684;&#x5047;&#x5B9A;&#x6C89;&#x9ED8;/&#x4FDD;&#x5B88;&#x7A81;&#x53D8;&#x75BE;&#x75C5;&#x76F8;&#x5173;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;

C5 &#x865A;&#x6302;&#x94A9; exonic &#x62FC;&#x63A5;&#x589E;&#x5F3A;&#x5B50;&#x7A81;&#x53D8;&#x3002;

As an important component of the innate immune system, complement provides the initial response to prevent infections by pathogenic microorganisms. Patients with dysfunction of C5 display a propensity for severe recurrent infections. In this study, we present a patient with C5 deficiency demonstrated by immunochemical and functional analyses. Direct sequencing of all C5 exons displayed no mutation of obvious functional significance, except for an A to G transition in exon 10 predicting an exchange from lysine to arginine. This sequence alteration was present in only one allele of family members with a reduced serum C5 concentration and in both alleles of the patient with almost complete C5 deficiency, suggesting that this alteration may be producing the phenotype. Recent findings indicate that distinct nucleotide sequences, termed exonic splicing enhancers (ESEs), influence the splicing process. cDNA from all family members harboring the mutated allele showed skipping of exon 10, which resulted in a premature STOP codon, explaining the lack of C5 in the propositus. Sequence analysis of the mutated region revealed the substitution to be located within an ESE, as predicted by the RESCUE-ESE program. The altered ESE sequence is located close to the 5' splicing site and also lowers the predicted strength of the splice site itself. This apparently inconsequential sequence alteration represents a noncanonical splicing mutation altering an ESE. Our finding sheds a new light on the role of putative silent/conservative mutations in disease-associated genes.

Linking C5 deficiency to an exonic splicing enhancer mutation.

En tant que composante importante du syst&#xE8;me immunitaire inn&#xE9;, compl&#xE9;ment fournit la r&#xE9;ponse initiale &#xE0; pr&#xE9;venir les infections par des microorganismes pathog&#xE8;nes. Patients ayant un dysfonctionnement de la C5 affiche une propension &#xE0; de graves infections r&#xE9;currentes. Dans cette &#xE9;tude, nous pr&#xE9;sentons un patient avec C5 carence d&#xE9;montr&#xE9;e par des analyses immunochimiques et fonctionnelles. Le s&#xE9;quen&#xE7;age direct de tous les exons C5 affich&#xE9; aucune mutation de signification fonctionnelle &#xE9;vidente, sauf pour une transition de A &#xE0; G dans l&#x26;#39;exon 10 pr&#xE9;dire un &#xE9;change de la lysine &#xE0; l&#x26;#39;arginine. Cette alt&#xE9;ration de s&#xE9;quence &#xE9;tait pr&#xE9;sente dans un seul all&#xE8;le de membres de la famille avec une r&#xE9;duction de s&#xE9;rum C5 concentration et dans les deux all&#xE8;les du patient avec presque compl&#xE8;te C5 d&#xE9;ficit, ce qui sugg&#xE8;re que cette modification peut &#xEA;tre produire le ph&#xE9;notype. Des d&#xE9;couvertes r&#xE9;centes indiquent que des s&#xE9;quences nucl&#xE9;otidiques distinctes, appel&#xE9;es activateurs d&#x26;#39;&#xE9;pissage exoniques (ESES), influencer le processus d&#x26;#39;&#xE9;pissage. ADNc &#xE0; partir de tous les membres de la famille h&#xE9;bergeant l&#x26;#39;all&#xE8;le mut&#xE9; a montr&#xE9; saut de l&#x26;#39;exon 10, qui a abouti &#xE0; un codon stop pr&#xE9;matur&#xE9;, expliquant l&#x26;#39;absence de C5 dans le propositus. L&#x26;#39;analyse des s&#xE9;quences de la r&#xE9;gion mut&#xE9;e a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; la substitution qui sera situ&#xE9; au sein d&#x26;#39;une ESE, comme pr&#xE9;vu par le programme RESCUE-ESE. La s&#xE9;quence modifi&#xE9;e ESE est situ&#xE9; pr&#xE8;s d&#x26;#39;un site d&#x26;#39;&#xE9;pissage 5 &#x26;#39;et r&#xE9;duit &#xE9;galement la r&#xE9;sistance pr&#xE9;vue sur le site d&#x26;#39;&#xE9;pissage lui-m&#xEA;me. Cette alt&#xE9;ration de s&#xE9;quence apparemment sans cons&#xE9;quence repr&#xE9;sente une mutation d&#x26;#39;&#xE9;pissage non canonique modification d&#x26;#39;une ESE. Notre constatation jette une lumi&#xE8;re nouvelle sur le r&#xF4;le des pr&#xE9;sum&#xE9;s silencieux / conservatrice des mutations dans des g&#xE8;nes associ&#xE9;s &#xE0; la maladie.

Lier C5 carence &#xE0; une mutation Enhancer &#xE9;pissure exonique

Linking C5-Mangel zu einer exonische Splicing-Enhancer-Mutation.

Come una componente importante del sistema immunitario innato, complemento fornisce la risposta iniziale per prevenire le infezioni da microrganismi patogeni. I pazienti con disfunzione del C5 Mostra una propensione per gravi infezioni ricorrenti. In questo studio, vi presentiamo un paziente con deficit di C5 ha dimostrato da analisi immunochimiche e funzionale. Sequenziamento diretto degli esoni C5 tutti non visualizzata nessuna mutazione di evidente significato funzionale, fatta eccezione per una A transizione G nell&#39;esone 10 prevedere uno scambio da lisina in arginina. Questa alterazione della sequenza era presente in un solo allele di membri della famiglia con una concentrazione di siero ridotto C5 e in entrambi gli alleli del paziente con deficit quasi completo di C5, suggerendo che questa alterazione pu&ograve; produrre il fenotipo. Recenti risultati indicano che le sequenze nucleotidiche distinti, chiamati esonico splicing enhancers (ESEs), influenzano il processo di splicing. cDNA da tutti i membri della famiglia harboring l&#39;allele mutato ha mostrato salto dell&#39;esone 10, che ha portato in un codone di STOP prematuro, che spiega la mancanza di C5 nel probando. Analisi di sequenza della regione mutata ha rivelato la sostituzione per essere situato all&#39;interno di un ESE, come previsto dal programma RESCUE-ESE. La sequenza alterata ESE si trova vicino al 5&#39; sito di splicing e abbassa anche la forza prevista del sito di splicing stesso. Questa alterazione apparentemente insignificante sequenza rappresenta una mutazione di splicing canonica alterare un ESE. La nostra scoperta getta una nuova luce sul ruolo del putative silent/conservatore mutazioni in geni associati a malattie.

Collegamento deficit di C5 a una mutazione di enhancer splicing esonico.

&#x81EA;&#x7136;&#x514D;&#x75AB;&#x7CFB;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x88DC;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;&#x75C5;&#x539F;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x611F;&#x67D3;&#x3092;&#x9632;&#x3050;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x521D;&#x671F;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002; C5&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x4E0D;&#x5168;&#x306E;&#x60A3;&#x8005;&#x306F;&#x91CD;&#x7BE4;&#x306A;&#x518D;&#x767A;&#x6027;&#x306E;&#x611F;&#x67D3;&#x75C7;&#x306E;&#x50BE;&#x5411;&#x304C;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x514D;&#x75AB;&#x6A5F;&#x80FD;&#x89E3;&#x6790;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5B9F;&#x8A3C;C5&#x6B20;&#x640D;&#x75C7;&#x306E;&#x60A3;&#x8005;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;C5&#x306E;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x306E;&#x30C0;&#x30A4;&#x30EC;&#x30AF;&#x30C8;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30EA;&#x30B8;&#x30F3;&#x304B;&#x3089;&#x30A2;&#x30EB;&#x30AE;&#x30CB;&#x30F3;&#x3078;&#x306E;&#x4EA4;&#x63DB;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;10&#x306E;G&#x3078;&#x306E;&#x79FB;&#x884C;&#x3092;&#x9664;&#x3044;&#x3066;&#x3001;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x610F;&#x7FA9;&#x306E;&#x306A;&#x3044;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x5909;&#x66F4;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x304C;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x3092;&#x88FD;&#x9020;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3001;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x8840;&#x6E05;C5&#x6FC3;&#x5EA6;&#x3068;&#x307B;&#x307C;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;C5&#x6B20;&#x640D;&#x75C7;&#x306E;&#x60A3;&#x8005;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x5BFE;&#x7ACB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x5BB6;&#x65CF;&#x306E;&#x552F;&#x4E00;&#x306E;&#x5BFE;&#x7ACB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x8ABF;&#x67FB;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x5869;&#x57FA;&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x3001;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#xFF08;ESEs&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53CA;&#x307C;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5909;&#x7570;&#x5BFE;&#x7ACB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x4FDD;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x5BB6;&#x65CF;&#x304B;&#x3089;&#x306E;cDNA&#x306F;&#x3001;&#x767A;&#x7AEF;&#x3067;C5&#x306E;&#x6B20;&#x5982;&#x3092;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x3001;&#x672A;&#x6210;&#x719F;&#x7D42;&#x6B62;&#x30B3;&#x30C9;&#x30F3;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3001;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;10&#x306E;&#x30B9;&#x30AD;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002; RESCUE-ESE&#x30D7;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5909;&#x7570;&#x9818;&#x57DF;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x89E3;&#x6790;&#x306F;&#x3001;ESE&#x5185;&#x306B;&#x914D;&#x7F6E;&#x3059;&#x308B;&#x7F6E;&#x63DB;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5909;&#x66F4;&#x3055;&#x308C;&#x305F;ESE&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;5 &#x26;#39;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x8FD1;&#x304F;&#x306B;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3057;&#x3066;&#x304A;&#x308A;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x81EA;&#x4F53;&#x306E;&#x4E88;&#x6E2C;&#x529B;&#x3092;&#x4F4E;&#x4E0B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x4E00;&#x898B;&#x53D6;&#x308B;&#x306B;&#x8DB3;&#x3089;&#x306A;&#x3044;&#x914D;&#x5217;&#x5909;&#x5316;&#x306F;&#x3001;ESE&#x3092;&#x5909;&#x66F4;&#x3059;&#x308B;&#x975E;&#x6A19;&#x6E96;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x8868;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x767A;&#x898B;&#x306F;&#x3001;&#x75BE;&#x60A3;&#x95A2;&#x9023;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;&#x4FDD;&#x5B88;/&#x30B5;&#x30A4;&#x30EC;&#x30F3;&#x30C8;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x5149;&#x3092;&#x6295;&#x3052;&#x304B;&#x3051;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x5909;&#x7570;C5&#x6B20;&#x640D;&#x75C7;&#x306E;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AF;

&#xD0C0;&#xACE0; &#xB09C; &#xBA74;&#xC5ED; &#xCCB4;&#xACC4;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB85C; &#xBCF4;&#xC644; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xAC10;&#xC5FC;&#xC744; &#xBC29;&#xC9C0; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xCD08;&#xAE30; &#xC751;&#xB2F5;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD55C;&#xB2E4;. C5 &#xBD80;&#xC804; &#xD658;&#xC790; &#xC2EC;&#xD55C; &#xC7AC;&#xBC1C; &#xC131; &#xAC10;&#xC5FC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC131;&#xD5A5;&#xC744; &#xD45C;&#xC2DC;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB294; immunochemical &#xBC0F; &#xAE30;&#xB2A5; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC785;&#xC99D; C5 &#xACB0;&#xD54D;&#xACFC; &#xD658;&#xC790; &#xC18C;&#xAC1C;. &#xBAA8;&#xB4E0; C5 exons&#xC758; &#xC9C1;&#xC811;&#xC801;&#xC778; &#xC5F0;&#xC18D; &#xD45C;&#xC2DC; G &#xC804;&#xD658; exon &#xC544;&#xB974;&#xAE30;&#xB2CC;&#xC5D0; lysine&#xC5D0;&#xC11C; exchange &#xC608;&#xCE21; 10&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; A &#xC81C;&#xC678;&#xD55C; &#xBD84;&#xBA85; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xC911;&#xC694;&#xC131;&#xC758; &#xC544;&#xB2C8; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;. &#xC21C;&#xC11C; &#xBCC0;&#xACBD;&#xC774; &#xAC10;&#xC18C; &#xB41C; &#xD608; &#xCCAD; c 5 &#xB18D;&#xB3C4;&#xC640; &#xAC00;&#xC871; &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0;&#xC758; &#xD55C; &#xB300;&#xB9BD; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640;&#xC774; &#xBCC0;&#xACBD; phenotype &#xC0DD;&#xC0B0; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC81C;&#xC548; &#xAC70;&#xC758; &#xC644;&#xC804; &#xD55C; C5 &#xACB0;&#xD54D; &#xD658;&#xC790;&#xC758; &#xB450; &#xB300;&#xB9BD; &#xD588;&#xB2E4;. &#xCD5C;&#xADFC; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xB69C;&#xB837;&#xD55C; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;, exonic &#xAC15;&#xD654; (ESEs) &#xC811;&#xD569; &#xB418; &#xB098; &#xC811;&#xD569; &#xACFC;&#xC815;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xB300;&#xB9BD; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xC228;&#xACA8; &#xC8FC;&#xB294; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xAC00;&#xC871; &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0;&#xC5D0;&#xC11C; cDNA exon 10 &#xC77C;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD558;&#xB294; propositus&#xC758; C5 &#xBD80;&#xC871; &#xC870; &#xC815;&#xC9C0; codon&#xC758; &#xAC74;&#xB108;&#xB6F0;&#xB294; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC601;&#xC5ED;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBD84;&#xC11D; &#xB300;&#xCCB4;&#xB97C; &#xAD6C;&#xC870; ESE &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC608;&#xCE21; &#xB41C; ESE &#xB0B4; &#xC218;&#xB97C; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBCC0;&#xACBD; &#xB41C; ESE &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB294; &#xAC00;&#xAE4C;&#xC774; 5&#39; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC811;&#xD569; &#xD558; &#xACE0; &#xB610;&#xD55C; &#xC2A4;&#xD50C;&#xB77C;&#xC774;&#xC2A4; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC790;&#xCCB4;&#xC758; &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; &#xAC15;&#xB3C4; &#xB0AE;&#xCD98; &#xB2E4;. &#xC774; &#xD655;&#xC2E4;&#xD788; &#xD558; &#xCC2E;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBCC0;&#xACBD; ESE&#xB97C; &#xBCC0;&#xACBD; &#xD558;&#xB294; &#xBE44;&#xC815;&#xADDC; &#xC811;&#xD569; &#xBCC0;&#xC774; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xCC3E;&#xB294; &#xC0C1; &#xBB34;&#xC131;/&#xBCF4;&#xC218; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xAD00;&#xB828; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xC5ED;&#xD560;&#xC5D0; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xBE5B;&#xC774; &#xB098;.

Exonic &#xC811;&#xD569; &#xC99D;&#xAC15; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xB97C; C5 &#xACB0;&#xD54D;&#xC744; &#xC5F0;&#xACB0;.

Como un componente importante del sistema inmune innato, complemento proporciona la respuesta inicial para prevenir las infecciones por microorganismos pat&#xF3;genos. Los pacientes con disfunci&#xF3;n de C5 mostrar una propensi&#xF3;n a infecciones severas recurrentes. En este estudio, se presenta un paciente con deficiencia de C5 demostrado por los an&#xE1;lisis inmunoqu&#xED;micos y funcional. La secuenciaci&#xF3;n directa de todos los exones C5 no mostraron la mutaci&#xF3;n de significado funcional evidente, a excepci&#xF3;n de una A a la transici&#xF3;n de G en el ex&#xF3;n 10 predecir un cambio de lisina a arginina. Esta alteraci&#xF3;n de la secuencia estuvo presente en un solo alelo de los miembros de la familia con una reducci&#xF3;n de la concentraci&#xF3;n y el suero de C5 en los dos alelos del paciente con casi total carencia de C5, lo que sugiere que esta alteraci&#xF3;n puede producir el fenotipo. Recientes hallazgos indican que distintas secuencias de nucle&#xF3;tidos, denominados exonic splicing enhancers (ESEs), influyen en el proceso de empalme. cDNA a partir de todos los miembros de la familia que albergan el alelo mutado mostr&#xF3; omisi&#xF3;n del ex&#xF3;n 10, que dio lugar a un cod&#xF3;n de parada prematuro, explicando la falta de C5 en el caso &#xED;ndice. An&#xE1;lisis de secuencias de la regi&#xF3;n mutada de manifiesto la sustituci&#xF3;n que se encuentra dentro de una ESE, seg&#xFA;n lo predicho por el programa Rescue-ESE. La secuencia alterada ESE est&#xE1; situado cerca de sitio de empalme 5 &#x26;#39;y tambi&#xE9;n disminuye la fuerza predicho del sitio de empalme s&#xED; mismo. Esta alteraci&#xF3;n de la secuencia, aparentemente intrascendente representa una mutaci&#xF3;n de empalme no can&#xF3;nicos que altera la ESE. Nuestro hallazgo arroja nueva luz sobre el papel de supuestos silenciosos / conservador mutaciones en los genes asociados a la enfermedad.

Vinculaci&#xF3;n a una deficiencia de C5 Empalme Exonic mutaci&#xF3;n Enhancer

&#x65E0;&#x6570;&#x7684;&#x534F;&#x8C03;&#x4FE1;&#x53F7;&#x63A7;&#x5236;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5206;&#x5316;&#x3002;&#x91CD;&#x7F16;&#x7A0B;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x9A71;&#x52A8;&#x5668;&#x5168;&#x7403;&#x53D8;&#x5316;&#x5728;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5F62;&#x6001;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#x5B9A;&#x4E49;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x8868;&#x578B;&#x3002;&#x5F00;&#x5173;&#x5728;&#x526A;&#x63A5;&#x7684;&#x8BB8;&#x591A; pre mRNAs &#x7F16;&#x7801;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x7279;&#x5B9A;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x4F34;&#x968F;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x5206;&#x5316;&#x3002;&#x4E09;&#x7EC4;&#x6700;&#x8FD1;&#x8868;&#x660E;&#x5168;&#x7403;&#x62FC;&#x63A5;&#x963B;&#x904F;&#x7269; polypyrimidine &#x8F68;&#x9053;&#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; (PTB)&#xFF0C;&#x89C4;&#x5B9A;&#x4E86;&#x8FD9; switch.1-3 &#x867D;&#x7136;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5B50;&#x96C6;&#x6253;&#x5F00;&#x975E;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x548C;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x7EC6;&#x80DE;&#x3001; &#x9650;&#x5236;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x5BA2;&#x8FD0;&#x5927;&#x697C;&#x975E;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8F6C;&#x79FB;&#x4E86;&#x5E9F;&#x8BDD;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x8870;&#x51CF;&#x5230;&#x5176;&#x5206;&#x6CCC;&#x548C;&#x9632;&#x6B62;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x3002;&#x5BA2;&#x8FD0;&#x5927;&#x697C;&#x5236;&#x52A8;&#x5668;&#x91CA;&#x653E;&#x65F6;&#xFF0C;&#x8BE5;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x62FC;&#x63A5;&#x50CF;&#x4E00;&#x4E2A;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x3002;

&#x9547;&#x538B;&#x7684;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x5185;&#x3002;

A myriad of coordinated signals control cellular differentiation. Reprogramming the cell's proteome drives global changes in cell morphology and function that define cell phenotype. A switch in alternative splicing of many pre-mRNAs encoding neuronal-specific proteins accompanies neuronal differentiation. Three groups recently showed that the global splicing repressor, polypyrimidine track-binding protein (PTB), regulates this switch.1-3 Although a subset of neuronal genes are turned on in both non-neuronal and neuronal cells, restricted expression of PTB in non-neuronal cells diverts their mRNAs to nonsense-mediated decay and prevents protein expression. When the PTB brake is released, the cell splices like a neuron.

Repressing the neuron within.

Une multitude de signaux coordonn&#xE9;s contr&#xF4;ler la diff&#xE9;renciation cellulaire. Reprogrammation du prot&#xE9;ome de la cellule entra&#xEE;ne des changements globaux dans la morphologie des cellules et la fonction qui d&#xE9;finissent le ph&#xE9;notype cellulaire. Un interrupteur dans l&#x26;#39;&#xE9;pissage alternatif de nombreux pr&#xE9;-ARNm codant pour des prot&#xE9;ines sp&#xE9;cifiques des neurones-accompagne la diff&#xE9;renciation neuronale. Trois groupes ont r&#xE9;cemment montr&#xE9; que l&#x26;#39;&#xE9;pissage mondiale r&#xE9;presseur, polypyrimidine piste-binding protein (TBP), qui r&#xE9;git cette switch.1-3 M&#xEA;me si un sous-ensemble de g&#xE8;nes neuronaux sont activ&#xE9;s dans les cellules non-neuronales et neuronales, l&#x26;#39;expression restreinte de PTB dans non -neuronales d&#xE9;tourne leurs ARNm de nonsense-mediated decay et emp&#xEA;che l&#x26;#39;expression des prot&#xE9;ines. Lorsque le frein est rel&#xE2;ch&#xE9; PTB, les &#xE9;pissures de cellules comme un neurone.

R&#xE9;primer le Neuron Dans

Eine Vielzahl von koordinierten Signale Steuern zellul&auml;re Differenzierung. Eine Anpassung der Zelle Proteome Laufwerke globale &Auml;nderungen in Zelle Morphologie und Funktion, die Zelle Ph&auml;notypus definieren. Ein Wechsel in das alternative Splei&szlig;en viele Pre-mRNAs Codierung neuronal-spezifische Proteine begleitet neuronale Differenzierung. Drei Gruppen zeigten k&uuml;rzlich, dass die globale Splei&szlig;en Verdr&auml;nger, Polypyrimidine Track-verbindliches Protein (PTB), regelt dieser switch.1-3, obwohl eine Teilmenge der neuronalen Gene in Zellen sowohl nicht-neuronale und neuronale eingeschaltet sind, beschr&auml;nkt Ausdruck der PTB in nicht-neuronale Zellen lenkt ihre mRNAs zu Nonsense-mediated Decay und Proteinexpression verhindert. Wenn die PTB-Bremse losgelassen wird, spaltet die Zelle wie ein Neuron.

