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Recording Multicellular Behavior in <em>Myxococcus xanthus</em> Biofilms using Time-lapse Microcinematography

A swarm of the &delta;-proteobacterium Myxococcus xanthus contains millions of cells that act as a collective, coordinating movement through a series of ...

Syracuse University

&#x6572;&#x7684;&#x591A;&#x7EC6;&#x80DE;&#x53D1;&#x80B2;&#x5468;&#x671F;&#x9700;&#x8981;&#x5927;&#x89C4;&#x6A21;&#x57FA;&#x56E0;&#x8F6C;&#x5F55;&#x53D8;&#x5316;&#x548C;&#x6700;&#x8FD1;&#x7684;&#x8C03;&#x67E5;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x7C7B;&#x4F3C; NtrC &#x7684;&#x6D3B;&#x5316;&#x5242;&#x65B9;&#x9762;&#x53D1;&#x6325;&#x4E86;&#x7A81;&#x51FA;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x5728;&#x89C4;&#x7BA1;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x66F4;&#x6539;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D6;&#x5F97; 28 &#x65E0;&#x7684;&#x7C7B;&#x4F3C; ntrC &#x7684;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x5242; (nla) &#x57FA;&#x56E0;&#x63D2;&#x5165;&#xFF0C;&#x5E76;&#x53D1;&#x73B0;&#x516B;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x63D2;&#x5165;&#x5BFC;&#x81F4;&#x53D1;&#x80B2;&#x7F3A;&#x9677;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x90FD;&#x7B26;&#x5408; M.&#x6851;&#x7D22;&#x65AF;&#x4E00;&#x7CFB;&#x5217;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x7C7B;&#x4F3C; NtrC &#x7684;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4E2D;&#x4F7F;&#x7528;&#x7ED3;&#x5B9E;&#x8EAB;&#x4F53;&#x53D1;&#x80B2;&#x7684;&#x60F3;&#x6CD5;&#x3002;&#x56DB;&#x516B;&#x53D1;&#x80B2;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86;&#x6709;&#x52A8;&#x529B;&#x7684;&#x7F3A;&#x9677;&#x3002;Nla1&#x3001; nla19 &#x548C; nla23 &#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x663E;&#x793A; S &#x52A8;&#x529B;&#x7684;&#x7F3A;&#x9677;&#xFF0C;&#x800C; nla24 &#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x4E2D; S &#x52A8;&#x529B;&#x548C; A &#x52A8;&#x529B;&#x663E;&#x793A;&#x7F3A;&#x9677;&#x3002;&#x5728;&#x53D1;&#x5C55;&#x4E2D;&#xFF0C;nla1&#xFF0C;nla19 &#x548C; nla23 &#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x7684;&#x805A;&#x5408;&#x7A0D;&#x6709;&#x5EF6;&#x8FDF;&#x548C; nla24 &#x7A81;&#x53D8;&#x5E76;&#x6CA1;&#x6709;&#x805A;&#x5408;&#x6216;&#x4EA7;&#x5B62;&#x91CF;&#x53D8;&#x5316;&#x7684;&#x8FF9;&#x8C61;&#x3002;Nla4&#x3001; nla6&#x3001; nla18&#x3001; nla28 &#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x7684;&#x52A8;&#x529B;&#xFF0C;&#x6709;&#x6CA1;&#x6709;&#x660E;&#x663E;&#x7684;&#x635F;&#x5931;&#xFF0C;&#x4F46;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x5931;&#x8D25;&#x3001; &#x5411;&#x805A;&#x5408;&#x901A;&#x5E38;&#x5B62;&#x5B50;&#x3002;Nla18 &#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x5C5E;&#x4E8E;&#x4E00;&#x7C7B;&#x7279;&#x6B8A;&#x7684;&#x53D1;&#x80B2;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x53EF;&#x4EE5;&#x6551;&#x51FA;&#x5176;&#x7F3A;&#x9677;&#xFF0C;&#x5F53;&#x4ED6;&#x4EEC; codeveloped &#x4E0E;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x7EC6;&#x80DE;&#xFF0C;&#x6697;&#x793A;&#x8BE5; nla18 &#x672A;&#x80FD;&#x51FA;&#x793A;&#x53D1;&#x5C55;&#x6240;&#x9700;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x4FE1;&#x53F7;&#x3002;&#x4E09;&#x4E2A;&#x5176;&#x4F59;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x5242;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x3001; nla4&#x3001; nla6 &#x548C; nla28&#xFF0C;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x6CA1;&#x6709;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x578B;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x7EC6;&#x80DE;&#x53D1;&#x80B2;&#x4FE1;&#x53F7;&#x4E2D;&#x7684;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x4E4B;&#x5904;&#x3002;

&#x5168;&#x7403;&#x7684;&#x7C7B;&#x4F3C; NtrC &#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x6D3B;&#x5316;&#x7A81;&#x53D8;&#x5206;&#x6790;&#xFF1A; &#x627E;&#x51FA;&#x52A8;&#x529B;&#x548C;&#x7ED3;&#x5B9E;&#x8EAB;&#x4F53;&#x53D1;&#x5C55;&#x7684;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x5242;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x7F3A;&#x9677;&#x3002;

The multicellular developmental cycle of Myxococcus xanthus requires large-scale changes in gene transcription, and recent findings indicate that NtrC-like activators play a prominent role in regulating these changes. In this study, we made insertions in 28 uncharacterized ntrC-like activator (nla) genes and found that eight of these insertions cause developmental defects. Hence, these results are consistent with the idea that M. xanthus uses a series of different NtrC-like activators during fruiting body development. Four of the eight developmental mutants we identified have motility defects. The nla1, nla19, and nla23 mutants show S-motility defects, while the nla24 mutant shows defects in both S-motility and A-motility. During development, aggregation of the nla1, nla19, and nla23 mutants is delayed slightly and the nla24 mutant shows no signs of aggregation or sporulation. The nla4, nla6, nla18, and nla28 mutants have no appreciable loss in motility, but they fail to aggregate and to sporulate normally. The nla18 mutant belongs to a special class of developmental mutants whose defects can be rescued when they are codeveloped with wild-type cells, suggesting that nla18 fails to produce a cell-cell signal required for development. The three remaining activator mutants, nla4, nla6, and nla28, appear to have complex developmental phenotypes that include deficiencies in cell-cell developmental signals.

Global mutational analysis of NtrC-like activators in Myxococcus xanthus: identifying activator mutants defective for motility and fruiting body development.

Le cycle de d&#xE9;veloppement multicellulaire de Myxococcus xanthus exige des changements d&#x26;#39;envergure dans la transcription des g&#xE8;nes, et les d&#xE9;couvertes r&#xE9;centes indiquent que NtrC-activateurs comme jouer un r&#xF4;le de premier plan dans la r&#xE9;gulation de ces changements. Dans cette &#xE9;tude, nous avons fait des insertions dans 28 non caract&#xE9;ris&#xE9;s comme activateur ntrC-(NLA) g&#xE8;nes et a constat&#xE9; que huit de ces insertions provoquer des anomalies du d&#xE9;veloppement. Par cons&#xE9;quent, ces r&#xE9;sultats sont coh&#xE9;rents avec l&#x26;#39;id&#xE9;e que M. xanthus utilise une s&#xE9;rie de diff&#xE9;rents NtrC-activateurs comme au cours du d&#xE9;veloppement du corps fructif&#xE8;re. Quatre des huit mutants de d&#xE9;veloppement que nous avons identifi&#xE9;es pr&#xE9;sentent des d&#xE9;fauts de motilit&#xE9;. Le mutants nla1, nla19, et nla23 montrent S-motilit&#xE9; d&#xE9;fauts, tandis que les d&#xE9;fauts nla24 spectacles mutantes &#xE0; la fois dans S-motilit&#xE9; et une motilit&#xE9;-. Au cours du d&#xE9;veloppement, l&#x26;#39;agr&#xE9;gation de l&#x26;#39;nla1, nla19, et nla23 mutants est l&#xE9;g&#xE8;rement retard&#xE9;e et le mutant nla24 ne montre aucun signe d&#x26;#39;agr&#xE9;gation ou de la sporulation. Le mutants nla4, nla6, nla18, et nla28 n&#x26;#39;ont pas de perte appr&#xE9;ciable de la motilit&#xE9;, mais ils ne parviennent pas &#xE0; agr&#xE9;ger et &#xE0; sporuler normalement. Le mutant nla18 appartient &#xE0; une classe particuli&#xE8;re de mutants de d&#xE9;veloppement dont les d&#xE9;fauts peuvent &#xEA;tre sauv&#xE9;s quand ils sont co-d&#xE9;velopp&#xE9; avec cellules de type sauvage, ce qui sugg&#xE8;re que nla18 ne parvient pas &#xE0; produire un signal de cellule &#xE0; cellule n&#xE9;cessaire pour le d&#xE9;veloppement. Les trois autres mutants, des activateurs, des nla4 nla6 et nla28, semblent avoir complexes ph&#xE9;notypes de d&#xE9;veloppement qui incluent des lacunes dans la cellule-cellule signaux de d&#xE9;veloppement.

Mondial analyse mutationnelle de NtrC-comme activateurs de Myxococcus Xanthos: identification de mutants d&#xE9;fectueux Activator pour la motilit&#xE9; et le d&#xE9;veloppement fructification

Globale Mutationsanalyse NtrC-Aktivatoren wie in Myxococcus xanthus: Identifizierung von Mutanten mit Defekten Aktivator f&#xFC;r Motilit&#xE4;t und Fruchtk&#xF6;rper Entwicklung.

Il ciclo di sviluppo multicellulare di Myxococcus xanthus richiede cambiamenti su larga scala nella trascrizione del gene, e recenti scoperte indicano che gli attivatori NtrC-come giocano un ruolo prominente nella regolazione di questi cambiamenti. In questo studio, abbiamo fatto gli inserimenti in 28 geni atipici ntrC-come attivatore (nla) e trovato che otto di questi inserimenti causare difetti di sviluppo. Quindi, questi risultati sono coerenti con l&#39;idea che M. xanthus utilizza una serie di diversi attivatori NtrC-come durante lo sviluppo del corpo fruttifero. Quattro delle otto mutanti dello sviluppo che abbiamo individuato sono difetti di motilit&agrave;. I mutanti nla1, nla19 e nla23 mostrano difetti S-motilit&agrave;, mentre il mutante nla24 mostra difetti di motilit&agrave; A e S-motilit&agrave;. Durante lo sviluppo, aggregazione dei mutanti nla1, nla19 e nla23 &egrave; leggermente ritardato e il mutante nla24 non mostra segni di aggregazione o sporulazione. I mutanti nla4, nla6, nla18 e nla28 non hanno alcuna apprezzabile perdita di motilit&agrave;, ma non riescono ad aggregare e a sporulare normalmente. Il mutante nla18 appartiene a una classe speciale di mutanti dello sviluppo cui difetti possono essere salvati, quando essi sono cosviluppati con selvaggio-tipo celle, suggerendo che nla18 non riesce a produrre un segnale cellula-cellula necessario per lo sviluppo. I tre restanti mutanti attivatore, nla4, nla6 e nla28, sembrano avere fenotipi complessi dello sviluppo che includono deficienze in developmental segnali cellula-cellula.

Analisi mutazionale globale di NtrC-come attivatori in Myxococcus xanthus: identificazione difettosi mutanti attivatore per lo sviluppo del corpo fruttifero e motilit&agrave;.

Myxococcus xanthus&#x306E;&#x591A;&#x767A;&#x9054;&#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB;&#x306F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x8EE2;&#x5199;&#x306E;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x5909;&#x66F4;&#x3092;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x3057;&#x3001;&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x77E5;&#x898B;&#x3067;&#x306F;NtrC&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x304C;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5909;&#x66F4;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x679C;&#x305F;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x3053;&#x3067;&#x3001;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;28&#x672A;&#x77E5;ntrC&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x56E0;&#x5B50;&#xFF08;NLA&#xFF09;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x633F;&#x5165;&#x3092;&#x884C;&#x3044;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x633F;&#x5165;&#x306E;8&#x3064;&#x306E;&#x767A;&#x9054;&#x969C;&#x5BB3;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3059;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;M. xanthus&#x306F;&#x3001;&#x5B50;&#x5B9F;&#x4F53;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x6642;&#x306B;&#x7570;&#x306A;&#x308B;NtrC&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x30B7;&#x30EA;&#x30FC;&#x30BA;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x3044;&#x3046;&#x8003;&#x3048;&#x3068;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x304C;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;8&#x306E;&#x767A;&#x9054;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;4&#x3064;&#x306F;&#x904B;&#x52D5;&#x6027;&#x306E;&#x6B20;&#x9665;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; nla1&#x3001;nla19&#x3001;&#x3068;nla23&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;S-&#x904B;&#x52D5;&#x3068;&#x3001;&#x904B;&#x52D5;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3067;nla24&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x6B20;&#x9665;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x3001;S-&#x904B;&#x52D5;&#x6B20;&#x9665;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; nla1&#x3001;nla19&#x3001;&#x3068;nla23&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x3001;&#x51DD;&#x96C6;&#x6642;&#x306B;&#x308F;&#x305A;&#x304B;&#x306B;&#x9045;&#x308C;&#x3066;nla24&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;&#x51DD;&#x96C6;&#x3084;&#x80DE;&#x5B50;&#x5F62;&#x6210;&#x306E;&#x5146;&#x5019;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002; nla4&#x3001;nla6&#x3001;nla18&#x3001;&#x3068;nla28&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;&#x904B;&#x52D5;&#x6027;&#x306B;&#x306F;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x306E;&#x640D;&#x5931;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x304C;&#x3001;&#x5F7C;&#x3089;&#x306F;&#x3001;&#x96C6;&#x7D04;&#x306B;&#x5931;&#x6557;&#x3057;&#x3001;&#x6B63;&#x5E38;&#x306B;&#x80DE;&#x5B50;&#x5F62;&#x6210;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002; nla18&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;&#x6B20;&#x9665;&#x306F;&#x3001;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x306E;&#x5171;&#x540C;&#x958B;&#x767A;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x5834;&#x5408;nla18&#x306F;&#x3001;&#x958B;&#x767A;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x306A;&#x7D30;&#x80DE;&#x9593;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x306E;&#x751F;&#x6210;&#x306B;&#x5931;&#x6557;&#x3057;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3001;&#x6551;&#x51FA;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x3001;&#x767A;&#x9054;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;&#x7279;&#x6B8A;&#x306A;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x306B;&#x5C5E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6B8B;&#x308A;&#x306E;3&#x3064;&#x306E;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x3001;nla4&#x3001;nla6&#x3001;&#x3068;nla28&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE; - &#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x767A;&#x9054;&#x4FE1;&#x53F7;&#x306E;&#x6B20;&#x9665;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x767A;&#x9054;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x898B;&#x3048;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Myxococcus Xanthus&#x306B;NtrC&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#x306A;&#x5909;&#x7570;&#x5206;&#x6790;&#xFF1A;&#x904B;&#x52D5;&#x3068;&#x5B50;&#x5B9F;&#x4F53;&#x958B;&#x767A;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x4E0D;&#x826F;Activator&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;

Myxococcus xanthus&#xC758; &#xB2E4;&#xC138;&#xD3EC; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xC8FC;&#xAE30; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC804;&#xC0AC;&#xC758; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; &#xBCC0;&#xD654;&#xB97C; &#xC694;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xCD5C;&#xADFC; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; NtrC &#xAC19;&#xC740; &#xD65C;&#xC131;&#xC774;&#xC774; &#xBCC0;&#xD654; &#xC870;&#xC808;&#xC5D0; &#xB450;&#xB4DC;&#xB7EC;&#xC9C4; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB294; 28 &#xC0C8;&#xB86D;&#xAC70;&#xB098; ntrC &#xAC19;&#xC740; &#xD65C;&#xC131;&#xAE30; (nla) &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xC0BD;&#xC785; &#xD588;&#xB2E4; &#xD558; &#xACE0; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC0BD;&#xC785;&#xC758; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xACB0;&#xD568; &#xC6D0;&#xC778; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; M. &#xD06C;&#xC0B0;&#xD1A0;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB294; &#xB2E4;&#xB978; NtrC &#xAC19;&#xC740; &#xD65C;&#xC131; &#xC81C; &#xC2DC;&#xB9AC;&#xC988; fruiting &#xBAB8;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xC544;&#xC774;&#xB514;&#xC5B4;&#xC640; &#xC77C;&#xCE58; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. 4 &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; 8 &#xBA85;&#xC758; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC758; &#xC6B4;&#xB3D9; &#xC131; &#xACB0;&#xD568;&#xC744; &#xAC16;&#xC73C;&#xC2ED;&#xC2DC;&#xC624;. Nla1, nla19, &#xBC0F; nla23 &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; nla24 &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; S-&#xC6B4;&#xB3D9; &#xC131; &#xBC0F; A &#xC6B4;&#xB3D9; &#xC131; &#xACB0;&#xD568;&#xC744; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; S-&#xC6B4;&#xB3D9; &#xC131; &#xACB0;&#xD568;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; nla1, nla19, &#xBC0F; nla23 &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC57D;&#xAC04; &#xC9C0;&#xC5F0; &#xB418; &#xACE0; nla24 &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC9D1;&#xACC4; &#xB610;&#xB294; &#xD3EC;&#xC790; &#xD615;&#xC131;&#xC758; &#xD754;&#xC801;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. Nla4, nla6, nla18, &#xBC0F; nla28 &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC6B4;&#xB3D9; &#xC131;, &#xC190;&#xC2E4; &#xC5C6;&#xC774; &#xAC10;&#xC9C0;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xBABB;&#xD558;&#xB294; &#xC9D1;&#xACC4;&#xB97C; &#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; sporulate. Nla18 &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC57C;&#xC0DD;-&#xD0C0;&#xC785; &#xC140;&#xACFC; codeveloped&#xB294; &#xB54C; &#xB204;&#xAD6C;&#xC758; &#xACB0;&#xD568; &#xAD6C;&#xC870; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; nla18 &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC5D0; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xC140; &#xC2E0;&#xD638; &#xC0DD;&#xC131; &#xC2E4;&#xD328;&#xC758; &#xD2B9;&#xBCC4; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC18D;&#xD55C;&#xB2E4;. 3 &#xB0A8;&#xC740; &#xD65C;&#xC131; &#xC81C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;, nla4, nla6, &#xBC0F; nla28, &#xC140; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xC2E0;&#xD638;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACB0;&#xD568;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xACE0;&#xAE30;&#xB97C;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0A9;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Myxococcus xanthus&#xC758; NtrC &#xAC19;&#xC740; &#xD65C;&#xC131;&#xC758; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; mutational &#xBD84;&#xC11D;: fruiting &#xBAB8;&#xACFC; &#xC6B4;&#xB3D9; &#xC131; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xD65C;&#xC131; &#xC81C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xACB0;&#xD568;&#xC744; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

El ciclo de desarrollo de los pluricelulares Myxococcus xanthus requiere grandes cambios en la transcripci&#xF3;n de genes, y los hallazgos recientes indican que NtrC-como activadores de desempe&#xF1;ar un papel destacado en la regulaci&#xF3;n de estos cambios. En este estudio, realizado inserciones en 28 uncharacterized NtrC-como activador (NLA) los genes y se encontr&#xF3; que ocho de estas inserciones causar defectos en el desarrollo. Por lo tanto, estos resultados son consistentes con la idea de que M. xanthus utiliza una serie de diferentes NtrC-como activadores durante el desarrollo fructificaci&#xF3;n cuerpo. Cuatro de los ocho mutantes de desarrollo que hemos identificado tienen defectos de la motilidad. El nla1 mutantes, nla19 y nla23 muestran motilidad S-defectos, mientras que los defectos nla24 espect&#xE1;culos mutantes, tanto en S-motilidad y la motilidad. Durante el desarrollo, la agregaci&#xF3;n de la nla1, nla19, y los mutantes nla23 se retrasa ligeramente y el mutante nla24 no muestra signos de agregaci&#xF3;n o esporulaci&#xF3;n. El nla4 mutantes, nla6, nla18 y nla28 no tienen p&#xE9;rdida apreciable en la motilidad, pero no para agregar y para esporular normalmente. El mutante nla18 pertenece a una clase especial de mutantes de desarrollo cuyos defectos pueden ser rescatado cuando son co-desarrollado con c&#xE9;lulas de tipo salvaje, lo que sugiere que nla18 falla para producir una se&#xF1;al de c&#xE9;lula-c&#xE9;lula requiere para el desarrollo. Los tres restantes mutantes activador, nla4, los nla6 y nla28, parecen tener complejos fenotipos de desarrollo que incluyen deficiencias en las se&#xF1;ales de c&#xE9;lula-c&#xE9;lula de desarrollo.

An&#xE1;lisis Global mutacional de NtrC-como activadores en Myxococcus Janto: Identificaci&#xF3;n de mutantes defectuosos Activador de Movilidad y Desarrollo cuerpo fruct&#xED;fero

&#x641C;&#x7D22; M1genome &#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D; 97%&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x786E;&#x5B9A;&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E8E; sigma54 &#x7684;&#x589E;&#x5F3A;&#x5B50;&#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; (&#x820D;) 53 &#x5E8F;&#x5217;&#x540C;&#x6E90;&#x3002;DNA &#x5FAE;&#x9635;&#x5217;&#x4ECE;&#x5305;&#x542B;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x540C;&#x6E90;&#x53CA; 318 &#x5176;&#x4ED6; M.M1genome &#x6784;&#x9020;&#x534E;&#x7535;&#x7535;&#x5B50;&#x57FA;&#x56E0;&#x8FDB;&#x884C;&#x6BD4;&#x8F83;&#x3002;&#x5C4F;&#x5E55;&#x4E0E;&#x6B64;&#x6570;&#x7EC4;&#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x7A0B;&#x5E8F;&#xFF0C;RNA &#x63D0;&#x53D6;&#x7269;&#x751F;&#x957F;&#x7EC6;&#x80DE;&#x88AB;&#x76F8;&#x6BD4;&#x8FD8;&#x6CA1;&#x6709;&#x51C6;&#x5907;&#x597D;&#x4ECE;&#x53D1;&#x5C55;&#x4E2D;&#x56FD;&#x5BB6;&#x5728; 12 h &#x7EC6;&#x80DE;&#x3002;&#x4EE5;&#x524D;&#x8BB0;&#x8005;&#x7814;&#x7A76;&#x8868;&#x660E; M.&#x6851;&#x7D22;&#x65AF;&#x5DF2;&#x5F00;&#x59CB;&#x53D1;&#x5C55;&#x5E76;&#x5DF2;&#x5F00;&#x59CB;&#x7531; 12 h &#x8868;&#x793A;&#x8BB8;&#x591A;&#x53D1;&#x80B2;&#x8C03;&#x8282;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x6BD4;&#x8F83;&#x663E;&#x793A; 11 &#x53EF;&#x80FD;&#x5BF9;&#x73AF;&#x5883;&#x523A;&#x6FC0;&#x4F5C;&#x51FA;&#x53CD;&#x5E94;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x6C34;&#x5E73;&#x5927;&#x5E45;&#x4E0A;&#x5347;&#x3002;53 EBP &#x540C;&#x7CFB;&#x7269;&#x7684;&#x516D;&#x4E2A;&#x6709;&#x4EBA;&#x5728; 12 h &#x7684;&#x751F;&#x957F;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x6BD4;&#x53D1;&#x5C55;&#x663E;&#x8457;&#x8F83;&#x9AD8;&#x7684;&#x7EA7;&#x522B;&#x3002;&#x4E09;&#x662F;&#x4EE5;&#x524D;&#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x548C;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x88AB;&#x706D;&#x6D3B;&#x5BFB;&#x627E;&#x5BF9;&#x7ED3;&#x5B9E;&#x8EAB;&#x4F53;&#x53D1;&#x80B2;&#x7684;&#x5F71;&#x54CD;&#x3002;&#x4E00;&#x6572;&#x9664;&#x7A81;&#x53D8;&#x4EA7;&#x751F;&#x53D6;&#x51B3;&#x4E8E;&#x4ECB;&#x8D28;&#x7684;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x4E0D;&#x89C4;&#x5219;&#x5F62;&#x72B6;&#x7684;&#x72B6;&#x5B50;&#x3002;

Sigma54 &#x589E;&#x5F3A;&#x5B50;&#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x548C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7ED3;&#x5B9E;&#x8EAB;&#x4F53;&#x53D1;&#x80B2;&#x3002;

A search of the M1genome sequence, which includes 97% of the Myxococcus xanthus genes, identified 53 sequence homologs of sigma54-dependent enhancer binding proteins (EBPs). A DNA microarray was constructed from the M1genome that includes those homologs and 318 other M. xanthus genes for comparison. To screen the developmental program with this array, an RNA extract from growing cells was compared with one prepared from developing cells at 12 h. Previous reporter studies had shown that M. xanthus has initiated development and has begun to express many developmentally regulated genes by 12 h. The comparison revealed substantial increases in the expression levels of 11 transcription factors that may respond to environmental stimuli. Six of the 53 EBP homologs were expressed at significantly higher levels at 12 h of development than during growth. Three were previously unknown genes, and they were inactivated to look for effects on fruiting body development. One knockout mutant produced fruiting bodies of abnormal shape that depended on the composition of the medium.