Das Neuron innerhalb verdr&auml;ngen.

Una miriade di segnali coordinati controllare la differenziazione cellulare. Riprogrammazione proteome unit&agrave; globale cambiamenti della cella nella morfologia cellulare e la funzione che definiscono il fenotipo delle cellule. Un interruttore di splicing alternativo di molti pre-mRNA che codificano per le proteine neuronali specifici accompagna differenziazione neuronale. Tre gruppi di recente ha mostrato che il repressore globale splicing, polypyrimidine traccia-binding protein (PTB), regola questo switch.1-3 anche se un sottoinsieme dei geni neuronali sono attivate in cellule non-neuronali e neuronali, espressione ristretta di PTB in cellule non-neuronali devia i mRNAs per nonsense mediated decay e impedisce l&#39;espressione della proteina. Quando viene rilasciato il freno PTB, cella puntale come un neurone.

Reprimendo il neurone all&#39;interno.

&#x5354;&#x8ABF;&#x4FE1;&#x53F7;&#x306E;&#x7121;&#x6570;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x5206;&#x5316;&#x3092;&#x5236;&#x5FA1;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30FC;&#x30E0;&#x3092;&#x518D;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30DF;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x3092;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3057;&#x3066;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x5F62;&#x614B;&#x3068;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#x306A;&#x5909;&#x66F4;&#x3092;&#x99C6;&#x52D5;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x30D7;&#x30EC;mRNA&#x306E;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x795E;&#x7D4C;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x30B9;&#x30A4;&#x30C3;&#x30C1;&#x306F;&#x3001;&#x795E;&#x7D4C;&#x5206;&#x5316;&#x306B;&#x4ED8;&#x5C5E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; 3&#x3064;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306F;&#x6700;&#x8FD1;&#x3001;&#x795E;&#x7D4C;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;&#x975E;&#x795E;&#x7D4C;&#x7D30;&#x80DE;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x795E;&#x7D4C;&#x7D30;&#x80DE;&#x3001;&#x975E;PTB&#x306E;&#x5236;&#x9650;&#x5F0F;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3067;&#x30AA;&#x30F3;&#x306B;&#x306A;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x4E16;&#x754C;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6291;&#x5236;&#x3001;&#x30D4;&#x30EA;&#x30DF;&#x30B8;&#x30F3;&#x30C8;&#x30E9;&#x30C3;&#x30AF;&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#xFF08;PTB&#xFF09;&#x3001;&#x3053;&#x306E;switch.1-3&#x3092;&#x5236;&#x5FA1;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x306A;&#x3063;&#x305F;&#x795E;&#x7D4C;&#x7D30;&#x80DE;&#x306F;&#x30CA;&#x30F3;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B9;&#x5A92;&#x4ECB;&#x5D29;&#x58CA;&#x3078;&#x306E;mRNA&#x3092;&#x8FC2;&#x56DE;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x3068;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x9632;&#x3050;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002; PTB&#x30D6;&#x30EC;&#x30FC;&#x30AD;&#x304C;&#x89E3;&#x9664;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3068;&#x3001;&#x30CB;&#x30E5;&#x30FC;&#x30ED;&#x30F3;&#x69D8;&#x7D30;&#x80DE;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x3002;

&#x5185;&#x30CB;&#x30E5;&#x30FC;&#x30ED;&#x30F3;&#x3092;&#x6291;&#x5236;&#x3059;&#x308B;

&#xC870;&#xC815;&#xB41C; &#xC2E0;&#xD638; &#xBB34;&#xC218; &#xD55C; &#xC138;&#xD3EC; &#xBD84;&#xD654; &#xC81C;&#xC5B4;. &#xC140;&#xC758; &#xD504;&#xB85C;&#xD14C;&#xC634; &#xB4DC;&#xB77C;&#xC774;&#xBE0C; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xBCC0;&#xACBD; &#xC140; &#xD615;&#xD0DC;&#xC640; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC138;&#xD3EC; &#xD45C;&#xD604; &#xD615;&#xC744; &#xC815;&#xC758; &#xD558;&#xB294; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB798;&#xBC0D;. &#xB9CE;&#xC740; &#xC0AC;&#xC804; mRNAs &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xC2E0;&#xACBD; &#xAD00;&#xB828; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xB300;&#xCCB4; &#xC811;&#xD569;&#xC5D0; &#xC2A4;&#xC704;&#xCE58; &#xC2E0;&#xACBD; &#xBD84;&#xD654;&#xB97C; &#xB3D9;&#xBC18; &#xD55C;&#xB2E4;. 3 &#xADF8;&#xB8F9;&#xC740; &#xCD5C;&#xADFC; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xC811;&#xD569; &#xC9C4;&#xC555;, polypyrimidine &#xD2B8;&#xB799; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (PTB)&#xC774; switch.1 3 &#xC870;&#xC808;-&#xC2E0;&#xACBD; &#xBC0F; &#xC2E0;&#xACBD; &#xC138;&#xD3EC; &#xC2E0;&#xACBD; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xBD80;&#xBD84; &#xC9D1;&#xD569; &#xC124;&#xC815; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC;, &#xBE44; &#xC2E0;&#xACBD; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; PTB&#xC758; &#xC81C;&#xD55C; &#xB41C; &#xD45C;&#xD604; &#xB9D0;&#xB3C4; &#xC911;&#xC7AC; &#xBD80;&#xD328;&#xB97C; &#xC790;&#xC2E0;&#xC758; mRNAs &#xC0B0;&#xB780; &#xD558; &#xACE0; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC2DD; &#xBC29;&#xC9C0; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. PTB &#xBE0C;&#xB808;&#xC774;&#xD06C;&#xB97C; &#xB193;&#xC73C;&#xBA74; &#xC2E0;&#xACBD; &#xCC98;&#xB7FC; &#xC140; &#xBD84;&#xD560;.

&#xB0B4; &#xC2E0;&#xACBD; &#xC5B5;&#xC555;.

Una gran cantidad de se&#xF1;ales coordinadas controlar la diferenciaci&#xF3;n celular. Reprogramaci&#xF3;n del proteoma de la c&#xE9;lula impulsa cambios globales en la morfolog&#xED;a celular y la funci&#xF3;n que definen el fenotipo celular. Un interruptor en el splicing alternativo de muchos pre-mRNAs que codifican prote&#xED;nas espec&#xED;ficas neuronal acompa&#xF1;a a la diferenciaci&#xF3;n neuronal. Tres grupos han mostrado recientemente que el empalme mundial represor, polypyrimidine pista prote&#xED;na de uni&#xF3;n (PTB), regula este switch.1-3 A pesar de un subconjunto de genes neuronales se activan tanto en c&#xE9;lulas no neuronales y neuronales, la expresi&#xF3;n restringida de parto prematuro en el que no c&#xE9;lulas neuronales desv&#xED;a sus ARNm de la degradaci&#xF3;n mediada por el antisentido y previene la expresi&#xF3;n de la prote&#xED;na. Cuando el freno se libera PTB, los empalmes de celulares como una neurona.

La represi&#xF3;n de la neurona dentro de

(ES) &#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x591A;&#x6F5C;&#x80FD;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5173;&#x952E;&#x8C03;&#x8282;&#x5668;&#x548C;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50; POU5F1&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x4E86;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x578B;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x68C0;&#x6D4B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x79F0;&#x4E3A; MEGAshift &#xFF08;&#x6309; shift &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x9002;&#x914D;&#x5B50;&#x7684;&#x82AF;&#x7247;&#x8BC4;&#x4EF7;&#xFF09; &#x662F;&#x6211;&#x4EEC;&#x7528;&#x6765;&#x7CBE;&#x786E;&#x5B9A;&#x4F4D;&#x7684;&#x51C6;&#x786E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3001; &#x4EB2;&#x548C;&#x548C;&#x901A;&#x8FC7;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x6C89;&#x6DC0;&#x7814;&#x7A76;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684; DNA-&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x590D;&#x5408;&#x4F53;&#x7684;&#x5316;&#x5B66;&#x8BA1;&#x91CF;&#x5B66;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8003;&#x8651;&#x6240;&#x6709;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x533A;&#x57DF;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E3A; POU5F1-&#x82AF;&#x7247;-&#x6D53;&#x7F29;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x548C;&#x9F20;&#x6807;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4E0E;&#x5747;&#x5BCC;&#x82AF;&#x7247;&#x5728;&#x5355;&#x4E00;&#x7269;&#x79CD;&#x7684;&#x533A;&#x57DF;&#x76F8;&#x6BD4;&#xFF0C;&#x53D1;&#x73B0;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5730;&#x533A;&#x66F4;&#x6709;&#x53EF;&#x80FD;&#x662F;&#x9644;&#x8FD1;&#x79EF;&#x6781;&#x8F6C;&#x5F55;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5E73;&#x94FA; 35-&#x5E02;&#x573A;&#x6C47;&#x7387;&#x7684;&#x6C60; resynthesize &#x8FD9;&#x4E9B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x6C60;&#x7136;&#x540E;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230;&#x91CD;&#x7EC4; POU5F1 &#x6DB2;&#x8D28;&#x8054;&#x51DD;&#x80F6;&#x8F6C;&#x53D8;&#x3002;&#x81EA;&#x5B9A;&#x4E49;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x82AF;&#x7247;&#x4E0A;&#x51C6;&#x786E;&#x5730;&#x6D4B;&#x91CF;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x63A2;&#x7D22;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x786E;&#x5B9A;&#x548C;&#x8BA1;&#x7B97;&#x9884;&#x6D4B;&#x5177;&#x6709;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x7684;&#x529B;&#x91CF;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5173;&#x7CFB;&#xFF0C;&#x53D1;&#x73B0;&#x8BB8;&#x591A;&#x65B0;&#x578B;&#x529F;&#x80FD;&#x7EC4;&#x5408;&#x7684; POU5F1 &#x534A;&#x7AD9;&#x70B9;&#xFF0C;&#x548C;&#x8BC1;&#x660E;&#x9AD8;&#x6548;&#x6BCD;&#x9898;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x4FE1;&#x606F;&#x7EB3;&#x5165;&#x67E5;&#x627E;&#x7B97;&#x6CD5;&#x7684;&#x6BCD;&#x9898;&#x3002;&#x9664;&#x4E86;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x7CBE;&#x70BC;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x7684;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x7814;&#x7A76;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x5E26;&#x6765;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x7B5B;&#x9009;&#x7684;&#x5BA3;&#x4F20;&#x5458;&#x3001; &#x5355;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x533A;&#x57DF;&#x548C;&#x8868;&#x89C2;&#x9057;&#x4F20;&#x56E0;&#x5B50;&#x7ED3;&#x5408;&#x7684;&#x4FEE;&#x6539;&#x3002;

&#x5728;&#x4F53;&#x5185;&#x7684;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x751F;&#x5316;&#x5206;&#x6790;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x5C0F;&#x8BF4;&#x4E0D;&#x540C;&#x7C7B;&#x7684; POU5F1 (Oct4) / DNA &#x590D;&#x5408;&#x7269;&#x3002;

The transcription factor POU5F1 is a key regulator of embryonic stem (ES) cell pluripotency and a known oncoprotein. We have developed a novel high-throughput binding assay called MEGAshift (microarray evaluation of genomic aptamers by shift) that we use to pinpoint the exact location, affinity, and stoichiometry of the DNA-protein complexes identified by chromatin immunoprecipitation studies. We consider all genomic regions identified as POU5F1-ChIP-enriched in both human and mouse. Compared with regions that are ChIP-enriched in a single species, we find these regions more likely to be near actively transcribed genes in ES cells. We resynthesize these genomic regions as a pool of tiled 35-mers. This oligonucleotide pool is then assayed for binding to recombinant POU5F1 by gel shift. The degree of binding for each oligonucleotide is accurately measured on a custom oligonucleotide microarray. We explore the relationship between experimentally determined and computationally predicted binding strengths, find many novel functional combinations of POU5F1 half sites, and demonstrate efficient motif discovery by incorporating binding information into a motif finding algorithm. In addition to further refining location studies for transcription factors, this method holds promise for the high-throughput screening of promoters, SNP regions, and epigenetic modifications for factor binding.

High-throughput biochemical analysis of in vivo location data reveals novel distinct classes of POU5F1(Oct4)/DNA complexes.

Le facteur de transcription est POU5F1 un r&#xE9;gulateur cl&#xE9; de souches embryonnaires (ES) pluripotence cellulaire et une oncoprot&#xE9;ine connue. Nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; un nouveau haut-d&#xE9;bit essai de liaison appel&#xE9; MEGAshift (&#xE9;valuation micror&#xE9;seau d&#x26;#39;aptam&#xE8;res g&#xE9;nomiques par quart de travail) que nous utilisons pour d&#xE9;terminer l&#x26;#39;emplacement exact, l&#x26;#39;affinit&#xE9; et stoechiom&#xE9;trie des complexes ADN-prot&#xE9;ines identifi&#xE9;es par les &#xE9;tudes immunopr&#xE9;cipitation de la chromatine. Nous consid&#xE9;rons toutes les r&#xE9;gions g&#xE9;nomiques identifi&#xE9;es comme POU5F1-ChIP-enrichi &#xE0; la fois humaine et de la souris. En comparaison avec les r&#xE9;gions qui sont ChIP-enrichis dans une seule esp&#xE8;ce, nous trouvons ces r&#xE9;gions plus susceptibles d&#x26;#39;&#xEA;tre &#xE0; proximit&#xE9; de g&#xE8;nes activement transcrits dans les cellules ES. Nous resynth&#xE9;tiser ces r&#xE9;gions g&#xE9;nomiques comme un pool de carrelage 35-mers. Cette piscine oligonucl&#xE9;otide est ensuite analys&#xE9; pour la liaison &#xE0; recombinant POU5F1 par migration sur gel. Le degr&#xE9; de liaison pour chaque oligonucl&#xE9;otide est mesur&#xE9;e avec pr&#xE9;cision sur un micror&#xE9;seau oligonucl&#xE9;otide personnalis&#xE9;. Nous explorons la relation entre d&#xE9;termin&#xE9;e exp&#xE9;rimentalement et num&#xE9;riquement pr&#xE9;dit forces contraignantes, trouver de nouvelles combinaisons de nombreux fonctionnels de POU5F1 demi-sites, et de d&#xE9;montrer la d&#xE9;couverte motif efficace en int&#xE9;grant les informations de liaison dans un algorithme de recherche de motif. En plus de nouvelles &#xE9;tudes de localisation de raffinage des facteurs de transcription, cette m&#xE9;thode est tr&#xE8;s prometteuse pour le criblage &#xE0; haut d&#xE9;bit des promoteurs, des r&#xE9;gions SNP, et des modifications &#xE9;pig&#xE9;n&#xE9;tiques pour la liaison des facteurs.

Analyse &#xE0; haut d&#xE9;bit dans biochimique des donn&#xE9;es de localisation in vivo r&#xE9;v&#xE8;le nouveaux classes distinctes de POU5F1 (Oct4) / ADN

Der Transkriptionsfaktor POU5F1 ist ein wichtiger Regulator der embryonalen Stammzellen (ES) Zelle Pluripotenz und ein bekannter OIT3. Wir entwickelten ein neuartiges Hochdurchsatz-Bindung-Assay, genannt MEGAshift (Microarray Bewertung von genomischen Aptamere durch Verschiebung), die wir verwenden, um die genaue Lage, Affinit&auml;t und St&ouml;chiometrie von der DNA-Protein-komplexe durch Chromatin Immunopr&auml;zipitation Studien identifiziert zu identifizieren. Wir betrachten alle genomische Regionen ermittelt als POU5F1 ChIP-angereicherten in Mensch und Maus. Im Vergleich mit Regionen, die in einer einzigen Spezies ChIP angereichert sind, finden wir diese Regionen eher nahe aktiv transkribierten Gene in ES-Zellen sein. Wir resynthesize diese genomischen Regionen als ein Pool von gefliesten 35-Mers. Dieser Oligonukleotid-Pool ist dann f&uuml;r die Bindung an rekombinanten POU5F1 von Gel-Schicht normalisiert. Der Grad der Bindung f&uuml;r jeden Oligonukleotid ist pr&auml;zise auf eine benutzerdefinierte Oligonukleotid-Microarray gemessen. Wir erkunden die Beziehung zwischen experimentell bestimmte und rechnerisch vorhergesagten Bindung st&auml;rken, finden viele neuartige funktionelle Kombinationen POU5F1 halbe Sites und effiziente Motiv Entdeckung durch die Einbeziehung von Bindungsinformationen in ein Motiv finden Algorithmus zu demonstrieren. Neben weiteren Raffination Standortstudien f&uuml;r Transkriptionsfaktoren, verspricht diese Methode f&uuml;r das Hochdurchsatz-Screening von Promotoren, SNP-Regionen und epigenetischen Modifikationen f&uuml;r Faktor-Bindung.

Hochdurchsatz-biochemische Analyse der Lage in-vivo-Daten zeigt neuartige unterschiedliche Klassen von POU5F1 (Oct4) / DNA-komplexen.

Il fattore di trascrizione POU5F1 &egrave; un regolatore chiave della pluripotenza delle cellule staminali embrionali (ES) e un noto oncoproteina dei tipo. Abbiamo sviluppato un saggio romanzo high-throughput associazione chiamato MEGAshift (valutazione di microarray di genomic aptameri di shift) che usiamo per individuare la posizione esatta, affinit&agrave; e stechiometria dei complessi DNA-proteina identificata dagli studi di immunoprecipitazione della cromatina. Consideriamo tutte le regioni genomiche identificate come POU5F1-ChIP-arricchito in sia umano e del mouse. Rispetto alle regioni che si sono arricchiti di ChIP in una singola specie, troviamo queste regioni pi&ugrave; probabile di essere vicino a geni attivamente trascritti in cellule ES. Noi resynthesize queste regioni genomiche come un pool di maiolica 35-mers. Questa piscina del oligonucleotide &egrave; quindi analizzata per l&#39;associazione di POU5F1 ricombinante da gel shift. Il grado di legame per ogni oligonucleotide &egrave; misurato con precisione su un microarray di oligonucleotidi personalizzato. Esplorare il rapporto tra la forza vincolante determinato sperimentalmente e computazionalmente previsto, troviamo molte nuove combinazioni funzionali di POU5F1 met&agrave; siti e dimostrare la scoperta motivo efficiente inserendo informazioni vincolanti in un motivo a trovare l&#39;algoritmo. Oltre a ulteriori raffinazioni studi posizione per fattori di trascrizione, questo metodo promette per lo screening high-throughput di promotori, regioni SNP e modifiche epigenetiche per binding factor.

L&#39;analisi biochimica high-throughput di dati di localizzazione in vivo rivela romanzo classi distinte di POU5F1 (Oct4) / complessi di DNA.

&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;POU5F1&#x306F;&#x3001;&#x80DA;&#x6027;&#x5E79;&#xFF08;ES&#xFF09;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x591A;&#x80FD;&#x6027;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x816B;&#x760D;&#x6027;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x56E0;&#x5B50;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3001;&#x89AA;&#x548C;&#x6027;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x308B;DNA-&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x5316;&#x5B66;&#x91CF;&#x8AD6;&#x3092;&#x7279;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#xFF08;&#x30B7;&#x30D5;&#x30C8;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30A2;&#x30D7;&#x30BF;&#x30DE;&#x30FC;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x8A55;&#x4FA1;&#xFF09;MEGAshift&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x7D50;&#x5408;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3067;POU5F1&#x30C1;&#x30C3;&#x30D7;&#xB7;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x9818;&#x57DF;&#x3092;&#x8003;&#x616E;&#x3057;&#x3066;&#x304F;&#x3060;&#x3055;&#x3044;&#x3002;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x7A2E;&#x3067;CHIP-&#x5BCC;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x5730;&#x57DF;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;ES&#x7D30;&#x80DE;&#x3067;&#x6D3B;&#x767A;&#x306B;&#x8EE2;&#x5199;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x8FD1;&#x304F;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x9818;&#x57DF;&#x304C;&#x3088;&#x308A;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;35&#x91CF;&#x4F53;&#x306E;&#x30BF;&#x30A4;&#x30EB;&#x5F35;&#x308A;&#x306E;&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x9818;&#x57DF;&#x3092;&#x518D;&#x5408;&#x6210;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x5F8C;&#x3001;&#x30B2;&#x30EB;&#x30B7;&#x30D5;&#x30C8;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x7D44;&#x63DB;&#x3048;POU5F1&#x3078;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x5404;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x306F;&#x6B63;&#x78BA;&#x306B;&#x30AB;&#x30B9;&#x30BF;&#x30E0;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3067;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x306B;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3068;&#x306E;&#x95A2;&#x4FC2;&#x3092;&#x63A2;&#x6C42;&#x3057;&#x3001;&#x8A08;&#x7B97;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x5F37;&#x3055;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3057;&#x3001;POU5F1&#x534A;&#x5206;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x65B0;&#x898F;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x3092;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x3066;&#x3001;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x308B;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306B;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x60C5;&#x5831;&#x3092;&#x7D44;&#x307F;&#x8FBC;&#x3080;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x306A;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x767A;&#x898B;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x3055;&#x3089;&#x306A;&#x308B;&#x7CBE;&#x88FD;&#x5834;&#x6240;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306B;&#x52A0;&#x3048;&#x3066;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x3001;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3001;SNP&#x9818;&#x57DF;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30A8;&#x30D4;&#x30B8;&#x30A7;&#x30CD;&#x30C6;&#x30A3;&#x30C3;&#x30AF;&#x306A;&#x4FEE;&#x98FE;&#x306E;&#x30CF;&#x30A4;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x7D04;&#x675F;&#x3092;&#x4FDD;&#x6301;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x751F;&#x4F53;&#x5185;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3067;&#x306E;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x751F;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x89E3;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x65B0;&#x898F;&#x500B;&#x5225;POU5F1&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#xFF08;Oct4&#x306E;&#xFF09;/ DNA&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;

&#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; POU5F1 &#xBC30;&#xC544; &#xC904;&#xAE30; (ES&#xC758;) &#xC138;&#xD3EC; pluripotency&#xC758; &#xD0A4; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130; &#xBC0F; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; oncoprotein &#xC774;&#xB2E4;. &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xC704;&#xCE58;, &#xC120;&#xD638;&#xB3C4;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; chromatin immunoprecipitation &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD655;&#xC778; &#xB41C; DNA &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBCF5;&#xD569;&#xBB3C;&#xC758; stoichiometry &#xC815;&#xD655; &#xD558; &#xAC8C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; MEGAshift (microarray &#xD3C9;&#xAC00; &#xBCC0;&#xD654;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xAC8C;&#xB188; aptamers) &#xB77C;&#xB294; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294;&#xC73C;&#xB85C; POU5F1-&#xCE69;-&#xB18D;&#xCD95; &#xB450; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xAC8C;&#xB188; &#xC601;&#xC5ED; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xACE0;&#xB824;&#xC640; &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4;. &#xCE69; &#xD558;&#xB098;&#xC758; &#xC885;&#xC5D0; &#xB18D;&#xCD95; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xB294; &#xC601;&#xC5ED;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC774; &#xC9C0;&#xC5ED; ES &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xC801;&#xADF9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCA0;&#xB080;&#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xADFC;&#xCC98;&#xC5D0; &#xC788;&#xC744; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xB354; &#xCC3E;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xAE30;&#xC640; 35 &#xBA54; &#xB974; &#xD480;&#xC73C;&#xB85C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC9C0;&#xC5ED; resynthesize. &#xC774; oligonucleotide &#xD480;&#xC740; &#xB2E4;&#xC74C; &#xC824; &#xAD50;&#xB300; &#xD558; &#xC5EC; &#xC7AC;&#xC870;&#xD569; pou5f1&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC5D0; &#xBD84;&#xC11D; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC01; oligonucleotide&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC218;&#xC900;&#xC740; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC790; &#xC9C0;&#xC815; oligonucleotide microarray&#xC5D0; &#xC815;&#xD655; &#xD558; &#xAC8C; &#xCE21;&#xC815; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xACB0;&#xC815; &#xD558; &#xACE0; &#xACC4;&#xC0B0; &#xC608;&#xCE21; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xD798; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xAD00;&#xACC4;&#xB97C; &#xCC3E;&#xC544;&#xBCF4;&#xAE30; POU5F1 &#xBC18; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC870;&#xD569;&#xC758; &#xCC3E; &#xBC0F; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998;&#xC744; &#xCC3E;&#xB294; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xC5D0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD569; &#xD558; &#xC5EC; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC778; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xAC80;&#xC0C9;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xC694;&#xC778;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC704;&#xCE58; &#xB2E4;&#xB4EC;&#xC744; &#xC77C; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C;&#xC774; &#xC774;&#xB807;&#xAC8C; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778;, SNP &#xC601;&#xC5ED; &#xBC0F; &#xC694;&#xC18C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; epigenetic &#xC218;&#xC815;&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xAC80;&#xC5F4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC57D;&#xC18D;&#xC744; &#xBCF4;&#xC720; &#xD558;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4;.

Vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xC704;&#xCE58; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xC2A4;&#xB8E8;&#xD48B; &#xC0DD; &#xD654; &#xD655; &#xC801;&#xC778; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; pou5f1&#xC758; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xACE0;&#xC720; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4; (Oct4) / DNA &#xB2E8;&#xC9C0;.

El factor de transcripci&#xF3;n POU5F1 es un regulador clave de la madre embrionarias (ES) de c&#xE9;lulas pluripotencia y una oncoprote&#xED;na conocido. Hemos desarrollado una novela de alto rendimiento de ensayo de uni&#xF3;n llamada megashift (evaluaci&#xF3;n de microarrays gen&#xF3;micos de apt&#xE1;meros de turno) que utilizamos para identificar la ubicaci&#xF3;n exacta, la afinidad, y la estequiometr&#xED;a de los complejos ADN-prote&#xED;na identificadas por los estudios de inmunoprecipitaci&#xF3;n de la cromatina. Consideramos que todas las regiones gen&#xF3;micas identificadas como POU5F1-chip-enriquecido en humanos y rat&#xF3;n. En comparaci&#xF3;n con las regiones que se enriquecen chip-en una sola especie, nos encontramos con estas regiones m&#xE1;s propensas a estar cerca de los genes transcritos activamente en c&#xE9;lulas madre embrionarias. Nos resintetizar estas regiones gen&#xF3;micas como un conjunto de baldosas 35-dores. Esta mezcla de oligonucle&#xF3;tidos se ensayaron luego para la uni&#xF3;n a recombinante POU5F1 por gel de cambio. El grado de uni&#xF3;n para cada oligonucle&#xF3;tido se mide con precisi&#xF3;n en una micromatriz oligonucle&#xF3;tido personalizado. Se explora la relaci&#xF3;n entre determinado experimentalmente y computacionalmente predijo puntos fuertes de uni&#xF3;n, encontrar muchas combinaciones novedosas funcionales de POU5F1 sitios y medio, y demostrar el descubrimiento motivo de eficiencia mediante la incorporaci&#xF3;n de informaci&#xF3;n de enlace en un motivo de b&#xFA;squeda de algoritmo. Adem&#xE1;s de los nuevos estudios de refinaci&#xF3;n de ubicaci&#xF3;n para los factores de transcripci&#xF3;n, este m&#xE9;todo mantiene la promesa para el cribado de alto rendimiento de los promotores, regiones SNP, y las modificaciones epigen&#xE9;ticas para el factor aglutinante.

De alto rendimiento en el an&#xE1;lisis bioqu&#xED;mico de los datos de ubicaci&#xF3;n de Vivo Revela Nuevas clases distintas de POU5F1 (Oct4) / ADN complejos

Oct1 &#x548C; Oct4 &#x662F;&#x540C;&#x6E90;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x4E0E;&#x7C7B;&#x4F3C; DNA &#x7ED3;&#x5408;&#x7279;&#x70B9;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A; Oct1 &#x662F;&#x52A8;&#x6001;&#x78F7;&#x9178;&#x5316;&#x4F53;&#x5185;&#x7167;&#x5C04;&#x4E4B;&#x540E;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6C27;&#x5316;&#x548C;&#x9057;&#x4F20;&#x6BD2;&#x6027;&#x5E94;&#x529B;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x663E;&#x793A;&#x5E94;&#x529B;&#x8C03;&#x8282;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x7684; DNA &#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x3002;&#x5B88;&#x6052;&#x78F7;&#x9178;&#x5316;&#x76EE;&#x6807; DNA &#x7ED3;&#x5408;&#x57DF;&#x548C;&#x4E2D;&#x6B8B;&#x7559;&#x91CF; Oct1&#xFF0C;Oct4 &#x7A81;&#x53D8;&#x786E;&#x8BA4;&#x5728;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x8C03;&#x8282;&#x4E2D;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x6C89;&#x6DC0;&#xFF0C;&#x663E;&#x793A;&#x4E0E;&#x4F53;&#x5185;&#x76EE;&#x6807;&#x4E0D;&#x540C;&#x7EC4;&#x7684; Oct4 &#x548C; Oct1 &#x534F;&#x4F1A;&#x662F;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x7684;&#x5E94;&#x529B;&#xFF0C;&#x548C; Oct1 &#x662F;&#x6B63;&#x5E38;&#x7684;&#x4FA7;&#x5F2F;&#x8F6C;&#x5F55;&#x54CD;&#x5E94;&#x7684;&#x5FC5;&#x8981;&#x6761;&#x4EF6;&#x3002;&#x6700;&#x540E;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528;&#x4E0D;&#x5E26;&#x504F;&#x89C1;&#x7684; Oct1 &#x76EE;&#x6807;&#x5C4F;&#x5E55;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BC6;&#x522B;&#x5927;&#x91CF;&#x57FA;&#x56E0; Oct1 &#x6240;&#x9488;&#x5BF9;&#x7684;&#x5177;&#x4F53;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x7684;&#x5F3A;&#x8C03;&#xFF0C;&#x5E76;&#x8868;&#x793A;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x8BF1;&#x5BFC; Oct1 &#x76EE;&#x6807;&#x7684;&#x51E0;&#x4E2A;&#x4E5F; inducibly &#x5728;&#x5E94;&#x6FC0;&#x66B4;&#x9732;&#x540E;&#x7684;&#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x7ED1;&#x5B9A; Oct4 &#x7684;&#x3002;

&#x4E00;&#x822C;&#x7531; Oct1 &#x548C; Oct4 &#x5BF9;&#x9057;&#x4F20;&#x6BD2;&#x6027;&#x548C;&#x6C27;&#x5316;&#x5E94;&#x6FC0;&#x53CD;&#x5E94;&#x4E2D;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x673A;&#x5236;&#x3002;

Oct1 and Oct4 are homologous transcription factors with similar DNA-binding specificities. Here we show that Oct1 is dynamically phosphorylated in vivo following exposure of cells to oxidative and genotoxic stress. We further show that stress regulates the selectivity of both proteins for specific DNA sequences. Mutation of conserved phosphorylation target DNA-binding domain residues in Oct1, and Oct4 confirms their role in regulating binding selectivity. Using chromatin immunoprecipitation, we show that association of Oct4 and Oct1 with a distinct group of in vivo targets is inducible by stress, and that Oct1 is essential for a normal post-stress transcriptional response. Finally, using an unbiased Oct1 target screen we identify a large number of genes targeted by Oct1 specifically under conditions of stress, and show that several of these inducible Oct1 targets are also inducibly bound by Oct4 in embryonic stem cells following stress exposure.

A general mechanism for transcription regulation by Oct1 and Oct4 in response to genotoxic and oxidative stress.

Oct1 et Oct4 sont homologues des facteurs de transcription ayant les m&#xEA;mes sp&#xE9;cificit&#xE9;s liaison &#xE0; l&#x26;#39;ADN. Ici, nous montrons que Oct1 est phosphoryl&#xE9;e de fa&#xE7;on dynamique dans l&#x26;#39;exposition ci-dessous in vivo des cellules au stress oxydatif et g&#xE9;notoxique. Nous montrons en outre que le stress r&#xE9;gule la s&#xE9;lectivit&#xE9; des deux prot&#xE9;ines de s&#xE9;quences d&#x26;#39;ADN sp&#xE9;cifiques. La mutation de r&#xE9;sidus cibles conserv&#xE9;es domaine de phosphorylation liaison &#xE0; l&#x26;#39;ADN dans Oct1, et Oct4 confirme leur r&#xF4;le dans la r&#xE9;gulation de s&#xE9;lectivit&#xE9; de liaison. Utilisation immunopr&#xE9;cipitation de la chromatine, nous montrons que l&#x26;#39;association de Oct4 et Oct1 avec un groupe distinct de cibles dans in vivo est inductible par le stress, et que Oct1 est essentiel pour une normale post-stress r&#xE9;ponse transcriptionnelle. Enfin, l&#x26;#39;aide d&#x26;#39;un &#xE9;cran cible impartiale Oct1 nous identifions un grand nombre de g&#xE8;nes cibl&#xE9;s par Oct1 sp&#xE9;cifiquement dans des conditions de stress, et de montrer que plusieurs de ces Oct1 inductibles objectifs sont &#xE9;galement inductible li&#xE9; par Oct4 dans les cellules souches embryonnaires suite d&#x26;#39;une exposition au stress.

Un m&#xE9;canisme g&#xE9;n&#xE9;ral pour le r&#xE8;glement de la transcription par Oct1 et Oct4 en r&#xE9;ponse au stress g&#xE9;notoxique et oxydatif

Oct1 und Oct4 sind homologe Transkriptionsfaktoren mit &auml;hnlichen DNA-bindenen Besonderheiten. Hier zeigen wir, dass Oct1 dynamisch phosphorylierten in-vivo folgende Gef&auml;hrdung der Zellen oxidativen ist und genotoxischen Stress. Wir zeigen weiter, dass die Spannung regelt die Selektivit&auml;t der beide Proteine f&uuml;r bestimmte DNA-Sequenzen. Mutation der konservierten Phosphorylierung Ziel DNA-bindenden Dom&auml;ne R&uuml;ckst&auml;nde in Oct1 und Oct4 best&auml;tigt ihre Rolle bei der Regulierung der Bindung Selektivit&auml;t. Anhand Chromatin Immunopr&auml;zipitation zeigen wir, dass die Verbindung von Oct4 und Oct1 mit eine eigene Gruppe von in-vivo-Zielen durch Induktion durch Stress ist und Oct1 ist f&uuml;r eine normale post-stress transcriptional Antwort wichtig. Schlie&szlig;lich eine unvoreingenommene wir zahlreicher Gene gezielt durch Oct1 speziell unter den Bedingungen des identifizieren Oct1-Zielbildschirm betonen Sie und zeigen Sie, dass mehrere dieser durch Induktion Oct1-Ziele auch inducibly Oct4 in embryonale Stammzellen, die nach Belastung Exposition gebunden sind.

Ein allgemeiner Mechanismus f&uuml;r die Transkription Regulierung von Oct1 und Oct4 Reaktion auf genotoxischen und oxidativen Stress.

Oct1 e Oct4 sono fattori di trascrizione omologo con simile specificit&agrave; di DNA-binding. Qui vi mostriamo che Oct1 &egrave; dinamicamente fosforilata esposizione seguente in vivo delle cellule a ossidativo e stress genotossici. Abbiamo ulteriormente mostrano che lo stress regolamenta la selettivit&agrave; di entrambe le proteine di specifiche sequenze di DNA. Mutazione di fosforilazione conservata target DNA-binding dominio residui in Oct1 e Oct4 conferma il loro ruolo nella regolazione della selettivit&agrave; di associazione. Utilizzo di immunoprecipitazione della cromatina, mostriamo che associazione di Oct4 e Oct1 con un distinto gruppo di bersagli in vivo &egrave; inducibile da stress, e che Oct1 &egrave; essenziale per una normale risposta trascrizionale post-stress. Infine, utilizzando un schermo di destinazione Oct1 imparziale di che identifichiamo un gran numero di geni presi di mira da Oct1 in particolare in condizioni stress e mostrano che molti di questi obiettivi Oct1 inducibile anche inducibly sono vincolati da Oct4 a seguito di esposizione a stress le cellule staminali embrionali.

Un meccanismo generale per la regolazione della trascrizione da Oct1 e Oct4 in risposta a genotossici e stress ossidativo.

OCT1&#x3068;Oct4&#x306F;&#x76F8;&#x540C;&#x985E;&#x4F3C;&#x3057;&#x305F;DNA&#x7D50;&#x5408;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3092;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;OCT1&#x304C;&#x52D5;&#x7684;&#x306B;&#x9178;&#x5316;&#x3057;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x6BD2;&#x6027;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;in vivo&#x3067;&#x306E;&#x66B4;&#x9732;&#x5F8C;&#x306B;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x306F;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;DNA&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x6027;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002; OCT1&#x306B;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x5316;&#x6A19;&#x7684;DNA&#x7D50;&#x5408;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x6B8B;&#x57FA;&#x306E;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;Oct4&#x306F;&#x7D50;&#x5408;&#x9078;&#x629E;&#x6027;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306B;&#x679C;&#x305F;&#x3059;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#x6CD5;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x751F;&#x4F53;&#x5185;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3067;&#x306E;&#x500B;&#x5225;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x3068;Oct4&#x304A;&#x3088;&#x3073;OCT1&#x306E;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x304C;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x8A98;&#x5C0E;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3068;&#x3001;&#x305D;&#x306E;OCT1&#x306F;&#x901A;&#x5E38;&#x306E;&#x6295;&#x7A3F;&#x306E;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x8EE2;&#x5199;&#x5FDC;&#x7B54;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x8868;&#x793A;&#x6700;&#x5F8C;&#x306B;&#x3001;&#x516C;&#x5E73;&#x306A;OCT1&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x753B;&#x9762;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x3067;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x306B;OCT1&#x306E;&#x5BFE;&#x8C61;&#x3068;&#x306A;&#x308B;&#x591A;&#x6570;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8A98;&#x5C0E;OCT1&#x306E;&#x76EE;&#x6A19;&#x306E;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x8A98;&#x5C0E;&#x7684;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x66B4;&#x9732;&#x5F8C;&#x306E;&#x80DA;&#x6027;&#x5E79;&#x7D30;&#x80DE;&#x3067;&#x306F;Oct4&#x306E;&#x3067;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x907A;&#x4F1D;&#x6BD2;&#x6027;&#x3068;&#x9178;&#x5316;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EC;&#x30B9;&#x306B;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3057;&#x3066;OCT1&#x3068;Oct4&#x306E;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;

Oct1 &#xBC0F; Oct4 &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; DNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131;&#xC73C;&#xB85C; &#xB3D9;&#xC885; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790;&#xB294;. &#xC5EC;&#xAE30; oct1&#xC740; &#xC0B0;&#xD654;&#xC5D0; &#xC140;&#xC758; &#xB3D9;&#xC801; phosphorylated vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E4;&#xC74C; &#xB178;&#xCD9C;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xACE0; &#xCC28;&#xC801;&#xC778; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB354; &#xC774;&#xC0C1; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4; &#xC870;&#xC808; &#xD2B9;&#xC815; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB450; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC120;&#xD0DD;&#xB3C4; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. Oct1, &#xBC0F; Oct4 &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; &#xC778; &#xC0B0;&#xD654; &#xB300;&#xC0C1; DNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xC794;&#xB958;&#xBB3C;&#xC758; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC120;&#xD0DD;&#xB3C4; &#xD1B5;&#xC81C;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xD655;&#xC778; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Chromatin immunoprecipitation&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;, &#xC6B0;&#xB9AC; Oct4 &#xBC0F; oct1&#xC758; &#xACE0;&#xC720;&#xD55C; &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC870;&#xAC74; &#xB300;&#xC0C1; &#xADF8;&#xB8F9; &#xC5F0;&#xAD00; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4;, &#xC720;&#xB3C4;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xACE0; Oct1 &#xC815;&#xC0C1; post-stress transcriptional &#xC751;&#xB2F5;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC6B0;&#xB9AC; oct1&#xC758; &#xC870;&#xAC74; &#xD558;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD6C;&#xCCB4;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB300;&#xC0C1; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; &#xC218;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; &#xD3B8;&#xACAC;&#xB41C; Oct1 &#xB300;&#xC0C1; &#xC2A4;&#xD06C;&#xB9B0;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC720;&#xB3C4;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; Oct1 &#xB300;&#xC0C1;&#xC758; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xB610;&#xD55C; inducibly &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4; &#xB178;&#xCD9C;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xBC30;&#xC544; &#xC904;&#xAE30; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; oct4&#xB85C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xCC28;&#xC801;&#xC778; &#xACE0; &#xC0B0;&#xD654; &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5;&#xC5D0;&#xC11C; Oct1 &#xBC0F; Oct4 &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Oct1 y Oct4 son hom&#xF3;logos con los factores de transcripci&#xF3;n similares caracter&#xED;sticas espec&#xED;ficas de uni&#xF3;n al ADN. Aqu&#xED; nos muestran que es din&#xE1;micamente Oct1 fosforilada la exposici&#xF3;n en vivo de las c&#xE9;lulas siguiente al estr&#xE9;s oxidativo y genot&#xF3;xico. Adem&#xE1;s, muestran que el estr&#xE9;s regula la selectividad de las dos prote&#xED;nas de secuencias espec&#xED;ficas de ADN. La mutaci&#xF3;n de destino de los residuos conservados de fosforilaci&#xF3;n de dominio de uni&#xF3;n al ADN en Oct1 y Oct4 confirma su papel en la regulaci&#xF3;n de la selectividad vinculante. Uso de inmunoprecipitaci&#xF3;n de la cromatina, nos muestran que la asociaci&#xF3;n de Oct4 y Oct1 con un grupo distinto de los objetivos en vivo es inducible por el estr&#xE9;s, y que Oct1 es esencial para un normal post-transcripcional de respuesta al estr&#xE9;s. Por &#xFA;ltimo, utilizando una pantalla de destino imparcial Oct1 se identifica un gran n&#xFA;mero de genes diana Oct1 especialmente bajo condiciones de estr&#xE9;s, y muestran que varios de estos objetivos inducibles OCT1 tambi&#xE9;n inducibly obligado por Oct4 en las c&#xE9;lulas madre embrionarias despu&#xE9;s de la exposici&#xF3;n al estr&#xE9;s.