Sigma54 enhancer binding proteins and Myxococcus xanthus fruiting body development.

Une recherche de la s&#xE9;quence M1genome, qui comprend 97% des g&#xE8;nes xanthus Myxococcus, a recens&#xE9; 53 homologues de s&#xE9;quences de prot&#xE9;ines activatrices sigma54-d&#xE9;pendants contraignantes (EBP). Un micror&#xE9;seau d&#x26;#39;ADN a &#xE9;t&#xE9; construit &#xE0; partir du M1genome qui comprend ces homologues et 318 autres g&#xE8;nes de M. xanthus des fins de comparaison. Pour d&#xE9;pister le programme de d&#xE9;veloppement avec ce tableau, un extrait d&#x26;#39;ARN &#xE0; partir de cellules de culture a &#xE9;t&#xE9; compar&#xE9; &#xE0; celui pr&#xE9;par&#xE9; &#xE0; partir de d&#xE9;velopper des cellules &#xE0; 12 h. Des &#xE9;tudes ant&#xE9;rieures avaient montr&#xE9; journaliste que M. xanthus a initi&#xE9; le d&#xE9;veloppement et a commenc&#xE9; &#xE0; exprimer de nombreux g&#xE8;nes r&#xE9;gul&#xE9;s par le d&#xE9;veloppement de 12 h. La comparaison a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; des augmentations substantielles dans les niveaux d&#x26;#39;expression de 11 facteurs de transcription qui peuvent r&#xE9;pondre &#xE0; des stimuli environnementaux. Six des 53 homologues RASE ont &#xE9;t&#xE9; exprim&#xE9;s &#xE0; des niveaux significativement plus &#xE9;lev&#xE9;s &#xE0; 12 h de d&#xE9;veloppement que pendant la croissance. Trois &#xE9;taient des g&#xE8;nes pr&#xE9;c&#xE9;demment inconnus, et ils ont &#xE9;t&#xE9; inactiv&#xE9;s &#xE0; regarder pour les effets sur le d&#xE9;veloppement du corps fructif&#xE8;re. Un knock-out mutantes fructifications produites de forme anormale qui d&#xE9;pendaient de la composition du milieu.

Sigma54 Enhancer prot&#xE9;ines de liaison et Myxococcus Xanthus d&#xE9;veloppement fructification

Sigma54 Enhancer bindende Proteine &#x200B;&#x200B;und xanthus Fruchtk&#xF6;rper Entwicklung.

Una ricerca della sequenza M1genome, che comprende il 97% dei geni Myxococcus xanthus, identificato 53 omologhi di sequenza di sigma54-dipendente enhancer binding proteins (EBP). Un microarray del DNA &egrave; stato costruito da M1genome che include quelli omologhi e 318 altri M. geni xanthus per confronto. Per schermo il programma di sviluppo con questa matrice, un Estratto di RNA da cellule in crescita &egrave; stato confrontato con uno preparato dallo sviluppo di celle a 12 h. Studi precedenti reporter avevano mostrato che M. xanthus ha avviato lo sviluppo e ha cominciato a esprimere molti geni inerente allo sviluppo di 12 h. Il confronto ha rivelato sostanziali aumenti dei livelli di espressione di 11 fattori di trascrizione che possono rispondere a stimoli ambientali. I 53 omologhi EBP e sei sono stati espressi a livelli significativamente superiori a 12 h di sviluppo che durante la crescita. Tre erano geni precedentemente sconosciuti, e sono stati inattivati per cercare effetti sullo sviluppo del corpo fruttifero. Un mutante knockout prodotto corpi fruttiferi di forma anormale che dipendeva dalla composizione del mezzo.

Sigma54 enhancer binding proteins e lo sviluppo del corpo fruttifero xanthus di Myxococcus.

Myxococcus xanthus&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;97&#xFF05;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;M1genome&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x691C;&#x7D22;&#x306B;&#x306F;&#x3001;sigma54&#x4F9D;&#x5B58;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#xFF08;EBPS&#xFF09;53&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x76F8;&#x540C;&#x4F53;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002; DNA&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x306F;&#x3001;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x540C;&#x65CF;&#x4F53;&#x53CA;&#x3073;318&#x4ED6;&#x306E;M. xanthus&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;M1genome&#x304B;&#x3089;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x767A;&#x751F;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x3092;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x3057;&#x3001;&#x5897;&#x6B96;&#x3059;&#x308B;&#x7D30;&#x80DE;&#x304B;&#x3089;&#x306E;RNA&#x62BD;&#x51FA;&#x306F;&#x3001;12&#x6642;&#x9593;&#x3067;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x305F;&#x7D30;&#x80DE;&#x304B;&#x3089;&#x8ABF;&#x88FD;&#x3057;&#x305F;&#x3082;&#x306E;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x30EC;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;M. xanthus&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x3092;&#x958B;&#x59CB;&#x3057;&#x3066;&#x3001;12&#x6642;&#x9593;&#x3067;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x767A;&#x9054;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x767A;&#x73FE;&#x3057;&#x59CB;&#x3081;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x74B0;&#x5883;&#x523A;&#x6FC0;&#x306B;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;11&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x5927;&#x5E45;&#x306A;&#x5897;&#x52A0;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002; 53 EBP&#x76F8;&#x540C;&#x4F53;&#x306E;&#x3046;&#x3061;6&#x3064;&#x306F;&#x3001;&#x6210;&#x9577;&#x6642;&#x3088;&#x308A;&#x958B;&#x767A;&#x306E;12&#x6642;&#x9593;&#x3067;&#x6709;&#x610F;&#x306B;&#x9AD8;&#x3044;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x767A;&#x73FE;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4E09;&#x4EBA;&#x306F;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x672A;&#x77E5;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306F;&#x5B50;&#x5B9F;&#x4F53;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x3078;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x63A2;&#x3059;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4E0D;&#x6D3B;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x57F9;&#x5730;&#x306E;&#x7D44;&#x6210;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x3066;&#x7570;&#x5E38;&#x306A;&#x5F62;&#x72B6;&#x306E;&#x3082;&#x306E;&#x30CE;&#x30C3;&#x30AF;&#x30A2;&#x30A6;&#x30C8;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x751F;&#x7523;&#x5B50;&#x5B9F;&#x4F53;&#x3002;

Sigma54&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3068;Myxococcus Xanthus&#x306E;&#x5B50;&#x5B9F;&#x4F53;&#x306E;&#x958B;&#x767A;

Myxococcus xanthus &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; 97%&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; M1genome &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAC80;&#xC0C9; 53 &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; homologs sigma54 &#xC885;&#xC18D; &#xC99D;&#xAC15; &#xC778;&#xC790; &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (EBPs)&#xC758; &#xC2DD;&#xBCC4;. DNA microarray &#xD3EC;&#xD568; &#xADF8; homologs 318 &#xB2E4;&#xB978; M. m1genome&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xC131; &#xB41C; &#xBE44;&#xAD50; &#xD06C;&#xC0B0;&#xD1A0;&#xC2A4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;. &#xC640; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8;&#xC744; &#xD654;&#xBA74;&#xC73C;&#xB85C; &#xC131;&#xC7A5; &#xD558;&#xB294; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0;&#xC11C; RNA &#xCD94;&#xCD9C; &#xC140;&#xC5D0; 12 h &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB85C;&#xBD80;&#xD130; &#xC900;&#xBE44; &#xD558; &#xB098;&#xC640; &#xBE44;&#xAD50; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xC804; &#xAE30;&#xC790; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB294; M. &#xD06C;&#xC0B0;&#xD1A0;&#xC2A4; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC744; &#xC2DC;&#xC791; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xC2DC;&#xC791; &#xD588;&#xB2E4; 12 h&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB9CE;&#xC740; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774;&#xD2B8; &#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xD45C;&#xD604; &#xD558;&#xB294; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBE44;&#xAD50; &#xC2DD; &#xC218;&#xC900;&#xC758; &#xD658;&#xACBD; &#xC790;&#xADF9;&#xC5D0; &#xC751;&#xB2F5; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; 11 &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xC694;&#xC778;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xC99D;&#xAC00; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. 6 53 EBP homologs&#xC758; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xC131;&#xC7A5; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; 12 h&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD788; &#xB192;&#xC740; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD45C;&#xD604; &#xD588;&#xB2E4;. 3 &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC54C; &#xC218; &#xC5C6;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; fruiting &#xC2E0;&#xCCB4; &#xBC1C;&#xB2EC;&#xC5D0; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xC601;&#xD5A5;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBCF4;&#xACE0;&#xB97C; &#xBE44;&#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. 1 &#xBA85;&#xC758; &#xB179;&#xC544;&#xC6C3; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xB9E4;&#xCCB4;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131;&#xC5D0; &#xC758;&#xC874; &#xD558;&#xB294; &#xBE44;&#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; &#xBAA8;&#xC591;&#xC758; fruiting &#xC2DC;&#xCCB4; &#xC0DD;&#xC0B0;.

Sigma54 &#xC99D;&#xAC15; &#xC778;&#xC790; &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; Myxococcus xanthus &#xC5F4;&#xB9E4;&#xB97C; &#xB9FA;&#xC740; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC758; &#xC2E0;&#xCCB4;.

Una b&#xFA;squeda de la secuencia de M1genome, que incluye el 97% de los genes Myxococcus xanthus, identificaron 53 hom&#xF3;logos de secuencias de prote&#xED;nas que dependen de sigma54 potenciador de la aglutinaci&#xF3;n (FEC). Un microarreglo de ADN se construy&#xF3; a partir de la M1genome que incluye los hom&#xF3;logos de otros genes y 318 M. xanthus para la comparaci&#xF3;n. Para identificar el programa de desarrollo con esta matriz, un extracto de ARN de las c&#xE9;lulas en crecimiento se compar&#xF3; con un preparado a partir de desarrollo de c&#xE9;lulas a las 12 h. Estudios previos hab&#xED;an demostrado que el reportero M. xanthus ha iniciado el desarrollo y ha comenzado a expresar muchos genes regulados por el desarrollo de 12 h. La comparaci&#xF3;n revel&#xF3; un aumento sustancial en los niveles de expresi&#xF3;n de los 11 factores de transcripci&#xF3;n que pueden responder a los est&#xED;mulos ambientales. Seis de los 53 hom&#xF3;logos de PBE se expresaron en niveles significativamente superiores a las 12 h de desarrollo que durante el crecimiento. Tres eran los genes hasta ahora desconocidas, y fueron inactivados en busca de efectos sobre el desarrollo de la fructificaci&#xF3;n cuerpo. Un knock-out mutantes producidos cuerpos fruct&#xED;feros de forma anormal que depend&#xED;an de la composici&#xF3;n del medio.

Sigma54 Enhancer Prote&#xED;nas de Uni&#xF3;n y Desarrollo Myxococcus fructificaci&#xF3;n Janto Cuerpo

&#x51C6;&#x786E;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x529F;&#x80FD;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x86CB;&#x767D;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E00;&#x7EA7;&#x4ECD;&#x7136;&#x662F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7814;&#x7A76;&#x9762;&#x4E34;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6311;&#x6218;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x4E00;&#x79CD;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x89C4;&#x6A21;&#x529E;&#x6CD5;&#x6CE8;&#x91CA;&#x529F;&#x80FD;&#x86CB;&#x767D;--phylogenomic &#x6620;&#x5C04; &mdash; &mdash; &#x8981;&#x6C42;&#x53EA;&#x6709;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5E94;&#x7528;&#x540C;&#x6837;&#x5F88;&#x597D;&#x7684;&#x5B8C;&#x6210;&#x548C;&#x672A;&#x5B8C;&#x6210;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#xFF0C;&#x5E76;&#x80FD;&#x8D85;&#x8D8A;&#x5355;&#x4E00;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x8981;&#x540C;&#x65F6;&#x5BF9;&#x591A;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x8FDB;&#x884C;&#x6279;&#x6CE8;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x5F00;&#x53D1;&#x5E76;&#x5C06;&#x5176;&#x5E94;&#x7528;&#x5230; 200 &#x591A;&#x4E2A;&#x6709;&#x5E8F;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x8FDB;&#x5316;&#x5386;&#x53F2;&#x4E0E;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x88AB;&#x7EC4;&#x5408;&#x5728;&#x4E00;&#x8D77;&#xFF0C;&#x653E;&#x5728;&#x4E09;&#x4E2A;&#x4E09;&#x7EF4;&#x5730;&#x56FE;&#x548C;&#x5730;&#x5F62;&#x666F;&#x89C2;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x53EF;&#x89C6;&#x5316;&#x3002;&#x7531;&#x6B64;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684; phylogenomic &#x5730;&#x56FE;&#x663E;&#x793A;&#x6570;&#x4EE5;&#x5343;&#x8BA1;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x805A;&#x96C6;&#x5728; coinheritance&#xFF0C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5F3A;&#x7684;&#x5171;&#x4EAB;&#x529F;&#x80FD;&#x6307;&#x6807;&#x7684;&#x57FA;&#x7840;&#x4E0A;&#x7684;&#x5C71;&#x8109;&#x3002;&#x9664;&#x4E86;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5730;&#x8BA1;&#x7B97;&#x9A8C;&#x8BC1;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x901A;&#x8FC7;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x8BC1;&#x5B9E;&#x4E86; phylogenomic &#x5730;&#x56FE;&#x80FD;&#x591F;&#x9884;&#x6D4B;&#x7A81;&#x53D8;&#x8868;&#x578B;&#x548C;&#x4E09;&#x89D2;&#x6D32; proteobacterium &#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x529F;&#x80FD;&#x3002;

&#x901A;&#x8FC7; phylogenomic &#x6620;&#x5C04;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6CE8;&#x91CA;&#x3002;

Accurate determination of functional interactions among proteins at the genome level remains a challenge for genomic research. Here we introduce a genome-scale approach to functional protein annotation--phylogenomic mapping--that requires only sequence data, can be applied equally well to both finished and unfinished genomes, and can be extended beyond single genomes to annotate multiple genomes simultaneously. We have developed and applied it to more than 200 sequenced bacterial genomes. Proteins with similar evolutionary histories were grouped together, placed on a three dimensional map and visualized as a topographical landscape. The resulting phylogenomic maps display thousands of proteins clustered in mountains on the basis of coinheritance, a strong indicator of shared function. In addition to systematic computational validation, we have experimentally confirmed the ability of phylogenomic maps to predict both mutant phenotype and gene function in the delta proteobacterium Myxococcus xanthus.

Functional genome annotation through phylogenomic mapping.

La d&#xE9;termination pr&#xE9;cise des interactions fonctionnelles entre les prot&#xE9;ines au niveau du g&#xE9;nome demeure un d&#xE9;fi pour la recherche en g&#xE9;nomique. Ici, nous introduisons une approche l&#x26;#39;&#xE9;chelle du g&#xE9;nome aux prot&#xE9;ines annotation fonctionnelle - la cartographie phylog&#xE9;nomique - qui exige des donn&#xE9;es de s&#xE9;quence seulement, peut &#xEA;tre appliqu&#xE9; aussi bien &#xE0; la fois les g&#xE9;nomes finis et non finis, et peut &#xEA;tre prolong&#xE9;e au-del&#xE0; des g&#xE9;nomes simples pour annoter des g&#xE9;nomes multiples simultan&#xE9;ment. Nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; et appliqu&#xE9; &#xE0; plus de 200 g&#xE9;nomes s&#xE9;quenc&#xE9;s bact&#xE9;riennes. Les prot&#xE9;ines ayant des histoires &#xE9;volutives similaires ont &#xE9;t&#xE9; regroup&#xE9;s, plac&#xE9; sur une carte en trois dimensions et visualis&#xE9; comme un paysage topographique. Les cartes phylog&#xE9;nomiques r&#xE9;sultant d&#x26;#39;afficher des milliers de prot&#xE9;ines en cluster dans les montagnes sur la base de coinheritance, un indicateur fort de la fonction partag&#xE9;e. En plus de la validation de calcul syst&#xE9;matique, nous avons confirm&#xE9; exp&#xE9;rimentalement la capacit&#xE9; des cartes pour pr&#xE9;dire &#xE0; la fois phylog&#xE9;nomiques ph&#xE9;notype mutant et la fonction des g&#xE8;nes dans le delta du xanthus prot&#xE9;obact&#xE9;rie Myxococcus.

Gr&#xE2;ce &#xE0; l&#x26;#39;annotation du g&#xE9;nome fonctionnel cartographie phylog&#xE9;nomique

Funktionelle Genom-Annotation durch phylogenomische Mapping.

Determinazione accurata delle interazioni funzionali tra proteine a livello del genoma rimane una sfida per la ricerca genomica. Qui presentiamo un approccio genome-scala di annotazione funzionale della proteina - phylogenomic mapping - che richiede solo i dati di sequenza, pu&ograve; essere applicati genomi ugualmente bene a sia finiti e non finiti e pu&ograve; essere esteso oltre il singoli genomi per annotare i genomi multiple simultaneamente. Abbiamo sviluppato e applicato a pi&ugrave; di 200 genomi sequenziati batterici. Le proteine con una storia evolutiva simile sono state raggruppate insieme, disposto su tre dimensionale mappa e visualizzati come un paesaggio topografico. Il risultante phylogenomic mappe display migliaia di proteine raggruppati nelle montagne sulla base di coinheritance, un forte indicatore della funzione condivisa. Oltre alla sistematica convalida computazionale, abbiamo confermato sperimentalmente la capacit&agrave; di predire il fenotipo mutante sia la funzione del gene nel delta proteobacterium Myxococcus xanthus phylogenomic mappe.

Annotazione funzionale del genoma attraverso phylogenomic mappatura.

&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x9593;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x306F;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x8AB2;&#x984C;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002; phylogenomic&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0; -   - &#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x6A5F;&#x80FD;&#x6027;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30A2;&#x30CE;&#x30C6;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x898F;&#x6A21;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x7D39;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x552F;&#x4E00;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x3057;&#x3001;&#x5B8C;&#x6210;&#x3057;&#x305F;&#x3068;&#x672A;&#x5B8C;&#x6210;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x3082;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x9069;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x3001;&#x540C;&#x6642;&#x306B;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x6CE8;&#x91C8;&#x3092;&#x4ED8;&#x3051;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x8D85;&#x3048;&#x3066;&#x62E1;&#x5F35;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x3001;200&#x4EE5;&#x4E0A;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x7D30;&#x83CC;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3078;&#x306E;&#x5FDC;&#x7528;&#x3092;&#x8A66;&#x307F;&#x305F;&#x3002;&#x985E;&#x4F3C;&#x3057;&#x305F;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x6B74;&#x53F2;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x3001;&#x4E00;&#x7DD2;&#x306B;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;3&#x6B21;&#x5143;&#x5730;&#x56F3;&#x4E0A;&#x306B;&#x914D;&#x7F6E;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x5730;&#x5F62;&#x666F;&#x89B3;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x8996;&#x899A;&#x5316;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x7D50;&#x679C;phylogenomic&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x306F;&#x5171;&#x540C;&#x76F8;&#x7D9A;&#x3001;&#x5171;&#x6709;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x5F37;&#x529B;&#x306A;&#x6307;&#x6A19;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x5C71;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x6570;&#x5343;&#x304C;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7CFB;&#x7D71;&#x7684;&#x8A08;&#x7B97;&#x306E;&#x691C;&#x8A3C;&#x306B;&#x52A0;&#x3048;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x306B;&#x30C7;&#x30EB;&#x30BF;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;Myxococcus xanthus&#x306B;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x3068;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;phylogenomic&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x306E;&#x80FD;&#x529B;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

Phylogenomic&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30A2;&#x30CE;&#x30C6;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;

&#xAC8C;&#xB188; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAC04;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xACB0;&#xC815; &#xAC8C;&#xB188; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xB3C4;&#xC804; &#xB0A8;&#xC544; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC8C;&#xB188; &#xC2A4;&#xCF00;&#xC77C; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xC18C;&#xAC1C; &#xAE30;&#xB2A5; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC8FC;&#xC11D;-&#xC5D0; phylogenomic &#xB9E4;&#xD551;-&#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB9CC; &#xD544;&#xC694;&#xB85C; &#xD558; &#xC801;&#xC6A9;&#xB41C; &#xB3D9;&#xB4F1; &#xD558; &#xAC8C; &#xC798; &#xC644;&#xC131; &#xBC0F; &#xBBF8;&#xC644;&#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC218; &#xC788;&#xC73C;&#xBA70; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xB3D9;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xC8FC;&#xC11D;&#xC744; &#xCD94;&#xAC00; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xB118;&#xC5B4; &#xD655;&#xC7A5; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD558; &#xACE0; 200 &#xAC1C; &#xC774;&#xC0C1;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB41C; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xC801;&#xC6A9;. &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xC9C4;&#xD654; &#xC5ED;&#xC0AC;&#xC640; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; 3 &#xCC28;&#xC6D0; &#xBC30;&#xCE58; &#xD568;&#xAED8; &#xADF8;&#xB8F9;&#xD654; &#xB41C; &#xC9C0;&#xB3C4; &#xBC0F; &#xC9C0;&#xD615; &#xD48D;&#xACBD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC2DC;&#xAC01;&#xD654;. &#xACB0;&#xACFC; phylogenomic coinheritance, &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xACF5;&#xC720; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC9C0;&#xD45C;&#xC5D0; &#xADFC;&#xAC70; &#xD558; &#xC5EC; &#xC0B0;&#xC73C;&#xB85C; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xB9C1; &#xD558;&#xB294; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC218;&#xCC9C; &#xD45C;&#xC2DC;&#xB97C; &#xB9E4;&#xD551;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCCB4;&#xACC4;&#xC801;&#xC778; &#xC804;&#xC0B0; &#xC720;&#xD6A8;&#xC131; &#xAC80;&#xC0AC; &#xC774;&#xC678;&#xC5D0; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xD45C;&#xD604; &#xD615; &#xBC0F; &#xB378;&#xD0C0; proteobacterium Myxococcus xanthus&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC608;&#xCE21; phylogenomic &#xC9C0;&#xB3C4; &#xB2A5;&#xB825;&#xC744; &#xD655;&#xC778; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Phylogenomic &#xB9E4;&#xD551;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xAE30;&#xB2A5; &#xAC8C;&#xB188; &#xC8FC;&#xC11D;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

La determinaci&#xF3;n precisa de las interacciones funcionales entre las prote&#xED;nas a nivel del genoma sigue siendo un reto para la investigaci&#xF3;n gen&#xF3;mica. Aqu&#xED; presentamos un enfoque a escala gen&#xF3;mica funcional de la prote&#xED;na de anotaci&#xF3;n - la cartograf&#xED;a phylogenomic - que requiere s&#xF3;lo datos de la secuencia, se puede aplicar por igual a los genomas, tanto terminados y sin terminar, y se puede ampliar m&#xE1;s all&#xE1; de los genomas individuales para anotar genomas de forma simult&#xE1;nea. Hemos desarrollado y aplicado a m&#xE1;s de 200 genomas secuenciados de bacterias. Las prote&#xED;nas con similares historias evolutivas se agruparon, colocado en un mapa en tres dimensiones y se visualizan como un paisaje topogr&#xE1;fico. Los mapas resultantes muestran phylogenomic miles de prote&#xED;nas agrupadas en las monta&#xF1;as, sobre la base de la herencia conjunta, un fuerte indicador de la funci&#xF3;n compartida. Adem&#xE1;s de la validaci&#xF3;n computacional sistem&#xE1;tico, hemos confirmado experimentalmente la capacidad de los mapas phylogenomic para predecir tanto el fenotipo mutante y la funci&#xF3;n de genes en el delta del proteobacterium Myxococcus xanthus.