Un mecanismo general para el Reglamento Transcripci&#xF3;n Oct1 Oct4 y en respuesta a estr&#xE9;s genot&#xF3;xico y oxidativo

&#x62FC;&#x63A5;&#x7684;&#x8BB8;&#x591A;&#x56E0;&#x7D20;&#x4E0E; mRNA &#x548C; pre mRNA &#x8FDB;&#x884C;&#x4EA4;&#x4E92;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x4EA4;&#x4E92;&#x64CD;&#x4F5C;&#x7684;&#x6807;&#x8BC6;&#x5DF2;&#x7684;&#x4F53;&#x5185;&#x4EA4;&#x8054;&#x6C89;&#x6DC0;&#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x5DF2;&#x5927;&#x5927;&#x6539;&#x5584;&#x3002;&#x4F46;&#x662F;&#xFF0C;&#x8F93;&#x51FA;&#x8FDB;&#x884C;&#x5F62;&#x5F0F;&#x50CF; mRNA &#x7684; RNA &#x7269;&#x79CD;&#x66F4;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684; RNPs &#x5F3A;&#x91C7;&#x6837;&#x504F;&#x91CD;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x4E86;&#x65B0;&#x578B;&#x4F53;&#x5916;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6D4B;&#x7ED8;&#x5BF9; pre mRNA&#xFF0C;&#x800C;&#x4EA4;&#x8054;&#x6216;&#x53D6;&#x6837;&#x7684;&#x504F;&#x89C1;&#x4E0D;&#x5177;&#x6709;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x3002;&#x7B80;&#x5355;&#x5730;&#x8BF4;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x9700;&#x8981;&#x901A;&#x8FC7;&#x9884; mRNA &#x5E8F;&#x5217;&#x5E73;&#x94FA;&#x7684;&#x4E13;&#x95E8;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x7684;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x6C60;&#x3002;&#x6C60;&#x7136;&#x540E;&#x5206;&#x6210;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x548C;&#x672A;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7684;&#x5206;&#x6570;&#xFF0C;&#x91CF;&#x5316;&#x4E24;&#x8272;&#x82AF;&#x7247;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5E94;&#x7528;&#x4E8E;&#x5B9A;&#x4F4D;&#x526A;&#x63A5;&#x56E0;&#x5B50;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x548C;&#x5468;&#x56F4;&#x5927;&#x7EA6; 4000 &#x7528;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4E5F;&#x91CF;&#x5316;&#x5BF9;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x4E8C;&#x7EA7;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x8BE5;&#x65B9;&#x6CD5;&#x901A;&#x8FC7; U1snRNP &#x7ED1;&#x5B9A;&#x5728; 5&#39; &#x526A;&#x63A5;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x53D1;&#x73B0;&#x8FDB;&#x884C;&#x9A8C;&#x8BC1; (5&#39;ss) &#x4E0E;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#xFF0C;&#x51E0;&#x4E4E;&#x7B49;&#x540C;&#x4E8E;&#x62FC;&#x63A5;&#x6350;&#x52A9;&#x6BCD;&#x9898;&#x3002;&#x4E0E;&#x4EE5;&#x524D;&#x7684;&#x62A5;&#x544A;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x663E;&#x793A; U1snRNP &#x4F3C;&#x4E4E;&#x6709;&#x4E00;&#x4E9B;&#x76F8;&#x4F3C;&#x6027;&#x662F;&#x8FD1;&#x7AEF;&#x5230; 5 &#x7684;&#x5185;&#x542B;&#x5B50; G &#x4E09;&#x80DE;&#x80CE; ss&#x3002;U1snRNP &#x548C; polypyrimidine &#x9053;&#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; (PTB) &#x907F;&#x514D; exonic &#x7ED1;&#x5B9A;&#xFF0C;&#x548C;&#x5BA2;&#x8FD0;&#x5927;&#x697C;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5730;&#x56FE;&#x663E;&#x793A;&#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x6D53;&#x7F29;&#x5728; polypyrimidine &#x9053;&#x3002;&#x5BA2;&#x8FD0;&#x5927;&#x697C;&#xFF0C;&#x4E3A;&#x6211;&#x4EEC;&#x786E;&#x8BA4; polypyrimidine &#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#xFF0C;&#x8FD8;&#x80FD;&#x591F;&#x8BC6;&#x522B; PTB &#x7ED1;&#x5B9A;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x51B3;&#x5B9A;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x68C0;&#x6D4B;&#x6D53;&#x7F29;&#x5728;&#x5BA2;&#x8FD0;&#x5927;&#x697C;&#x7684;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5206;&#x6570;&#x4E2D;&#x7684;&#x591A;&#x4E2A;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x56FE;&#x6848;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x56FE;&#x6848;&#x7EC4;&#x5408;&#x589E;&#x52A0;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x4F53;&#x5916;&#x548C;&#x9644;&#x8FD1;&#x5DF2;&#x88AB;&#x786E;&#x5B9A;&#x6210;&#x4E3A;&#x4F53;&#x5185;&#x76EE;&#x6807;&#x7684;&#x5BA2;&#x8FD0;&#x5927;&#x697C;&#x7684;&#x7528;&#x8FD8;&#x4E30;&#x5BCC;&#x3002;

&#x4E0B;&#x4E00;&#x4EE3;&#x6280;&#x672F;&#x6807;&#x8BC6;&#x5E8F;&#x5217;&#x548C;&#x7ED3;&#x6784;&#x7684;&#x51B3;&#x5B9A;&#x56E0;&#x7D20;&#x5728;&#x4EBA;&#x524D; mRNA &#x5E8F;&#x5217;&#x62FC;&#x63A5;&#x56E0;&#x5B50;&#x5177;&#x6709;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x3002;

Many splicing factors interact with both mRNA and pre-mRNA. The identification of these interactions has been greatly improved by the development of in vivo cross-linking immunoprecipitation. However, the output carries a strong sampling bias in favor of RNPs that form on more abundant RNA species like mRNA. We have developed a novel in vitro approach for surveying binding on pre-mRNA, without cross-linking or sampling bias. Briefly, this approach entails specifically designed oligonucleotide pools that tile through a pre-mRNA sequence. The pool is then partitioned into bound and unbound fractions, which are quantified by a two-color microarray. We applied this approach to locating splicing factor binding sites in and around approximately 4000 exons. We also quantified the effect of secondary structure on binding. The method is validated by the finding that U1snRNP binds at the 5' splice site (5'ss) with a specificity that is nearly identical to the splice donor motif. In agreement with prior reports, we also show that U1snRNP appears to have some affinity for intronic G triplets that are proximal to the 5'ss. Both U1snRNP and the polypyrimidine tract binding protein (PTB) avoid exonic binding, and the PTB binding map shows increased enrichment at the polypyrimidine tract. For PTB, we confirm polypyrimidine specificity and are also able to identify structural determinants of PTB binding. We detect multiple binding motifs enriched in the PTB bound fraction of oligonucleotides. These motif combinations augment binding in vitro and are also enriched in the vicinity of exons that have been determined to be in vivo targets of PTB.

Next-generation SELEX identifies sequence and structural determinants of splicing factor binding in human pre-mRNA sequence.

Beaucoup de facteurs d&#x26;#39;&#xE9;pissage d&#x26;#39;interagir &#xE0; la fois avec l&#x26;#39;ARNm et de pr&#xE9;-ARNm. L&#x26;#39;identification de ces interactions a &#xE9;t&#xE9; grandement am&#xE9;lior&#xE9;e par le d&#xE9;veloppement in vivo de r&#xE9;ticulation immunopr&#xE9;cipitation. Cependant, la sortie comporte un biais d&#x26;#39;&#xE9;chantillonnage fort en faveur de RNP qui forment le plus d&#x26;#39;esp&#xE8;ces d&#x26;#39;ARN abondantes comme l&#x26;#39;ARNm. Nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; une nouvelle approche in vitro pour l&#x26;#39;arpentage de liaison sur la pr&#xE9;-ARNm, sans r&#xE9;ticulation ou un biais d&#x26;#39;&#xE9;chantillonnage. En bref, cette approche implique sp&#xE9;cifiquement con&#xE7;us piscines oligonucl&#xE9;otidiques que les carreaux &#xE0; travers une s&#xE9;quence pr&#xE9;-ARNm. La piscine est alors divis&#xE9;e en fractions li&#xE9;es et non li&#xE9;es, qui sont quantifi&#xE9;s par une puce &#xE0; deux couleurs. Nous avons appliqu&#xE9; cette approche &#xE0; la localisation des sites d&#x26;#39;&#xE9;pissage des facteurs contraignants dans et autour de environ 4000 exons. Nous avons aussi quantifi&#xE9; l&#x26;#39;effet de la structure secondaire sur la liaison. La m&#xE9;thode est valid&#xE9;e par la constatation que U1snRNP lie au site d&#x26;#39;&#xE9;pissage 5 &#x26;#39;(5&#x26;#39;ss) avec une sp&#xE9;cificit&#xE9; qui est presque identique au motif donneur d&#x26;#39;&#xE9;pissage. En accord avec les rapports pr&#xE9;c&#xE9;dents, nous montrons aussi que U1snRNP semble avoir une certaine affinit&#xE9; pour des tripl&#xE9;s G introniques qui sont &#xE0; proximit&#xE9; de la 5&#x26;#39;ss. Les deux U1snRNP et la prot&#xE9;ine de liaison des voies polypyrimidine (PTB) d&#x26;#39;&#xE9;viter de liaison exonique, et la carte PTB contraignant montre un enrichissement accru &#xE0; l&#x26;#39;appareil polypyrimidine. Pour PTB, nous confirmer la sp&#xE9;cificit&#xE9; polypyrimidine et sont &#xE9;galement capables d&#x26;#39;identifier les d&#xE9;terminants structurels de liaison PTB. Nous d&#xE9;tectons plusieurs motifs de liaison enrichis dans la fraction li&#xE9;e PTB d&#x26;#39;oligonucl&#xE9;otides. Ces combinaisons &#xE0; motifs d&#x26;#39;augmenter la liaison in vitro et sont &#xE9;galement enrichies dans le voisinage des exons qui ont &#xE9;t&#xE9; jug&#xE9;es dans des cibles in vivo de PTB.

La nouvelle g&#xE9;n&#xE9;ration de SELEX Identifie la s&#xE9;quence et d&#xE9;terminants structurels de reliure facteur d&#x26;#39;&#xE9;pissage dans l&#x26;#39;homme pr&#xE9;-ARNm de s&#xE9;quence

Viele Splei&szlig;en Faktoren interagieren mit mRNA und Pre-mRNA. Die Identifizierung dieser Interaktionen wurde durch die Entwicklung von in-vivo Strahlenvernetzung Immunopr&auml;zipitation erheblich verbessert. Die Ausgabe tr&auml;gt jedoch einen starken Probenahme-Bias zugunsten der RNPs, die auf reichlicheres RNA-Arten, wie die mRNA bilden. Wir haben einen neuen in-vitro-Ansatz zur Vermessung der Bindung auf Pre-mRNA, ohne Vernetzung oder sampling Bias entwickelt. Kurz gesagt, bringt diese Herangehensweise speziell Oligonukleotid-Pools, die durch eine Pre-mRNA-Sequenz anordnen. Pool wird dann in gebundenen und ungebundenen Br&uuml;che, verteilt, die mit einer zwei-Farben-Microarray quantifiziert werden. Wir diesen Ansatz auf Suchen von Splei&szlig;en Faktor-Bindungsstellen in und um ca. 4000 Exons angewendet. Wir quantifiziert auch die Wirkung der Sekund&auml;rstruktur auf Bindung. Die Methode wird durch die Erkenntnis, dass U1snRNP bindet an der 5&#39; Website Splei&szlig;stelle validiert (5&#39;ss) mit einer Besonderheit, die fast identisch mit dem Splei&szlig;-Spender-Motiv ist. Im Einvernehmen mit den vorherigen berichten wir auch zeigen, dass U1snRNP scheint einige Affinit&auml;t f&uuml;r verband intronic G Dreiergruppen zu haben, die proximalen 5 &#39; ss. U1snRNP und Polypyrimidine-Darm-Trakt verbindliches Protein (PTB) vermeiden exonic Bindung, und die PTB-Bindung-Karte zeigt erh&ouml;hte Anreicherung an der Polypyrimidine-Darm-Trakt. F&uuml;r PTB wir best&auml;tigen Polypyrimidine Spezifit&auml;t und k&ouml;nnen auch strukturelle Determinanten der PTB-Bindung zu identifizieren. Wir erkennen mehrere verbindliche Motive in der PTB gebundenen Bruchteil der Oligonukleotide bereichert. Diese Motiv-Kombinationen erg&auml;nzen Bindung in-vitro- und sind auch in der N&auml;he von Exons, die in-vivo Ziel von PTB sein entschlossen gewesen bereichert.

N&auml;chsten Generation SELEX identifiziert Sequenz und strukturelle Determinanten der Splei&szlig;en Faktor Bindung in menschlichen Pre-mRNA-Sequenz.

Molti fattori di splicing interagiscano sia con mRNA e pre-mRNA. L&#39;identificazione di queste interazioni &egrave; stata notevolmente migliorata dallo sviluppo di immunoprecipitazione di cross-linking in vivo. Tuttavia, l&#39;output trasporta un bias di campionamento forte a favore di RNPs che si formano sulle specie pi&ugrave; abbondante di RNA come mRNA. Abbiamo sviluppato un nuovo approccio in vitro per misurazione associazione su pre-mRNA, senza distorsione di cross-linking o campionamento. Brevemente, questo approccio comporta piscine del oligonucleotide appositamente progettati che affianca attraverso una sequenza di pre-mRNA. La piscina &egrave; poi diviso in frazioni associate e non associate, che sono quantificate da un microarray di due colori. Abbiamo applicato questo approccio per individuare impionbatura siti di legame del fattore in ed intorno a circa 4000 esoni. Abbiamo anche quantificato l&#39;effetto della struttura secondaria sull&#39;associazione. Il metodo &egrave; validato dalla constatazione che U1snRNP si lega al 5&#39; splice sito (5&#39;ss) con una specificit&agrave; che &egrave; quasi identica al motivo splice donatore. In accordo con precedenti relazioni, mostriamo che U1snRNP sembra avere qualche affinit&agrave; per intronic terzine di G che sono prossimale al 5&#39;ss. U1snRNP sia la proteina del tratto polypyrimidine (PTB) evitare esonico associazione, e la mappa di associazione PTB Mostra maggiore arricchimento al tratto polypyrimidine. PTB, ci conferma polypyrimidine specificit&agrave; e sono anche in grado di identificare i determinanti strutturali dell&#39;associazione PTB. Rileviamo pi&ugrave; motivi di associazione arricchiti nella frazione di oligonucleotidi associata PTB. Queste combinazioni di motif aumentano il legame in vitro e sono arricchite anche in prossimit&agrave; di esoni che sono stati determinati per essere obiettivi in vivo del PTB.

Next-generation SELEX identifica determinanti strutturali e sequenza di splicing binding factor in sequenza umana pre-mRNA.

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U1snRNP&#x3068;&#x30D4;&#x30EA;&#x30DF;&#x30B8;&#x30F3;&#x7BA1;&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#xFF08;PTB&#xFF09;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x304C;&#x30A8;&#x30AD;&#x30BD;&#x30F3;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x3092;&#x56DE;&#x907F;&#x3057;&#x3001;PTB&#x7D50;&#x5408;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x306F;&#x3001;&#x30DD;&#x30EA;&#x30D4;&#x30EA;&#x30DF;&#x30B8;&#x30F3;&#x9818;&#x57DF;&#x3067;&#x5897;&#x52A0;&#x3057;&#x3066;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; PTB&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306F;&#x30D4;&#x30EA;&#x30DF;&#x30B8;&#x30F3;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x3001;PTB&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E;PTB&#x7D50;&#x5408;&#x753B;&#x5206;&#x306B;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x304C;in vitro&#x3067;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x5F37;&#x5316;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x3001;PTB&#x306E;in vivo&#x3067;&#x306E;&#x6A19;&#x7684;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x306E;&#x8FD1;&#x508D;&#x306B;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x6B21;&#x4E16;&#x4EE3;&#x306E;SELEX&#x306F;&#x3001;&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;pre-mRNA&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x7684;&#x8981;&#x56E0;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3059;

&#xB9CE;&#xC740; &#xC811;&#xD569; &#xC694;&#xC778; mRNA &#xBC0F; pre-Mrna&#xC640; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xC2DD;&#xBCC4; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC00;&#xAD50; immunoprecipitation &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD558; &#xC5EC; &#xD06C;&#xAC8C; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xCD9C;&#xB825; &#xC591;&#xC2DD; Mrna&#xC640; &#xAC19;&#xC740; &#xB354; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; RNA &#xC885;&#xC5D0; Rnps&#xC5D0; &#xCC2C;&#xC131; &#xAC15;&#xD55C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; &#xBC14;&#xC774;&#xC5B4;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC6B4;&#xBC18; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC870;&#xC0AC; &#xAC00;&#xAD50; &#xB610;&#xB294; &#xC0D8;&#xD50C;&#xB9C1; &#xBC14;&#xC774;&#xC5B4;&#xC2A4; &#xC5C6;&#xC774; &#xC0AC;&#xC804; Mrna&#xC5D0; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xCCB4; &#xC678; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC04;&#xB2E8;&#xD788;,&#xC774; &#xC774;&#xB807;&#xAC8C; &#xD0C0;&#xC77C; &#xC0AC;&#xC804; mRNA &#xC21C;&#xC11C;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574; &#xD2B9;&#xBCC4;&#xD788; &#xC124;&#xACC4; &#xB41C; oligonucleotide &#xD480;&#xC744; &#xC218;&#xBC18; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xC218;&#xC601;&#xC7A5;&#xC740; &#xB2E4;&#xC74C; &#xB450; &#xC0C9; microarray&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACC4;&#xB7C9; &#xBC14;&#xC6B4;&#xB4DC; &#xBC0F; &#xC5B8;&#xBC14;&#xC6B4;&#xB4DC; &#xBD84;&#xC218;&#xC5D0; &#xBD84;&#xD560; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294;&#xC774; &#xC774;&#xB807;&#xAC8C; &#xC57D; 4000 exons &#xC548;&#xD30E; &#xC811;&#xD569; &#xC778;&#xC790; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xCC3E;&#xAE30; &#xC801;&#xC6A9;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; 2 &#xCC28; &#xAD6C;&#xC870;&#xC758; &#xC601;&#xD5A5;&#xB3C4; &#xCE21;&#xC815;&#xD560;. &#xBC29;&#xBC95; 5 &#39; U1snRNP &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xACB0;&#xD569; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xCC3E;&#xB294; &#xC720;&#xD6A8;&#xC131;&#xC744; &#xAC80;&#xC0AC; (5&#39;ss) &#xBD99;&#xC5EC; &#xC11C; &#xAE30;&#xC99D;&#xC790; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xB85C; &#xD558;&#xB294; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131;&#xC744;. &#xC774;&#xC804; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C;&#xC640; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xB610;&#xD55C; U1snRNP 5 &#xADFC; &#xC704;&#xB294; intronic G &#xC138; &#xC30D;&#xB465;&#xC774; &#xB300; &#xD55C; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC720;&#xC0AC;&#xC131;&#xC744;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0A9;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xC5EC; &#39; ss. U1snRNP &#xBC0F; polypyrimidine&#xB85C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (PTB) &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xB3C4;&#xB85D; exonic &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBC0F; PTB &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC9C0;&#xB3C4;&#xC5D0;&#xC11C; polypyrimidine&#xB85C; &#xC99D;&#xAC00; &#xB18D;&#xCD95;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. PTB, &#xC6B0;&#xB9AC; polypyrimidine &#xD2B9;&#xC774;&#xC131;&#xC744; &#xD655;&#xC778; &#xBC0F; PTB &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC758; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xACB0;&#xC815; &#xC694;&#xC778; &#xD655;&#xC778;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; oligonucleotides PTB &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xB41C; &#xC77C;&#xBD80; &#xB18D;&#xCD95; &#xAC10;&#xC9C0;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xC870;&#xD569; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xCCB4; &#xC678; &#xC99D;&#xAC15; &#xD558; &#xACE0; &#xB610;&#xD55C; PTB&#xC758; &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC870;&#xAC74; &#xB300;&#xC0C1; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; &#xD655;&#xC778; &#xB41C; exons &#xC8FC;&#xBCC0; &#xB18D;&#xCD95;.

&#xB2E4;&#xC74C;-&#xC138;&#xB300; SELEX &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC0AC;&#xC804; mRNA &#xC21C;&#xC11C;&#xC5D0; &#xC694;&#xC18C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC811;&#xD569;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBC0F; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xACB0;&#xC815; &#xC694;&#xC778; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Muchos factores de empalme interactuar con ambos ARNm y pre-ARNm. La identificaci&#xF3;n de estas interacciones se ha mejorado en gran medida por el desarrollo in vivo de reticulaci&#xF3;n inmunoprecipitaci&#xF3;n. Sin embargo, la salida se encuentra un error en el muestreo de peso a favor de RNPs que se forman en m&#xE1;s abundantes especies de ARN como ARNm. Hemos desarrollado un nuevo enfoque in vitro para la topograf&#xED;a de uni&#xF3;n en la pre-ARNm, sin reticulaci&#xF3;n o sesgo de muestreo. Brevemente, este enfoque implica espec&#xED;ficamente dise&#xF1;ados piscinas de oligonucle&#xF3;tidos que azulejo a trav&#xE9;s de una secuencia de pre-ARNm. La piscina es entonces dividido en fracciones de los que no, que se cuantifican por un microarray de dos colores. Hemos aplicado este m&#xE9;todo para localizar los sitios de empalme de los factores vinculantes en y alrededor de unos 4000 exones. Tambi&#xE9;n cuantific&#xF3; el efecto de la estructura secundaria sobre la uni&#xF3;n. El m&#xE9;todo ha sido validado por el hallazgo de que U1snRNP une al sitio de empalme 5 &#x26;#39;(5&#x26;#39;ss) con una especificidad que es casi id&#xE9;ntico al donante del empalme del motivo. De acuerdo con informes anteriores, que tambi&#xE9;n muestran que U1snRNP parece tener cierta afinidad por intronic G trillizos que est&#xE1;n pr&#xF3;ximo a la 5&#x26;#39;ss. Tanto U1snRNP y la prote&#xED;na de uni&#xF3;n tracto polipirimidina (PTB) evitar la uni&#xF3;n ex&#xF3;nica, y el mapa de uni&#xF3;n PTB muestra enriquecimiento aumentado en el tracto polipirimidina. Por el PTB, que confirmar la especificidad polypyrimidine y tambi&#xE9;n son capaces de identificar los determinantes estructurales de la uni&#xF3;n PTB. Se detecta m&#xFA;ltiples motivos de uni&#xF3;n enriquecido en la fracci&#xF3;n PTB consolidado de oligonucle&#xF3;tidos. Estas combinaciones motivo aumentar uni&#xF3;n in vitro y tambi&#xE9;n se enriquece en la vecindad de los exones que se han determinado para estar en objetivos in vivo de PTB.