Anotaci&#xF3;n del genoma funcional a trav&#xE9;s de cartograf&#xED;a phylogenomic

&#x7EC6;&#x83CC;&#x540E;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#xFF1A; &#x7684;&#x524D;&#x9014;&#x548C;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x5371;&#x9669;&#x3002;

Bacterial postgenomics: the promise and peril of systems biology.

Post-g&#xE9;nomique bact&#xE9;rienne: Le promesses et les dangers de la biologie des syst&#xE8;mes

Bakterielle Postgenomics: die Versprechung und die Gefahr der Systembiologie.

Postgenomics batterica: la promessa e il pericolo della biologia dei sistemi.

&#x7D30;&#x83CC;Postgenomics&#xFF1A;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x306E;&#x7D04;&#x675F;&#x3068;&#x5371;&#x967A;

&#xC138;&#xADE0; postgenomics: &#xC57D;&#xC18D; &#xBC0F; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC758; &#xC704;&#xD5D8;.

Postgen&#xF3;mica bacterianas: las promesas y peligros de la Biolog&#xED;a de Sistemas

xanthusBase (http://www.xanthusbase.org) &#x662F;&#x5B98;&#x65B9;&#x6A21;&#x578B;&#x751F;&#x7269;&#x6570;&#x636E;&#x5E93; (MOD) &#x793E;&#x4F1A;&#x7EC6;&#x83CC;&#x8F6C;&#x5F55;&#x3002;&#x5728;&#x8BB8;&#x591A;&#x65B9;&#x9762;&#xFF0C;M.xanthus &#x8868;&#x793A;&#x5148;&#x950B;&#x6A21;&#x8303;&#x6709;&#x673A;&#x4F53; (MO) &#x7814;&#x7A76;&#x9057;&#x4F20;&#x3001; &#x751F;&#x5316;&#x3001; &#x548C;&#x673A;&#x68B0;&#x57FA;&#x7840;&#x7684;&#x539F;&#x6838;&#x8D77;&#x6E90;&#xFF0C;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x83B7;&#x5F97;&#x4E86;&#x76F8;&#x5F53;&#x5927;&#x7684;&#x6CE8;&#x610F;&#xFF0C;&#x56E0;&#x4E3A;&#x5728;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x57FA;&#x672C;&#x548C;&#x5E94;&#x7528;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x819C;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x610F;&#x4E49;&#x7684;&#x4E3B;&#x9898;&#x3002;&#x4E3A;&#x65B9;&#x4FBF;&#x5176;&#x6548;&#x7528;&#xFF0C;xanthusBase &#x7684;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x5305;&#x542B;&#x4E86;&#x5F00;&#x653E;&#x6E90;&#x7801;&#x8F6F;&#x4EF6;&#xFF0C;&#x5229;&#x7528;&#x79EF;&#x7D2F;&#x7684;&#x7ECF;&#x9A8C;&#xFF0C;&#x53EF;&#x901A;&#x8FC7;&#x901A;&#x7528;&#x6A21;&#x578B;&#x751F;&#x7269;&#x6570;&#x636E;&#x5E93; &#xFF08;GMOD&#xFF09; &#x9879;&#x76EE;&#xFF0C;MediaWiki (http://www.mediawiki.org) &#x548C; dictyBase (http://www.dictybase.org) &#x6765;&#x521B;&#x5EFA;&#x6A21;&#x5757;&#xFF0C;&#x662F;&#x975E;&#x5E38;&#x6709;&#x7528;&#x548C;&#x5FD9;&#x788C;&#x7684;&#x8EAB;&#x5F71;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x7EB3;&#x5165;&#x4E00;&#x4E2A;&#x72EC;&#x7279;&#x7684;&#x7EF4;&#x57FA;&#x767E;&#x79D1;&#x7684;&#x5730;&#x65B9;&#x6027;&#x6A21;&#x5F0F;&#xFF0C;&#x5229;&#x7528;&#x4E92;&#x8054;&#x7F51;&#x7684;&#x56FA;&#x6709;&#x7684;&#x4EA4;&#x4E92;&#x6027;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x4F7F; M.xanthus &#x548C;&#x5176;&#x4ED6; myxobacterial &#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x4EBA;&#x5458;&#xFF0C;&#x76F4;&#x63A5;&#x5411;&#x6B63;&#x5728;&#x8FDB;&#x884C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6CE8;&#x91CA;&#x4F5C;&#x51FA;&#x8D21;&#x732E;&#x3002;

Xanthusbase&#xFF1A; &#x9002;&#x5E94;&#x6A21;&#x578B;&#x751F;&#x7269;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x5230;&#x7EF4;&#x57FA;&#x767E;&#x79D1;&#x539F;&#x5219;&#x3002;

xanthusBase (http://www.xanthusbase.org) is the official model organism database (MOD) for the social bacterium Myxococcus xanthus. In many respects, M.xanthus represents the pioneer model organism (MO) for studying the genetic, biochemical, and mechanistic basis of prokaryotic multicellularity, a topic that has garnered considerable attention due to the significance of biofilms in both basic and applied microbiology research. To facilitate its utility, the design of xanthusBase incorporates open-source software, leveraging the cumulative experience made available through the Generic Model Organism Database (GMOD) project, MediaWiki (http://www.mediawiki.org), and dictyBase (http://www.dictybase.org), to create a MOD that is both highly useful and easily navigable. In addition, we have incorporated a unique Wikipedia-style curation model which exploits the internet's inherent interactivity, thus enabling M.xanthus and other myxobacterial researchers to contribute directly toward the ongoing genome annotation.

Xanthusbase: adapting wikipedia principles to a model organism database.

xanthusBase (http://www.xanthusbase.org) est la base de donn&#xE9;es de mod&#xE8;le officiel organisme (MOD) pour la bact&#xE9;rie sociale Myxococcus xanthus. &#xC0; bien des &#xE9;gards, M.xanthus repr&#xE9;sente l&#x26;#39;organisme mod&#xE8;le pionnier (MO) pour &#xE9;tudier la g&#xE9;n&#xE9;tique, base biochimique, et m&#xE9;caniste de la multicellularit&#xE9; procaryote, un sujet qui a suscit&#xE9; une attention consid&#xE9;rable en raison de l&#x26;#39;importance des biofilms dans la recherche en microbiologie fondamentale et appliqu&#xE9;e. Afin de faciliter son utilit&#xE9;, la conception de xanthusBase int&#xE8;gre logiciel open-source, en s&#x26;#39;appuyant sur l&#x26;#39;exp&#xE9;rience accumul&#xE9;e mis &#xE0; disposition par la base de donn&#xE9;es organisme mod&#xE8;le g&#xE9;n&#xE9;rique (gmod) du projet, MediaWiki (http://www.mediawiki.org), et dictyBase (http: / / www.dictybase.org), pour cr&#xE9;er un mod qui est &#xE0; la fois tr&#xE8;s utile et facilement navigable. En outre, nous avons incorpor&#xE9; un mod&#xE8;le unique de curation Wikipedia-style qui exploite l&#x26;#39;interactivit&#xE9; inh&#xE9;rente de l&#x26;#39;Internet, permettant ainsi M.xanthus et d&#x26;#39;autres chercheurs myxobact&#xE9;rienne de contribuer directement vers l&#x26;#39;annotation des g&#xE9;nomes en cours.

Xanthusbase: l&#x26;#39;adaptation des principes de Wikipedia sur une base de donn&#xE9;es organisme mod&#xE8;le

XanthusBase (http://www.xanthusbase.org) ist der offizielle Organismus Modelldatenbank (MOD) f&uuml;r das soziale Bakterium Myxococcus Xanthus. In vielerlei Hinsicht stellt die M.xanthus der Pionier Modellorganismus (MO) zur Untersuchung der genetischen, biochemischen und mechanistischen Grundlage der prokaryotischen Multicellularity, ein Thema, das gro&szlig;e Aufmerksamkeit aufgrund der Bedeutung von Biofilmen in beiden Grundlagen- und Angewandte Mikrobiologie-Forschung angesammelt hat. Um ihre N&uuml;tzlichkeit zu erleichtern, enth&auml;lt das Design der XanthusBase Open Source Software, nutzt die Gesamterfahrung, die durch das generische Modell Organismus Datenbank (GMOD) Projekt MediaWiki (http://www.mediawiki.org), zur Verf&uuml;gung gestellt und DictyBase (http://www.dictybase.org), um eine MOD zu erstellen, die sowohl n&uuml;tzlich als auch leicht schiffbar ist. Dar&uuml;ber hinaus haben wir schaffen ein einzigartiges Wikipedia-Stil Kuration-Modell, das dem Internet inh&auml;renten Interaktivit&auml;t, nutzt damit M.xanthus und andere myxobacterial Forscher, direkt gegen&uuml;ber der laufenden Genom-Anmerkung beizutragen.

Xanthusbase: Anpassung der Wikipedia-Prinzipien einer Modell-Organismus-Datenbank.

xanthusBase (http://www.xanthusbase.org) &egrave; il database di organismo modello ufficiale (MOD) per il batterio sociale xanthus di Myxococcus. Sotto molti aspetti, M.xanthus rappresenta l&#39;organismo modello pioneer (MO) per studiare la base genetica, biochimica e meccanicistica di prokaryotic multicellularit&agrave;, un argomento che ha raccolto una notevole attenzione a causa del significato del biofilm in entrambi ricerca microbiologia di base e applicata. Per facilitare la sua utilit&agrave;, la progettazione di xanthusBase incorpora software open-source, sfruttando l&#39;esperienza cumulativa reso disponibile attraverso il progetto di Database di organismo di modello generico (GMOD), MediaWiki (http://www.mediawiki.org) e dictyBase (http://www.dictybase.org), per creare un MOD che &egrave; molto utile e facilmente navigabile. Inoltre, abbiamo incorporato un modello unico di curatela stile Wikipedia che sfrutta l&#39;interattivit&agrave; intrinseca di internet, permettendo cos&igrave; di M.xanthus e altri ricercatori myxobacterial a contribuire direttamente verso l&#39;annotazione del genoma in corso.

Xanthusbase: adattare i principi di wikipedia per un database di organismo modello.

xanthusBase&#xFF08;http://www.xanthusbase.org&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x793E;&#x4F1A;&#x7684;&#x306A;&#x7D30;&#x83CC;Myxococcus xanthus&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x516C;&#x5F0F;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x751F;&#x7269;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#xFF08;MOD&#xFF09;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x70B9;&#x3067;&#x3001;M.xanthus&#x306F;&#x3001;&#x57FA;&#x672C;&#x3068;&#x5FDC;&#x7528;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7814;&#x7A76;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30D0;&#x30A4;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A3;&#x30EB;&#x30E0;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x304B;&#x306A;&#x308A;&#x306E;&#x6CE8;&#x76EE;&#x3092;&#x96C6;&#x3081;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x591A;&#x7D30;&#x80DE;&#x6027;&#x3001;&#x8A71;&#x984C;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x3001;&#x751F;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x6A5F;&#x69CB;&#x306E;&#x57FA;&#x790E;&#x3092;&#x7814;&#x7A76;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5148;&#x99C6;&#x7684;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x751F;&#x7269;&#xFF08;MO&#xFF09;&#x3092;&#x8868;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x306E;&#x6709;&#x7528;&#x6027;&#x3092;&#x5BB9;&#x6613;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;xanthusBase&#x306E;&#x30C7;&#x30B6;&#x30A4;&#x30F3;&#x306F;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x751F;&#x7269;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#xFF08;GMOD&#xFF09;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B8;&#x30A7;&#x30AF;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;MediaWiki&#xFF08;http://www.mediawiki.org&#xFF09;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;dictyBase&#xFF08;HTTP&#x7D4C;&#x7531;&#x3067;&#x5229;&#x7528;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x7D2F;&#x7A4D;&#x7D4C;&#x9A13;&#x3092;&#x6D3B;&#x7528;&#x3057;&#x3001;&#x30AA;&#x30FC;&#x30D7;&#x30F3;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30BD;&#x30D5;&#x30C8;&#x30A6;&#x30A7;&#x30A2;&#x304C;&#x7D44;&#x307F;&#x8FBC;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; / / www.dictybase.org&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x4FBF;&#x5229;&#x304B;&#x3064;&#x7C21;&#x5358;&#x306B;&#x30CA;&#x30D3;&#x30B2;&#x30FC;&#x30C8;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x3067;&#x3042;&#x308B;MOD&#x3092;&#x4F5C;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;M.xanthus&#x3084;&#x4ED6;&#x306E;myxobacterial&#x7814;&#x7A76;&#x8005;&#x306F;&#x7D99;&#x7D9A;&#x7684;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30A2;&#x30CE;&#x30C6;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x5411;&#x304B;&#x3063;&#x3066;&#x76F4;&#x63A5;&#x8CA2;&#x732E;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3001;&#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x672C;&#x8CEA;&#x7684;&#x306A;&#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30E9;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D3;&#x30C6;&#x30A3;&#x3092;&#x5229;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x30E6;&#x30CB;&#x30FC;&#x30AF;&#x306A;&#x30A6;&#x30A3;&#x30AD;&#x30DA;&#x30C7;&#x30A3;&#x30A2;&#xB7;&#x30B9;&#x30BF;&#x30A4;&#x30EB;&#x306E;&#x30AD;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3092;&#x53D6;&#x308A;&#x5165;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Xanthusbase&#xFF1A;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x751F;&#x7269;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3078;&#x306E;Wikipedia&#x306E;&#x539F;&#x5247;&#x3092;&#x9069;&#x5FDC;

xanthusBase (http://www.xanthusbase.org) Myxococcus xanthus &#xC0AC;&#xD68C; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xACF5;&#xC2DD; &#xBAA8;&#xB378; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4; (MOD)&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB9CE;&#xC740; &#xC810;&#xC5D0;&#xC11C; M.xanthus prokaryotic &#xB2E4;&#xC138;&#xD3EC;, &#xAE30;&#xCD08; &#xBC0F; &#xC751;&#xC6A9; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xBAA8;&#xB450;&#xC5D0;&#xC11C; biofilms&#xC758; &#xC911;&#xC694;&#xC131; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xAD00;&#xC2EC;&#xC744; &#xC5BB;&#xACE0; &#xC788;&#xB2E4; &#xC8FC;&#xC81C;, &#xC0DD;&#xD654;&#xD559;, &#xC720;&#xC804; &#xBC0F; &#xAE30;&#xACC4; &#xAE30;&#xCD08; &#xACF5;&#xBD80;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC120;&#xAD6C;&#xC801;&#xC778; &#xBAA8;&#xB378; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xB97C; (&#xBAA8;)&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD574;&#xB2F9; &#xC720;&#xD2F8;&#xB9AC;&#xD2F0;&#xB97C; &#xCD09;&#xC9C4; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD558;&#xC5EC; Xanthusbase&#xC758; &#xB514;&#xC790;&#xC778; &#xD1B5;&#xD569; &#xB204;&#xC801; &#xACBD;&#xD5D8; &#xC77C;&#xBC18; &#xBAA8;&#xB378; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4; (GMOD) &#xD504;&#xB85C;&#xC81D;&#xD2B8;, &#xBBF8;&#xB514;&#xC5B4;&#xC704;&#xD0A4; (http://www.mediawiki.org)&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xC624;&#xD508; &#xC18C;&#xC2A4; &#xC18C;&#xD504;&#xD2B8;&#xC6E8;&#xC5B4;&#xC640; dictyBase (http://www.dictybase.org)&#xC740; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xC720;&#xC6A9; &#xD558; &#xACE0; &#xC27D;&#xAC8C; &#xD0D0;&#xC0C9; &#xBAA8;&#xB4DC;&#xB97C; &#xB9CC;&#xB4E4;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC778;&#xD130;&#xB137;&#xC758; &#xACE0;&#xC720;&#xD55C; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xC774;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xB3C5;&#xD2B9;&#xD55C; &#xC704;&#xD0A4;&#xBC31;&#xACFC; &#xC2A4;&#xD0C0;&#xC77C; curation &#xBAA8;&#xB378; M.xanthus &#xBC0F; &#xB2E4;&#xB978; myxobacterial &#xC5F0;&#xAD6C;&#xD300;&#xC740; &#xC9C0;&#xC18D;&#xC801;&#xC778; &#xAC8C;&#xB188; &#xC8FC;&#xC11D;&#xC73C;&#xB85C; &#xC9C1;&#xC811; &#xAE30;&#xC5EC;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xAC8C; &#xD1B5;&#xD569; &#xD588;&#xB2E4;.

Xanthusbase: &#xBAA8;&#xB378; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC704;&#xD0A4;&#xBC31;&#xACFC; &#xC6D0;&#xCE59;&#xC5D0; &#xC801;&#xC751;.

xanthusBase (http://www.xanthusbase.org) es la base de datos modelo de organismo oficial (MOD) para el desarrollo social bacteria Myxococcus xanthus. En muchos aspectos, M.xanthus representa el modelo de organismo pionero (MO) para estudiar la base gen&#xE9;tica, bioqu&#xED;mica, y mecanicista de la multicelularidad procariota, un tema que ha atra&#xED;do considerable atenci&#xF3;n debido a la importancia de las biopel&#xED;culas en la investigaci&#xF3;n de microbiolog&#xED;a b&#xE1;sica y aplicada. Para facilitar su utilidad, el dise&#xF1;o de xanthusBase incorpora software de c&#xF3;digo abierto, aprovechando la experiencia acumulada a disposici&#xF3;n a trav&#xE9;s de la base de datos de organismo modelo gen&#xE9;rico (GMOD) del proyecto, MediaWiki (http://www.mediawiki.org), y dictyBase (http: / / www.dictybase.org), para crear un MOD que es altamente &#xFA;til y f&#xE1;cil navegaci&#xF3;n. Adem&#xE1;s, hemos incorporado un exclusivo estilo de Wikipedia-modelo de curaci&#xF3;n, que aprovecha la interactividad inherente de la Internet, lo que permite M.xanthus y otros investigadores myxobacterial de contribuir directamente a la anotaci&#xF3;n del genoma en curso.

Xanthusbase: adaptaci&#xF3;n de los principios de Wikipedia a un organismo modelo de base de datos

&#x81EA;&#x52A8;&#x5316;&#x7684; DNA &#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x662F;&#x5982;&#x6B64;&#x5FEB;&#x901F;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x5DF2;&#x6210;&#x4E3A;&#x901F;&#x7387;&#x9650;&#x5236;&#x7684;&#x6B65;&#x9AA4;&#x3002;&#x6570;&#x4EE5;&#x767E;&#x8BA1;&#x7684;&#x539F;&#x6838;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x662F;&#x516C;&#x5F00;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x65B0;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E0A;&#x4F20;&#x901F;&#x5EA6;&#x5927;&#x7EA6;&#x4E3A;&#x6BCF;&#x6708;&#x7684; 20&#x3002;&#x5176;&#x7ED3;&#x679C;&#x662F;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x8D8A;&#x6765;&#x8D8A;&#x591A;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x5C06;&#x5305;&#x62EC;&#x4EE5;&#x524D;&#x6CA1;&#x6709;&#x6807;&#x8BC6;&#x3001; &#x9694;&#x79BB;&#xFF0C;&#x6216;&#x89C2;&#x5BDF;&#x5230;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x63A8;&#x6D4B;&#x7684;&#x751F;&#x6001;&#x4F4D;&#x7684;&#x8FDB;&#x5316;&#x538B;&#x529B;&#x9009;&#x62E9;&#x4E3A;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x4E2D;&#x5360;&#x7528;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x5229;&#x57FA;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x9057;&#x4F20;&#x6C47;&#x8F91; &#x300B; &#x548C;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x662F;&#x7531;&#x4E8E;&#x7EB5;&#x5411;&#x548C;&#x6A2A;&#x5411;&#x4F20;&#x64AD;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x8FD9;&#x4E00;&#x70B9;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x8BA2;&#x4E86;&#x4E00;&#x79CD;&#x65B0;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x8BA1;&#x7B97;&#x5176; Pfam &#x86CB;&#x767D;&#x57DF;&#x5206;&#x5E03;&#x548C;&#x805A;&#x96C6;&#x8D77;&#x6765;&#x4E0E;&#x6240;&#x6709;&#x5176;&#x4ED6;&#x5DF2;&#x7F16;&#x5E8F;&#x7684;&#x539F;&#x6838;&#x7269;&#x79CD;&#x5206;&#x7C7B;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x3002;&#x751F;&#x7269;&#x96C6;&#x7FA4;&#x5982;&#x62D3;&#x6251;&#x56FE;&#x4E0A;&#x7684; &#39;&#x5C71;&#39;&#xFF0C;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7EF4;&#x5EA6;&#x662F;&#x53EF;&#x89C6;&#x5316;&#x5904;&#x7406;&#x3002;&#x76F8;&#x6BD4;&#x7528; 16S rRNA &#x6784;&#x9020;&#x7684;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x53D1;&#x80B2;&#x7684;&#x5730;&#x56FE;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x5F20;&#x5730;&#x56FE;&#x66F4;&#x51C6;&#x786E;&#x5730;&#x7FA4;&#x96C6;&#x7684;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x6839;&#x636E;&#x529F;&#x80FD;&#x548C;&#x73AF;&#x5883;&#x5C5E;&#x6027;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C55;&#x793A;&#x7684;&#x8FD9;&#x5F20;&#x5730;&#x56FE;&#x7684;&#x80FD;&#x529B;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x957F;&#x671F;&quot;&#x751F;&#x6001;&#x5730;&#x56FE;&quot;&#xFF0C;&#x5230;&#x7FA4;&#x96C6;&#x6839;&#x636E;&#x751F;&#x6001;&#x4F4D;&#xFF0C;&#x8D28;&#x548C;&#x91CF;&#x65B9;&#x9762;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x6B64;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7528;&#x4E8E;&#x5C06;&#x5173;&#x8054;&#x65E0;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x4E0E;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x624B;&#x6BB5;&#x6765;&#x9884;&#x6D4B;&#x5176;&#x529F;&#x80FD;&#x4F5C;&#x7528;&#x76F4;&#x63A5;&#x4ECE;&#x5176;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x751F;&#x6001;&#x4F4D;&#x3002;

&#x9884;&#x6D4B;&#x539F;&#x6838;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x6CD5;&#x7684;&#x751F;&#x6001;&#x4F4D;&#x3002;

Automated DNA sequencing technology is so rapid that analysis has become the rate-limiting step. Hundreds of prokaryotic genome sequences are publicly available, with new genomes uploaded at the rate of approximately 20 per month. As a result, this growing body of genome sequences will include microorganisms not previously identified, isolated, or observed. We hypothesize that evolutionary pressure exerted by an ecological niche selects for a similar genetic repertoire in those prokaryotes that occupy the same niche, and that this is due to both vertical and horizontal transmission. To test this, we have developed a novel method to classify prokaryotes, by calculating their Pfam protein domain distributions and clustering them with all other sequenced prokaryotic species. Clusters of organisms are visualized in two dimensions as 'mountains' on a topological map. When compared to a phylogenetic map constructed using 16S rRNA, this map more accurately clusters prokaryotes according to functional and environmental attributes. We demonstrate the ability of this map, which we term a "niche map", to cluster according to ecological niche both quantitatively and qualitatively, and propose that this method be used to associate uncharacterized prokaryotes with their ecological niche as a means of predicting their functional role directly from their genome sequence.