La pr&#xF3;xima generaci&#xF3;n de SELEX Identifica la secuencia y determinantes estructurales de la uni&#xF3;n de empalme Factor Humano en la pre-mRNA de secuencia

&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x6C89;&#x6DC0;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x4E0E;&#x62FC;&#x63A5;&#x56E0;&#x7D20;&#x7814;&#x7A76;&#x9769;&#x65B0;&#x4E86;&#x8F6C;&#x5F55;&#x548C;&#x62FC;&#x63A5;&#x9886;&#x57DF;&#x3002;&#x6700;&#x8FD1;&#x5173;&#x4E8E; Nova1/2 &#x548C; Fox2 &#x7684;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x7814;&#x7A76;&#x5DF2;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E00;&#x5957;&#x8702;&#x7A9D;&#x76EE;&#x6807;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x62FC;&#x63A5;&#x7684;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;&#x67E5;&#x660E;&#x7684;&#x526A;&#x63A5;&#x56E0;&#x5B50;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x95EE;&#x9898;&#x6765;&#x81EA;&#x4E8E; RNA &#x5728;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x4E2D;&#x7684;&#x77AC;&#x6001;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x6700;&#x62FC;&#x63A5;&#x56E0;&#x7D20;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x4F5C;&#x7528;&#x662F; co-transcriptionally &#x7ED1;&#x5B9A;&#x524D; mRNA &#x5E76;&#x53C2;&#x4E0E;&#x5230;&#x6781;&#x5FEB;&#x901F;&#x63A5;&#x5934;&#x9009;&#x5740;&#x548C;&#x50AC;&#x5316;&#x7684;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4E2D;&#x3002;Pre mRNA &#x662F;&#x4E0D;&#x8010;&#x70ED;&#x54C1;&#x79CD;&#x6BD4; mRNA &#x8F83;&#x4E30;&#x5BCC;&#x4E09;&#x4E2A;&#x6570;&#x91CF;&#x7EA7;&#x7684;&#x7A33;&#x6001;&#x6C34;&#x5E73;&#x3002;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x62FC;&#x63A5;&#x7684;&#x8BB8;&#x591A;&#x56E0;&#x7D20;&#x4E5F;&#x5C06;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5230;&#x67D0;&#x79CD;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x7684; mRNA&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x886C;&#x5E95;&#x5F80;&#x5F80;&#x5360;&#x636E;&#x4F18;&#x52BF;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x8F93;&#x51FA;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x4F53;&#x5916;&#x7B5B;&#x9009;&#x65B9;&#x6CD5; RNA &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x7ED5;&#x8FC7;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x95EE;&#x9898;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C4F;&#x5E55;&#x5927;&#x7EA6; 4000 &#x526A;&#x63A5;&#x7684;&#x7528;&#x548C; C &#x578B;&#x809D;&#x708E;&#x6574;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684; ASF/SF2 &#x7ED1;&#x5B9A;&#x62FC;&#x63A5;&#x7684;&#x552F;&#x4E00;&#x56E0;&#x7D20;&#x8868;&#x660E;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x539F;&#x764C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x5C4F;&#x5E55;&#x4E2D;&#x8FD4;&#x56DE;&#x4E0A;&#x4E00;&#x9875; mRNA &#x5E8F;&#x5217;&#x4E2D;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x751F;&#x7406;&#x6709;&#x5173; ASF &#x8BC6;&#x522B;&#x5143;&#x7D20;&#x56FE;&#x6848;&#x3002;ASF &#x7ED1;&#x5B9A;&#x4E24;&#x4E2A;&#x56FE;&#x6848;&#xFF1A; C &#x5BCC;&#x548C;&#x560C;&#x5464;&#x4E30;&#x5BCC;&#x6BCD;&#x9898;&#x3002;&#x6BD4;&#x8F83;&#x5177;&#x6709;&#x76F8;&#x4F3C;&#x6570;&#x636E;&#x6765;&#x81EA; hnRNP &#x86CB;&#x767D; PTB &#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x5F3A;&#x5927;&#x7684;&#x5BA2;&#x8FD0;&#x5927;&#x697C;&#x548C; ASF/SF2 &#x7AD9;&#x70B9;&#x4E4B;&#x95F4;&#x51E0;&#x4E4E;&#x6CA1;&#x6709;&#x91CD;&#x53E0;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4E3E;&#x4F8B;&#x8BF4;&#x660E;&#x4E86;&#x5982;&#x4F55;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5BF9;&#x5C4F;&#x5E55;&#x75BE;&#x75C5;&#x7B49;&#x4F4D;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x5C0F;&#x5206;&#x5B50;&#x5DF2;&#x88AB;&#x8BC1;&#x660E;&#x6539;&#x53D8;&#x62FC;&#x63A5;&#x62FC;&#x63A5;&#x75BE;&#x75C5;&#x7684;&#x7597;&#x6CD5;&#x5BFB;&#x627E;&#x4E00;&#x7EC4;&#x4E0E;&#x4F7F;&#x7528;&#x8FD9;&#x4E00;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;

&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x5206;&#x6790;&#x786E;&#x5B9A;&#x5BF9;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x526A;&#x63A5; pre-mRNAs &#x7684; ASF/SF2 &#x7ED3;&#x5408;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x3002;

High-throughput immunoprecipitation studies of transcription factors and splicing factors have revolutionized the fields of transcription and splicing. Recent location studies on Nova1/2 and Fox2 have identified a set of cellular targets of these splicing factors. One problem with identifying binding sites for splicing factors arises from the transient role of RNA in gene expression. The primary role of most splicing factors is to bind pre-mRNA co-transcriptionally and participate in the extremely rapid process of splice site selection and catalysis. Pre-mRNA is a labile species with a steady state level that is three orders of magnitude less abundant than mRNA. As many splicing factors also bind mRNA to some degree, these substrates tend to dominate the output of location studies. Here we present an in-vitro method for screening RNA protein interactions that circumvents these problems. We screen approximately 4000 alternatively spliced exons and the entire Hepatitis C genome for binding of ASF/SF2, the only splicing factor demonstrated to function as an oncogene. From the pre-mRNA sequences returned in this screen we discovered physiologically relevant ASF recognition element motifs. ASF binds two motifs: a C-rich and a purine rich motif. Comparisons with similar data derived from the hnRNP protein PTB reveals little overlap between strong PTB and ASF/SF2 sites. We illustrate how this method could be employed to screen disease alleles with the set of small molecules that have been shown to alter splicing in search for therapies for splicing diseases.

High-throughput binding analysis determines the binding specificity of ASF/SF2 on alternatively spliced human pre-mRNAs.

Des &#xE9;tudes d&#x26;#39;immunopr&#xE9;cipitation &#xE0; haut d&#xE9;bit de facteurs de transcription et des facteurs d&#x26;#39;&#xE9;pissage ont r&#xE9;volutionn&#xE9; les domaines de la transcription et l&#x26;#39;&#xE9;pissage. &#xC9;tudes d&#x26;#39;implantation r&#xE9;centes sur Nova1 / 2 et FOX2 ont identifi&#xE9; un ensemble de cibles cellulaires de ces facteurs d&#x26;#39;&#xE9;pissage. Un probl&#xE8;me avec l&#x26;#39;identification des sites de liaison pour les facteurs d&#x26;#39;&#xE9;pissage se pose du r&#xF4;le transitoire de l&#x26;#39;ARN dans l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes. Le r&#xF4;le principal de la plupart des facteurs d&#x26;#39;&#xE9;pissage est de lier pr&#xE9;-ARNm co-transcriptionnel et participer dans le processus extr&#xEA;mement rapide de la s&#xE9;lection du site d&#x26;#39;&#xE9;pissage et de la catalyse. Pr&#xE9;-ARNm est une esp&#xE8;ce labiles avec un niveau que l&#x26;#39;&#xE9;tat d&#x26;#39;&#xE9;quilibre est de trois ordres de grandeur moins abondante que l&#x26;#39;ARNm. Comme de nombreux facteurs d&#x26;#39;&#xE9;pissage &#xE9;galement lier l&#x26;#39;ARNm dans une certaine mesure, ces substrats ont tendance &#xE0; dominer la sortie des &#xE9;tudes de localisation. Nous pr&#xE9;sentons ici une m&#xE9;thode in vitro pour les interactions prot&#xE9;iques de d&#xE9;pistage d&#x26;#39;ARN qui contourne ces probl&#xE8;mes. Nous l&#x26;#39;&#xE9;cran environ 4000 exons &#xE9;piss&#xE9;s alternativement de l&#x26;#39;h&#xE9;patite C ensemble du g&#xE9;nome pour la liaison de ASF/SF2, le facteur d&#x26;#39;&#xE9;pissage seulement d&#xE9;montr&#xE9; &#xE0; fonctionner comme un oncog&#xE8;ne. A partir des pr&#xE9;-ARNm des s&#xE9;quences retourn&#xE9;es dans cet &#xE9;cran, nous avons d&#xE9;couvert physiologiquement pertinents motifs ASF &#xE9;l&#xE9;ment de reconnaissance. ASF se lie deux motifs: un C-riches et un motif riches en purine. Des comparaisons avec des donn&#xE9;es similaires provenant de la prot&#xE9;ine hnRNP PTB r&#xE9;v&#xE8;le peu de chevauchement entre les PTB forte et ASF/SF2 sites. Nous illustrons comment cette m&#xE9;thode pourrait &#xEA;tre employ&#xE9;e pour des all&#xE8;les de maladies d&#x26;#39;&#xE9;cran avec l&#x26;#39;ensemble des petites mol&#xE9;cules qui ont &#xE9;t&#xE9; indiqu&#xE9;es pour modifier l&#x26;#39;&#xE9;pissage &#xE0; la recherche de th&#xE9;rapies pour les maladies d&#x26;#39;&#xE9;pissage.

Analyse &#xE0; haut d&#xE9;bit liaison d&#xE9;termine la sp&#xE9;cificit&#xE9; de liaison ASF/SF2 sur &#xE9;pissage alternatif pr&#xE9;-ARNm humain

Hochdurchsatz-Immunopr&auml;zipitation Studien der Transkriptionsfaktoren und Splei&szlig;en Faktoren haben die Bereichen Transkription und Splei&szlig;en revolutioniert. Aktuellen Lage Studien &uuml;ber Nova1/2 und Fox2 haben eine Reihe von zellul&auml;ren Ziele dieser Splei&szlig;en Faktoren identifiziert. Ein Problem bei der Ermittlung von Bindungsstellen f&uuml;r das Splei&szlig;en Faktoren ergibt sich aus der vor&uuml;bergehende Rolle von RNS in Genexpression. Die Hauptaufgabe der meisten Splei&szlig;en Faktoren ist Pre-mRNA co-transcriptionally binden und die extrem schnelle Prozess des Sto&szlig;es Standortwahl und Katalyse teilnehmen. Pre-mRNA ist eine labile mit einer Steady-State-Ebene, die drei Gr&ouml;&szlig;enordnungen weniger reichlich vorhanden als mRNA ist. Wie viele Splei&szlig;en Faktoren zu einem gewissen Grad auch mRNA binden, eher diese Substrate, die Ausgabe von Standortstudien zu beherrschen. Hier pr&auml;sentieren wir eine in-Vitro-Methode f&uuml;r das screening von RNA-Protein-Interaktionen, die diese Probleme umgeht. Wir Bildschirm etwa 4000 alternativ gesplei&szlig;ten Exons und das gesamte Genom von Hepatitis C f&uuml;r die Bindung von ASF/SF2, der einzige Splei&szlig;en Faktor nachweislich die Funktion als ein Onkogen. Aus der Pre-mRNA-Sequenzen, die in diesem Bildschirm zur&uuml;ckgegeben entdeckten wir physiologisch relevanten ASF Anerkennung Element Motive. ASF bindet zwei Motive: eine C-Reich und ein Purin-reiche-Motiv. Vergleiche mit &auml;hnlichen Daten abgeleitet, die HnRNP Protein PTB zeigt wenig &Uuml;berschneidungen zwischen starken PTB und ASF/SF2-Sites. Wir zeigen, wie diese Methode zum Bildschirm Krankheit Allele mit dem Satz von kleinen Molek&uuml;len eingesetzt werden k&ouml;nnte, die nachweislich zu &auml;ndern, auf der Suche nach Therapien f&uuml;r Krankheiten Splei&szlig;en Splei&szlig;en.

Bindung von Hochdurchsatz-Analyse bestimmt die Spezifit&auml;t der Bindung der ASF/SF2 auf alternativ gesplei&szlig;ten menschlichen Pre-mRNAs.

Studi di immunoprecipitazione di alto-rendimento dei fattori di trascrizione e fattori di splicing hanno rivoluzionato i campi della trascrizione e lo splicing. Recenti studi di posizione su Nova1/2 e Fox2 hanno individuato una serie di bersagli cellulari di questi fattori di splicing. Uno dei problemi con l&#39;identificazione di siti di legame per fattori di splicing nasce dal ruolo transitorio di RNA nel gene expression. Il ruolo primario dei fattori pi&ugrave; splicing &egrave; possibile associare il pre-mRNA co-transcriptionally e partecipare al processo estremamente rapido di selezione del sito di splice e catalisi. Pre-mRNA &egrave; una labile specie con un livello stazionario che &egrave; tre ordini di grandezza meno abbondanti di mRNA. Come molti fattori di splicing anche associare mRNA in una certa misura, questi substrati tendono a dominare l&#39;output di studi di posizione. Qui vi presentiamo un metodo in vitro per le interazioni della proteina del RNA di screening che elude questi problemi. Abbiamo schermo circa 4000 esoni impiombati alternativamente e l&#39;intero genoma dell&#39;epatite C per l&#39;associazione di ASF/SF2, l&#39;unico fattore di splicing ha dimostrato di funzionare come un oncogene. Dalle sequenze pre-mRNA tornate in questa schermata abbiamo scoperto fisiologicamente rilevanti motivi di elemento di riconoscimento ASF. ASF associa due motivi: un ricco di C e un motivo ricco di purine. Confronti con dati simili derivano dalla hnRNP proteina PTB rivela poca sovrapposizione tra siti PTB e ASF/SF2 forte. Illustriamo come questo metodo potrebbe essere impiegato per alleli malattia dello schermo con la serie di piccole molecole che hanno dimostrato di alterare lo splicing nella ricerca di terapie per malattie di splicing.

Analisi di alto-rendimento associazione determina la specificit&agrave; dell&#39;associazione di ASF/SF2 su impiombato alternativamente umana pre-mRNA.

&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x3001;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x30CF;&#x30A4;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x3068;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x5206;&#x91CE;&#x306B;&#x9769;&#x547D;&#x3092;&#x3082;&#x305F;&#x3089;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; Nova1 / 2&#x3001;Fox2&#x306E;&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x5185;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x554F;&#x984C;&#x306E;&#x4E00;&#x3064;&#x306F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;RNA&#x306E;&#x4E00;&#x904E;&#x6027;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x304B;&#x3089;&#x751F;&#x3058;&#x308B;&#x3002;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x4E3B;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x306F;&#x3001;&#x5171;&#x540C;&#x8EE2;&#x5199;&#x306E;pre-mRNA&#x306B;&#x7D50;&#x5408;&#x3057;&#x3001;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x3068;&#x89E6;&#x5A92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x8FC5;&#x901F;&#x306A;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306B;&#x53C2;&#x52A0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x306E;pre-mRNA&#x306F;&#x3001;mRNA&#x672A;&#x6E80;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;3&#x6841;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x5B9A;&#x5E38;&#x72B6;&#x614B;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x4E0D;&#x5B89;&#x5B9A;&#x306A;&#x7A2E;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x56E0;&#x5B50;&#x3082;&#x3042;&#x308B;&#x7A0B;&#x5EA6;mRNA&#x3092;&#x7D50;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x57FA;&#x677F;&#x306F;&#x5834;&#x6240;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x51FA;&#x529B;&#x3092;&#x652F;&#x914D;&#x3059;&#x308B;&#x50BE;&#x5411;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x554F;&#x984C;&#x3092;&#x56DE;&#x907F;&#x3059;&#x308B;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;RNA&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;in vitro&#x624B;&#x6CD5;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x3059;&#x308B;&#x3002; ASF/SF2&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x753B;&#x9762;&#x304C;&#x7D04;4000&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30A8;&#x30AD;&#x30BD;&#x30F3;&#x3092;&#x3001;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;C&#x578B;&#x809D;&#x708E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x307F;&#x3001;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x56E0;&#x5B50;&#x306F;&#x3001;&#x764C;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x5B9F;&#x8A3C;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x753B;&#x9762;&#x3067;&#x8FD4;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x306E;pre-mRNA&#x914D;&#x5217;&#x304B;&#x3089;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x751F;&#x7406;&#x5B66;&#x7684;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;ASF&#x8A8D;&#x8B58;&#x8981;&#x7D20;&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; C&#x30EA;&#x30C3;&#x30C1;&#x30D7;&#x30EA;&#x30F3;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#xFF1A;ASF&#x306F;&#x3001;2&#x3064;&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x306E;hnRNP&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;PTB&#x304B;&#x3089;&#x6D3E;&#x751F;&#x3057;&#x305F;&#x985E;&#x4F3C;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3068;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306F;&#x3001;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;PTB&#x3068;ASF/SF2&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x9593;&#x3067;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x91CD;&#x8907;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x75BE;&#x60A3;&#x306E;&#x6CBB;&#x7642;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x691C;&#x7D22;&#x3067;&#x306F;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x5909;&#x66F4;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x5C0F;&#x5206;&#x5B50;&#x306E;&#x96C6;&#x5408;&#x3068;&#x75BE;&#x60A3;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x5F97;&#x308B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x7D50;&#x5408;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x30D7;&#x30EC;mRNA&#x306B;ASF/SF2&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;

&#xC804;&#xC0AC; &#xBC0F; &#xC811;&#xD569; &#xC694;&#xC778;&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xC2A4;&#xB8E8;&#xD48B; immunoprecipitation &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC804;&#xC0AC; &#xBC0F; &#xC811;&#xD569; &#xBD84;&#xC57C;&#xB97C;&#xC758; &#xD601;&#xBA85;&#xC744; &#xC77C;&#xC73C;&#xCF30;&#xB2E4;. Nova1/2&#xC640; Fox2 &#xCD5C;&#xADFC; &#xC704;&#xCE58; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC811;&#xD569; &#xC694;&#xC18C;&#xC758; &#xC140;&#xB8F0;&#xB7EC; &#xB300;&#xC0C1; &#xC9D1;&#xD569;&#xC744; &#xD655;&#xC778; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD55C; &#xBB38;&#xC81C; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xC811;&#xD569; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC744; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC5D0;&#xC11C; RNA&#xC758; &#xC77C;&#xC2DC;&#xC801;&#xC778; &#xC5ED;&#xD560;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC00;&#xC7A5; &#xC811;&#xD569; &#xC694;&#xC778;&#xC758; &#xC8FC;&#xC694; &#xC5ED;&#xD560;&#xC740; co-transcriptionally &#xC774;&#xC804; Mrna&#xB97C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD558;&#xACE0; &#xC2A4;&#xD50C;&#xB77C;&#xC774;&#xC2A4; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC120;&#xD0DD; &#xBC0F; &#xCD09;&#xB9E4;&#xC758; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xBE60;&#xB978; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xCC38;&#xC5EC; &#xD558;. Pre Mrna&#xB294; 3 &#xBC30;&#xB098; &#xB35C; mRNA &#xBCF4;&#xB2E4; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C;&#xC740; &#xC815;&#xC0C1; &#xC0C1;&#xD0DC; &#xC218;&#xC900;&#xC73C;&#xB85C; &#xC815;&#xD55C; &#xC885;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB9CE;&#xC740; &#xC811;&#xD569; &#xC694;&#xC778;&#xC744; &#xC5B4;&#xB290; &#xC815;&#xB3C4; Mrna&#xB97C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD560; &#xC218;&#xB3C4;,&#xC774; &#xAE30;&#xD310; &#xC704;&#xCE58; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC758; &#xCD9C;&#xB825;&#xC744; &#xC9C0;&#xBC30; &#xD558;&#xB294; &#xACBD;&#xD5A5;&#xC774; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBB38;&#xC81C;&#xB97C; &#xD53C;&#xD560; RNA &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xCC28;&#xB2E8; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC2DC;&#xD5D8;&#xAD00; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xD604;&#xC7AC;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC2A4;&#xD06C;&#xB9B0; &#xC57D; 4000 &#xB610;&#xB294; &#xC811;&#xD569;&#xB41C; exons&#xC640; ASF/sf2&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC804;&#xCCB4; C &#xD615; &#xAC04;&#xC5FC; &#xAC8C;&#xB188; &#xC720;&#xC77C;&#xD55C; &#xC811;&#xD569; &#xACC4;&#xC218;&#xB97C; oncogene&#xC640; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC2DC;&#xC5F0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xD654;&#xBA74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC18;&#xD658; &#xB41C; &#xC774;&#xC804; mRNA &#xC21C;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC21C;&#xC218; &#xAD00;&#xB828; ASF &#xC778;&#xC2DD; &#xC694;&#xC18C; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xB97C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. ASF &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xB450; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;: C &#xD48D;&#xBD80; &#xD558; &#xACE0; purine &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;. &#xC720;&#xC0AC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xBE44;&#xAD50; &#xAC15;&#xD55C; PTB&#xC640; ASF/SF2 &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xC791;&#xC740; &#xC911;&#xBCF5; hnRNP &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; PTB &#xACC4;&#xC2DC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC744; &#xC811;&#xD569;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCE58;&#xB8CC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC80;&#xC0C9;&#xC5D0; &#xC811;&#xD569; &#xBCC0;&#xACBD; &#xB41C; &#xC791;&#xC740; &#xBD84;&#xC790;&#xC758; &#xC9D1;&#xD569; &#xD654;&#xBA74; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xB300;&#xB9BD;&#xC744;&#xC774; &#xC774;&#xB807;&#xAC8C; &#xC218; &#xACE0;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBD84;&#xC11D; &#xB610;&#xB294; &#xC811;&#xD569;&#xB41C; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC0AC;&#xC804; Mrnas&#xC5D0; ASF/sf2&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131;&#xC744; &#xACB0;&#xC815;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

De alto rendimiento estudios de inmunoprecipitaci&#xF3;n de factores de transcripci&#xF3;n y los factores de empalme han revolucionado los campos de la transcripci&#xF3;n y el splicing. Recientes estudios de ubicaci&#xF3;n en Nova1 / 2 y FOX2 han identificado un conjunto de dianas celulares de estos factores de empalme. Un problema con la identificaci&#xF3;n de sitios de uni&#xF3;n para los factores de empalme surge de la funci&#xF3;n transitoria de ARN en la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica. La funci&#xF3;n principal de la mayor&#xED;a de los factores de empalme es de obligar a pre-mRNA de la co-transcripcional y participar en el proceso muy r&#xE1;pido de la selecci&#xF3;n del sitio de empalme y la cat&#xE1;lisis. Pre-ARNm es una especie l&#xE1;biles con un nivel de estado estacionario que es de tres &#xF3;rdenes de magnitud menos abundante que el ARNm. Como muchos factores de empalme tambi&#xE9;n se unen ARNm en cierto grado, estos sustratos tienden a dominar la salida de los estudios de localizaci&#xF3;n. Aqu&#xED; presentamos un m&#xE9;todo in vitro para la detecci&#xF3;n de la prote&#xED;na ARN interacciones que evita estos problemas. Nos pantalla de aproximadamente 4000 exones empalmados alternativamente y el genoma de la hepatitis C completa para la uni&#xF3;n de ASF/SF2, el factor de empalme s&#xF3;lo demostr&#xF3; funcionar como un oncog&#xE9;n. A partir de los pre-mRNA de secuencias devueltas en esta pantalla, descubrimos fisiol&#xF3;gicamente relevantes ASF motivos elemento de reconocimiento. ASF se une a dos motivos: un C-ricos y un motivo rica en purina. Las comparaciones con datos similares derivados de la OPA de prote&#xED;nas hnRNP revela poca superposici&#xF3;n entre el PTB fuerte y sitios ASF/SF2. Se ilustra c&#xF3;mo este m&#xE9;todo podr&#xED;a ser empleado para alelos de enfermedad de pantalla con el conjunto de peque&#xF1;as mol&#xE9;culas que han demostrado para alterar empalme en b&#xFA;squeda de terapias para las enfermedades de empalme.