Predicting prokaryotic ecological niches using genome sequence analysis.

S&#xE9;quen&#xE7;age de l&#x26;#39;ADN automatis&#xE9; la technologie est si rapide que l&#x26;#39;analyse est devenue le facteur limitant. Des centaines de s&#xE9;quences g&#xE9;nomiques procaryotes sont accessibles au public, avec de nouveaux g&#xE9;nomes t&#xE9;l&#xE9;charg&#xE9;s au taux d&#x26;#39;environ 20 par mois. En cons&#xE9;quence, ce corps de plus en plus des s&#xE9;quences du g&#xE9;nome des micro-organismes comprennent pas encore identifi&#xE9;s, isol&#xE9;s, ou observ&#xE9;s. Nous &#xE9;mettons l&#x26;#39;hypoth&#xE8;se que la pression &#xE9;volutive exerc&#xE9;e par une niche &#xE9;cologique s&#xE9;lectionne pour un r&#xE9;pertoire g&#xE9;n&#xE9;tique similaire dans ces procaryotes qui occupent le m&#xEA;me cr&#xE9;neau, et que cela est d&#xFB; &#xE0; la fois la transmission verticale et horizontale. Pour tester cela, nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; une nouvelle m&#xE9;thode pour classer les procaryotes, en calculant leurs distributions PFAM prot&#xE9;ines de domaine et en les regroupant avec tous les autres s&#xE9;quences des esp&#xE8;ces procaryotes. Clusters d&#x26;#39;organismes sont visualis&#xE9;s en deux dimensions comme des montagnes &#xBB;&#xE0; une carte topologique. Lorsque compar&#xE9; &#xE0; une carte phylog&#xE9;n&#xE9;tique construit en utilisant l&#x26;#39;ARNr 16S, cette carte avec plus de pr&#xE9;cision grappes procaryotes en fonction d&#x26;#39;attributs fonctionnels et environnementaux. Nous d&#xE9;montrons la capacit&#xE9; de cette carte, que nous appelons une &#xAB;feuille de niche&#xBB;, &#xE0; se regrouper en fonction de la niche &#xE9;cologique &#xE0; la fois quantitativement et qualitativement, et de proposer que cette m&#xE9;thode soit utilis&#xE9;e pour associer les procaryotes non caract&#xE9;ris&#xE9;s par leur niche &#xE9;cologique comme un moyen de pr&#xE9;dire leur fonction r&#xF4;le directement &#xE0; partir de leur s&#xE9;quence du g&#xE9;nome.

Pr&#xE9;dire procaryotes niches &#xE9;cologiques moyen de l&#x26;#39;analyse de s&#xE9;quence du g&#xE9;nome

Automatisierte DNA-Sequenzierung-Technologie ist so schnell, dass die Analyse der geschwindigkeitsbestimmende Schritt geworden ist. Hunderte von prokaryotischen Genomsequenzen sind &ouml;ffentlich zug&auml;nglich, mit neuen genomen hochgeladen in H&ouml;he von etwa 20 pro Monat. Daher enthalten diese wachsende Zahl von Genomsequenzen Mikroorganismen nicht zuvor identifiziert, isoliert oder beobachtet. Wir vermuten, dass die evolution&auml;ren Druck eine &ouml;kologische Nische f&uuml;r eine &auml;hnliche genetische Repertoire in den Prokaryoten ausw&auml;hlt, die die gleiche Nische zu besetzen, und dies sei durch vertikale und horizontale &Uuml;bertragung. Um dies zu testen, haben wir eine neuartige Methode um Prokaryoten, zu klassifizieren, indem ihre Pfam-Protein-Dom&auml;ne-Distributionen sowie clustering sie mit allen anderen sequenzierten prokaryontischer Arten entwickelt. Gruppen von Organismen werden in zwei Dimensionen als &#39;Berge&#39; auf der topologischen Karte visualisiert. Im Vergleich zu einer phylogenetischen Karte mit 16S rRNA konstruiert Cluster dieser Karte genauer Prokaryoten nach funktionalen und &ouml;kologischen Attribute. Wir zeigen: diese Karte, die wir nennen eine &quot;Nische Karte&quot;, Cluster nach &ouml;kologischen Nische sowohl quantitativ und qualitativ und vorschlagen, da&szlig; diese Methode verwendet werden, um uncharakterisiertes Prokaryoten mit ihrer &ouml;kologischen Nische als Mittel der Vorhersage ihrer funktionalen Rolle direkt aus ihrem Genom-Sequenz zuzuordnen.

Vorhersage prokaryotische &ouml;kologische Nischen mit Genom-Sequenz-Analyse.

Tecnologia automatizzata di sequenziamento del DNA &egrave; cos&igrave; rapida che analisi sono diventata il punto di limitazione della velocit&agrave;. Centinaia di sequenze di genoma procariotico &egrave; pubblicamente disponibili, con nuovi genomi caricati al ritmo di circa 20 al mese. Di conseguenza, questo crescente corpo di sequenze di genoma includer&agrave; microrganismi non precedentemente identificato, isolato o osservato. Ipotizziamo che evolutiva pressione esercitata da una nicchia ecologica seleziona per un repertorio genetico simile a quelli procarioti che occupano la stessa nicchia, e che ci&ograve; &egrave; dovuto alla trasmissione verticale e orizzontale. Per eseguire questo test, abbiamo sviluppato un nuovo metodo per classificare i procarioti, calcolando le loro distribuzioni di dominio Pfam proteine e li clustering con tutte le altre specie procariotiche sequenziate. Ammassi di organismi vengono visualizzati in due dimensioni come &#39;montagne&#39; su una mappa topologica. Rispetto alla mappa filogenetica costruita utilizzando 16S rRNA, questa mappa cluster pi&ugrave; accuratamente procarioti secondo gli attributi funzionali e ambientali. Noi dimostrare la capacit&agrave; di questa mappa, che abbiamo una &quot;nicchia mappa&quot;, a cluster secondo la nicchia ecologica di termine quantitativamente e qualitativamente e propongono che questo metodo utilizzabile per associare atipici procarioti con loro nicchia ecologica come un mezzo per predire il loro ruolo funzionale direttamente dalla loro sequenza del genoma.

Previsione procariote nicchie ecologiche utilizzando l&#39;analisi della sequenza del genoma.

&#x81EA;&#x52D5;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;DNA&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6280;&#x8853;&#x306F;&#x3001;&#x89E3;&#x6790;&#x304C;&#x5F8B;&#x901F;&#x6BB5;&#x968E;&#x3068;&#x306A;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x306E;&#x3067;&#x3001;&#x8FC5;&#x901F;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x4F55;&#x767E;&#x3082;&#x306E;&#x7D04;20&#xFF05;&#x6708;&#x306E;&#x30EC;&#x30FC;&#x30C8;&#x3067;&#x30A2;&#x30C3;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3067;&#x3001;&#x516C;&#x958B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x305D;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x3053;&#x306E;&#x6210;&#x9577;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306F;&#x7279;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x9694;&#x96E2;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x8A8D;&#x3081;&#x3089;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x751F;&#x614B;&#x7684;&#x5730;&#x4F4D;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3082;&#x305F;&#x3089;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x9032;&#x5316;&#x306E;&#x5727;&#x529B;&#x304C;&#x540C;&#x3058;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C1;&#x3092;&#x5360;&#x3081;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x985E;&#x4F3C;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30EC;&#x30D1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x9078;&#x629E;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x5782;&#x76F4;&#x65B9;&#x5411;&#x3068;&#x6C34;&#x5E73;&#x65B9;&#x5411;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x4F1D;&#x9001;&#x306B;&#x8D77;&#x56E0;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x4EEE;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3092;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x5F7C;&#x3089;&#x306E;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x306E;&#x5206;&#x5E03;&#x3092;&#x8A08;&#x7B97;&#x3057;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x5869;&#x57FA;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x7A2E;&#x3068;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x3092;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x3092;&#x5206;&#x985E;&#x3059;&#x308B;&#x624B;&#x6CD5;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x306F;&#x3001;&#x30C8;&#x30DD;&#x30ED;&#x30B8;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x4E0A;&#x306E; &#x26;#39;&#x5C71;&#x26;#39;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x4E8C;&#x6B21;&#x5143;&#x3067;&#x53EF;&#x8996;&#x5316;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; 16S rRNA&#x3092;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x3092;&#x3088;&#x308A;&#x6B63;&#x78BA;&#x306B;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x304C;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3057;&#x3066;&#x304A;&#x308A;&#x3001;&#x74B0;&#x5883;&#x306E;&#x5C5E;&#x6027;&#x306B;&#x5F93;&#x3063;&#x3066;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x3002;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x69CB;&#x7BC9;&#x7CFB;&#x7D71;&#x306E;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x91CF;&#x7684;&#x306B;&#x3082;&#x8CEA;&#x7684;&#x306B;&#x751F;&#x614B;&#x7684;&#x5730;&#x4F4D;&#x306B;&#x5FDC;&#x3058;&#x3066;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x306B;&#x3001; &#x26;quot;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C1;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x26;quot;&#x3068;&#x3044;&#x3046;&#x7528;&#x8A9E;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x306E;&#x80FD;&#x529B;&#x3092;&#x5B9F;&#x8A3C;&#x3057;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;&#x624B;&#x6BB5;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x751F;&#x614B;&#x5B66;&#x7684;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C1;&#x3068;&#x672A;&#x77E5;&#x751F;&#x7269;&#x3092;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x63D0;&#x6848;&#x76F4;&#x63A5;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x304B;&#x3089;&#x30ED;&#x30FC;&#x30EB;&#x3002;

&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x539F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x751F;&#x614B;&#x7684;&#x5730;&#x4F4D;&#x3092;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3059;&#x308B;

&#xC790;&#xB3D9;&#xD654; &#xB41C; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xC220;&#xC774; &#xC774;&#xB2E4; &#xADF8;&#xB798;&#xC11C; &#xBE60;&#xB978; &#xBD84;&#xC11D; &#xC18D;&#xB3C4; &#xC81C;&#xD55C; &#xB2E8;&#xACC4; &#xB418;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4;. Prokaryotic &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC218;&#xBC31; &#xB9E4;&#xC6D4; &#xC57D; 20&#xC758; &#xC18D;&#xB3C4;&#xB85C; &#xC5C5;&#xB85C;&#xB4DC; &#xD558;&#xB294; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640; &#xACF5;&#xAC1C;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8; &#xACB0;&#xACFC;, &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC2E0;&#xCCB4;&#xC758; &#xC131;&#xC7A5; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC2DD;&#xBCC4;, &#xACA9;&#xB9AC;, &#xB610;&#xB294; &#xAD00;&#xCC30; &#xB41C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC774; &#xD3EC;&#xD568; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC0DD;&#xD0DC; &#xD2C8;&#xC0C8;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC9C4;&#xD654; &#xC555;&#xB825; &#xAC19;&#xC740; &#xD2C8;&#xC0C8;&#xB97C; &#xCC28;&#xC9C0; &#xADF8; prokaryotes&#xC5D0;&#xC11C; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB808; &#xD37C; &#xD1A0;&#xB9AC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC120;&#xD0DD; &#xAC00;&#xC124; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0;&#xC774; &#xC218;&#xC9C1; &#xBC0F; &#xC218;&#xD3C9; &#xC804;&#xC1A1; &#xB54C;&#xBB38; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC774; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xC18C;&#xC124; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC; Pfam &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; &#xBC30;&#xD3EC;&#xD310; &#xB4E4;&#xC744; &#xACC4;&#xC0B0; &#xD558; &#xACE0; &#xB2E4;&#xB978; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; prokaryotic &#xC885; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xB9C1; prokaryotes, &#xBD84;&#xB958;&#xB97C; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xD1A0;&#xD3F4;&#xB85C;&#xC9C0; &#xC9C0;&#xB3C4;&#xC5D0; &#39;&#xC0B0;&#39;&#xC73C;&#xB85C; 2 &#xCC28;&#xC6D0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DC;&#xAC01;&#xD654;&#xB294;. 16S Rrna&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC74;&#xC124; phylogenetic &#xC9C0;&#xB3C4;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574;,&#xC774; &#xC9C0;&#xB3C4; &#xB354; &#xC815;&#xD655; &#xD558; &#xAC8C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801;, &#xD658;&#xACBD;&#xC801; &#xD2B9;&#xC131;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; prokaryotes &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC774; &#xC9C0;&#xB3C4; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC6A9;&#xC5B4; &quot;&#xD2C8;&#xC0C8; &#xC9C0;&#xB3C4;&quot;, &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; &#xB450; &#xC0DD;&#xD0DC; &#xD2C8;&#xC0C8;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC591;&#xC801; &#xC9C8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C1;&#xC811; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xC608;&#xCE21; &#xD558;&#xB294; &#xC218;&#xB2E8;&#xC73C;&#xB85C; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC0DD;&#xD0DC; &#xD2C8;&#xC0C8;&#xC640; &#xC0C8;&#xB86D;&#xAC70;&#xB098; prokaryotes &#xC5F0;&#xACB0;&#xD560;&#xC774; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294;.

&#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBD84;&#xC11D; &#xC608;&#xCE21; prokaryotic &#xC0DD;&#xD0DC; &#xD2C8;&#xC0C8;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

ADN automatizada tecnolog&#xED;a de secuenciaci&#xF3;n es tan r&#xE1;pida que el an&#xE1;lisis se ha convertido en el paso limitante. Cientos de secuencias del genoma procari&#xF3;tico est&#xE1;n disponibles al p&#xFA;blico, con los nuevos genomas subido a un ritmo de aproximadamente el 20 por mes. Como resultado, este cuerpo creciente de las secuencias del genoma se incluyen microorganismos no previamente identificado, aislado, u observado. Se postula que la presi&#xF3;n evolutiva ejercida por un nicho ecol&#xF3;gico selecciona para un repertorio gen&#xE9;tico similar en aquellos procariotas que ocupan el mismo nicho, y que esto es debido tanto a la transmisi&#xF3;n vertical y horizontal. Para probar esto, hemos desarrollado un nuevo m&#xE9;todo para clasificar los procariotas, mediante el c&#xE1;lculo de sus Pfam distribuciones de prote&#xED;nas de dominio y la agrupaci&#xF3;n con el resto de especies procari&#xF3;ticas secuenciados. Los grupos de organismos se visualizan en dos dimensiones como &#x26;#39;monta&#xF1;as&#x26;#39; en un mapa topol&#xF3;gico. Cuando se compara con un mapa filogen&#xE9;tico construido utilizando ARNr 16S, este mapa con mayor precisi&#xF3;n las agrupaciones procariotas de acuerdo con los atributos funcionales y ambientales. Se demuestra la capacidad de este mapa, lo que llamamos un &#x26;quot;mapa de nicho&#x26;quot;, a agruparse de acuerdo a nicho ecol&#xF3;gico tanto cuantitativa como cualitativamente, y proponen que se utilice este m&#xE9;todo para asociar los procariotas no caracterizados con su nicho ecol&#xF3;gico como un medio para predecir su funcionamiento funci&#xF3;n directa de su secuencia del genoma.

La predicci&#xF3;n de procariotas nichos ecol&#xF3;gicos utilizando an&#xE1;lisis de la secuencia del genoma

&#x7F29;&#x65F6;&#x7535;&#x5F71;&#x7528;&#x6765;&#x68C0;&#x67E5;&#x6572;&#x7ED3;&#x5B9E;&#x8EAB;&#x4F53;&#x53D1;&#x80B2;&#x3002;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x7EC6;&#x80DE;&#x901A;&#x8FC7;&#x4E09;&#x4E2A;&#x4E0D;&#x540C;&#x9636;&#x6BB5;&#x6240;&#x53D6;&#x5F97;&#x7684;&#x8FDB;&#x5C55;&#xFF1A; &#x4E00;&#x4E9B;&#x52A8;&#x529B;&#xFF0C;&#x4F46;&#x5C0F;&#x805A;&#x5408; &#xFF08;0 &#x81F3; 8 h)&#xFF0C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x9759;&#x6B62;&#x7684;&#x9636;&#x6BB5;&#x4E00;&#x6BB5;&#x65F6;&#x95F4;&#x7684;&#x79EF;&#x6781;&#x52A8;&#x529B;&#x5BFC;&#x81F4;&#x5F15;&#x53D1;&#x72B6;&#x5B50; (8 &#x5230; 16 h) &#x548C;&#x4E00;&#x6BB5;&#x671F;&#x95F4;&#x7684;&#x4EA7;&#x5B62;&#x6210;&#x719F;&#x662F;&#x53D1;&#x8D77; &#xFF08;16 &#x5230; 48 h&#xFF09;&#x3002;&#x5728;&#x4E00;&#x7CFB;&#x5217;&#x7684;&#x5C42;&#xFF0C;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x6D89;&#x53CA;&#x7684;&#x6700;&#x4E0A;&#x9762;&#x7684;&#x56FE;&#x5C42;&#x4E0A;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5355;&#x5C42;&#x52A0;&#x6CD5;&#x5782;&#x76F4;&#x6269;&#x5C55;&#x72B6;&#x5B50;&#x3002;PilA (MXAN_5783) &#x7A81;&#x53D8;&#x4EA7;&#x751F;&#x8F83;&#x5C11;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5916;&#x57FA;&#x8D28;&#x6750;&#x6599;&#xFF0C;&#x56E0;&#x6B64;&#x5141;&#x8BB8;&#x4ED4;&#x7EC6;&#x5206;&#x5C42;&#x805A;&#x5408;&#x5F62;&#x6210;&#x3002;CsgA (MXAN_1294) &#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x5C55;&#x793A;&#x6CA1;&#x6709;&#x9759;&#x6B62;&#x9636;&#x6BB5;&#x3001; &#x5F02;&#x5E38;&#x805A;&#x96C6;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E8C;&#x9636;&#x6BB5;&#x548C;&#x7B2C;&#x4E09;&#x9636;&#x6BB5;&#x7684;&#x72B6;&#x5B50;&#x89E3;&#x4F53;&#x3002;

&#x6572;&#x7ED3;&#x5B9E;&#x8EAB;&#x4F53;&#x5F62;&#x6210;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7684;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x3002;

Microcinematography was used to examine fruiting body development of Myxococcus xanthus. Wild-type cells progress through three distinct phases: a quiescent phase with some motility but little aggregation (0 to 8 h), a period of vigorous motility leading to raised fruiting bodies (8 to 16 h), and a period of maturation during which sporulation is initiated (16 to 48 h). Fruiting bodies are extended vertically in a series of tiers, each involving the addition of a cell monolayer on top of the uppermost layer. A pilA (MXAN_5783) mutant produced less extracellular matrix material and thus allowed closer examination of tiered aggregate formation. A csgA (MXAN_1294) mutant exhibited no quiescent phase, aberrant aggregation in phase 2, and disintegration of the fruiting bodies in the third phase.

Spatial organization of Myxococcus xanthus during fruiting body formation.

Microcin&#xE9;matographie a &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9;e pour examiner le d&#xE9;veloppement de la fructification de Myxococcus xanthus. Wild-type de progression des cellules &#xE0; travers trois phases distinctes: une phase de repos avec une certaine mobilit&#xE9;, mais l&#x26;#39;agr&#xE9;gation peu (0 &#xE0; 8 h), une p&#xE9;riode de la motilit&#xE9; vigoureuse conduisant &#xE0; fructifications soulev&#xE9;es (8 &#xE0; 16 h), et une p&#xE9;riode de maturation au cours de laquelle sporulation est lanc&#xE9; (16 &#xE0; 48 h). Fructifications sont dress&#xE9;es verticalement dans une s&#xE9;rie de niveaux, chacun comportant l&#x26;#39;addition d&#x26;#39;une monocouche de cellules sur le dessus de la couche sup&#xE9;rieure. Un Pila (MXAN_5783) mutant produit mat&#xE9;riau de la matrice extracellulaire et moins ainsi permis un examen plus approfondi de la formation d&#x26;#39;agr&#xE9;gats &#xE0; plusieurs niveaux. Un csgA (MXAN_1294) mutant ne pr&#xE9;sente aucune phase de repos, l&#x26;#39;agr&#xE9;gation aberrante dans la phase 2, et la d&#xE9;sint&#xE9;gration des fructifications dans la troisi&#xE8;me phase.

Organisation spatiale de Myxococcus Xanthus Pendant la formation de corps fructif&#xE8;res

Microcinematography wurde verwendet, um Fruchtk&ouml;rper Aufbauentwicklung von Myxococcus Xanthus untersuchen. Wildtyp Zellen Fortschritt durch drei Phasen: eine ruhige Phase mit einigen Motilit&auml;t aber wenig Aggregation (0 bis 8 h), einen Zeitraum von kr&auml;ftigen Motilit&auml;t f&uuml;hrt zu erh&ouml;hten Fruchtk&ouml;rper (8 bis 16 h) und einen Zeitraum der Reifung w&auml;hrend der Sporenbildung ist eingeleitet (16 bis 48 h). Fruchtk&ouml;rper sind vertikal in einer Reihe von Ebenen, an denen jeweils den Zusatz von einer Zelle Monolage oben auf die oberste Schicht erweitert. Eine Mutante PilA (MXAN_5783) produziert weniger extrazellul&auml;ren Matrix-Material und somit zul&auml;ssig n&auml;herer Untersuchung der gestuften Aggregat-Formation. Eine Mutante CsgA (MXAN_1294) zeigte keine ruhige Phase, aberrante Aggregation in Phase 2 und Zerfall der Fruchtk&ouml;rper in der dritten Phase.

R&auml;umliche Organisation von Myxococcus Xanthus w&auml;hrend der Bildung der Fruchtk&ouml;rper-K&ouml;rper.

Microcinematography &egrave; stato usato per esaminare lo sviluppo di corpo fruttifero di Myxococcus xanthus. Progresso selvaggio-tipo celle attraverso tre fasi distinte: una fase quiescente con alcuni motilit&agrave; ma poco aggregazione (0-8 h), un periodo di vigorosa motilit&agrave; portando a corpi fruttiferi rialzati (8-16 h) e un periodo di maturazione durante la quale sporulazione &egrave; avviato (16 a 48 h). Corpi fruttiferi sono estese verticalmente in una serie di livelli, ciascuno che coinvolge l&#39;aggiunta di un monostrato di cellule sopra lo strato rivolto verso l&#39;alto. Un mutante di pilA (MXAN_5783) ha prodotto meno materiale extracellulare e quindi consentito un esame pi&ugrave; attento della formazione di aggregati a pi&ugrave; livelli. Un mutante csgA (MXAN_1294) non esposto nessuna fase quiescente, aggregazione aberrante in fase 2 e disgregazione dei corpi fruttiferi nella terza fase.

Organizzazione spaziale di Myxococcus xanthus durante la formazione del corpo fruttifero.