De alto rendimiento an&#xE1;lisis de uni&#xF3;n determina la especificidad de uni&#xF3;n de ASF/SF2 de corte y empalme alternativo Humanos pre-ARNm

&#x8BC4;&#x9009;&#x63A7;&#x5236;&#x5730;&#x533A; (PluCRs) &#x88AB;&#x5B9A;&#x4E49;&#x4E3A;&#x53D7;&#x5236;&#x7EA6;&#xFF0C;POU5F1&#x3001; SOX2&#x3001; &#x548C; NANOG &#x4F53;&#x5185;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5229;&#x7528;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x7ED3;&#x5408;&#x5206;&#x6790;&#x6CD5;&#x6765;&#x8BB0;&#x5F55;&#x591A;&#x4E2A; 270,000 &#x4E0D;&#x540C; DNA/&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x6D4B;&#x91CF;&#x6CBF;&#x4EE5;&#x589E;&#x91CF;&#x65B9;&#x5F0F;&#x5E73;&#x94FA;&#x7A97;&#x53E3;&#x5185;&#x8FD9;&#x4E9B; PluCRs &#x7684; DNA&#x3002;&#x6B64;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x6620;&#x5C04;&#x7528;&#x4E8E;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5730;&#x5B9A;&#x4E49;&#x7684;&#x5357;&#x5B9D;&#x56E0;&#x5B50;&#x7ED3;&#x5408;&#xFF0C;&#x4E0A;&#x4E0B;&#x6587;&#x548C;&#x63ED;&#x793A;&#x7684;&#x534F;&#x540C;&#x6548;&#x5E94;&#x53CA;&#x8BC4;&#x9009;&#x7F51;&#x7EDC;&#x7684;&#x7ADE;&#x4E89;&#x683C;&#x5C40;&#x3002;&#x6700;&#x8457;&#x540D;&#x7684;&#x683C;&#x5C40;&#x662F; POU5F1 &#x548C; forkhead &#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x666E;&#x904D;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x7ADE;&#x4E89;&#x3002;&#x50CF;&#x8BB8;&#x591A;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#xFF0C;POU5F1 &#x662F;&#x4E0E; paralog&#xFF0C;POU2F1&#xFF0C;&#x8BE5;&#x5171;&#x4EAB;&#x663E;&#x7136;&#x662F;&#x5B8C;&#x5168;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x591A;&#x53D1;&#x6027;&#x9AA8;&#x9AD3;&#x7624;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x5206;&#x6790;&#x6570;&#x4EE5;&#x5343;&#x8BA1;&#x7684;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x7684;&#x6D4B;&#x91CF;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x6B67;&#x89C6; POU2F1 &#x4ECE; POU5F1 &#x7ED1;&#x5B9A;&#x7684;&#x8BED;&#x5883;&#x6548;&#x5E94;&#x3002;&#x8FD1;&#x7AEF; NANOG &#x7ED1;&#x5B9A;&#x4FC3;&#x8FDB; POU5F1 &#x7ED1;&#x5B9A;&#xFF0C;&#x800C;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x9644;&#x8FD1; SOX2 &#x503E;&#x5411;&#x4E8E; POU2F1&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x7684;&#x8DE8;&#x7269;&#x79CD;&#x6BD4;&#x8F83;&#xFF0C;&#x7531;&#x4E0A;&#x4E0B;&#x6587;&#x5E8F;&#x5217;&#x51B3;&#x5B9A;&#x56E0;&#x7D20;&#x5B66;&#x5230;&#x4F53;&#x5916;&#x7684;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x6C89;&#x6DC0; &#xFF08;&#x82AF;&#x7247;&#xFF09; &#x4E0D;&#x8DB3;&#x4EE5;&#x9884;&#x6D4B; POU2F1 &#x7ED1;&#x5B9A;&#x5728;&#x4F53;&#x5185;&#x3002;

&#x7EC4;&#x5408;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x7684;&#x591A;&#x6F5C;&#x80FD;&#x63A7;&#x5236;&#x533A;&#x57DF;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;

The pluripotency control regions (PluCRs) are defined as genomic regions that are bound by POU5F1, SOX2, and NANOG in vivo. We utilized a high-throughput binding assay to record more than 270,000 different DNA/protein binding measurements along incrementally tiled windows of DNA within these PluCRs. This high-resolution binding map is then used to systematically define the context of POU factor binding, and reveals patterns of cooperativity and competition in the pluripotency network. The most prominent pattern is a pervasive binding competition between POU5F1 and the forkhead transcription factors. Like many transcription factors, POU5F1 is co-expressed with a paralog, POU2F1, that shares an apparently identical binding specificity. By analyzing thousands of binding measurements, we discover context effects that discriminate POU2F1 from POU5F1 binding. Proximal NANOG binding promotes POU5F1 binding, whereas nearby SOX2 binding favors POU2F1. We demonstrate by cross-species comparison and by chromatin immunoprecipitation (ChIP) that the contextual sequence determinants learned in vitro are sufficient to predict POU2F1 binding in vivo.

Combinatorial binding of transcription factors in the pluripotency control regions of the genome.

Les r&#xE9;gions de contr&#xF4;le de pluripotence (PluCRs) sont d&#xE9;finis comme des r&#xE9;gions g&#xE9;nomiques qui sont li&#xE9;s par POU5F1, SOX2, et NANOG in vivo. Nous avons utilis&#xE9; un test de liaison &#xE0; haut d&#xE9;bit pour enregistrer plus de 270.000 diff&#xE9;rents ADN / prot&#xE9;ine mesures de liaison le long des fen&#xEA;tres progressivement tuiles d&#x26;#39;ADN au sein de ces PluCRs. Cette carte haute-r&#xE9;solution contraignante est ensuite utilis&#xE9; pour d&#xE9;finir syst&#xE9;matiquement le contexte de la liaison facteur POU, et r&#xE9;v&#xE8;le des tendances de coop&#xE9;rativit&#xE9; et de la concurrence dans le r&#xE9;seau pluripotence. Le motif le plus important est une comp&#xE9;tition g&#xE9;n&#xE9;ralis&#xE9;e et obligatoire entre POU5F1 les facteurs de transcription forkhead. Comme de nombreux facteurs de transcription, POU5F1 est co-exprim&#xE9; avec un paralogue, POU2F1, qui partage une sp&#xE9;cificit&#xE9; de liaison apparemment identiques. En analysant des milliers de mesures contraignantes, nous d&#xE9;couvrons les effets de contexte qui sont discriminatoires &#xE0; POU2F1 de POU5F1 contraignant. Proximal NANOG contraignante favorise POU5F1 contraignant, tandis proximit&#xE9; SOX2 contraignante favorise POU2F1. Nous d&#xE9;montrons par la Croix-esp&#xE8;ces de comparaison et en immunopr&#xE9;cipitation de la chromatine (ChIP) que les d&#xE9;terminants de s&#xE9;quence contextuels tir&#xE9;s in vitro sont suffisantes pour pr&#xE9;dire POU2F1 liaison in vivo.

Reliure combinatoires de facteurs de transcription dans les r&#xE9;gions de contr&#xF4;le de la pluripotence le g&#xE9;nome

Die Pluripotenz Steuerelement Regionen (PluCRs) sind als genomische Regionen definiert, die durch POU5F1, SOX2 und NANOG in-vivo gebunden sind. Wir verwendet eine Hochdurchsatz-Bindung-Assay um mehr als 270.000 verschiedene DNA-Protein-Bindung Messungen entlang inkrementell gekachelte Windows DNA innerhalb dieser PluCRs zu notieren. Diese hochaufl&ouml;senden Bindung-Karte wird dann verwendet, um den Kontext der POU-Faktor-Bindung systematisch zu definieren und zeigt Verlaufsmuster der Kooperativit&auml;t und Wettbewerb in der Pluripotenz-Netzwerk. Das prominenteste Muster ist eine durchdringende Bindung Konkurrenz zwischen POU5F1 und der Forkhead Transkriptionsfaktoren. POU5F1 ist wie viele Transkriptionsfaktoren co-expressed mit einem Paralog, POU2F1, das eine scheinbar identische Bindung-Spezifit&auml;t teilt. Durch die Analyse von Tausenden von binding-Messungen, entdecken wir Kontext-Effekte, die POU2F1 aus POU5F1 Bindung zu unterscheiden. Proximale NANOG Bindung f&ouml;rdert POU5F1 Bindung, w&auml;hrend in der N&auml;he SOX2 Bindung POU2F1 beg&uuml;nstigt. Wir demonstrieren, indem Sie Kreuz-Arten Vergleich und von Chromatin Immunopr&auml;zipitation (ChIP), die die kontextuellen Sequenz Determinanten in Vitro gelernt gen&uuml;gen POU2F1 Bindung in-vivo vorherzusagen.

Kombinatorische Bindung der Transkription Faktoren der Pluripotenz Steuerelement Regionen des Genoms.

Le regioni di controllo della pluripotenza (PluCRs) sono definite come regioni genomiche che sono vincolati da POU5F1 SOX2 e NANOG in vivo. Abbiamo utilizzato un dosaggio di alto-rendimento associazione per registrare pi&ugrave; di 270.000 DNA/proteina associazione misure differenti lungo windows in modo incrementale piastrellati di DNA all&#39;interno di questi PluCRs. Questa mappa di associazione ad alta risoluzione viene poi utilizzata per definire sistematicamente il contesto di associazione fattore POU e rivela modelli di cooperativit&agrave; e concorrenza in rete la pluripotenza. Il modello pi&ugrave; prominente &egrave; una competizione pervasivo associazione tra POU5F1 e i fattori di trascrizione forkhead. Come molti fattori di trascrizione, POU5F1 &egrave; espressi con un paralog, POU2F1, che condivide una specificit&agrave; di legame apparentemente identici. Analizzando migliaia di misurazioni di associazione, scopriamo gli effetti di contesto che discriminano POU2F1 dall&#39;associazione POU5F1. Associazione NANOG prossimale promuove POU5F1 vincolante, mentre nelle vicinanze SOX2 associazione favori POU2F1. Noi dimostrare tramite cross-specie confronto e di immunoprecipitazione della cromatina (ChIP) che i determinanti contestuali sequenza imparati in vitro sono sufficienti per predire POU2F1 associazione in vivo.

Associazione combinatoria di trascrizione fattori nelle regioni pluripotenza controllo del genoma.

&#x591A;&#x80FD;&#x6027;&#x5236;&#x5FA1;&#x9818;&#x57DF;&#xFF08;PluCRs&#xFF09;&#x306F;in vivo&#x3067;POU5F1&#x3001;SOX2&#x3001;NANOG&#x3068;&#x306B;&#x7E1B;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x9818;&#x57DF;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;PluCRs&#x5185;&#x306E;DNA&#x306E;&#x5F90;&#x3005;&#x306B;&#x30BF;&#x30A4;&#x30EB;&#x5F35;&#x308A;&#x306E;&#x7A93;&#x306B;&#x6CBF;&#x3063;&#x3066;&#x8907;&#x6570;&#x306E;27&#x4E07;&#x7570;&#x306A;&#x308B;DNA /&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x5024;&#x3092;&#x8A18;&#x9332;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x7D50;&#x5408;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x3092;&#x5229;&#x7528;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x9AD8;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x7D50;&#x5408;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x306F;&#x3001;&#x4F53;&#x7CFB;&#x7684;POU&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x3092;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x591A;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x5185;&#x3067;&#x306E;&#x5354;&#x540C;&#x3068;&#x7AF6;&#x4E89;&#x306E;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6700;&#x3082;&#x9855;&#x8457;&#x306A;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;POU5F1&#x3068;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30AF;&#x30D8;&#x30C3;&#x30C9;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x666E;&#x53CA;&#x3057;&#x3066;&#x7D50;&#x5408;&#x7AF6;&#x5408;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x3001;POU5F1&#x306F;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x540C;&#x3058;&#x7D50;&#x5408;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3092;&#x5171;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x30D1;&#x30E9;&#x30ED;&#x30B0;&#x3001;POU2F1&#x3001;&#x3068;&#x5171;&#x767A;&#x73FE;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7D50;&#x5408;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x306E;&#x6570;&#x5343;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;POU5F1&#x7D50;&#x5408;&#x304B;&#x3089;POU2F1&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x6587;&#x8108;&#x52B9;&#x679C;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x8FD1;&#x304F;&#x306E;SOX2&#x7D50;&#x5408;&#x304C;POU2F1&#x3092;&#x597D;&#x3080;&#x306E;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3001;&#x8FD1;NANOG&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;POU5F1&#x7D50;&#x5408;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;in vitro&#x3067;&#x5B66;&#x3093;&#x3060;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x306F;&#x3001;&#x751F;&#x4F53;&#x5185;&#x3067;POU2F1&#x7D50;&#x5408;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x5341;&#x5206;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x7A2E;&#x9593;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D;&#xFF08;ChIP&#xFF09;&#x3067;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x591A;&#x80FD;&#x6027;&#x5236;&#x5FA1;&#x9818;&#x57DF;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x7D44;&#x5408;&#x305B;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;

Pluripotency &#xCEE8;&#xD2B8;&#xB864; &#xC601;&#xC5ED; (PluCRs) POU5F1, SOX2, &#xBC0F; NANOG &#xC0DD;&#xCCB4; &#xC870;&#xAC74;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xAD6C;&#xC18D; &#xAC8C;&#xB188; &#xC601;&#xC5ED;&#xC73C;&#xB85C; &#xC815;&#xC758; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; 270000 &#xB2E4;&#xB978; DNA/&#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xCE21;&#xC815; &#xC810;&#xC9C4;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD0C0;&#xC77C;&#xB41C; &#xCC3D; &#xB530;&#xB77C;&#xC774; PluCRs &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; DNA&#xC758; &#xAE30;&#xB85D; &#xD558; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xD65C;&#xC6A9; &#xD558; &#xACE0; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xACE0;&#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC9C0;&#xB3C4; &#xCCB4;&#xACC4;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; POU &#xC694;&#xC18C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xCEE8;&#xD14D;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC815;&#xC758; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBC0F; cooperativity pluripotency &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACBD;&#xC7C1;&#xC758; &#xD328;&#xD134;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;. &#xAC00;&#xC7A5; &#xB208;&#xC5D0; &#xB744;&#xB294; &#xD328;&#xD134; pou5f1&#xC640; forkhead &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; &#xAC04;&#xC758; &#xBCF4;&#xAE09; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xACBD;&#xC7C1; &#xC774;&#xB2E4;. &#xB9CE;&#xC740; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790;&#xC640; &#xAC19;&#xC740; POU5F1 paralog, POU2F1, &#xBD84;&#xBA85;&#xD788; &#xB3D9;&#xC77C;&#xD55C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131;&#xC744; &#xACF5;&#xC720; &#xD558;&#xB294; co-expressed&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC218;&#xCC9C; &#xAC1C;&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xCE21;&#xC815; &#xBD84;&#xC11D; &#xD558; &#xC5EC; POU2F1 POU5F1 &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCC28;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; &#xC0C1;&#xD669;&#xC5D0; &#xB9DE;&#xB294; &#xD6A8;&#xACFC; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xADFC; &#xC704; NANOG &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xBC18;&#xBA74; SOX2 &#xC778;&#xADFC; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xD638;&#xC758; POU2F1 POU5F1 &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xC744; &#xCD09;&#xC9C4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xAC04; &#xC885; &#xBE44;&#xAD50; &#xD558; &#xC5EC; &#xC124;&#xBA85; &#xD558; &#xACE0; &#xC0C1;&#xD669;&#xBCC4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xACB0;&#xC815; &#xCCB4; &#xC678;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC30;&#xC6B4; chromatin immunoprecipitation (&#xCE69;)&#xC73C;&#xB85C; POU2F1 &#xBC14;&#xC778;&#xB529; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xC608;&#xCE21; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xCDA9;&#xBD84;.

&#xC804;&#xC0AC;&#xC758; &#xC870;&#xD569; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; pluripotency &#xCEE8;&#xD2B8;&#xB864; &#xC601;&#xC5ED;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xC694;&#xC778;.

Las regiones de control de pluripotencia (PluCRs) se definen como las regiones gen&#xF3;micas que est&#xE1;n obligados por POU5F1, Sox2, y Nanog en vivo. Se utiliz&#xF3; un ensayo de uni&#xF3;n de alto rendimiento para grabar m&#xE1;s de 270.000 diferentes de ADN / prote&#xED;na de uni&#xF3;n a lo largo de las mediciones de las ventanas de forma incremental baldosas de ADN dentro de estos PluCRs. Este mapa de alta resoluci&#xF3;n vinculante se utiliza para definir sistem&#xE1;ticamente el contexto de la uni&#xF3;n factor de Pou, y revela los patrones de cooperatividad y la competencia en la red de pluripotencia. El modelo m&#xE1;s destacado es una competencia generalizada vinculante entre POU5F1 y los factores de transcripci&#xF3;n forkhead. Al igual que muchos factores de transcripci&#xF3;n, POU5F1 es co-expresada con un paralog, POU2F1, que comparte una especificidad de uni&#xF3;n parece ser id&#xE9;ntica. Mediante el an&#xE1;lisis de miles de medidas vinculantes, descubrimos los efectos del contexto que discriminan POU2F1 de POU5F1 vinculante. Proximal vinculante NANOG promueve POU5F1 vinculante, mientras que la cercana uni&#xF3;n SOX2 favorece POU2F1. Se demuestra por la comparaci&#xF3;n entre las especies y por inmunoprecipitaci&#xF3;n de cromatina (CHIP) que los determinantes de secuencias contextuales aprendidas in vitro son suficientes para predecir POU2F1 obligatorio en vivo.