Microcinematography&#x306F;Myxococcus xanthus&#x306E;&#x5B50;&#x5B9F;&#x4F53;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x3092;&#x691C;&#x8A0E;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002; 3&#x3064;&#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x6BB5;&#x968E;&#x3092;&#x7D4C;&#x3066;&#x3001;&#x91CE;&#x751F;&#x578B;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x9032;&#x884C;&#xFF1A;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x904B;&#x52D5;&#x3068;&#x9759;&#x6B62;&#x76F8;&#x306F;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x51DD;&#x96C6;&#xFF08;0&#x301C;8&#x6642;&#x9593;&#xFF09;&#x3001;&#x5F15;&#x304D;&#x4E0A;&#x3052;&#x5B50;&#x5B9F;&#x4F53;&#xFF08;8&#x301C;16&#x6642;&#x9593;&#xFF09;&#x306B;&#x3064;&#x306A;&#x304C;&#x308B;&#x7A4D;&#x6975;&#x7684;&#x306A;&#x904B;&#x52D5;&#x306E;&#x671F;&#x9593;&#x3001;&#x4E2D;&#x306E;&#x6210;&#x719F;&#x306E;&#x671F;&#x9593;&#x80DE;&#x5B50;&#x5F62;&#x6210;&#x306F;&#x3001;&#xFF08;16&#x301C;48&#x6642;&#x9593;&#xFF09;&#x304C;&#x958B;&#x59CB;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5B50;&#x5B9F;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;&#x5C64;&#x3001;&#x6700;&#x4E0A;&#x5C64;&#x306E;&#x4E0A;&#x306B;&#x7D30;&#x80DE;&#x5358;&#x5C64;&#x306E;&#x52A0;&#x7B97;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x5404;&#x30B7;&#x30EA;&#x30FC;&#x30BA;&#x306B;&#x5782;&#x76F4;&#x306B;&#x62E1;&#x5F35;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; pilum&#x306E;&#x8907;&#x6570;&#x5F62;&#xFF08;MXAN_5783&#xFF09;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;&#x4EE5;&#x4E0B;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x5916;&#x30DE;&#x30C8;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x6750;&#x6599;&#x3092;&#x751F;&#x7523;&#x3057;&#x3001;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x968E;&#x5C64;&#x578B;&#x51DD;&#x96C6;&#x4F53;&#x5F62;&#x6210;&#x3092;&#x7DBF;&#x5BC6;&#x306B;&#x691C;&#x8A0E;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; csgA&#xFF08;MXAN_1294&#x200B;&#x200B;&#xFF09;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306F;&#x9759;&#x6B62;&#x76F8;&#x3001;2&#x76F8;&#x306E;&#x7570;&#x5E38;&#x306A;&#x51DD;&#x96C6;&#x3001;&#x7B2C;&#x4E09;&#x76F8;&#x306E;&#x5B50;&#x5B9F;&#x4F53;&#x306E;&#x5D29;&#x58CA;&#x3092;&#x793A;&#x3055;&#x306A;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;

&#x5B50;&#x5B9F;&#x4F53;&#x5F62;&#x6210;&#x6642;&#x306B;Myxococcus Xanthus&#x306E;&#x7A7A;&#x9593;&#x7684;&#x306A;&#x7D44;&#x7E54;

Microcinematography Myxococcus xanthus&#xC758; fruiting &#xC2E0;&#xCCB4; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xAC80;&#xC0AC; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD55C;. &#xC57C;&#xC0DD;-&#xD0C0;&#xC785; &#xC140; &#xC138; &#xB2E8;&#xACC4;&#xB85C; &#xC9C4;&#xD589;: &#xC77C;&#xBD80; &#xC6B4;&#xB3D9; &#xC131; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC791;&#xC740; &#xC9D1;&#xACC4; (0 ~ 8 h)&#xC640; &#xBB34;&#xBD80;&#xD558; &#xB2E8;&#xACC4; &#xD65C;&#xBC1C; &#xD55C; &#xC6B4;&#xB3D9; &#xC131; &#xC81C;&#xAE30; fruiting &#xC2DC;&#xCCB4; (8 ~ 16 h)&#xC5D0; &#xC774;&#xB974;&#xB294; &#xAE30;&#xAC04;&#xACFC; &#xD3EC;&#xC790; &#xD615;&#xC131; &#xB3D9;&#xC548; &#xC131;&#xC219;&#xC758; &#xAE30;&#xAC04; &#xC774;&#xB2E4; &#xC2DC;&#xC791;&#xB41C; (16 ~ 48 h). Fruiting &#xC2DC;&#xCCB4;&#xB294; &#xACC4;&#xCE35;&#xC758; &#xB9E8; &#xC704;&#xC5D0; &#xB808;&#xC774;&#xC5B4; &#xC704;&#xC5D0; &#xC140; &#xB2E8;&#xCE35;&#xC758; &#xCD94;&#xAC00; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xAC01; &#xC2DC;&#xB9AC;&#xC988;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC138;&#xB85C;&#xB85C; &#xD655;&#xC7A5; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. PilA (MXAN_5783) &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC801;&#xC740; &#xC138;&#xD3EC; &#xC678; &#xAE30;&#xC9C8; &#xC7AC;&#xB8CC;&#xB97C; &#xC0DD;&#xC0B0; &#xD558; &#xACE0; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; &#xACC4;&#xCE35;&#xB41C; &#xC9D1;&#xACC4; &#xD615;&#xC131;&#xC758; &#xAC00;&#xAE4C;&#xC774; &#xC2DC;&#xD5D8;&#xC744; &#xD5C8;&#xC6A9;. CsgA (MXAN_1294) &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC804;&#xC2DC; &#xC5C6;&#xC74C; &#xBB34;&#xBD80;&#xD558; &#xB2E8;&#xACC4;, &#xB2E8;&#xACC4; 2, &#xD0C8; &#xC120; &#xC9D1;&#xACC4; &#xBC0F; &#xC138; &#xBC88;&#xC9F8; &#xB2E8;&#xACC4;&#xC5D0;&#xC11C; fruiting &#xC2DC;&#xCCB4;&#xC758; &#xD574;&#xCCB4;.

Fruiting &#xBAB8;&#xC744; &#xD615;&#xC131; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; Myxococcus xanthus&#xC758; &#xACF5;&#xAC04; &#xC870;&#xC9C1;.

Microcinematograf&#xED;a se utiliz&#xF3; para examinar el desarrollo de la fructificaci&#xF3;n cuerpo de Myxococcus xanthus. C&#xE9;lulas de tipo salvaje progreso a trav&#xE9;s de tres fases distintas: una fase de reposo con un poco de movilidad pero poca agregaci&#xF3;n de (0 a 8 h), un per&#xED;odo de movilidad vigorosa dando lugar a cuerpos fruct&#xED;feros planteadas (de 8 a 16 h), y un per&#xED;odo de maduraci&#xF3;n durante el cual esporulaci&#xF3;n se inicia (16 a 48 h). Los cuerpos fruct&#xED;feros se extienden verticalmente en una serie de niveles, cada uno que implica la adici&#xF3;n de una monocapa de c&#xE9;lulas en la parte superior de la capa superior. Una pila (MXAN_5783) mutante producido material de la matriz extracelular y menos un examen m&#xE1;s detallado de lo que permite la formaci&#xF3;n de agregados en niveles. Un csgA (MXAN_1294) mutante no mostraron fase de reposo, la agregaci&#xF3;n aberrante en la fase 2, y la desintegraci&#xF3;n de los cuerpos fruct&#xED;feros en la tercera fase.

Organizaci&#xF3;n espacial de Myxococcus Janto Durante Formaci&#xF3;n cuerpo fruct&#xED;fero

&#x7EA4;&#x7EF4;&#x5806;&#x5C5E;&#x7EA6;&#x7EFC;&#x5408;&#x5206;&#x79BB;&#x9ECF;&#x7EC6;&#x83CC;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x5305;&#x62EC;&#x6297;&#x764C;&#x4EE3;&#x8C22;&#x4EA7;&#x7269;&#x9709;&#x7D20;&#x7684;&#x6B21;&#x751F;&#x4EE3;&#x8C22;&#x4EA7;&#x7269;&#x7684;&#x4E00;&#x534A;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x6A21;&#x578B;&#x7EA4;&#x7EF4;&#x5806;&#x5E94;&#x53D8; S.&#x56CA;&#x83CC;&#x8FD9;&#x4E48; ce56&#xFF0C;&#x751F;&#x4EA7;&#x51E0;&#x79CD;&#x5929;&#x7136;&#x4EA7;&#x54C1;&#x548C;&#x5177;&#x6709;&#x5178;&#x578B;&#x7684;&#x5C5E;&#x7684;&#x5F62;&#x6001;&#x548C;&#x751F;&#x7406;&#x5C5E;&#x6027;&#x7684;&#x5B8C;&#x6574;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x5706;&#x5F62;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC; 13,033,779 &#x4E2A;&#x78B1;&#x57FA;&#xFF0C;&#x662F;&#x6700;&#x5927;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x5230;&#x76EE;&#x524D;&#x4E3A;&#x6B62;&#x3002;&#x6CA1;&#x6709;&#x4E0E;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x5168;&#x7403;&#x540C;&#x7EBF;&#x6027;&#x5206;&#x6790;&#x663E;&#x800C;&#x6613;&#x89C1;&#xFF0C;&#x63ED;&#x793A;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x9ECF;&#x7EC6;&#x83CC;&#x4E4B;&#x95F4;&#x4EA7;&#x751F;&#x5206;&#x6B67;&#x7684;&#x672A;&#x9884;&#x6599;&#x5230;&#x7684;&#x6C34;&#x5E73;&#x3002;&#x5F88;&#x5927;&#x6BD4;&#x4F8B;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x81F4;&#x529B;&#x4E8E;&#x89C4;&#x7BA1;&#xFF0C;&#x7279;&#x522B;&#x662F;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x540E;&#x7684;&#x78F7;&#x9178;&#x5316;&#xFF0C;&#x5B83;&#x53EF;&#x80FD;&#x652F;&#x6301;&#x5E94;&#x53D8;&#x7684;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x793E;&#x4F1A;&#x751F;&#x6D3B;&#x65B9;&#x5F0F;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E00;&#x76D1;&#x7BA1;&#x7F51;&#x7EDC;&#x5305;&#x62EC;&#x8F7D;&#x4F53;&#x86CB;&#x767D;&#x6FC0;&#x9176;&#x6FC0;&#x9176;&#x5728;&#x4EFB;&#x4F55;&#x4E00;&#x79CD;&#x751F;&#x7269;&#x4E2D;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x6700;&#x9AD8;&#x6570;&#x76EE;&#x3002;&#x5341;&#x4E03;&#x6B21;&#x751F;&#x4EE3;&#x8C22;&#x57FA;&#x56E0;&#x5728;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x8BB8;&#x591A;&#x9176;&#x7F16;&#x7801;&#x4E0E;&#x884C;&#x4E1A;&#x4E2D;&#x7684;&#x6F5C;&#x5728;&#x7528;&#x9014;&#x3002;

&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x6D4B;&#x5B9A;&#x7EA4;&#x7EF4;&#x5806;&#x56CA;&#x3002;

The genus Sorangium synthesizes approximately half of the secondary metabolites isolated from myxobacteria, including the anti-cancer metabolite epothilone. We report the complete genome sequence of the model Sorangium strain S. cellulosum So ce56, which produces several natural products and has morphological and physiological properties typical of the genus. The circular genome, comprising 13,033,779 base pairs, is the largest bacterial genome sequenced to date. No global synteny with the genome of Myxococcus xanthus is apparent, revealing an unanticipated level of divergence between these myxobacteria. A large percentage of the genome is devoted to regulation, particularly post-translational phosphorylation, which probably supports the strain's complex, social lifestyle. This regulatory network includes the highest number of eukaryotic protein kinase-like kinases discovered in any organism. Seventeen secondary metabolite loci are encoded in the genome, as well as many enzymes with potential utility in industry.

Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum.

Le Sorangium genre synth&#xE9;tise environ la moiti&#xE9; des m&#xE9;tabolites secondaires isol&#xE9;s &#xE0; partir de myxobact&#xE9;ries, y compris l&#x26;#39;&#xE9;pothilone anti-cancer m&#xE9;tabolite. Nous rapportons la s&#xE9;quence compl&#xE8;te du g&#xE9;nome de la souche de S. Sorangium mod&#xE8;le cellulosum Donc ce56, qui produit plusieurs produits naturels et poss&#xE8;de des propri&#xE9;t&#xE9;s morphologiques et physiologiques typiques du genre. Le g&#xE9;nome circulaire, comprenant 13,033,779 paires de bases, est le plus grand g&#xE9;nome bact&#xE9;rien dont le s&#xE9;quen&#xE7;age &#xE0; ce jour. Pas de synt&#xE9;nie globale avec le g&#xE9;nome de Myxococcus xanthus est &#xE9;vident, r&#xE9;v&#xE9;lant un niveau impr&#xE9;vu de divergence entre ces myxobact&#xE9;ries. Un grand pourcentage du g&#xE9;nome est consacr&#xE9; &#xE0; la r&#xE9;glementation, en particulier post-traductionnelle phosphorylation, qui soutient probablement complexe de la souche, style de vie sociale. Ce r&#xE9;seau comprend r&#xE9;glementaire le plus grand nombre de eucaryotes la prot&#xE9;ine kinase-kinases comme d&#xE9;couvertes dans n&#x26;#39;importe quel organisme. Dix-sept loci secondaires m&#xE9;tabolites sont cod&#xE9;s dans le g&#xE9;nome, ainsi que de nombreuses enzymes ayant une utilit&#xE9; potentielle dans l&#x26;#39;industrie.

S&#xE9;quence compl&#xE8;te du g&#xE9;nome de l&#x26;#39;Sorangium cellulosum Myxobacterium

Die Gattung Sorangium synthetisiert rund die H&auml;lfte der Sekund&auml;rmetaboliten aus Myxobakterien, einschlie&szlig;lich das Anti-Krebs-Metabolit Epothilon isoliert. Wir berichten die vollst&auml;ndige Genom-Sequenz von Modell Sorangium Stamm S. Cellulosum So ce56, das produziert verschiedene Naturprodukte und morphologische und physiologische Eigenschaften, die typisch f&uuml;r die Gattung. Das kreisf&ouml;rmige Genom, bestehend aus 13,033,779 Basenpaare, ist das gr&ouml;&szlig;te bakterielle Genom sequenziert bis heute. Keine globale Syntenie mit dem Genom von Myxococcus Xanthus ergibt, offenbart eine unerwartete Ebene der Divergenz zwischen diesen Myxobakterien. Ein gro&szlig;er Prozentsatz des Genoms widmet sich der Verordnung, insbesondere POSTTRANSLATIONELLE Phosphorylierung, die wahrscheinlich die Belastung komplexe, soziale Lebensweise unterst&uuml;tzt. Diese regulatorische Netzwerk umfasst die h&ouml;chste Zahl der eukaryotischen Kinase-wie Proteinkinasen in jeder Organismus entdeckt. Siebzehn sekund&auml;res Stoffwechselprodukt Loci sind in das Genom, sowie viele Enzyme mit potenziellen-Dienstprogramm in der Industrie codiert.

Komplette Genom-Sequenz von der Myxobacterium Sorangium Cellulosum.

Il genere Polyangium sintetizza circa la met&agrave; dei metaboliti secondari isolati da myxobacteria, tra cui il epothilone metabolita anticancro. Riportiamo la sequenza completa del genoma del modello Polyangium ceppo S. cellulosum cos&igrave; ce56, che produce diversi prodotti naturali ed ha propriet&agrave; morfologiche e fisiologiche tipiche del genere. Il genoma circolare, comprendente 13,033,779 paia di basi, &egrave; il pi&ugrave; grande genoma batterico sequenziato fino ad oggi. No sintenia globale con il genoma di Myxococcus xanthus &egrave; apparente, rivelando un livello di divergenza tra questi myxobacteria imprevisto. Una grande percentuale del genoma &egrave; dedicata al regolamento, fosforilazione particolarmente alberino-di traduzione, che probabilmente supporta del ceppo complesse, sociali lifestyle. Questa regolamentazione rete include il pi&ugrave; alto numero di chinasi della chinasi-come proteina eucariotica scoperto in qualsiasi organismo. Diciassette loci metabolita secondario sono codificati nel genoma, come pure molti enzimi con potenziale utilit&agrave; nell&#39;industria.

Completare la sequenza del genoma della myxobacterium Polyangium cellulosum.

&#x5C5E;Sorangium&#x306F;&#x3001;&#x6297;&#x304C;&#x3093;&#x5264;&#x306E;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x7269;&#x30A8;&#x30DD;&#x30C1;&#x30ED;&#x30F3;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x7C98;&#x6DB2;&#x7D30;&#x83CC;&#x304B;&#x3089;&#x5358;&#x96E2;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x4E8C;&#x6B21;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x7269;&#x306E;&#x7D04;&#x534A;&#x5206;&#x3092;&#x5408;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x5929;&#x7136;&#x7269;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3057;&#x3001;&#x5C5E;&#x306E;&#x5178;&#x578B;&#x7684;&#x306A;&#x5F62;&#x614B;&#x5B66;&#x7684;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x751F;&#x7406;&#x5B66;&#x7684;&#x7279;&#x6027;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;ce56&#x306E;&#x3067;&#x3001;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;Sorangium&#x682A;&#x306E;S. cellulosum&#x306E;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002; 13033779&#x5869;&#x57FA;&#x5BFE;&#x3092;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x74B0;&#x72B6;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x307E;&#x3067;&#x306B;&#x5869;&#x57FA;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x6700;&#x5927;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002; Myxococcus xanthus&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x306E;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#x306A;&#x30B7;&#x30F3;&#x30C6;&#x30CB;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7C98;&#x6DB2;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x76F8;&#x9055;&#x306E;&#x4E88;&#x671F;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x3001;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x3067;&#x306F;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x306F;&#x3001;&#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F;&#x682A;&#x306E;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x3001;&#x793E;&#x4F1A;&#x7684;&#x306A;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D5;&#x30B9;&#x30BF;&#x30A4;&#x30EB;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x898F;&#x5236;&#x306F;&#x3001;&#x7279;&#x306B;&#x7FFB;&#x8A33;&#x5F8C;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x5316;&#x306B;&#x5C02;&#x5FF5;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306F;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x751F;&#x7269;&#x3067;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x69D8;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x6700;&#x5927;&#x6570;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30BB;&#x30D6;&#x30F3;&#x30C6;&#x30A3;&#x30FC;&#x30F3;&#x4E8C;&#x6B21;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x7523;&#x7269;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5EA7;&#x306F;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x696D;&#x754C;&#x306E;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x30E6;&#x30FC;&#x30C6;&#x30A3;&#x30EA;&#x30C6;&#x30A3;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x9175;&#x7D20;&#x3067;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x7C98;&#x6DB2;&#x7D30;&#x83CC;Sorangium&#x306E;Cellulosum&#x306E;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;

Sorangium &#xC18D; &#xD569;&#xC131; &#xC57D; &#xC808;&#xBC18; &#xC810;&#xC561; &#xC138;&#xADE0;, &#xC554; &#xB300;&#xC0AC; &#xC0B0;&#xBB3C; epothilone &#xB4F1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBD84;&#xB9AC; &#xB41C; &#xBCF4;&#xC870; metabolites. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xBAA8;&#xB378; Sorangium &#xC2A4;&#xD2B8;&#xB808;&#xC778; S. cellulosum &#xB108;&#xBB34; ce56 &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xCC9C;&#xC5F0; &#xC81C;&#xD488;&#xC744; &#xC0DD;&#xC0B0; &#xD558; &#xACE0; &#xC18D;&#xC758; &#xC804;&#xD615;&#xC801;&#xC778; &#xD615;&#xD0DC; &#xBC0F; &#xC0DD;&#xB9AC; &#xC801; &#xC18D;&#xC131;&#xC758; &#xC644;&#xC804; &#xD55C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBCF4;&#xACE0;. 13,033,779 &#xAE30;&#xBCF8; &#xC30D;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xB41C; &#xC6D0;&#xD615; &#xAC8C;&#xB188; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD070; &#xC138;&#xADE0; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB0A0;&#xC9DC;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. Myxococcus xanthus&#xC758; &#xAC8C;&#xB188;&#xACFC; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; synteny &#xC5C6;&#xC74C;&#xC740; &#xBD84;&#xBA85;, &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC810;&#xC561; &#xC138;&#xADE0; &#xC0AC;&#xC774; &#xBD84;&#xAE30;&#xC758; &#xC608;&#xC0C1;&#xCE58; &#xC218;&#xC900; &#xACF5;&#xAC1C;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xD070; &#xBE44;&#xC728;&#xC744; &#xADDC;&#xC81C; &#xD558;&#xB294;&#xB370; &#xC544;&#xB9C8;&#xB3C4; &#xAE34;&#xC7A5;&#xC758; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD558; &#xACE0;, &#xC0AC;&#xD68C; &#xC0DD;&#xD65C;&#xC744; &#xC9C0; &#xC6D0;&#xD558;&#xB294; &#xD2B9;&#xD788; &#xB2E2; &#xC778; &#xC0B0;&#xD654;. &#xC774; &#xADDC;&#xC81C; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C; &#xC9C4; &#xD575; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD0A4; &#xB2C8; &#xC544; &#xC81C; &#xAC19;&#xC740; kinases &#xC5B4;&#xB5A4; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB41C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xB192;&#xC740; &#xC22B;&#xC790;&#xAC00; &#xD3EC;&#xD568; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. 17 2 &#xCC28; &#xB300;&#xC0AC; &#xC0B0;&#xBB3C; loci &#xC5C5;&#xACC4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xC720;&#xD2F8;&#xB9AC;&#xD2F0; &#xB9CE;&#xC740; &#xD6A8;&#xC18C;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Myxobacterium Sorangium cellulosum&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC644;&#xB8CC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

El g&#xE9;nero Sorangium sintetiza aproximadamente la mitad de los metabolitos secundarios aislados de mixobacterias, incluyendo la epotilona metabolito anti-c&#xE1;ncer. Se presenta la secuencia completa del genoma de la Sorangium modelo cellulosum cepa de S. As&#xED; CE56, que produce varios productos naturales y tiene propiedades morfol&#xF3;gicas y fisiol&#xF3;gicas t&#xED;picas del g&#xE9;nero. El genoma circular, que comprende 13,033,779 pares de bases, es el mayor genoma bacteriano secuenciado hasta la fecha. No synteny mundial con el genoma de Myxococcus xanthus se desprende, revelando un nivel inesperado de divergencia entre estas mixobacterias. Un gran porcentaje del genoma est&#xE1; dedicado a la regulaci&#xF3;n, sobre todo despu&#xE9;s de la traducci&#xF3;n de fosforilaci&#xF3;n, lo que probablemente soporta la tensi&#xF3;n de forma de vida compleja, social. Esta red de regulaci&#xF3;n incluye el mayor n&#xFA;mero de prote&#xED;nas eucariotas como quinasa quinasas descubiertos en cualquier organismo. Diecisiete loci metabolito secundario est&#xE1;n codificados en el genoma, as&#xED; como muchas enzimas con utilidad potencial en la industria.

Secuencia completa del genoma de la cellulosum Sorangium Myxobacterium

&#x7EC6;&#x83CC;&#x529F;&#x80FD;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x7684;&#x5B9E;&#x9645;&#x5E94;&#x7528;&#x3002;

Practical applications of bacterial functional genomics.

Applications pratiques de la g&#xE9;nomique fonctionnelle bact&#xE9;riennes

Praktische Anwendungen der bakteriellen funktionelle Genomik.

Applicazioni pratiche della genomica funzionale batterica.

&#x7D30;&#x83CC;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x5B9F;&#x7528;&#x5316;

&#xC138;&#xADE0; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC720;&#xC804;&#xCCB4;&#xD559;&#xC758; &#xC2E4;&#xC6A9;&#xC801;&#xC778; &#xC751;&#xC6A9; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Aplicaciones pr&#xE1;cticas de la Gen&#xF3;mica Funcional bacterianas

Wiki &#x65B0;&#x5174;&#x7684;&#x4E16;&#x754C;&#x3002;

The emerging world of wikis.

Le monde &#xE9;mergent des wikis

Den Schwellenl&auml;ndern von Wikis.

Il mondo emergente di wiki.

Wiki&#x306E;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x4E16;&#x754C;

Wiki&#xC758; &#xC2E0;&#xD765; &#xC138;&#xACC4;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

El emergente mundo de los Wikis

&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#xFF0C;&#x5E76;&#x91CF;&#x5316;&#x7684;&#x6E05;&#x5355;&#x53EA;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x6025;&#x8BCA;&#x5C5E;&#x6027;&#x901A;&#x8FC7;&#x6D4B;&#x91CF;&#x5BF9;&#x79F0;&#x7834;&#x5728;&#x4E00;&#x5927;&#x7FA4;&#x66B4;&#x9732;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x5230;&#x4E8C;&#x7EF4;&#x7684;&#x517B;&#x5206;&#x6E10;&#x53D8;&#x4ECE;&#x743C;&#x8102;&#x57FA;&#x677F;&#x5185;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x8D8B;&#x5316;&#x7A97;&#x4F53;&#x3002;M.&#x6851;&#x7D22;&#x65AF;&#x8D8B;&#x5316;&#x9700;&#x8981;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x8054;&#x7CFB;&#x548C;&#x534F;&#x8C03;&#x7684;&#x52A8;&#x529B;&#xFF0C;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x80FD;&#x52A8;&#x6027;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x53EA;&#x6709; nonvectorial &#x8FD0;&#x52A8;&#x4E0B;&#x517B;&#x5206;&#x7684;&#x6E10;&#x53D8;&#x3002;&#x57FA;&#x56E0;&#x5F71;&#x54CD; M.&#x6851;&#x7D22;&#x65AF;&#x8D8B;&#x5316;&#x5305;&#x62EC;&#x81F3;&#x5C11; 10 53 &#x8868;&#x793A;&#x589E;&#x5F3A;&#x5B50;&#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x7C7B;&#x4F3C; NtrC &#x7684;&#x7C7B;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x8F6C;&#x5F55;&#xFF0C;&#x6700;&#x6709;&#x53EF;&#x80FD;&#x7531;&#x4E00;&#x4E2A;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x4FE1;&#x53F7;&#x8F6C;&#x5BFC;&#x7F51;&#x7EDC;&#x63A7;&#x5236;&#x8FD9;&#x79CD;&#x884C;&#x4E3A;&#x8868;&#x660E;&#x3002;

&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x5927;&#x7FA4;&#x7684;&#x7A81;&#x73B0;&#x7684;&#x8D8B;&#x5316;&#x6027;&#x3002;

We have characterized and quantified a form of bacterial chemotaxis that manifests only as an emergent property by measuring symmetry breaking in a swarm of Myxococcus xanthus exposed to a two-dimensional nutrient gradient from within an agar substrate. M. xanthus chemotaxis requires cell-cell contact and coordinated motility, as individual motile cells exhibit only nonvectorial movement in the presence of a nutrient gradient. Genes that specifically affect M. xanthus chemotaxis include at least 10 of the 53 that express enhancer binding proteins of the NtrC-like class, an indication that this behavior is controlled through transcription, most likely by a complex signal transduction network.

Chemotaxis as an emergent property of a swarm.

Nous avons caract&#xE9;ris&#xE9; et quantifi&#xE9; une forme de chimiotaxie bact&#xE9;rienne qui se manifeste seulement comme une propri&#xE9;t&#xE9; &#xE9;mergente en mesurant la brisure de sym&#xE9;trie dans un essaim de Myxococcus xanthus expos&#xE9;s &#xE0; un gradient &#xE0; deux dimensions des &#xE9;l&#xE9;ments nutritifs &#xE0; partir d&#x26;#39;un substrat de g&#xE9;lose. M. Xanthus chimiotaxie n&#xE9;cessite contact cellule-cellule et de la motilit&#xE9; coordonn&#xE9;e, en tant individuels cellules mobiles pr&#xE9;sentent seulement un mouvement nonvectorial en pr&#xE9;sence d&#x26;#39;un gradient nutriment. Les g&#xE8;nes qui affectent sp&#xE9;cifiquement M. chimiotactisme xanthus comprennent au moins 10 des 53 qui expriment des prot&#xE9;ines activatrices de liaison de la classe NtrC-like, une indication que ce comportement est contr&#xF4;l&#xE9; par la transcription, probablement par un r&#xE9;seau complexe de transduction du signal.

Chimiotactisme comme une propri&#xE9;t&#xE9; &#xE9;mergente d&#x26;#39;un essaim

Wir haben charakterisiert und quantifiziert eine Form der bakteriellen Chemotaxis, die nur als emergente Eigenschaft manifestiert durch Messung der Symmetrie brechen in einem Schwarm von Myxococcus Xanthus ausgesetzt, ein zweidimensionales N&auml;hrstoff Farbverlauf aus in einer Agar-Substrat. M. erfordert Xanthus Chemotaxis, Zell-Zell-Kontakt und koordinierte Motilit&auml;t, wie einzelne bewegliche Zellen nur Nonvectorial Bewegung in Anwesenheit von einem N&auml;hrstoff Farbverlauf ausstellen. Gene, die betreffen M. Xanthus Chemotaxis umfassen mindestens 10 53, die Ausdr&uuml;cken Enhancer bindende Proteine der NFRK-wie Klasse, ein Hinweis darauf, dass dieses Verhalten durch Transkription, am ehesten durch ein komplexes Signal-Transduktion-Netz gesteuert wird.

Chemotaxis als emergente Eigenschaft von einem Schwarm.

Abbiamo caratterizzato e quantificato una forma di chemiotassi batterica che si manifesta solo come una propriet&agrave; emergente dalla misura di rottura di simmetria in uno sciame di Myxococcus xanthus esposti a una sostanza nutritiva bidimensionale gradiente all&#39;interno di un substrato di agar. M. chemiotassi xanthus richiede contatto cellula-cellula e motilit&agrave; coordinata, come singole cellule motili esibiscono movimento nonvectorial solo in presenza di un gradiente di nutrienti. Geni che interessano in particolare M. chemiotassi xanthus includono almeno 10 di 53 che esprimono proteine leganti potenziatore della classe NtrC-come un&#39;indicazione che questo comportamento &egrave; controllato attraverso la trascrizione, molto probabilmente da una rete di trasduzione di segnali complessi.

Chemiotassi come una propriet&agrave; emergente di uno sciame.

&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x5BD2;&#x5929;&#x3001;&#x57FA;&#x677F;&#x5185;&#x306E;2&#x6B21;&#x5143;&#x306E;&#x6804;&#x990A;&#x52FE;&#x914D;&#x306B;&#x3055;&#x3089;&#x3055;&#x308C;&#x308B;Myxococcus xanthus&#x306E;&#x7FA4;&#x308C;&#x306B;&#x7834;&#x58CA;&#x5BFE;&#x79F0;&#x6027;&#x3092;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x7DCA;&#x6025;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D1;&#x30C6;&#x30A3;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306E;&#x307F;&#x73FE;&#x308C;&#x308B;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x8D70;&#x5316;&#x6027;&#x306E;&#x5F62;&#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x3068;&#x3057;&#x3001;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x904B;&#x52D5;&#x6027;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x304C;&#x6804;&#x990A;&#x52FE;&#x914D;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x3067;&#x306E;&#x307F;nonvectorial&#x52D5;&#x304D;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3088;&#x3046;M. xanthus&#x8D70;&#x5316;&#x6027;&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x9593;&#x63A5;&#x89E6;&#x3068;&#x306E;&#x5354;&#x8ABF;&#x904B;&#x52D5;&#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7279;&#x306B;M. xanthus&#x306E;&#x8D70;&#x5316;&#x6027;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306F;53&#x306E;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x3068;&#x3082;10&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;NtrC&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x306E;&#x660E;&#x793A;&#x7684;&#x306A;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x52D5;&#x4F5C;&#x306F;&#x3001;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x5236;&#x5FA1;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3002;

&#x30B9;&#x30A6;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x5275;&#x767A;&#x7279;&#x6027;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x8D70;

&#xC6B0;&#xB9AC; &#xD2B9;&#xC9D5; &#xC788;&#xACE0; &#xB300;&#xCE6D; agar &#xAE30;&#xD310; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xADF8;&#xB77C;&#xB370;&#xC774;&#xC158; 2 &#xCC28;&#xC6D0; &#xC601;&#xC591;&#xC18C;&#xC5D0; &#xB178;&#xCD9C; Myxococcus xanthus&#xC758; &#xBA54;&#xB69C;&#xAE30; &#xB5BC;&#xC758; &#xCE68;&#xC785;&#xC744; &#xCE21;&#xC815; &#xD558; &#xC5EC; &#xC751;&#xAE09; &#xC18D;&#xC131; &#xC73C;&#xB85C;&#xB9CC; &#xB098;&#xD0C0;&#xB098;&#xB294; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; chemotaxis &#xD615;&#xD0DC;&#xC758; &#xACC4;&#xB7C9;. M. &#xD06C;&#xC0B0;&#xD1A0;&#xC2A4; chemotaxis &#xC140; &#xC5F0;&#xB77D;&#xCC98; &#xBC0F; &#xD544;&#xC694; &#xC870;&#xC728; &#xB41C; &#xC6B4;&#xB3D9; &#xC131;, &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC6B4;&#xB3D9; &#xC138;&#xD3EC; &#xC601;&#xC591;&#xC18C; &#xADF8;&#xB77C;&#xB370;&#xC774;&#xC158; &#xC874;&#xC7AC;&#xB9CC; nonvectorial &#xC774;&#xB3D9; &#xC804;&#xC2DC;&#xB85C;. &#xD2B9;&#xD788; &#xC5E0;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xC8FC;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD06C;&#xC0B0;&#xD1A0;&#xC2A4; chemotaxis &#xD3EC;&#xD568; NtrC &#xAC19;&#xC740; &#xD074;&#xB798;&#xC2A4; &#xC804;&#xC0AC;, &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xC2E0;&#xD638; &#xC804;&#xB2EC; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574;&#xC774; &#xB3D9;&#xC791;&#xC744; &#xC81C;&#xC5B4; &#xD558;&#xB294; &#xD45C;&#xC2DC;&#xC758; &#xC99D;&#xAC15; &#xC778;&#xC790; &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC775;&#xC2A4;&#xD504;&#xB808;&#xC2A4; 53&#xC758; &#xC801;&#xC5B4;&#xB3C4; 10.

Chemotaxis &#xB5BC;&#xC758; &#xBE44;&#xC0C1; &#xC18D;&#xC131;&#xC73C;&#xB85C;.

Se han caracterizado y cuantificado una forma de quimiotaxis bacteriana que se manifiesta s&#xF3;lo como una propiedad emergente mediante la medici&#xF3;n de ruptura de simetr&#xED;a en un enjambre de Myxococcus xanthus expuesto a un gradiente de nutrientes en dos dimensiones dentro de un sustrato de agar. M. xanthus quimiotaxis requiere contacto c&#xE9;lula-c&#xE9;lula y la motilidad coordinada, como c&#xE9;lulas m&#xF3;viles individuales exhiben s&#xF3;lo movimiento nonvectorial en presencia de un gradiente de nutrientes. Los genes que afectan espec&#xED;ficamente a la quimiotaxis de M. xanthus incluir por lo menos 10 de los 53 que expresan potenciador de prote&#xED;nas de uni&#xF3;n de la clase NtrC-al igual que, una indicaci&#xF3;n de que este comportamiento se controla a trav&#xE9;s de la transcripci&#xF3;n, muy probablemente por una red de transducci&#xF3;n de se&#xF1;ales complejas.

La quimiotaxis como una propiedad emergente de un enjambre

&#x5728;&#x9965;&#x997F;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x4E00;&#x5927;&#x7FA4;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x5C06;&#x63A5;&#x53D7;&#x53D1;&#x5C55;&#xFF0C;&#x6700;&#x7EC8;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x591A;&#x4E2A;&#x805A;&#x5408;&#x79F0;&#x4E3A;&#x72B6;&#x5B50;&#x5B9E;&#x4F53;&#xFF0C;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x5305;&#x542B;&#x8FBE; 100,000 &#x5B62;&#x5B50;&#x591A;&#x7EC6;&#x80DE;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x3002;&#x5BF9;&#x79F0;&#x7834;&#x7F3A;&#x7684;&#x529B;&#x5B66;&#x548C;&#x72B6;&#x5B50;&#x5230;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x81EA;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x662F;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6D3B;&#x8DC3;&#x9886;&#x57DF;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x7F29;&#x65F6;&#x7535;&#x5F71;&#x548C;&#x81EA;&#x52A8;&#x5316;&#x7684;&#x56FE;&#x50CF;&#x5904;&#x7406;&#x91CF;&#x5316;&#x53D1;&#x5C55;&#x52A8;&#x6001;&#x7684;&#x51E0;&#x4E2A;&#x77AC;&#x6001;&#x7279;&#x5F81;&#x3002;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#x805A;&#x5408;&#x8FBE;&#x5230;&#x5176;&#x7A33;&#x6001;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x975E;&#x5355;&#x8C03;&#x7684;&#x65B9;&#x5F0F;&#x3002;&#x5408;&#x8BA1;&#x7684;&#x4E2A;&#x6570;&#x8FC5;&#x901F;&#x8FBE;&#x5230;&#x9AD8;&#x5CF0;&#x5728; 2 &#x81F3; 3 &#x500D;&#x4EF7;&#x503C;&#x9AD8;&#x4E8E;&#x6700;&#x7EC8;&#x503C;&#xFF0C;&#x7136;&#x540E;&#x51CF;&#x5C0F;&#x5728;&#x5230;&#x8FBE;&#x7A33;&#x6001;&#x4E4B;&#x524D;&#x3002;&#x975E;&#x5355;&#x8C03;&#xFF0C;&#x4F46;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x8F83;&#x8F7B;&#x96C6;&#x6599;&#x5C3A;&#x5BF8;&#x7684;&#x65F6;&#x95F4;&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E5F;&#x662F;&#xFF1A; &#x5C3A;&#x5BF8;&#x5E73;&#x5747;&#x589E;&#x52A0;&#x4ECE;&#x805A;&#x5408;&#x5230; 10 &#x81F3; 15 h &#x4E00;&#x5F00;&#x59CB;&#xFF0C;&#x7136;&#x540E;&#x9010;&#x6B65;&#x51CF;&#x5C11;&#x5176;&#x540E;&#x3002;&#x5728;&#x6B64;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x805A;&#x5408;&#x7684;&#x5206;&#x5E03;&#x4ECE;&#x8FD1;&#x968F;&#x673A;&#x5728;&#x5F00;&#x53D1;&#x7684;&#x65E9;&#x671F;&#x72B6;&#x6001;&#x8F6C;&#x6362;&#x5230;&#x4EE5;&#x540E;&#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x66F4;&#x6709;&#x5E8F;&#x7684;&#x72B6;&#x6001;&#x3002;&#x57FA;&#x4E8E;&#x4EA4;&#x901A;&#x62E5;&#x5835;&#x5047;&#x8BF4;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6570;&#x5B66;&#x6A21;&#x578B;&#x5BF9;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x7ED3;&#x679C;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x8868;&#x660E;&#x6A21;&#x578B;&#x672A;&#x80FD;&#x91CD;&#x73B0;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x52A8;&#x6001;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x805A;&#x5408;&#xFF0C;&#x5373;&#x4F7F;&#x5B83;&#x80FD;&#x51C6;&#x786E;&#x5730;&#x63CF;&#x8FF0;&#x5176;&#x6700;&#x540E;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x3002;M.&#x7684;&#x52A8;&#x6001;&#x7279;&#x5F81;&#x534E;&#x7535;&#x7535;&#x5B50;&#x805A;&#x96C6;&#x5728;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#x53D1;&#x73B0;&#x4E86;&#x4E25;&#x91CD;&#x9650;&#x5236;&#x5176;&#x5E95;&#x5C42;&#x7684;&#x673A;&#x5236;&#x3002;

&#x5728;&#x8F6C;&#x5F55;&#x5F00;&#x53D1;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x91CF;&#x5316;&#x805A;&#x5408;&#x52A8;&#x529B;&#x5B66;&#x3002;

Under starvation conditions, a swarm of Myxococcus xanthus cells will undergo development, a multicellular process culminating in the formation of many aggregates called fruiting bodies, each of which contains up to 100,000 spores. The mechanics of symmetry breaking and the self-organization of cells into fruiting bodies is an active area of research. Here we use microcinematography and automated image processing to quantify several transient features of developmental dynamics. An analysis of experimental data indicates that aggregation reaches its steady state in a highly nonmonotonic fashion. The number of aggregates rapidly peaks at a value 2- to 3-fold higher than the final value and then decreases before reaching a steady state. The time dependence of aggregate size is also nonmonotonic, but to a lesser extent: average aggregate size increases from the onset of aggregation to between 10 and 15 h and then gradually decreases thereafter. During this process, the distribution of aggregates transitions from a nearly random state early in development to a more ordered state later in development. A comparison of experimental results to a mathematical model based on the traffic jam hypothesis indicates that the model fails to reproduce these dynamic features of aggregation, even though it accurately describes its final outcome. The dynamic features of M. xanthus aggregation uncovered in this study impose severe constraints on its underlying mechanisms.

Quantifying aggregation dynamics during Myxococcus xanthus development.

Dans des conditions de famine, un essaim de cellules xanthus Myxococcus subira le d&#xE9;veloppement, un processus multicellulaire aboutissant &#xE0; la formation d&#x26;#39;agr&#xE9;gats de nombreux organes de fructification, appel&#xE9;e dont chacun contient jusqu&#x26;#39;&#xE0; 100.000 spores. Les m&#xE9;caniciens de brisure de sym&#xE9;trie et l&#x26;#39;auto-organisation des cellules dans les organes de fructification est un domaine de recherche actif. Ici, nous utilisons microcin&#xE9;matographie et de traitement d&#x26;#39;image automatis&#xE9; pour quantifier plusieurs caract&#xE9;ristiques transitoires de la dynamique de d&#xE9;veloppement. Une analyse des donn&#xE9;es exp&#xE9;rimentales indiquent que l&#x26;#39;agr&#xE9;gation atteint son &#xE9;tat d&#x26;#39;&#xE9;quilibre d&#x26;#39;une mani&#xE8;re tr&#xE8;s non-monotone. Le nombre d&#x26;#39;agr&#xE9;gats rapidement les sommets &#xE0; une valeur 2 - &#xE0; 3 fois plus &#xE9;lev&#xE9;e que la valeur finale et diminue ensuite avant d&#x26;#39;atteindre un &#xE9;tat stable. La d&#xE9;pendance du temps de la taille des agr&#xE9;gats est &#xE9;galement non monotone, mais dans une moindre mesure: la moyenne des augmentations de taille globales depuis le d&#xE9;but de l&#x26;#39;agr&#xE9;gation &#xE0; entre 10 et 15 h, puis diminue progressivement par la suite. Au cours de ce processus, la r&#xE9;partition des transitions d&#x26;#39;un &#xE9;tat d&#x26;#39;agr&#xE9;gats pr&#xE8;s al&#xE9;atoire t&#xF4;t dans le d&#xE9;veloppement d&#x26;#39;un &#xE9;tat plus ordonn&#xE9; plus tard dans le d&#xE9;veloppement. Une comparaison des r&#xE9;sultats exp&#xE9;rimentaux &#xE0; un mod&#xE8;le math&#xE9;matique bas&#xE9; sur l&#x26;#39;hypoth&#xE8;se embouteillage indique que le mod&#xE8;le ne parvient pas &#xE0; reproduire ces caract&#xE9;ristiques dynamiques d&#x26;#39;agr&#xE9;gation, m&#xEA;me si elle d&#xE9;crit avec pr&#xE9;cision le r&#xE9;sultat final. Les caract&#xE9;ristiques dynamiques de M. xanthus agr&#xE9;gation d&#xE9;couvert dans cette &#xE9;tude imposent des contraintes s&#xE9;v&#xE8;res sur ses m&#xE9;canismes sous-jacents.

Quantifier la dynamique d&#x26;#39;agr&#xE9;gation Pendant Myxococcus Xanthus d&#xE9;veloppement

Unter Hunger Bedingungen werden ein Schwarm von Myxococcus Xanthus Zellen unterzogen, Entwicklung, ein vielzelligen Prozess, die ihren H&ouml;hepunkt in der Bildung von viele Aggregate genannt Fruchtk&ouml;rper, die bis zu 100.000 Sporen enthalten. Die Mechanik der Symmetrie zu brechen und die Selbstorganisation von Zellen in Fruchtk&ouml;rpern ist ein aktives Gebiet der Forschung. Hier verwenden wir Microcinematography und automatisierte Bildverarbeitung zur Quantifizierung der transienten Features Entwicklungs Dynamik. Eine Analyse von experimentellen Daten zeigt, dass die Aggregation der Steady-State in hohem Grade nichtmonotone Weise erreicht. Die Anzahl der Aggregate schnell Peak-Wert 2 und 3 8-fach h&ouml;her als der Endwert und dann sinkt vor Erreichen eines Steady-State. Die Zeit-Abh&auml;ngigkeit der aggregierten Gr&ouml;&szlig;e ist auch nichtmonotone, aber in geringerem Ma&szlig;e: Aggregat Durchschnittsgr&ouml;&szlig;e steigt von Beginn der Aggregation zu 10 bis 15 h und dann allm&auml;hlich sinkt danach. W&auml;hrend dieses Vorgangs wechselt die Verteilung der Aggregate von einem fast zuf&auml;llige Zustand fr&uuml;h in der Entwicklung zu einem mehr geordneten Zustand sp&auml;ter in Entwicklung. Ein Vergleich der experimentellen Ergebnisse zu einem mathematischen Modell, basierend auf die Verkehrs-Stau-Hypothese gibt an, dass das Modell nicht reproduzieren diese dynamischen Funktionen der Aggregation, obwohl es genau ihre endg&uuml;ltige Ergebnis beschreibt. Die dynamischen Eigenschaften von M. Xanthus-Aggregation, die in dieser Studie deckte verh&auml;ngen schwere Einschr&auml;nkungen f&uuml;r die zugrunde liegenden Mechanismen.

Quantifizierung der Aggregation Dynamik bei Myxococcus Xanthus-Entwicklung.

In condizioni di fame, uno sciame di cellule Myxococcus xanthus subir&agrave; lo sviluppo, un processo pluricellulare che si conclude con la formazione di aggregati molti chiamati corpi fruttiferi, ognuna delle quali contiene le spore fino a 100.000. La meccanica della rottura di simmetria e l&#39;auto-organizzazione delle cellule in corpi fruttiferi &egrave; un&#39;area attiva di ricerca. Qui usiamo microcinematography and automated image processing per quantificare le diverse funzionalit&agrave; transitoria della dinamica evolutiva. Un&#39;analisi di dati sperimentali indica che aggregazione raggiunge lo stato stazionario in modo altamente nonmonotonic. Il numero di aggregazioni picchi rapidamente ad un valore 2 a 3 volte superiore rispetto al valore finale e quindi diminuisce prima di raggiungere uno stato stazionario. La dipendenza dal tempo della pezzatura &egrave; anche nonmonotonic, ma in misura minore: pezzatura medio aumenta l&#39;insorgenza di aggregazione a tra 10 e 15 h e poi diminuisce gradualmente in seguito. Durante questo processo, la distribuzione degli aggregati transizioni da uno stato quasi casuale all&#39;inizio nello sviluppo di uno stato pi&ugrave; ordinato successivamente nello sviluppo. Un confronto dei risultati sperimentali di un modello matematico basato sull&#39;ipotesi di marmellata di traffico indica che il modello non riesce a riprodurre queste caratteristiche dinamiche di aggregazione, anche se esso descrive accuratamente il suo esito finale. Le caratteristiche dinamiche di M. aggregazione xanthus scoperti in questo studio impongono gravi vincoli sui suoi meccanismi sottostanti.

Quantificare le dinamiche di aggregazione durante lo sviluppo xanthus di Myxococcus.