Encuadernaci&#xF3;n combinatoria de factores de transcripci&#xF3;n en las regiones de control de pluripotencia del Genoma

&#x6211;&#x4EEC;&#x76EE;&#x524D;&#x76F4;&#x89C2;&#x6218;&#x7565;&#x9884;&#x6D4B;&#x4E0A;&#x62FC;&#x63A5;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x53D8;&#x5F02;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x5143;&#x7D20;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x62FC;&#x63A5;&#x5143;&#x7D20;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x5F3A;&#x70C8;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x76F8;&#x5173;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x7684;&#x901A;&#x5E38;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x7684;&#x526A;&#x63A5;&#x56E0;&#x5B50;&#xFF0C;U2AF65&#xFF0C;exonic &#x7ED1;&#x5B9A;&#x6291;&#x5236;&#x62FC;&#x63A5;&#x3002;&#x63A8;&#x7406;&#x62FC;&#x63A5;&#x7684;&#x5143;&#x7D20;&#x7684;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x5206;&#x5E03;&#x5176;&#x51FD;&#x6570;&#x7684;&#x7B7E;&#x540D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x5B9A;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x6240;&#x6709;&#x53EF;&#x80FD;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x56FE;&#x6848;&#x5230;&#x96C6;&#x7FA4;&#x57FA;&#x4E8E;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x914D;&#x7F6E;&#x6587;&#x4EF6;&#x53CA;&#x5176;&#x63A5;&#x5934;&#x5730;&#x70B9;&#x5468;&#x56F4;&#x7684;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x5206;&#x5E03;&#x7684;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x4E3A;&#x4E1D;&#x6C28;&#x9178;/&#x7CBE;&#x6C28;&#x9178;&#x4E30;&#x5BCC; (SR) &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x503E;&#x5411;&#x4E8E; exonic&#xFF0C;&#x800C;&#x5F02;&#x6784;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D; (hnRNP) &#x8BC6;&#x522B;&#x5143;&#x7D20;&#x5927;&#x591A;&#x662F;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x3002;&#x9664;&#x4E86;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x5143;&#x7D20;&#xFF0C;&#x65B0;&#x9896;&#x56FE;&#x6848;&#x88AB;&#x8FD4;&#x56DE;&#xFF0C;&#x5E76;&#x8FDB;&#x884C;&#x9A8C;&#x8BC1;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B9;&#x6CD5;&#x4E5F;&#x662F;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x526A;&#x63A5;&#x7A81;&#x53D8;&#x3002;&#x4E00;&#x79CD;&#x7A81;&#x53D8;&#x6BCD;&#x9898;&#x521B;&#x5EFA;&#x65B0;&#x7684;&#x6BCD;&#x9898;&#xFF0C;&#x6709;&#x65F6;&#x6709;&#x539F;&#x59CB;&#x6BCD;&#x9898;&#x7684;&#x5206;&#x5E03;&#x5F62;&#x72B6;&#x76F8;&#x4F3C;&#xFF0C;&#x6709;&#x65F6;&#x6709;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x5206;&#x5E03;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x521B;&#x5EFA;&#x6355;&#x83B7;&#x6B64;&#x5C5E;&#x6027;&#xFF0C;&#x53D1;&#x73B0;&#x521B;&#x5EFA;&#x5927;&#x578B; intraallelic &#x8DDD;&#x79BB;&#x7684;&#x7A81;&#x53D8;&#x6253;&#x4E71;&#x62FC;&#x63A5;&#x4F53;&#x5185;&#x800C;&#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x5C0F;&#x8DDD;&#x79BB;&#x5E76;&#x6CA1;&#x6709;&#x6539;&#x53D8;&#x62FC;&#x63A5; intraallelic &#x8DDD;&#x79BB;&#x5EA6;&#x91CF;&#x3002;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x75BE;&#x75C5;&#x57FA;&#x56E0;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x663E;&#x793A;&#x5DF2;&#x77E5;&#x62FC;&#x63A5;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x6709;&#x9AD8; intraallelic &#x8DDD;&#x79BB;&#x548C;&#x5EFA;&#x8BAE;&#xFF0C;22%&#x7684;&#x6700;&#x521D;&#x88AB;&#x5217;&#x4E3A;&#x9519;&#x4E49;&#x7A81;&#x53D8;&#x53EF;&#x80FD;&#x8FD8;&#x4F1A;&#x5F71;&#x54CD;&#x62FC;&#x63A5;&#x7684;&#x75BE;&#x75C5;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x6B64;&#x7C7B;&#x89C4;&#x8303;&#x62FC;&#x63A5;&#x7A81;&#x53D8;&#x4FE1;&#x53F7;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x5927;&#x7EA6;&#x6709;&#x4E09;&#x5206;&#x4E4B;&#x4E00;&#x7684;&#x6240;&#x6709;&#x81F4;&#x75C5;&#x7A81;&#x53D8;&#x6539;&#x53D8;&#x524D; mRNA &#x526A;&#x63A5;&#x3002;

&#x4F7F;&#x7528;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x5206;&#x5E03;&#x6765;&#x786E;&#x5B9A;&#x62FC;&#x63A5;&#x5143;&#x7D20;&#x548C;&#x9884;&#x6D4B;&#x524D; mRNA &#x52A0;&#x5DE5;&#x4E2D;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7F3A;&#x9677;&#x3002;

We present an intuitive strategy for predicting the effect of sequence variation on splicing. In contrast to transcriptional elements, splicing elements appear to be strongly position dependent. We demonstrated that exonic binding of the normally intronic splicing factor, U2AF65, inhibits splicing. Reasoning that the positional distribution of a splicing element is a signature of its function, we developed a method for organizing all possible sequence motifs into clusters based on the genomic profile of their positional distribution around splice sites. Binding sites for serine/arginine rich (SR) proteins tended to be exonic whereas heterogeneous ribonucleoprotein (hnRNP) recognition elements were mostly intronic. In addition to the known elements, novel motifs were returned and validated. This method was also predictive of splicing mutations. A mutation in a motif creates a new motif that sometimes has a similar distribution shape to the original motif and sometimes has a different distribution. We created an intraallelic distance measure to capture this property and found that mutations that created large intraallelic distances disrupted splicing in vivo whereas mutations with small distances did not alter splicing. Analyzing the dataset of human disease alleles revealed known splicing mutants to have high intraallelic distances and suggested that 22% of disease alleles that were originally classified as missense mutations may also affect splicing. This category together with mutations in the canonical splicing signals suggest that approximately one third of all disease-causing mutations alter pre-mRNA splicing.

Using positional distribution to identify splicing elements and predict pre-mRNA processing defects in human genes.

Nous pr&#xE9;sentons une strat&#xE9;gie intuitive pour pr&#xE9;dire l&#x26;#39;effet de la s&#xE9;quence de variation sur l&#x26;#39;&#xE9;pissage. En revanche &#xE0; des &#xE9;l&#xE9;ments de la transcription, des &#xE9;l&#xE9;ments d&#x26;#39;&#xE9;pissage semblent &#xEA;tre fortement d&#xE9;pendant de la position. Nous avons d&#xE9;montr&#xE9; que la liaison du facteur de exonique &#xE9;pissage normalement intronique, U2AF65, inhibe l&#x26;#39;&#xE9;pissage. Estimant que la distribution de position d&#x26;#39;un &#xE9;l&#xE9;ment d&#x26;#39;&#xE9;pissage est une signature de sa fonction, nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; une m&#xE9;thode pour organiser tous les motifs de s&#xE9;quence possibles en blocs bas&#xE9;s sur le profil g&#xE9;nomique de leur distribution de position autour des sites d&#x26;#39;&#xE9;pissage. Les sites de liaison pour la s&#xE9;rine / arginine riches (SR) des prot&#xE9;ines ont tendance &#xE0; &#xEA;tre exonique tandis &#xE9;l&#xE9;ments h&#xE9;t&#xE9;rog&#xE8;nes ribonucl&#xE9;oprot&#xE9;iques reconnaissance (hnRNP) &#xE9;taient pour la plupart intronique. En plus des &#xE9;l&#xE9;ments connus, des motifs nouveaux ont &#xE9;t&#xE9; retourn&#xE9;s et valid&#xE9;. Cette m&#xE9;thode &#xE9;tait &#xE9;galement un pr&#xE9;dicteur de mutations d&#x26;#39;&#xE9;pissage. Une mutation dans un motif cr&#xE9;e un nouveau motif qui a parfois une forme de distribution similaire au motif original et a parfois une r&#xE9;partition diff&#xE9;rente. Nous avons cr&#xE9;&#xE9; une mesure de distance intraallelic pour capturer cet &#xE9;tablissement et a trouv&#xE9; que les mutations qui ont cr&#xE9;&#xE9; de grandes distances intraallelic perturb&#xE9; &#xE9;pissage in vivo alors que les mutations avec de petites distances ne modifie pas l&#x26;#39;&#xE9;pissage. L&#x26;#39;analyse de l&#x26;#39;ensemble de donn&#xE9;es d&#x26;#39;all&#xE8;les mutants a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; maladies humaines d&#x26;#39;&#xE9;pissage connus pour avoir &#xE9;lev&#xE9; distances intraallelic et a sugg&#xE9;r&#xE9; que 22% des all&#xE8;les des affections qui ont &#xE9;t&#xE9; initialement class&#xE9;s comme mutations faux-sens peut &#xE9;galement affecter l&#x26;#39;&#xE9;pissage. Cette cat&#xE9;gorie en collaboration avec des mutations dans les signaux d&#x26;#39;&#xE9;pissage canoniques indiquent qu&#x26;#39;environ un tiers de toutes les mutations responsables de maladies pr&#xE9;-ARNm de modifier l&#x26;#39;&#xE9;pissage.

Utilisation de la distribution de position pour identifier les &#xE9;l&#xE9;ments d&#x26;#39;&#xE9;pissage et de pr&#xE9;dire les d&#xE9;fauts de traitement pr&#xE9;-ARNm dans les g&#xE8;nes humains

Wir pr&auml;sentieren Ihnen eine intuitive Strategie zur Vorhersage der Wirkung der Sequenz Variation Splei&szlig;en. Im Gegensatz zu transkriptionelle Elemente erscheinen Splei&szlig;en Elemente stark positionsabh&auml;ngig. Wir bewiesen, dass exonic Bindung des normalerweise verband intronic Splei&szlig;en Faktors, U2AF65, Splei&szlig;en hemmt. Argumentation, dass die positionelle Verteilung eines Splei&szlig;en Elements eine Signatur ihrer Funktion, entwickelten wir eine Methode f&uuml;r alle m&ouml;glichen Sequenz Motive in Clustern, die basierend auf dem genomische Profil ihrer positionelle Verteilung um Splei&szlig;-Websites organisieren. Verbindliche Sites f&uuml;r Serin/Arginin, die reiche (SR) Proteine exonic tendenziell heterogene Ribonucleoprotein (HnRNP) Anerkennung Elemente meist verband intronic waren. Zus&auml;tzlich zu den bekannten Elementen wurden neuartige Motive zur&uuml;ckgegeben und validiert. Diese Methode wurde auch vorausschauende der Splei&szlig;en Mutationen. Eine Mutation in einem Motiv erstellt ein neues Motiv, das manchmal hat eine &auml;hnliche Form der Verteilung auf das urspr&uuml;ngliche Motiv und manchmal mit eine andere Distribution. Wir erstellt ein Intraallelic-Abstandsmessung um diese Eigenschaft zu erfassen und festgestellt, dass Mutationen, die gro&szlig;e Intraallelic Entfernungen erstellt Splei&szlig;en in-vivo gest&ouml;rt, w&auml;hrend Mutationen mit kleinen Abst&auml;nden nicht Splei&szlig;en ver&auml;ndert. Analysieren den Datenbestand des menschlichen Krankheit Allele offenbart bekannte Mutanten um hohe Intraallelic Entfernungen haben Splei&szlig;en und vorgeschlagen, dass 22 % der Krankheit-Allele, die urspr&uuml;nglich als Missense-Mutationen auch Splei&szlig;en beeinflussen k&ouml;nnen klassifiziert wurden. Dieser Kategorie zusammen mit Mutationen in den kanonischen Splei&szlig;en Signale deuten darauf hin, dass etwa ein Drittel aller krankheitsverursachende Mutationen ver&auml;ndern Pre-mRNA-Splei&szlig;en.

Mit positionellen Verteilung an Splei&szlig;en Elemente zu identifizieren und Pre-mRNA Verarbeitung Defekte in menschlichen Genen vorherzusagen.

Vi presentiamo una strategia intuitiva per prevedere l&#39;effetto della variazione di sequenza di splicing. In contrasto con gli elementi di transcriptional, elementi di giunzioni sembrano essere fortemente dipendente dalla posizione. Abbiamo dimostrato che esonico associazione del fattore normalmente intronic splicing, U2AF65, inibisce lo splicing. Ragionamento che la distribuzione di un elemento di giunzione posizionale &egrave; una firma della sua funzione, abbiamo sviluppato un metodo per organizzare tutti i motivi di sequenza possibile in cluster basato sul profilo genomico della loro distribuzione posizionale intorno a siti di splicing. Siti per serina/arginina ricche proteine (SR) tendevano ad essere esonico considerando gli elementi di riconoscimento ribonucleoproteina eterogenei (hnRNP) erano principalmente intronic leganti. Oltre gli elementi noti, romanzo motivi sono stati restituiti e convalidati. Questo metodo era anche predittivo di mutazioni di splicing. Una mutazione in un motivo crea un nuovo motivo che a volte ha una forma simile di distribuzione per il motivo originale e a volte ha una diversa distribuzione. Abbiamo creato una misura di distanza intraallelic per acquisire questa propriet&agrave; e trovato che le mutazioni che ha creato intraallelic grandi distanze interrotto lo splicing in vivo, mentre le mutazioni con piccole distanze non alterava lo splicing. Analizzando il dataset di alleli malattia umana ha rivelato noti splicing mutanti per avere alta intraallelic distanze e suggerito che il 22% degli alleli malattia che originalmente sono stati classificati come mutazioni missenso possono anche interessare lo splicing. Questa categoria insieme a mutazioni del canonico splicing segnali suggeriscono che circa un terzo di tutte le mutazioni che causano malattie alterano lo splicing pre-mRNA.

Utilizzando la distribuzione posizionali per identificare gli elementi di giunzioni e prevedere l&#39;elaborazione pre-mRNA difetti di geni umani.

&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x914D;&#x5217;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x76F4;&#x611F;&#x7684;&#x306A;&#x6226;&#x7565;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x8EE2;&#x5199;&#x8981;&#x7D20;&#x3068;&#x306F;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x8981;&#x7D20;&#x304C;&#x5F37;&#x304F;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3068;&#x601D;&#x308F;&#x308C;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x901A;&#x5E38;&#x3001;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x56E0;&#x5B50;&#x3001;U2AF65&#x306E;&#x30A8;&#x30AD;&#x30BD;&#x30F3;&#x7D50;&#x5408;&#x306F;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x963B;&#x5BB3;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x5B9F;&#x8A3C;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x8981;&#x7D20;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306E;&#x5206;&#x5E03;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x95A2;&#x6570;&#x306E;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CD;&#x30C1;&#x30E3;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x63A8;&#x8AD6;&#x306F;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x5468;&#x56F2;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x5206;&#x5E03;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x306B;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x914D;&#x5217;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x7DE8;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x624B;&#x6CD5;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30BB;&#x30EA;&#x30F3;/&#x30A2;&#x30EB;&#x30AE;&#x30CB;&#x30F3;&#x30EA;&#x30C3;&#x30C1;&#xFF08;SR&#xFF09;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306F;&#x3001;&#x7570;&#x7A2E;&#x306E;&#x30EA;&#x30DC;&#x6838;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#xFF08;&#x306E;hnRNP&#xFF09;&#x8A8D;&#x8B58;&#x8981;&#x7D20;&#x306F;&#x4E3B;&#x306B;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x306E;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3001;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x50BE;&#x5411;&#x306B;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x8981;&#x7D20;&#x306B;&#x52A0;&#x3048;&#x3066;&#x3001;&#x5C0F;&#x8AAC;&#x306E;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x304C;&#x8FD4;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x691C;&#x8A3C;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x3001;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306E;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x306F;&#x3001;&#x521D;&#x7248;&#x3092;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x306B;&#x4F3C;&#x305F;&#x5206;&#x5E03;&#x5F62;&#x72B6;&#x3092;&#x6709;&#x3057;&#x3001;&#x6642;&#x306B;&#x306F;&#x5225;&#x306E;&#x30C7;&#x30A3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D3;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x4F5C;&#x6210;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D1;&#x30C6;&#x30A3;&#x3092;&#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3;&#x3059;&#x308B;intraallelic&#x8DDD;&#x96E2;&#x5C3A;&#x5EA6;&#x3092;&#x4F5C;&#x6210;&#x3057;&#x3001;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x8DDD;&#x96E2;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x5909;&#x7570;&#x304C;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x5909;&#x5316;&#x3055;&#x305B;&#x306A;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x306E;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3001;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;intraallelic&#x8DDD;&#x96E2;&#x3092;&#x4F5C;&#x6210;&#x3057;&#x305F;&#x5909;&#x7570;&#x306F;&#x3001;in vivo&#x3067;&#x9078;&#x629E;&#x7684;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x7834;&#x58CA;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x30D2;&#x30C8;&#x75BE;&#x60A3;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x3001;&#x9AD8;intraallelic&#x8DDD;&#x96E2;&#x3092;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x3001;&#x672C;&#x6765;&#x306E;&#x30DF;&#x30B9;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B9;&#x5909;&#x7570;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5206;&#x985E;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x75BE;&#x60A3;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;22&#xFF05;&#x306B;&#x3082;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x6A19;&#x6E96;&#x7684;&#x306A;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x3068;&#x4E00;&#x7DD2;&#x306B;&#x3053;&#x306E;&#x30AB;&#x30C6;&#x30B4;&#x30EA;&#x306B;&#x306F;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x75BE;&#x60A3;&#x306E;&#x539F;&#x56E0;&#x3068;&#x306A;&#x308B;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x306E;&#x7D04;3&#x5206;&#x306E;1&#x306F;&#x3001;pre-mRNA&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x5909;&#x66F4;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x304A;&#x52E7;&#x3081;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x8981;&#x7D20;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;pre-mRNA&#x306E;&#x51E6;&#x7406;&#x306E;&#x6B20;&#x9665;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306E;&#x30C7;&#x30A3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D3;&#x30E5;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x305F;

&#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC811;&#xD569;&#xC5D0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBCC0;&#xD654;&#xC758; &#xD6A8;&#xACFC; &#xC608;&#xCE21;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC9C1;&#xAD00;&#xC801;&#xC778; &#xC804;&#xB7B5; &#xC81C;&#xC2DC;. Transcriptional &#xC694;&#xC18C; &#xB2EC;&#xB9AC; &#xC811;&#xD569; &#xC694;&#xC18C; &#xC885;&#xC18D; &#xC704;&#xCE58;&#xB97C; &#xAC15;&#xB825; &#xD558; &#xAC8C; &#xB420; &#xB4EF;&#xD558;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; intronic &#xC811;&#xD569; &#xC778;&#xC790;, U2AF65, exonic &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC811;&#xD569; &#xC5B5;&#xC81C; &#xC2DC;&#xC5F0;. &#xC811;&#xD569; &#xC694;&#xC18C;&#xC758; &#xC704;&#xCE58; &#xBD84;&#xD3EC;&#xC758; &#xD568;&#xC218; &#xC2DC;&#xADF8;&#xB2C8;&#xCC98;&#xB294; &#xCD94;&#xB860;, &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC2A4;&#xD50C;&#xB77C;&#xC774;&#xC2A4; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC8FC;&#xC704; &#xC704;&#xCE58; &#xBD84;&#xD3EC;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xC5D0; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xB97C; &#xAD6C;&#xC131; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB5A0;&#xB4E4;&#xACE0;/&#xC544;&#xB974;&#xAE30;&#xB2CC; &#xC774;&#xAE30;&#xC885; ribonucleoprotein (hnRNP) &#xC778;&#xC2DD; &#xC694;&#xC18C; intronic &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC774; &#xBC18;&#xBA74; exonic &#xB420; &#xACBD;&#xD5A5;&#xC774; &#xC788;&#xC5C8;&#xB2E4; &#xBD80;&#xC790; (SR) &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;. &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4; &#xC694;&#xC18C; &#xC18C;&#xC124; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504; &#xBC18;&#xD658; &#xD558; &#xACE0; &#xC720;&#xD6A8;&#xC131;&#xC744; &#xAC80;&#xC0AC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; &#xC811;&#xD569; &#xBCC0;&#xC774;&#xC758; &#xC608;&#xCE21;. &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xC5D0; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xAC00;&#xB054;&#xC740; &#xC6D0;&#xB798; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xB97C; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xBD84;&#xD3EC; &#xBAA8;&#xC591;&#xC744; &#xD558; &#xACE0; &#xB54C;&#xB85C;&#xB294; &#xB2E4;&#xB978; &#xBD84;&#xD3EC;&#xB97C;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C;&#xB97C; &#xB9CC;&#xB4ED;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC18D;&#xC131;&#xC744; &#xD070; intraallelic &#xAC70;&#xB9AC;&#xB97C; &#xB9CC;&#xB4E0; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC791;&#xC740; &#xAC70;&#xB9AC;&#xC640; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC811;&#xD569; &#xBCC0;&#xACBD; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC558;&#xB2E4; &#xBC18;&#xBA74;&#xB97C; &#xC811;&#xD569; vivo&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911;&#xB2E8; &#xBC1C;&#xACAC; intraallelic &#xAC70;&#xB9AC; &#xCE21;&#xC815;&#xC744; &#xB9CC;&#xB4E4;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xB300;&#xB9BD;&#xC758; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC744; &#xBD84;&#xC11D; &#xACF5;&#xAC1C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xB192;&#xC740; intraallelic &#xAC70;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC811;&#xD569; &#xD558; &#xACE0; &#xC811;&#xD569;&#xC5D0; missense &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xB610;&#xD55C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC6D0;&#xB798; &#xBD84;&#xB958; &#xB41C; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xB300;&#xB9BD;&#xC758; 22%&#xB97C; &#xC81C;&#xC548; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774; &#xCE74;&#xD14C;&#xACE0;&#xB9AC; &#xC815;&#xC2DD; &#xC811;&#xD569;&#xC5D0; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xD568;&#xAED8; &#xC2E0;&#xD638;&#xB97C; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; &#xBAA8;&#xB450;&#xB294; &#xC57D; 3 &#xBD84;&#xC758; 1 &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC744; &#xC77C;&#xC73C;&#xD0A4;&#xB294; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xBCC0;&#xACBD; &#xC0AC;&#xC804; mRNA &#xC811;&#xD569;.

&#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xACB0;&#xD568; &#xC704;&#xCE58; &#xBD84;&#xD3EC; &#xC811;&#xD569; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; &#xC0AC;&#xC804; mRNA &#xCC98;&#xB9AC; &#xC608;&#xCE21;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;.

Se presenta una estrategia intuitiva para predecir el efecto de la variaci&#xF3;n en la secuencia de empalme. En contraste con los elementos de la transcripci&#xF3;n, elementos de empalme parecen ser fuertemente dependiente de la posici&#xF3;n. Hemos demostrado que la uni&#xF3;n del factor de exonic empalme intronic normalmente, U2AF65, inhibe el empalme. El razonamiento de que la distribuci&#xF3;n de la posici&#xF3;n de un elemento de empalme es una firma de su funci&#xF3;n, hemos desarrollado un m&#xE9;todo para la organizaci&#xF3;n de todos los posibles motivos de secuencia en grupos basados &#x200B;&#x200B;en el perfil gen&#xF3;mico de la distribuci&#xF3;n de la posici&#xF3;n en torno a los sitios de empalme. Sitios de uni&#xF3;n para la serina / arginina ricos (SR), las prote&#xED;nas tienden a ser heterog&#xE9;neas, mientras que exonic ribonucleoprote&#xED;na (hnRNP) elementos de reconocimiento fueron en su mayor&#xED;a intr&#xF3;nica. Adem&#xE1;s de los elementos conocidos, nuevos motivos fueron devueltos y validado. Este m&#xE9;todo tambi&#xE9;n fue predictivo de las mutaciones de empalme. Una mutaci&#xF3;n en un motivo crea un nuevo motivo que a veces tiene una forma de distribuci&#xF3;n similar al motivo original y tiene a veces una distribuci&#xF3;n diferente. Hemos creado una medida de distancia intraallelic para capturar esta propiedad y se encontr&#xF3; que las mutaciones que crearon grandes distancias intraallelic interrumpida empalme en vivo mientras que las mutaciones con peque&#xF1;as distancias no alter&#xF3; el empalme. Analizando el conjunto de datos de los alelos de enfermedad en humanos revelaron conocidos mutantes de empalme a tener altas distancias intraallelic y sugiri&#xF3; que el 22% de los alelos de enfermedades que fueron clasificados originalmente como mutaciones de sentido err&#xF3;neo tambi&#xE9;n puede afectar el empalme. Esta categor&#xED;a, junto con las mutaciones en las se&#xF1;ales de empalme can&#xF3;nicos sugieren que aproximadamente un tercio de todas las mutaciones que causan enfermedades alteran pre-mRNA de empalme.