&#x98E2;&#x9913;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x3067;&#x306F;&#x3001;Myxococcus xanthus&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x7FA4;&#x308C;&#x306F;&#x3001;100,000&#x80DE;&#x5B50;&#x307E;&#x3067;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x304C;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x51DD;&#x96C6;&#x4F53;&#x306E;&#x5F62;&#x6210;&#x306B;&#x81F3;&#x3063;&#x305F;&#x591A;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306F;&#x5B50;&#x5B9F;&#x4F53;&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x3001;&#x958B;&#x767A;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x306A;&#x308B;&#x3002;&#x5B50;&#x5B9F;&#x4F53;&#x306B;&#x5BFE;&#x79F0;&#x6027;&#x306E;&#x7834;&#x308C;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x81EA;&#x5DF1;&#x7D44;&#x7E54;&#x5316;&#x306E;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x7814;&#x7A76;&#x306E;&#x6D3B;&#x767A;&#x306A;&#x9818;&#x57DF;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x767A;&#x9054;&#x306E;&#x30C0;&#x30A4;&#x30CA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x4E00;&#x6642;&#x7684;&#x306A;&#x7279;&#x5FB4;&#x3092;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;microcinematography&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x81EA;&#x52D5;&#x753B;&#x50CF;&#x51E6;&#x7406;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5B9F;&#x9A13;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x96C6;&#x7D04;&#x304C;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x5358;&#x8ABF;&#x306A;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3067;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x5B9A;&#x5E38;&#x72B6;&#x614B;&#x306B;&#x9054;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5024;2&#x3067;&#x6025;&#x901F;&#x306B;&#x51DD;&#x96C6;&#x4F53;&#x306E;&#x30D4;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x6570; - &#x3001;&#x6700;&#x7D42;&#x7684;&#x306A;&#x5024;&#x3088;&#x308A;&#x3082;3&#x500D;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x306B;&#x3057;&#x3001;&#x5B9A;&#x5E38;&#x72B6;&#x614B;&#x306B;&#x5230;&#x9054;&#x3059;&#x308B;&#x524D;&#x306B;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x51DD;&#x96C6;&#x4F53;&#x306E;&#x5927;&#x304D;&#x3055;&#x306E;&#x6642;&#x9593;&#x4F9D;&#x5B58;&#x6027;&#x3082;&#x5358;&#x8ABF;&#x3067;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x3088;&#x308A;&#x5C11;&#x306A;&#x3044;&#x7A0B;&#x5EA6;&#x306B;&#xFF1A;&#x96C6;&#x8A08;&#x306E;&#x767A;&#x75C7;&#x304B;&#x3089;&#x5E73;&#x5747;&#x51DD;&#x96C6;&#x4F53;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x306E;&#x5897;&#x52A0;&#x306F;10&#x301C;15&#x6642;&#x9593;&#x306B;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x5F90;&#x3005;&#x306B;&#x305D;&#x306E;&#x5F8C;&#x6E1B;&#x5C11;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x306E;&#x9593;&#x3001;&#x5F8C;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x3067;&#x3088;&#x308A;&#x79E9;&#x5E8F;&#x72B6;&#x614B;&#x3078;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x306E;&#x521D;&#x671F;&#x6BB5;&#x968E;&#x3067;&#x307B;&#x307C;&#x30E9;&#x30F3;&#x30C0;&#x30E0;&#x306A;&#x72B6;&#x614B;&#x304B;&#x3089;&#x51DD;&#x96C6;&#x4F53;&#x9077;&#x79FB;&#x306E;&#x5206;&#x5E03;&#x3002;&#x4EA4;&#x901A;&#x6E0B;&#x6EDE;&#x306E;&#x4EEE;&#x8AAC;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x6570;&#x5B66;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x306B;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7D50;&#x679C;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x304C;&#x6B63;&#x78BA;&#x306B;&#x305D;&#x306E;&#x6700;&#x7D42;&#x7684;&#x306A;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x8AAC;&#x660E;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30B0;&#x30EA;&#x30B2;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x52D5;&#x7684;&#x306A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x518D;&#x73FE;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5931;&#x6557;&#x3057;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; M. xanthus&#x96C6;&#x7D04;&#x306E;&#x52D5;&#x7684;&#x306A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x57FA;&#x790E;&#x3068;&#x306A;&#x308B;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x53B3;&#x3057;&#x3044;&#x5236;&#x7D04;&#x3092;&#x8AB2;&#x3057;&#x3001;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

Myxococcus Xanthus&#x958B;&#x767A;&#x4E2D;&#x306B;&#x96C6;&#x7D04;&#x30C0;&#x30A4;&#x30CA;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x3092;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x3059;&#x308B;

&#xAE30;&#xC544; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC5D0;&#xC11C; Myxococcus xanthus &#xC140;&#xC758; &#xACF5;&#xB3D9; &#xAC1C;&#xBC1C;, &#xAC01;&#xAC01; &#xCD5C;&#xB300; 100, 000 &#xAC1C;&#xC758; &#xD3EC;&#xC790;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xB9CE;&#xC740; &#xC9D1;&#xACC4; fruiting &#xC2DC;&#xCCB4; &#xB77C;&#xB294; &#xD615;&#xC131;&#xC5D0; culminating &#xB2E4;&#xC138;&#xD3EC; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBC1B;&#xAC8C; &#xB420; &#xAC83; &#xC774;&#xB2E4;. &#xB300;&#xCE6D; &#xD30C;&#xAD34; &#xC5ED;&#xD559; &#xBC0F; fruiting &#xC2DC;&#xCCB4;&#xB85C; &#xC140;&#xC758; &#xC790;&#xAE30; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC758; &#xD65C;&#xC131; &#xC601;&#xC5ED;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xC5ED;&#xD559;&#xC758; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC77C;&#xC2DC;&#xC801;&#xC778; &#xAE30;&#xB2A5; &#xCC99;&#xB3C4;&#xB97C; &#xCC98;&#xB9AC; &#xD558;&#xB294; &#xC790;&#xB3D9;&#xB41C; &#xC774;&#xBBF8;&#xC9C0; microcinematography&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2E4;&#xD5D8; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D; &#xC9D1;&#xACC4; &#xB9E4;&#xC6B0; nonmonotonic &#xD328;&#xC158;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xC815;&#xC0C1; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC5D0; &#xB3C4;&#xB2EC; &#xD558;&#xBA74; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC9D1;&#xACC4; &#xC218; &#xC2E0;&#xC18D; &#xD558; &#xAC8C; &#xCD5C;&#xC885; &#xAC12; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB192;&#xC740; &#xAC12; 2-&#xD558; 3 &#xBC30;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBD09;&#xC6B0;&#xB9AC;&#xC640; &#xB2E4;&#xC74C; &#xC815;&#xC0C1; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC5D0; &#xB3C4;&#xB2EC; &#xD558;&#xAE30; &#xC804;&#xC5D0; &#xAC10;&#xC18C;. &#xC9D1;&#xACC4; &#xD06C;&#xAE30;&#xC758; &#xC2DC;&#xAC04; &#xC758;&#xC874;&#xC740; &#xB610;&#xD55C; nonmonotonic, &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xB0AE;&#xC740; &#xBC94;&#xC704;: &#xD3C9;&#xADE0; &#xC9D1;&#xACC4; &#xD06C;&#xAE30; 10 h 15 &#xC0AC;&#xC774; &#xC9D1;&#xB2E8;&#xC758; &#xBC1C;&#xBCD1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC99D;&#xAC00; &#xD558; &#xACE0; &#xB2E4;&#xC74C; &#xC810;&#xCC28;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xADF8; &#xC774;&#xD6C4; &#xAC10;&#xC18C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4; &#xB3D9;&#xC548; &#xC9D1;&#xACC4;&#xC758; &#xBD84;&#xD3EC; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xCD08;&#xAE30;&#xC5D0; &#xAC70;&#xC758; &#xBB34;&#xC791;&#xC704; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC758; &#xB4B7;&#xBD80;&#xBD84;&#xC5D0; &#xB098;&#xC624;&#xB294; &#xB354; &#xC815;&#xB82C; &#xB41C; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xB85C; &#xC804;&#xD658;. &#xD2B8;&#xB798;&#xD53D; &#xC7BC; &#xAC00;&#xC124;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC218;&#xD559;&#xC801; &#xBAA8;&#xB378;&#xC5D0; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xACB0;&#xACFC;&#xC758; &#xBE44;&#xAD50; &#xC815;&#xD655; &#xD558; &#xAC8C; &#xADF8; &#xCD5C;&#xC885; &#xACB0;&#xACFC; &#xC124;&#xBA85; &#xD558;&#xB354;&#xB77C;&#xB3C4; &#xBAA8;&#xB378; &#xC9D1;&#xACC4;&#xC758; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB3D9;&#xC801; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC7AC;&#xD604; &#xD558;&#xB294; &#xC2E4;&#xD328;&#xB97C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. M.&#xC758; &#xB3D9;&#xC801; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD06C;&#xC0B0;&#xD1A0;&#xC2A4; &#xC9D1;&#xACC4;&#xAC00;&#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC758; &#xBC1C;&#xACAC;&#xC758; &#xAE30;&#xBCF8; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC2EC;&#xD55C; &#xC81C;&#xC57D;&#xC744; &#xBD80;&#xACFC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Myxococcus xanthus &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xC9D1;&#xACC4; &#xC5ED;&#xD559; &#xCE21;&#xC815;.

Bajo las condiciones de hambre, un enjambre de c&#xE9;lulas Myxococcus xanthus se someten a un desarrollo, un proceso multicelular culmina en la formaci&#xF3;n de agregados de muchos llamados cuerpos fruct&#xED;feros, cada uno de los cuales contiene hasta 100.000 esporas. La mec&#xE1;nica de la ruptura de la simetr&#xED;a y la auto-organizaci&#xF3;n de las c&#xE9;lulas en los cuerpos de fructificaci&#xF3;n es un &#xE1;rea activa de investigaci&#xF3;n. Aqu&#xED; usamos microcinematograf&#xED;a y procesamiento de im&#xE1;genes automatizado para cuantificar varias caracter&#xED;sticas transitorias de la din&#xE1;mica del desarrollo. Un an&#xE1;lisis de los datos experimentales indican que la agregaci&#xF3;n alcanza su estado estacionario de una manera muy mon&#xF3;tono. El n&#xFA;mero de agregados r&#xE1;pidamente picos a un valor 2 - a 3 veces mayor que el valor final y luego disminuye antes de alcanzar un estado estacionario. La dependencia del tiempo de tama&#xF1;o de los agregados es tambi&#xE9;n no-mon&#xF3;tono, pero en menor medida: medios que aumenta el tama&#xF1;o de agregado desde el inicio de la agregaci&#xF3;n a entre 10 y 15 horas y luego disminuye gradualmente a partir de entonces. Durante este proceso, la distribuci&#xF3;n de las transiciones de los agregados de un estado casi al azar en el desarrollo temprano de un estado m&#xE1;s ordenado m&#xE1;s adelante en el desarrollo. Una comparaci&#xF3;n de los resultados experimentales a un modelo matem&#xE1;tico basado en la hip&#xF3;tesis de atasco de tr&#xE1;fico indica que el modelo no puede reproducir estas caracter&#xED;sticas din&#xE1;micas de agregaci&#xF3;n, a pesar de que describe con precisi&#xF3;n el resultado final. Las caracter&#xED;sticas din&#xE1;micas de agregaci&#xF3;n de M. xanthus descubierto en este estudio imponen severas restricciones en sus mecanismos subyacentes.

La cuantificaci&#xF3;n de la Din&#xE1;mica de agregaci&#xF3;n durante Myxococcus Janto Desarrollo

Xanthusbase (http://www.xanthusbase.org)&#xFF0C;&#x7EC6;&#x83CC;&#x8F6C;&#x5F55;&#xFF0C;&#x6A21;&#x578B;&#x751F;&#x7269;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x51FD;&#x6570;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x7EF4;&#x57FA;&#x767E;&#x79D1;&#x539F;&#x5219;&#x57FA;&#x7840;&#x7684;&#x534F;&#x540C;&#x4FE1;&#x606F;&#x8D44;&#x6599;&#x5E93;&#x3002;&#x5B83;&#x6210;&#x7ACB; 5 &#x5E74;&#x591A;&#x524D;&#xFF0C;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5177;&#x6210;&#x672C;&#x6548;&#x76CA;&#x7684;&#x53C2;&#x8003;&#x6570;&#x636E;&#x5E93; M.&#x6851;&#x7D22;&#x65AF;&#x7814;&#x7A76;&#x8005;&#xFF0C;&#x672C;&#x79D1;&#x5B66;&#x751F;&#x8981;&#x4E86;&#x89E3;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6CE8;&#x91CA;&#x7684;&#x6559;&#x80B2;&#x5DE5;&#x5177;&#x548C;&#x793E;&#x4F1A;&#x7684;&#x534F;&#x4F5C;&#x7814;&#x7A76;&#x4EBA;&#x5458;&#x7684;&#x4E00;&#x79CD;&#x624B;&#x6BB5;&#x63D0;&#x9AD8;&#x5176;&#x673A;&#x4F53;&#x6279;&#x6CE8;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D6;&#x5F97;&#x4E86;&#x51E0;&#x4E2A;&#x76EE;&#x6807;&#xFF0C;&#x5E76;&#x6B63;&#x5728;&#x5BFB;&#x6C42;&#x521B;&#x9020;&#x6027;&#x7684;&#x89E3;&#x51B3;&#x529E;&#x6CD5;&#x76EE;&#x524D;&#x9762;&#x4E34;&#x7684;&#x6311;&#x6218;&#x3002;&#x4E00;&#x8DEF;&#x8D70;&#x6765;&#x6211;&#x4EEC;&#x5411;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x7A33;&#x5B9A;&#x6027;&#x3001; &#x5B89;&#x5168;&#x6027;&#x548C;&#x53EF;&#x7528;&#x6027;&#x7684; Xanthusbase &#x53D6;&#x5F97;&#x4E86;&#x51E0;&#x9879;&#x91CD;&#x8981;&#x6539;&#x8FDB;&#x3002;&#x6700;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x8BBE;&#x8BA1;&#x5E76;&#x6267;&#x884C;&#x5B89;&#x88C5;&#x7A0B;&#x5E8F;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4F7F;&#x7528;&#x5B83;&#x4F5C;&#x4E3A; MOD &#x5176;&#x4ED6;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x6A21;&#x578B;&#x751F;&#x7269;&#x4F53;&#x793E;&#x533A;&#x3002;&#x6B64;&#x7248;&#x672C;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x79F0;&#x4E3A; Openmods&#xFF0C;&#x5DF2;&#x7ECF;&#x7528;&#x4E8E;&#x521B;&#x5EFA; Xenorhabdusbase (http://xenorhabdusbase.bact.wisc.edu)&#x3001; Caulobacterbase (http://caulobacterbase.bsd.uchicago.edu) &#x548C;&#x5F88;&#x5FEB; Bdellovibriobase&#x3002;

&#x4E94;&#x5E74;&#x540E;&#x7684; Xanthusbase &#x6269;&#x5C55;&#x6210;&#x4E3A; Openmods&#x3002;

Xanthusbase (http://www.xanthusbase.org), a model organism database for the bacterium Myxococcus xanthus, functions as a collaborative information repository based on Wikipedia principles. It was created more than 5 years ago to serve as a cost-effective reference database for M. xanthus researchers, an education tool for undergraduate students to learn about genome annotation, and a means for the community of researchers to collaboratively improve their organism's annotation. We have achieved several goals and are seeking creative solutions to ongoing challenges. Along the way we have made several important improvements to Xanthusbase related to stability, security and usability. Most importantly, we have designed and implemented an installer that enables other microbial model organism communities to use it as a MOD. This version, called Openmods, has already been used to create Xenorhabdusbase (http://xenorhabdusbase.bact.wisc.edu), Caulobacterbase (http://caulobacterbase.bsd.uchicago.edu) and soon Bdellovibriobase.

Xanthusbase after five years expands to become Openmods.

Xanthusbase (http://www.xanthusbase.org), une base de donn&#xE9;es organisme mod&#xE8;le pour la bact&#xE9;rie Myxococcus xanthus, fonctionne comme un r&#xE9;f&#xE9;rentiel d&#x26;#39;information collaboratif bas&#xE9; sur les principes de Wikipedia. Il a &#xE9;t&#xE9; cr&#xE9;&#xE9; plus de 5 ans pour servir une base de donn&#xE9;es de r&#xE9;f&#xE9;rence rentable pour les chercheurs xanthus M., un outil d&#x26;#39;&#xE9;ducation pour les &#xE9;tudiants de premier cycle pour se renseigner sur l&#x26;#39;annotation du g&#xE9;nome, et un moyen pour la communaut&#xE9; des chercheurs de collaborer d&#x26;#39;am&#xE9;liorer l&#x26;#39;annotation de leur organisme. Nous avons atteint plusieurs objectifs et cherchent des solutions cr&#xE9;atives &#xE0; des d&#xE9;fis permanents. En chemin, nous avons apport&#xE9; plusieurs am&#xE9;liorations importantes pour Xanthusbase li&#xE9;es &#xE0; la stabilit&#xE9;, la s&#xE9;curit&#xE9; et la convivialit&#xE9;. Plus important encore, nous avons con&#xE7;u et mis en &#x153;uvre un programme d&#x26;#39;installation qui permet &#xE0; d&#x26;#39;autres communaut&#xE9;s microbiennes organisme mod&#xE8;le pour l&#x26;#39;utiliser comme un MOD. Cette version, appel&#xE9;e Openmods, a d&#xE9;j&#xE0; &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9; pour cr&#xE9;er Xenorhabdusbase (http://xenorhabdusbase.bact.wisc.edu), Caulobacterbase (http://caulobacterbase.bsd.uchicago.edu) et bient&#xF4;t Bdellovibriobase.

Xanthusbase Apr&#xE8;s cinq ans se d&#xE9;veloppe pour devenir Openmods

Xanthusbase (http://www.xanthusbase.org), ein Organismus Modelldatenbank f&uuml;r das Bakterium Myxococcus Xanthus, fungiert als kooperative Informationsrepository basierend auf Wikipedia-Prinzipien. Es wurde vor mehr als 5 Jahren geschaffen, um als eine kosteng&uuml;nstige Referenzdatenbank von M. Xanthus Forscher, ein Bildung-Werkzeug f&uuml;r Studenten lernen Genom-Anmerkung und ein Mittel f&uuml;r die Gemeinschaft der Forscher um gemeinsam ihrem Organismus Anmerkung Verbesserung dienen. Wir haben mehrere Ziele erreicht und kreative L&ouml;sungen f&uuml;r laufenden Herausforderungen suchen. Auf dem Weg haben wir mehrere wichtige Xanthusbase mit Bezug zu Stabilit&auml;t, Sicherheit und Benutzerfreundlichkeit verbessert. Vor allem aber haben wir entworfen und implementiert ein Installationsprogramm, das andere mikrobielle Modell Organismus Gemeinschaften als eine MOD nutzen zu k&ouml;nnen. Diese Version, genannt Openmods, wurde bereits verwendet, um Xenorhabdusbase (http://xenorhabdusbase.bact.wisc.edu), Caulobacterbase (http://caulobacterbase.bsd.uchicago.edu), und bald Bdellovibriobase zu erstellen.

Xanthusbase nach f&uuml;nf Jahren wird erweitert, um Openmods zu werden.

Xanthusbase (http://www.xanthusbase.org), un database di organismo di modello per il batterio Myxococcus xanthus, funziona come un archivio di informazioni collaborativo basato su principi di Wikipedia. &Egrave; stato creato pi&ugrave; di 5 anni fa per servire come un database di riferimento conveniente per M. ricercatori xanthus, uno strumento di educazione per gli studenti universitari imparare circa annotazione del genoma e un mezzo per la comunit&agrave; di ricercatori in collaborazione migliorare annotazione del loro organismo. Ci hanno raggiunto diversi obiettivi e sono alla ricerca di soluzioni creative alle sfide in corso. Lungo la strada che abbiamo fatto diversi miglioramenti importanti per Xanthusbase relative a stabilit&agrave;, sicurezza e usabilit&agrave;. Soprattutto, abbiamo progettato e attuato un programma di installazione che consente altre comunit&agrave; di organismo modello microbico per usarlo come un MOD. Questa versione, denominata Openmods, &egrave; gi&agrave; stata utilizzata per creare Xenorhabdusbase (http://xenorhabdusbase.bact.wisc.edu), Caulobacterbase (http://caulobacterbase.bsd.uchicago.edu) e presto Bdellovibriobase.

Xanthusbase dopo cinque anni si espande per diventare Openmods.

Xanthusbase&#xFF08;http://www.xanthusbase.org&#xFF09;&#x3001;&#x7D30;&#x83CC;Myxococcus xanthus&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x751F;&#x7269;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3001;&#x30A6;&#x30A3;&#x30AD;&#x30DA;&#x30C7;&#x30A3;&#x30A2;&#x306E;&#x539F;&#x5247;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F;&#x5354;&#x8ABF;&#x60C5;&#x5831;&#x30EA;&#x30DD;&#x30B8;&#x30C8;&#x30EA;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x306F;&#x5171;&#x540C;&#x3067;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x6CE8;&#x91C8;&#x3092;&#x5411;&#x4E0A;&#x3055;&#x305B;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;M. xanthus&#x7814;&#x7A76;&#x8005;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8CBB;&#x7528;&#x5BFE;&#x52B9;&#x679C;&#x306E;&#x57FA;&#x6E96;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30A2;&#x30CE;&#x30C6;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x5B66;&#x3076;&#x5B66;&#x90E8;&#x5B66;&#x751F;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x6559;&#x80B2;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7814;&#x7A76;&#x8005;&#x306E;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x624B;&#x6BB5;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;5&#x5E74;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x524D;&#x306B;&#x4F5C;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x76EE;&#x6A19;&#x3092;&#x9054;&#x6210;&#x3057;&#x305F;&#x3001;&#x7D99;&#x7D9A;&#x7684;&#x306A;&#x8AB2;&#x984C;&#x3078;&#x306E;&#x5275;&#x9020;&#x7684;&#x306A;&#x89E3;&#x6C7A;&#x7B56;&#x3092;&#x6A21;&#x7D22;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x9053;&#x306B;&#x6CBF;&#x3063;&#x3066;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x3001;&#x30BB;&#x30AD;&#x30E5;&#x30EA;&#x30C6;&#x30A3;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x4F7F;&#x3044;&#x3084;&#x3059;&#x3055;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;Xanthusbase&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x6539;&#x826F;&#x3092;&#x52A0;&#x3048;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6700;&#x3082;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x306E;&#x306F;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x304C;MOD&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x305D;&#x308C;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E9;&#x3092;&#x8A2D;&#x8A08;&#x3057;&#x3001;&#x5B9F;&#x88C5;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; Openmods&#x3068;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x306E;&#x30D0;&#x30FC;&#x30B8;&#x30E7;&#x30F3;&#x306F;&#x3001;&#x3059;&#x3067;&#x306B;Xenorhabdusbase&#xFF08;http://xenorhabdusbase.bact.wisc.edu&#xFF09;&#x3001;Caulobacterbase&#xFF08;http://caulobacterbase.bsd.uchicago.edu&#xFF09;&#x3068;&#x3059;&#x3050;&#x306B;Bdellovibriobase&#x3092;&#x4F5C;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Xanthusbase&#x306F;&#x3001;5&#x5E74;&#x5F8C;Openmods&#x306B;&#x306A;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x5C55;&#x958B;&#x3059;&#x308B;

Xanthusbase (http://www.xanthusbase.org) &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544; Myxococcus xanthus&#xC758; &#xBAA8;&#xB378; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4; &#xC704;&#xD0A4;&#xBC31;&#xACFC; &#xC6D0;&#xCE59;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xACF5;&#xB3D9; &#xC815;&#xBCF4; &#xC800;&#xC7A5;&#xC18C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. M. &#xD06C;&#xC0B0;&#xD1A0;&#xC2A4; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC790;, &#xAC8C;&#xB188; &#xC8FC;&#xC11D; &#xBC29;&#xBC95;&#xC740; &#xD559;&#xBD80; &#xD559;&#xC0DD; &#xB4E4;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xAD50;&#xC721; &#xB3C4;&#xAD6C;&#xC640; &#xACF5;&#xB3D9;&#xC73C;&#xB85C; &#xD558;&#xB294; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC6D0;&#xC758; &#xC9C0;&#xC5ED; &#xC0AC;&#xD68C;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xC218;&#xB2E8; &#xAC1C;&#xC120; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC0DD;&#xBA85;&#xCCB4;&#xC758; &#xC8FC;&#xC11D;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBE44;&#xC6A9; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC778; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; 5 &#xB144; &#xC774;&#xC0C1; &#xC804;&#xC5D0; &#xB9CC;&#xB4E4;&#xC5B4;&#xC9C4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xBAA9;&#xD45C;&#xB97C; &#xB2EC;&#xC131; &#xD588;&#xB2E4; &#xD558; &#xACE0; &#xC9C0;&#xC18D;&#xC801;&#xC778;&#xB3C4; &#xC804;&#xC5D0; &#xCC3D;&#xC870;&#xC801;&#xC778; &#xC194;&#xB8E8;&#xC158;&#xC744; &#xCD94;&#xAD6C; &#xD558;&#xB294;. &#xAE38;&#xC744; &#xB530;&#xB77C; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC548;&#xC815;&#xC131;, &#xBCF4;&#xC548; &#xBC0F; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD3B8;&#xC758;&#xC131;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; Xanthusbase&#xC5D0; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAC1C;&#xC120;&#xC744; &#xB9CC;&#xB4E4;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC00;&#xC7A5; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAC83;&#xC740;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC124;&#xACC4; &#xD558; &#xACE0; &#xAD6C;&#xD604; MOD&#xB85C; &#xADF8;&#xAC83;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xB2E4;&#xB978; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xBAA8;&#xB378; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xB97C; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xD558;&#xB294; &#xC124;&#xCE58; &#xAD00;&#xB9AC;&#xC790;. Openmods, &#xB77C;&#xB294;&#xC774; &#xBC84;&#xC804; Xenorhabdusbase (http://xenorhabdusbase.bact.wisc.edu), Caulobacterbase (http://caulobacterbase.bsd.uchicago.edu)&#xC640; &#xACE7; Bdellovibriobase &#xB9CC;&#xB4E4; &#xC774;&#xBBF8; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

5 &#xB144; &#xD6C4; Xanthusbase Openmods&#xAC00; &#xD655;&#xC7A5; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Xanthusbase (http://www.xanthusbase.org), una base de datos de organismo modelo para la bacteria Myxococcus xanthus, funciona como un repositorio de informaci&#xF3;n de colaboraci&#xF3;n basado en los principios de Wikipedia. Fue creado hace m&#xE1;s de 5 a&#xF1;os para servir como una base de datos de referencia rentable para los investigadores M. xanthus, una herramienta educativa para los estudiantes universitarios para aprender acerca de la anotaci&#xF3;n del genoma, y &#x200B;&#x200B;un medio para la comunidad de investigadores para mejorar la colaboraci&#xF3;n de anotaci&#xF3;n de su organismo. Hemos logrado varios objetivos y est&#xE1;n buscando soluciones creativas a los problemas pendientes. En el camino hemos hecho varias mejoras importantes a la Xanthusbase relativos a la estabilidad, seguridad y facilidad de uso. Lo m&#xE1;s importante, hemos dise&#xF1;ado e implementado un programa de instalaci&#xF3;n que permite a otras comunidades microbianas organismo modelo para utilizarlo como un MOD. Esta versi&#xF3;n, llamada Openmods, ya se ha utilizado para crear Xenorhabdusbase (http://xenorhabdusbase.bact.wisc.edu), Caulobacterbase (http://caulobacterbase.bsd.uchicago.edu) y Bdellovibriobase pronto.

Xanthusbase Despu&#xE9;s de cinco a&#xF1;os se expande para convertirse Openmods

&#x7EBF;&#x866B;&#x4E0E;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x7684;&#x6606;&#x866B;&#x75C5;&#x539F;&#x7EC6;&#x83CC;&#x5C5E;&#x7684;&#x6210;&#x5458;&#x6606;&#x866B;&#x75C5;&#x539F;&#x7EBF;&#x866B;&#x3002;&#x7EBF;&#x866B;&#x7EC6;&#x83CC;&#x5BF9;&#x611F;&#x67D3;&#x5E76;&#x6740;&#x6B7B;&#x6606;&#x866B;&#xFF0C;&#x6606;&#x866B;&#x7684;&#x53D1;&#x75C5;&#x673A;&#x5236;&#x548C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x8425;&#x517B;&#x5BF9;&#x7EBF;&#x866B;&#x4ECE;&#x6606;&#x866B;&#x6D3E;&#x751F;&#x7684;&#x6709;&#x6548;&#x517B;&#x5206;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x4F5C;&#x51FA;&#x8D21;&#x732E;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x4F19;&#x4F34;&#x3002;&#x7EBF;&#x866B;&#x4ECE;&#x63A0;&#x98DF;&#x8005;&#x3001; &#x8425;&#x517B;&#xFF0C;&#x83B7;&#x5F97;&#x548C;&#x5206;&#x6563;&#x7684;&#x673A;&#x5236;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E0E;&#x4FDD;&#x62A4;&#x7EC6;&#x83CC;&#x3002;&#x7EBF;&#x866B;&#x5171;&#x751F;&#x7EC6;&#x83CC;&#x5C5E;&#x7684;&#x6210;&#x5458;&#x8FD8;&#x8D5E;&#x540C;&#x7EBF;&#x866B;&#x6740;&#x6B7B;&#x6606;&#x866B;&#xFF0C;&#x548C;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5C5E;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x901A;&#x8FC7;&#x72EC;&#x7279;&#x7684;&#x751F;&#x7406;&#x548C;&#x4EE3;&#x8C22;&#x673A;&#x5236;&#x7ED9;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x7EBF;&#x866B;&#x4E3B;&#x673A;&#x63D0;&#x4F9B;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x670D;&#x52A1;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5047;&#x5B9A;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x5DEE;&#x5F02;&#x5C06;&#x4F1A;&#x53CD;&#x6620;&#x5728;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x5404;&#x81EA;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;&#x82E5;&#x8981;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x6B64;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5B8C;&#x6210;&#x57FA;&#x56E0;&#x6392;&#x5217;&#x7684;&#x55DC;&#x7EBF;&#x866B;&#x81F4;&#x75C5;&#x6746;&#x83CC; ATCC 19061 &#x548C;&#x6606;&#x866B;&#x75C5;&#x539F;&#x7EBF;&#x866B; bovienii SS-2004 &#x5E74;&#x3002;&#x5982;&#x6240;&#x6599;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E24;&#x79CD;&#x6606;&#x866B;&#x75C5;&#x539F;&#x7EBF;&#x866B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7F16;&#x7801;&#x8BB8;&#x591A; anti-insecticidal &#x7684;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x7684;&#x6606;&#x866B;&#x75C5;&#x539F;&#x751F;&#x6D3B;&#x65B9;&#x5F0F;&#x76F8;&#x9002;&#x5E94;&#x3002;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x5728;&#x751F;&#x6D3B;&#x65B9;&#x5F0F;&#x4E4B;&#x95F4;&#x5171;&#x751F;&#x7EC6;&#x83CC;&#x3001; &#x6606;&#x866B;&#x75C5;&#x539F;&#x7EBF;&#x866B;&#x3001; &#x866B;&#x5A92;&#xFF0C;&#x6BD4;&#x8F83;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x76F8;&#x4F3C;&#x4E4B;&#x5904;&#x548C;&#x4F53;&#x80B2; asymbiotica &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x8868;&#x660E;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6B67;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x6F14;&#x53D8;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x5171;&#x751F;&#x4E92;&#x52A8;&#x53EF;&#x4EE5;&#x6309;&#x7167;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x9014;&#x5F84;&#x6765;&#x5B9E;&#x73B0;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x7ED3;&#x675F;&#x70B9;&#x3002;

&#x6606;&#x866B;&#x75C5;&#x539F;&#x7EC6;&#x83CC; endosymbionts &#x5171;&#x751F;&#xFF1A; &#x6536;&#x655B;&#x7684;&#x751F;&#x6D3B;&#x65B9;&#x5F0F;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;

Members of the genus Xenorhabdus are entomopathogenic bacteria that associate with nematodes. The nematode-bacteria pair infects and kills insects, with both partners contributing to insect pathogenesis and the bacteria providing nutrition to the nematode from available insect-derived nutrients. The nematode provides the bacteria with protection from predators, access to nutrients, and a mechanism of dispersal. Members of the bacterial genus Photorhabdus also associate with nematodes to kill insects, and both genera of bacteria provide similar services to their different nematode hosts through unique physiological and metabolic mechanisms. We posited that these differences would be reflected in their respective genomes. To test this, we sequenced to completion the genomes of Xenorhabdus nematophila ATCC 19061 and Xenorhabdus bovienii SS-2004. As expected, both Xenorhabdus genomes encode many anti-insecticidal compounds, commensurate with their entomopathogenic lifestyle. Despite the similarities in lifestyle between Xenorhabdus and Photorhabdus bacteria, a comparative analysis of the Xenorhabdus, Photorhabdus luminescens, and P. asymbiotica genomes suggests genomic divergence. These findings indicate that evolutionary changes shaped by symbiotic interactions can follow different routes to achieve similar end points.

The entomopathogenic bacterial endosymbionts Xenorhabdus and Photorhabdus: convergent lifestyles from divergent genomes.

Les membres des Xenorhabdus genre sont des bact&#xE9;ries entomopathog&#xE8;nes qui s&#x26;#39;associent avec les n&#xE9;matodes. La paire de n&#xE9;matodes-bact&#xE9;ries infecte et tue les insectes, avec les deux partenaires contribuant &#xE0; la pathogen&#xE8;se des insectes et des bact&#xE9;ries fournir une nutrition au n&#xE9;matode &#xE0; partir d&#x26;#39;insectes disponibles d&#xE9;riv&#xE9;s nutriments. Le n&#xE9;matode fournit les bact&#xE9;ries avec protection contre les pr&#xE9;dateurs, l&#x26;#39;acc&#xE8;s aux &#xE9;l&#xE9;ments nutritifs, et un m&#xE9;canisme de dispersion. Les membres du genre bact&#xE9;rien Photorhabdus &#xE9;galement associ&#xE9; avec des n&#xE9;matodes pour tuer les insectes, et les deux genres de bact&#xE9;ries de fournir des services similaires &#xE0; leurs h&#xF4;tes des n&#xE9;matodes &#xE0; travers diff&#xE9;rents m&#xE9;canismes uniques physiologiques et m&#xE9;taboliques. Nous pos&#xE9; en principe que ces diff&#xE9;rences seraient prises en compte dans leurs g&#xE9;nomes respectifs. Pour tester cela, nous avons s&#xE9;quenc&#xE9; les g&#xE9;nomes de l&#x26;#39;ach&#xE8;vement de Xenorhabdus nematophila 19061 ATCC et Xenorhabdus bovienii SS-2004. Comme pr&#xE9;vu, les deux g&#xE9;nomes Xenorhabdus coder de nombreux anti-insecticides compos&#xE9;s, en rapport avec leur mode de vie entomopathog&#xE8;ne. Malgr&#xE9; les similitudes de style de vie entre Xenorhabdus et Photorhabdus bact&#xE9;ries, une analyse comparative des Xenorhabdus, Photorhabdus luminescens, et P. g&#xE9;nomes asymbiotica sugg&#xE8;re divergence g&#xE9;nomique. Ces r&#xE9;sultats indiquent que les changements &#xE9;volutifs fa&#xE7;onn&#xE9;s par les interactions symbiotiques peuvent suivre des voies diff&#xE9;rentes pour atteindre des points finaux similaires.

Les entomopathog&#xE8;nes bact&#xE9;riennes Xenorhabdus endosymbiontes et Photorhabdus: Style de vie convergent de g&#xE9;nomes divergents

Arten der Gattung sind Xenorhabdus Entomopathogenic Bakterien, die Nematoden zuordnen. Das Paar Fadenw&uuml;rmer-Bakterien infiziert und t&ouml;tet Insekten, mit beiden Partnern zu Insekt Pathogenese und die Bakterien, die die Ern&auml;hrung f&uuml;r die Fadenw&uuml;rmer aus verf&uuml;gbaren Insekt abgeleitete N&auml;hrstoffen beitragen. Die Fadenw&uuml;rmer bietet die Bakterien mit Schutz vor Raubtieren, Zugriff auf N&auml;hrstoffe und einen Mechanismus der Zerstreuung. Mitglieder der Gattung bakterielle Photorhabdus ordnen auch Nematoden, Insekten zu t&ouml;ten, und beide Gattungen von Bakterien bieten &auml;hnliche Dienste an ihre verschiedene Fadenw&uuml;rmer Hosts durch eindeutige physiologische und metabolische Mechanismen. Wir postuliert, dass diese Unterschiede in ihren jeweiligen Genome niederschlagen w&uuml;rde. Um dies zu testen, sequenziert wir bis zur Fertigstellung der Genome Xenorhabdus Nematophila ATCC 19061 und Xenorhabdus Bovienii SS-2004. Wie erwartet, codieren beide Genome Xenorhabdus viele anti-insecticidal Verbindungen, angemessen mit ihren Entomopathogenic Lebensstil. Trotz der &Auml;hnlichkeiten im Lebensstil zwischen Xenorhabdus und Photorhabdus Bakterien, eine vergleichende Analyse der Xenorhabdus, Photorhabdus und, und p. Asymbiotica Genome schl&auml;gt genomische Divergenz. Diese Befunde zeigen, dass evolution&auml;re Ver&auml;nderungen gepr&auml;gt durch Symbiotische Interaktionen verschiedene Routen um &auml;hnliche Endpunkte zu erreichen folgen k&ouml;nnen.

Die Entomopathogenic bakterielle Endosymbionts Xenorhabdus und Photorhabdus: konvergente Lebensstile aus unterschiedlichen Genomen.

I membri del genere Xenorhabdus sono batteri entomopatogeni che associano a nematodi. La coppia di nematode-batteri infetta e uccide gli insetti, con entrambi i partner che contribuiscono alla patogenesi degli insetti e i batteri fornire nutrizione per il nematode del disponibile nutrienti derivati da insetti. Il nematode fornisce i batteri con protezione da predatori, l&#39;accesso a sostanze nutritive e un meccanismo di dispersione. Membri del genere batterico Photorhabdus associano anche nematodi per uccidere gli insetti, e due generi di batteri forniscono servizi simili ai loro ospiti diversi nematodi attraverso meccanismi fisiologici e metabolici unici. Abbiamo postulato che queste differenze si rifletterebbero nei loro rispettivi genomi. Per eseguire questo test, abbiamo sequenziato per completamento i genomi di Xenorhabdus nematophila ATCC 19061 e Xenorhabdus bovienii SS-2004. Come previsto, entrambi genomi Xenorhabdus codificano molti composti anti-insecticidal, commisurati alla loro vita entomopatogeni. Nonostante le somiglianze nello stile di vita tra i batteri Xenorhabdus e Photorhabdus, un&#39;analisi comparativa dei Xenorhabdus, Photorhabdus luminescens, e p. asymbiotica genomes suggerisce genomic divergenza. Questi risultati indicano che cambiamenti evolutivi a forma di interazione simbiotiche possono seguire diverse vie per raggiungere i punti finali simili.

L&#39;entomopatogeni batteri endosimbionti Xenorhabdus e Photorhabdus: lifestyles convergenti da genomi divergenti.

&#x5C5E;Xenorhabdus&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x7DDA;&#x866B;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x308B;&#x6606;&#x866B;&#x7D30;&#x83CC;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x7DDA;&#x866B;&#x3001;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x30DA;&#x30A2;&#x306F;&#x3001;&#x6606;&#x866B;&#x75C5;&#x539F;&#x6027;&#x3068;&#x5229;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x6606;&#x866B;&#x7531;&#x6765;&#x306E;&#x6804;&#x990A;&#x7D20;&#x304B;&#x3089;&#x3001;&#x7DDA;&#x866B;&#x306B;&#x6804;&#x990A;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x7D30;&#x83CC;&#x306B;&#x8CA2;&#x732E;&#x3057;&#x3066;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x30D1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30CA;&#x30FC;&#x3067;&#x3001;&#x6606;&#x866B;&#x306B;&#x611F;&#x67D3;&#x3057;&#x3001;&#x6BBA;&#x3059;&#x3002;&#x7DDA;&#x866B;&#x306F;&#x3001;&#x6355;&#x98DF;&#x8005;&#x3001;&#x6804;&#x990A;&#x3078;&#x306E;&#x30A2;&#x30AF;&#x30BB;&#x30B9;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5206;&#x6563;&#x306E;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x304B;&#x3089;&#x4FDD;&#x8B77;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x7D30;&#x83CC;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7D30;&#x83CC;&#x5C5E;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x6606;&#x866B;&#x3092;&#x6BBA;&#x3059;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x7DDA;&#x866B;&#x3067;&#x3082;&#x6E96;Photorhabdus&#x3001;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x5C5E;&#x306F;&#x3001;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x751F;&#x7406;&#x5B66;&#x7684;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x7DDA;&#x866B;&#x306E;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x306B;&#x540C;&#x69D8;&#x306E;&#x30B5;&#x30FC;&#x30D3;&#x30B9;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x306F;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x53CD;&#x6620;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x4EEE;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3092;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x6700;&#x5F8C;&#x307E;&#x3067;Xenorhabdus nematophila ATCC 19061&#x3068;Xenorhabdus bovienii SS-2004&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x914D;&#x5217;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4E88;&#x60F3;&#x901A;&#x308A;&#x3001;&#x4E21;&#x65B9;Xenorhabdus&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x6606;&#x866B;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D5;&#x30B9;&#x30BF;&#x30A4;&#x30EB;&#x306B;&#x898B;&#x5408;&#x3063;&#x305F;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x6297;&#x6BBA;&#x866B;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x3092;&#x3001;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002; Xenorhabdus&#x3068;Photorhabdus&#x7D30;&#x83CC;&#x3001;Xenorhabdus&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x5206;&#x6790;&#x3001;Photorhabdus luminescens&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;P. asymbiotica&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D5;&#x30B9;&#x30BF;&#x30A4;&#x30EB;&#x306E;&#x985E;&#x4F3C;&#x6027;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x76F8;&#x9055;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x77E5;&#x898B;&#x306F;&#x3001;&#x5171;&#x751F;&#x7684;&#x306A;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5F62;&#x4F5C;&#x3089;&#x9032;&#x5316;&#x7684;&#x5909;&#x5316;&#x306F;&#x3001;&#x540C;&#x69D8;&#x306E;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x30DD;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x9054;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5225;&#x306E;&#x30EB;&#x30FC;&#x30C8;&#x306B;&#x5F93;&#x3046;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x767A;&#x6563;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x304B;&#x3089;&#x53CE;&#x675F;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D5;&#x30B9;&#x30BF;&#x30A4;&#x30EB;&#xFF1A;&#x6606;&#x866B;&#x75C5;&#x539F;&#x5171;&#x751F;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;Xenorhabdus&#x3068;Photorhabdus

&#xC18D;&#xC758; &#xBA64;&#xBC84; Xenorhabdus nematodes&#xC744; &#xC5F0;&#xACB0; &#xD558;&#xB294; &#xACE4;&#xCDA9; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xB294;. &#xC120; &#xCDA9; &#xB958;-&#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544; &#xC30D; &#xAC10;&#xC5FC; &#xBC0F; &#xACE4;&#xCDA9; pathogenesis &#xBC0F; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xACE4;&#xCDA9; &#xC720;&#xB798; &#xC601;&#xC591;&#xC18C;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB294; &#xC120; &#xCDA9; &#xB958;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xC601;&#xC591; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC; &#xD558;&#xB294; &#xB450; &#xD30C;&#xD2B8;&#xB108;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xACE4;&#xCDA9;&#xC744; &#xC8FD;&#xC774;&#xACE0;. &#xC120; &#xCDA9; &#xB958;&#xB294; &#xC721; &#xC2DD; &#xB3D9;&#xBB3C;, &#xC601;&#xC591;&#xC18C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC561;&#xC138;&#xC2A4; &#xBC0F; &#xBD84;&#xC0B0; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCF4;&#xD638;&#xC640; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC138;&#xADE0; &#xC18D; Photorhabdus&#xC758; &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0; &#xB610;&#xD55C; nematodes&#xC744; &#xACE4;&#xCDA9;&#xC744; &#xC8FD; &#xC77C; &#xC5F0;&#xACB0; &#xD558; &#xACE0; &#xB450; &#xC18D; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC758; &#xB3C5;&#xD2B9;&#xD55C; &#xC0DD;&#xB9AC; &#xBC0F; &#xB300;&#xC0AC; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC11C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xC120; &#xCDA9; &#xB958; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC720;&#xC0AC;&#xD55C; &#xC11C;&#xBE44;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xCC28;&#xC774; &#xAC01; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xBC18;&#xC601; &#xB420; &#xAC83; &#xC774;&#xB77C;&#xACE0; posited. &#xC774; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xD558;&#xB824;&#xBA74; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC644;&#xB8CC; Xenorhabdus nematophila ATCC 19061&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640; Xenorhabdus bovienii SS-2004. &#xC608;&#xC0C1; &#xB300;&#xB85C;, &#xBAA8;&#xB450; Xenorhabdus &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xB9CE;&#xC740; anti-insecticidal &#xD654;&#xD569;&#xBB3C;, &#xACE4;&#xCDA9; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xB77C;&#xC774;&#xD504; &#xC2A4;&#xD0C0;&#xC77C;&#xC5D0; &#xC54C;&#xB9DE;&#xC740; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;. Xenorhabdus &#xBC0F; Photorhabdus &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;, Xenorhabdus, Photorhabdus luminescens&#xC758; &#xBE44;&#xAD50; &#xBD84;&#xC11D; &#xAC04;&#xC758; &#xC0DD;&#xD65C;&#xC758; &#xC720;&#xC0AC;&#xC131;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; P. asymbiotica &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAC8C;&#xB188; &#xBC1C;&#xC0B0;&#xC744; &#xC81C;&#xC548; &#xD558; &#xACE0;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xC9C4;&#xD654; &#xBCC0;&#xD654; &#xACF5;&#xC0DD; &#xC791;&#xC6A9;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD615;&#xC131; &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xC5D4;&#xB4DC; &#xD3EC;&#xC778;&#xD2B8;&#xB97C; &#xB2EC;&#xC131; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC11C;&#xB85C; &#xB2E4;&#xB978; &#xACBD;&#xB85C; &#xB530;&#xB97C; &#xC218; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xACE4;&#xCDA9; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xC131; &#xC138;&#xADE0; endosymbionts Xenorhabdus &#xBC0F; Photorhabdus: &#xBD84;&#xAE30; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9D1;&#xC911; &#xB77C;&#xC774;&#xD504; &#xC2A4;&#xD0C0;&#xC77C;.

Los miembros de las Xenorhabdus g&#xE9;nero son bacterias entomopat&#xF3;genos que se asocian con los nematodos. La pareja de nematodos-bacteria infecta y mata a los insectos, con los dos socios que contribuyen a la patog&#xE9;nesis de los insectos y las bacterias proporcionar nutrici&#xF3;n a los nematodos de los insectos disponibles derivados de nutrientes. El nematodo proporciona la bacteria con la protecci&#xF3;n de los depredadores, el acceso a los nutrientes, y un mecanismo de dispersi&#xF3;n. Los miembros de los g&#xE9;neros bacterianos Photorhabdus tambi&#xE9;n asociado con los nematodos para matar insectos, y los dos g&#xE9;neros de bacterias prestar servicios similares a sus anfitriones a trav&#xE9;s de diferentes nematodos &#xFA;nicos mecanismos fisiol&#xF3;gicos y metab&#xF3;licos. Hemos planteado que estas diferencias se reflejan en sus respectivos genomas. Para probar esto, hemos secuenciado los genomas hasta la finalizaci&#xF3;n de Xenorhabdus nematophila ATCC 19061 y Xenorhabdus bovienii SS-2004. Como era de esperar, ambos genomas Xenorhabdus codificar muchos anti-compuestos insecticidas, en consonancia con su estilo de vida entomopat&#xF3;geno. A pesar de las similitudes en el estilo de vida entre Xenorhabdus y bacterias Photorhabdus, un an&#xE1;lisis comparativo de los Xenorhabdus Photorhabdus luminescens, y los genomas de P. asymbiotica sugiere divergencia gen&#xF3;mica. Estos hallazgos indican que los cambios evolutivos conformadas por las interacciones simbi&#xF3;ticas pueden seguir diferentes rutas para alcanzar los puntos finales similares.

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Roy D. Welch

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