Uso de distribuci&#xF3;n de la posici&#xF3;n para identificar los elementos de empalme y predecir pre-mRNA de los defectos de procesamiento en los genes humanos

G &#x86CB;&#x767D;&#x4FE1;&#x53F7;&#x8F6C;&#x5BFC; 9-2 (RGS9 2) &#x8C03;&#x8282;&#x5668;&#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x86CB;&#x767D;&#xFF0C;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x6D53;&#x7F29;&#x7684;&#x7EB9;&#x72B6;&#x4F53;&#xFF0C;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x52A8;&#x673A;&#x3001; &#x8FD0;&#x52A8;&#x548C;&#x5956;&#x52B1;&#x53CD;&#x5E94;&#x7684;&#x5927;&#x8111;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B; RGS9 &#x57FA;&#x56E0;&#x4E2D;&#x7684;&#x81EA;&#x7136;&#x53D1;&#x751F; 5 &#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x7F3A;&#x5931;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x548C;&#x5E73;&#x5747;&#x4F53;&#x91CD;&#x6307;&#x6570; (BMI) &#x4E0E;&#x5220;&#x9664;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x7684;&#x53D1;&#x73B0;&#x5927;&#x5927;&#x9AD8;&#x4E8E;&#x90A3;&#x4E9B;&#x6CA1;&#x6709;&#x3002;&#x62FC;&#x63A5;&#x7684;&#x8BB0;&#x8005;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x8868;&#x660E;&#x5220;&#x9664;&#x6709;&#x53EF;&#x80FD;&#x5927;&#x5927;&#x964D;&#x4F4E;&#x6B63;&#x786E;&#x62FC;&#x63A5; RGS9 &#x57FA;&#x56E0;&#x4EA7;&#x54C1;&#x7684;&#x6C34;&#x5E73;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8861;&#x91CF;&#x6743;&#x91CD;&#x7684;&#x5927;&#x9F20;&#x540E;&#x75C5;&#x6BD2;&#x5F0F;&#x8F6C;&#x5BFC;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684; RGS9-2 &#x6216;&#x7ED3;&#x6784;&#x4E0A;&#x6709;&#x5173;&#x7684; RGS &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3001; RGS7 &#x6216; RGS11&#xFF0C;&#x5728;&#x4F0F;&#x9694;&#x6838; (NAc) &#x548C;&#x89C2;&#x5BDF;&#x540E;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684; RGS9-2 &#x4F46;&#x4E0D;&#x662F; RGS7 &#x6216; 11 &#x4F53;&#x91CD;&#x4E0B;&#x964D;&#x3002;&#x76F8;&#x53CD;&#x5730;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0; RGS9 &#x57FA;&#x56E0;&#x6572;&#x9664;&#x5C0F;&#x9F20;&#x6BD4;&#x5176;&#x91CE;&#x751F;&#x578B; littermates&#xFF0C;&#x8179;&#x90E8;&#x8102;&#x80AA;&#x7684;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x660E;&#x663E;&#x504F;&#x9AD8;&#x3002;&#x7EC4;&#x6210;&#x8102;&#x80AA;&#x7EC6;&#x80DE;&#x53D1;&#x73B0;&#x6709;&#x8D85;&#x8FC7;&#x4E24;&#x500D;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x5C0F;&#x9F20;&#x7684;&#x76F8;&#x5E94;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x5E73;&#x5747;&#x622A;&#x9762;&#x79EF;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x98DF;&#x7269;&#x6444;&#x53D6;&#x91CF;&#x548C;&#x8FD0;&#x52A8;&#x6CA1;&#x6709;&#x4E24;&#x682A;&#x4E4B;&#x95F4;&#x663E;&#x8457;&#x4E0D;&#x540C;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7814;&#x7A76;&#x4E0E;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x3001; &#x5927;&#x9F20;&#x548C;&#x5C0F;&#x9F20;&#x7275;&#x8FDE; RGS9 2 &#x4F5C;&#x4E3A;&#x8C03;&#x8282;&#x4F53;&#x91CD;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;

G &#x86CB;&#x767D;&#x4FE1;&#x53F7;&#x8F6C;&#x5BFC; 9 2 &#x548C;&#x4F53;&#x91CD;&#x7684;&#x76D1;&#x7BA1;&#x8005;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5173;&#x8054;&#x3002;

Regulator of G protein signaling 9-2 (RGS9-2) is a protein that is highly enriched in the striatum, a brain region that mediates motivation, movement and reward responses. We identified a naturally occurring 5 nucleotide deletion polymorphism in the human RGS9 gene and found that the mean body mass index (BMI) of individuals with the deletion was significantly higher than those without. A splicing reporter minigene assay demonstrated that the deletion had the potential to significantly decrease the levels of correctly spliced RGS9 gene product. We measured the weights of rats after virally transduced overexpression of RGS9-2 or the structurally related RGS proteins, RGS7, or RGS11, in the nucleus accumbens (NAc) and observed a reduction in body weight after overexpression of RGS9-2 but not RGS7 or 11. Conversely, we found that the RGS9 knockout mice were heavier than their wild-type littermates and had significantly higher percentages of abdominal fat. The constituent adipocytes were found to have a mean cross-sectional area that was more than double that of corresponding cells from wild-type mice. However, food intake and locomotion were not significantly different between the two strains. These studies with humans, rats and mice implicate RGS9-2 as a factor in regulating body weight.

Association between regulator of G protein signaling 9-2 and body weight.

R&#xE9;gulateur de la prot&#xE9;ine G de signalisation 9-2 (RGS9-2) est une prot&#xE9;ine qui est hautement enrichi dans le striatum, une r&#xE9;gion du cerveau que les r&#xE9;ponses de motivation m&#xE9;diation, de mouvement et de r&#xE9;compense. Nous avons identifi&#xE9; un polymorphisme naturel 5 d&#xE9;l&#xE9;tion dans le g&#xE8;ne humain RGS9 et a constat&#xE9; que l&#x26;#39;indice de masse corporelle moyen (IMC) des personnes atteintes de la suppression a &#xE9;t&#xE9; significativement plus &#xE9;lev&#xE9;s que ceux sans. Un test minig&#xE8;ne &#xE9;pissage journaliste a d&#xE9;montr&#xE9; que la suppression avait le potentiel pour r&#xE9;duire de mani&#xE8;re significative les niveaux de correctement &#xE9;piss&#xE9; RGS9 produit du g&#xE8;ne. Nous avons mesur&#xE9; le poids des rats apr&#xE8;s un virus transduites surexpression de RGS9-2 ou les prot&#xE9;ines structurellement apparent&#xE9;es RGS, RGS7, ou RGS11, dans le noyau accumbens (NAc) et ont observ&#xE9; une r&#xE9;duction du poids corporel apr&#xE8;s la surexpression de RGS9-2 mais pas RGS7 ou 11. A l&#x26;#39;inverse, nous avons constat&#xE9; que les souris knock-out RGS9 &#xE9;taient plus lourds que leurs s&#x153;urs de type sauvage et des pourcentages significativement plus &#xE9;lev&#xE9;s de graisse abdominale. Les adipocytes constitutifs ont &#xE9;t&#xE9; trouv&#xE9;s pour avoir une moyenne surface de section transversale qui &#xE9;tait plus du double de celle des cellules correspondantes de souris de type sauvage. Cependant, l&#x26;#39;apport alimentaire et de la locomotion n&#x26;#39;&#xE9;taient pas significativement diff&#xE9;rents entre les deux souches. Ces &#xE9;tudes avec les humains, les rats et les souris impliquer RGS9-2 comme un facteur de r&#xE9;gulation du poids corporel.

Association entre le r&#xE9;gulateur de la prot&#xE9;ine G de signalisation 9-2 et du poids corporel

Regulator der G-Protein-Signalisierung 9-2 (RGS9-2) ist ein Protein, das hoch im Striatum angereichert wird, einer Hirnregion, die Motivation, Bewegung und Belohnung Antworten vermittelt. Wir ein nat&uuml;rlich vorkommendes 5 Nukleotid-L&ouml;schung-Polymorphismus im menschlichen gen RGS9 identifiziert und fand, da&szlig; der durchschnittliche Body-mass-Index (BMI) von Individuen mit der L&ouml;schung deutlich h&ouml;her als ohne. Ein Splei&szlig;en Reporter Minigene Assay nachgewiesen, dass das L&ouml;schen das Potential hatte, die Ebenen der korrekt gesplei&szlig;ten RGS9 Genprodukt erheblich zu verringern. Wir die Gewichte von Ratten nach Viral transduzierten &Uuml;berexpression von RGS9-2 die strukturverwandter RGS-Proteine, RGS7 oder RGS11, in den Nucleus Accumbens (NAc) gemessen und eine Reduzierung des K&ouml;rpergewichts nach eine &Uuml;berexpression von RGS9-2, jedoch nicht RGS7 oder 11 zu beobachten. Umgekehrt fanden wir, dass die RGS9 Knock-out-M&auml;use schwerer als ihre Wildtyp-Wurfgeschwister waren und deutlich h&ouml;here Prozents&auml;tze von Bauchfett hatten. Die konstituierenden Adipozyten wurden gefunden, die eine durchschnittliche Querschnittsfl&auml;che, die mehr als doppelt so der entsprechenden Zellen von Wildtyp M&auml;usen wurde. Nahrungsaufnahme und Fortbewegung waren jedoch nicht signifikant verschieden zwischen die beiden Sorten. Diese Studien mit Menschen, Ratten und M&auml;use implizieren RGS9-2 als Faktor bei der Regulierung des K&ouml;rpergewichts.

Assoziation zwischen Regulator der G-Protein-9-2 und K&ouml;rpergewicht zu signalisieren.

Regolatore della proteina G segnalazione 9-2 (RGS9-2) &egrave; una proteina che &egrave; altamente arricchita nello striato, una regione del cervello che media la motivazione, il movimento e le risposte di ricompensa. Abbiamo identificato un polimorfismo di eliminazione naturale 5 nucleotidi nel gene umano RGS9 e ha trovato che l&#39;indice di massa corporea medio (BMI) di individui con l&#39;eliminazione era significativamente pi&ugrave; elevato rispetto a quelli senza. Un dosaggio di minigene reporter splicing ha dimostrato che l&#39;eliminazione aveva il potenziale per ridurre in modo significativo i livelli di prodotto del gene RGS9 correttamente impiombato. Abbiamo misurato i pesi dei ratti dopo viralmente trasdotte sovraespressione di RGS9-2 o le proteine strutturalmente correlate di RGS, RGS7 o RGS11, nel nucleus accumbens (NAc) e osservato una riduzione del peso corporeo dopo la sovraespressione di RGS9-2 ma non RGS7 o 11. Al contrario, abbiamo trovato che i topi knockout RGS9 erano pi&ugrave; pesanti di loro littermates wild-type ed erano significativamente pi&ugrave; alte percentuali di grasso addominale. Gli adipociti costituenti sono stati trovati per avere un&#39;area della sezione trasversale significa che &egrave; stato pi&ugrave; che doppia di quella di celle corrispondenti da topi wild-type. Tuttavia, locomozione e assunzione di cibo non erano significativamente differenti tra i due ceppi. Questi studi con gli esseri umani, ratti e topi coinvolgono RGS9-2 come un fattore nella regolazione di peso corporeo.

Associazione tra regolatore della proteina G peso 9-2 e il corpo di segnalazione.

G&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;9-2&#xFF08;RGS9-2&#xFF09;&#x306E;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x7DDA;&#x6761;&#x4F53;&#x306B;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3001;&#x5A92;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x52D5;&#x6A5F;&#x3001;&#x904B;&#x52D5;&#x3068;&#x5831;&#x916C;&#x5FDC;&#x7B54;&#x306F;&#x3001;&#x8133;&#x9818;&#x57DF;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;RGS9&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5185;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x5929;&#x7136;&#x306E;5&#x5869;&#x57FA;&#x6B20;&#x5931;&#x591A;&#x578B;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x3001;&#x6B20;&#x5931;&#x3092;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x500B;&#x4EBA;&#x306E;&#x5E73;&#x5747;&#x4F53;&#x683C;&#x6307;&#x6570;&#xFF08;BMI&#xFF09;&#x304C;&#x306A;&#x3044;&#x3082;&#x306E;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x6709;&#x610F;&#x306B;&#x9AD8;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30EC;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x30DF;&#x30CB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30A2;&#x30C3;&#x30BB;&#x30A4;&#x306F;&#x6B20;&#x5931;&#x304C;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x6B63;&#x3057;&#x304F;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;RGS9&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3092;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;RGS9-2&#x306E;&#x904E;&#x5270;&#x767A;&#x73FE;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x5074;&#x5750;&#x6838;&#xFF08;NAC&#xFF09;&#x3067;&#x69CB;&#x9020;&#x7684;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;RGS&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3001;RGS7&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;RGS11&#x3092;&#x5C0E;&#x5165;&#x3057;&#x3001;RGS9-2&#x306E;&#x904E;&#x5270;&#x767A;&#x73FE;&#x3057;&#x305F;&#x5F8C;&#x306B;&#x4F53;&#x91CD;&#x306E;&#x6E1B;&#x5C11;&#x304C;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3055;&#x308C;&#x306A;&#x304F;RGS7&#x3057;&#x305F;&#x5F8C;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x30E9;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x91CD;&#x91CF;&#x3092;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;11&#x3002;&#x9006;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;RGS9&#x30CE;&#x30C3;&#x30AF;&#x30A2;&#x30A6;&#x30C8;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x306F;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x540C;&#x8179;&#x5B50;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x91CD;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3068;&#x8179;&#x90E8;&#x8102;&#x80AA;&#x306E;&#x6709;&#x610F;&#x306B;&#x9AD8;&#x3044;&#x5272;&#x5408;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x5206;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x6210;&#x5206;&#x8102;&#x80AA;&#x7D30;&#x80DE;&#x306F;&#x3001;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x30BB;&#x30EB;&#x306E;&#x305D;&#x308C;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x4E8C;&#x91CD;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x5E73;&#x5747;&#x65AD;&#x9762;&#x7A4D;&#x3092;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x5224;&#x660E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x98DF;&#x7269;&#x6442;&#x53D6;&#x3068;&#x904B;&#x52D5;&#x306F;&#x3001;2&#x3064;&#x306E;&#x7CFB;&#x7D71;&#x9593;&#x306B;&#x6709;&#x610F;&#x5DEE;&#x306F;&#x8A8D;&#x3081;&#x3089;&#x308C;&#x306A;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x30D2;&#x30C8;&#x3001;&#x30E9;&#x30C3;&#x30C8;&#x53CA;&#x3073;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x4F53;&#x91CD;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x56E0;&#x5B50;&#x3068;&#x3057;&#x3066;RGS9-2&#x3092;&#x5DFB;&#x304D;&#x8FBC;&#x3080;&#x3002;

G&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;9-2&#x306E;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30BF;&#x3068;&#x4F53;&#x91CD;&#x3068;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;

9-2 (RGS9-2)&#xC744; &#xC2E0;&#xD638; &#xD558;&#xB294; G &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130;&#xB294;&#xAC00;&#xC5D0; &#xACE0;&#xB3C4;&#xB85C; &#xB18D;&#xCD95; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;, &#xB3D9;&#xAE30; &#xBD80;&#xC5EC;, &#xC6B4;&#xB3D9; &#xBC0F; &#xBCF4;&#xC0C1; &#xC751;&#xB2F5;&#xC744; &#xC911;&#xC7AC; &#xD558;&#xB294; &#xB1CC; &#xC601;&#xC5ED; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; RGS9 &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xC790;&#xC5F0;&#xC2A4;&#xB7FD; &#xAC8C; &#xBC1C;&#xC0DD; 5 &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xC0AD;&#xC81C; &#xB2E4;&#xD615;&#xC131;&#xC744; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; &#xC0AD;&#xC81C;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xAC1C;&#xC778;&#xC758; &#xD3C9;&#xADE0; &#xCCB4; &#xC9C8;&#xB7C9; &#xC9C0; &#xC218; (BMI)&#xB294; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xACE0; &#xADF8; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xD6E8;&#xC52C; &#xB354; &#xB192;&#xC740; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xC811;&#xD569; &#xAE30;&#xC790; minigene &#xBD84;&#xC11D; &#xACB0;&#xACFC; &#xC0AD;&#xC81C; &#xC81C;&#xB300;&#xB85C; &#xC811;&#xD569;&#xB41C; RGS9 &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC81C;&#xD488;&#xC758; &#xB808;&#xBCA8;&#xC744; &#xD06C;&#xAC8C; &#xAC10;&#xC18C; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xC788;&#xB2E4;&#xACE0; &#xC124;&#xBA85; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xD575; accumbens (NAc)&#xC5D0; virally transduced overexpression RGS9-2 &#xB610;&#xB294; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD00;&#xB828;&#xB41C; RGS &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;, RGS7, &#xB610;&#xB294; RGS11, &#xD6C4; &#xC950;&#xC758; &#xBB34;&#xAC8C;&#xB97C; &#xCE21;&#xC815; &#xD558; &#xACE0; overexpression &#xD558;&#xC9C0; RGS7 &#xB610;&#xB294; 11&#xB9CC; RGS9-2 &#xD6C4; &#xBAB8; &#xBB34;&#xAC8C;&#xC758; &#xAC10;&#xC18C;&#xB97C; &#xAD00;&#xCC30; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBC18;&#xB300;&#xB85C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xBC1C;&#xACAC; RGS9 &#xB179;&#xC544;&#xC6C3; &#xC950; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC57C;&#xC0DD;-&#xD0C0;&#xC785; littermates &#xBCF4;&#xB2E4; &#xBB34;&#xAC70;&#xC6B4; &#xB418;&#xC5C8;&#xACE0; &#xBCF5; &#xBD80; &#xC9C0;&#xBC29;&#xC758; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD788; &#xB192;&#xC740; &#xBE44;&#xC728;&#xC744; &#xD588;&#xB2E4;. &#xAD6C;&#xC131; adipocytes &#xD3C9;&#xADE0; &#xB2E8;&#xBA74;&#xC801;&#xC740; double &#xC57C;&#xC0DD;-&#xD0C0;&#xC785; &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD574;&#xB2F9; &#xC140;&#xC744; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB354; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC74C;&#xC2DD; &#xC12D;&#xCDE8;&#xC640; &#xC6B4;&#xB3D9;&#xC744; &#xD06C;&#xAC8C; &#xB450; &#xAE34;&#xC7A5; &#xC0AC;&#xC774; &#xB2E4; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740;. &#xC778;&#xAC04;, &#xC950;, &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB294; &#xCCB4;&#xC911; &#xC870;&#xC808;&#xC5D0; &#xC694;&#xC778;&#xC73C;&#xB85C; RGS9 2 &#xC5F0;&#xB8E8;.

9-2&#xACFC; &#xCCB4;&#xC911;&#xC744; &#xC2E0;&#xD638; &#xD558;&#xB294; G &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130; &#xAC04;&#xC758; &#xC5F0;&#xACB0;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Regulador de la prote&#xED;na G de se&#xF1;alizaci&#xF3;n 9-2 (RGS9-2) es una prote&#xED;na que est&#xE1; altamente enriquecido en el cuerpo estriado, una regi&#xF3;n del cerebro que las respuestas de la motivaci&#xF3;n de media, el movimiento y la recompensa. Hemos identificado una forma natural de cinco polimorfismos nucle&#xF3;tidos eliminaci&#xF3;n en el ser humano RGS9 gen y encontraron que el &#xED;ndice de masa corporal (IMC) medio de las personas con la supresi&#xF3;n fue significativamente mayor que los que no. Un reportero de corte y empalme de ensayo minigene demostrado que la supresi&#xF3;n ten&#xED;a el potencial de disminuir significativamente los niveles de producto g&#xE9;nico correctamente empalmados RGS9. Se midi&#xF3; el peso de las ratas despu&#xE9;s de la sobreexpresi&#xF3;n de forma viral transducidas RGS9-2 o las prote&#xED;nas RGS estructuralmente relacionados, RGS7 o RGS11, en el n&#xFA;cleo accumbens (NAC) y se observ&#xF3; una reducci&#xF3;n en el peso corporal despu&#xE9;s de la sobreexpresi&#xF3;n de RGS9-2, pero no RGS7 o 11. Por el contrario, se encontr&#xF3; que los ratones knock-out RGS9 eran m&#xE1;s pesados &#x200B;&#x200B;que sus compa&#xF1;eros de camada de tipo salvaje y tuvo porcentajes significativamente m&#xE1;s altos de grasa abdominal. Los adipocitos constituyentes se encontr&#xF3; que ten&#xED;an una media de &#xE1;rea de secci&#xF3;n transversal que fue m&#xE1;s del doble que el de las c&#xE9;lulas correspondientes de ratones de tipo salvaje. Sin embargo, la ingesta de alimentos y la locomoci&#xF3;n no fueron significativamente diferentes entre las dos cepas. Estos estudios con seres humanos, ratas y ratones implicar RGS9-2 como un factor en la regulaci&#xF3;n del peso corporal.

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William G. Fairbrother

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